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root/group/branches/new_design/OOPSE-4/src/brains/Snapshot.hpp
(Generate patch)

Comparing branches/new_design/OOPSE-4/src/brains/Snapshot.hpp (file contents):
Revision 1726 by tim, Thu Nov 4 19:48:22 2004 UTC vs.
Revision 1727 by tim, Thu Nov 11 16:41:58 2004 UTC

# Line 49 | Line 49 | namespace oopse{
49       *  Simulation
50       * Every snapshot class will contain one DataStorage  for atoms and one DataStorage
51       *  for rigid bodies.
52 –     * @see SimData
52       */
53      class Snapshot {
54          public:
# Line 93 | Line 92 | namespace oopse{
92              }
93  
94              /** Sets the H-Matrix */
95 <            void setHamt(const Mat3x3d& m) {
95 >            void setHmat(const Mat3x3d& m) {
96                  hmat_ = m;
97                  invHmat_ = hmat_.inverse();
98 +                
99 +                //notify fortran Hmat is changed
100 +                double fortranHmat[9];
101 +                double fortranInvHmat[9];
102 +                hmat_.getArray(fortranHmat);
103 +                invHmat_.getArray(fortranInvHmat);
104 +                setFortranBox(fortranHmat, fortranInvHmat, &orthoRhombic_);
105              }
106  
107 +            void getVolume() {
108 +                return hmat_.determinant();
109 +            }
110 +
111              /** Returns the inverse H-Matrix */
112              Mat3x3d getInvHmat() {
113                  return invHmat_;
114              }
115  
116 +            /** Wrapping the vector according to periodic boundary condition*/
117 +            void wrapVector(Vector3d& v);
118 +
119 +            
120              double getTimeStamp() {
121                  return timeStamp_;
122              }
123  
124              void setTimeStamp(double timeStamp) {
125                  timeStamp_ =timeStamp;
126 +                //time at statData is redundant
127 +                statData[Stats::TIME] = timeStamp_;
128              }
129  
130 +            double getChi() {
131 +                return chi_;
132 +            }
133 +
134 +            void setChi(double chi) {
135 +                chi_ = chi;
136 +            }
137 +
138 +            double getIntegralOfChiDt() {
139 +                return integralOfChiDt_;
140 +            }
141 +
142 +            void setIntegralOfChiDt(double integralOfChiDt) {
143 +                integralOfChiDt_ = integralOfChiDt;
144 +            }
145 +            
146 +            Mat3x3d getEta() {
147 +                return eta_;
148 +            }
149 +
150 +            void setEta(const Mat3x3d& eta) {
151 +                eta_ = eta;
152 +            }
153 +            
154              DataStorage atomData;
155              DataStorage rigidbodyData;
156              Stats statData;
157              
158          private:
159              double timeStamp_;
160 +
161              Mat3x3d hmat_;
162              Mat3x3d invHmat_;
163 +            int orthoRhombic_;
164 +
165 +            double chi_;
166 +            double integralOfChiDt_;
167 +            Mat3x3d eta_;
168 +            
169              int id_; /**< identification number of the snapshot */
170      };
171  

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines