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root/group/trunk/OOPSE-2.0/src/brains/MoleculeCreator.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE-2.0/src/brains/MoleculeCreator.cpp (file contents):
Revision 1930 by gezelter, Wed Jan 12 22:41:40 2005 UTC vs.
Revision 1957 by tim, Tue Jan 25 17:45:23 2005 UTC

# Line 52 | Line 52
52  
53   #include "brains/MoleculeCreator.hpp"
54   #include "primitives/GhostBend.hpp"
55 + #include "primitives/GhostTorsion.hpp"
56   #include "types/DirectionalAtomType.hpp"
57   #include "types/FixedBondType.hpp"
58   #include "utils/simError.h"
# Line 376 | Line 377 | Torsion* MoleculeCreator::createTorsion(ForceField* ff
377   }    
378  
379   Torsion* MoleculeCreator::createTorsion(ForceField* ff, Molecule* mol, TorsionStamp* stamp) {
379 –    TorsionType* torsionType;
380 –    Atom* atomA;
381 –    Atom* atomB;
382 –    Atom* atomC;
383 –    Atom* atomD;
380  
381 <    atomA = mol->getAtomAt(stamp->getA());
382 <    atomB = mol->getAtomAt(stamp->getB());
383 <    atomC = mol->getAtomAt(stamp->getC());
384 <    atomD = mol->getAtomAt(stamp->getD());
381 >    Atom* atomA = mol->getAtomAt(stamp->getA());
382 >    Atom* atomB = mol->getAtomAt(stamp->getB());
383 >    Atom* atomC = mol->getAtomAt(stamp->getC());
384 >    Torsion* torsion;
385  
386 <    assert(atomA && atomB && atomC && atomD);
387 <    
392 <    torsionType = ff->getTorsionType(atomA->getType(), atomB->getType(),
393 <                                                       atomC->getType(), atomD->getType());
386 >    if (stamp->getD() != -1) {
387 >        Atom* atomD = mol->getAtomAt(stamp->getD());
388  
389 <    if (torsionType == NULL) {
390 <        sprintf(painCave.errMsg, "Can not find Matching Torsion Type for[%s, %s, %s, %s]",
391 <                   atomA->getType().c_str(),
392 <                   atomB->getType().c_str(),
399 <                   atomC->getType().c_str(),
400 <                   atomD->getType().c_str());
389 >        assert(atomA && atomB && atomC && atomD);
390 >        
391 >        TorsionType* torsionType = ff->getTorsionType(atomA->getType(), atomB->getType(),
392 >                                                           atomC->getType(), atomD->getType());
393  
394 <        painCave.isFatal = 1;
395 <        simError();
394 >        if (torsionType == NULL) {
395 >            sprintf(painCave.errMsg, "Can not find Matching Torsion Type for[%s, %s, %s, %s]",
396 >                       atomA->getType().c_str(),
397 >                       atomB->getType().c_str(),
398 >                       atomC->getType().c_str(),
399 >                       atomD->getType().c_str());
400 >
401 >            painCave.isFatal = 1;
402 >            simError();
403 >        }
404 >        
405 >        torsion = new Torsion(atomA, atomB, atomC, atomD, torsionType);      
406      }
407 <    
408 <    return new Torsion(atomA, atomB, atomC, atomD, torsionType);      
407 >    else {
408 >
409 >        DirectionalAtom* dAtom = dynamic_cast<DirectionalAtom*>(atomC);
410 >        if (dAtom == NULL) {
411 >            sprintf(painCave.errMsg, "Can not cast Atom to DirectionalAtom");
412 >            painCave.isFatal = 1;
413 >            simError();
414 >        }        
415 >
416 >        TorsionType* torsionType = ff->getTorsionType(atomA->getType(), atomB->getType(),
417 >                                                           atomC->getType(), "GHOST");
418 >
419 >        if (torsionType == NULL) {
420 >            sprintf(painCave.errMsg, "Can not find Matching Torsion Type for[%s, %s, %s, %s]",
421 >                       atomA->getType().c_str(),
422 >                       atomB->getType().c_str(),
423 >                       atomC->getType().c_str(),
424 >                       "GHOST");
425 >
426 >            painCave.isFatal = 1;
427 >            simError();
428 >        }
429 >        
430 >        torsion = new GhostTorsion(atomA, atomB, dAtom, torsionType);              
431 >    }
432 >
433 >    return torsion;
434   }    
435  
436   CutoffGroup* MoleculeCreator::createCutoffGroup(Molecule* mol, CutoffGroupStamp* stamp) {

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