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root/group/trunk/OOPSE-2.0/src/integrators/NPT.hpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE-2.0/src/integrators/NPT.hpp (file contents):
Revision 1930 by gezelter, Wed Jan 12 22:41:40 2005 UTC vs.
Revision 2243 by tim, Sun May 29 00:06:14 2005 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < /*
1 > /*
2   * Copyright (c) 2005 The University of Notre Dame. All Rights Reserved.
3   *
4   * The University of Notre Dame grants you ("Licensee") a
# Line 53 | Line 53 | namespace oopse {
53   #include "integrators/VelocityVerletIntegrator.hpp"
54  
55   namespace oopse {
56 <    class NPT : public VelocityVerletIntegrator {
57 <        public:
56 >  class NPT : public VelocityVerletIntegrator {
57 >  public:
58  
59 <            NPT(SimInfo * info);
60 <            virtual ~NPT();
59 >    NPT(SimInfo * info);
60 >    virtual ~NPT();
61  
62  
63 <            int getMaxIterationNumber() {
64 <                return maxIterNum_;
65 <            }
63 >    int getMaxIterationNumber() {
64 >      return maxIterNum_;
65 >    }
66  
67 <            void setMaxIterationNumber(int maxIter) {
68 <                maxIterNum_ = maxIter;
69 <            }
70 <            double getTauThermostat() {
71 <                return tauThermostat;
72 <            }
67 >    void setMaxIterationNumber(int maxIter) {
68 >      maxIterNum_ = maxIter;
69 >    }
70 >    double getTauThermostat() {
71 >      return tauThermostat;
72 >    }
73  
74 <            void setTauThermostat(double tt) {
75 <                tauThermostat = tt;
76 <            }
74 >    void setTauThermostat(double tt) {
75 >      tauThermostat = tt;
76 >    }
77  
78 <            double getTauBarostat() {
79 <                return tauBarostat;
80 <            }
81 <            void setTauBarostat(double tb) {
82 <                tauBarostat = tb;
83 <            }
78 >    double getTauBarostat() {
79 >      return tauBarostat;
80 >    }
81 >    void setTauBarostat(double tb) {
82 >      tauBarostat = tb;
83 >    }
84  
85 <            double getTargetTemp() {
86 <                return targetTemp;
87 <            }
85 >    double getTargetTemp() {
86 >      return targetTemp;
87 >    }
88              
89 <            void setTargetTemp(double tt) {
90 <                targetTemp = tt;
91 <            }
89 >    void setTargetTemp(double tt) {
90 >      targetTemp = tt;
91 >    }
92  
93 <            double getTargetPressure() {
94 <                return targetTemp;
95 <            }
93 >    double getTargetPressure() {
94 >      return targetTemp;
95 >    }
96              
97 <            void setTargetPressure(double tp) {
98 <                targetPressure = tp;
99 <            }
97 >    void setTargetPressure(double tp) {
98 >      targetPressure = tp;
99 >    }
100  
101 <            double getChiTolerance() {
102 <                return chiTolerance;
103 <            }
101 >    double getChiTolerance() {
102 >      return chiTolerance;
103 >    }
104              
105 <            void setChiTolerance(double tol) {
106 <                chiTolerance = tol;
107 <            }
105 >    void setChiTolerance(double tol) {
106 >      chiTolerance = tol;
107 >    }
108  
109 <            double getEtaTolerance() {
110 <                return etaTolerance;
111 <            }
109 >    double getEtaTolerance() {
110 >      return etaTolerance;
111 >    }
112              
113 <            void setEtaTolerance(double tol) {
114 <                etaTolerance = tol;
115 <            }
113 >    void setEtaTolerance(double tol) {
114 >      etaTolerance = tol;
115 >    }
116  
117 <        protected:
117 >  protected:
118  
119 <            virtual void integrateStep() {
120 <                needStress= true;
121 <                VelocityVerletIntegrator::integrateStep();
122 <            }
119 >    virtual void integrateStep() {
120 >      needStress= true;
121 >      VelocityVerletIntegrator::integrateStep();
122 >    }
123  
124 <            virtual void doUpdate();
125 <            
126 <            double NkBT;
127 <            double fkBT;
124 >    virtual void doUpdate();
125  
126 <            double tt2;            
127 <            double tb2;
126 >    virtual void resetIntegrator();
127 >
128 >    virtual void resetEta();
129 >    
130 >    double NkBT;
131 >    double fkBT;
132 >
133 >    double tt2;            
134 >    double tb2;
135              
136 <            double instaTemp;
137 <            double instaPress;
138 <            double instaVol;
136 >    double instaTemp;
137 >    double instaPress;
138 >    double instaVol;
139  
140  
141 <            // targetTemp, targetPressure, and tauBarostat must be set.
142 <            // One of qmass or tauThermostat must be set;
141 >    // targetTemp, targetPressure, and tauBarostat must be set.
142 >    // One of qmass or tauThermostat must be set;
143  
144 <            double targetTemp;
145 <            double targetPressure;
146 <            double tauThermostat;
147 <            double tauBarostat;
144 >    double targetTemp;
145 >    double targetPressure;
146 >    double tauThermostat;
147 >    double tauBarostat;
148  
149 <            std::vector<Vector3d> oldPos;
150 <            std::vector<Vector3d> oldVel;
151 <            std::vector<Vector3d> oldJi;
149 >    std::vector<Vector3d> oldPos;
150 >    std::vector<Vector3d> oldVel;
151 >    std::vector<Vector3d> oldJi;
152  
153 <            double etaTolerance;
153 >    double etaTolerance;
154        
155 <            double chi;
156 <            double integralOfChidt;
157 <            Mat3x3d press;
155 >    double chi;
156 >    double integralOfChidt;
157 >    Mat3x3d press;
158              
159 <        private:
159 >  private:
160  
161 <            virtual void moveA();
162 <            virtual void moveB();
161 >    virtual void moveA();
162 >    virtual void moveB();
163              
164 <            virtual void getVelScaleA(Vector3d& sc, const Vector3d& vel) = 0;
164 >    virtual void getVelScaleA(Vector3d& sc, const Vector3d& vel) = 0;
165              
166 <            virtual void getVelScaleB(Vector3d& sc, int index) = 0;
166 >    virtual void getVelScaleB(Vector3d& sc, int index) = 0;
167              
168 <            virtual void getPosScale(const Vector3d& pos, const Vector3d& COM,
169 <                                                            int index, Vector3d& sc) = 0;
168 >    virtual void getPosScale(const Vector3d& pos, const Vector3d& COM,
169 >                             int index, Vector3d& sc) = 0;
170  
171 <            virtual void calcVelScale() = 0;
171 >    virtual void calcVelScale() = 0;
172  
173 <            virtual bool etaConverged() = 0;
173 >    virtual bool etaConverged() = 0;
174  
175 <            virtual void evolveEtaA() = 0;
175 >    virtual void evolveEtaA() = 0;
176  
177 <            virtual void evolveEtaB() = 0;
177 >    virtual void evolveEtaB() = 0;
178  
179 <            virtual void scaleSimBox() = 0;
179 >    virtual void scaleSimBox() = 0;
180              
181 <            virtual double calcConservedQuantity() = 0;      
181 >    virtual double calcConservedQuantity() = 0;      
182  
183 <            virtual void loadEta() = 0;
184 <            virtual void saveEta() = 0;
183 >    virtual void loadEta() = 0;
184 >    virtual void saveEta() = 0;
185              
186 <            int maxIterNum_;
186 >    int maxIterNum_;
187  
188 <            double chiTolerance;    
189 <    };
188 >    double chiTolerance;    
189 >  };
190  
191   }      //end namespace oopse
192  

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– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines