ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE-3.0/forceFields/DUFF2.frc
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE-3.0/forceFields/DUFF2.frc (file contents):
Revision 2102 by tim, Thu Mar 10 16:14:07 2005 UTC vs.
Revision 2953 by chrisfen, Wed Jul 19 12:33:20 2006 UTC

# Line 2 | Line 2
2   //
3   // The sections are divided into AtomTypes
4   //
5 < //any parameters (but not all) are derived from the TRAPPE force field
5 > // many parameters (but not all) are derived from the TRAPPE force field
6   // of Siepmann's group.
7 +
8 + begin Options
9 +      Name                   = "DUFF"
10 +      GayBerneMu             = 2.0
11 +      GayBerneNu             = 1.0
12 + end Options
13 +
14   begin AtomTypes    
15   //Name          mass     (amu)
16   CH4             16.05          
17   CH3             15.04          
18   CH2             14.03          
19 < CH              13.02          
19 > CH              13.02
20 > DIP             9.00764        
21   SSD             18.0153        
22 < SSD1            18.0153
23 < SSD_E           18.0153
24 < SSD_RF          18.0153
22 > SSD1            18.0153
23 > SSD_E           18.0153
24 > SSD_RF          18.0153
25 > TAP             18.0153
26 > TRED            18.0153
27 > EP_TRED         0.0
28 > O_DIP3P         15.9994                
29   O_TIP3P         15.9994                
30   O_TIP4P         15.9994
31 + O_TIP4P-Ew      15.9994
32   O_TIP5P         15.9994
33 + O_TIP5P-E       15.9994
34   O_SPCE          15.9994
35   O_SPC           15.9994
36 + H_DIP3P         1.0079
37   H_TIP3P         1.0079
38   H_TIP4P         1.0079
39 + H_TIP4P-Ew      1.0079
40   H_TIP5P         1.0079
41   H_SPCE          1.0079
42   H_SPC           1.0079
43   EP_TIP4P        0.0
44 + EP_TIP4P-Ew     0.0
45   EP_TIP5P        0.0
46   HEAD            196            
47   TB1             14.03          
# Line 34 | Line 51 | He             4.002602        
51   TB3             28.06          
52   TE3             30.08  
53   H               1.00794        
54 < He              4.002602        
54 > He              4.002602
55   C               12.0107        
56   N               14.00674        
57   O               15.9994        
# Line 42 | Line 59 | Ar             39.948          
59   Ne              20.1797        
60   S               32.066          
61   Cl              35.4527        
62 + Cl-             35.4527
63 + Na+             22.98977
64   Ar              39.948          
65 + GBAr            39.948          
66   Br              79.904          
67 < Kr              83.80          
67 > Kr              83.80
68 > GBKr            83.80
69 > U               1.00
70 > GBPaper         48.0428
71 > GBlinear        48.0428
72 > GBC6H6          78.11184
73 > GBCH3OH         32.04186
74 > GBH2O           18.0153
75 > Pchg+           5.000  
76 > Pchg-           5.000  
77 > PDIP            10.000  
78 > DPD             72.06112
79   end AtomTypes
80  
81   begin DirectionalAtomTypes
82   //Name          I_xx    I_yy    I_zz    (All moments in (amu*Ang^2)
83 + H_DIP3P         0       0       0
84 + DIP             0.8202  0.8202  0
85   SSD             1.7696  0.6145  1.1550  
86   SSD1            1.7696  0.6145  1.1550  
87   SSD_E           1.7696  0.6145  1.1550  
88   SSD_RF          1.7696  0.6145  1.1550  
89 + TAP             1.7696  0.6145  1.1550
90 + TRED            1.7696  0.6145  1.1550
91   HEAD            1125    1125    250
92 + GBPaper         86.477  86.477  0
93 + GBlinear        86.477  86.477  0
94 + GBC6H6          88.781  88.781  177.561
95 + GBCH3OH         4.056   20.258  20.999
96 + GBH2O           1.777   0.581   1.196
97 + GBAr            1.777   0.581   1.196
98 + GBKr            1.777   0.581   1.196
99 + PDIP            10.0    10.0    0
100   end DirectionalAtomTypes                    
101 <                        
101 >
102 > begin GayBerneAtomTypes
103 > //Name          d       l           eps             eps_ratio   dw
104 > GBPaper         3.35    10.05   0.774729        0.2             1.0
105 > GBlinear        2.8104  9.993   0.774729        0.150814        1.0
106 > GBC6H6          4.65    2.03    0.540           3.67            0.6
107 > GBCH3OH         2.55    3.18    0.542           1.03            1.0
108 > GBAr            3.41    3.41    0.2381          1.0             1.0
109 > GBKr            3.83    3.83    0.3259          1.0             1.0
110 > end GayBerneAtomTypes                  
111 >
112   begin LennardJonesAtomTypes
113 < //Name  epsilon                 sigma  
114 < SSD       0.152                 3.051                                  
115 < SSD1      0.152                 3.016
116 < SSD_E     0.152                 3.035
117 < SSD_RF    0.152                 3.019
118 < O_TIP3P   0.1521                3.15061
119 < O_TIP4P   0.1550                3.15365
120 < O_TIP5P   0.16                  3.12  
121 < O_SPCE    0.15532               3.16549
122 < O_SPC     0.15532               3.16549
123 < CH4       0.279                 3.73
124 < CH3       0.185                 3.75
125 < CH2       0.0866                3.95
126 < CH        0.0189                4.68
127 < HEAD      0.185                 .75                                    
128 < TB1       0.0866                4.0                              
129 < TE1       0.185                 4.0                                  
130 < TB2       0.25                  6.0                                  
131 < TE2       0.5                   6.0                                  
132 < TB3       0.5                   8.0                                  
133 < TE3       0.75                  8.0    
134 < H         0.017090056482        2.81
135 < He        0.020269601874        2.28
136 < C         0.101745452544        3.35
137 < N         0.074123151951        3.31
138 < O         0.122412497592        2.95
139 < F         0.104924997936        2.83
140 < Ne        0.09339914589         2.72
141 < S         0.36366050421         3.52
142 < Cl        0.344781953445        3.35
143 < Ar        0.238068461226        3.41
144 < Br        0.511111921764        3.54
145 < Kr        0.32590340268         3.83                  
113 > //Name          epsilon             sigma      
114 > DIP             0.038025        3.12
115 > SSD             0.152           3.051                                  
116 > SSD1            0.152           3.016
117 > SSD_E           0.152           3.035
118 > SSD_RF          0.152           3.019
119 > TAP             0.152           2.9
120 > TRED            0.2045          2.980
121 > O_DIP3P         0.1521          3.15061
122 > O_TIP3P         0.1521          3.15061
123 > O_TIP4P         0.1550          3.15365
124 > O_TIP4P-Ew      0.16275         3.16435
125 > O_TIP5P         0.16            3.12  
126 > O_TIP5P-E       0.178           3.097  
127 > O_SPCE          0.15532         3.16549
128 > O_SPC           0.15532         3.16549
129 > CH4             0.279           3.73
130 > CH3             0.185           3.75
131 > CH2             0.0866          3.95
132 > CH              0.0189          4.68
133 > HEAD            0.185           0.75                                    
134 > TB1             0.0866          4.0                              
135 > TE1             0.185           4.0                                  
136 > TB2             0.25            6.0                                  
137 > TE2             0.5             6.0                                  
138 > TB3             0.5             8.0                                  
139 > TE3             0.75            8.0    
140 > H               0.017090056482  2.81
141 > He              0.020269601874  2.28
142 > C               0.101745452544  3.35
143 > N               0.074123151951  3.31
144 > O               0.122412497592  2.95
145 > F               0.104924997936  2.83
146 > Ne              0.09339914589   2.72
147 > S               0.36366050421   3.52
148 > Cl              0.344781953445  3.35
149 > Cl-             0.100           4.445
150 > Na+             0.118           2.579
151 > Ar              0.238068461226  3.41
152 > Br              0.5111119214    3.54
153 > Kr              0.32590340268   3.83
154 > U               1.0             1.0
155 > Pchg+           0.1             3.0
156 > Pchg-           0.1             3.0
157 > PDIP            0.15            5.0
158 > DPD             1.194           4.70
159 > GBH2O           0.2             2.35
160   end LennardJonesAtomTypes
161  
162   begin ChargeAtomTypes
163 < // Name charge
164 < O_TIP3P  -0.834
165 < O_SPCE   -0.8476
166 < O_SPC    -0.82
167 < H_TIP3P   0.417
168 < H_TIP4P   0.520
169 < H_TIP5P   0.241
170 < H_SPCE    0.4238
171 < H_SPC     0.42
172 < EP_TIP4P -1.040
173 < EP_TIP5P -0.241
174 < Cl       -1.0
163 > // Name         charge
164 > O_TIP3P         -0.834
165 > O_SPCE          -0.8476
166 > O_SPC           -0.82
167 > H_TIP3P         0.417
168 > H_TIP4P         0.520
169 > H_TIP4P-Ew      0.52422
170 > H_TIP5P         0.241
171 > H_SPCE          0.4238
172 > H_SPC           0.42
173 > EP_TIP4P        -1.040
174 > EP_TIP4P-Ew     -1.04844
175 > EP_TIP5P        -0.241
176 > Cl              -1.0
177 > Cl-             -1.0
178 > Na+             1.0
179 > Pchg+           0.5
180 > Pchg-           -1.0
181 > EP_TRED         1.041
182 > TRED            -1.041
183   end ChargeAtomTypes
184  
185   begin MultipoleAtomTypes
186 < //only support up tp quadrupole.
187 < //possible format:
186 > // OOPSE currently only supports charge-charge, charge-dipole,
187 > // dipole-dipole, and charge-quadrupole interactions.
188 > // Dipoles may be either traditional point-dipoles or split-dipoles.
189 > // possible formats for a multipolar atom type are:
190 > //
191 > // Point-dipoles:
192   // name d phi theta psi dipole_moment
193 + //
194 + // Split-dipoles:
195   // name s phi theta psi dipole_moment splitdipole_distance
196 + //
197 + // Point-Quadrupoles:
198   // name q phi theta psi Qxx Qyy Qzz
199 + //
200 + // Atoms with both dipole and quadrupole moments:
201   // name dq phi theta psi dipole_moment Qxx Qyy Qzz
202 + //
203 + // Atoms with both split dipoles and quadrupole moments:
204   // name sq phi theta psi dipole_moment splitdipole_distance Qxx Qyy Qzz
118 – // euler angles are given in units of degree
119 – // dipoles are given in units of Debye
120 – // split dipole distances are given in units of Angstrom
121 – // quadrupoles are given in units of
205   //
206 < SSD_E   d       0.0     0.0     0.0     2.42
207 < SSD_RF  d       0.0     0.0     0.0     2.48
208 < SSD     d       0.0     0.0     0.0     2.35
209 < SSD1    d       0.0     0.0     0.0     2.35
206 > // Euler angles are given in zxz convention in units of degrees.
207 > //
208 > // Charges are given in units of electrons.
209 > //
210 > // Dipoles are given in units of Debyes.
211 > //
212 > // Split dipole distances are given in units of Angstroms.
213 > //  
214 > // Quadrupole moments are given in units of 10^-26 esu cm^2 (also known as an
215 > //                                                           esu centi-barn)
216 > //
217 > H_DIP3P d       0.0     0.0     0.0     1.91
218 > DIP     d       0.0     0.0     0.0     1.91
219 > SSD_E   dq      0.0     0.0     0.0     2.42    -1.682  1.762   -0.08
220 > SSD_RF  dq      0.0     0.0     0.0     2.48    -1.682  1.762   -0.08
221 > SSD     dq      0.0     0.0     0.0     2.35    -1.682  1.762   -0.08
222 > SSD1    dq      0.0     0.0     0.0     2.35    -1.682  1.762   -0.08
223 > TAP     dq      0.0     0.0     0.0     2.12    -1.682  1.762   -0.08
224 > //TRED    q       0.0     0.0     0.0     -1.682  1.762   -0.08
225 > PDIP    d       0.0     0.0     0.0     9.6064
226 > GBH2O   dq      0.0     0.0     0.0     1.772   -2.165  2.446   -0.281
227 > GBC6H6  q       0.0     0.0     0.0     4.584   4.584   -9.168
228   //HDP     s       0.0     0.0     0.0     20.6    4.63
229   end MultipoleAtomTypes
230  
231   begin StickyAtomTypes
232 < //name w0       v0 (kcal/mol)   v0p     rl (Ang)  ru    rlp     rup
232 > //name  w0      v0 (kcal/mol)   v0p     rl (Ang)  ru    rlp     rup
233   SSD_E   0.07715 3.90            3.90    2.40      3.80  2.75    3.35
234   SSD_RF  0.07715 3.90            3.90    2.40      3.80  2.75    3.35
235   SSD     0.07715 3.7284          3.7284  2.75      3.35  2.75    4.0
236   SSD1    0.07715 3.6613          3.6613  2.75      3.35  2.75    4.0
237 + TRED    0.07715 4.22            4.22    2.40      4.00  2.40    4.0
238   end StickyAtomTypes
239  
240 + begin StickyPowerAtomTypes
241 + //name  w0          v0 (kcal/mol)   v0p     rl (Ang)  ru        rlp         rup
242 + TAP     0.075   5.5                     0.25    2.75      3.5   2.75    3.25
243 + end StickyPowerAtomTypes
244  
245   begin BondTypes
246  
247   //Atom1 Atom2   Fixed
248   //V_Fixed = 0
249  
250 < //Atom1 Atom2   Harmonic        b0      Kb (kcal/mol)
250 > //Atom1 Atom2   Harmonic        b0              Kb (kcal/mol)
251   //V_Harmonic = 0.5*Kb(b- bo)^2
252   //Harmonic Examples
253   HEAD    CH3     Harmonic                2.75            260
# Line 150 | Line 256 | CH3    CH3     Harmonic                1.526           260
256   HEAD    TB1     Harmonic                2.76            260
257   HEAD    TB2     Harmonic                3.20            260
258   HEAD    TB3     Harmonic                3.63            260
259 < CH3     CH3     Harmonic                1.526           260
260 < CH3     CH2     Harmonic                1.526           260
261 < CH3     CH      Harmonic                1.526           260
262 < CH2     CH2     Harmonic                1.526           260
263 < CH2     CH      Harmonic                1.526           260
264 < CH      CH      Harmonic                1.526           260
265 < TB1     TB1     Harmonic                1.526           260
266 < TB2     TB2     Harmonic                2.34            260
267 < TB3     TB3     Harmonic                3.12            260
268 < TB1     TE1     Harmonic                1.526           260
269 < TB2     TE2     Harmonic                2.34            260
270 < TB3     TE3     Harmonic                3.12            260
259 > CH3         CH3 Harmonic                1.526           260
260 > CH3         CH2 Harmonic                1.526           260
261 > CH3         CH  Harmonic                1.526           260
262 > CH2         CH2 Harmonic                1.526           260
263 > CH2         CH  Harmonic                1.526           260
264 > CH          CH  Harmonic                1.526           260
265 > TB1         TB1 Harmonic                1.526           260
266 > TB2         TB2 Harmonic                2.34            260
267 > TB3         TB3 Harmonic                3.12            260
268 > TB1         TE1 Harmonic                1.526           260
269 > TB2         TE2 Harmonic                2.34            260
270 > TB3         TE3 Harmonic                3.12            260
271  
272   //Atom1 Atom2   Cubic           b0      K3      K2      K1      K0
273   //V_Cubic = K3(b - b0)^3 + K2(b - b0)^2 + K1(b - b0) + K0

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines