ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE-3.0/samples/water/ssd/water.md
Revision: 2152
Committed: Fri Apr 8 14:42:27 2005 UTC (19 years, 3 months ago) by chrisfen
File size: 2928 byte(s)
Log Message:
changes during debug of charge-dipole

File Contents

# User Rev Content
1 gezelter 1490 #ifndef _WATER_MD_
2     #define _WATER_MD_
3    
4     molecule{
5 chrisfen 2152 name = "Cl-";
6     nAtoms = 1;
7     atom[0]{
8     type = "Cl-";
9     position(0.0, 0.0, 0.0);
10     }
11     }
12    
13     molecule{
14     name = "Na+";
15     nAtoms = 1;
16     atom[0]{
17     type = "Na+";
18     position(0.0, 0.0, 0.0);
19     }
20     }
21    
22     molecule{
23 gezelter 1490 name = "SSD_E";
24     nAtoms = 1;
25     atom[0]{
26     type = "SSD_E";
27     position( 0.0, 0.0, 0.0 );
28     orientation( 0.0, 0.0, 0.0 );
29     }
30     }
31    
32     molecule{
33     name = "SSD_RF";
34     nAtoms = 1;
35     atom[0]{
36     type = "SSD_RF";
37     position( 0.0, 0.0, 0.0 );
38     orientation( 0.0, 0.0, 0.0 );
39     }
40     }
41    
42     molecule{
43     name = "SSD";
44     nAtoms = 1;
45     atom[0]{
46     type = "SSD";
47     position( 0.0, 0.0, 0.0 );
48     orientation( 0.0, 0.0, 0.0 );
49     }
50     }
51    
52     molecule{
53     name = "SSD1";
54     nAtoms = 1;
55     atom[0]{
56     type = "SSD1";
57     position( 0.0, 0.0, 0.0 );
58     orientation( 0.0, 0.0, 0.0 );
59     }
60     }
61    
62     molecule{
63     name = "TIP3P";
64     nAtoms = 3;
65     atom[0]{
66     type = "O_TIP3P";
67     position( 0.0, 0.0, -0.06556 );
68     }
69     atom[1]{
70     type = "H_TIP3P";
71     position( 0.0, 0.75695, 0.52032 );
72     }
73     atom[2]{
74     type = "H_TIP3P";
75     position( 0.0, -0.75695, 0.52032 );
76     }
77    
78     nRigidBodies = 1;
79     rigidBody[0]{
80     nMembers = 3;
81     members(0, 1, 2);
82     }
83    
84     nCutoffGroups = 1;
85     cutoffGroup[0]{
86     nMembers = 3;
87     members(0, 1, 2);
88     }
89     }
90    
91     molecule{
92     name = "TIP4P";
93     nAtoms = 4;
94     atom[0]{
95     type = "O_TIP4P";
96     position( 0.0, 0.0, -0.06556 );
97     }
98     atom[1]{
99     type = "H_TIP4P";
100     position( 0.0, 0.75695, 0.52032 );
101     }
102     atom[2]{
103     type = "H_TIP4P";
104     position( 0.0, -0.75695, 0.52032 );
105     }
106     atom[3]{
107     type = "EP_TIP4P";
108     position( 0.0, 0.0, 0.08444 );
109     }
110     nRigidBodies = 1;
111     rigidBody[0]{
112     nMembers = 4;
113     members(0, 1, 2, 3);
114     }
115    
116     nCutoffGroups = 1;
117     cutoffGroup[0]{
118     nMembers = 4;
119     members(0, 1, 2, 3);
120     }
121     }
122    
123     molecule{
124     name = "TIP5P";
125     nAtoms = 5;
126     atom[0]{
127     type = "O_TIP5P";
128     position( 0.0, 0.0, -0.06556 );
129     }
130     atom[1]{
131     type = "H_TIP5P";
132     position( 0.0, 0.75695, 0.52032 );
133     }
134     atom[2]{
135     type = "H_TIP5P";
136     position( 0.0, -0.75695, 0.52032 );
137     }
138     atom[3]{
139     type = "EP_TIP5P";
140     position( 0.57154, 0.0, -0.46971 );
141     }
142     atom[4]{
143     type = "EP_TIP5P";
144     position( -0.57154, 0.0, -0.46971 );
145     }
146     nRigidBodies = 1;
147     rigidBody[0]{
148     nMembers = 5;
149     members(0, 1, 2, 3, 4);
150     }
151    
152     nCutoffGroups = 1;
153     cutoffGroup[0]{
154     nMembers = 5;
155     members(0, 1, 2, 3, 4);
156     }
157     }
158    
159     molecule{
160     name = "SPCE";
161     nAtoms = 3;
162     atom[0]{
163     type = "O_SPCE";
164     position( 0.0, 0.0, -0.06461 );
165     }
166     atom[1]{
167     type = "H_SPCE";
168     position( 0.0, 0.81649, 0.51275 );
169     }
170     atom[2]{
171     type = "H_SPCE";
172     position( 0.0, -0.81649, 0.51275 );
173     }
174     nRigidBodies = 1;
175     rigidBody[0]{
176     nMembers = 3;
177     members(0, 1, 2);
178     }
179    
180     nCutoffGroups = 1;
181     cutoffGroup[0]{
182     nMembers = 3;
183     members(0, 1, 2);
184     }
185    
186     }
187    
188     molecule{
189     name = "DPD";
190     nAtoms = 1;
191     atom[0]{
192     type = "DPD";
193     position(0.0, 0.0, 0.0);
194     }
195     }
196    
197     #endif