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root/group/trunk/OOPSE-3.0/src/selection/SelectionEvaluator.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE-3.0/src/selection/SelectionEvaluator.cpp (file contents):
Revision 1966 by tim, Thu Feb 3 14:04:59 2005 UTC vs.
Revision 2097 by tim, Wed Mar 9 17:30:29 2005 UTC

# Line 39 | Line 39
39   * such damages.
40   */
41  
42 + #include <stack>
43   #include "selection/SelectionEvaluator.hpp"
44 + #include "primitives/Atom.hpp"
45 + #include "primitives/DirectionalAtom.hpp"
46 + #include "primitives/RigidBody.hpp"
47 + #include "primitives/Molecule.hpp"
48 +
49   namespace oopse {
50  
51  
52 + SelectionEvaluator::SelectionEvaluator(SimInfo* si)
53 +    : info(si), nameFinder(info), distanceFinder(info), indexFinder(info), isLoaded_(false){
54 +    
55 +    nStuntDouble = info->getNGlobalAtoms() + info->getNRigidBodies();
56 + }            
57 +
58   bool SelectionEvaluator::loadScript(const std::string& filename, const std::string& script) {
59 +    clearDefinitionsAndLoadPredefined();
60      this->filename = filename;
61      this->script = script;
62      if (! compiler.compile(filename, script)) {
63          error = true;
64          errorMessage = compiler.getErrorMessage();
65 +        std::cerr << "SelectionCompiler Error: " << errorMessage << std::endl;
66          return false;
67      }
68  
# Line 56 | Line 70 | bool SelectionEvaluator::loadScript(const std::string&
70      aatoken = compiler.getAatokenCompiled();
71      linenumbers = compiler.getLineNumbers();
72      lineIndices = compiler.getLineIndices();
73 +
74 +    std::vector<std::vector<Token> >::const_iterator i;  
75 +
76 +    isDynamic_ = false;
77 +    for (i = aatoken.begin(); i != aatoken.end(); ++i) {
78 +        if (containDynamicToken(*i)) {
79 +            isDynamic_ = true;
80 +            break;
81 +        }
82 +    }
83 +
84 +    isLoaded_ = true;
85      return true;
86   }
87  
88   void SelectionEvaluator::clearState() {
89 <    for (int i = scriptLevelMax; --i >= 0; )
90 <        stack[i].clear();
91 <    scriptLevel = 0;
89 >    //for (int i = scriptLevelMax; --i >= 0; )
90 >    //    stack[i].clear();
91 >    //scriptLevel = 0;
92      error = false;
93      errorMessage = "";
94   }
# Line 77 | Line 103 | bool SelectionEvaluator::loadScriptFileInternal(const
103      return loadScriptFileInternal(filename);
104   }
105  
106 < bool SelectionEvaluator::loadScriptFileInternal(const  string & filename) {
106 > bool SelectionEvaluator::loadScriptFileInternal(const  std::string & filename) {
107 >  std::ifstream ifs(filename.c_str());
108 >    if (!ifs.is_open()) {
109 >        return false;
110 >    }
111  
112 +    const int bufferSize = 65535;
113 +    char buffer[bufferSize];
114 +    std::string script;
115 +    while(ifs.getline(buffer, bufferSize)) {
116 +        script += buffer;
117 +    }
118 +    return loadScript(filename, script);
119   }
120  
121 < void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
122 <
121 > void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(BitSet& bs){
122 >    
123      while ( pc < aatoken.size()) {
124          statement = aatoken[pc++];
125          statementLength = statement.size();
# Line 92 | Line 129 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
129                  define();
130              break;
131              case Token::select:
132 <                select();
132 >                select(bs);
133              break;
134              default:
135                  unrecognizedCommand(token);
136              return;
137          }
138      }
139 +
140   }
141  
142 <  BitSet SelectionEvaluator::expression(std::vector<Token>& code, int pcStart) {
105 <    int numberOfAtoms = viewer.getAtomCount();
142 >  BitSet SelectionEvaluator::expression(const std::vector<Token>& code, int pcStart) {
143      BitSet bs;
144 <    BitSet[] stack = new BitSet[10];
145 <    int sp = 0;
146 <
110 <    for (int pc = pcStart; ; ++pc) {
144 >    std::stack<BitSet> stack;
145 >    
146 >    for (int pc = pcStart; pc < code.size(); ++pc) {
147        Token instruction = code[pc];
148  
149        switch (instruction.tok) {
# Line 116 | Line 152 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
152        case Token::expressionEnd:
153          break;
154        case Token::all:
155 <        bs = stack[sp++] = new BitSet(numberOfAtoms);
156 <        for (int i = numberOfAtoms; --i >= 0; )
157 <          bs.set(i);
155 >        bs = BitSet(nStuntDouble);
156 >        bs.setAll();
157 >        stack.push(bs);            
158          break;
159        case Token::none:
160 <        stack[sp++] = new BitSet();
160 >        bs = BitSet(nStuntDouble);
161 >        stack.push(bs);            
162          break;
163        case Token::opOr:
164 <        bs = stack[--sp];
165 <        stack[sp-1].or(bs);
164 >        bs = stack.top();
165 >        stack.pop();
166 >        stack.top() |= bs;
167          break;
168        case Token::opAnd:
169 <        bs = stack[--sp];
170 <        stack[sp-1].and(bs);
169 >        bs = stack.top();
170 >        stack.pop();
171 >        stack.top() &= bs;
172          break;
173        case Token::opNot:
174 <        bs = stack[sp - 1];
136 <        notSet(bs);
174 >        stack.top().flip();
175          break;
176        case Token::within:
177 <        bs = stack[sp - 1];
178 <        stack[sp - 1] = new BitSet();
141 <        withinInstruction(instruction, bs, stack[sp - 1]);
177 >
178 >        withinInstruction(instruction, stack.top());
179          break;
180 <      case Token::selected:
181 <        stack[sp++] = copyBitSet(viewer.getSelectionSet());
182 <        break;
180 >      //case Token::selected:
181 >      //  stack.push(getSelectionSet());
182 >      //  break;
183        case Token::name:
184 <
184 >        stack.push(nameInstruction(boost::any_cast<std::string>(instruction.value)));
185          break;
186 <      case  Token::index:
187 <        
186 >      case Token::index:
187 >        stack.push(indexInstruction(instruction.value));
188          break;
152 –      case Token::molname:  
153 –
154 –        break;
155 –      case Token::molindex:
156 –        break;
189        case Token::identifier:
190 <        stack[sp++] = lookupIdentifierValue((std::string)instruction.value);
190 >        stack.push(lookupValue(boost::any_cast<std::string>(instruction.value)));
191          break;
192        case Token::opLT:
193        case Token::opLE:
# Line 163 | Line 195 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
195        case Token::opGT:
196        case Token::opEQ:
197        case Token::opNE:
198 <        bs = stack[sp++] = new BitSet();
167 <        comparatorInstruction(instruction, bs);
198 >        stack.push(comparatorInstruction(instruction));
199          break;
200        default:
201          unrecognizedExpression();
202        }
203      }
204 <    if (sp != 1)
204 >    if (stack.size() != 1)
205        evalError("atom expression compiler error - stack over/underflow");
206 <    return stack[0];
206 >          
207 >    return stack.top();
208    }
209  
210  
211  
212 <  void SelectionEvaluator::comparatorInstruction(Token instruction, BitSet bs) {
212 > BitSet SelectionEvaluator::comparatorInstruction(const Token& instruction) {
213      int comparator = instruction.tok;
214      int property = instruction.intValue;
215 <    float propertyValue = 0; // just for temperature
216 <    int comparisonValue = ((Integer)instruction.value).intValue();
217 <    int numberOfAtoms = viewer.getAtomCount();
218 <    Frame frame = viewer.getFrame();
219 <    for (int i = 0; i < numberOfAtoms; ++i) {
220 <      Atom atom = frame.getAtomAt(i);
221 <      switch (property) {
222 <      case Token::mass:
223 <        //propertyValue = atom.getAtomNumber();
224 <        break;
225 <      case Token::charge:
215 >    float comparisonValue = boost::any_cast<float>(instruction.value);
216 >    float propertyValue;
217 >    BitSet bs(nStuntDouble);
218 >    bs.clearAll();
219 >    
220 >    SimInfo::MoleculeIterator mi;
221 >    Molecule* mol;
222 >    Molecule::AtomIterator ai;
223 >    Atom* atom;
224 >    Molecule::RigidBodyIterator rbIter;
225 >    RigidBody* rb;
226 >    
227 >    for (mol = info->beginMolecule(mi); mol != NULL; mol = info->nextMolecule(mi)) {
228  
229 <        break;
230 <      case Token::dipole:
231 <
232 <        break;
233 <      default:
234 <        unrecognizedAtomProperty(property);
235 <      }
236 <      bool match = false;
203 <      switch (comparator) {
204 <      case Token::opLT:
205 <        match = propertyValue < comparisonValue;
206 <        break;
207 <      case Token::opLE:
208 <        match = propertyValue <= comparisonValue;
209 <        break;
210 <      case Token::opGE:
211 <        match = propertyValue >= comparisonValue;
212 <        break;
213 <      case Token::opGT:
214 <        match = propertyValue > comparisonValue;
215 <        break;
216 <      case Token::opEQ:
217 <        match = propertyValue == comparisonValue;
218 <        break;
219 <      case Token::opNE:
220 <        match = propertyValue != comparisonValue;
221 <        break;
222 <      }
223 <      if (match)
224 <        bs.set(i);
229 >        for(atom = mol->beginAtom(ai); atom != NULL; atom = mol->nextAtom(ai)) {
230 >            compareProperty(atom, bs, property, comparator, comparisonValue);
231 >        }
232 >        
233 >        //change the positions of atoms which belong to the rigidbodies
234 >        for (rb = mol->beginRigidBody(rbIter); rb != NULL; rb = mol->nextRigidBody(rbIter)) {
235 >            compareProperty(rb, bs, property, comparator, comparisonValue);
236 >        }        
237      }
226 –  }
238  
239 < void SelectionEvaluator::withinInstruction(const Token& instruction, BitSet& bs, BitSet& bsResult)
239 >    return bs;
240 > }
241  
242 + void SelectionEvaluator::compareProperty(StuntDouble* sd, BitSet& bs, int property, int comparator, float comparisonValue) {
243 +        double propertyValue;
244 +        switch (property) {
245 +        case Token::mass:
246 +            propertyValue = sd->getMass();
247 +            break;
248 +        case Token::charge:
249 +            return;
250 +            //break;
251 +        case Token::dipole:
252 +            return;
253 +            //break;
254 +        default:
255 +            unrecognizedAtomProperty(property);
256 +        }
257 +        
258 +        bool match = false;
259 +        switch (comparator) {
260 +            case Token::opLT:
261 +                match = propertyValue < comparisonValue;
262 +                break;
263 +            case Token::opLE:
264 +                match = propertyValue <= comparisonValue;
265 +                break;
266 +            case Token::opGE:
267 +                match = propertyValue >= comparisonValue;
268 +                break;
269 +            case Token::opGT:
270 +                match = propertyValue > comparisonValue;
271 +                break;
272 +            case Token::opEQ:
273 +                match = propertyValue == comparisonValue;
274 +                break;
275 +            case Token::opNE:
276 +                match = propertyValue != comparisonValue;
277 +                break;
278 +        }
279 +        if (match)
280 +            bs.setBitOn(sd->getGlobalIndex());
281 +
282 + }
283 +
284 + void SelectionEvaluator::withinInstruction(const Token& instruction, BitSet& bs){
285 +    
286      boost::any withinSpec = instruction.value;
287 +    float distance;
288      if (withinSpec.type() == typeid(float)){
289 <        withinDistance(boost::any_cast<float>(withinSpec), bs, bsResult);
290 <        return;
289 >        distance = boost::any_cast<float>(withinSpec);
290 >    } else if (withinSpec.type() == typeid(int)) {
291 >        distance = boost::any_cast<int>(withinSpec);    
292 >    } else {
293 >        evalError("casting error in withinInstruction");
294 >        bs.clearAll();
295      }
296      
297 <    evalError("Unrecognized within parameter:" + withinSpec);
297 >    bs = distanceFinder.find(bs, distance);            
298   }
299  
300 <  void SelectionEvaluator::withinDistance(float distance, const BitSet& bs, const BitSet& bsResult) {
240 <    Frame frame = viewer.getFrame();
241 <    for (int i = frame.getAtomCount(); --i >= 0; ) {
242 <      if (bs.get(i)) {
243 <        Atom atom = frame.getAtomAt(i);
244 <        AtomIterator iterWithin =
245 <          frame.getWithinIterator(atom, distance);
246 <        while (iterWithin.hasNext())
247 <          bsResult.set(iterWithin.next().getAtomIndex());
248 <      }
249 <    }
250 <  }
251 <
252 <  void SelectionEvaluator::define() {
300 > void SelectionEvaluator::define() {
301      assert(statement.size() >= 3);
302  
303      std::string variable = boost::any_cast<std::string>(statement[1].value);
304 <    
305 <    variables.insert(std::make_pair(variable, expression(statement, 2)));
258 <  }
304 >
305 >    variables.insert(VariablesType::value_type(variable, expression(statement, 2)));
306   }
307  
308 +
309   /** @todo */
310   void SelectionEvaluator::predefine(const std::string& script) {
311  
# Line 272 | Line 320 | void SelectionEvaluator::predefine(const std::string&
320          if (statement.size() > 2) {
321              int tok = statement[1].tok;
322              if (tok == Token::identifier || (tok & Token::predefinedset) == Token::predefinedset) {
323 <                std::string variable = (std::string)statement[1].value;
324 <                variables.insert(std::make_pair(variable, statement));
323 >                std::string variable = boost::any_cast<std::string>(statement[1].value);
324 >                variables.insert(VariablesType::value_type(variable, statement));
325  
326              } else {
327                  evalError("invalid variable name:" + script);
# Line 290 | Line 338 | void SelectionEvaluator::select(){
338  
339   }
340  
341 < void SelectionEvaluator::select(){
342 <    viewer.setSelectionSet(expression(statement, 1));
341 > void SelectionEvaluator::select(BitSet& bs){
342 >    bs = expression(statement, 1);
343   }
344  
345   BitSet SelectionEvaluator::lookupValue(const std::string& variable){
346  
347 +    BitSet bs(nStuntDouble);
348      std::map<std::string, boost::any>::iterator i = variables.find(variable);
349 <
349 >    
350      if (i != variables.end()) {
351          if (i->second.type() == typeid(BitSet)) {
352              return boost::any_cast<BitSet>(i->second);
353          } else if (i->second.type() ==  typeid(std::vector<Token>)){
354 <            BitSet bs = expression(boost::any_cast(i->second), 2);
354 >            bs = expression(boost::any_cast<std::vector<Token> >(i->second), 2);
355              i->second =  bs; /**@todo fixme */
356              return bs;
357          }
358 +    } else {
359 +        unrecognizedIdentifier(variable);
360      }
361  
362 +    return bs;
363   }
364  
365 + BitSet SelectionEvaluator::nameInstruction(const std::string& name){
366 +    
367 +    return nameFinder.match(name);
368 +
369 + }    
370 +
371 + bool SelectionEvaluator::containDynamicToken(const std::vector<Token>& tokens){
372 +    std::vector<Token>::const_iterator i;
373 +    for (i = tokens.begin(); i != tokens.end(); ++i) {
374 +        if (i->tok & Token::dynamic) {
375 +            return true;
376 +        }
377 +    }
378 +
379 +    return false;
380 + }    
381 +
382 + void SelectionEvaluator::clearDefinitionsAndLoadPredefined() {
383 +    variables.clear();
384 +    //load predefine
385 +    //predefine();
386   }
387 +
388 + BitSet SelectionEvaluator::evaluate() {
389 +    BitSet bs(nStuntDouble);
390 +    if (isLoaded_) {
391 +        pc = 0;
392 +        instructionDispatchLoop(bs);
393 +    }
394 +
395 +    return bs;
396 + }
397 +
398 + BitSet SelectionEvaluator::indexInstruction(const boost::any& value) {
399 +    BitSet bs(nStuntDouble);
400 +
401 +    if (value.type() == typeid(int)) {
402 +        int index = boost::any_cast<int>(value);
403 +        if (index < 0 || index >= bs.size()) {
404 +            invalidIndex(index);
405 +        } else {
406 +            indexFinder.find(index);
407 +        }
408 +    } else if (value.type() == typeid(std::pair<int, int>)) {
409 +        std::pair<int, int> indexRange= boost::any_cast<std::pair<int, int> >(value);
410 +        assert(indexRange.first <= indexRange.second);
411 +        if (indexRange.first < 0 || indexRange.second >= bs.size()) {
412 +            invalidIndexRange(indexRange);
413 +        }else {
414 +            indexFinder.find(indexRange.first, indexRange.second);
415 +        }
416 +    }
417 +
418 +    return bs;
419 + }
420 +
421 + }

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