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root/group/trunk/OOPSE-4/forceFields/Amber.frc
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Comparing trunk/OOPSE-4/forceFields/Amber.frc (file contents):
Revision 3433 by gezelter, Mon Jul 14 12:36:39 2008 UTC vs.
Revision 3444 by cli2, Wed Sep 10 19:40:06 2008 UTC

# Line 1 | Line 1
1   begin Options
2 <      Name                   = "Amber"
2 >      Name                    "Amber"
3 >      vdW-14-scale            0.5        
4 >      electrostatic-14-scale  0.83333333333333333
5   end Options
6  
7   begin BaseAtomTypes
8   //number                name            mass     (amu)
9 < CT              12.01
10 < C               12.01
11 < CA              12.01
12 < CM              12.01
13 < CC              12.01
14 < CV              12.01
13 < CW              12.01
14 < CR              12.01
15 < CB              12.01
16 < C*              12.01
17 < CN              12.01
18 < CK              12.01
19 < CQ              12.01
20 < N               14.01
21 < NA              14.01
22 < NB              14.01
23 < NC              14.01
24 < N*              14.01
25 < N2              14.01
26 < N3              14.01
27 < OW              16.0
28 < OH              16.0
29 < OS              16.0
30 < O               16.0
31 < O2              16.0
32 < S               32.06
33 < SH              32.06
34 < P               30.97
35 < H               1.008
36 < HW              1.008
37 < HO              1.008
38 < HS              1.008
39 < HA              1.008
40 < HC              1.008
41 < H1              1.008
42 < H2              1.008
43 < H3              1.008
44 < HP              1.008
45 < H4              1.008
46 < H5              1.008
9 > C               12.01
10 > N               14.01
11 > O               16.0
12 > S               32.06
13 > P               30.97
14 > H               1.008
15   Li+             6.940
16   Na+             22.990
17   K+              39.100
# Line 58 | Line 26 | GLY-N                   N
26  
27   begin AtomTypes
28   //name          baseatomtype
29 + CT              C
30 + CA              C
31 + CM              C
32 + CC              C
33 + CV              C
34 + CW              C
35 + CR              C
36 + CB              C
37 + C*              C
38 + CN              C
39 + CK              C
40 + CQ              C
41 + NA              N
42 + NB              N
43 + NC              N
44 + N*              N
45 + N2              N
46 + N3              N
47 + OW              O
48 + OH              O
49 + OS              O
50 + O2              O
51 + SH              S
52 + HW              H
53 + HO              H
54 + HS              H
55 + HA              H
56 + HC              H
57 + H1              H
58 + H2              H
59 + H3              H
60 + HP              H
61 + H4              H
62 + H5              H
63   GLY-N                   N
64   GLY-CA                  CT
65   GLY-C                   C
# Line 80 | Line 82 | VAL-CG1                 CT
82   VAL-HA                  H1
83   VAL-CB                  CT
84   VAL-HB                  HC
85 < VAL-CG1                 CT
86 < VAL-HG1                 HC
85 < VAL-CG2                 CT
86 < VAL-HG2                 HC
85 > VAL-CG                  CT
86 > VAL-HG                  HC
87   LEU-N                   N
88   LEU-CA                  CT
89   LEU-C                   C
# Line 94 | Line 94 | LEU-CD1                 CT
94   LEU-HB                  HC
95   LEU-CG                  CT
96   LEU-HG                  HC
97 < LEU-CD1                 CT
98 < LEU-HD1                 HC
99 < LEU-CD2                 CT
100 < LEU-HD2                 HC
97 > LEU-CD                  CT
98 > LEU-HD                  HC
99   ILE-N                   N
100   ILE-CA                  CT
101   ILE-C                   C
# Line 194 | Line 192 | TYR-HH                  HO
192   TYR-HE                  HA
193   TYR-CZ                  CA
194   TYR-OH                  OH
195 < TYR-HH                  HO
195 > TYR-HO                  HO
196   TRP-N                   N
197   TRP-CA                  CT
198   TRP-C                   C
# Line 523 | Line 521 | NCLN-N                  N3
521   NGLU-HN                 H
522   NGLU-O                  O
523   NGLU-HA                 H1
524 < NCLN-N                  N3
525 < NCLN-CA                 CT
526 < NCLN-C                  C
527 < NCLN-HN                 H
528 < NCLN-O                  O
529 < NCLN-HA                 H1
524 > NGLN-N                  N3
525 > NGLN-CA                 CT
526 > NGLN-C                  C
527 > NGLN-HN                 H
528 > NGLN-O                  O
529 > NGLN-HA                 H1
530 > NGLN-CB                 CT
531 > NGLN-HB                 HC
532 > NGLN-CG                 CT
533 > NGLN-HG                 HC
534 > NGLN-CD                 C
535 > NGLN-OE1                O
536 > NGLN-NE2                N
537 > NGLN-HE2                H
538   NMET-N                  N3
539   NMET-CA                 CT
540   NMET-C                  C
# Line 616 | Line 622 | CPRO-HA                 H1
622   CPRO-CA                 CT
623   CPRO-C                  C
624   CPRO-OXT                O2
625 + CPRO-O                  O
626   CPRO-HA                 H1
627 + CPRO-CB                 CT
628 + CPRO-HB                 HC
629 + CPRO-CG                 CT
630 + CPRO-HG                 HC
631 + CPRO-CD                 CT
632 + CPRO-HD                 H1
633   CPHE-N                  N
634   CPHE-CA                 CT
635   CPHE-C                  C
# Line 988 | Line 1001 | VAL-CG1                 -0.3192
1001   VAL-HA                  0.0969
1002   VAL-CB                  0.2985
1003   VAL-HB                  -0.0297
1004 < VAL-CG1                 -0.3192
1005 < VAL-HG1                 0.0791
993 < VAL-CG2                 -0.3192
994 < VAL-HG2                 0.0791
1004 > VAL-CG                 -0.3192
1005 > VAL-HG                   0.0791
1006   LEU-N                   -0.4157
1007   LEU-CA                  -0.0518
1008   LEU-C                   0.5973
# Line 1002 | Line 1013 | LEU-CD1                 -0.4121
1013   LEU-HB                  0.0457
1014   LEU-CG                  0.3531
1015   LEU-HG                  -0.0361
1016 < LEU-CD1                 -0.4121
1017 < LEU-HD1                 0.1000
1007 < LEU-CD2                 -0.4121
1008 < LEU-HD2                 0.1000
1016 > LEU-CD                  -0.4121
1017 > LEU-HD                  0.1000
1018   ILE-N                   -0.4157
1019   ILE-CA                  -0.0597
1020   ILE-C                   0.5973
# Line 1102 | Line 1111 | TYR-HH                  0.3992
1111   TYR-HE                  0.1656
1112   TYR-CZ                  0.3226
1113   TYR-OH                  -0.5579
1114 < TYR-HH                  0.3992
1114 > TYR-HO                  0.3992
1115   TRP-N                   -0.4157
1116   TRP-CA                  -0.0275
1117   TRP-C                   0.5973
# Line 1431 | Line 1440 | NCLN-N                  0.1493
1440   NGLU-HN                 0.2391
1441   NGLU-O                  -0.5889
1442   NGLU-HA                 0.1202
1443 < NCLN-N                  0.1493
1444 < NCLN-CA                 0.0769
1445 < NCLN-C                  0.6123
1446 < NCLN-HN                 0.1996
1447 < NCLN-O                  -0.5713
1448 < NCLN-HA                 0.1015
1443 > NGLN-N                  0.1493
1444 > NGLN-CA                 0.0769
1445 > NGLN-C                  0.6123
1446 > NGLN-HN                 0.1996
1447 > NGLN-O                  -0.5713
1448 > NGLN-HA                 0.1015
1449   NMET-N                  0.1592
1450   NMET-CA                 0.0429
1451   NMET-C                  0.6123
# Line 2556 | Line 2565 | CT      N       C       O       ImproperCosine 10.5000
2565  
2566  
2567   begin InversionTypes
2568 < CT      N       C       O       ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2569 < CM      NA      C       O       ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2570 < CB      NA      C       O       ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2571 < N*      NA      C       O       ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2572 < CT      O2      C       O2      ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2573 < CA      CA      CA      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2574 < CA      CA      CA      OH      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2575 < CA      CA      CA      HA      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2576 < CN      CA      CA      HA      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2577 < NC      CM      CA      N2      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2578 < CA      CB      CA      HA      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2579 < CB      NC      CA      N2      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2580 < NA      NC      CA      N2      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2581 < N2      N2      CA      N2      ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2582 < CM      CA      CM      HA      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2583 < C       CM      CM      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2584 < C       CM      CM      HA      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2585 < N*      CM      CM      H4      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2586 < NA      CV      CC      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2587 < NA      CW      CC      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2588 < NB      CW      CC      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2589 < CC      NB      CV      H4      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2590 < CC      NA      CW      H4      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2591 < C*      NA      CW      H4      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2592 < NA      NA      CR      H5      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2593 < NB      NA      CR      H5      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2594 < NA      NB      CR      H5      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2595 < CW      CB      C*      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2596 < NB      N*      CK      H5      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2597 < NC      NC      CQ      H5      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2598 < C       CT      N       CT      ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2599 < C       CT      N       H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2600 < C       H       N       H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2601 < C       C       NA      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2602 < C       CA      NA      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2603 < CR      CW      NA      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2604 < CC      CR      NA      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2605 < CW      CN      NA      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2606 < CM      C       N*      CT      ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2607 < CK      CB      N*      CT      ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2608 < CT      CA      N2      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2609 < CA      H       N2      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2568 > C       CT      N       O       AmberImproper   10.500000
2569 > C       CM      NA      O       AmberImproper   10.500000
2570 > C       CB      NA      O       AmberImproper   10.500000
2571 > C       N*      NA      O       AmberImproper   10.500000
2572 > C       CT      O2      O2      AmberImproper   10.500000
2573 > CA      CA      CA      CT      AmberImproper   1.100000
2574 > CA      CA      CA      OH      AmberImproper   1.100000
2575 > CA      CA      CA      HA      AmberImproper   1.100000
2576 > CA      CN      CA      HA      AmberImproper   1.100000
2577 > CA      NC      CM      N2      AmberImproper   1.100000
2578 > CA      CA      CB      HA      AmberImproper   1.100000
2579 > CA      CB      NC      N2      AmberImproper   1.100000
2580 > CA      NA      NC      N2      AmberImproper   1.100000
2581 > CA      N2      N2      N2      AmberImproper   10.500000
2582 > CM      CM      CA      HA      AmberImproper   1.100000
2583 > CM      C       CM      CT      AmberImproper   1.100000
2584 > CM      C       CM      HA      AmberImproper   1.100000
2585 > CM      N*      CM      H4      AmberImproper   1.100000
2586 > CC      NA      CV      CT      AmberImproper   1.100000
2587 > CC      NA      CW      CT      AmberImproper   1.100000
2588 > CC      NB      CW      CT      AmberImproper   1.100000
2589 > CV      CC      NB      H4      AmberImproper   1.100000
2590 > CW      CC      NA      H4      AmberImproper   1.100000
2591 > CW      C*      NA      H4      AmberImproper   1.100000
2592 > CR      NA      NA      H5      AmberImproper   1.100000
2593 > CR      NB      NA      H5      AmberImproper   1.100000
2594 > CR      NA      NB      H5      AmberImproper   1.100000
2595 > C*      CW      CB      CT      AmberImproper   1.100000
2596 > CK      NB      N*      H5      AmberImproper   1.100000
2597 > CQ      NC      NC      H5      AmberImproper   1.100000
2598 > N       C       CT      CT      AmberImproper   1.000000
2599 > N       C       CT      H       AmberImproper   1.000000
2600 > N       C       H       H       AmberImproper   1.000000
2601 > NA      C       C       H       AmberImproper   1.000000
2602 > NA      C       CA      H       AmberImproper   1.000000
2603 > NA      CR      CW      H       AmberImproper   1.000000
2604 > NA      CC      CR      H       AmberImproper   1.000000
2605 > NA      CW      CN      H       AmberImproper   1.000000
2606 > N*      CM      C       CT      AmberImproper   1.000000
2607 > N*      CK      CB      CT      AmberImproper   1.000000
2608 > N2      CT      CA      H       AmberImproper   1.000000
2609 > N2      CA      H       H       AmberImproper   1.000000
2610   end InversionTypes
2611  

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