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root/group/trunk/OOPSE-4/forceFields/newDUFF.frc
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE-4/forceFields/newDUFF.frc (file contents):
Revision 1761 by tim, Fri Nov 19 20:37:11 2004 UTC vs.
Revision 1838 by tim, Thu Dec 2 23:15:04 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < // This is the forcefield file for the Dipolar Unified-atom Force Field (DUFF).
2 <
1 > // This is the forcefield file for the Dipolar Unified-atom Force Field (DUFF)
2   //
3 <
5 < // The sections are divided into AtomTypes, BondTypes, BendTypes,
6 <
7 < // and TorsionTypes.
8 <
3 > // The sections are divided into AtomTypes
4   //
5 <
11 < // Many parameters (but not all) are derived from the TRAPPE force field
12 <
5 > //any parameters (but not all) are derived from the TRAPPE force field
6   // of Siepmann's group.
7 + begin AtomTypes    
8 + //Name          mass     (amu)
9 + CH4             16.05          
10 + CH3             15.04          
11 + CH2             14.03          
12 + CH              13.02          
13 + SSD             18.0153        
14 + HEAD            196            
15 + TB1             14.03          
16 + TE1             15.04          
17 + TB2             21.05          
18 + TE2             22.56          
19 + TB3             28.06          
20 + TE3             30.08  
21 + H               1.00794        
22 + He              4.002602        
23 + C               12.0107        
24 + N               14.00674        
25 + O               15.9994        
26 + F               18.9984032      
27 + Ne              20.1797        
28 + S               32.066          
29 + Cl              35.4527        
30 + Ar              39.948          
31 + Br              79.904          
32 + Kr              83.80          
33 + end AtomTypes
34  
35 + begin DirectionalAtomTypes
36 + //Name          I_xx    I_yy    I_zz    (All moments in (amu*Ang^2)
37 + SSD             1.7696  0.6145  1.1550  
38 + SSD1            1.7696  0.6145  1.1550  
39 + SSD_E           1.7696  0.6145  1.1550  
40 + SSD_RF          1.7696  0.6145  1.1550  
41 + HEAD            1125    1125    250
42 + end DirectionalAtomTypes                    
43 +                        
44 + begin LennardJonesAtomTypes
45 + //Name  epsilon                 sigma  
46 + CH4       0.279                 3.73                                  
47 + CH3       0.185                 3.75                                  
48 + CH2       0.0866                3.95                                          
49 + CH        0.0189                4.68                                        
50 + SSD       0.152                 3.035                                  
51 + HEAD      0.185                 .75                                    
52 + TB1       0.0866                4.0                              
53 + TE1       0.185                 4.0                                  
54 + TB2       0.25                  6.0                                  
55 + TE2       0.5                   6.0                                  
56 + TB3       0.5                   8.0                                  
57 + TE3       0.75                  8.0    
58 + H         0.017090056482        2.81
59 + He        0.020269601874        2.28
60 + C         0.101745452544        3.35
61 + N         0.074123151951        3.31
62 + O         0.122412497592        2.95
63 + F         0.104924997936        2.83
64 + Ne        0.09339914589         2.72
65 + S         0.36366050421         3.52
66 + Cl        0.344781953445        3.35
67 + Ar        0.238068461226        3.41
68 + Br        0.511111921764        3.54
69 + Kr        0.32590340268         3.83                  
70 + end LennardJonesAtomTypes
71  
72 + begin ChargeAtomTypes
73 + end ChargeAtomTypes
74  
75 < begin AtomTypes
75 > begin DipoleAtomTypes
76 > end DipoleAtomTypes
77  
78 < //AtomTypeName  isDirectional   isLJ    isCharge        mass (amu)      epsilon (kcal/mol)      sigma (Ang)     q (e)
79 < CH4             0       1       0       16.05           0.279                           3.73
21 < CH3             0       1       0       15.04           0.185                           3.75
78 > begin StickyAtomTypes
79 > end StickyAtomTypes
80  
23 – CH2             0       1       0       14.03           0.0866                          3.95
81  
25 – CH              0       1       0       13.02           0.0189                          4.68
26 –
27 – SSD             1       1       0       18.0153         0.152                           3.035                  
28 – HEAD            1       1       0       196             0.185                           5.75                    
29 – TB1             0       1       0       14.03           0.0866                          4.0
30 –
31 – TE1             0       1       0       15.04           0.185                           4.0
32 –
33 – TB2             0       1       0       21.05           0.25                            6.0
34 –
35 – TE2             0       1       0       22.56           0.5                             6.0
36 –
37 – TB3             0       1       0       28.06           0.5                             8.0
38 –
39 – TE3             0       1       0       30.08           0.75                            8.0
40 –
41 –
42 –
43 – end AtomTypes
44 –
45 –
82   begin DirectionalAtomType
83   //AtomTypeName  isDipole        isSticky        I_xx (amu*Ang^2)        I_yy    I_zz    dipole (Debye)  w0      v0 (kcal/mol)   v0p     rl (Ang)  ru    rlp     rup
84   SSD             1               1               1.7696                  0.6145  1.1550  2.35            0.07715 3.7284          3.7284  2.75      3.35  2.75    4.0
# Line 51 | Line 87 | begin BondTypes
87  
88   begin BondTypes
89  
90 + //Atom1 Atom2   Fixed
91 + //V_Fixed = 0
92  
93 + //Atom1 Atom2   Harmonic        b0      Kb (kcal/mol)
94 + //V_Harmonic = Kb(b- bo)^2
95 + //Harmonic Examples
96 + HEAD    CH3     Harmonic                2.75            260
97 + HEAD    CH2     Harmonic                2.75            260
98 + HEAD    CH      Harmonic                2.75            260
99 + HEAD    TB1     Harmonic                2.76            260
100 + HEAD    TB2     Harmonic                3.20            260
101 + HEAD    TB3     Harmonic                3.63            260
102 + CH3     CH3     Harmonic                1.526           260
103 + CH3     CH2     Harmonic                1.526           260
104 + CH3     CH      Harmonic                1.526           260
105 + CH2     CH2     Harmonic                1.526           260
106 + CH2     CH      Harmonic                1.526           260
107 + CH      CH      Harmonic                1.526           260
108 + TB1     TB1     Harmonic                1.526           260
109 + TB2     TB2     Harmonic                2.34            260
110 + TB3     TB3     Harmonic                3.12            260
111 + TB1     TE1     Harmonic                1.526           260
112 + TB2     TE2     Harmonic                2.34            260
113 + TB3     TE3     Harmonic                3.12            260
114  
115 < //Atom1 Atom2   FixedBondType
115 > //Atom1 Atom2   Cubic           b0      K3      K2      K1      K0
116 > //V_Cubic = K3(b - b0)^3 + K2(b - b0)^2 + K1(b - b0) + K0
117  
58 – //V_FixedBondType = 0
118  
119 + //Atom1 Atom2   Quartic b0      K4      K3      K2      K1      K0
120 + //V_Quartic = K4(b - b0)^4 + K3(b - b0)^3 + K2(b - b0)^2 + K1(b - b0) + K0
121  
122  
123 < //Atom1 Atom2   HarmonicBondType        b0      Kb (kcal/mol)
123 > //Atom1 Atom2   Polynomial      b0      i       Ki      [j      Kj]
124 > //V_Quartic = Ki(b - b0)^i + Kj(b - b0)^j + ...
125  
64 – //V_HarmonicBondType = Kb(b- bo)^2
126  
127 < //HarmonicBondType Examples
127 > end s
128  
68 – HEAD    CH3     HarmonicBondType                2.75            260
69 –
70 – HEAD    CH2     HarmonicBondType                2.75            260
71 –
72 – HEAD    CH      HarmonicBondType                2.75            260
73 –
74 – HEAD    TB1     HarmonicBondType                2.76            260
75 –
76 – HEAD    TB2     HarmonicBondType                3.20            260
77 –
78 – HEAD    TB3     HarmonicBondType                3.63            260
79 –
80 – CH3     CH3     HarmonicBondType                1.526           260
81 –
82 – CH3     CH2     HarmonicBondType                1.526           260
83 –
84 – CH3     CH      HarmonicBondType                1.526           260
85 –
86 – CH2     CH2     HarmonicBondType                1.526           260
87 –
88 – CH2     CH      HarmonicBondType                1.526           260
89 –
90 – CH      CH      HarmonicBondType                1.526           260
91 –
92 – TB1     TB1     HarmonicBondType                1.526           260
93 –
94 – TB2     TB2     HarmonicBondType                2.34            260
95 –
96 – TB3     TB3     HarmonicBondType                3.12            260
97 –
98 – TB1     TE1     HarmonicBondType                1.526           260
99 –
100 – TB2     TE2     HarmonicBondType                2.34            260
101 –
102 – TB3     TE3     HarmonicBondType                3.12            260
103 –
104 –
105 –
106 – //Atom1 Atom2   CubicBondType           b0      K3      K2      K1      K0
107 –
108 – //V_CubicBondType = K3(b - b0)^3 + K2(b - b0)^2 + K1(b - b0) + K0
109 –
110 –
111 –
112 –
113 –
114 – //Atom1 Atom2   QuadraticBondType       b0      K4      K3      K2      K1      K0
115 –
116 – //V_QuadraticBondType = K4(b - b0)^4 + K3(b - b0)^3 + K2(b - b0)^2 + K1(b - b0) + K0
117 –
118 –
119 –
120 –
121 –
122 – //Atom1 Atom2   PolynomialBondType      b0      i       Ki      [j      Kj]
123 –
124 – //V_QuadraticBondType = Ki(b - b0)^i + Kj(b - b0)^j + ...
125 –
126 –
127 –
128 –
129 –
130 – end BondTypes
131 –
132 –
133 –
129   begin BendTypes
130  
131 <
132 <
133 < //HarmonicBendType
139 <
140 < //Atom1 Atom2   Atom3   HarmonicBendType        Ktheta  Theta0
141 <
142 < //V_HarmonicBendType = Ktheta(Theta - Theta0)^2
143 <
131 > //Harmonic
132 > //Atom1 Atom2   Atom3   Harmonic        Ktheta  Theta0
133 > //V_Harmonic = Ktheta(Theta - Theta0)^2
134   //Ktheta: kcal/mole/rad**2
145 –
135   //Theta0: degrees
136 <
137 < //HarmonicBendType examples
138 <
139 < HEAD    CH2     HEAD    HarmonicBendType        58.84   114.0
140 <
141 < HEAD    CH2     CH3     HarmonicBendType        58.84   114.0
142 <
143 < HEAD    CH2     CH2     HarmonicBendType        58.84   114.0
144 <
145 < HEAD    TB1     TB1     HarmonicBendType        58.84   114.0
146 <
147 < HEAD    TB2     TB2     HarmonicBendType        58.84   114.0
148 <
149 < HEAD    TB3     TB3     HarmonicBendType        58.84   114.0
150 <
151 < HEAD    CH2     CH      HarmonicBendType        58.84   114.0
152 <
153 < HEAD    CH      CH3     HarmonicBendType        58.84   112.0
154 <
155 < HEAD    CH      CH2     HarmonicBendType        58.84   112.0
156 <
157 < HEAD    CH      CH      HarmonicBendType        58.84   112.0
158 <
159 < CH3     CH2     CH3     HarmonicBendType        58.84   114.0
160 <
161 < CH3     CH2     CH2     HarmonicBendType        58.84   114.0
162 <
163 < CH3     CH2     CH      HarmonicBendType        58.84   114.0
164 <
176 < CH3     CH      CH3     HarmonicBendType        58.84   112.0
177 <
178 < CH3     CH      CH2     HarmonicBendType        58.84   112.0
179 <
180 < CH3     CH      CH      HarmonicBendType        58.84   112.0
181 <
182 < CH2     CH2     CH2     HarmonicBendType        58.84   114.0
183 <
184 < CH2     CH2     CH      HarmonicBendType        58.84   114.0
185 <
186 < CH2     CH      CH2     HarmonicBendType        58.84   112.0
187 <
188 < CH2     CH      CH      HarmonicBendType        58.84   112.0
189 <
190 < CH      CH2     CH      HarmonicBendType        58.84   114.0
191 <
192 < CH      CH      CH      HarmonicBendType        58.84   112.0
193 <
194 < TB1     TB1     TB1     HarmonicBendType        58.84   114.0
195 <
196 < TB2     TB2     TB2     HarmonicBendType        58.84   114.0
197 <
198 < TB3     TB3     TB3     HarmonicBendType        58.84   114.0
199 <
200 < TE1     TB1     TB1     HarmonicBendType        58.84   114.0
201 <
202 < TE2     TB2     TB2     HarmonicBendType        58.84   114.0
203 <
204 < TE3     TB3     TB3     HarmonicBendType        58.84   114.0
205 <
206 <
136 > //Harmonic examples
137 > HEAD    CH2     HEAD    Harmonic        58.84   114.0
138 > HEAD    CH2     CH3     Harmonic        58.84   114.0
139 > HEAD    CH2     CH2     Harmonic        58.84   114.0
140 > HEAD    TB1     TB1     Harmonic        58.84   114.0
141 > HEAD    TB2     TB2     Harmonic        58.84   114.0
142 > HEAD    TB3     TB3     Harmonic        58.84   114.0
143 > HEAD    CH2     CH      Harmonic        58.84   114.0
144 > HEAD    CH      CH3     Harmonic        58.84   112.0
145 > HEAD    CH      CH2     Harmonic        58.84   112.0
146 > HEAD    CH      CH      Harmonic        58.84   112.0
147 > CH3     CH2     CH3     Harmonic        58.84   114.0
148 > CH3     CH2     CH2     Harmonic        58.84   114.0
149 > CH3     CH2     CH      Harmonic        58.84   114.0
150 > CH3     CH      CH3     Harmonic        58.84   112.0
151 > CH3     CH      CH2     Harmonic        58.84   112.0
152 > CH3     CH      CH      Harmonic        58.84   112.0
153 > CH2     CH2     CH2     Harmonic        58.84   114.0
154 > CH2     CH2     CH      Harmonic        58.84   114.0
155 > CH2     CH      CH2     Harmonic        58.84   112.0
156 > CH2     CH      CH      Harmonic        58.84   112.0
157 > CH      CH2     CH      Harmonic        58.84   114.0
158 > CH      CH      CH      Harmonic        58.84   112.0
159 > TB1     TB1     TB1     Harmonic        58.84   114.0
160 > TB2     TB2     TB2     Harmonic        58.84   114.0
161 > TB3     TB3     TB3     Harmonic        58.84   114.0
162 > TE1     TB1     TB1     Harmonic        58.84   114.0
163 > TE2     TB2     TB2     Harmonic        58.84   114.0
164 > TE3     TB3     TB3     Harmonic        58.84   114.0
165  
166   //GhostBend
167 <
210 < //Atom1 Atom2   GHOST   GhostBendType   Ktheta  Theta0  
211 <
167 > //Atom1 Atom2   GHOST   GhostBend       Ktheta  Theta0  
168   //Atom2 must be directional atom
169 + //Ghost examples
170 + CH2     HEAD    GHOST   GhostBend       0.00176972      129.783
171 + CH2     HEAD    GHOST   GhostBend       58.84   90.0
172 + TB1     HEAD    GHOST   GhostBend       58.84   90.0
173 + TB2     HEAD    GHOST   GhostBend       58.84   90.0
174 + TB3     HEAD    GHOST   GhostBend       58.84   90.0
175  
176 < //GhostBendType examples
177 <
216 < CH2     HEAD    GHOST   GhostBendType   0.00176972      129.783
217 <
218 < CH2     HEAD    GHOST   GhostBendType   58.84   90.0
219 <
220 < TB1     HEAD    GHOST   GhostBendType   58.84   90.0
221 <
222 < TB2     HEAD    GHOST   GhostBendType   58.84   90.0
223 <
224 < TB3     HEAD    GHOST   GhostBendType   58.84   90.0
225 <
226 <
227 <
228 < //UreyBradleyBend
229 <
230 < //Atom1 Atom2   Atom3   UreyBradleyBend         Ktheta  Theta0  Kub     S0
231 <
176 > //UreyBradley
177 > //Atom1 Atom2   Atom3   UreyBradley             Ktheta  Theta0  Kub     S0
178   //V_UreyBradleyBend = Ktheta(Theta - Theta0)^2 +  Kub(S - S0)^2
233 –
179   //Ktheta: kcal/mole/rad**2
235 –
180   //Theta0: degrees
237 –
181   //Kub: kcal/mole/A**2
239 –
182   //S0: A
183  
184 + //Cubic
185 + //Atom1 Atom2   Atom3   Cubic   Theta0  K3      K2      K1      K0
186 + //V_Cubic = K3(Theta - Theta0)^3 + K2(Theta - Theta0)^2 + K1(Theta - Theta0) + K0
187  
188 + //Quartic
189 + //Atom1 Atom2   Atom3   Quartic Theta0  K4      K3      K2      K1      K0
190 + //V_Quartic = K4(Theta - Theta0)^4 + K3(Theta - Theta0)^3 + K2(Theta - Theta0)^2 + K1(Theta - Theta0) + K0
191  
192 < //CubicBendType
192 > //Polynomial
193 > //Atom1 Atom2   Atom3   Polynomial      Theta0  i       Ki      [j      Kj]
194 > //V_Polynomial = Ki(Theta - Theta0)^i +  Kj(Theta - Theta0)^j + ...
195  
246 – //Atom1 Atom2   Atom3   CubicBendType   Theta0  K3      K2      K1      K0
247 –
248 – //V_CubicBendType = K3(Theta - Theta0)^3 + K2(Theta - Theta0)^2 + K1(Theta - Theta0) + K0
249 –
250 –
251 –
252 – //QuadraticBendType
253 –
254 – //Atom1 Atom2   Atom3   QuadraticBendType       Theta0  K4      K3      K2      K1      K0
255 –
256 – //V_QuadraticBendType = K4(Theta - Theta0)^4 + K3(Theta - Theta0)^3 + K2(Theta - Theta0)^2 + K1(Theta - Theta0) + K0
257 –
258 –
259 –
260 – //PolynomialBendType
261 –
262 – //Atom1 Atom2   Atom3   PolynomialBendType      Theta0  i       Ki      [j      Kj]
263 –
264 – //V_PolynomialBendType = Ki(Theta - Theta0)^i +  Kj(Theta - Theta0)^j + ...
265 –
266 –
267 –
196   end BendTypes
197  
270 –
271 –
198   begin TorsionTypes
199  
200 + //Cubic
201 + //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   Cubic           k3              k2              k1              k0  ( all are kcal/mol )
202 + //V_Cubic = k3(cos phi)^3 + k2(cos phi)^2 + k1(cos phi) + k0
203 + //Cubic Examples
204 + HEAD    CH2     CH2     HEAD    Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
205 + HEAD    CH2     CH      HEAD    Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
206 + HEAD    CH      CH      HEAD    Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
207 + HEAD    CH2     CH2     CH3     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
208 + HEAD    CH2     CH      CH3     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
209 + HEAD    CH      CH2     CH3     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
210 + HEAD    CH      CH      CH3     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
211 + HEAD    CH2     CH2     CH2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
212 + HEAD    CH2     CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
213 + HEAD    CH      CH2     CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
214 + HEAD    CH      CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
215 + HEAD    CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
216 + HEAD    CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
217 + HEAD    CH      CH2     CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
218 + HEAD    CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
219 + HEAD    TB1     TB1     TB1     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
220 + HEAD    TB2     TB2     TB2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
221 + HEAD    TB3     TB3     TB3     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
222 + CH3     CH2     CH2     CH3     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
223 + CH3     CH2     CH      CH3     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
224 + CH3     CH      CH      CH3     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
225 + CH3     CH2     CH2     CH2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
226 + CH3     CH2     CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
227 + CH3     CH      CH2     CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
228 + CH3     CH      CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
229 + CH3     CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
230 + CH3     CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
231 + CH3     CH      CH2     CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
232 + CH3     CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
233 + CH2     CH2     CH2     CH2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
234 + CH2     CH2     CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
235 + CH2     CH      CH      CH2     Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
236 + CH2     CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
237 + CH2     CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
238 + CH2     CH      CH2     CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
239 + CH2     CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
240 + CH      CH2     CH2     CH      Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
241 + CH      CH2     CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
242 + CH      CH      CH      CH      Cubic           3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
243 + TB1     TB1     TB1     TB1     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
244 + TB2     TB2     TB2     TB2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
245 + TB3     TB3     TB3     TB3     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
246 + TE1     TB1     TB1     TB1     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
247 + TE2     TB2     TB2     TB2     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
248 + TE3     TB3     TB3     TB3     Cubic           5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
249  
250 <
251 < //CubicTorsionType
252 <
278 < //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   CubicTorsionType                k3              k2              k1              k0  ( all are kcal/mol )
279 <
280 < //V_CubicTorsionType = k3(cos phi)^3 + k2(cos phi)^2 + k1(cos phi) + k0
281 <
282 < //CubicTorsionType Examples
283 <
284 < HEAD    CH2     CH2     HEAD    CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
285 <
286 < HEAD    CH2     CH      HEAD    CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
287 <
288 < HEAD    CH      CH      HEAD    CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
289 <
290 < HEAD    CH2     CH2     CH3     CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
291 <
292 < HEAD    CH2     CH      CH3     CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
293 <
294 < HEAD    CH      CH2     CH3     CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
295 <
296 < HEAD    CH      CH      CH3     CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
297 <
298 < HEAD    CH2     CH2     CH2     CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
299 <
300 < HEAD    CH2     CH      CH2     CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
301 <
302 < HEAD    CH      CH2     CH2     CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
303 <
304 < HEAD    CH      CH      CH2     CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
305 <
306 < HEAD    CH2     CH2     CH      CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
307 <
308 < HEAD    CH2     CH      CH      CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
309 <
310 < HEAD    CH      CH2     CH      CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
311 <
312 < HEAD    CH      CH      CH      CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
313 <
314 < HEAD    TB1     TB1     TB1     CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
315 <
316 < HEAD    TB2     TB2     TB2     CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
317 <
318 < HEAD    TB3     TB3     TB3     CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
319 <
320 < CH3     CH2     CH2     CH3     CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
321 <
322 < CH3     CH2     CH      CH3     CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
323 <
324 < CH3     CH      CH      CH3     CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
325 <
326 < CH3     CH2     CH2     CH2     CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
327 <
328 < CH3     CH2     CH      CH2     CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
329 <
330 < CH3     CH      CH2     CH2     CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
331 <
332 < CH3     CH      CH      CH2     CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
333 <
334 < CH3     CH2     CH2     CH      CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
335 <
336 < CH3     CH2     CH      CH      CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
337 <
338 < CH3     CH      CH2     CH      CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
339 <
340 < CH3     CH      CH      CH      CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
341 <
342 < CH2     CH2     CH2     CH2     CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
343 <
344 < CH2     CH2     CH      CH2     CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
345 <
346 < CH2     CH      CH      CH2     CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
347 <
348 < CH2     CH2     CH2     CH      CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
349 <
350 < CH2     CH2     CH      CH      CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
351 <
352 < CH2     CH      CH2     CH      CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
353 <
354 < CH2     CH      CH      CH      CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
355 <
356 < CH      CH2     CH2     CH      CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
357 <
358 < CH      CH2     CH      CH      CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
359 <
360 < CH      CH      CH      CH      CubicTorsionType                3.3254          -0.4215         -1.686          1.1661
361 <
362 < TB1     TB1     TB1     TB1     CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
363 <
364 < TB2     TB2     TB2     TB2     CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
365 <
366 < TB3     TB3     TB3     TB3     CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
367 <
368 < TE1     TB1     TB1     TB1     CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
369 <
370 < TE2     TB2     TB2     TB2     CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
371 <
372 < TE3     TB3     TB3     TB3     CubicTorsionType                5.9602          -0.2568         -3.802          2.1586
373 <
374 <
375 <
376 < //CharmmTorsionType
377 <
378 < //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   CharmmTorsionType               Kchi            n               delta           [Kchi           n               delta]
379 <
380 < //V_CharmmTorsionType =  Kchi(1 + cos(n(chi) - delta))
381 <
250 > //Charmm
251 > //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   Charmm          Kchi            n               delta           [Kchi           n               delta]
252 > //V_Charmm =  Kchi(1 + cos(n(chi) - delta))
253   //Kchi: kcal/mole
383 –
254   //n: multiplicity
385 –
255   //delta: degrees
256 + //in some cases, a Charmm may have two or three terms. If n is equal to 0, it falls back to harmonic form
257  
258 < //in some cases, a CharmmTorsionType may have two or three terms. If n is equal to 0, it falls back to harmonic form
258 > //Quartic
259 > //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   Quartic         k4              k3              k2              k1              k0  ( all are kcal/mol )
260 > //V_Quartic = k4(cos phi)^4 + k3(cos phi)^3 + k2(cos phi)^2 + k1(cos phi) + k0
261  
262 + //Polynomial
263 + //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   Polynomial      i       Ki      [j      Kj]
264 + //VPolynomial = Ki (cos phi)^i + ... + Kj (cos phi)^j
265  
391 –
392 – //QuadraticTorsionType
393 –
394 – //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   QuadraticTorsionType            k4              k3              k2              k1              k0  ( all are kcal/mol )
395 –
396 – //V_QuadraticTorsionType = k4(cos phi)^4 + k3(cos phi)^3 + k2(cos phi)^2 + k1(cos phi) + k0
397 –
398 –
399 –
400 – //PolynomialTorsionType
401 –
402 – //Atom1 Atom2   Atom3   Atom4   PolynomialTorsionType   i       Ki      [j      Kj]
403 –
404 – //VPolynomialTorsionType = Ki (cos phi)^i + ... + Kj (cos phi)^j
405 –
406 –
407 –
266   end TorsionTypes

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> Changed lines