[ViewVC] Diff of: group/trunk/OOPSE-4/samples/metals/minimizer/thiols.md

Comparing trunk/OOPSE-4/samples/metals/minimizer/thiols.md (file contents):
Revision 3408 by chuckv, Thu Jun 5 15:54:47 2008 UTC vs.
Revision 3409 by chuckv, Fri Jun 6 15:55:54 2008 UTC

-+
+#ifndef __ALKANES_MD__
-+
+#define __ALKANES_MD__
-+
+molecule{
+  name = "S";
+    position( 0.0, 0.0, 0.0 );
-–
-+
+molecule{
-+
-+
+  name = "Butanethiol";
-+
-+
-+
+  atom[0]{
-+
+    type = "S";
-+
+    position( -0.626, 1.407, 0.0 );
-+
+  }
-+
-+
+  atom[1]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, 0.0, 0.0 );
-+
+  }
-+
-+
+  atom[2]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 1.54, 0.0, 0.0 );
-+
+  }
-+
-+
+  atom[3]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 2.166, -1.407, 0.0 );
-+
+  }
-+
-+
+  atom[4]{
-+
+    type = "CH3";
-+
+    position( 3.706, -1.407, 0.0 );
-+
+  }
-+
-+
-+
-+
-+
+  bond{
-+
+    members( 0, 1 );
-+
+  }
-+
-+
+  bond{
-+
+    members( 1, 2 );
-+
+  }
-+
-+
+  bond{
-+
+    members( 2, 3 );
-+
+  }
-+
-+
+  bond{
-+
+    members( 3, 4 );
-+
+  }
-+
-+
-+
+  bend{
-+
+    members( 0, 1, 2 );
-+
+  }
-+
-+
+  bend{
-+
+    members( 1, 2, 3 );
-+
+  }
-+
-+
+  bend{
-+
+    members( 2, 3, 4 );
-+
+  }
-+
-+
-+
+  torsion{
-+
+    members( 0, 1, 2, 3 );
-+
+  }
-+
-+
+  torsion{
-+
+    members( 1, 2, 3, 4 );
-+
+  }
-+
+}
-+
-+
+#endif

-–
+Removed lines
-+
+Added lines
-<
+Changed lines
->
+Changed lines