[ViewVC] Diff of: group/trunk/OOPSE-4/samples/water/ssdrf/water.md

Comparing trunk/OOPSE-4/samples/water/ssdrf/water.md (file contents):
Revision 2489 by tim, Tue Dec 6 16:49:59 2005 UTC vs.
Revision 2777 by chrisfen, Thu May 25 21:40:57 2006 UTC

+molecule{
-–
+  name = "PAIR";
-–
-–
+  atom[0]{
-–
+    type = "Pchg+";
-–
+    position(0.0, 1, 1.0);
-–
+  }
-–
+  atom[1]{
-–
+    type = "Pchg+";
-–
+    position(0.0, -1, 1.0);
-–
+  }
-–
+  atom[2]{
-–
+    type = "Pchg-";
-–
+    position(0.0, 0.0, -1.0);
-–
+  }
-–
-–
-–
+  rigidBody[0]{
-–
-–
+    members(0, 1, 2);
-–
+  }
-–
-–
-–
+  cutoffGroup{
-–
-–
+    members(0, 1, 2);
-–
+  }
-–
+}
-–
-–
+molecule{
-–
+  name = "PDIP";
-–
-–
+  atom[0]{
-–
+    type = "PDIP";
-–
+    position( 0.0, 0.0, 0.0 );
-–
+    orientation( 0.0, 0.0, 0.0 );
-–
+  }
-–
+}
-–
-–
+molecule{
+  name = "SSD_E";
+  atom[0]{
+molecule{
-+
+  name = "TIP5P-E";
-+
-+
+  atom[0]{
-+
+    type = "O_TIP5P-E";
-+
+    position( 0.0, 0.0, -0.06556 );
-+
+  }
-+
+  atom[1]{
-+
+    type = "H_TIP5P";
-+
+    position( 0.0, 0.75695, 0.52032 );
-+
+  }
-+
+  atom[2]{
-+
+    type = "H_TIP5P";
-+
+    position( 0.0, -0.75695, 0.52032 );
-+
+  }
-+
+  atom[3]{
-+
+    type = "EP_TIP5P";
-+
+    position( 0.57154, 0.0, -0.46971 );
-+
+  }
-+
+  atom[4]{
-+
+    type = "EP_TIP5P";
-+
+    position( -0.57154, 0.0, -0.46971 );
-+
+  }
-+
-+
+  rigidBody[0]{
-+
-+
+    members(0, 1, 2, 3, 4);
-+
+  }
-+
-+
-+
+  cutoffGroup{
-+
-+
+    members(0, 1, 2, 3, 4);
-+
+  }
-+
+}
-+
-+
+molecule{
+  name = "SPCE";
+  atom[0]{

-–
+Removed lines
-+
+Added lines
-<
+Changed lines
->
+Changed lines