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root/group/trunk/OOPSE-4/src/UseTheForce/ForceField.hpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE-4/src/UseTheForce/ForceField.hpp (file contents):
Revision 2172 by tim, Tue Apr 12 18:30:37 2005 UTC vs.
Revision 2204 by gezelter, Fri Apr 15 22:04:00 2005 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < /*
1 > /*
2   * Copyright (c) 2005 The University of Notre Dame. All Rights Reserved.
3   *
4   * The University of Notre Dame grants you ("Licensee") a
# Line 39 | Line 39
39   * such damages.
40   */
41  
42 < /**
43 <  * @file ForceField.hpp
44 <  * @author tlin
45 <  * @date 11/04/2004
46 <  * @time 22:51am
47 <  * @version 1.0
48 <  */
42 > /**
43 > * @file ForceField.hpp
44 > * @author tlin
45 > * @date 11/04/2004
46 > * @time 22:51am
47 > * @version 1.0
48 > */
49    
50   #ifndef USETHEFORCE_FORCEFIELD_HPP
51   #define USETHEFORCE_FORCEFIELD_HPP
# Line 65 | Line 65 | namespace oopse {
65  
66   namespace oopse {
67  
68 < /**
69 < * @class ForceField ForceField.hpp ''UseTheForce/ForceField.hpp"
70 < * @brief
71 < */
72 < class ForceField{
68 >  /**
69 >   * @class ForceField ForceField.hpp ''UseTheForce/ForceField.hpp"
70 >   * @brief
71 >   */
72 >  class ForceField{
73  
74 <    public:
74 >  public:
75  
76 <        typedef TypeContainer<AtomType, 1> AtomTypeContainer;
77 <        typedef TypeContainer<BondType, 2> BondTypeContainer;
78 <        typedef TypeContainer<BendType, 3> BendTypeContainer;
79 <        typedef TypeContainer<TorsionType, 4> TorsionTypeContainer;
76 >    typedef TypeContainer<AtomType, 1> AtomTypeContainer;
77 >    typedef TypeContainer<BondType, 2> BondTypeContainer;
78 >    typedef TypeContainer<BendType, 3> BendTypeContainer;
79 >    typedef TypeContainer<TorsionType, 4> TorsionTypeContainer;
80          
81 <        ForceField();
81 >    ForceField();
82  
83 <        virtual ~ForceField();
83 >    virtual ~ForceField();
84  
85 <        std::string getForceFieldFileName() {
86 <            return forceFieldFileName_;
87 <        }
85 >    std::string getForceFieldFileName() {
86 >      return forceFieldFileName_;
87 >    }
88  
89 <        void setForceFieldFileName(const std::string& filename) {
90 <            forceFieldFileName_ = filename;
91 <        }
89 >    void setForceFieldFileName(const std::string& filename) {
90 >      forceFieldFileName_ = filename;
91 >    }
92          
93 <        virtual void parse(const std::string& filename) = 0;  
93 >    virtual void parse(const std::string& filename) = 0;  
94  
95 <        AtomType* getAtomType(const std::string &at);
96 <        BondType* getBondType(const std::string &at1, const std::string &at2);
97 <        BendType* getBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
98 <                                    const std::string &at3);
99 <        TorsionType* getTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
100 <                                          const std::string &at3, const std::string &at4);
95 >    AtomType* getAtomType(const std::string &at);
96 >    BondType* getBondType(const std::string &at1, const std::string &at2);
97 >    BendType* getBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
98 >                          const std::string &at3);
99 >    TorsionType* getTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
100 >                                const std::string &at3, const std::string &at4);
101  
102 <        BondType* getExactBondType(const std::string &at1, const std::string &at2);
103 <        BendType* getExactBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
104 <                                    const std::string &at3);
105 <        TorsionType* getExactTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
106 <                                          const std::string &at3, const std::string &at4);
102 >    BondType* getExactBondType(const std::string &at1, const std::string &at2);
103 >    BendType* getExactBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
104 >                               const std::string &at3);
105 >    TorsionType* getExactTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
106 >                                     const std::string &at3, const std::string &at4);
107  
108  
109 <        //avoid make virtual function public
110 <        //Herb Sutter and Andrei Alexandrescu, C++ coding Standards, Addision-Wesley
111 <        virtual double getRcutFromAtomType(AtomType* at);
109 >    //avoid make virtual function public
110 >    //Herb Sutter and Andrei Alexandrescu, C++ coding Standards, Addision-Wesley
111 >    virtual double getRcutFromAtomType(AtomType* at);
112  
113 <        std::string getWildCard() {
114 <            return wildCardAtomTypeName_;
115 <        }
113 >    std::string getWildCard() {
114 >      return wildCardAtomTypeName_;
115 >    }
116  
117 <        void setWildCard(const std::string& wildCard) {
118 <            wildCardAtomTypeName_ = wildCard;
119 <        }
117 >    void setWildCard(const std::string& wildCard) {
118 >      wildCardAtomTypeName_ = wildCard;
119 >    }
120  
121  
122 <        unsigned int getNAtomType() {
123 <            return atomTypeCont_.size();
124 <        }
122 >    unsigned int getNAtomType() {
123 >      return atomTypeCont_.size();
124 >    }
125          
126 <        bool addAtomType(const std::string &at, AtomType* atomType);
126 >    bool addAtomType(const std::string &at, AtomType* atomType);
127  
128 <        bool addBondType(const std::string &at1, const std::string &at2, BondType* bondType);
128 >    bool addBondType(const std::string &at1, const std::string &at2, BondType* bondType);
129  
130 <        bool addBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
131 <                                    const std::string &at3, BendType* bendType);
130 >    bool addBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
131 >                     const std::string &at3, BendType* bendType);
132  
133 <        bool addTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
134 <                                          const std::string &at3, const std::string &at4, TorsionType* torsionType);
133 >    bool addTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
134 >                        const std::string &at3, const std::string &at4, TorsionType* torsionType);
135  
136 <        ifstrstream* openForceFieldFile(const std::string& filename);
136 >    ifstrstream* openForceFieldFile(const std::string& filename);
137  
138 <    protected:
138 >  protected:
139  
140 <        AtomTypeContainer atomTypeCont_;    
141 <        BondTypeContainer bondTypeCont_;
142 <        BendTypeContainer bendTypeCont_;
143 <        TorsionTypeContainer torsionTypeCont_;
140 >    AtomTypeContainer atomTypeCont_;    
141 >    BondTypeContainer bondTypeCont_;
142 >    BendTypeContainer bendTypeCont_;
143 >    TorsionTypeContainer torsionTypeCont_;
144          
145 <    private:  
146 <        std::string ffPath_;
145 >  private:  
146 >    std::string ffPath_;
147  
148 <        std::string wildCardAtomTypeName_;
148 >    std::string wildCardAtomTypeName_;
149  
150 <        std::string forceFieldFileName_;
151 < };
150 >    std::string forceFieldFileName_;
151 >  };
152  
153  
154   }//end namespace oopse

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