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root/group/trunk/OOPSE-4/src/UseTheForce/ForceField.hpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE-4/src/UseTheForce/ForceField.hpp (file contents):
Revision 3429 by gezelter, Tue Jul 1 13:28:23 2008 UTC vs.
Revision 3430 by cli2, Fri Jul 4 20:54:29 2008 UTC

# Line 63 | Line 63
63   #include "types/BondType.hpp"
64   #include "types/BendType.hpp"
65   #include "types/TorsionType.hpp"
66 + #include "types/InversionType.hpp"
67   #include "types/NonBondedInteractionType.hpp"
68   #include "UseTheForce/fForceOptions.h"
69   namespace oopse {
# Line 79 | Line 80 | namespace oopse {
80      typedef TypeContainer<BondType, 2> BondTypeContainer;
81      typedef TypeContainer<BendType, 3> BendTypeContainer;
82      typedef TypeContainer<TorsionType, 4> TorsionTypeContainer;
83 <                typedef TypeContainer<NonBondedInteractionType, 2> NonBondedInteractionTypeContainer;
84 <        
83 >    typedef TypeContainer<InversionType, 4> InversionTypeContainer;
84 >    typedef TypeContainer<NonBondedInteractionType, 2> NonBondedInteractionTypeContainer;
85 >    
86      ForceField();
87 <
87 >    
88      virtual ~ForceField();
89  
90      std::string getForceFieldFileName() {
# Line 101 | Line 103 | namespace oopse {
103                            const std::string &at3);
104      TorsionType* getTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
105                                  const std::string &at3, const std::string &at4);
106 <                NonBondedInteractionType* getNonBondedInteractionType(const std::string &at1, const std::string &at2);
107 <                                                                                                                        
106 >    InversionType* getInversionType(const std::string &at1,
107 >                                    const std::string &at2,
108 >                                    const std::string &at3,
109 >                                    const std::string &at4);
110 >    NonBondedInteractionType* getNonBondedInteractionType(const std::string &at1, const std::string &at2);
111 >    
112      BondType* getExactBondType(const std::string &at1, const std::string &at2);
113      BendType* getExactBendType(const std::string &at1, const std::string &at2,
114                                 const std::string &at3);
# Line 110 | Line 116 | namespace oopse {
116                                       const std::string &at2,
117                                       const std::string &at3,
118                                       const std::string &at4);
119 <                NonBondedInteractionType* getExactNonBondedInteractionType(const std::string &at1, const std::string &at2);
120 <
121 <
119 >    InversionType* getExactInversionType(const std::string &at1,
120 >                                         const std::string &at2,
121 >                                         const std::string &at3,
122 >                                         const std::string &at4);
123 >    NonBondedInteractionType* getExactNonBondedInteractionType(const std::string &at1, const std::string &at2);
124 >    
125 >    
126      //avoid make virtual function public
127      //Herb Sutter and Andrei Alexandrescu, C++ coding Standards, Addision-Wesley
128      virtual RealType getRcutFromAtomType(AtomType* at);
129 <
129 >    
130      std::string getWildCard() {
131        return wildCardAtomTypeName_;
132      }
133 <
133 >    
134      void setWildCard(const std::string& wildCard) {
135        wildCardAtomTypeName_ = wildCard;
136      }
137 <
128 <
137 >    
138      unsigned int getNAtomType() {
139        return atomTypeCont_.size();
140      }
# Line 139 | Line 148 | namespace oopse {
148                       const std::string &at3, BendType* bendType);
149  
150      bool addTorsionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
151 <                        const std::string &at3, const std::string &at4, TorsionType* torsionType);
151 >                        const std::string &at3, const std::string &at4,
152 >                        TorsionType* torsionType);
153  
154 <    bool addNonBondedInteractionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
155 <                        NonBondedInteractionType* nbiType);
156 <
154 >    bool addInversionType(const std::string &at1, const std::string &at2,
155 >                          const std::string &at3, const std::string &at4,
156 >                          InversionType* inversionType);
157 >    
158 >    bool addNonBondedInteractionType(const std::string &at1,
159 >                                     const std::string &at2,
160 >                                     NonBondedInteractionType* nbiType);
161 >    
162      ifstrstream* openForceFieldFile(const std::string& filename);
163 <
163 >    
164      ForceFieldOptions& getForceFieldOptions() {return forceFieldOptions_;}
165  
166      void setFortranForceOptions(void);
# Line 157 | Line 172 | namespace oopse {
172      BondTypeContainer bondTypeCont_;
173      BendTypeContainer bendTypeCont_;
174      TorsionTypeContainer torsionTypeCont_;
175 +    InversionTypeContainer inversionTypeCont_;
176      NonBondedInteractionTypeContainer nonBondedInteractionTypeCont_;
177      ForceFieldOptions forceFieldOptions_;
178      
179    private:  
180      std::string ffPath_;
181 <
181 >    
182      std::string wildCardAtomTypeName_;
183 <
184 <    std::string forceFieldFileName_;
185 <
170 <
183 >    
184 >    std::string forceFieldFileName_;    
185 >    
186    };
187   }//end namespace oopse
188   #endif

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