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root/group/trunk/OOPSE-4/src/primitives/Bond.hpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE-4/src/primitives/Bond.hpp (file contents):
Revision 2187 by tim, Wed Apr 13 18:41:17 2005 UTC vs.
Revision 2204 by gezelter, Fri Apr 15 22:04:00 2005 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < /*
1 > /*
2   * Copyright (c) 2005 The University of Notre Dame. All Rights Reserved.
3   *
4   * The University of Notre Dame grants you ("Licensee") a
# Line 55 | Line 55 | class Bond {
55  
56   namespace oopse {
57  
58 < class Bond {
59 <    public:
60 <        Bond(Atom* atom1, Atom* atom2, BondType* bt) : atom1_(atom1), atom2_(atom2), bondType_(bt) {}
61 <        virtual ~Bond() {}
62 <        void calcForce() {
63 <            double len;
64 <            double dvdr;
65 <            Vector3d r12;
66 <            Vector3d force;
58 >  class Bond {
59 >  public:
60 >    Bond(Atom* atom1, Atom* atom2, BondType* bt) : atom1_(atom1), atom2_(atom2), bondType_(bt) {}
61 >    virtual ~Bond() {}
62 >    void calcForce() {
63 >      double len;
64 >      double dvdr;
65 >      Vector3d r12;
66 >      Vector3d force;
67  
68 <            r12 = atom2_->getPos() - atom1_->getPos();
69 <            len = r12.length();            
70 <            bondType_->calcForce(len,  potential_, dvdr);
68 >      r12 = atom2_->getPos() - atom1_->getPos();
69 >      len = r12.length();            
70 >      bondType_->calcForce(len,  potential_, dvdr);
71  
72 <            force = r12 * (-dvdr / len);
72 >      force = r12 * (-dvdr / len);
73              
74 <            atom1_->addFrc(-force);
75 <            atom2_->addFrc(force);
76 <       }
74 >      atom1_->addFrc(-force);
75 >      atom2_->addFrc(force);
76 >    }
77          
78 <        double getPotential() {
79 <            return potential_;
80 <        }
78 >    double getPotential() {
79 >      return potential_;
80 >    }
81  
82 <        Atom* getAtomA() {
83 <            return atom1_;
84 <        }
82 >    Atom* getAtomA() {
83 >      return atom1_;
84 >    }
85  
86 <        Atom* getAtomB() {
87 <            return atom2_;
88 <        }
86 >    Atom* getAtomB() {
87 >      return atom2_;
88 >    }
89  
90 <        BondType* getBondType() {
91 <            return bondType_;
92 <        }
90 >    BondType* getBondType() {
91 >      return bondType_;
92 >    }
93          
94 <    private:
95 <        double potential_;
96 <        Atom* atom1_;
97 <        Atom* atom2_;        
98 <        BondType* bondType_; /**< bond type */
94 >  private:
95 >    double potential_;
96 >    Atom* atom1_;
97 >    Atom* atom2_;        
98 >    BondType* bondType_; /**< bond type */
99  
100 < };    
100 >  };    
101  
102  
103  

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines