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root/group/trunk/OOPSE-4/src/selection/SelectionCompiler.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE-4/src/selection/SelectionCompiler.cpp (file contents):
Revision 2147 by tim, Tue Apr 5 23:09:48 2005 UTC vs.
Revision 2204 by gezelter, Fri Apr 15 22:04:00 2005 UTC

# Line 43 | Line 43 | bool SelectionCompiler::compile(const std::string& fil
43   #include "utils/StringUtils.hpp"
44   namespace oopse {
45  
46 < bool SelectionCompiler::compile(const std::string& filename, const std::string& script) {
46 >  bool SelectionCompiler::compile(const std::string& filename, const std::string& script) {
47  
48      this->filename = filename;
49      this->script = script;
# Line 52 | Line 52 | bool SelectionCompiler::compile(const std::string& fil
52      aatokenCompiled.clear();
53          
54      if (internalCompile()) {
55 <        return true;
55 >      return true;
56      }
57      
58      int icharEnd;
59      if ((icharEnd = script.find('\r', ichCurrentCommand)) == std::string::npos &&
60          (icharEnd = script.find('\n', ichCurrentCommand)) == std::string::npos) {
61 <        icharEnd = script.size();
61 >      icharEnd = script.size();
62      }
63      errorLine = script.substr(ichCurrentCommand, icharEnd);
64      return false;
65 < }
65 >  }
66  
67 < bool SelectionCompiler::internalCompile(){
67 >  bool SelectionCompiler::internalCompile(){
68  
69      cchScript = script.size();
70      ichToken = 0;
# Line 80 | Line 80 | bool SelectionCompiler::internalCompile(){
80      int tokCommand = Token::nada;
81  
82      for ( ; true; ichToken += cchToken) {
83 <        if (lookingAtLeadingWhitespace())
84 <            continue;
85 <        //if (lookingAtComment())
86 <        //    continue;
87 <        bool endOfLine = lookingAtEndOfLine();
88 <        if (endOfLine || lookingAtEndOfStatement()) {
89 <            if (tokCommand != Token::nada) {
90 <                if (! compileCommand(ltoken)) {
91 <                    return false;
92 <                }
93 <                aatokenCompiled.push_back(atokenCommand);
94 <                lineNumbers.push_back(lineCurrent);
95 <                lineIndices.push_back(ichCurrentCommand);
96 <                ltoken.clear();
97 <                tokCommand = Token::nada;
98 <            }
83 >      if (lookingAtLeadingWhitespace())
84 >        continue;
85 >      //if (lookingAtComment())
86 >      //    continue;
87 >      bool endOfLine = lookingAtEndOfLine();
88 >      if (endOfLine || lookingAtEndOfStatement()) {
89 >        if (tokCommand != Token::nada) {
90 >          if (! compileCommand(ltoken)) {
91 >            return false;
92 >          }
93 >          aatokenCompiled.push_back(atokenCommand);
94 >          lineNumbers.push_back(lineCurrent);
95 >          lineIndices.push_back(ichCurrentCommand);
96 >          ltoken.clear();
97 >          tokCommand = Token::nada;
98 >        }
99              
100 <            if (ichToken < cchScript) {
101 <                if (endOfLine)
102 <                    ++lineCurrent;
103 <              continue;
104 <            }
105 <            break;
106 <        }
100 >        if (ichToken < cchScript) {
101 >          if (endOfLine)
102 >            ++lineCurrent;
103 >          continue;
104 >        }
105 >        break;
106 >      }
107  
108 <        if (tokCommand != Token::nada) {
109 <            if (lookingAtString()) {
110 <                std::string str = getUnescapedStringLiteral();
111 <                ltoken.push_back(Token(Token::string, str));
112 <                continue;
113 <            }
114 <            //if ((tokCommand & Token::specialstring) != 0 &&
115 <            //    lookingAtSpecialString()) {
116 <            //    std::string str = script.substr(ichToken, ichToken + cchToken);
117 <            //    ltoken.push_back(Token(Token::string, str));
118 <            //    continue;
119 <            //}
120 <            if (lookingAtDecimal((tokCommand & Token::negnums) != 0)) {
121 <                float value = lexi_cast<float>(script.substr(ichToken, cchToken));        
122 <                ltoken.push_back(Token(Token::decimal, boost::any(value)));
123 <                continue;
124 <            }
125 <            if (lookingAtInteger((tokCommand & Token::negnums) != 0)) {
108 >      if (tokCommand != Token::nada) {
109 >        if (lookingAtString()) {
110 >          std::string str = getUnescapedStringLiteral();
111 >          ltoken.push_back(Token(Token::string, str));
112 >          continue;
113 >        }
114 >        //if ((tokCommand & Token::specialstring) != 0 &&
115 >        //    lookingAtSpecialString()) {
116 >        //    std::string str = script.substr(ichToken, ichToken + cchToken);
117 >        //    ltoken.push_back(Token(Token::string, str));
118 >        //    continue;
119 >        //}
120 >        if (lookingAtDecimal((tokCommand & Token::negnums) != 0)) {
121 >          float value = lexi_cast<float>(script.substr(ichToken, cchToken));        
122 >          ltoken.push_back(Token(Token::decimal, boost::any(value)));
123 >          continue;
124 >        }
125 >        if (lookingAtInteger((tokCommand & Token::negnums) != 0)) {
126  
127 <                int val = lexi_cast<int>(script.substr(ichToken, cchToken));
128 <                ltoken.push_back(Token(Token::integer,   boost::any(val)));
129 <                continue;
130 <            }
131 <        }
127 >          int val = lexi_cast<int>(script.substr(ichToken, cchToken));
128 >          ltoken.push_back(Token(Token::integer,   boost::any(val)));
129 >          continue;
130 >        }
131 >      }
132        
133 <        if (lookingAtLookupToken()) {
134 <            std::string ident = script.substr(ichToken, cchToken);
135 <            Token token;            
136 <            Token* pToken = TokenMap::getInstance()->getToken(ident);
137 <            if (pToken != NULL) {
138 <                token = *pToken;
139 <            } else {
140 <                token = Token(Token::identifier, ident);
141 <            }
133 >      if (lookingAtLookupToken()) {
134 >        std::string ident = script.substr(ichToken, cchToken);
135 >        Token token;            
136 >        Token* pToken = TokenMap::getInstance()->getToken(ident);
137 >        if (pToken != NULL) {
138 >          token = *pToken;
139 >        } else {
140 >          token = Token(Token::identifier, ident);
141 >        }
142              
143 <            int tok = token.tok;
143 >        int tok = token.tok;
144              
145 <            switch (tokCommand) {
146 <                case Token::nada:
147 <                    ichCurrentCommand = ichToken;
148 <                    //tokenCommand = token;
149 <                    tokCommand = tok;
150 <                    if ((tokCommand & Token::command) == 0)
151 <                    return commandExpected();
152 <                    break;
145 >        switch (tokCommand) {
146 >        case Token::nada:
147 >          ichCurrentCommand = ichToken;
148 >          //tokenCommand = token;
149 >          tokCommand = tok;
150 >          if ((tokCommand & Token::command) == 0)
151 >            return commandExpected();
152 >          break;
153  
154 <                case Token::define:
155 <                    if (ltoken.size() == 1) {
156 <                        // we are looking at the variable name
157 <                        if (tok != Token::identifier &&
158 <                        (tok & Token::predefinedset) != Token::predefinedset)
159 <                        return invalidExpressionToken(ident);
160 <                    } else {
161 <                    // we are looking at the expression
162 <                    if (tok != Token::identifier &&
163 <                        (tok & (Token::expression | Token::predefinedset)) == 0)
164 <                        return invalidExpressionToken(ident);
165 <                    }
154 >        case Token::define:
155 >          if (ltoken.size() == 1) {
156 >            // we are looking at the variable name
157 >            if (tok != Token::identifier &&
158 >                (tok & Token::predefinedset) != Token::predefinedset)
159 >              return invalidExpressionToken(ident);
160 >          } else {
161 >            // we are looking at the expression
162 >            if (tok != Token::identifier &&
163 >                (tok & (Token::expression | Token::predefinedset)) == 0)
164 >              return invalidExpressionToken(ident);
165 >          }
166                      
167 <                    break;
167 >          break;
168  
169 <                case Token::select:
170 <                    if (tok != Token::identifier && (tok & Token::expression) == 0)
171 <                        return invalidExpressionToken(ident);
172 <                break;
173 <            }
174 <            ltoken.push_back(token);
175 <            continue;
176 <        }
169 >        case Token::select:
170 >          if (tok != Token::identifier && (tok & Token::expression) == 0)
171 >            return invalidExpressionToken(ident);
172 >          break;
173 >        }
174 >        ltoken.push_back(token);
175 >        continue;
176 >      }
177  
178 <        if (ltoken.size() == 0) {
179 <            return commandExpected();
180 <        }
178 >      if (ltoken.size() == 0) {
179 >        return commandExpected();
180 >      }
181          
182 <        return unrecognizedToken();
182 >      return unrecognizedToken();
183      }
184  
185      return true;
# Line 204 | Line 204 | bool SelectionCompiler::internalCompile(){
204      if (ch == '\r') {
205        ++ichT;
206        if (ichT < cchScript && script[ichT] == '\n')
207 <          ++ichT;
207 >        ++ichT;
208      } else if (ch == '\n') {
209        ++ichT;
210      } else {
# Line 247 | Line 247 | std::string SelectionCompiler::getUnescapedStringLiter
247    }
248  
249    
250 < std::string SelectionCompiler::getUnescapedStringLiteral() {
250 >  std::string SelectionCompiler::getUnescapedStringLiteral() {
251      /** @todo */
252      std::string sb(cchToken - 2, ' ');
253      
# Line 255 | Line 255 | std::string SelectionCompiler::getUnescapedStringLiter
255      int ich = ichToken + 1;
256  
257      while (ich < ichMax) {
258 <        char ch = script[ich++];
259 <        if (ch == '\\' && ich < ichMax) {
260 <            ch = script[ich++];
261 <            switch (ch) {
262 <                case 'b':
263 <                    ch = '\b';
264 <                    break;
265 <                case 'n':
266 <                    ch = '\n';
267 <                    break;
268 <                case 't':
269 <                    ch = '\t';
270 <                    break;
271 <                case 'r':
272 <                    ch = '\r';
273 <                    // fall into
274 <                case '"':
275 <                case '\\':
276 <                case '\'':
277 <                break;
278 <                case 'x':
279 <                case 'u':
280 <                    int digitCount = ch == 'x' ? 2 : 4;
281 <                    if (ich < ichMax) {
282 <                        int unicode = 0;
283 <                        for (int k = digitCount; --k >= 0 && ich < ichMax; ) {
284 <                            char chT = script[ich];
285 <                            int hexit = getHexitValue(chT);
286 <                            if (hexit < 0)
287 <                                break;
288 <                            unicode <<= 4;
289 <                            unicode += hexit;
290 <                            ++ich;
291 <                        }
292 <                        ch = (char)unicode;
293 <                    }
294 <            }
295 <        }
296 <        sb.append(1, ch);
258 >      char ch = script[ich++];
259 >      if (ch == '\\' && ich < ichMax) {
260 >        ch = script[ich++];
261 >        switch (ch) {
262 >        case 'b':
263 >          ch = '\b';
264 >          break;
265 >        case 'n':
266 >          ch = '\n';
267 >          break;
268 >        case 't':
269 >          ch = '\t';
270 >          break;
271 >        case 'r':
272 >          ch = '\r';
273 >          // fall into
274 >        case '"':
275 >        case '\\':
276 >        case '\'':
277 >          break;
278 >        case 'x':
279 >        case 'u':
280 >          int digitCount = ch == 'x' ? 2 : 4;
281 >          if (ich < ichMax) {
282 >            int unicode = 0;
283 >            for (int k = digitCount; --k >= 0 && ich < ichMax; ) {
284 >              char chT = script[ich];
285 >              int hexit = getHexitValue(chT);
286 >              if (hexit < 0)
287 >                break;
288 >              unicode <<= 4;
289 >              unicode += hexit;
290 >              ++ich;
291 >            }
292 >            ch = (char)unicode;
293 >          }
294 >        }
295 >      }
296 >      sb.append(1, ch);
297      }
298  
299      return sb;
300 < }
300 >  }
301  
302 < int SelectionCompiler::getHexitValue(char ch) {
302 >  int SelectionCompiler::getHexitValue(char ch) {
303      if (ch >= '0' && ch <= '9')
304 <        return ch - '0';
304 >      return ch - '0';
305      else if (ch >= 'a' && ch <= 'f')
306 <        return 10 + ch - 'a';
306 >      return 10 + ch - 'a';
307      else if (ch >= 'A' && ch <= 'F')
308 <        return 10 + ch - 'A';
308 >      return 10 + ch - 'A';
309      else
310 <        return -1;
311 < }
310 >      return -1;
311 >  }
312  
313 < bool SelectionCompiler::lookingAtSpecialString() {
313 >  bool SelectionCompiler::lookingAtSpecialString() {
314      int ichT = ichToken;
315      char ch = script[ichT];
316      while (ichT < cchScript && ch != ';' && ch != '\r' && ch != '\n') {
317 <        ++ichT;
317 >      ++ichT;
318      }
319      cchToken = ichT - ichToken;
320      return cchToken > 0;
321 < }
321 >  }
322  
323 < bool SelectionCompiler::lookingAtDecimal(bool allowNegative) {
323 >  bool SelectionCompiler::lookingAtDecimal(bool allowNegative) {
324      if (ichToken == cchScript) {
325 <        return false;
325 >      return false;
326      }
327      
328      int ichT = ichToken;
329      if (script[ichT] == '-') {
330 <        ++ichT;
330 >      ++ichT;
331      }
332      bool digitSeen = false;
333      char ch = 'X';
334      while (ichT < cchScript && std::isdigit(ch = script[ichT])) {
335 <        ++ichT;
336 <        digitSeen = true;
335 >      ++ichT;
336 >      digitSeen = true;
337      }
338  
339      if (ichT == cchScript || ch != '.') {
340 <        return false;
340 >      return false;
341      }
342  
343      // to support DMPC.1, let's check the character before the dot
344      if (ch == '.' && (ichT > 0) && std::isalpha(script[ichT - 1])) {
345 <        return false;
345 >      return false;
346      }
347  
348      ++ichT;
349      while (ichT < cchScript && std::isdigit(script[ichT])) {
350 <        ++ichT;
351 <        digitSeen = true;
350 >      ++ichT;
351 >      digitSeen = true;
352      }
353      cchToken = ichT - ichToken;
354      return digitSeen;
355 < }
355 >  }
356  
357 < bool SelectionCompiler::lookingAtInteger(bool allowNegative) {
357 >  bool SelectionCompiler::lookingAtInteger(bool allowNegative) {
358      if (ichToken == cchScript) {
359 <        return false;
359 >      return false;
360      }
361      int ichT = ichToken;
362      if (allowNegative && script[ichToken] == '-') {
363 <        ++ichT;
363 >      ++ichT;
364      }
365      int ichBeginDigits = ichT;
366      while (ichT < cchScript && std::isdigit(script[ichT])) {
367 <        ++ichT;
367 >      ++ichT;
368      }
369      if (ichBeginDigits == ichT) {
370 <        return false;
370 >      return false;
371      }
372      cchToken = ichT - ichToken;
373      return true;
374 < }
374 >  }
375  
376 < bool SelectionCompiler::lookingAtLookupToken() {
376 >  bool SelectionCompiler::lookingAtLookupToken() {
377      if (ichToken == cchScript) {
378 <        return false;
378 >      return false;
379      }
380  
381      int ichT = ichToken;
382      char ch;
383      switch (ch = script[ichT++]) {
384 <        case '(':
385 <        case ')':
386 <        case ',':
387 <        case '[':
388 <        case ']':
389 <        break;
390 <        case '&':
391 <        case '|':
392 <            if (ichT < cchScript && script[ichT] == ch) {
393 <                ++ichT;
394 <            }
395 <        break;
396 <        case '<':
397 <        case '=':
398 <        case '>':
399 <            if (ichT < cchScript && ((ch = script[ichT]) == '<' || ch == '=' || ch == '>')) {
400 <                ++ichT;
401 <            }
402 <            break;
403 <        case '/':
404 <        case '!':
405 <            if (ichT < cchScript && script[ichT] == '=') {
406 <                ++ichT;
407 <            }
408 <            break;
409 <        default:
410 <            if ((ch < 'a' || ch > 'z') && (ch < 'A' && ch > 'Z') && ch != '_') {
411 <                return false;
412 <            }
413 <        case '*':
414 <        case '?': // include question marks in identifier for atom expressions
415 <            while (ichT < cchScript && !std::isspace(ch = script[ichT]) &&
416 <                    (std::isalpha(ch) ||std::isdigit(ch) || ch == '_' || ch == '.' || ch == '*' || ch == '?' || ch == '+' || ch == '-' || ch == '[' || ch == ']') ){
384 >    case '(':
385 >    case ')':
386 >    case ',':
387 >    case '[':
388 >    case ']':
389 >      break;
390 >    case '&':
391 >    case '|':
392 >      if (ichT < cchScript && script[ichT] == ch) {
393 >        ++ichT;
394 >      }
395 >      break;
396 >    case '<':
397 >    case '=':
398 >    case '>':
399 >      if (ichT < cchScript && ((ch = script[ichT]) == '<' || ch == '=' || ch == '>')) {
400 >        ++ichT;
401 >      }
402 >      break;
403 >    case '/':
404 >    case '!':
405 >      if (ichT < cchScript && script[ichT] == '=') {
406 >        ++ichT;
407 >      }
408 >      break;
409 >    default:
410 >      if ((ch < 'a' || ch > 'z') && (ch < 'A' && ch > 'Z') && ch != '_') {
411 >        return false;
412 >      }
413 >    case '*':
414 >    case '?': // include question marks in identifier for atom expressions
415 >      while (ichT < cchScript && !std::isspace(ch = script[ichT]) &&
416 >             (std::isalpha(ch) ||std::isdigit(ch) || ch == '_' || ch == '.' || ch == '*' || ch == '?' || ch == '+' || ch == '-' || ch == '[' || ch == ']') ){
417  
418 <                ++ichT;
419 <            }
420 <        break;
418 >        ++ichT;
419 >      }
420 >      break;
421      }
422  
423      cchToken = ichT - ichToken;
424  
425      return true;
426 < }
426 >  }
427  
428 < bool SelectionCompiler::compileCommand(const std::vector<Token>& ltoken) {
428 >  bool SelectionCompiler::compileCommand(const std::vector<Token>& ltoken) {
429      const Token& tokenCommand = ltoken[0];
430      int tokCommand = tokenCommand.tok;
431  
432      atokenCommand = ltoken;
433      if ((tokCommand & Token::expressionCommand) != 0 && !compileExpression()) {
434 <        return false;
434 >      return false;
435      }
436      
437      return true;
438 < }
438 >  }
439  
440 < bool SelectionCompiler::compileExpression() {
440 >  bool SelectionCompiler::compileExpression() {
441      /** todo */
442      int i = 1;
443      int tokCommand = atokenCommand[0].tok;
444      if (tokCommand == Token::define) {
445 <        i = 2;
445 >      i = 2;
446      } else if ((tokCommand & Token::embeddedExpression) != 0) {
447 <        // look for the open parenthesis
448 <        while (i < atokenCommand.size() &&
449 <         atokenCommand[i].tok != Token::leftparen)
447 >      // look for the open parenthesis
448 >      while (i < atokenCommand.size() &&
449 >             atokenCommand[i].tok != Token::leftparen)
450          ++i;
451      }
452  
453      if (i >= atokenCommand.size()) {
454 <        return true;
454 >      return true;
455      }
456      return compileExpression(i);
457    }
458  
459                    
460 < bool SelectionCompiler::addTokenToPostfix(const Token& token) {
460 >  bool SelectionCompiler::addTokenToPostfix(const Token& token) {
461      ltokenPostfix.push_back(token);
462      return true;
463 < }
463 >  }
464  
465 < bool SelectionCompiler::compileExpression(int itoken) {
465 >  bool SelectionCompiler::compileExpression(int itoken) {
466      ltokenPostfix.clear();
467      for (int i = 0; i < itoken; ++i) {
468 <        addTokenToPostfix(atokenCommand[i]);
468 >      addTokenToPostfix(atokenCommand[i]);
469      }
470      
471      atokenInfix = atokenCommand;
# Line 473 | Line 473 | bool SelectionCompiler::compileExpression(int itoken)
473  
474      addTokenToPostfix(Token::tokenExpressionBegin);
475      if (!clauseOr()) {
476 <        return false;
476 >      return false;
477      }
478      
479      addTokenToPostfix(Token::tokenExpressionEnd);
480      if (itokenInfix != atokenInfix.size()) {
481 <        return endOfExpressionExpected();
481 >      return endOfExpressionExpected();
482      }
483  
484      atokenCommand = ltokenPostfix;
485      return true;
486 < }
486 >  }
487  
488 < Token SelectionCompiler::tokenNext() {
488 >  Token SelectionCompiler::tokenNext() {
489      if (itokenInfix == atokenInfix.size()) {
490 <        return Token();
490 >      return Token();
491      }
492      return atokenInfix[itokenInfix++];
493 < }
493 >  }
494  
495 < boost::any SelectionCompiler::valuePeek() {
495 >  boost::any SelectionCompiler::valuePeek() {
496      if (itokenInfix == atokenInfix.size()) {
497 <        return boost::any();
497 >      return boost::any();
498      } else {
499 <        return atokenInfix[itokenInfix].value;
499 >      return atokenInfix[itokenInfix].value;
500      }
501 < }
501 >  }
502  
503 < int SelectionCompiler::tokPeek() {
503 >  int SelectionCompiler::tokPeek() {
504      if (itokenInfix == atokenInfix.size()) {
505 <        return 0;
505 >      return 0;
506      }else {
507 <        return atokenInfix[itokenInfix].tok;
507 >      return atokenInfix[itokenInfix].tok;
508      }
509 < }
509 >  }
510  
511 < bool SelectionCompiler::clauseOr() {
511 >  bool SelectionCompiler::clauseOr() {
512      if (!clauseAnd()) {
513 <        return false;
513 >      return false;
514      }
515      
516      while (tokPeek() == Token::opOr) {
517 <        Token tokenOr = tokenNext();
518 <        if (!clauseAnd()) {
519 <            return false;
520 <        }
521 <        addTokenToPostfix(tokenOr);
517 >      Token tokenOr = tokenNext();
518 >      if (!clauseAnd()) {
519 >        return false;
520 >      }
521 >      addTokenToPostfix(tokenOr);
522      }
523      return true;
524 < }
524 >  }
525  
526 < bool SelectionCompiler::clauseAnd() {
526 >  bool SelectionCompiler::clauseAnd() {
527      if (!clauseNot()) {
528 <        return false;
528 >      return false;
529      }
530  
531      while (tokPeek() == Token::opAnd) {
532 <        Token tokenAnd = tokenNext();
533 <        if (!clauseNot()) {
534 <            return false;
535 <        }
536 <        addTokenToPostfix(tokenAnd);
532 >      Token tokenAnd = tokenNext();
533 >      if (!clauseNot()) {
534 >        return false;
535 >      }
536 >      addTokenToPostfix(tokenAnd);
537      }
538      return true;
539 < }
539 >  }
540  
541 < bool SelectionCompiler::clauseNot() {
541 >  bool SelectionCompiler::clauseNot() {
542      if (tokPeek() == Token::opNot) {
543 <        Token tokenNot = tokenNext();
544 <        if (!clauseNot()) {
545 <            return false;
546 <        }
547 <        return addTokenToPostfix(tokenNot);
543 >      Token tokenNot = tokenNext();
544 >      if (!clauseNot()) {
545 >        return false;
546 >      }
547 >      return addTokenToPostfix(tokenNot);
548      }
549      return clausePrimitive();
550 < }
550 >  }
551  
552 < bool SelectionCompiler::clausePrimitive() {
552 >  bool SelectionCompiler::clausePrimitive() {
553      int tok = tokPeek();
554      switch (tok) {
555 <        case Token::within:
556 <            return clauseWithin();
555 >    case Token::within:
556 >      return clauseWithin();
557  
558 <        case Token::asterisk:
559 <        case Token::identifier:
560 <            return clauseChemObjName();
558 >    case Token::asterisk:
559 >    case Token::identifier:
560 >      return clauseChemObjName();
561  
562 <        case Token::integer :
563 <            return clauseIndex();
564 <        default:
565 <            if ((tok & Token::atomproperty) == Token::atomproperty) {
566 <                return clauseComparator();
567 <            }
568 <            if ((tok & Token::predefinedset) != Token::predefinedset) {
569 <                break;
570 <            }
571 <            // fall into the code and below and just add the token
572 <        case Token::all:
573 <        case Token::none:
574 <            return addTokenToPostfix(tokenNext());
575 <        case Token::leftparen:
576 <            tokenNext();
577 <            if (!clauseOr()) {
578 <                return false;
579 <            }
580 <            if (tokenNext().tok != Token::rightparen) {
581 <                return rightParenthesisExpected();
582 <            }
583 <            return true;
562 >    case Token::integer :
563 >      return clauseIndex();
564 >    default:
565 >      if ((tok & Token::atomproperty) == Token::atomproperty) {
566 >        return clauseComparator();
567 >      }
568 >      if ((tok & Token::predefinedset) != Token::predefinedset) {
569 >        break;
570 >      }
571 >      // fall into the code and below and just add the token
572 >    case Token::all:
573 >    case Token::none:
574 >      return addTokenToPostfix(tokenNext());
575 >    case Token::leftparen:
576 >      tokenNext();
577 >      if (!clauseOr()) {
578 >        return false;
579 >      }
580 >      if (tokenNext().tok != Token::rightparen) {
581 >        return rightParenthesisExpected();
582 >      }
583 >      return true;
584      }
585      return unrecognizedExpressionToken();
586 < }
586 >  }
587  
588 < bool SelectionCompiler::clauseComparator() {
588 >  bool SelectionCompiler::clauseComparator() {
589      Token tokenAtomProperty = tokenNext();
590      Token tokenComparator = tokenNext();
591      if ((tokenComparator.tok & Token::comparator) == 0) {
592 <        return comparisonOperatorExpected();
592 >      return comparisonOperatorExpected();
593      }
594  
595      Token tokenValue = tokenNext();
596      if (tokenValue.tok != Token::integer && tokenValue.tok != Token::decimal) {
597 <        return numberExpected();
597 >      return numberExpected();
598      }
599      
600      float val;
601      if (tokenValue.value.type() == typeid(int)) {
602 <        val = boost::any_cast<int>(tokenValue.value);
602 >      val = boost::any_cast<int>(tokenValue.value);
603      } else if (tokenValue.value.type() == typeid(float)) {
604 <        val = boost::any_cast<float>(tokenValue.value);
604 >      val = boost::any_cast<float>(tokenValue.value);
605      } else {
606 <        return false;
606 >      return false;
607      }
608  
609      boost::any floatVal;
610      floatVal = val;
611      return addTokenToPostfix(Token(tokenComparator.tok,
612 <                       tokenAtomProperty.tok, floatVal));
613 < }
612 >                                   tokenAtomProperty.tok, floatVal));
613 >  }
614  
615 < bool SelectionCompiler::clauseWithin() {
615 >  bool SelectionCompiler::clauseWithin() {
616      tokenNext();                             // WITHIN
617      if (tokenNext().tok != Token::leftparen) {  // (
618 <        return leftParenthesisExpected();
618 >      return leftParenthesisExpected();
619      }
620      
621      boost::any distance;
622      Token tokenDistance = tokenNext();       // distance
623      switch(tokenDistance.tok) {
624 <        case Token::integer:
625 <        case Token::decimal:
626 <            distance = tokenDistance.value;
627 <            break;
628 <        default:
629 <            return numberOrKeywordExpected();
624 >    case Token::integer:
625 >    case Token::decimal:
626 >      distance = tokenDistance.value;
627 >      break;
628 >    default:
629 >      return numberOrKeywordExpected();
630      }
631  
632      if (tokenNext().tok != Token::opOr) {       // ,
633 <        return commaExpected();
633 >      return commaExpected();
634      }
635      
636      if (! clauseOr()) {                        // *expression*
637 <        return false;
637 >      return false;
638      }
639      
640      if (tokenNext().tok != Token::rightparen) { // )T
641 <        return rightParenthesisExpected();
641 >      return rightParenthesisExpected();
642      }
643      
644      return addTokenToPostfix(Token(Token::within, distance));
645 < }
645 >  }
646  
647 < bool SelectionCompiler::clauseChemObjName() {
647 >  bool SelectionCompiler::clauseChemObjName() {
648      Token token = tokenNext();
649      if (token.tok == Token::identifier && token.value.type() == typeid(std::string)) {
650  
651 <        std::string name = boost::any_cast<std::string>(token.value);
652 <        if (isNameValid(name)) {
653 <            return addTokenToPostfix(Token(Token::name, name));
654 <        } else {
655 <            return compileError("invalid name: " + name);
656 <        }
651 >      std::string name = boost::any_cast<std::string>(token.value);
652 >      if (isNameValid(name)) {
653 >        return addTokenToPostfix(Token(Token::name, name));
654 >      } else {
655 >        return compileError("invalid name: " + name);
656 >      }
657      }
658  
659      return false;
660          
661 < }
661 >  }
662  
663 < bool SelectionCompiler::isNameValid(const std::string& name) {
664 <          int nbracket = 0;
663 >  bool SelectionCompiler::isNameValid(const std::string& name) {
664 >    int nbracket = 0;
665      int ndot = 0;
666      for (int i =0 ; i < name.size(); ++i) {
667 <        switch(name[i]) {
667 >      switch(name[i]) {
668  
669 <          case '[' :
670 <              ++nbracket;
671 <              break;
672 <          case ']' :
673 <              --nbracket;
674 <              break;
675 <          case '.' :
676 <              ++ndot;
677 <              break;      
678 <        }
669 >      case '[' :
670 >        ++nbracket;
671 >        break;
672 >      case ']' :
673 >        --nbracket;
674 >        break;
675 >      case '.' :
676 >        ++ndot;
677 >        break;      
678 >      }
679      }
680  
681      //only allow 3 dots at most
682      return (ndot <=3 && nbracket == 0) ? true : false;
683 < }
683 >  }
684  
685 < bool SelectionCompiler::clauseIndex(){
685 >  bool SelectionCompiler::clauseIndex(){
686      Token token = tokenNext();
687      if (token.tok == Token::integer) {
688 <        int index = boost::any_cast<int>(token.value);
689 <        int tok = tokPeek();
690 <        std::cout << "Token::to is " << Token::to << ", tok = " << tok << std::endl;
691 <        if (tok == Token::to) {
692 <            tokenNext();
693 <            tok = tokPeek();
694 <            if (tok != Token::integer) {
695 <                return numberExpected();
696 <            }
688 >      int index = boost::any_cast<int>(token.value);
689 >      int tok = tokPeek();
690 >      std::cout << "Token::to is " << Token::to << ", tok = " << tok << std::endl;
691 >      if (tok == Token::to) {
692 >        tokenNext();
693 >        tok = tokPeek();
694 >        if (tok != Token::integer) {
695 >          return numberExpected();
696 >        }
697              
698 <            boost::any intVal = tokenNext().value;
699 <            int first = index;
700 <            if (intVal.type() != typeid(int)){
701 <                return false;
702 <            }
703 <            int second = boost::any_cast<int>(intVal);
698 >        boost::any intVal = tokenNext().value;
699 >        int first = index;
700 >        if (intVal.type() != typeid(int)){
701 >          return false;
702 >        }
703 >        int second = boost::any_cast<int>(intVal);
704  
705 <            return addTokenToPostfix(Token(Token::index, boost::any(std::make_pair(first, second))));
705 >        return addTokenToPostfix(Token(Token::index, boost::any(std::make_pair(first, second))));
706              
707 <        }else {
708 <            return addTokenToPostfix(Token(Token::index, boost::any(index)));
709 <        }
707 >      }else {
708 >        return addTokenToPostfix(Token(Token::index, boost::any(index)));
709 >      }
710      } else {
711 <        return numberExpected();
711 >      return numberExpected();
712      }
713 < }
713 >  }
714  
715   }

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