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root/group/trunk/OOPSE-4/src/selection/SelectionEvaluator.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE-4/src/selection/SelectionEvaluator.cpp (file contents):
Revision 1962 by tim, Tue Feb 1 22:49:23 2005 UTC vs.
Revision 1972 by tim, Fri Feb 4 22:39:26 2005 UTC

# Line 39 | Line 39
39   * such damages.
40   */
41  
42 + #include <stack>
43   #include "selection/SelectionEvaluator.hpp"
44 + #include "primitives/Atom.hpp"
45 + #include "primitives/DirectionalAtom.hpp"
46 + #include "primitives/RigidBody.hpp"
47 + #include "primitives/Molecule.hpp"
48 +
49   namespace oopse {
50  
51  
52 + SelectionEvaluator::SelectionEvaluator(SimInfo* si) : info(si), finder(info), isLoaded_(false){
53 +
54 + }            
55 +
56   bool SelectionEvaluator::loadScript(const std::string& filename, const std::string& script) {
57 +    clearDefinitionsAndLoadPredefined();
58      this->filename = filename;
59      this->script = script;
60      if (! compiler.compile(filename, script)) {
61          error = true;
62          errorMessage = compiler.getErrorMessage();
63 +        std::cerr << "SelectionCompiler Error: " << errorMessage << std::endl;
64          return false;
65      }
66  
# Line 56 | Line 68 | bool SelectionEvaluator::loadScript(const std::string&
68      aatoken = compiler.getAatokenCompiled();
69      linenumbers = compiler.getLineNumbers();
70      lineIndices = compiler.getLineIndices();
71 +
72 +    std::vector<std::vector<Token> >::const_iterator i;  
73 +
74 +    isDynamic_ = false;
75 +    for (i = aatoken.begin(); i != aatoken.end(); ++i) {
76 +        if (containDynamicToken(*i)) {
77 +            isDynamic_ = true;
78 +            break;
79 +        }
80 +    }
81 +
82 +    isLoaded_ = true;
83      return true;
84   }
85  
86   void SelectionEvaluator::clearState() {
87 <    for (int i = scriptLevelMax; --i >= 0; )
88 <        stack[i] = null;
89 <    scriptLevel = 0;
87 >    //for (int i = scriptLevelMax; --i >= 0; )
88 >    //    stack[i].clear();
89 >    //scriptLevel = 0;
90      error = false;
91 <    errorMessage = null;
91 >    errorMessage = "";
92   }
93  
94   bool SelectionEvaluator::loadScriptString(const std::string& script) {
95      clearState();
96 <    return loadScript(null, script);
96 >    return loadScript("", script);
97   }
98  
99   bool SelectionEvaluator::loadScriptFile(const std::string& filename) {
# Line 77 | Line 101 | bool SelectionEvaluator::loadScriptFile(const std::str
101      return loadScriptFileInternal(filename);
102   }
103  
104 + bool SelectionEvaluator::loadScriptFileInternal(const  std::string & filename) {
105 +    ifstream ifs(filename.c_str());
106 +    if (!ifs.is_open()) {
107 +        return false;
108 +    }
109  
110 < void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
110 >    const int bufferSize = 65535;
111 >    char buffer[bufferSize];
112 >    std::string script;
113 >    while(ifs.getline(buffer, bufferSize)) {
114 >        script += buffer;
115 >    }
116 >    return loadScript(filename, script);
117 > }
118  
119 <    while ( pc < aatoken.length) {
119 > void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(BitSet& bs){
120 >    
121 >    while ( pc < aatoken.size()) {
122          statement = aatoken[pc++];
123 <        statementLength = statement.length;
123 >        statementLength = statement.size();
124          Token token = statement[0];
125          switch (token.tok) {
126 <            case Token.define:
126 >            case Token::define:
127                  define();
128              break;
129 <            case Token.select:
130 <                select();
129 >            case Token::select:
130 >                select(bs);
131              break;
132              default:
133                  unrecognizedCommand(token);
134              return;
135          }
136      }
137 +
138   }
139  
140 <  void SelectionEvaluator::predefine(String script) {
102 <    if (compiler.compile("#predefine", script)) {
103 <      Token [][] aatoken = compiler.getAatokenCompiled();
104 <      if (aatoken.length != 1) {
105 <        viewer.scriptStatus("predefinition does not have exactly 1 command:"
106 <                            + script);
107 <        return;
108 <      }
109 <      Token[] statement = aatoken[0];
110 <      if (statement.length > 2) {
111 <        int tok = statement[1].tok;
112 <        if (tok == Token.identifier ||
113 <            (tok & Token.predefinedset) == Token.predefinedset) {
114 <          String variable = (String)statement[1].value;
115 <          variables.put(variable, statement);
116 <        } else {
117 <          viewer.scriptStatus("invalid variable name:" + script);
118 <        }
119 <      } else {
120 <        viewer.scriptStatus("bad predefinition length:" + script);
121 <      }
122 <    } else {
123 <      viewer.scriptStatus("predefined set compile error:" + script +
124 <                          "\ncompile error:" + compiler.getErrorMessage());
125 <    }
126 <  }
127 <
128 <
129 <
130 <  BitSet SelectionEvaluator::expression(Token[] code, int pcStart) throws ScriptException {
131 <    int numberOfAtoms = viewer.getAtomCount();
140 >  BitSet SelectionEvaluator::expression(const std::vector<Token>& code, int pcStart) {
141      BitSet bs;
142 <    BitSet[] stack = new BitSet[10];
143 <    int sp = 0;
144 <
136 <    for (int pc = pcStart; ; ++pc) {
142 >    std::stack<BitSet> stack;
143 >    
144 >    for (int pc = pcStart; pc < code.size(); ++pc) {
145        Token instruction = code[pc];
146 <      if (logMessages)
139 <        viewer.scriptStatus("instruction=" + instruction);
146 >
147        switch (instruction.tok) {
148 <      case Token.expressionBegin:
148 >      case Token::expressionBegin:
149          break;
150 <      case Token.expressionEnd:
144 <        break expression_loop;
145 <      case Token.all:
146 <        bs = stack[sp++] = new BitSet(numberOfAtoms);
147 <        for (int i = numberOfAtoms; --i >= 0; )
148 <          bs.set(i);
150 >      case Token::expressionEnd:
151          break;
152 <      case Token.none:
153 <        stack[sp++] = new BitSet();
152 >      case Token::all:
153 >        bs = BitSet(nStuntDouble);
154 >        bs.setAll();
155 >        stack.push(bs);            
156          break;
157 <      case Token.opOr:
158 <        bs = stack[--sp];
159 <        stack[sp-1].or(bs);
157 >      case Token::none:
158 >        bs = BitSet(nStuntDouble);
159 >        stack.push(bs);            
160          break;
161 <      case Token.opAnd:
162 <        bs = stack[--sp];
163 <        stack[sp-1].and(bs);
161 >      case Token::opOr:
162 >        bs = stack.top();
163 >        stack.pop();
164 >        stack.top() |= bs;
165          break;
166 <      case Token.opNot:
167 <        bs = stack[sp - 1];
168 <        notSet(bs);
166 >      case Token::opAnd:
167 >        bs = stack.top();
168 >        stack.pop();
169 >        stack.top() &= bs;
170          break;
171 <      case Token.within:
172 <        bs = stack[sp - 1];
167 <        stack[sp - 1] = new BitSet();
168 <        withinInstruction(instruction, bs, stack[sp - 1]);
171 >      case Token::opNot:
172 >        stack.top().flip();
173          break;
174 <      case Token.selected:
175 <        stack[sp++] = copyBitSet(viewer.getSelectionSet());
174 >      case Token::within:
175 >
176 >        withinInstruction(instruction, stack.top());
177          break;
178 <      case Token.y:
179 <      case Token.amino:
180 <      case Token.backbone:
181 <      case Token.solvent:
182 <      case Token.identifier:
178 <      case Token.sidechain:
179 <      case Token.surface:
180 <        stack[sp++] = lookupIdentifierValue((String)instruction.value);
178 >      //case Token::selected:
179 >      //  stack.push(getSelectionSet());
180 >      //  break;
181 >      case Token::name:
182 >        stack.push(nameInstruction(boost::any_cast<std::string>(instruction.value)));
183          break;
182 –      case Token.opLT:
183 –      case Token.opLE:
184 –      case Token.opGE:
185 –      case Token.opGT:
186 –      case Token.opEQ:
187 –      case Token.opNE:
188 –        bs = stack[sp++] = new BitSet();
189 –        comparatorInstruction(instruction, bs);
184          break;
185 +      case Token::identifier:
186 +        stack.push(lookupValue(boost::any_cast<std::string>(instruction.value)));
187 +        break;
188 +      case Token::opLT:
189 +      case Token::opLE:
190 +      case Token::opGE:
191 +      case Token::opGT:
192 +      case Token::opEQ:
193 +      case Token::opNE:
194 +        stack.push(comparatorInstruction(instruction));
195 +        break;
196        default:
197          unrecognizedExpression();
198        }
199      }
200 <    if (sp != 1)
200 >    if (stack.size() != 1)
201        evalError("atom expression compiler error - stack over/underflow");
202 <    return stack[0];
202 >          
203 >    return stack.top();
204    }
205  
206  
207  
208 <  void SelectionEvaluator::comparatorInstruction(Token instruction, BitSet bs) {
208 > BitSet SelectionEvaluator::comparatorInstruction(const Token& instruction) {
209      int comparator = instruction.tok;
210      int property = instruction.intValue;
211 <    float propertyValue = 0; // just for temperature
212 <    int comparisonValue = ((Integer)instruction.value).intValue();
213 <    int numberOfAtoms = viewer.getAtomCount();
214 <    Frame frame = viewer.getFrame();
215 <    for (int i = 0; i < numberOfAtoms; ++i) {
216 <      Atom atom = frame.getAtomAt(i);
217 <      switch (property) {
218 <      case Token.atomno:
219 <        propertyValue = atom.getAtomNumber();
220 <        break;
221 <      case Token.elemno:
222 <        propertyValue = atom.getElementNumber();
223 <        break;
224 <      case Token.temperature:
225 <        propertyValue = atom.getBfactor100();
226 <        if (propertyValue < 0)
227 <          continue;
228 <        propertyValue /= 100;
229 <        break;
230 <      case Token._atomID:
231 <        propertyValue = atom.getSpecialAtomID();
226 <        if (propertyValue < 0)
227 <          continue;
228 <        break;
229 <      case Token._structure:
230 <        propertyValue = getProteinStructureType(atom);
231 <        if (propertyValue == -1)
232 <          continue;
233 <        break;
234 <      case Token.radius:
235 <        propertyValue = atom.getRasMolRadius();
236 <        break;
237 <      case Token._bondedcount:
238 <        propertyValue = atom.getCovalentBondCount();
239 <        break;
240 <      case Token.model:
241 <        propertyValue = atom.getModelTagNumber();
242 <        break;
243 <      default:
244 <        unrecognizedAtomProperty(property);
245 <      }
246 <      boolean match = false;
247 <      switch (comparator) {
248 <      case Token.opLT:
249 <        match = propertyValue < comparisonValue;
250 <        break;
251 <      case Token.opLE:
252 <        match = propertyValue <= comparisonValue;
253 <        break;
254 <      case Token.opGE:
255 <        match = propertyValue >= comparisonValue;
256 <        break;
257 <      case Token.opGT:
258 <        match = propertyValue > comparisonValue;
259 <        break;
260 <      case Token.opEQ:
261 <        match = propertyValue == comparisonValue;
262 <        break;
263 <      case Token.opNE:
264 <        match = propertyValue != comparisonValue;
265 <        break;
266 <      }
267 <      if (match)
268 <        bs.set(i);
211 >    float comparisonValue = boost::any_cast<float>(instruction.value);
212 >    float propertyValue;
213 >    BitSet bs(nStuntDouble);
214 >    
215 >    SimInfo::MoleculeIterator mi;
216 >    Molecule* mol;
217 >    Molecule::AtomIterator ai;
218 >    Atom* atom;
219 >    Molecule::RigidBodyIterator rbIter;
220 >    RigidBody* rb;
221 >    
222 >    for (mol = info->beginMolecule(mi); mol != NULL; mol = info->nextMolecule(mi)) {
223 >
224 >        for(atom = mol->beginAtom(ai); atom != NULL; atom = mol->nextAtom(ai)) {
225 >            compareProperty(atom, bs, property, comparator, comparisonValue);
226 >        }
227 >        
228 >        //change the positions of atoms which belong to the rigidbodies
229 >        for (rb = mol->beginRigidBody(rbIter); rb != NULL; rb = mol->nextRigidBody(rbIter)) {
230 >            compareProperty(rb, bs, property, comparator, comparisonValue);
231 >        }        
232      }
270 –  }
233  
234 < void SelectionEvaluator::withinInstruction(Token instruction, BitSet bs, BitSet bsResult)
234 >    return bs;
235 > }
236  
237 <    Object withinSpec = instruction.value;
238 <    if (withinSpec instanceof Float) {
239 <        withinDistance(((Float)withinSpec).floatValue(), bs, bsResult);
237 > void SelectionEvaluator::compareProperty(StuntDouble* sd, BitSet& bs, int property, int comparator, float comparisonValue) {
238 >        double propertyValue;
239 >        switch (property) {
240 >        case Token::mass:
241 >            propertyValue = sd->getMass();
242 >            break;
243 >        case Token::charge:
244 >            return;
245 >            //break;
246 >        case Token::dipole:
247 >            return;
248 >            //break;
249 >        default:
250 >            unrecognizedAtomProperty(property);
251 >        }
252 >        
253 >        bool match = false;
254 >        switch (comparator) {
255 >            case Token::opLT:
256 >                match = propertyValue < comparisonValue;
257 >                break;
258 >            case Token::opLE:
259 >                match = propertyValue <= comparisonValue;
260 >                break;
261 >            case Token::opGE:
262 >                match = propertyValue >= comparisonValue;
263 >                break;
264 >            case Token::opGT:
265 >                match = propertyValue > comparisonValue;
266 >                break;
267 >            case Token::opEQ:
268 >                match = propertyValue == comparisonValue;
269 >                break;
270 >            case Token::opNE:
271 >                match = propertyValue != comparisonValue;
272 >                break;
273 >        }
274 >        if (match)
275 >            bs.setBitOn(sd->getGlobalIndex());
276 >
277 > }
278 >
279 > void SelectionEvaluator::withinInstruction(const Token& instruction, BitSet& bs){
280 >
281 >    boost::any withinSpec = instruction.value;
282 >    if (withinSpec.type() == typeid(float)){
283 >        //
284          return;
285      }
286 <    evalError("Unrecognized within parameter:" + withinSpec);
286 >    
287 >    evalError("Unrecognized within parameter");
288   }
289  
290 <  void SelectionEvaluator::withinDistance(float distance, BitSet bs, BitSet bsResult) {
291 <    Frame frame = viewer.getFrame();
292 <    for (int i = frame.getAtomCount(); --i >= 0; ) {
293 <      if (bs.get(i)) {
294 <        Atom atom = frame.getAtomAt(i);
295 <        AtomIterator iterWithin =
296 <          frame.getWithinIterator(atom, distance);
297 <        while (iterWithin.hasNext())
298 <          bsResult.set(iterWithin.next().getAtomIndex());
299 <      }
290 > void SelectionEvaluator::define() {
291 >    assert(statement.size() >= 3);
292 >
293 >    std::string variable = boost::any_cast<std::string>(statement[1].value);
294 >
295 >    variables.insert(std::make_pair(variable, expression(statement, 2)));
296 > }
297 >
298 >
299 > /** @todo */
300 > void SelectionEvaluator::predefine(const std::string& script) {
301 >
302 >    if (compiler.compile("#predefine", script)) {
303 >        std::vector<std::vector<Token> > aatoken = compiler.getAatokenCompiled();
304 >        if (aatoken.size() != 1) {
305 >            evalError("predefinition does not have exactly 1 command:"
306 >                + script);
307 >            return;
308 >        }
309 >        std::vector<Token> statement = aatoken[0];
310 >        if (statement.size() > 2) {
311 >            int tok = statement[1].tok;
312 >            if (tok == Token::identifier || (tok & Token::predefinedset) == Token::predefinedset) {
313 >                std::string variable = boost::any_cast<std::string>(statement[1].value);
314 >                variables.insert(std::make_pair(variable, statement));
315 >
316 >            } else {
317 >                evalError("invalid variable name:" + script);
318 >            }
319 >        }else {
320 >            evalError("bad predefinition length:" + script);
321 >        }
322 >
323 >        
324 >    } else {
325 >        evalError("predefined set compile error:" + script +
326 >          "\ncompile error:" + compiler.getErrorMessage());
327      }
293 –  }
328  
295 –  void SelectionEvaluator::define() throws ScriptException {
296 –    String variable = (String)statement[1].value;
297 –    variables.put(variable, (expression(statement, 2)));
298 –  }
329   }
330  
331 <  void SelectionEvaluator::predefine(Token[] statement) {
332 <    String variable = (String)statement[1].value;
333 <    variables.put(variable, statement);
304 <  }
331 > void SelectionEvaluator::select(BitSet& bs){
332 >    bs = expression(statement, 1);
333 > }
334  
335 <  void SelectionEvaluator::select(){
336 <    // NOTE this is called by restrict()
337 <    if (statementLength == 1) {
338 <      viewer.selectAll();
339 <      if (!viewer.getRasmolHydrogenSetting())
340 <        viewer.excludeSelectionSet(getHydrogenSet());
341 <      if (!viewer.getRasmolHeteroSetting())
342 <        viewer.excludeSelectionSet(getHeteroSet());
335 > BitSet SelectionEvaluator::lookupValue(const std::string& variable){
336 >
337 >    std::map<std::string, boost::any>::iterator i = variables.find(variable);
338 >
339 >    if (i != variables.end()) {
340 >        if (i->second.type() == typeid(BitSet)) {
341 >            return boost::any_cast<BitSet>(i->second);
342 >        } else if (i->second.type() ==  typeid(std::vector<Token>)){
343 >            BitSet bs = expression(boost::any_cast<std::vector<Token> >(i->second), 2);
344 >            i->second =  bs; /**@todo fixme */
345 >            return bs;
346 >        }
347      } else {
348 <      viewer.setSelectionSet(expression(statement, 1));
348 >        unrecognizedIdentifier(variable);
349      }
350 <    viewer.scriptStatus("" + viewer.getSelectionCount() + " atoms selected");
351 <  }
352 <  
353 <  }
350 > }
351 >
352 > BitSet SelectionEvaluator::nameInstruction(const std::string& name){
353 >    
354 >    return finder.match(name);
355 >
356 > }    
357 >
358 > bool SelectionEvaluator::containDynamicToken(const std::vector<Token>& tokens){
359 >    std::vector<Token>::const_iterator i;
360 >    for (i = tokens.begin(); i != tokens.end(); ++i) {
361 >        if (i->tok & Token::dynamic) {
362 >            return true;
363 >        }
364 >    }
365 >
366 >    return false;
367 > }    
368 >
369 > void SelectionEvaluator::clearDefinitionsAndLoadPredefined() {
370 >    variables.clear();
371 >    //load predefine
372 >    //predefine();
373 > }
374 >
375 > BitSet SelectionEvaluator::evaluate() {
376 >    BitSet bs(nStuntDouble);
377 >    if (isLoaded_) {
378 >        instructionDispatchLoop(bs);
379 >    }
380 >
381 >    return bs;
382 > }
383 >        
384 > //BitSet SelectionEvaluator::evaluate(int frameNo) {
385 > //
386 > //}
387 >
388 > }

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