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root/group/trunk/OOPSE-4/src/selection/SelectionEvaluator.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE-4/src/selection/SelectionEvaluator.cpp (file contents):
Revision 1965 by tim, Wed Feb 2 23:13:11 2005 UTC vs.
Revision 1967 by tim, Thu Feb 3 23:14:05 2005 UTC

# Line 39 | Line 39
39   * such damages.
40   */
41  
42 + #include <stack>
43   #include "selection/SelectionEvaluator.hpp"
44 + #include "primitives/Atom.hpp"
45 + #include "primitives/DirectionalAtom.hpp"
46 + #include "primitives/RigidBody.hpp"
47 + #include "primitives/Molecule.hpp"
48 +
49   namespace oopse {
50  
51  
52 + SelectionEvaluator::SelectionEvaluator(SimInfo* si, const std::string& script) : info(si), finder(info){
53 + }            
54 +
55   bool SelectionEvaluator::loadScript(const std::string& filename, const std::string& script) {
56      this->filename = filename;
57      this->script = script;
# Line 77 | Line 86 | bool SelectionEvaluator::loadScriptFile(const std::str
86      return loadScriptFileInternal(filename);
87   }
88  
89 + bool SelectionEvaluator::loadScriptFileInternal(const  std::string & filename) {
90 +    return true; /**@todo */
91 + }
92  
93   void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
94  
# Line 98 | Line 110 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
110      }
111   }
112  
113 <  void SelectionEvaluator::predefine(const std::string& script) {
102 <    if (compiler.compile("#predefine", script)) {
103 <      std::vector<std::vector<Token> > aatoken = compiler.getAatokenCompiled();
104 <      if (aatoken.size() != 1) {
105 <        viewer.scriptStatus("predefinition does not have exactly 1 command:"
106 <                            + script);
107 <        return;
108 <      }
109 <
110 <      std::vector<Token> statement = aatoken[0];
111 <
112 <      if (statement.size() > 2) {
113 <        int tok = statement[1].tok;
114 <        if (tok == Token::identifier ||
115 <            (tok & Token::predefinedset) == Token::predefinedset) {
116 <          std::string variable = (std::string)statement[1].value;
117 <          variables.put(variable, statement);
118 <        } else {
119 <          viewer.scriptStatus("invalid variable name:" + script);
120 <        }
121 <      } else {
122 <        viewer.scriptStatus("bad predefinition length:" + script);
123 <      }
124 <    } else {
125 <      viewer.scriptStatus("predefined set compile error:" + script +
126 <                          "\ncompile error:" + compiler.getErrorMessage());
127 <    }
128 <  }
129 <
130 <
131 <
132 <  BitSet SelectionEvaluator::expression(std::vector<Token>& code, int pcStart) {
133 <    int numberOfAtoms = viewer.getAtomCount();
113 >  BitSet SelectionEvaluator::expression(const std::vector<Token>& code, int pcStart) {
114      BitSet bs;
115 <    BitSet[] stack = new BitSet[10];
116 <    int sp = 0;
137 <
115 >    std::stack<BitSet> stack;
116 >    
117      for (int pc = pcStart; ; ++pc) {
118        Token instruction = code[pc];
119 <      if (logMessages)
141 <        viewer.scriptStatus("instruction=" + instruction);
119 >
120        switch (instruction.tok) {
121        case Token::expressionBegin:
122          break;
123        case Token::expressionEnd:
124 <        break expression_loop;
124 >        break;
125        case Token::all:
126 <        bs = stack[sp++] = new BitSet(numberOfAtoms);
127 <        for (int i = numberOfAtoms; --i >= 0; )
128 <          bs.set(i);
126 >        bs = BitSet(nStuntDouble);
127 >        bs.setAll();
128 >        stack.push(bs);            
129          break;
130        case Token::none:
131 <        stack[sp++] = new BitSet();
131 >        bs = BitSet(nStuntDouble);
132 >        stack.push(bs);            
133          break;
134        case Token::opOr:
135 <        bs = stack[--sp];
136 <        stack[sp-1].or(bs);
135 >        bs = stack.top();
136 >        stack.pop();
137 >        stack.top() |= bs;
138          break;
139        case Token::opAnd:
140 <        bs = stack[--sp];
141 <        stack[sp-1].and(bs);
140 >        bs = stack.top();
141 >        stack.pop();
142 >        stack.top() &= bs;
143          break;
144        case Token::opNot:
145 <        bs = stack[sp - 1];
165 <        notSet(bs);
145 >        stack.top().flip();
146          break;
147        case Token::within:
148 <        bs = stack[sp - 1];
149 <        stack[sp - 1] = new BitSet();
170 <        withinInstruction(instruction, bs, stack[sp - 1]);
148 >
149 >        withinInstruction(instruction, stack.top());
150          break;
151 <      case Token::selected:
152 <        stack[sp++] = copyBitSet(viewer.getSelectionSet());
153 <        break;
151 >      //case Token::selected:
152 >      //  stack.push(getSelectionSet());
153 >      //  break;
154        case Token::name:
155 <
155 >        stack.push(nameInstruction(boost::any_cast<std::string>(instruction.value)));
156          break;
178 –      case  Token::index:
179 –        
157          break;
181 –      case Token::molname:  
182 –
183 –        break;
184 –      case Token::molindex:
185 –        break;
158        case Token::identifier:
159 <        stack[sp++] = lookupIdentifierValue((std::string)instruction.value);
159 >        stack.push(lookupValue(boost::any_cast<std::string>(instruction.value)));
160          break;
161        case Token::opLT:
162        case Token::opLE:
# Line 192 | Line 164 | void SelectionEvaluator::instructionDispatchLoop(){
164        case Token::opGT:
165        case Token::opEQ:
166        case Token::opNE:
167 <        bs = stack[sp++] = new BitSet();
196 <        comparatorInstruction(instruction, bs);
167 >        stack.push(comparatorInstruction(instruction));
168          break;
169        default:
170          unrecognizedExpression();
171        }
172      }
173 <    if (sp != 1)
173 >    if (stack.size() != 1)
174        evalError("atom expression compiler error - stack over/underflow");
175 <    return stack[0];
175 >          
176 >    return stack.top();
177    }
178  
179  
180  
181 <  void SelectionEvaluator::comparatorInstruction(Token instruction, BitSet bs) {
181 > BitSet SelectionEvaluator::comparatorInstruction(const Token& instruction) {
182      int comparator = instruction.tok;
183      int property = instruction.intValue;
184 <    float propertyValue = 0; // just for temperature
185 <    int comparisonValue = ((Integer)instruction.value).intValue();
186 <    int numberOfAtoms = viewer.getAtomCount();
187 <    Frame frame = viewer.getFrame();
188 <    for (int i = 0; i < numberOfAtoms; ++i) {
189 <      Atom atom = frame.getAtomAt(i);
190 <      switch (property) {
191 <      case Token::mass:
192 <        //propertyValue = atom.getAtomNumber();
193 <        break;
194 <      case Token::charge:
184 >    float comparisonValue = boost::any_cast<float>(instruction.value);
185 >    float propertyValue;
186 >    BitSet bs(nStuntDouble);
187 >    
188 >    SimInfo::MoleculeIterator mi;
189 >    Molecule* mol;
190 >    Molecule::AtomIterator ai;
191 >    Atom* atom;
192 >    Molecule::RigidBodyIterator rbIter;
193 >    RigidBody* rb;
194 >    
195 >    for (mol = info->beginMolecule(mi); mol != NULL; mol = info->nextMolecule(mi)) {
196  
197 <        break;
198 <      case Token::dipole:
199 <
200 <        break;
201 <      default:
202 <        unrecognizedAtomProperty(property);
203 <      }
204 <      bool match = false;
232 <      switch (comparator) {
233 <      case Token::opLT:
234 <        match = propertyValue < comparisonValue;
235 <        break;
236 <      case Token::opLE:
237 <        match = propertyValue <= comparisonValue;
238 <        break;
239 <      case Token::opGE:
240 <        match = propertyValue >= comparisonValue;
241 <        break;
242 <      case Token::opGT:
243 <        match = propertyValue > comparisonValue;
244 <        break;
245 <      case Token::opEQ:
246 <        match = propertyValue == comparisonValue;
247 <        break;
248 <      case Token::opNE:
249 <        match = propertyValue != comparisonValue;
250 <        break;
251 <      }
252 <      if (match)
253 <        bs.set(i);
197 >        for(atom = mol->beginAtom(ai); atom != NULL; atom = mol->nextAtom(ai)) {
198 >            compareProperty(atom, bs, property, comparator, comparisonValue);
199 >        }
200 >        
201 >        //change the positions of atoms which belong to the rigidbodies
202 >        for (rb = mol->beginRigidBody(rbIter); rb != NULL; rb = mol->nextRigidBody(rbIter)) {
203 >            compareProperty(rb, bs, property, comparator, comparisonValue);
204 >        }        
205      }
255 –  }
206  
207 < void SelectionEvaluator::withinInstruction(const Token& instruction, BitSet& bs, BitSet& bsResult)
207 >    return bs;
208 > }
209  
210 + void SelectionEvaluator::compareProperty(StuntDouble* sd, BitSet& bs, int property, int comparator, float comparisonValue) {
211 +        double propertyValue;
212 +        switch (property) {
213 +        case Token::mass:
214 +            propertyValue = sd->getMass();
215 +            break;
216 +        case Token::charge:
217 +            return;
218 +            //break;
219 +        case Token::dipole:
220 +            return;
221 +            //break;
222 +        default:
223 +            unrecognizedAtomProperty(property);
224 +        }
225 +        
226 +        bool match = false;
227 +        switch (comparator) {
228 +            case Token::opLT:
229 +                match = propertyValue < comparisonValue;
230 +                break;
231 +            case Token::opLE:
232 +                match = propertyValue <= comparisonValue;
233 +                break;
234 +            case Token::opGE:
235 +                match = propertyValue >= comparisonValue;
236 +                break;
237 +            case Token::opGT:
238 +                match = propertyValue > comparisonValue;
239 +                break;
240 +            case Token::opEQ:
241 +                match = propertyValue == comparisonValue;
242 +                break;
243 +            case Token::opNE:
244 +                match = propertyValue != comparisonValue;
245 +                break;
246 +        }
247 +        if (match)
248 +            bs.setBitOn(sd->getGlobalIndex());
249 +
250 + }
251 +
252 + void SelectionEvaluator::withinInstruction(const Token& instruction, BitSet& bs){
253 +
254      boost::any withinSpec = instruction.value;
255 <    if (withinSpec instanceof Float) {
256 <        withinDistance(((Float)withinSpec).floatValue(), bs, bsResult);
255 >    if (withinSpec.type() == typeid(float)){
256 >        //
257          return;
258      }
259 <    evalError("Unrecognized within parameter:" + withinSpec);
259 >    
260 >    evalError("Unrecognized within parameter");
261   }
262  
263 <  void SelectionEvaluator::withinDistance(float distance, BitSet bs, BitSet bsResult) {
264 <    Frame frame = viewer.getFrame();
269 <    for (int i = frame.getAtomCount(); --i >= 0; ) {
270 <      if (bs.get(i)) {
271 <        Atom atom = frame.getAtomAt(i);
272 <        AtomIterator iterWithin =
273 <          frame.getWithinIterator(atom, distance);
274 <        while (iterWithin.hasNext())
275 <          bsResult.set(iterWithin.next().getAtomIndex());
276 <      }
277 <    }
278 <  }
263 > void SelectionEvaluator::define() {
264 >    assert(statement.size() >= 3);
265  
266 <  void SelectionEvaluator::define() {
267 <    std::string variable = (std::string)statement[1].value;
266 >    std::string variable = boost::any_cast<std::string>(statement[1].value);
267 >
268      variables.insert(std::make_pair(variable, expression(statement, 2)));
283 –  }
269   }
270  
286 –  void SelectionEvaluator::predefine(Token[] statement) {
287 –    std::string variable = (std::string)statement[1].value;
288 –    variables.put(variable, statement);
289 –  }
271  
272 <  void SelectionEvaluator::select(){
273 <      viewer.setSelectionSet(expression(statement, 1));
274 <  }
275 <  
276 <  }
272 > /** @todo */
273 > void SelectionEvaluator::predefine(const std::string& script) {
274 >
275 >    if (compiler.compile("#predefine", script)) {
276 >        std::vector<std::vector<Token> > aatoken = compiler.getAatokenCompiled();
277 >        if (aatoken.size() != 1) {
278 >            evalError("predefinition does not have exactly 1 command:"
279 >                + script);
280 >            return;
281 >        }
282 >        std::vector<Token> statement = aatoken[0];
283 >        if (statement.size() > 2) {
284 >            int tok = statement[1].tok;
285 >            if (tok == Token::identifier || (tok & Token::predefinedset) == Token::predefinedset) {
286 >                std::string variable = boost::any_cast<std::string>(statement[1].value);
287 >                variables.insert(std::make_pair(variable, statement));
288 >
289 >            } else {
290 >                evalError("invalid variable name:" + script);
291 >            }
292 >        }else {
293 >            evalError("bad predefinition length:" + script);
294 >        }
295 >
296 >        
297 >    } else {
298 >        evalError("predefined set compile error:" + script +
299 >          "\ncompile error:" + compiler.getErrorMessage());
300 >    }
301 >
302 > }
303 >
304 > void SelectionEvaluator::select(){
305 >    //viewer.setSelectionSet(expression(statement, 1));
306 > }
307 >
308 > BitSet SelectionEvaluator::lookupValue(const std::string& variable){
309 >
310 >    std::map<std::string, boost::any>::iterator i = variables.find(variable);
311 >
312 >    if (i != variables.end()) {
313 >        if (i->second.type() == typeid(BitSet)) {
314 >            return boost::any_cast<BitSet>(i->second);
315 >        } else if (i->second.type() ==  typeid(std::vector<Token>)){
316 >            BitSet bs = expression(boost::any_cast<std::vector<Token> >(i->second), 2);
317 >            i->second =  bs; /**@todo fixme */
318 >            return bs;
319 >        }
320 >    } else {
321 >        unrecognizedIdentifier(variable);
322 >    }
323 > }
324 >
325 > BitSet SelectionEvaluator::nameInstruction(const std::string& name){
326 >    BitSet bs(nStuntDouble);
327 >    
328 >    bool hasError = finder.match(name, bs);
329 >    
330 >    return bs;    
331 > }    
332 >
333 >
334 > }

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