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root/group/trunk/OOPSE/libBASS/Globals.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libBASS/Globals.cpp (file contents):
Revision 481 by gezelter, Tue Apr 8 21:35:49 2003 UTC vs.
Revision 957 by gezelter, Mon Jan 19 16:08:21 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstdlib>
2 < #include <cstdio>
3 < #include <cstring>
1 > #include <stdlib.h>
2 > #include <stdio.h>
3 > #include <string.h>
4  
5   #include "Globals.hpp"
6   #include "simError.h"
# Line 17 | Line 17
17   */
18  
19   //required parameters
20 < #define G_FORCEFIELD  1
21 < #define G_NCOMPONENTS 2
22 < #define G_TARGETTEMP  3
23 < #define G_ENSEMBLE    4
24 < #define G_DT          5
25 < #define G_RUNTIME     6
20 > #define G_FORCEFIELD         1
21 > #define G_NCOMPONENTS        2
22 > #define G_TARGETTEMP         3
23 > #define G_ENSEMBLE           4
24 > #define G_DT                 5
25 > #define G_RUNTIME            6
26  
27   //optional parameters
28 < #define G_INITIALCONFIG   7
29 < #define G_FINALCONFIG     8
30 < #define G_NMOL            9
31 < #define G_DENSITY        10
32 < #define G_BOX            11
33 < #define G_BOXX           12
34 < #define G_BOXY           13
35 < #define G_BOXZ           14
36 < #define G_SAMPLETIME     15
37 < #define G_STATUSTIME     16
38 < #define G_ECR            17
39 < #define G_DIELECTRIC     18
40 < #define G_TEMPSET        19
41 < #define G_THERMALTIME    20
42 < #define G_USEPBC         21
43 < #define G_MIXINGRULE     22
44 < #define G_EST            23
45 < #define G_USERF          24
46 < #define G_TARGETPRESSURE 25
47 < #define G_QMASS          26
48 < #define G_TAUTHERMOSTAT  27
49 < #define G_TAUBAROSTAT    28
28 > #define G_INITIALCONFIG      7
29 > #define G_FINALCONFIG        8
30 > #define G_NMOL               9
31 > #define G_DENSITY           10
32 > #define G_BOX               11
33 > #define G_BOXX              12
34 > #define G_BOXY              13
35 > #define G_BOXZ              14
36 > #define G_SAMPLETIME        15
37 > #define G_STATUSTIME        16
38 > #define G_ECR               17
39 > #define G_DIELECTRIC        18
40 > #define G_TEMPSET           19
41 > #define G_THERMALTIME       20
42 > #define G_USEPBC            21
43 > #define G_MIXINGRULE        22
44 > #define G_EST               23
45 > #define G_USERF             24
46 > #define G_TARGETPRESSURE    25
47 > #define G_TAUTHERMOSTAT     26
48 > #define G_TAUBAROSTAT       27
49 > #define G_ZCONSTIME         28
50 > #define G_NZCONSTRAINTS     29
51 > #define G_ZCONSTOL          30
52 > #define G_ZCONSFORCEPOLICY  31
53 > #define G_SEED              32
54 > #define G_RESETTIME         33
55 > #define G_USEINITTIME       34
56 > #define G_USEINIT_XS_STATE  35
57 > #define G_ORTHOBOXTOLERANCE 36
58 > #define G_LJRCUT            37
59  
60  
61   Globals::Globals(){
62    
63    int i;
64 +
65 +  hash_size = 23;
66 +  hash_shift = 4;
67    
68    components = NULL;
69    
# Line 75 | Line 87 | Globals::Globals(){
87    addHash( "boxY",          G_BOXY );
88    addHash( "boxZ",          G_BOXZ );
89    addHash( "sampleTime",    G_SAMPLETIME );
90 +  addHash( "resetTime",     G_RESETTIME );
91    addHash( "statusTime",    G_STATUSTIME );
92    addHash( "electrostaticCutoffRadius",            G_ECR );
93    addHash( "dielectric",    G_DIELECTRIC );
# Line 85 | Line 98 | Globals::Globals(){
98    addHash( "electrostaticSkinThickness",           G_EST );
99    addHash( "useReactionField",                     G_USERF );
100    addHash( "targetPressure",                       G_TARGETPRESSURE);
88 –  addHash( "qMass",                                G_QMASS);
101    addHash( "tauThermostat",                        G_TAUTHERMOSTAT);
102    addHash( "tauBarostat",                          G_TAUBAROSTAT);
103 <  
103 >  addHash( "zconsTime",                            G_ZCONSTIME);
104 >  addHash( "nZconstraints",                        G_NZCONSTRAINTS);
105 >  addHash( "zconsTol",                             G_ZCONSTOL);
106 >  addHash( "zconsForcePolicy",                     G_ZCONSFORCEPOLICY);
107 >  addHash( "seed",                                 G_SEED);
108 >  addHash( "useInitialTime",                       G_USEINITTIME);
109 >  addHash( "useInitialExtendedSystemState",        G_USEINIT_XS_STATE);
110 >  addHash( "orthoBoxTolerance",                    G_ORTHOBOXTOLERANCE);
111 >  addHash( "LJrcut",                               G_LJRCUT);
112 >        
113 >        
114    // define some default values
115  
116    strcpy( mixingRule,"standard");  //default mixing rules to standard.
117    usePBC = 1; //default  periodic boundry conditions to on
118    useRF  = 0;
119 <  
119 >  useInitTime = 1; // default to pull init time from the init file
120 >  useInitXSstate = 1; // default to pull the extended state from the init file
121 >  orthoBoxTolerance = 1E-6;
122 >
123    have_force_field =  0;
124    have_n_components = 0;
125    have_target_temp =  0;
# Line 113 | Line 138 | Globals::Globals(){
138    have_box_z =          0;
139    have_sample_time =    0;
140    have_status_time =    0;
141 +  have_reset_time =     0;
142    have_thermal_time =   0;
143    have_ecr =            0;
144    have_dielectric =     0;
# Line 121 | Line 147 | Globals::Globals(){
147    have_target_pressure =0;
148    have_q_mass =         0;
149    have_tau_thermostat = 0;
150 <  have_tau_barostat =   0;
151 < }
150 >  have_tau_barostat   = 0;
151 >  have_zcons_time     = 0;
152 >  have_n_zConstraints = 0;
153 >  have_zConstraints   = 0;
154 >  have_zcons_tol = 0;
155 >  have_seed = 0;
156 >  have_ljrcut = 0;
157  
158 + }
159 +
160   Globals::~Globals(){
161    int i;
162  
# Line 196 | Line 229 | int Globals::componentStartIndex( event* the_event ){
229    return 0;
230   }
231  
232 < int Globals::componentStartIndex( event* the_event ){
232 > int Globals::componentEnd( event* the_event ){
233  
234 <  current_component->startIndex( the_event->evt.si.array,
235 <                                 the_event->evt.si.n_elements );
234 >  the_event->err_msg = current_component->checkMe();
235 >  if( the_event->err_msg != NULL ) return 0;
236 >
237    return 1;
238   }
239  
240 < int Globals::componentEnd( event* the_event ){
240 > int Globals::newZconstraint( event* the_event ){
241 >  
242  
243 <  the_event->err_msg = current_component->checkMe();
243 >  int index = the_event->evt.blk_index;
244 >  char err[200];
245 >  current_zConstraint = new ZconStamp( index );
246 >  
247 >  have_zConstraints = 1;
248 >
249 >  if( have_n_zConstraints && index < n_zConstraints )
250 >    zConstraints[index] = current_zConstraint;
251 >  else{
252 >    if( have_n_zConstraints ){
253 >      sprintf( err, "Globals error, %d out of nZconstraints range",
254 >               index );
255 >      the_event->err_msg = strdup( err );
256 >      return 0;
257 >    }
258 >    else{
259 >      the_event->err_msg = strdup("Globals error, nZconstraints"
260 >                                  " not given before"
261 >                                  " first zConstraint declaration." );
262 >      return 0;
263 >    }
264 >  }  
265 >
266 >  return 1;
267 > }
268 >
269 >
270 >
271 > int Globals::zConstraintAssign( event* the_event ){
272 >
273 >  switch( the_event->evt.asmt.asmt_type ){
274 >    
275 >  case STRING:
276 >    return current_zConstraint->assignString( the_event->evt.asmt.lhs,
277 >                                              the_event->evt.asmt.rhs.sval,
278 >                                              &(the_event->err_msg));
279 >    break;
280 >    
281 >  case DOUBLE:
282 >    return current_zConstraint->assignDouble( the_event->evt.asmt.lhs,
283 >                                              the_event->evt.asmt.rhs.dval,
284 >                                              &(the_event->err_msg));
285 >    break;
286 >    
287 >  case INT:
288 >    return current_zConstraint->assignInt( the_event->evt.asmt.lhs,
289 >                                           the_event->evt.asmt.rhs.ival,
290 >                                           &(the_event->err_msg));
291 >    break;
292 >    
293 >  default:
294 >    the_event->err_msg = strdup( "Globals error. Invalid zConstraint"
295 >                                 " assignment type" );
296 >    return 0;
297 >    break;
298 >  }
299 >  return 0;
300 > }
301 >
302 > int Globals::zConstraintEnd( event* the_event ){
303 >
304 >  the_event->err_msg = current_zConstraint->checkMe();
305    if( the_event->err_msg != NULL ) return 0;
306  
307    return 1;
# Line 260 | Line 356 | int Globals::globalAssign( event* the_event ){
356          return 1;
357        }
358        break;
359 +
360 +    case G_NZCONSTRAINTS:
361 +      if( the_type == STRING ){
362 +        the_event->err_msg =
363 +          strdup("Global error. nZconstraints is not a double or an int.\n" );
364 +        return 0;
365 +      }
366        
367 +      else if( the_type == DOUBLE ){
368 +        n_zConstraints = (int)the_event->evt.asmt.rhs.dval;
369 +        zConstraints = new ZconStamp*[n_zConstraints];
370 +        have_n_zConstraints = 1;
371 +        return 1;
372 +      }
373 +      
374 +      else{
375 +        n_zConstraints = the_event->evt.asmt.rhs.ival;
376 +        zConstraints = new ZconStamp*[n_zConstraints];
377 +        have_n_zConstraints = 1;
378 +        return 1;
379 +      }
380 +      break;
381 +      
382      case G_TARGETTEMP:
383        switch( the_type ){
384          
# Line 289 | Line 407 | int Globals::globalAssign( event* the_event ){
407          break;
408        }
409        break;
410 +
411 +    case G_ORTHOBOXTOLERANCE:
412 +      switch( the_type ){
413 +        
414 +      case STRING:
415 +        the_event->err_msg =
416 +          strdup( "Global error. orthoBoxTolerance is not a double or int.\n" );
417 +        return 0;
418 +        break;
419 +        
420 +      case DOUBLE:
421 +        orthoBoxTolerance = the_event->evt.asmt.rhs.dval;
422 +        have_target_temp = 1;
423 +        return 1;
424 +        break;
425 +        
426 +      case INT:
427 +        orthoBoxTolerance = (double)the_event->evt.asmt.rhs.ival;
428 +        have_target_temp = 1;
429 +        return 1;
430 +        break;
431 +        
432 +      default:
433 +        the_event->err_msg =
434 +          strdup( "Global error.orthoBoxTolerance unrecognized.\n" );
435 +        return 0;
436 +        break;
437 +      }
438 +      break;
439        
440      case G_ENSEMBLE:
441        if( the_type == STRING ){
# Line 627 | Line 774 | int Globals::globalAssign( event* the_event ){
774        }
775        break;
776  
777 <   case G_THERMALTIME:
777 >    case G_RESETTIME:
778        switch( the_type ){
779          
780        case STRING:
781          the_event->err_msg =
782 +          strdup( "Global error. resetTime is not a double or int.\n" );
783 +        return 0;
784 +        break;
785 +        
786 +      case DOUBLE:
787 +        resetTime = the_event->evt.asmt.rhs.dval;
788 +        have_reset_time = 1;
789 +        return 1;
790 +        break;
791 +        
792 +      case INT:
793 +        resetTime = (double)the_event->evt.asmt.rhs.ival;
794 +        have_reset_time = 1;
795 +        return 1;
796 +        break;
797 +        
798 +      default:
799 +        the_event->err_msg =
800 +          strdup( "Global error. resetTime unrecognized.\n" );
801 +        return 0;
802 +        break;
803 +      }
804 +      break;
805 +
806 +    case G_THERMALTIME:
807 +      switch( the_type ){
808 +        
809 +      case STRING:
810 +        the_event->err_msg =
811            strdup( "Global error. thermalTime is not a double or int.\n" );
812          return 0;
813          break;
# Line 655 | Line 831 | int Globals::globalAssign( event* the_event ){
831          break;
832        }
833        break;
834 +
835 +    case G_LJRCUT:
836 +      switch( the_type ){
837 +        
838 +      case STRING:
839 +        the_event->err_msg =
840 +          strdup( "Global error. LJrcut is not a double or int.\n" );
841 +        return 0;
842 +        break;
843 +        
844 +      case DOUBLE:
845 +        LJrcut = the_event->evt.asmt.rhs.dval;
846 +        have_ljrcut = 1;
847 +        return 1;
848 +        break;
849 +        
850 +      case INT:
851 +        LJrcut = (double)the_event->evt.asmt.rhs.ival;
852 +        have_ljrcut = 1;
853 +        return 1;
854 +        break;
855 +        
856 +      default:
857 +        the_event->err_msg =
858 +          strdup( "Global error. LJrcut unrecognized.\n" );
859 +        return 0;
860 +        break;
861 +      }
862 +      break;
863        
864      case G_ECR:
865        switch( the_type ){
# Line 761 | Line 966 | int Globals::globalAssign( event* the_event ){
966          strdup( "Global error. tempSet was not \"true\" or \"false\".\n" );
967        return 0;
968        break;
969 +
970 +    case G_USEINITTIME:
971 +      if( the_type == STRING ){
972 +        
973 +        if( !strcasecmp( "true", the_event->evt.asmt.rhs.sval )) useInitTime = 1;
974 +        else if( !strcasecmp( "false", the_event->evt.asmt.rhs.sval )) useInitTime = 0;
975 +        else{
976 +          the_event->err_msg =
977 +            strdup( "Global error. useInitTime was not \"true\" or \"false\".\n" );
978 +          return 0;
979 +        }
980 +        return 1;
981 +      }
982        
983 +      the_event->err_msg =
984 +        strdup( "Global error. useInitTime was not \"true\" or \"false\".\n" );
985 +      return 0;
986 +      break;
987 +
988 +    case G_USEINIT_XS_STATE:
989 +      if( the_type == STRING ){
990 +        
991 +        if( !strcasecmp( "true", the_event->evt.asmt.rhs.sval ))
992 +          useInitXSstate = 1;
993 +        else if( !strcasecmp( "false", the_event->evt.asmt.rhs.sval ))
994 +          useInitXSstate = 0;
995 +        else{
996 +          the_event->err_msg =
997 +            strdup( "Global error. useInitExtendedSystemState was not \"true\" or \"false\".\n" );
998 +          return 0;
999 +        }
1000 +        return 1;
1001 +      }
1002 +      
1003 +      the_event->err_msg =
1004 +        strdup( "Global error. useInitExtendedSystemState was not \"true\" or \"false\".\n" );
1005 +      return 0;
1006 +      break;
1007 +      
1008      case G_USEPBC:
1009        if( the_type == STRING ){
1010          
# Line 827 | Line 1070 | int Globals::globalAssign( event* the_event ){
1070        }
1071        break;
1072  
1073 <    case G_QMASS:
1073 >    case G_TAUTHERMOSTAT:
1074        switch( the_type ){
1075          
1076        case STRING:
1077          the_event->err_msg =
1078 <          strdup( "Global error. qMass is not a double or int.\n" );
1078 >          strdup( "Global error. tauThermostat is not a double or int.\n" );
1079          return 0;
1080          break;
1081          
1082        case DOUBLE:
1083 <        q_mass = the_event->evt.asmt.rhs.dval;
1084 <        have_q_mass = 1;
1083 >        tau_thermostat = the_event->evt.asmt.rhs.dval;
1084 >        have_tau_thermostat = 1;
1085          return 1;
1086          break;
1087          
1088        case INT:
1089 <        q_mass = (double)the_event->evt.asmt.rhs.ival;
1090 <        have_q_mass = 1;
1089 >        tau_thermostat = (double)the_event->evt.asmt.rhs.ival;
1090 >        have_tau_thermostat = 1;
1091          return 1;
1092          break;
1093          
1094        default:
1095          the_event->err_msg =
1096 <          strdup( "Global error. qMass unrecognized.\n" );
1096 >          strdup( "Global error. tauThermostat unrecognized.\n" );
1097          return 0;
1098          break;
1099        }
1100        break;
1101  
1102 <    case G_TAUTHERMOSTAT:
1102 >    case G_TAUBAROSTAT:
1103        switch( the_type ){
1104          
1105        case STRING:
1106          the_event->err_msg =
1107 <          strdup( "Global error. tauThermostat is not a double or int.\n" );
1107 >          strdup( "Global error. tauBarostat is not a double or int.\n" );
1108          return 0;
1109          break;
1110          
1111        case DOUBLE:
1112 <        tau_thermostat = the_event->evt.asmt.rhs.dval;
1113 <        have_tau_thermostat = 1;
1112 >        tau_barostat = the_event->evt.asmt.rhs.dval;
1113 >        have_tau_barostat = 1;
1114          return 1;
1115          break;
1116          
1117        case INT:
1118 <        tau_thermostat = (double)the_event->evt.asmt.rhs.ival;
1119 <        have_tau_thermostat = 1;
1118 >        tau_barostat = (double)the_event->evt.asmt.rhs.ival;
1119 >        have_tau_barostat = 1;
1120          return 1;
1121          break;
1122          
1123        default:
1124          the_event->err_msg =
1125 <          strdup( "Global error. tauThermostat unrecognized.\n" );
1125 >          strdup( "Global error. tauBarostat unrecognized.\n" );
1126          return 0;
1127          break;
1128        }
1129        break;
1130 +      
1131 +    case G_ZCONSTIME:
1132 +      switch( the_type ){
1133 +        
1134 +      case STRING:
1135 +        the_event->err_msg =
1136 +          strdup( "Global error. zcons_time is not a double or int.\n" );
1137 +        return 0;
1138 +        break;
1139 +        
1140 +      case DOUBLE:
1141 +        zcons_time = the_event->evt.asmt.rhs.dval;
1142 +        have_zcons_time = 1;
1143 +        return 1;
1144 +        break;
1145 +        
1146 +      case INT:
1147 +        zcons_time = (double)the_event->evt.asmt.rhs.ival;
1148 +        have_zcons_time = 1;
1149 +        return 1;
1150 +        break;
1151 +        
1152 +      default:
1153 +        the_event->err_msg =
1154 +          strdup( "Global error. zcons_time unrecognized.\n" );
1155 +        return 0;
1156 +        break;
1157 +      }
1158 +      break;
1159  
1160 <    case G_TAUBAROSTAT:
1160 >    case G_ZCONSTOL:
1161        switch( the_type ){
1162          
1163        case STRING:
1164          the_event->err_msg =
1165 <          strdup( "Global error. tauBarostat is not a double or int.\n" );
1165 >          strdup( "Global error. zcons_tol is not a double or int.\n" );
1166          return 0;
1167          break;
1168          
1169        case DOUBLE:
1170 <        tau_barostat = the_event->evt.asmt.rhs.dval;
1171 <        have_tau_barostat = 1;
1170 >        zcons_tol = the_event->evt.asmt.rhs.dval;
1171 >        have_zcons_tol = 1;
1172          return 1;
1173          break;
1174          
1175        case INT:
1176 <        tau_barostat = (double)the_event->evt.asmt.rhs.ival;
1177 <        have_tau_barostat = 1;
1176 >        zcons_tol = (double)the_event->evt.asmt.rhs.ival;
1177 >        have_zcons_tol = 1;
1178          return 1;
1179          break;
1180          
1181        default:
1182          the_event->err_msg =
1183 <          strdup( "Global error. tauBarostat unrecognized.\n" );
1183 >          strdup( "Global error. zcons_ol unrecognized.\n" );
1184          return 0;
1185          break;
1186        }
1187        break;
1188 +  
1189 +    case G_ZCONSFORCEPOLICY:
1190 +      switch( the_type ){
1191 +        
1192 +      case STRING:
1193 +   strcpy(zconsForcePolicy, the_event->evt.asmt.rhs.sval);
1194  
1195 +   for(int i = 0; zconsForcePolicy[i] != '\0'; i++)
1196 +        {
1197 +      zconsForcePolicy[i] = toupper(zconsForcePolicy[i]);
1198 +   }
1199 +        have_zcons_force_policy = 1;
1200 +   return 1;
1201 +        break;
1202 +        
1203 +      case DOUBLE:
1204 +        the_event->err_msg =
1205 +          strdup( "Global error. zconsForcePolicy is not a double or int.\n" );
1206 +        return 0;
1207 +        break;
1208 +        
1209 +      case INT:
1210 +        the_event->err_msg =
1211 +          strdup( "Global error. zconsForcePolicy is not a double or int.\n" );
1212 +        return 0;
1213 +        break;
1214 +        
1215 +      default:
1216 +        the_event->err_msg =
1217 +          strdup( "Global error. zconsForcePolicy unrecognized.\n" );
1218 +        return 0;
1219 +        break;
1220 +      }
1221 +      break;
1222 +      // add more token cases here.
1223 +    case G_SEED:
1224 +      switch( the_type ){
1225 +        
1226 +      case STRING:
1227 +   the_event->err_msg =
1228 +          strdup( "Global error. seed is not a string.\n" );
1229 +        return 0;
1230 +   return 0;
1231 +        break;
1232 +        
1233 +      case DOUBLE:
1234 +   have_seed = 1;
1235 +   seed = (int)the_event->evt.asmt.rhs.dval;
1236 +        return 1;
1237 +        break;
1238 +        
1239 +      case INT:
1240 +   have_seed = 1;
1241 +   seed =  the_event->evt.asmt.rhs.ival ;
1242 +        return 1;
1243 +        break;
1244 +        
1245 +      default:
1246 +        the_event->err_msg =
1247 +          strdup( "Global error. seed unrecognized.\n" );
1248 +        return 0;
1249 +        break;
1250 +      }
1251 +      break;
1252 +      // add more token cases here.
1253 +
1254      }
1255    }
1256    

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– Removed lines
+ Added lines
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> Changed lines