ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/Atom.cpp
Revision: 999
Committed: Fri Jan 30 15:01:09 2004 UTC (20 years, 5 months ago) by chrisfen
File size: 6369 byte(s)
Log Message: 
Substantial changes. OOPSE now has a working WATER.cpp forcefield and parser.
This involved changes to WATER.cpp and ForceFields amoung other files. One important
note: a hardwiring of LJ_rcut was made in calc_LJ_FF.F90. This will be removed on
the next commit...

File Contents

# User Rev Content
1 mmeineke 561 #include <iostream>
2    
3     using namespace std;
4    
5 mmeineke 670 #include "simError.h"
6 gezelter 409 #include "Atom.hpp"
7    
8 mmeineke 670 Atom::Atom(int theIndex, SimState* theConfig) {
9    
10     myConfig = theConfig;
11     hasCoords = false;
12 mmeineke 707
13 gezelter 409 c_n_hyd = 0;
14     has_dipole = 0;
15     is_VDW = 0;
16     is_LJ = 0;
17 chrisfen 999 is_charged = 0;
18 gezelter 409
19     index = theIndex;
20 mmeineke 670 offset = 0;
21 gezelter 409 offsetX = offset;
22     offsetY = offset+1;
23     offsetZ = offset+2;
24    
25 mmeineke 670 Axx = 0;
26 gezelter 409 Axy = Axx+1;
27     Axz = Axx+2;
28    
29     Ayx = Axx+3;
30     Ayy = Axx+4;
31     Ayz = Axx+5;
32    
33     Azx = Axx+6;
34     Azy = Axx+7;
35     Azz = Axx+8;
36     }
37    
38 mmeineke 670 void Atom::setIndex(int theIndex) {
39     index = theIndex;
40     }
41 mmeineke 413
42 mmeineke 670 void Atom::setCoords(void){
43    
44     if( myConfig->isAllocated() ){
45    
46 mmeineke 690
47 mmeineke 670 myConfig->getAtomPointers( index,
48     &pos,
49     &vel,
50     &frc,
51     &trq,
52     &Amat,
53     &mu,
54     &ul );
55 gezelter 409 }
56 mmeineke 670 else{
57     sprintf( painCave.errMsg,
58     "Attempted to set Atom %d coordinates with an unallocated "
59 mmeineke 787 "SimState object.\n", index );
60 mmeineke 670 painCave.isFatal = 1;
61     simError();
62     }
63 gezelter 409
64 mmeineke 670 hasCoords = true;
65 gezelter 409
66     }
67    
68 mmeineke 670 // void Atom::addAtoms(int nAdded, double* Apos, double* Avel, double* Afrc,
69     // double* Atrq, double* AAmat, double* Amu,
70     // double* Aul) {
71 gezelter 409
72 mmeineke 670 // int nNew = nElements+nAdded;
73 gezelter 409
74 mmeineke 670 // double* new_pos = new double[nNew*3];
75     // double* new_vel = new double[nNew*3];
76     // double* new_frc = new double[nNew*3];
77     // double* new_trq = new double[nNew*3];
78     // double* new_Amat = new double[nNew*9];
79     // double* new_mu = new double[nNew];
80     // double* new_ul = new double[nNew*3];
81     // int i, j;
82 gezelter 409
83 mmeineke 670 // for (i = 0; i < 3*nElements; i++) {
84     // new_pos[i] = pos[i];
85     // new_vel[i] = vel[i];
86     // new_frc[i] = frc[i];
87     // new_trq[i] = trq[i];
88     // new_ul[i] = ul[i];
89     // }
90 gezelter 409
91 mmeineke 670 // for(i = 0; i < 3*nAdded; i++) {
92     // j = i + 3*nElements;
93     // new_pos[j] = Apos[i];
94     // new_vel[j] = Avel[i];
95     // new_frc[j] = Afrc[i];
96     // new_trq[j] = Atrq[i];
97     // new_ul[j] = Aul[i];
98     // }
99 gezelter 409
100 mmeineke 670 // for (i = 0; i < 9*nElements; i++) {
101     // new_Amat[i] = Amat[i];
102     // }
103 gezelter 409
104 mmeineke 670 // for(i = 0; i < 9*nAdded; i++) {
105     // j = i + 9*nElements;
106     // new_Amat[j] = AAmat[i];
107     // }
108 gezelter 409
109 mmeineke 670 // for (i = 0; i < nElements; i++) {
110     // new_mu[i] = mu[i];
111     // }
112 gezelter 409
113 mmeineke 670 // for(i = 0; i < nAdded; i++) {
114     // j = i + nElements;
115     // new_mu[j] = Amu[i];
116     // }
117 gezelter 409
118 mmeineke 670 // delete[] pos;
119     // delete[] vel;
120     // delete[] frc;
121     // delete[] trq;
122     // delete[] Amat;
123     // delete[] mu;
124 gezelter 409
125 mmeineke 670 // pos = new_pos;
126     // vel = new_vel;
127     // frc = new_frc;
128     // trq = new_trq;
129     // ul = new_ul;
130     // Amat = new_Amat;
131     // mu = new_mu;
132 gezelter 409
133 mmeineke 670 // nElements = nNew;
134     // }
135 gezelter 409
136 mmeineke 670 // void Atom::deleteAtom(int theIndex) {
137     // deleteRange(theIndex, theIndex);
138     // }
139 gezelter 409
140 mmeineke 670 // void Atom::deleteRange(int startIndex, int stopIndex) {
141 gezelter 409
142 mmeineke 670 // int nNew = nElements-(stopIndex-startIndex+1);
143 gezelter 409
144 mmeineke 670 // double* new_pos = new double[nNew*3];
145     // double* new_vel = new double[nNew*3];
146     // double* new_frc = new double[nNew*3];
147     // double* new_trq = new double[nNew*3];
148     // double* new_Amat = new double[nNew*9];
149     // double* new_mu = new double[nNew];
150     // double* new_ul = new double[nNew*3];
151     // int i, j;
152 gezelter 409
153 mmeineke 670 // for (i = 0; i < 3*startIndex; i++) {
154     // new_pos[i] = pos[i];
155     // new_vel[i] = vel[i];
156     // new_frc[i] = frc[i];
157     // new_trq[i] = trq[i];
158     // new_ul[i] = ul[i];
159     // }
160 gezelter 409
161 mmeineke 670 // for(i = 3*(stopIndex + 1); i < 3*nElements; i++) {
162     // j = i - 3*startIndex + 1;
163     // new_pos[j] = pos[i];
164     // new_vel[j] = vel[i];
165     // new_frc[j] = frc[i];
166     // new_trq[j] = trq[i];
167     // new_ul[j] = ul[i];
168     // }
169 gezelter 409
170 mmeineke 670 // for (i = 0; i < 9*startIndex; i++) {
171     // new_Amat[i] = Amat[i];
172     // }
173 gezelter 409
174 mmeineke 670 // for(i = 9*(stopIndex + 1); i < 9*nElements; i++) {
175     // j = i - 9*startIndex + 1;
176     // new_Amat[j] = Amat[i];
177     // }
178 gezelter 409
179 mmeineke 670 // for (i = 0; i < startIndex; i++) {
180     // new_mu[i] = mu[i];
181     // }
182 gezelter 409
183 mmeineke 670 // for(i = (stopIndex+1); i < nElements; i++) {
184     // j = i - startIndex + 1;
185     // new_mu[j] = mu[i];
186     // }
187 gezelter 409
188 mmeineke 670 // delete[] pos;
189     // delete[] vel;
190     // delete[] frc;
191     // delete[] trq;
192     // delete[] Amat;
193     // delete[] mu;
194 gezelter 409
195 mmeineke 670 // pos = new_pos;
196     // vel = new_vel;
197     // frc = new_frc;
198     // trq = new_trq;
199     // ul = new_ul;
200     // Amat = new_Amat;
201     // mu = new_mu;
202 gezelter 409
203 mmeineke 670 // nElements = nNew;
204     // }
205 mmeineke 599
206    
207     void Atom::getPos( double theP[3] ){
208    
209 mmeineke 670 if( hasCoords ){
210     theP[0] = pos[offsetX];
211     theP[1] = pos[offsetY];
212     theP[2] = pos[offsetZ];
213     }
214     else{
215    
216     sprintf( painCave.errMsg,
217     "Attempt to get Pos for atom %d before coords set.\n",
218     index );
219     painCave.isFatal = 1;
220     simError();
221     }
222 mmeineke 599 }
223    
224     void Atom::setPos( double theP[3] ){
225    
226 mmeineke 670 if( hasCoords ){
227     pos[offsetX] = theP[0];
228     pos[offsetY] = theP[1];
229     pos[offsetZ] = theP[2];
230     }
231     else{
232    
233     sprintf( painCave.errMsg,
234     "Attempt to set Pos for atom %d before coords set.\n",
235     index );
236     painCave.isFatal = 1;
237     simError();
238     }
239 mmeineke 599 }
240    
241     void Atom::getVel( double theV[3] ){
242    
243 mmeineke 670 if( hasCoords ){
244     theV[0] = vel[offsetX];
245     theV[1] = vel[offsetY];
246     theV[2] = vel[offsetZ];
247     }
248     else{
249    
250     sprintf( painCave.errMsg,
251     "Attempt to get vel for atom %d before coords set.\n",
252     index );
253     painCave.isFatal = 1;
254     simError();
255     }
256    
257 mmeineke 599 }
258    
259     void Atom::setVel( double theV[3] ){
260    
261 mmeineke 670 if( hasCoords ){
262     vel[offsetX] = theV[0];
263     vel[offsetY] = theV[1];
264     vel[offsetZ] = theV[2];
265     }
266     else{
267    
268     sprintf( painCave.errMsg,
269     "Attempt to set vel for atom %d before coords set.\n",
270     index );
271     painCave.isFatal = 1;
272     simError();
273     }
274 mmeineke 599 }
275    
276     void Atom::getFrc( double theF[3] ){
277    
278 mmeineke 670 if( hasCoords ){
279     theF[0] = frc[offsetX];
280     theF[1] = frc[offsetY];
281     theF[2] = frc[offsetZ];
282     }
283     else{
284    
285     sprintf( painCave.errMsg,
286     "Attempt to get frc for atom %d before coords set.\n",
287     index );
288     painCave.isFatal = 1;
289     simError();
290     }
291 mmeineke 599 }
292    
293     void Atom::addFrc( double theF[3] ){
294    
295 mmeineke 670 if( hasCoords ){
296     frc[offsetX] += theF[0];
297     frc[offsetY] += theF[1];
298     frc[offsetZ] += theF[2];
299     }
300     else{
301    
302     sprintf( painCave.errMsg,
303     "Attempt to add frc for atom %d before coords set.\n",
304     index );
305     painCave.isFatal = 1;
306     simError();
307     }
308 mmeineke 599 }
309 mmeineke 670
310    
311     void GeneralAtom::zeroForces( void ){
312    
313    
314     if( hasCoords ){
315     frc[offsetX] = 0.0;
316     frc[offsetY] = 0.0;
317     frc[offsetZ] = 0.0;
318     }
319     else{
320    
321     sprintf( painCave.errMsg,
322     "Attempt to zero frc for atom %d before coords set.\n",
323     index );
324     painCave.isFatal = 1;
325     simError();
326     }
327     }