ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/Atom.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/Atom.cpp (file contents):
Revision 999 by chrisfen, Fri Jan 30 15:01:09 2004 UTC vs.
Revision 1136 by tim, Tue Apr 27 16:26:44 2004 UTC

# Line 6 | Line 6 | Atom::Atom(int theIndex, SimState* theConfig) {
6   #include "Atom.hpp"
7  
8   Atom::Atom(int theIndex, SimState* theConfig) {
9 <  
9 >
10 >  objType = OT_ATOM;
11    myConfig = theConfig;
12    hasCoords = false;
13  
13 –  c_n_hyd = 0;
14    has_dipole = 0;
15 <  is_VDW = 0;
16 <  is_LJ = 0;
17 <  is_charged = 0;
15 >  has_charge = 0;
16    
17    index = theIndex;
18    offset = 0;
# Line 43 | Line 41 | void Atom::setCoords(void){
41  
42    if( myConfig->isAllocated() ){
43  
46 –
44      myConfig->getAtomPointers( index,
45                       &pos,
46                       &vel,
# Line 51 | Line 48 | void Atom::setCoords(void){
48                       &trq,
49                       &Amat,
50                       &mu,  
51 <                     &ul );
51 >                     &ul,
52 >                     &rc,
53 >                     &massRatio);
54    }
55    else{
56      sprintf( painCave.errMsg,
# Line 60 | Line 59 | void Atom::setCoords(void){
59      painCave.isFatal = 1;
60      simError();
61    }
62 <
62 >  
63    hasCoords = true;
65 –
66 – }
67 –
68 – // void Atom::addAtoms(int nAdded, double* Apos, double* Avel, double* Afrc,
69 – //                    double* Atrq, double* AAmat, double* Amu,
70 – //                    double* Aul) {
71 –
72 – //   int nNew = nElements+nAdded;
73 –
74 – //   double* new_pos = new double[nNew*3];
75 – //   double* new_vel = new double[nNew*3];
76 – //   double* new_frc = new double[nNew*3];
77 – //   double* new_trq = new double[nNew*3];
78 – //   double* new_Amat = new double[nNew*9];
79 – //   double* new_mu = new double[nNew];
80 – //   double* new_ul = new double[nNew*3];
81 – //   int i, j;
64    
65 < //   for (i = 0; i < 3*nElements; i++) {
84 < //     new_pos[i] = pos[i];
85 < //     new_vel[i] = vel[i];
86 < //     new_frc[i] = frc[i];
87 < //     new_trq[i] = trq[i];
88 < //     new_ul[i] = ul[i];
89 < //   }
90 <
91 < //   for(i = 0; i < 3*nAdded; i++) {
92 < //     j = i + 3*nElements;
93 < //     new_pos[j] = Apos[i];
94 < //     new_vel[j] = Avel[i];
95 < //     new_frc[j] = Afrc[i];
96 < //     new_trq[j] = Atrq[i];
97 < //     new_ul[j] = Aul[i];
98 < //   }
99 <
100 < //   for (i = 0; i < 9*nElements; i++) {
101 < //     new_Amat[i] = Amat[i];
102 < //   }
103 <
104 < //   for(i = 0; i < 9*nAdded; i++) {
105 < //     j = i + 9*nElements;
106 < //     new_Amat[j] = AAmat[i];
107 < //   }
108 <
109 < //   for (i = 0; i < nElements; i++) {
110 < //     new_mu[i] = mu[i];
111 < //   }
112 <
113 < //   for(i = 0; i < nAdded; i++) {
114 < //     j = i + nElements;
115 < //     new_mu[j] = Amu[i];
116 < //   }
117 <
118 < //   delete[] pos;
119 < //   delete[] vel;
120 < //   delete[] frc;
121 < //   delete[] trq;
122 < //   delete[] Amat;
123 < //   delete[] mu;
124 <
125 < //   pos = new_pos;
126 < //   vel = new_vel;
127 < //   frc = new_frc;
128 < //   trq = new_trq;
129 < //   ul = new_ul;
130 < //   Amat = new_Amat;
131 < //   mu = new_mu;
132 <
133 < //   nElements = nNew;
134 < // }
135 <
136 < // void Atom::deleteAtom(int theIndex) {
137 < //   deleteRange(theIndex, theIndex);
138 < // }
139 <
140 < // void Atom::deleteRange(int startIndex, int stopIndex) {
141 <
142 < //   int nNew = nElements-(stopIndex-startIndex+1);
143 <
144 < //   double* new_pos = new double[nNew*3];
145 < //   double* new_vel = new double[nNew*3];
146 < //   double* new_frc = new double[nNew*3];
147 < //   double* new_trq = new double[nNew*3];
148 < //   double* new_Amat = new double[nNew*9];
149 < //   double* new_mu = new double[nNew];
150 < //   double* new_ul = new double[nNew*3];
151 < //   int i, j;
152 <  
153 < //   for (i = 0; i < 3*startIndex; i++) {
154 < //     new_pos[i] = pos[i];
155 < //     new_vel[i] = vel[i];
156 < //     new_frc[i] = frc[i];
157 < //     new_trq[i] = trq[i];
158 < //     new_ul[i] = ul[i];
159 < //   }
65 > }
66  
161 – //   for(i = 3*(stopIndex + 1); i < 3*nElements; i++) {
162 – //     j = i - 3*startIndex + 1;
163 – //     new_pos[j] = pos[i];
164 – //     new_vel[j] = vel[i];
165 – //     new_frc[j] = frc[i];
166 – //     new_trq[j] = trq[i];
167 – //     new_ul[j] = ul[i];
168 – //   }
169 –
170 – //   for (i = 0; i < 9*startIndex; i++) {
171 – //     new_Amat[i] = Amat[i];
172 – //   }
173 –
174 – //   for(i = 9*(stopIndex + 1); i < 9*nElements; i++) {
175 – //     j = i - 9*startIndex + 1;
176 – //     new_Amat[j] = Amat[i];
177 – //   }
178 –
179 – //   for (i = 0; i < startIndex; i++) {
180 – //     new_mu[i] = mu[i];
181 – //   }
182 –
183 – //   for(i = (stopIndex+1); i < nElements; i++) {
184 – //     j = i - startIndex + 1;
185 – //     new_mu[j] = mu[i];
186 – //   }
187 –
188 – //   delete[] pos;
189 – //   delete[] vel;
190 – //   delete[] frc;
191 – //   delete[] trq;
192 – //   delete[] Amat;
193 – //   delete[] mu;
194 –
195 – //   pos = new_pos;
196 – //   vel = new_vel;
197 – //   frc = new_frc;
198 – //   trq = new_trq;
199 – //   ul = new_ul;
200 – //   Amat = new_Amat;
201 – //   mu = new_mu;
202 –
203 – //   nElements = nNew;
204 – // }
205 –
206 –
67   void Atom::getPos( double theP[3] ){
68    
69    if( hasCoords ){
# Line 222 | Line 82 | void Atom::setPos( double theP[3] ){
82   }
83  
84   void Atom::setPos( double theP[3] ){
85 <  
85 >
86    if( hasCoords ){
87      pos[offsetX] = theP[0];
88      pos[offsetY] = theP[1];
# Line 308 | Line 168 | void GeneralAtom::zeroForces( void ){
168   }
169  
170  
171 < void GeneralAtom::zeroForces( void ){
171 > void Atom::zeroForces( void ){
172    
313 –  
173    if( hasCoords ){
174      frc[offsetX] = 0.0;
175      frc[offsetY] = 0.0;
# Line 325 | Line 184 | void GeneralAtom::zeroForces( void ){
184      simError();
185    }
186   }
187 +
188 + void Atom::getRc(double theRc[3]){
189 +
190 +  if( hasCoords ){
191 +    theRc[0] = rc[offsetX];
192 +    theRc[1] = rc[offsetY];
193 +    theRc[2] = rc[offsetZ];
194 +  }
195 +  else{
196 +    
197 +    sprintf( painCave.errMsg,
198 +             "Attempt to get rc for atom %d before coords set.\n",
199 +             index );
200 +    painCave.isFatal = 1;
201 +    simError();
202 +  }
203 +  
204 + }
205 +
206 + void Atom::setRc(double theRc[3]){
207 +  if( hasCoords ){
208 +    rc[offsetX] = theRc[0] ;
209 +    rc[offsetY] = theRc[1];
210 +    rc[offsetZ] = theRc[2];
211 +  }
212 +  else{
213 +    
214 +    sprintf( painCave.errMsg,
215 +             "Attempt to set rc for atom %d before coords set.\n",
216 +             index );
217 +    painCave.isFatal = 1;
218 +  }
219 + }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines