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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 829 by gezelter, Tue Oct 28 16:03:37 2003 UTC vs.
Revision 916 by gezelter, Fri Jan 9 20:29:32 2004 UTC

# Line 7 | Line 7
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
11 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10  
11   namespace dWrite{
12 <  void nodeZeroError( void );
15 <  void anonymousNodeDie( void );
12 >  void DieDieDie( void );
13   }
14  
15   using namespace dWrite;
# Line 28 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
# Line 67 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74    int i;
75 +
76   #ifdef IS_MPI
77 +  
78 +  int *potatoes;
79 +  int myPotato;
80 +
81 +  int nProc;
82    int j, which_node, done, which_atom, local_index;
83 +  double atomData6[6];
84 +  double atomData13[13];
85 +  int isDirectional;
86 +  char* atomTypeString;
87 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
88 +
89   #else //is_mpi
90    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
91   #endif //is_mpi
# Line 83 | Line 94 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
94    DirectionalAtom* dAtom;
95    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
96    double pos[3], vel[3];
97 <    
87 <  
97 >
98    // write current frame to the eor file
99  
100    this->writeFinal( currentTime );
101  
102   #ifndef IS_MPI
103 <    
103 >
104    outFile << nAtoms << "\n";
105 <    
106 <  outFile << currentTime << ";\t"
105 >
106 >  outFile << currentTime << ";\t"
107            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
108            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
109            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
# Line 104 | Line 114 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
114  
115            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
116            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
117 <          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
118 <    
117 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
118 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
119 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
120 >  outFile << endl;
121 >
122    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
123 <      
123 >
124      atoms[i]->getPos(pos);
125      atoms[i]->getVel(vel);
126  
# Line 123 | Line 136 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
136      strcpy( writeLine, tempBuffer );
137  
138      if( atoms[i]->isDirectional() ){
139 <        
139 >
140        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
141        dAtom->getQ( q );
142 <        
142 >
143        sprintf( tempBuffer,
144                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
145                 q[0],
# Line 140 | Line 153 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
153      }
154      else
155        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
156 <      
156 >
157      outFile << writeLine;
158    }
159    outFile.flush();
160  
161   #else // is_mpi
162  
163 <  // first thing first, suspend fatalities.
164 <  painCave.isEventLoop = 1;
163 >  /* code to find maximum tag value */
164 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
165 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
166 >  if (flag) {
167 >    MAXTAG = *tagub;
168 >  } else {
169 >    MAXTAG = 32767;
170 >  }  
171  
153 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
172    int haveError;
173  
174    MPI_Status istatus;
175    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
176 <  
176 >
177    // write out header and node 0's coordinates
178 <  
178 >
179    if( worldRank == 0 ){
180 +
181 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
182 +
183 +    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
184 +    potatoes = new int[nProc];
185 +
186 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
187 +      potatoes[i] = 0;
188 +    
189      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
190 <  
191 <    outFile << currentTime << ";\t"
190 >
191 >    outFile << currentTime << ";\t"
192              << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
193              << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
194              << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
195 <      
195 >
196              << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
197              << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
198              << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
199 <      
199 >
200              << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
201              << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
202 <            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
203 <    
202 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
203 >
204 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
205 >    outFile << endl;
206      outFile.flush();
207 +
208      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
209 +      
210        // Get the Node number which has this atom;
211        
212 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
212 >      which_node = AtomToProcMap[i];
213        
214 <      if (which_node == 0 ) {
215 <        
214 >      if (which_node != 0) {
215 >
216 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
217 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
218 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
219 >
220 >          potatoes[which_node] = 0;          
221 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
222 >          
223 >        }
224 >
225 >        myPotato = potatoes[which_node];        
226 >        
227 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
228 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
229 >        
230 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
231 >        
232 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
233 >
234 >        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
235 >
236 >        myPotato++;
237 >
238 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
239 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
240 >              
241 >        myPotato++;
242 >
243 >        if (isDirectional) {          
244 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
245 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
246 >        } else {
247 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
248 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
249 >        }
250 >        
251 >        myPotato++;
252 >        potatoes[which_node] = myPotato;
253 >
254 >      } else {
255 >        
256          haveError = 0;
257          which_atom = i;
258 <        local_index=-1;        
258 >        local_index=-1;
259 >        
260          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
261            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
262          }
263 +        
264          if (local_index != -1) {
265 <          //format the line
266 <          
265 >          
266 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
267 >
268            atoms[local_index]->getPos(pos);
269 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
269 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
270  
271 <          sprintf( tempBuffer,
272 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
273 <                   atoms[local_index]->getType(),
274 <                   pos[0],
275 <                   pos[1],
276 <                   pos[2],
277 <                   vel[0],
278 <                   vel[1],
279 <                   vel[2]); // check here.
280 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
207 <          
271 >          atomData6[0] = pos[0];
272 >          atomData6[1] = pos[1];
273 >          atomData6[2] = pos[2];
274 >
275 >          atomData6[3] = vel[0];
276 >          atomData6[4] = vel[1];
277 >          atomData6[5] = vel[2];
278 >          
279 >          isDirectional = 0;
280 >
281            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
282 +
283 +            isDirectional = 1;
284              
285              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
286              dAtom->getQ( q );
287 +
288 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
289 +              atomData13[j] = atomData6[j];            
290              
291 <            sprintf( tempBuffer,
292 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
293 <                     q[0],
294 <                     q[1],
295 <                     q[2],
296 <                     q[3],
297 <                     dAtom->getJx(),
298 <                     dAtom->getJy(),
299 <                     dAtom->getJz());
300 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
301 <            
224 <          }
225 <          else
226 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
227 <        }
228 <        else {
291 >            atomData13[6] = q[0];
292 >            atomData13[7] = q[1];
293 >            atomData13[8] = q[2];
294 >            atomData13[9] = q[3];
295 >            
296 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
297 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
298 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
299 >          }
300 >          
301 >        } else {
302            sprintf(painCave.errMsg,
303                    "Atom %d not found on processor %d\n",
304                    i, worldRank );
305            haveError= 1;
306            simError();
307 <        }
308 <        
309 <        if(haveError) nodeZeroError();
307 >        }
308 >        
309 >        if(haveError) DieDieDie();
310 >        
311 >        // If we've survived to here, format the line:
312 >        
313 >        if (!isDirectional) {
314  
315 <      }
316 <      else {
317 <        myStatus = 1;
318 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
319 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
320 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
321 <                 MPI_COMM_WORLD);
322 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
323 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
324 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
325 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
326 <        
250 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
315 >          sprintf( tempBuffer,
316 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
317 >                   atomTypeString,
318 >                   atomData6[0],
319 >                   atomData6[1],
320 >                   atomData6[2],
321 >                   atomData6[3],
322 >                   atomData6[4],
323 >                   atomData6[5]);
324 >          
325 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
326 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
327  
328 +        } else {
329 +          
330 +          sprintf( tempBuffer,
331 +                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
332 +                   atomTypeString,
333 +                   atomData13[0],
334 +                   atomData13[1],
335 +                   atomData13[2],
336 +                   atomData13[3],
337 +                   atomData13[4],
338 +                   atomData13[5],
339 +                   atomData13[6],
340 +                   atomData13[7],
341 +                   atomData13[8],
342 +                   atomData13[9],
343 +                   atomData13[10],
344 +                   atomData13[11],
345 +                   atomData13[12]);
346 +          
347 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
348 +          
349 +        }
350 +        
351 +        outFile << writeLine;
352 +        outFile.flush();
353        }
253 –      
254 –      outFile << writeLine;
255 –      outFile.flush();
354      }
257 –    
258 –    // kill everyone off:
259 –    myStatus = -1;
260 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
261 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
262 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
263 –    }
355  
356 +    outFile.flush();
357 +    sprintf( checkPointMsg,
358 +             "Sucessfully took a dump.\n");
359 +    MPIcheckPoint();        
360 +    
361    } else {
362 +
363 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
364 +
365 +    // Set my magic potato to 0:
366 +
367 +    myPotato = 0;
368      
369 <    done = 0;
268 <    while (!done) {
369 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
370        
371 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
271 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
272 <
273 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
371 >      // Am I the node which has this atom?
372        
373 <      if(myStatus < 0) break;
373 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
374  
375 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
278 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
279 <      
280 <      myStatus = 1;
281 <      local_index=-1;        
282 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
283 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
284 <      }
285 <      if (local_index != -1) {
286 <        //format the line
375 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
376  
377 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
378 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
377 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
378 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
379 >          // node 0 says we can go:
380  
381 <        sprintf( tempBuffer,
382 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
383 <                 atoms[local_index]->getType(),
384 <                 pos[0],
385 <                 pos[1],
386 <                 pos[2],
387 <                 vel[0],
388 <                 vel[1],
389 <                 vel[2]); // check here.
390 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
391 <        
392 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
393 <          
394 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
395 <          dAtom->getQ( q );
396 <          
397 <          sprintf( tempBuffer,
398 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
399 <                   q[0],
400 <                   q[1],
401 <                   q[2],
402 <                   q[3],
403 <                   dAtom->getJx(),
404 <                   dAtom->getJy(),
405 <                   dAtom->getJz());
406 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
381 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
382 >          
383 >        }
384 >
385 >        local_index=-1;
386 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
387 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
388 >        }
389 >        if (local_index != -1) {
390 >        
391 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
392 >
393 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
394 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
395 >
396 >          atomData6[0] = pos[0];
397 >          atomData6[1] = pos[1];
398 >          atomData6[2] = pos[2];
399 >
400 >          atomData6[3] = vel[0];
401 >          atomData6[4] = vel[1];
402 >          atomData6[5] = vel[2];
403 >          
404 >          isDirectional = 0;
405 >
406 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
407 >
408 >            isDirectional = 1;
409 >            
410 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
411 >            dAtom->getQ( q );
412 >            
413 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
414 >              atomData13[j] = atomData6[j];
415 >            
416 >            atomData13[6] = q[0];
417 >            atomData13[7] = q[1];
418 >            atomData13[8] = q[2];
419 >            atomData13[9] = q[3];
420 >
421 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
422 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
423 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
424 >          }
425 >
426 >        } else {
427 >          sprintf(painCave.errMsg,
428 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
429 >                  i, worldRank );
430 >          haveError= 1;
431 >          simError();
432          }
318 –        else{
319 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
320 –        }
321 –      }
322 –      else {
323 –        sprintf(painCave.errMsg,
324 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
325 –                which_atom, worldRank );
326 –        myStatus = 0;
327 –        simError();
433  
434 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
330 <      }
434 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
435  
436 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
437 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
334 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
335 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
336 <    }
337 <  }  
338 <  outFile.flush();
339 <  sprintf( checkPointMsg,
340 <           "Sucessfully took a dump.\n");
341 <  MPIcheckPoint();
436 >        // null terminate the string before sending (just in case):
437 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
438  
439 < // last  thing last, enable  fatalities.
440 <  painCave.isEventLoop = 0;
439 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
440 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
441 >        
442 >        myPotato++;
443  
444 +        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
445 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
446 +        
447 +        myPotato++;
448 +        
449 +        if (isDirectional) {
450 +
451 +          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
452 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
453 +          
454 +        } else {
455 +
456 +          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
457 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
458 +        }
459 +
460 +        myPotato++;      
461 +      }
462 +    }
463 +
464 +    sprintf( checkPointMsg,
465 +             "Sucessfully took a dump.\n");
466 +    MPIcheckPoint();        
467 +    
468 +  }
469 +  
470   #endif // is_mpi
471   }
472  
# Line 352 | Line 476 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
476    ofstream finalOut;
477  
478    const int BUFFERSIZE = 2000;
479 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
480    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
481 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
481 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
482  
483    double q[4];
484    DirectionalAtom* dAtom;
485    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
486    int i;
487   #ifdef IS_MPI
488 +  
489 +  int *potatoes;
490 +  int myPotato;
491 +
492 +  int nProc;
493    int j, which_node, done, which_atom, local_index;
494 +  double atomData6[6];
495 +  double atomData13[13];
496 +  int isDirectional;
497 +  char* atomTypeString;
498 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
499 +
500   #else //is_mpi
501    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
502   #endif //is_mpi
503 <  
503 >
504    double pos[3], vel[3];
505 <  
505 >
506   #ifdef IS_MPI
507    if(worldRank == 0 ){
508   #endif // is_mpi
509 <    
509 >
510      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
511 <    
511 >
512      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
513      if( !finalOut ){
514        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 381 | Line 517 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
517        painCave.isFatal = 1;
518        simError();
519      }
520 <    
520 >
521      // finalOut.setf( ios::scientific );
522 <    
522 >
523   #ifdef IS_MPI
524    }
525 <  
525 >
526    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
527 <  MPIcheckPoint();  
528 <  
527 >  MPIcheckPoint();
528 >
529   #endif //is_mpi
530  
531 <  
531 >
532   #ifndef IS_MPI
533 <    
533 >
534    finalOut << nAtoms << "\n";
535 <    
535 >
536    finalOut << finalTime << ";\t"
537             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
538             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
539             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
540 <    
540 >
541             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
542             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
543             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
544 <    
544 >
545             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
546             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
547 <           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
548 <  
547 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
548 >
549 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
550 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
551 >  finalOut << endl;
552 >
553    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
554 <      
554 >
555      atoms[i]->getPos(pos);
556      atoms[i]->getVel(vel);
557 <    
557 >
558      sprintf( tempBuffer,
559               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
560               atoms[i]->getType(),
# Line 427 | Line 567 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
567      strcpy( writeLine, tempBuffer );
568  
569      if( atoms[i]->isDirectional() ){
570 <        
570 >
571        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
572        dAtom->getQ( q );
573 <        
573 >
574        sprintf( tempBuffer,
575                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
576                 q[0],
# Line 444 | Line 584 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
584      }
585      else
586        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
587 <      
587 >
588      finalOut << writeLine;
589    }
590    finalOut.flush();
591    finalOut.close();
592  
593   #else // is_mpi
454 –  
455 –  // first thing first, suspend fatalities.
456 –  painCave.isEventLoop = 1;
594  
595 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
595 >  /* code to find maximum tag value */
596 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
597 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
598 >  if (flag) {
599 >    MAXTAG = *tagub;
600 >  } else {
601 >    MAXTAG = 32767;
602 >  }  
603 >
604    int haveError;
605  
606    MPI_Status istatus;
607    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
608  
609    // write out header and node 0's coordinates
610 <  
466 <  haveError = 0;
610 >
611    if( worldRank == 0 ){
612 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
612 >
613 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
614 >
615 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
616 >    potatoes = new int[nProc];
617 >
618 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
619 >      potatoes[i] = 0;
620      
621 +    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
622 +
623      finalOut << finalTime << ";\t"
624 <             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
625 <             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
626 <             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
627 <      
628 <             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
629 <             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
630 <             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
631 <      
632 <             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
633 <             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
634 <             << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
635 <    
624 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
625 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
626 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
627 >
628 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
629 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
630 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
631 >
632 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
633 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
634 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
635 >
636 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
637 >    finalOut << endl;
638 >    finalOut.flush();
639 >
640      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
484 –      // Get the Node number which has this molecule:
641        
642 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
642 >      // Get the Node number which has this atom;
643        
644 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
644 >      which_node = AtomToProcMap[i];
645 >      
646 >      if (which_node != 0) {
647  
648 +        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
649 +          // The potato was going to exceed the maximum value,
650 +          // so wrap this processor potato back to 0:        
651 +
652 +          potatoes[which_node] = 0;          
653 +          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
654 +          
655 +        }
656 +
657 +        myPotato = potatoes[which_node];        
658 +        
659 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
660 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
661 +        
662 +        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
663 +        
664 +        // Null terminate the atomTypeString just in case:
665 +
666 +        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
667 +
668 +        myPotato++;
669 +
670 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
671 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
672 +              
673 +        myPotato++;
674 +
675 +        if (isDirectional) {          
676 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
677 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
678 +        } else {
679 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
680 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
681 +        }
682 +        
683 +        myPotato++;
684 +        potatoes[which_node] = myPotato;
685 +
686 +      } else {
687 +        
688 +        haveError = 0;
689          which_atom = i;
690 <        local_index=-1;        
690 >        local_index=-1;
691 >        
692          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
693            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
694          }
695 <        if (local_index != -1) {    
695 >        
696 >        if (local_index != -1) {
697 >          
698 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
699  
700            atoms[local_index]->getPos(pos);
701 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
702 <          
703 <          sprintf( tempBuffer,
704 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
705 <                   atoms[local_index]->getType(),
706 <                   pos[0],
707 <                   pos[1],
708 <                   pos[2],
709 <                   vel[0],
710 <                   vel[1],
711 <                   vel[2]);
712 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
713 <          
714 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
715 <            
716 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
717 <            dAtom->getQ( q );
718 <            
719 <            sprintf( tempBuffer,
720 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
721 <                     q[0],
722 <                     q[1],
723 <                     q[2],
724 <                     q[3],
725 <                     dAtom->getJx(),
726 <                     dAtom->getJy(),
727 <                     dAtom->getJz());
728 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
729 <          }
730 <          else
731 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
732 <        }
733 <        else {
701 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
702 >
703 >          atomData6[0] = pos[0];
704 >          atomData6[1] = pos[1];
705 >          atomData6[2] = pos[2];
706 >
707 >          atomData6[3] = vel[0];
708 >          atomData6[4] = vel[1];
709 >          atomData6[5] = vel[2];
710 >          
711 >          isDirectional = 0;
712 >
713 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
714 >
715 >            isDirectional = 1;
716 >            
717 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
718 >            dAtom->getQ( q );
719 >
720 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
721 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
722 >            
723 >            atomData13[6] = q[0];
724 >            atomData13[7] = q[1];
725 >            atomData13[8] = q[2];
726 >            atomData13[9] = q[3];
727 >            
728 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
729 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
730 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
731 >          }
732 >          
733 >        } else {
734            sprintf(painCave.errMsg,
735                    "Atom %d not found on processor %d\n",
736                    i, worldRank );
737            haveError= 1;
738            simError();
739 <        }
739 >        }
740 >        
741 >        if(haveError) DieDieDie();
742 >        
743 >        // If we've survived to here, format the line:
744 >        
745 >        if (!isDirectional) {
746  
747 <        if(haveError) nodeZeroError();
748 <    
749 <      }
750 <      else {
747 >          sprintf( tempBuffer,
748 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
749 >                   atomTypeString,
750 >                   atomData6[0],
751 >                   atomData6[1],
752 >                   atomData6[2],
753 >                   atomData6[3],
754 >                   atomData6[4],
755 >                   atomData6[5]);
756 >          
757 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
758 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
759 >
760 >        } else {
761 >          
762 >          sprintf( tempBuffer,
763 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
764 >                   atomTypeString,
765 >                   atomData13[0],
766 >                   atomData13[1],
767 >                   atomData13[2],
768 >                   atomData13[3],
769 >                   atomData13[4],
770 >                   atomData13[5],
771 >                   atomData13[6],
772 >                   atomData13[7],
773 >                   atomData13[8],
774 >                   atomData13[9],
775 >                   atomData13[10],
776 >                   atomData13[11],
777 >                   atomData13[12]);
778 >          
779 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
780 >          
781 >        }
782          
783 <        myStatus = 1;
784 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
545 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
546 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
547 <                 MPI_COMM_WORLD);
548 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
549 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
550 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
551 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
552 <        
553 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
783 >        finalOut << writeLine;
784 >        finalOut.flush();
785        }
555 –      
556 –      finalOut << writeLine;
786      }
558 –    
559 –    // kill everyone off:
560 –    myStatus = -1;
561 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
562 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
563 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
564 –    }
787  
788 <  } else {
788 >    finalOut.flush();
789 >    sprintf( checkPointMsg,
790 >             "Sucessfully took a dump.\n");
791 >    MPIcheckPoint();        
792      
793 <    done = 0;
569 <    while (!done) {
793 >  } else {
794  
795 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
796 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
795 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
796 >
797 >    // Set my magic potato to 0:
798 >
799 >    myPotato = 0;
800 >    
801 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
802        
803 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
803 >      // Am I the node which has this atom?
804        
805 <      if(myStatus < 0) break;
577 <      
578 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
579 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
580 <      
581 <      myStatus = 1;
582 <      local_index=-1;        
583 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
584 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
585 <      }
586 <      if (local_index != -1) {
805 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
806  
807 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
589 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
807 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
808  
809 <        //format the line
810 <        sprintf( tempBuffer,
811 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
812 <                 atoms[local_index]->getType(),
813 <                 pos[0],
814 <                 pos[1],
815 <                 pos[2],
816 <                 vel[0],
817 <                 vel[1],
818 <                 vel[2]); // check here.
819 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
820 <        
821 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
822 <          
823 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
824 <          dAtom->getQ( q );
825 <          
826 <          sprintf( tempBuffer,
827 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
828 <                   q[0],
829 <                   q[1],
830 <                   q[2],
831 <                   q[3],
832 <                   dAtom->getJx(),
833 <                   dAtom->getJy(),
834 <                   dAtom->getJz());
835 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
809 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
810 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
811 >          // node 0 says we can go:
812 >
813 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
814 >          
815 >        }
816 >
817 >        local_index=-1;
818 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
819 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
820 >        }
821 >        if (local_index != -1) {
822 >        
823 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
824 >
825 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
826 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
827 >
828 >          atomData6[0] = pos[0];
829 >          atomData6[1] = pos[1];
830 >          atomData6[2] = pos[2];
831 >
832 >          atomData6[3] = vel[0];
833 >          atomData6[4] = vel[1];
834 >          atomData6[5] = vel[2];
835 >          
836 >          isDirectional = 0;
837 >
838 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
839 >
840 >            isDirectional = 1;
841 >            
842 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
843 >            dAtom->getQ( q );
844 >            
845 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
846 >              atomData13[j] = atomData6[j];
847 >            
848 >            atomData13[6] = q[0];
849 >            atomData13[7] = q[1];
850 >            atomData13[8] = q[2];
851 >            atomData13[9] = q[3];
852 >
853 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
854 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
855 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
856 >          }
857 >
858 >        } else {
859 >          sprintf(painCave.errMsg,
860 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
861 >                  i, worldRank );
862 >          haveError= 1;
863 >          simError();
864          }
619 –        else{
620 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
621 –        }
622 –      }
623 –      else {
624 –        sprintf(painCave.errMsg,
625 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
626 –                which_atom, worldRank );
627 –        myStatus = 0;
628 –        simError();
629 –        
630 –        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
631 –      }
865  
866 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
867 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
868 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
869 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
866 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
867 >
868 >        // null terminate the string before sending (just in case):
869 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
870 >
871 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
872 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
873 >        
874 >        myPotato++;
875 >
876 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
877 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
878 >        
879 >        myPotato++;
880 >        
881 >        if (isDirectional) {
882 >
883 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
884 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
885 >          
886 >        } else {
887 >
888 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
889 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
890 >        }
891 >
892 >        myPotato++;      
893 >      }
894      }
895 <  }
896 <  finalOut.flush();
897 <  sprintf( checkPointMsg,
898 <           "Sucessfully took a dump.\n");
899 <  MPIcheckPoint();
895 >
896 >    sprintf( checkPointMsg,
897 >             "Sucessfully took a dump.\n");
898 >    MPIcheckPoint();        
899 >    
900 >  }
901    
902 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
902 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
903   #endif // is_mpi
904   }
905  
# Line 651 | Line 909 | void dWrite::nodeZeroError( void ){
909  
910   // a couple of functions to let us escape the write loop
911  
912 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
655 <  int j, myStatus;
656 <  
657 <  myStatus = 0;
658 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
659 <    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
660 <              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
661 <  }  
662 <  
912 > void dWrite::DieDieDie( void ){
913  
914    MPI_Finalize();
915    exit (0);
666 –  
916   }
917  
669 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
670 –
671 –  MPI_Finalize();
672 –  exit (0);
673 – }
674 –
918   #endif //is_mpi

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