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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 417 by gezelter, Thu Mar 27 01:49:45 2003 UTC vs.
Revision 483 by gezelter, Wed Apr 9 04:06:43 2003 UTC

# Line 4 | Line 4
4  
5   #ifdef IS_MPI
6   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
7   #include "mpiSimulation.hpp"
8 < #define TAKE_THIS_TAG 0
8 > #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 > #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void nodeZeroError( void );
13 >  void anonymousNodeDie( void );
14 > }
15 >
16 > using namespace dWrite;
17   #endif //is_mpi
18  
19   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 20 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27    if(worldRank == 0 ){
28   #endif // is_mpi
29      
23 –
24 –    
30      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
31      
32      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
# Line 34 | Line 39 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42 <  
42 >
43      //outFile.setf( ios::scientific );
44  
45   #ifdef IS_MPI
# Line 65 | Line 70 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
70    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
71    char writeLine[BUFFERSIZE];
72  
73 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
73 >  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
74    double q[4];
75    DirectionalAtom* dAtom;
76    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
# Line 120 | Line 125 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
125  
126   #else // is_mpi
127  
128 <  MPI::Status istatus;
128 >  // first thing first, suspend fatalities.
129 >  painCave.isEventLoop = 1;
130 >
131 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
132 >  int haveError;
133 >
134 >  MPI_Status istatus;
135    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
136    
137    // write out header and node 0's coordinates
# Line 132 | Line 143 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
143              << entry_plug->box_x << "\t"
144              << entry_plug->box_y << "\t"
145              << entry_plug->box_z << "\n";
146 <    
146 >    outFile.flush();
147      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
148        // Get the Node number which has this atom;
149        
150        which_node = AtomToProcMap[i];    
151        
152 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
142 <        
143 <        sprintf( tempBuffer,
144 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
145 <                 atoms[i]->getType(),
146 <                 atoms[i]->getX(),
147 <                 atoms[i]->getY(),
148 <                 atoms[i]->getZ(),
149 <                 atoms[i]->get_vx(),
150 <                 atoms[i]->get_vy(),
151 <                 atoms[i]->get_vz());
152 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
152 >      if (which_node == 0 ) {
153          
154 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
155 <          
156 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
157 <          dAtom->getQ( q );
158 <          
159 <          sprintf( tempBuffer,
160 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
161 <                   q[0],
162 <                   q[1],
163 <                   q[2],
164 <                   q[3],
165 <                   dAtom->getJx(),
166 <                   dAtom->getJy(),
167 <                   dAtom->getJz());
168 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
154 >        haveError = 0;
155 >        which_atom = i;
156 >        local_index=-1;        
157 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
158 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
159          }
160 <        else
161 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
162 <        
163 <      } else {
164 <        
165 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
166 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
167 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
160 >        if (local_index != -1) {
161 >          //format the line
162 >          sprintf( tempBuffer,
163 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
164 >                   atoms[local_index]->getType(),
165 >                   atoms[local_index]->getX(),
166 >                   atoms[local_index]->getY(),
167 >                   atoms[local_index]->getZ(),
168 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
169 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
170 >                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
171 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
172 >          
173 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
174 >            
175 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
176 >            dAtom->getQ( q );
177 >            
178 >            sprintf( tempBuffer,
179 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
180 >                     q[0],
181 >                     q[1],
182 >                     q[2],
183 >                     q[3],
184 >                     dAtom->getJx(),
185 >                     dAtom->getJy(),
186 >                     dAtom->getJz());
187 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
188 >            
189 >          }
190 >          else
191 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
192 >        }
193 >        else {
194 >          sprintf(painCave.errMsg,
195 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
196 >                  i, worldRank );
197 >          haveError= 1;
198 >          simError();
199 >        }
200 >        
201 >        if(haveError) nodeZeroError();
202 >
203        }
204 +      else {
205 +        myStatus = 1;
206 +        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
207 +                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
208 +        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
209 +                 MPI_COMM_WORLD);
210 +        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
211 +                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
212 +        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
213 +                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
214 +        
215 +        if(!myStatus) nodeZeroError();
216 +
217 +      }
218        
219        outFile << writeLine;
220 +      outFile.flush();
221      }
222      
223      // kill everyone off:
224 <    game_over = -1;
224 >    myStatus = -1;
225      for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
226 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
226 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
227 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
228      }
229  
230    } else {
231      
232      done = 0;
233      while (!done) {
234 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
235 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
234 >      
235 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
236 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
237  
238 <      if (which_atom == -1) {
239 <        done=1;
240 <        continue;
199 <      } else {
238 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
239 >      
240 >      if(myStatus < 0) break;
241  
242 <        //format the line
242 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
243 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
244 >      
245 >      myStatus = 1;
246 >      local_index=-1;        
247 >      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
248 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
249 >      }
250 >      if (local_index != -1) {
251 >        //format the line
252          sprintf( tempBuffer,
253                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
254 <                 atoms[which_atom]->getType(),
255 <                 atoms[which_atom]->getX(),
256 <                 atoms[which_atom]->getY(),
257 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
258 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
259 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
260 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
254 >                 atoms[local_index]->getType(),
255 >                 atoms[local_index]->getX(),
256 >                 atoms[local_index]->getY(),
257 >                 atoms[local_index]->getZ(),
258 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
259 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
260 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
261          strcpy( writeLine, tempBuffer );
262 +        
263 +        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
264            
265 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
214 <            
215 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
265 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
266            dAtom->getQ( q );
267 <            
267 >          
268            sprintf( tempBuffer,
269                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
270                     q[0],
# Line 226 | Line 276 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
276                     dAtom->getJz());
277            strcat( writeLine, tempBuffer );
278          }
279 <        else
279 >        else{
280            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
281 <        
282 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
283 <                             TAKE_THIS_TAG);
281 >        }
282 >      }
283 >      else {
284 >        sprintf(painCave.errMsg,
285 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
286 >                which_atom, worldRank );
287 >        myStatus = 0;
288 >        simError();
289 >
290 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
291        }
292 +
293 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
294 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
295 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
296 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
297      }
298    }  
299    outFile.flush();
300    sprintf( checkPointMsg,
301             "Sucessfully took a dump.\n");
302    MPIcheckPoint();
303 +
304 + // last  thing last, enable  fatalities.
305 +  painCave.isEventLoop = 0;
306 +
307   #endif // is_mpi
308   }
309  
# Line 254 | Line 320 | void DumpWriter::writeFinal(){
320    DirectionalAtom* dAtom;
321    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
322    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
323 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
323 >  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
324    
325    
326   #ifdef IS_MPI
# Line 330 | Line 396 | void DumpWriter::writeFinal(){
396  
397   #else // is_mpi
398    
399 <  MPI::Status istatus;
399 >  // first thing first, suspend fatalities.
400 >  painCave.isEventLoop = 1;
401 >
402 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
403 >  int haveError;
404 >
405 >  MPI_Status istatus;
406    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
407  
408    // write out header and node 0's coordinates
409    
410 +  haveError = 0;
411    if( worldRank == 0 ){
412      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
413      
# Line 348 | Line 421 | void DumpWriter::writeFinal(){
421        which_node = AtomToProcMap[i];    
422        
423        if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
424 <        
425 <        sprintf( tempBuffer,
426 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
427 <                 atoms[i]->getType(),
428 <                 atoms[i]->getX(),
356 <                 atoms[i]->getY(),
357 <                 atoms[i]->getZ(),
358 <                 atoms[i]->get_vx(),
359 <                 atoms[i]->get_vy(),
360 <                 atoms[i]->get_vz());
361 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
362 <        
363 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
364 <          
365 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
366 <          dAtom->getQ( q );
367 <          
368 <          sprintf( tempBuffer,
369 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
370 <                   q[0],
371 <                   q[1],
372 <                   q[2],
373 <                   q[3],
374 <                   dAtom->getJx(),
375 <                   dAtom->getJy(),
376 <                   dAtom->getJz());
377 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
424 >
425 >        which_atom = i;
426 >        local_index=-1;        
427 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
428 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
429          }
430 <        else
431 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
430 >        if (local_index != -1) {        
431 >          sprintf( tempBuffer,
432 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
433 >                   atoms[local_index]->getType(),
434 >                   atoms[local_index]->getX(),
435 >                   atoms[local_index]->getY(),
436 >                   atoms[local_index]->getZ(),
437 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
438 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
439 >                   atoms[local_index]->get_vz());
440 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
441 >          
442 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
443 >            
444 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
445 >            dAtom->getQ( q );
446 >            
447 >            sprintf( tempBuffer,
448 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
449 >                     q[0],
450 >                     q[1],
451 >                     q[2],
452 >                     q[3],
453 >                     dAtom->getJx(),
454 >                     dAtom->getJy(),
455 >                     dAtom->getJz());
456 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
457 >          }
458 >          else
459 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
460 >        }
461 >        else {
462 >          sprintf(painCave.errMsg,
463 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
464 >                  i, worldRank );
465 >          haveError= 1;
466 >          simError();
467 >        }
468 >
469 >        if(haveError) nodeZeroError();
470 >    
471 >      }
472 >      else {
473          
474 <      } else {
475 <        
476 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
477 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
478 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
474 >        myStatus = 1;
475 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
476 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
477 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
478 >                 MPI_COMM_WORLD);
479 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
480 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
481 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
482 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
483 >        
484 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
485        }
486        
487        finalOut << writeLine;
488      }
489      
490      // kill everyone off:
491 <    game_over = -1;
492 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
493 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
491 >    myStatus = -1;
492 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
493 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
494 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
495      }
496  
497    } else {
498      
499      done = 0;
500      while (!done) {
402 –      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
403 –                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
501  
502 <      if (which_atom == -1) {
503 <        done=1;
504 <        continue;
505 <      } else {
502 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
503 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
504 >      
505 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
506 >      
507 >      if(myStatus < 0) break;
508 >      
509 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
510 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
511 >      
512 >      myStatus = 1;
513 >      local_index=-1;        
514 >      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
515 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
516 >      }
517 >      if (local_index != -1) {
518  
519 <        //format the line
519 >        //format the line
520          sprintf( tempBuffer,
521                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
522 <                 atoms[which_atom]->getType(),
523 <                 atoms[which_atom]->getX(),
524 <                 atoms[which_atom]->getY(),
525 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
526 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
527 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
528 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
522 >                 atoms[local_index]->getType(),
523 >                 atoms[local_index]->getX(),
524 >                 atoms[local_index]->getY(),
525 >                 atoms[local_index]->getZ(),
526 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
527 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
528 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
529          strcpy( writeLine, tempBuffer );
530 +        
531 +        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
532            
533 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
423 <            
424 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
533 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
534            dAtom->getQ( q );
535 <            
535 >          
536            sprintf( tempBuffer,
537                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
538                     q[0],
# Line 435 | Line 544 | void DumpWriter::writeFinal(){
544                     dAtom->getJz());
545            strcat( writeLine, tempBuffer );
546          }
547 <        else
547 >        else{
548            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
549 <        
550 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
551 <                             TAKE_THIS_TAG);
549 >        }
550 >      }
551 >      else {
552 >        sprintf(painCave.errMsg,
553 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
554 >                which_atom, worldRank );
555 >        myStatus = 0;
556 >        simError();
557 >        
558 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
559        }
560 +
561 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
562 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
563 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
564 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
565      }
566 <  }  
566 >  }
567    finalOut.flush();
568    sprintf( checkPointMsg,
569             "Sucessfully took a dump.\n");
570    MPIcheckPoint();
571 <
571 >  
572    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
573   #endif // is_mpi
574   }
575 +
576 +
577 +
578 + #ifdef IS_MPI
579 +
580 + // a couple of functions to let us escape the write loop
581 +
582 + void dWrite::nodeZeroError( void ){
583 +  int j, myStatus;
584 +  
585 +  myStatus = 0;
586 +  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
587 +    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
588 +              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
589 +  }  
590 +  
591 +
592 +  MPI_Finalize();
593 +  exit (0);
594 +  
595 + }
596 +
597 + void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
598 +
599 +  MPI_Finalize();
600 +  exit (0);
601 + }
602 +
603 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines