ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 837 by tim, Wed Oct 29 00:19:10 2003 UTC vs.
Revision 936 by tim, Tue Jan 13 20:35:25 2004 UTC

# Line 3 | Line 3
3   #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6 + #include <algorithm>
7 + #include <utility>
8  
9   #ifdef IS_MPI
10   #include <mpi.h>
11   #include "mpiSimulation.hpp"
10 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
11 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
12  
13   namespace dWrite{
14 <  void nodeZeroError( void );
15 <  void anonymousNodeDie( void );
14 >  void DieDieDie( void );
15   }
16  
17   using namespace dWrite;
# Line 29 | Line 28 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30  
32 –    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
31  
32 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33  
34 <    if( !outFile ){
34 >    if( !dumpFile ){
35  
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42  
45 –    //outFile.setf( ios::scientific );
46 –
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
46 +  //sort the local atoms by global index
47 +  sortByGlobalIndex();
48 +  
49    sprintf( checkPointMsg,
50             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
51    MPIcheckPoint();
# Line 59 | Line 58 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
58    if(worldRank == 0 ){
59   #endif // is_mpi
60  
61 <    outFile.close();
61 >    dumpFile.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
65   #endif // is_mpi
66   }
67  
68 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
68 > #ifdef IS_MPI
69  
70 + /**
71 + * A hook function to load balancing
72 + */
73 +
74 + void DumpWriter::update(){
75 +  sortByGlobalIndex();          
76 + }
77 +  
78 + /**
79 + * Auxiliary sorting function
80 + */
81 +
82 + bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
83 +  return p1.second < p2.second;
84 + }
85 +
86 + /**
87 + * Sorting the local index by global index
88 + */
89 +
90 + void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
92 +  
93 +  indexArray.clear();
94 +  
95 +  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
96 +    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
97 +  
98 +  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
99 + }
100 + #endif
101 +
102 + void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103 +
104 +  ofstream finalOut;
105 +  vector<ofstream*> fileStreams;
106 +
107 + #ifdef IS_MPI
108 +  if(worldRank == 0 ){
109 +    
110 +    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 +    if( !finalOut ){
112 +      sprintf( painCave.errMsg,
113 +               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 +               entry_plug->finalName );
115 +      painCave.isFatal = 1;
116 +      simError();
117 +    }
118 +  }
119 + #endif // is_mpi
120 +
121 +  fileStreams.push_back(&finalOut);
122 +  fileStreams.push_back(&dumpFile);
123 +
124 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
125 +
126 + #ifdef IS_MPI
127 +  finalOut.close();
128 + #endif
129 +        
130 + }
131 +
132 + void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
133 +
134 +  ofstream finalOut;
135 +  vector<ofstream*> fileStreams;
136 +
137 + #ifdef IS_MPI
138 +  if(worldRank == 0 ){
139 +
140 +    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
141 +
142 +    if( !finalOut ){
143 +      sprintf( painCave.errMsg,
144 +               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
145 +               entry_plug->finalName );
146 +      painCave.isFatal = 1;
147 +      simError();
148 +    }
149 +
150 +  }
151 + #endif // is_mpi
152 +  
153 +  fileStreams.push_back(&finalOut);  
154 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
155 +
156 + #ifdef IS_MPI
157 +  finalOut.close();
158 + #endif
159 +  
160 + }
161 +
162 + void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
163 +
164    const int BUFFERSIZE = 2000;
165 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
165 >  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
166 >
167 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
168    char writeLine[BUFFERSIZE];
169  
170 <  int i;
170 >  int i, k;
171 >
172   #ifdef IS_MPI
173 <  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
173 >  
174 >  int *potatoes;
175 >  int myPotato;
176 >
177 >  int nProc;
178 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
179 >  double atomData6[6];
180 >  double atomData13[13];
181 >  int isDirectional;
182 >  char* atomTypeString;
183 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
184 >
185   #else //is_mpi
186    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
187   #endif //is_mpi
# Line 84 | Line 191 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
191    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
192    double pos[3], vel[3];
193  
87 –
88 –  // write current frame to the eor file
89 –
90 –  this->writeFinal( currentTime );
91 –
194   #ifndef IS_MPI
195 +  
196 +  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
197 +    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
198  
199 <  outFile << nAtoms << "\n";
199 >    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
200 >               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
201 >                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
202 >                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
203 >              
204 >               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
205 >                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
206 >                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
207  
208 <  outFile << currentTime << ";\t"
209 <          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
210 <          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
99 <          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
208 >                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
209 >                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
210 >                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
211  
212 <          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
213 <          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
214 <          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
215 <
105 <          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
106 <          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
107 <          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
108 <  //write out additional parameters, such as chi and eta
109 <  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
110 <  outFile << endl;
111 <
212 >    //write out additional parameters, such as chi and eta
213 >    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
214 >  }
215 >  
216    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
217  
218      atoms[i]->getPos(pos);
# Line 144 | Line 248 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
248      else
249        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
250  
251 <    outFile << writeLine;
251 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
252 >      *outFile[k] << writeLine;
253    }
149 –  outFile.flush();
254  
255   #else // is_mpi
256  
257 <  // first thing first, suspend fatalities.
258 <  painCave.isEventLoop = 1;
257 >  /* code to find maximum tag value */
258 >  
259 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
260 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
261 >  if (flag) {
262 >    MAXTAG = *tagub;
263 >  } else {
264 >    MAXTAG = 32767;
265 >  }  
266  
156 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
267    int haveError;
268  
269    MPI_Status istatus;
# Line 162 | Line 272 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
272    // write out header and node 0's coordinates
273  
274    if( worldRank == 0 ){
165 –    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
275  
276 <    outFile << currentTime << ";\t"
168 <            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
169 <            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
170 <            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
276 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
277  
278 <            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
279 <            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
174 <            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
278 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
279 >    potatoes = new int[nProc];
280  
281 <            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
282 <            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
283 <            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
281 >    //write out the comment lines
282 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
283 >      potatoes[i] = 0;
284 >    
285 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
286 >        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
287  
288 <    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
289 <    outFile << endl;
290 <    outFile.flush();
288 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
289 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
290 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
291 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
292 >
293 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
294 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
295 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
296 >
297 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
298 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
299 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
300 >  
301 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
302 >    }
303 >
304 >    currentIndex = 0;
305 >
306      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
307 +      
308        // Get the Node number which has this atom;
309 <
309 >      
310        which_node = AtomToProcMap[i];
311 +      
312 +      if (which_node != 0) {
313  
314 <      if (which_node == 0 ) {
314 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
315 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
316 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
317  
318 <        haveError = 0;
319 <        which_atom = i;
320 <        local_index=-1;
193 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
194 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
318 >          potatoes[which_node] = 0;          
319 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
320 >          
321          }
196 –        if (local_index != -1) {
197 –          //format the line
322  
323 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
324 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
323 >        myPotato = potatoes[which_node];        
324 >        
325 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
326 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
327 >        
328 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
329 >        
330 >        myPotato++;
331  
332 <          sprintf( tempBuffer,
333 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
334 <                   atoms[local_index]->getType(),
335 <                   pos[0],
206 <                   pos[1],
207 <                   pos[2],
208 <                   vel[0],
209 <                   vel[1],
210 <                   vel[2]); // check here.
211 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
332 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
333 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
334 >              
335 >        myPotato++;
336  
337 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
337 >        if (isDirectional) {          
338 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
339 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
340 >        } else {
341 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
342 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
343 >        }
344 >        
345 >        myPotato++;
346 >        potatoes[which_node] = myPotato;
347  
348 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
349 <            dAtom->getQ( q );
348 >      } else {
349 >        
350 >        haveError = 0;
351 >              which_atom = i;
352 >        
353 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
354 >                
355 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
356 >          
357 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
358  
359 <            sprintf( tempBuffer,
360 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
220 <                     q[0],
221 <                     q[1],
222 <                     q[2],
223 <                     q[3],
224 <                     dAtom->getJx(),
225 <                     dAtom->getJy(),
226 <                     dAtom->getJz());
227 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
359 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
360 >                atoms[local_index]->getVel(vel);          
361  
362 <          }
363 <          else
364 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
232 <        }
233 <        else {
234 <          sprintf(painCave.errMsg,
235 <                  "Atom %d not found on processor %d\n",
236 <                  i, worldRank );
237 <          haveError= 1;
238 <          simError();
239 <        }
362 >          atomData6[0] = pos[0];
363 >          atomData6[1] = pos[1];
364 >          atomData6[2] = pos[2];
365  
366 <        if(haveError) nodeZeroError();
366 >          atomData6[3] = vel[0];
367 >          atomData6[4] = vel[1];
368 >          atomData6[5] = vel[2];
369 >          
370 >          isDirectional = 0;
371  
372 <      }
244 <      else {
245 <        myStatus = 1;
246 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
247 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
248 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
249 <                 MPI_COMM_WORLD);
250 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
251 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
252 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
253 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
372 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
373  
374 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
374 >            isDirectional = 1;
375 >            
376 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
377 >            dAtom->getQ( q );
378  
379 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
380 +              atomData13[j] = atomData6[j];            
381 +            
382 +            atomData13[6] = q[0];
383 +            atomData13[7] = q[1];
384 +            atomData13[8] = q[2];
385 +            atomData13[9] = q[3];
386 +            
387 +            atomData13[10] = dAtom->getJx();
388 +            atomData13[11] = dAtom->getJy();
389 +            atomData13[12] = dAtom->getJz();
390 +          }
391 +          
392 +        } else {
393 +          sprintf(painCave.errMsg,
394 +                              "Atom %d not found on processor %d\n",
395 +                              i, worldRank );
396 +                haveError= 1;
397 +                simError();
398 +              }
399 +        
400 +        if(haveError) DieDieDie();
401 +        
402 +        currentIndex ++;
403        }
404 +      // If we've survived to here, format the line:
405 +      
406 +      if (!isDirectional) {
407 +        
408 +        sprintf( writeLine,
409 +                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
410 +                             atomTypeString,
411 +                             atomData6[0],
412 +                             atomData6[1],
413 +                             atomData6[2],
414 +                             atomData6[3],
415 +                             atomData6[4],
416 +                             atomData6[5]);
417  
418 <      outFile << writeLine;
419 <      outFile.flush();
418 >              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
419 >        
420 >      } else {
421 >        
422 >              sprintf( writeLine,
423 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
424 >                             atomTypeString,
425 >                             atomData13[0],
426 >                             atomData13[1],
427 >                             atomData13[2],
428 >                             atomData13[3],
429 >                             atomData13[4],
430 >                             atomData13[5],
431 >                             atomData13[6],
432 >                             atomData13[7],
433 >                             atomData13[8],
434 >                             atomData13[9],
435 >                             atomData13[10],
436 >                             atomData13[11],
437 >                             atomData13[12]);
438 >        
439 >      }
440 >      
441 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
442 >        *outFile[k] << writeLine;
443      }
444 +    
445 +    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
446 +      outFile[k]->flush();
447 +    
448 +    sprintf( checkPointMsg,
449 +             "Sucessfully took a dump.\n");
450  
451 <    // kill everyone off:
264 <    myStatus = -1;
265 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
266 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
267 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
268 <    }
451 >    MPIcheckPoint();        
452  
453 +    delete[] potatoes;
454 +
455    } else {
456  
457 <    done = 0;
273 <    while (!done) {
457 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
458  
459 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
276 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
459 >    // Set my magic potato to 0:
460  
461 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
461 >    myPotato = 0;
462 >    currentIndex = 0;
463 >    
464 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
465 >      
466 >      // Am I the node which has this atom?
467 >      
468 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
469  
470 <      if(myStatus < 0) break;
470 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
471  
472 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
473 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
472 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
473 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
474 >          // node 0 says we can go:
475  
476 <      myStatus = 1;
477 <      local_index=-1;
478 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
479 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
480 <      }
481 <      if (local_index != -1) {
482 <        //format the line
483 <
484 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
294 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
476 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
477 >          
478 >        }
479 >        which_atom = i;
480 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
481 >                
482 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
483 >        
484 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
485  
486 <        sprintf( tempBuffer,
487 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
298 <                 atoms[local_index]->getType(),
299 <                 pos[0],
300 <                 pos[1],
301 <                 pos[2],
302 <                 vel[0],
303 <                 vel[1],
304 <                 vel[2]); // check here.
305 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
486 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
487 >                atoms[local_index]->getVel(vel);
488  
489 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
489 >          atomData6[0] = pos[0];
490 >          atomData6[1] = pos[1];
491 >          atomData6[2] = pos[2];
492  
493 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
494 <          dAtom->getQ( q );
493 >          atomData6[3] = vel[0];
494 >          atomData6[4] = vel[1];
495 >          atomData6[5] = vel[2];
496 >          
497 >          isDirectional = 0;
498  
499 <          sprintf( tempBuffer,
313 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
314 <                   q[0],
315 <                   q[1],
316 <                   q[2],
317 <                   q[3],
318 <                   dAtom->getJx(),
319 <                   dAtom->getJy(),
320 <                   dAtom->getJz());
321 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
322 <        }
323 <        else{
324 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
325 <        }
326 <      }
327 <      else {
328 <        sprintf(painCave.errMsg,
329 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
330 <                which_atom, worldRank );
331 <        myStatus = 0;
332 <        simError();
499 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
500  
501 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
502 <      }
501 >            isDirectional = 1;
502 >            
503 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
504 >            dAtom->getQ( q );
505 >            
506 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
507 >              atomData13[j] = atomData6[j];
508 >            
509 >            atomData13[6] = q[0];
510 >            atomData13[7] = q[1];
511 >            atomData13[8] = q[2];
512 >            atomData13[9] = q[3];
513 >  
514 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
515 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
516 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
517 >          }
518  
519 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
520 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
521 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
522 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
523 <    }
524 <  }
525 <  outFile.flush();
344 <  sprintf( checkPointMsg,
345 <           "Sucessfully took a dump.\n");
346 <  MPIcheckPoint();
519 >        } else {
520 >                sprintf(painCave.errMsg,
521 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
522 >                              i, worldRank );
523 >                haveError= 1;
524 >                simError();
525 >              }
526  
527 < // last  thing last, enable  fatalities.
349 <  painCave.isEventLoop = 0;
527 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
528  
529 < #endif // is_mpi
530 < }
529 >        // null terminate the string before sending (just in case):
530 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
531  
532 < void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
532 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
533 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
534 >        
535 >        myPotato++;
536  
537 <  char finalName[500];
538 <  ofstream finalOut;
537 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
538 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
539 >        
540 >        myPotato++;
541 >        
542 >        if (isDirectional) {
543  
544 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
545 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
546 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
544 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
545 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
546 >          
547 >        } else {
548  
549 <  double q[4];
550 <  DirectionalAtom* dAtom;
365 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
366 <  int i;
367 < #ifdef IS_MPI
368 <  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
369 < #else //is_mpi
370 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
371 < #endif //is_mpi
372 <
373 <  double pos[3], vel[3];
374 <
375 < #ifdef IS_MPI
376 <  if(worldRank == 0 ){
377 < #endif // is_mpi
378 <
379 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
380 <
381 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
382 <    if( !finalOut ){
383 <      sprintf( painCave.errMsg,
384 <               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
385 <               finalName );
386 <      painCave.isFatal = 1;
387 <      simError();
388 <    }
389 <
390 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
391 <
392 < #ifdef IS_MPI
393 <  }
394 <
395 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
396 <  MPIcheckPoint();
397 <
398 < #endif //is_mpi
399 <
400 <
401 < #ifndef IS_MPI
402 <
403 <  finalOut << nAtoms << "\n";
404 <
405 <  finalOut << finalTime << ";\t"
406 <           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
407 <           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
408 <           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
409 <
410 <           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
411 <           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
412 <           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
413 <
414 <           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
415 <           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
416 <           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
417 <
418 <  //write out additional parameters, such as chi and eta
419 <  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
420 <  finalOut << endl;
421 <
422 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
423 <
424 <    atoms[i]->getPos(pos);
425 <    atoms[i]->getVel(vel);
426 <
427 <    sprintf( tempBuffer,
428 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
429 <             atoms[i]->getType(),
430 <             pos[0],
431 <             pos[1],
432 <             pos[2],
433 <             vel[0],
434 <             vel[1],
435 <             vel[2]);
436 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
437 <
438 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
439 <
440 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
441 <      dAtom->getQ( q );
442 <
443 <      sprintf( tempBuffer,
444 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
445 <               q[0],
446 <               q[1],
447 <               q[2],
448 <               q[3],
449 <               dAtom->getJx(),
450 <               dAtom->getJy(),
451 <               dAtom->getJz());
452 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
453 <    }
454 <    else
455 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
456 <
457 <    finalOut << writeLine;
458 <  }
459 <  finalOut.flush();
460 <  finalOut.close();
461 <
462 < #else // is_mpi
463 <
464 <  // first thing first, suspend fatalities.
465 <  painCave.isEventLoop = 1;
466 <
467 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
468 <  int haveError;
469 <
470 <  MPI_Status istatus;
471 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
472 <
473 <  // write out header and node 0's coordinates
474 <
475 <  haveError = 0;
476 <  if( worldRank == 0 ){
477 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
478 <
479 <    finalOut << finalTime << ";\t"
480 <             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
481 <             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
482 <             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
483 <
484 <             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
485 <             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
486 <             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
487 <
488 <             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
489 <             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
490 <             << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
491 <
492 <    //write out additional parameters, such as chi and eta
493 <    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
494 <    finalOut << endl;
495 <
496 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
497 <      // Get the Node number which has this molecule:
498 <
499 <      which_node = AtomToProcMap[i];
500 <
501 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
502 <
503 <        which_atom = i;
504 <        local_index=-1;
505 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
506 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
549 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
550 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
551          }
508 –        if (local_index != -1) {
552  
553 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
554 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
512 <
513 <          sprintf( tempBuffer,
514 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
515 <                   atoms[local_index]->getType(),
516 <                   pos[0],
517 <                   pos[1],
518 <                   pos[2],
519 <                   vel[0],
520 <                   vel[1],
521 <                   vel[2]);
522 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
523 <
524 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
525 <
526 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
527 <            dAtom->getQ( q );
528 <
529 <            sprintf( tempBuffer,
530 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
531 <                     q[0],
532 <                     q[1],
533 <                     q[2],
534 <                     q[3],
535 <                     dAtom->getJx(),
536 <                     dAtom->getJy(),
537 <                     dAtom->getJz());
538 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
539 <          }
540 <          else
541 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
542 <        }
543 <        else {
544 <          sprintf(painCave.errMsg,
545 <                  "Atom %d not found on processor %d\n",
546 <                  i, worldRank );
547 <          haveError= 1;
548 <          simError();
549 <        }
550 <
551 <        if(haveError) nodeZeroError();
552 <
553 >        myPotato++;  
554 >        currentIndex++;    
555        }
554 –      else {
555 –
556 –        myStatus = 1;
557 –        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
558 –                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
559 –        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
560 –                 MPI_COMM_WORLD);
561 –        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
562 –                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
563 –        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
564 –                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
565 –
566 –        if(!myStatus) nodeZeroError();
567 –      }
568 –
569 –      finalOut << writeLine;
556      }
557  
558 <    // kill everyone off:
559 <    myStatus = -1;
560 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
561 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
562 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
563 <    }
578 <
579 <  } else {
580 <
581 <    done = 0;
582 <    while (!done) {
583 <
584 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
585 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
586 <
587 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
588 <
589 <      if(myStatus < 0) break;
590 <
591 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
592 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
593 <
594 <      myStatus = 1;
595 <      local_index=-1;
596 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
597 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
598 <      }
599 <      if (local_index != -1) {
600 <
601 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
602 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
603 <
604 <        //format the line
605 <        sprintf( tempBuffer,
606 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
607 <                 atoms[local_index]->getType(),
608 <                 pos[0],
609 <                 pos[1],
610 <                 pos[2],
611 <                 vel[0],
612 <                 vel[1],
613 <                 vel[2]); // check here.
614 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
615 <
616 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
617 <
618 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
619 <          dAtom->getQ( q );
620 <
621 <          sprintf( tempBuffer,
622 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
623 <                   q[0],
624 <                   q[1],
625 <                   q[2],
626 <                   q[3],
627 <                   dAtom->getJx(),
628 <                   dAtom->getJy(),
629 <                   dAtom->getJz());
630 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
631 <        }
632 <        else{
633 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
634 <        }
635 <      }
636 <      else {
637 <        sprintf(painCave.errMsg,
638 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
639 <                which_atom, worldRank );
640 <        myStatus = 0;
641 <        simError();
642 <
643 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
644 <      }
645 <
646 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
647 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
648 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
649 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
650 <    }
651 <  }
652 <  finalOut.flush();
653 <  sprintf( checkPointMsg,
654 <           "Sucessfully took a dump.\n");
655 <  MPIcheckPoint();
656 <
657 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
558 >    sprintf( checkPointMsg,
559 >             "Sucessfully took a dump.\n");
560 >    MPIcheckPoint();        
561 >    
562 >  }
563 >  
564   #endif // is_mpi
565   }
566  
661 –
662 –
567   #ifdef IS_MPI
568  
569   // a couple of functions to let us escape the write loop
570  
571 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
668 <  int j, myStatus;
571 > void dWrite::DieDieDie( void ){
572  
670 –  myStatus = 0;
671 –  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
672 –    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
673 –              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
674 –  }
675 –
676 –
573    MPI_Finalize();
574    exit (0);
679 –
575   }
576  
682 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
683 –
684 –  MPI_Finalize();
685 –  exit (0);
686 – }
687 –
577   #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines