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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing:
branches/mmeineke/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents), Revision 377 by mmeineke, Fri Mar 21 17:42:12 2003 UTC vs.
trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents), Revision 916 by gezelter, Fri Jan 9 20:29:32 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 < #define TAKE_THIS_TAG 0
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void DieDieDie( void );
13 > }
14 >
15 > using namespace dWrite;
16   #endif //is_mpi
17  
18   #include "ReadWrite.hpp"
19   #include "simError.h"
20  
14 –
15 –
16 –
17 –
21   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
22  
23    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 22 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
26 <
27 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
38        painCave.isFatal = 1;
39        simError();
40      }
41 <  
41 >
42      //outFile.setf( ios::scientific );
43  
44   #ifdef IS_MPI
# Line 63 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74    int i;
75 +
76 + #ifdef IS_MPI
77 +  
78 +  int *potatoes;
79 +  int myPotato;
80 +
81 +  int nProc;
82 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
83 +  double atomData6[6];
84 +  double atomData13[13];
85 +  int isDirectional;
86 +  char* atomTypeString;
87 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
88 +
89 + #else //is_mpi
90 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
91 + #endif //is_mpi
92 +
93    double q[4];
94    DirectionalAtom* dAtom;
74 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
95    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
96 <    
96 >  double pos[3], vel[3];
97  
98 +  // write current frame to the eor file
99 +
100 +  this->writeFinal( currentTime );
101 +
102   #ifndef IS_MPI
103 <    
103 >
104    outFile << nAtoms << "\n";
105 <    
106 <  outFile << currentTime << "\t"
107 <          << entry_plug->box_x << "\t"
108 <          << entry_plug->box_y << "\t"
109 <          << entry_plug->box_z << "\n";
110 <    
105 >
106 >  outFile << currentTime << ";\t"
107 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
108 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
109 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
110 >
111 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
112 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
113 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
114 >
115 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
116 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
117 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
118 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
119 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
120 >  outFile << endl;
121 >
122    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
88 –      
123  
124 +    atoms[i]->getPos(pos);
125 +    atoms[i]->getVel(vel);
126 +
127      sprintf( tempBuffer,
128               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
129               atoms[i]->getType(),
130 <             atoms[i]->getX(),
131 <             atoms[i]->getY(),
132 <             atoms[i]->getZ(),
133 <             atoms[i]->get_vx(),
134 <             atoms[i]->get_vy(),
135 <             atoms[i]->get_vz());
130 >             pos[0],
131 >             pos[1],
132 >             pos[2],
133 >             vel[0],
134 >             vel[1],
135 >             vel[2]);
136      strcpy( writeLine, tempBuffer );
137  
138      if( atoms[i]->isDirectional() ){
139 <        
139 >
140        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
141        dAtom->getQ( q );
142 <        
142 >
143        sprintf( tempBuffer,
144                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
145                 q[0],
# Line 116 | Line 153 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
153      }
154      else
155        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
156 <      
156 >
157      outFile << writeLine;
158    }
159    outFile.flush();
160  
161   #else // is_mpi
162  
163 <  int masterIndex;
164 <  int nodeAtomsStart;
165 <  int nodeAtomsEnd;
166 <  int mpiErr;
167 <  int sendError;
168 <  int procIndex;
169 <    
170 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
163 >  /* code to find maximum tag value */
164 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
165 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
166 >  if (flag) {
167 >    MAXTAG = *tagub;
168 >  } else {
169 >    MAXTAG = 32767;
170 >  }  
171  
172 <    
172 >  int haveError;
173 >
174 >  MPI_Status istatus;
175 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
176 >
177    // write out header and node 0's coordinates
178  
179    if( worldRank == 0 ){
139 –    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
140 –      
141 –    outFile << currentTime << "\t"
142 –            << entry_plug->box_x << "\t"
143 –            << entry_plug->box_y << "\t"
144 –            << entry_plug->box_z << "\n";
180  
181 <    masterIndex = 0;
147 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
148 <      
149 <      sprintf( tempBuffer,
150 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
151 <               atoms[i]->getType(),
152 <               atoms[i]->getX(),
153 <               atoms[i]->getY(),
154 <               atoms[i]->getZ(),
155 <               atoms[i]->get_vx(),
156 <               atoms[i]->get_vy(),
157 <               atoms[i]->get_vz());
158 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
159 <        
160 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
161 <          
162 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
163 <        dAtom->getQ( q );
164 <          
165 <        sprintf( tempBuffer,
166 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
167 <                 q[0],
168 <                 q[1],
169 <                 q[2],
170 <                 q[3],
171 <                 dAtom->getJx(),
172 <                 dAtom->getJy(),
173 <                 dAtom->getJz());
174 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
175 <      }
176 <      else
177 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
178 <        
179 <      outFile << writeLine;
180 <      masterIndex++;
181 <    }
182 <    outFile.flush();
183 <  }
181 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
182  
183 <  sprintf( checkPointMsg,
184 <           "Sucessfully wrote node 0's dump configuration.\n");
185 <  MPIcheckPoint();
183 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
184 >    potatoes = new int[nProc];
185 >
186 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
187 >      potatoes[i] = 0;
188      
189 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
190 <       procIndex++){
189 >    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
190  
191 <    if( worldRank == 0 ){
191 >    outFile << currentTime << ";\t"
192 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
193 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
194 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
195 >
196 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
197 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
198 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
199 >
200 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
201 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
202 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
203 >
204 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
205 >    outFile << endl;
206 >    outFile.flush();
207 >
208 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
209        
210 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
195 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
210 >      // Get the Node number which has this atom;
211        
212 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
198 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
212 >      which_node = AtomToProcMap[i];
213        
214 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
201 <      // receiving node expects it to be.
202 <      
203 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
204 <        sendError = 1;
205 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
206 <                          MPI_COMM_WORLD);
207 <        sprintf(painCave.errMsg,
208 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
209 <                "node %d not equal to master index (%d)",
210 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
211 <        painCave.isFatal = 1;
212 <        simError();
213 <      }
214 <      
215 <      sendError = 0;
216 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
217 <                        MPI_COMM_WORLD);
218 <      
219 <      // recieve the nodes writeLines
220 <      
221 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
222 <        
223 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
224 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
225 <        
226 <        outFile << writeLine;
227 <        masterIndex++;
228 <      }
229 <    }
214 >      if (which_node != 0) {
215  
216 <    else if( worldRank == procIndex ){
216 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
217 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
218 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
219  
220 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
221 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
220 >          potatoes[which_node] = 0;          
221 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
222 >          
223 >        }
224  
225 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
226 <                        MPI_COMM_WORLD);
227 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
228 <                        MPI_COMM_WORLD);
229 <        
230 <      sendError = -1;
231 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
232 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
225 >        myPotato = potatoes[which_node];        
226 >        
227 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
228 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
229 >        
230 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
231 >        
232 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
233  
234 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
234 >        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
235  
236 <      // send current node's configuration line by line.
236 >        myPotato++;
237  
238 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
238 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
239 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
240 >              
241 >        myPotato++;
242  
243 <        sprintf( tempBuffer,
244 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
245 <                 atoms[i]->getType(),
246 <                 atoms[i]->getX(),
247 <                 atoms[i]->getY(),
248 <                 atoms[i]->getZ(),
249 <                 atoms[i]->get_vx(),
250 <                 atoms[i]->get_vy(),
251 <                 atoms[i]->get_vz()); // check here.
252 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
253 <          
254 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
255 <            
256 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
257 <          dAtom->getQ( q );
258 <            
259 <          sprintf( tempBuffer,
260 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
261 <                   q[0],
262 <                   q[1],
263 <                   q[2],
264 <                   q[3],
265 <                   dAtom->getJx(),
266 <                   dAtom->getJy(),
267 <                   dAtom->getJz());
268 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
243 >        if (isDirectional) {          
244 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
245 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
246 >        } else {
247 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
248 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
249 >        }
250 >        
251 >        myPotato++;
252 >        potatoes[which_node] = myPotato;
253 >
254 >      } else {
255 >        
256 >        haveError = 0;
257 >        which_atom = i;
258 >        local_index=-1;
259 >        
260 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
261 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
262 >        }
263 >        
264 >        if (local_index != -1) {
265 >          
266 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
267 >
268 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
269 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
270 >
271 >          atomData6[0] = pos[0];
272 >          atomData6[1] = pos[1];
273 >          atomData6[2] = pos[2];
274 >
275 >          atomData6[3] = vel[0];
276 >          atomData6[4] = vel[1];
277 >          atomData6[5] = vel[2];
278 >          
279 >          isDirectional = 0;
280 >
281 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
282 >
283 >            isDirectional = 1;
284 >            
285 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
286 >            dAtom->getQ( q );
287 >
288 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
289 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
290 >            
291 >            atomData13[6] = q[0];
292 >            atomData13[7] = q[1];
293 >            atomData13[8] = q[2];
294 >            atomData13[9] = q[3];
295 >            
296 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
297 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
298 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
299 >          }
300 >          
301 >        } else {
302 >          sprintf(painCave.errMsg,
303 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
304 >                  i, worldRank );
305 >          haveError= 1;
306 >          simError();
307          }
308 <        else
309 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
310 <          
311 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
312 <                          MPI_COMM_WORLD);
308 >        
309 >        if(haveError) DieDieDie();
310 >        
311 >        // If we've survived to here, format the line:
312 >        
313 >        if (!isDirectional) {
314 >
315 >          sprintf( tempBuffer,
316 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
317 >                   atomTypeString,
318 >                   atomData6[0],
319 >                   atomData6[1],
320 >                   atomData6[2],
321 >                   atomData6[3],
322 >                   atomData6[4],
323 >                   atomData6[5]);
324 >          
325 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
326 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
327 >
328 >        } else {
329 >          
330 >          sprintf( tempBuffer,
331 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
332 >                   atomTypeString,
333 >                   atomData13[0],
334 >                   atomData13[1],
335 >                   atomData13[2],
336 >                   atomData13[3],
337 >                   atomData13[4],
338 >                   atomData13[5],
339 >                   atomData13[6],
340 >                   atomData13[7],
341 >                   atomData13[8],
342 >                   atomData13[9],
343 >                   atomData13[10],
344 >                   atomData13[11],
345 >                   atomData13[12]);
346 >          
347 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
348 >          
349 >        }
350 >        
351 >        outFile << writeLine;
352 >        outFile.flush();
353        }
354      }
355 +
356 +    outFile.flush();
357 +    sprintf( checkPointMsg,
358 +             "Sucessfully took a dump.\n");
359 +    MPIcheckPoint();        
360 +    
361 +  } else {
362 +
363 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
364 +
365 +    // Set my magic potato to 0:
366 +
367 +    myPotato = 0;
368 +    
369 +    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
370        
371 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
372 <            procIndex);
373 <    MPIcheckPoint();
374 <  }
371 >      // Am I the node which has this atom?
372 >      
373 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
374 >
375 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
376 >
377 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
378 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
379 >          // node 0 says we can go:
380 >
381 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
382 >          
383 >        }
384 >
385 >        local_index=-1;
386 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
387 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
388 >        }
389 >        if (local_index != -1) {
390 >        
391 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
392 >
393 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
394 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
395 >
396 >          atomData6[0] = pos[0];
397 >          atomData6[1] = pos[1];
398 >          atomData6[2] = pos[2];
399 >
400 >          atomData6[3] = vel[0];
401 >          atomData6[4] = vel[1];
402 >          atomData6[5] = vel[2];
403 >          
404 >          isDirectional = 0;
405 >
406 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
407 >
408 >            isDirectional = 1;
409 >            
410 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
411 >            dAtom->getQ( q );
412 >            
413 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
414 >              atomData13[j] = atomData6[j];
415 >            
416 >            atomData13[6] = q[0];
417 >            atomData13[7] = q[1];
418 >            atomData13[8] = q[2];
419 >            atomData13[9] = q[3];
420 >
421 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
422 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
423 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
424 >          }
425 >
426 >        } else {
427 >          sprintf(painCave.errMsg,
428 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
429 >                  i, worldRank );
430 >          haveError= 1;
431 >          simError();
432 >        }
433 >
434 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
435 >
436 >        // null terminate the string before sending (just in case):
437 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
438 >
439 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
440 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
441 >        
442 >        myPotato++;
443 >
444 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
445 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
446 >        
447 >        myPotato++;
448 >        
449 >        if (isDirectional) {
450 >
451 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
452 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
453 >          
454 >        } else {
455 >
456 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
457 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
458 >        }
459 >
460 >        myPotato++;      
461 >      }
462 >    }
463 >
464 >    sprintf( checkPointMsg,
465 >             "Sucessfully took a dump.\n");
466 >    MPIcheckPoint();        
467      
468 +  }
469 +  
470   #endif // is_mpi
471   }
472  
473 + void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
474  
475 +  char finalName[500];
476 +  ofstream finalOut;
477  
296 – void DumpWriter::writeFinal(){
297 –
298 –
478    const int BUFFERSIZE = 2000;
479 <  char tempBuffer[500];
479 >  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
480 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
481    char writeLine[BUFFERSIZE];
302 –  
303 –  char finalName[500];
482  
305 –  int i;
483    double q[4];
484    DirectionalAtom* dAtom;
308 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
485    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
486 +  int i;
487 + #ifdef IS_MPI
488    
489 <  ofstream finalOut;
490 <  
489 >  int *potatoes;
490 >  int myPotato;
491 >
492 >  int nProc;
493 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
494 >  double atomData6[6];
495 >  double atomData13[13];
496 >  int isDirectional;
497 >  char* atomTypeString;
498 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
499 >
500 > #else //is_mpi
501 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
502 > #endif //is_mpi
503 >
504 >  double pos[3], vel[3];
505 >
506   #ifdef IS_MPI
507    if(worldRank == 0 ){
508   #endif // is_mpi
509 <    
509 >
510      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
511 <    
511 >
512      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
513      if( !finalOut ){
514        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 324 | Line 517 | void DumpWriter::writeFinal(){
517        painCave.isFatal = 1;
518        simError();
519      }
520 <    
520 >
521      // finalOut.setf( ios::scientific );
522 <    
522 >
523   #ifdef IS_MPI
524    }
525 <  
525 >
526    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
527 <  MPIcheckPoint();  
528 <  
527 >  MPIcheckPoint();
528 >
529   #endif //is_mpi
530  
338 –    
531  
532   #ifndef IS_MPI
533 <    
533 >
534    finalOut << nAtoms << "\n";
535 <    
536 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
537 <           << entry_plug->box_y << "\t"
538 <           << entry_plug->box_z << "\n";
539 <    
535 >
536 >  finalOut << finalTime << ";\t"
537 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
538 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
539 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
540 >
541 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
542 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
543 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
544 >
545 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
546 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
547 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
548 >
549 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
550 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
551 >  finalOut << endl;
552 >
553    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
554 <      
554 >
555 >    atoms[i]->getPos(pos);
556 >    atoms[i]->getVel(vel);
557 >
558      sprintf( tempBuffer,
559               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
560               atoms[i]->getType(),
561 <             atoms[i]->getX(),
562 <             atoms[i]->getY(),
563 <             atoms[i]->getZ(),
564 <             atoms[i]->get_vx(),
565 <             atoms[i]->get_vy(),
566 <             atoms[i]->get_vz());
561 >             pos[0],
562 >             pos[1],
563 >             pos[2],
564 >             vel[0],
565 >             vel[1],
566 >             vel[2]);
567      strcpy( writeLine, tempBuffer );
568  
569      if( atoms[i]->isDirectional() ){
570 <        
570 >
571        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
572        dAtom->getQ( q );
573 <        
573 >
574        sprintf( tempBuffer,
575                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
576                 q[0],
# Line 376 | Line 584 | void DumpWriter::writeFinal(){
584      }
585      else
586        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
587 <      
587 >
588      finalOut << writeLine;
589    }
590    finalOut.flush();
591 +  finalOut.close();
592  
593   #else // is_mpi
594  
595 <  int masterIndex;
596 <  int nodeAtomsStart;
597 <  int nodeAtomsEnd;
598 <  int mpiErr;
599 <  int sendError;
600 <  int procIndex;
601 <    
602 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
595 >  /* code to find maximum tag value */
596 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
597 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
598 >  if (flag) {
599 >    MAXTAG = *tagub;
600 >  } else {
601 >    MAXTAG = 32767;
602 >  }  
603  
604 <    
604 >  int haveError;
605 >
606 >  MPI_Status istatus;
607 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
608 >
609    // write out header and node 0's coordinates
610  
611    if( worldRank == 0 ){
612 +
613 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
614 +
615 +    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
616 +    potatoes = new int[nProc];
617 +
618 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
619 +      potatoes[i] = 0;
620 +    
621      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
622 +
623 +    finalOut << finalTime << ";\t"
624 +            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
625 +            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
626 +            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
627 +
628 +            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
629 +            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
630 +            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
631 +
632 +            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
633 +            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
634 +            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
635 +
636 +    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
637 +    finalOut << endl;
638 +    finalOut.flush();
639 +
640 +    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
641        
642 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
402 <             << entry_plug->box_y << "\t"
403 <             << entry_plug->box_z << "\n";
404 <    
405 <    masterIndex = 0;
406 <    
407 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
642 >      // Get the Node number which has this atom;
643        
644 <      sprintf( tempBuffer,
645 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
646 <               atoms[i]->getType(),
412 <               atoms[i]->getX(),
413 <               atoms[i]->getY(),
414 <               atoms[i]->getZ(),
415 <               atoms[i]->get_vx(),
416 <               atoms[i]->get_vy(),
417 <               atoms[i]->get_vz());
418 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
419 <        
420 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
421 <          
422 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
423 <        dAtom->getQ( q );
424 <          
425 <        sprintf( tempBuffer,
426 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
427 <                 q[0],
428 <                 q[1],
429 <                 q[2],
430 <                 q[3],
431 <                 dAtom->getJx(),
432 <                 dAtom->getJy(),
433 <                 dAtom->getJz());
434 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
435 <      }
436 <      else
437 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
438 <        
439 <      finalOut << writeLine;
440 <      masterIndex++;
441 <    }
442 <    finalOut.flush();
443 <  }
444 <    
445 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
446 <       procIndex++){
644 >      which_node = AtomToProcMap[i];
645 >      
646 >      if (which_node != 0) {
647  
648 <    if( worldRank == 0 ){
649 <        
650 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
451 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
648 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
649 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
650 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
651  
652 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
653 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
654 <        
655 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
457 <      // receiving node expects it to be.
458 <        
459 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
460 <        sendError = 1;
461 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
462 <                          MPI_COMM_WORLD);
463 <        sprintf(painCave.errMsg,
464 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
465 <                "node %d not equal to master index (%d)",
466 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
467 <        painCave.isFatal = 1;
468 <        simError();
469 <      }
470 <        
471 <      sendError = 0;
472 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
473 <                        MPI_COMM_WORLD);
652 >          potatoes[which_node] = 0;          
653 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
654 >          
655 >        }
656  
657 <      // recieve the nodes writeLines
657 >        myPotato = potatoes[which_node];        
658 >        
659 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
660 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
661 >        
662 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
663 >        
664 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
665  
666 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
478 <          
479 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
480 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
666 >        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
667  
668 <        finalOut << writeLine;
483 <        masterIndex++;
484 <      }
668 >        myPotato++;
669  
670 <      finalOut.flush();
671 <    }
670 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
671 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
672 >              
673 >        myPotato++;
674  
675 <    else if( worldRank == procIndex ){
675 >        if (isDirectional) {          
676 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
677 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
678 >        } else {
679 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
680 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
681 >        }
682 >        
683 >        myPotato++;
684 >        potatoes[which_node] = myPotato;
685  
686 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
687 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
688 <        
689 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
690 <                        MPI_COMM_WORLD);
691 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
692 <                        MPI_COMM_WORLD);
693 <        
694 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
695 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
696 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
697 <
698 <      // send current node's configuration line by line.
686 >      } else {
687 >        
688 >        haveError = 0;
689 >        which_atom = i;
690 >        local_index=-1;
691 >        
692 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
693 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
694 >        }
695 >        
696 >        if (local_index != -1) {
697 >          
698 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
699  
700 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
701 <          
702 <        sprintf( tempBuffer,
703 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
704 <                 atoms[i]->getType(),
705 <                 atoms[i]->getX(),
706 <                 atoms[i]->getY(),
707 <                 atoms[i]->getZ(),
708 <                 atoms[i]->get_vx(),
709 <                 atoms[i]->get_vy(),
710 <                 atoms[i]->get_vz());
711 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
712 <          
713 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
714 <            
715 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
716 <          dAtom->getQ( q );
717 <            
718 <          sprintf( tempBuffer,
719 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
720 <                   q[0],
721 <                   q[1],
722 <                   q[2],
723 <                   q[3],
724 <                   dAtom->getJx(),
725 <                   dAtom->getJy(),
726 <                   dAtom->getJz());
727 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
700 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
701 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
702 >
703 >          atomData6[0] = pos[0];
704 >          atomData6[1] = pos[1];
705 >          atomData6[2] = pos[2];
706 >
707 >          atomData6[3] = vel[0];
708 >          atomData6[4] = vel[1];
709 >          atomData6[5] = vel[2];
710 >          
711 >          isDirectional = 0;
712 >
713 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
714 >
715 >            isDirectional = 1;
716 >            
717 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
718 >            dAtom->getQ( q );
719 >
720 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
721 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
722 >            
723 >            atomData13[6] = q[0];
724 >            atomData13[7] = q[1];
725 >            atomData13[8] = q[2];
726 >            atomData13[9] = q[3];
727 >            
728 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
729 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
730 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
731 >          }
732 >          
733 >        } else {
734 >          sprintf(painCave.errMsg,
735 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
736 >                  i, worldRank );
737 >          haveError= 1;
738 >          simError();
739          }
740 <        else
741 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
742 <          
743 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
744 <                          MPI_COMM_WORLD);
740 >        
741 >        if(haveError) DieDieDie();
742 >        
743 >        // If we've survived to here, format the line:
744 >        
745 >        if (!isDirectional) {
746 >
747 >          sprintf( tempBuffer,
748 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
749 >                   atomTypeString,
750 >                   atomData6[0],
751 >                   atomData6[1],
752 >                   atomData6[2],
753 >                   atomData6[3],
754 >                   atomData6[4],
755 >                   atomData6[5]);
756 >          
757 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
758 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
759 >
760 >        } else {
761 >          
762 >          sprintf( tempBuffer,
763 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
764 >                   atomTypeString,
765 >                   atomData13[0],
766 >                   atomData13[1],
767 >                   atomData13[2],
768 >                   atomData13[3],
769 >                   atomData13[4],
770 >                   atomData13[5],
771 >                   atomData13[6],
772 >                   atomData13[7],
773 >                   atomData13[8],
774 >                   atomData13[9],
775 >                   atomData13[10],
776 >                   atomData13[11],
777 >                   atomData13[12]);
778 >          
779 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
780 >          
781 >        }
782 >        
783 >        finalOut << writeLine;
784 >        finalOut.flush();
785        }
786      }
787 +
788 +    finalOut.flush();
789 +    sprintf( checkPointMsg,
790 +             "Sucessfully took a dump.\n");
791 +    MPIcheckPoint();        
792 +    
793 +  } else {
794 +
795 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
796 +
797 +    // Set my magic potato to 0:
798 +
799 +    myPotato = 0;
800 +    
801 +    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
802        
803 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
804 <            procIndex);
805 <    MPIcheckPoint();
545 <  }
803 >      // Am I the node which has this atom?
804 >      
805 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
806  
807 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
807 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
808  
809 +          // The potato was going to exceed the maximum value,
810 +          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
811 +          // node 0 says we can go:
812 +
813 +          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
814 +          
815 +        }
816 +
817 +        local_index=-1;
818 +        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
819 +          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
820 +        }
821 +        if (local_index != -1) {
822 +        
823 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
824 +
825 +          atoms[local_index]->getPos(pos);
826 +          atoms[local_index]->getVel(vel);
827 +
828 +          atomData6[0] = pos[0];
829 +          atomData6[1] = pos[1];
830 +          atomData6[2] = pos[2];
831 +
832 +          atomData6[3] = vel[0];
833 +          atomData6[4] = vel[1];
834 +          atomData6[5] = vel[2];
835 +          
836 +          isDirectional = 0;
837 +
838 +          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
839 +
840 +            isDirectional = 1;
841 +            
842 +            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
843 +            dAtom->getQ( q );
844 +            
845 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
846 +              atomData13[j] = atomData6[j];
847 +            
848 +            atomData13[6] = q[0];
849 +            atomData13[7] = q[1];
850 +            atomData13[8] = q[2];
851 +            atomData13[9] = q[3];
852 +
853 +            atomData13[10] = dAtom->getJx();
854 +            atomData13[11] = dAtom->getJy();
855 +            atomData13[12] = dAtom->getJz();
856 +          }
857 +
858 +        } else {
859 +          sprintf(painCave.errMsg,
860 +                  "Atom %d not found on processor %d\n",
861 +                  i, worldRank );
862 +          haveError= 1;
863 +          simError();
864 +        }
865 +
866 +        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
867 +
868 +        // null terminate the string before sending (just in case):
869 +        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
870 +
871 +        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
872 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
873 +        
874 +        myPotato++;
875 +
876 +        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
877 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
878 +        
879 +        myPotato++;
880 +        
881 +        if (isDirectional) {
882 +
883 +          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
884 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
885 +          
886 +        } else {
887 +
888 +          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
889 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
890 +        }
891 +
892 +        myPotato++;      
893 +      }
894 +    }
895 +
896 +    sprintf( checkPointMsg,
897 +             "Sucessfully took a dump.\n");
898 +    MPIcheckPoint();        
899      
900 +  }
901 +  
902 +  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
903   #endif // is_mpi
904   }
905 +
906 +
907 +
908 + #ifdef IS_MPI
909 +
910 + // a couple of functions to let us escape the write loop
911 +
912 + void dWrite::DieDieDie( void ){
913 +
914 +  MPI_Finalize();
915 +  exit (0);
916 + }
917 +
918 + #endif //is_mpi

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