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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 378 by mmeineke, Fri Mar 21 17:42:12 2003 UTC vs.
Revision 947 by gezelter, Thu Jan 15 14:22:16 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6 + #include <algorithm>
7 + #include <utility>
8  
9   #ifdef IS_MPI
10   #include <mpi.h>
11   #include "mpiSimulation.hpp"
12 < #define TAKE_THIS_TAG 0
12 >
13 > namespace dWrite{
14 >  void DieDieDie( void );
15 > }
16 >
17 > using namespace dWrite;
18   #endif //is_mpi
19  
20   #include "ReadWrite.hpp"
21   #include "simError.h"
22  
14 –
15 –
16 –
17 –
23   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
24  
25    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 22 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27   #ifdef IS_MPI
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30 <    
31 <
32 <    
33 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
34 <    
35 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
31 <    
32 <    if( !outFile ){
33 <      
30 >
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
40 –  
41 –    //outFile.setf( ios::scientific );
42  
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
46 +  //sort the local atoms by global index
47 +  sortByGlobalIndex();
48 +  
49    sprintf( checkPointMsg,
50             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
51    MPIcheckPoint();
# Line 55 | Line 58 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
58    if(worldRank == 0 ){
59   #endif // is_mpi
60  
61 <    outFile.close();
61 >    dumpFile.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
65   #endif // is_mpi
66   }
67  
68 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
68 > #ifdef IS_MPI
69 >
70 > /**
71 > * A hook function to load balancing
72 > */
73 >
74 > void DumpWriter::update(){
75 >  sortByGlobalIndex();          
76 > }
77    
78 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
79 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
80 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
78 > /**
79 > * Auxiliary sorting function
80 > */
81 >
82 > bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
83 >  return p1.second < p2.second;
84 > }
85  
86 <  int i;
87 <  double q[4];
88 <  DirectionalAtom* dAtom;
89 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
86 > /**
87 > * Sorting the local index by global index
88 > */
89 >
90 > void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
92 <    
92 >  
93 >  indexArray.clear();
94 >  
95 >  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
96 >    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
97 >  
98 >  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
99 > }
100 > #endif
101  
102 < #ifndef IS_MPI
79 <    
80 <  outFile << nAtoms << "\n";
81 <    
82 <  outFile << currentTime << "\t"
83 <          << entry_plug->box_x << "\t"
84 <          << entry_plug->box_y << "\t"
85 <          << entry_plug->box_z << "\n";
86 <    
87 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
88 <      
102 > void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103  
104 <    sprintf( tempBuffer,
105 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
92 <             atoms[i]->getType(),
93 <             atoms[i]->getX(),
94 <             atoms[i]->getY(),
95 <             atoms[i]->getZ(),
96 <             atoms[i]->get_vx(),
97 <             atoms[i]->get_vy(),
98 <             atoms[i]->get_vz());
99 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
104 >  ofstream finalOut;
105 >  vector<ofstream*> fileStreams;
106  
107 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
108 <        
109 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
110 <      dAtom->getQ( q );
111 <        
112 <      sprintf( tempBuffer,
113 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
114 <               q[0],
115 <               q[1],
116 <               q[2],
111 <               q[3],
112 <               dAtom->getJx(),
113 <               dAtom->getJy(),
114 <               dAtom->getJz());
115 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
107 > #ifdef IS_MPI
108 >  if(worldRank == 0 ){
109 >    
110 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 >    if( !finalOut ){
112 >      sprintf( painCave.errMsg,
113 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 >               entry_plug->finalName );
115 >      painCave.isFatal = 1;
116 >      simError();
117      }
117 –    else
118 –      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
119 –      
120 –    outFile << writeLine;
118    }
119 <  outFile.flush();
119 > #endif // is_mpi
120  
121 < #else // is_mpi
121 >  fileStreams.push_back(&finalOut);
122 >  fileStreams.push_back(&dumpFile);
123  
124 <  int masterIndex;
127 <  int nodeAtomsStart;
128 <  int nodeAtomsEnd;
129 <  int mpiErr;
130 <  int sendError;
131 <  int procIndex;
132 <    
133 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
124 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
125  
126 <    
127 <  // write out header and node 0's coordinates
126 > #ifdef IS_MPI
127 >  finalOut.close();
128 > #endif
129 >        
130 > }
131  
132 <  if( worldRank == 0 ){
139 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
140 <      
141 <    outFile << currentTime << "\t"
142 <            << entry_plug->box_x << "\t"
143 <            << entry_plug->box_y << "\t"
144 <            << entry_plug->box_z << "\n";
132 > void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
133  
134 <    masterIndex = 0;
135 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
148 <      
149 <      sprintf( tempBuffer,
150 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
151 <               atoms[i]->getType(),
152 <               atoms[i]->getX(),
153 <               atoms[i]->getY(),
154 <               atoms[i]->getZ(),
155 <               atoms[i]->get_vx(),
156 <               atoms[i]->get_vy(),
157 <               atoms[i]->get_vz());
158 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
159 <        
160 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
161 <          
162 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
163 <        dAtom->getQ( q );
164 <          
165 <        sprintf( tempBuffer,
166 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
167 <                 q[0],
168 <                 q[1],
169 <                 q[2],
170 <                 q[3],
171 <                 dAtom->getJx(),
172 <                 dAtom->getJy(),
173 <                 dAtom->getJz());
174 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
175 <      }
176 <      else
177 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
178 <        
179 <      outFile << writeLine;
180 <      masterIndex++;
181 <    }
182 <    outFile.flush();
183 <  }
134 >  ofstream finalOut;
135 >  vector<ofstream*> fileStreams;
136  
137 <  sprintf( checkPointMsg,
138 <           "Sucessfully wrote node 0's dump configuration.\n");
187 <  MPIcheckPoint();
188 <    
189 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
190 <       procIndex++){
137 > #ifdef IS_MPI
138 >  if(worldRank == 0 ){
139  
140 <    if( worldRank == 0 ){
193 <      
194 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
195 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
196 <      
197 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
198 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
199 <      
200 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
201 <      // receiving node expects it to be.
202 <      
203 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
204 <        sendError = 1;
205 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
206 <                          MPI_COMM_WORLD);
207 <        sprintf(painCave.errMsg,
208 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
209 <                "node %d not equal to master index (%d)",
210 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
211 <        painCave.isFatal = 1;
212 <        simError();
213 <      }
214 <      
215 <      sendError = 0;
216 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
217 <                        MPI_COMM_WORLD);
218 <      
219 <      // recieve the nodes writeLines
220 <      
221 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
222 <        
223 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
224 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
225 <        
226 <        outFile << writeLine;
227 <        masterIndex++;
228 <      }
229 <    }
140 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
141  
142 <    else if( worldRank == procIndex ){
143 <
144 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
145 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
146 <
147 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
237 <                        MPI_COMM_WORLD);
238 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
239 <                        MPI_COMM_WORLD);
240 <        
241 <      sendError = -1;
242 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
243 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
244 <
245 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
246 <
247 <      // send current node's configuration line by line.
248 <
249 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
250 <
251 <        sprintf( tempBuffer,
252 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
253 <                 atoms[i]->getType(),
254 <                 atoms[i]->getX(),
255 <                 atoms[i]->getY(),
256 <                 atoms[i]->getZ(),
257 <                 atoms[i]->get_vx(),
258 <                 atoms[i]->get_vy(),
259 <                 atoms[i]->get_vz()); // check here.
260 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
261 <          
262 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
263 <            
264 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
265 <          dAtom->getQ( q );
266 <            
267 <          sprintf( tempBuffer,
268 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
269 <                   q[0],
270 <                   q[1],
271 <                   q[2],
272 <                   q[3],
273 <                   dAtom->getJx(),
274 <                   dAtom->getJy(),
275 <                   dAtom->getJz());
276 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
277 <        }
278 <        else
279 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
280 <          
281 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
282 <                          MPI_COMM_WORLD);
283 <      }
142 >    if( !finalOut ){
143 >      sprintf( painCave.errMsg,
144 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
145 >               entry_plug->finalName );
146 >      painCave.isFatal = 1;
147 >      simError();
148      }
149 <      
286 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
287 <            procIndex);
288 <    MPIcheckPoint();
149 >
150    }
290 –    
151   #endif // is_mpi
152 +  
153 +  fileStreams.push_back(&finalOut);  
154 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
155 +
156 + #ifdef IS_MPI
157 +  finalOut.close();
158 + #endif
159 +  
160   }
161  
162 + void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
163  
164 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
165 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
166  
167 < void DumpWriter::writeFinal(){
167 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
168 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
169  
170 +  int i, k;
171  
172 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
300 <  char tempBuffer[500];
301 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
172 > #ifdef IS_MPI
173    
174 <  char finalName[500];
174 >  /*********************************************************************
175 >   * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
176 >   *
177 >   * Why all the potatoes below?  
178 >   *
179 >   * To make a long story short, the original version of DumpWriter
180 >   * worked in the most inefficient way possible.  Node 0 would
181 >   * poke each of the node for an individual atom's formatted data
182 >   * as node 0 worked its way down the global index. This was particularly
183 >   * inefficient since the method blocked all processors at every atom
184 >   * (and did it twice!).
185 >   *
186 >   * An intermediate version of DumpWriter could be described from Node
187 >   * zero's perspective as follows:
188 >   *
189 >   *  1) Have 100 of your friends stand in a circle.
190 >   *  2) When you say go, have all of them start tossing potatoes at
191 >   *     you (one at a time).
192 >   *  3) Catch the potatoes.
193 >   *
194 >   * It was an improvement, but MPI has buffers and caches that could
195 >   * best be described in this analogy as "potato nets", so there's no
196 >   * need to block the processors atom-by-atom.
197 >   *
198 >   * This new and improved DumpWriter works in an even more efficient
199 >   * way:
200 >   *
201 >   *  1) Have 100 of your friend stand in a circle.
202 >   *  2) When you say go, have them start tossing 5-pound bags of
203 >   *     potatoes at you.
204 >   *  3) Once you've caught a friend's bag of potatoes,
205 >   *     toss them a spud to let them know they can toss another bag.
206 >   *
207 >   * How's THAT for documentation?
208 >   *
209 >   *********************************************************************/
210  
211 <  int i;
211 >  int *potatoes;
212 >  int myPotato;
213 >
214 >  int nProc;
215 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
216 >  double atomData6[6];
217 >  double atomData13[13];
218 >  int isDirectional;
219 >  char* atomTypeString;
220 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
221 >
222 > #else //is_mpi
223 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
224 > #endif //is_mpi
225 >
226    double q[4];
227    DirectionalAtom* dAtom;
308 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
228    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
229 +  double pos[3], vel[3];
230 +
231 + #ifndef IS_MPI
232    
233 <  ofstream finalOut;
234 <  
235 < #ifdef IS_MPI
236 <  if(worldRank == 0 ){
237 < #endif // is_mpi
238 <    
239 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
240 <    
241 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
242 <    if( !finalOut ){
243 <      sprintf( painCave.errMsg,
244 <               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
245 <               finalName );
246 <      painCave.isFatal = 1;
247 <      simError();
248 <    }
249 <    
250 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
329 <    
330 < #ifdef IS_MPI
233 >  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
234 >    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
235 >
236 >    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
237 >               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
238 >                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
239 >                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
240 >              
241 >               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
242 >                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
243 >                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
244 >
245 >                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
246 >                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
247 >                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
248 >
249 >    //write out additional parameters, such as chi and eta
250 >    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
251    }
252    
253 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
334 <  MPIcheckPoint();  
335 <  
336 < #endif //is_mpi
253 >  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
254  
255 <    
255 >    atoms[i]->getPos(pos);
256 >    atoms[i]->getVel(vel);
257  
340 – #ifndef IS_MPI
341 –    
342 –  finalOut << nAtoms << "\n";
343 –    
344 –  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
345 –           << entry_plug->box_y << "\t"
346 –           << entry_plug->box_z << "\n";
347 –    
348 –  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
349 –      
258      sprintf( tempBuffer,
259               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
260               atoms[i]->getType(),
261 <             atoms[i]->getX(),
262 <             atoms[i]->getY(),
263 <             atoms[i]->getZ(),
264 <             atoms[i]->get_vx(),
265 <             atoms[i]->get_vy(),
266 <             atoms[i]->get_vz());
261 >             pos[0],
262 >             pos[1],
263 >             pos[2],
264 >             vel[0],
265 >             vel[1],
266 >             vel[2]);
267      strcpy( writeLine, tempBuffer );
268  
269      if( atoms[i]->isDirectional() ){
270 <        
270 >
271        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
272        dAtom->getQ( q );
273 <        
273 >
274        sprintf( tempBuffer,
275                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
276                 q[0],
# Line 376 | Line 284 | void DumpWriter::writeFinal(){
284      }
285      else
286        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
287 <      
288 <    finalOut << writeLine;
287 >
288 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
289 >      *outFile[k] << writeLine;
290    }
382 –  finalOut.flush();
291  
292   #else // is_mpi
293  
294 <  int masterIndex;
295 <  int nodeAtomsStart;
296 <  int nodeAtomsEnd;
297 <  int mpiErr;
298 <  int sendError;
299 <  int procIndex;
300 <    
301 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
294 >  /* code to find maximum tag value */
295 >  
296 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
297 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
298 >  if (flag) {
299 >    MAXTAG = *tagub;
300 >  } else {
301 >    MAXTAG = 32767;
302 >  }  
303  
304 <    
304 >  int haveError;
305 >
306 >  MPI_Status istatus;
307 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
308 >
309    // write out header and node 0's coordinates
310  
311    if( worldRank == 0 ){
312 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
313 <      
314 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
315 <             << entry_plug->box_y << "\t"
316 <             << entry_plug->box_z << "\n";
312 >
313 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
314 >
315 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
316 >    potatoes = new int[nProc];
317 >
318 >    //write out the comment lines
319 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
320 >      potatoes[i] = 0;
321      
322 <    masterIndex = 0;
323 <    
324 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
322 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
323 >        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
324 >
325 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
326 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
327 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
328 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
329 >
330 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
331 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
332 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
333 >
334 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
335 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
336 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
337 >  
338 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
339 >    }
340 >
341 >    currentIndex = 0;
342 >
343 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
344        
345 <      sprintf( tempBuffer,
346 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
347 <               atoms[i]->getType(),
348 <               atoms[i]->getX(),
349 <               atoms[i]->getY(),
350 <               atoms[i]->getZ(),
351 <               atoms[i]->get_vx(),
352 <               atoms[i]->get_vy(),
353 <               atoms[i]->get_vz());
354 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
345 >      // Get the Node number which has this atom;
346 >      
347 >      which_node = AtomToProcMap[i];
348 >      
349 >      if (which_node != 0) {
350 >
351 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
352 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
353 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
354 >
355 >          potatoes[which_node] = 0;          
356 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
357 >          
358 >        }
359 >
360 >        myPotato = potatoes[which_node];        
361 >        
362 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
363 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
364 >        
365 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
366          
367 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
368 <          
369 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
370 <        dAtom->getQ( q );
371 <          
372 <        sprintf( tempBuffer,
373 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
374 <                 q[0],
375 <                 q[1],
376 <                 q[2],
377 <                 q[3],
378 <                 dAtom->getJx(),
379 <                 dAtom->getJy(),
380 <                 dAtom->getJz());
381 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
367 >        myPotato++;
368 >
369 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
370 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
371 >              
372 >        myPotato++;
373 >
374 >        if (isDirectional) {          
375 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
376 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
377 >        } else {
378 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
379 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
380 >        }
381 >        
382 >        myPotato++;
383 >        potatoes[which_node] = myPotato;
384 >
385 >      } else {
386 >        
387 >        haveError = 0;
388 >              which_atom = i;
389 >        
390 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
391 >                
392 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
393 >          
394 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
395 >
396 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
397 >                atoms[local_index]->getVel(vel);          
398 >
399 >          atomData6[0] = pos[0];
400 >          atomData6[1] = pos[1];
401 >          atomData6[2] = pos[2];
402 >
403 >          atomData6[3] = vel[0];
404 >          atomData6[4] = vel[1];
405 >          atomData6[5] = vel[2];
406 >          
407 >          isDirectional = 0;
408 >
409 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
410 >
411 >            isDirectional = 1;
412 >            
413 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
414 >            dAtom->getQ( q );
415 >
416 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
417 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
418 >            
419 >            atomData13[6] = q[0];
420 >            atomData13[7] = q[1];
421 >            atomData13[8] = q[2];
422 >            atomData13[9] = q[3];
423 >            
424 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
425 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
426 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
427 >          }
428 >          
429 >        } else {
430 >          sprintf(painCave.errMsg,
431 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
432 >                              i, worldRank );
433 >                haveError= 1;
434 >                simError();
435 >              }
436 >        
437 >        if(haveError) DieDieDie();
438 >        
439 >        currentIndex ++;
440        }
441 <      else
442 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
441 >      // If we've survived to here, format the line:
442 >      
443 >      if (!isDirectional) {
444          
445 <      finalOut << writeLine;
446 <      masterIndex++;
447 <    }
448 <    finalOut.flush();
449 <  }
450 <    
451 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
452 <       procIndex++){
445 >        sprintf( writeLine,
446 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
447 >                             atomTypeString,
448 >                             atomData6[0],
449 >                             atomData6[1],
450 >                             atomData6[2],
451 >                             atomData6[3],
452 >                             atomData6[4],
453 >                             atomData6[5]);
454  
455 <    if( worldRank == 0 ){
455 >              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
456          
457 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
451 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
452 <
453 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
454 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
457 >      } else {
458          
459 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
460 <      // receiving node expects it to be.
461 <        
462 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
463 <        sendError = 1;
464 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
465 <                          MPI_COMM_WORLD);
466 <        sprintf(painCave.errMsg,
467 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
468 <                "node %d not equal to master index (%d)",
469 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
470 <        painCave.isFatal = 1;
471 <        simError();
459 >              sprintf( writeLine,
460 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
461 >                             atomTypeString,
462 >                             atomData13[0],
463 >                             atomData13[1],
464 >                             atomData13[2],
465 >                             atomData13[3],
466 >                             atomData13[4],
467 >                             atomData13[5],
468 >                             atomData13[6],
469 >                             atomData13[7],
470 >                             atomData13[8],
471 >                             atomData13[9],
472 >                             atomData13[10],
473 >                             atomData13[11],
474 >                             atomData13[12]);
475 >        
476        }
477 <        
478 <      sendError = 0;
479 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
480 <                        MPI_COMM_WORLD);
477 >      
478 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
479 >        *outFile[k] << writeLine;
480 >    }
481 >    
482 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
483 >      outFile[k]->flush();
484 >    
485 >    sprintf( checkPointMsg,
486 >             "Sucessfully took a dump.\n");
487  
488 <      // recieve the nodes writeLines
488 >    MPIcheckPoint();        
489  
490 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
478 <          
479 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
480 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
490 >    delete[] potatoes;
491  
492 <        finalOut << writeLine;
483 <        masterIndex++;
484 <      }
492 >  } else {
493  
494 <      finalOut.flush();
487 <    }
494 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
495  
496 <    else if( worldRank == procIndex ){
496 >    // Set my magic potato to 0:
497  
498 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
499 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
500 <        
501 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
502 <                        MPI_COMM_WORLD);
503 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
504 <                        MPI_COMM_WORLD);
505 <        
499 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
500 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
501 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
498 >    myPotato = 0;
499 >    currentIndex = 0;
500 >    
501 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
502 >      
503 >      // Am I the node which has this atom?
504 >      
505 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
506  
507 <      // send current node's configuration line by line.
507 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
508  
509 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
510 <          
511 <        sprintf( tempBuffer,
512 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
513 <                 atoms[i]->getType(),
514 <                 atoms[i]->getX(),
515 <                 atoms[i]->getY(),
516 <                 atoms[i]->getZ(),
517 <                 atoms[i]->get_vx(),
518 <                 atoms[i]->get_vy(),
519 <                 atoms[i]->get_vz());
520 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
521 <          
522 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
523 <            
524 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
525 <          dAtom->getQ( q );
526 <            
527 <          sprintf( tempBuffer,
528 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
529 <                   q[0],
530 <                   q[1],
531 <                   q[2],
532 <                   q[3],
533 <                   dAtom->getJx(),
534 <                   dAtom->getJy(),
535 <                   dAtom->getJz());
536 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
537 <        }
538 <        else
539 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
540 <          
541 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
542 <                          MPI_COMM_WORLD);
509 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
510 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
511 >          // node 0 says we can go:
512 >
513 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
514 >          
515 >        }
516 >        which_atom = i;
517 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
518 >                
519 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
520 >        
521 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
522 >
523 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
524 >                atoms[local_index]->getVel(vel);
525 >
526 >          atomData6[0] = pos[0];
527 >          atomData6[1] = pos[1];
528 >          atomData6[2] = pos[2];
529 >
530 >          atomData6[3] = vel[0];
531 >          atomData6[4] = vel[1];
532 >          atomData6[5] = vel[2];
533 >          
534 >          isDirectional = 0;
535 >
536 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
537 >
538 >            isDirectional = 1;
539 >            
540 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
541 >            dAtom->getQ( q );
542 >            
543 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
544 >              atomData13[j] = atomData6[j];
545 >            
546 >            atomData13[6] = q[0];
547 >            atomData13[7] = q[1];
548 >            atomData13[8] = q[2];
549 >            atomData13[9] = q[3];
550 >  
551 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
552 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
553 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
554 >          }
555 >
556 >        } else {
557 >                sprintf(painCave.errMsg,
558 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
559 >                              i, worldRank );
560 >                haveError= 1;
561 >                simError();
562 >              }
563 >
564 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
565 >
566 >        // null terminate the string before sending (just in case):
567 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
568 >
569 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
570 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
571 >        
572 >        myPotato++;
573 >
574 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
575 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
576 >        
577 >        myPotato++;
578 >        
579 >        if (isDirectional) {
580 >
581 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
582 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
583 >          
584 >        } else {
585 >
586 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
587 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
588 >        }
589 >
590 >        myPotato++;  
591 >        currentIndex++;    
592        }
593      }
541 –      
542 –    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
543 –            procIndex);
544 –    MPIcheckPoint();
545 –  }
594  
595 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
596 <
595 >    sprintf( checkPointMsg,
596 >             "Sucessfully took a dump.\n");
597 >    MPIcheckPoint();        
598      
599 +  }
600 +  
601   #endif // is_mpi
602   }
603 +
604 + #ifdef IS_MPI
605 +
606 + // a couple of functions to let us escape the write loop
607 +
608 + void dWrite::DieDieDie( void ){
609 +
610 +  MPI_Finalize();
611 +  exit (0);
612 + }
613 +
614 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines