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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 415 by gezelter, Wed Mar 26 22:24:49 2003 UTC vs.
Revision 929 by tim, Tue Jan 13 15:46:49 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6 + #include <algorithm>
7 + #include <utility>
8  
9   #ifdef IS_MPI
10   #include <mpi.h>
11   #include "mpiSimulation.hpp"
12 < #define TAKE_THIS_TAG 0
12 >
13 > namespace dWrite{
14 >  void DieDieDie( void );
15 > }
16 >
17 > using namespace dWrite;
18   #endif //is_mpi
19  
20   #include "ReadWrite.hpp"
21   #include "simError.h"
22  
14 – #define GAME_OVER -1
15 –
23   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
24  
25    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 20 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27   #ifdef IS_MPI
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30 <    
31 <
32 <    
33 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
34 <    
35 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
29 <    
30 <    if( !outFile ){
31 <      
30 >
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42 <  
42 >
43      //outFile.setf( ios::scientific );
44  
45   #ifdef IS_MPI
46    }
47  
48 +  //sort the local atoms by global index
49 +  sortByGlobalIndex();
50 +  
51    sprintf( checkPointMsg,
52             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
53    MPIcheckPoint();
# Line 53 | Line 60 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
60    if(worldRank == 0 ){
61   #endif // is_mpi
62  
63 <    outFile.close();
63 >    dumpFile.close();
64  
65   #ifdef IS_MPI
66    }
67   #endif // is_mpi
68   }
69  
70 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64 <  
65 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
66 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
67 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
70 > #ifdef IS_MPI
71  
72 <  int i;
73 <  double q[4];
74 <  DirectionalAtom* dAtom;
72 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
73 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
74 <    
72 > /**
73 > * A hook function to load balancing
74 > */
75  
76 < #ifndef IS_MPI
77 <    
78 <  outFile << nAtoms << "\n";
79 <    
80 <  outFile << currentTime << "\t"
81 <          << entry_plug->box_x << "\t"
82 <          << entry_plug->box_y << "\t"
83 <          << entry_plug->box_z << "\n";
84 <    
85 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
86 <      
76 > void DumpWriter::update(){
77 >  sortByGlobalIndex();          
78 > }
79 >  
80 > /**
81 > * Auxiliary sorting function
82 > */
83 >
84 > bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
85 >  return p1.second < p2.second;
86 > }
87  
88 <    sprintf( tempBuffer,
89 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
90 <             atoms[i]->getType(),
91 <             atoms[i]->getX(),
92 <             atoms[i]->getY(),
93 <             atoms[i]->getZ(),
94 <             atoms[i]->get_vx(),
95 <             atoms[i]->get_vy(),
96 <             atoms[i]->get_vz());
97 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
98 <
99 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
100 <        
101 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
102 <      dAtom->getQ( q );
103 <        
104 <      sprintf( tempBuffer,
105 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
106 <               q[0],
107 <               q[1],
108 <               q[2],
109 <               q[3],
110 <               dAtom->getJx(),
111 <               dAtom->getJy(),
112 <               dAtom->getJz());
113 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
114 <    }
115 <    else
116 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
117 <      
118 <    outFile << writeLine;
119 <  }
120 <  outFile.flush();
121 <
122 < #else // is_mpi
88 > /**
89 > * Sorting the local index by global index
90 > */
91 >
92 > void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
93 >  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
94    
95 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
95 >  indexArray.clear();
96    
97 <  // write out header and node 0's coordinates
97 >  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
98 >    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
99    
100 <  if( worldRank == 0 ){
101 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
102 <    
131 <    outFile << currentTime << "\t"
132 <            << entry_plug->box_x << "\t"
133 <            << entry_plug->box_y << "\t"
134 <            << entry_plug->box_z << "\n";
135 <    
136 <    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
137 <      // Get the Node number which has this molecule:
138 <      
139 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
140 <      
141 <      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
142 <        
143 <        sprintf( tempBuffer,
144 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
145 <                 atoms[i]->getType(),
146 <                 atoms[i]->getX(),
147 <                 atoms[i]->getY(),
148 <                 atoms[i]->getZ(),
149 <                 atoms[i]->get_vx(),
150 <                 atoms[i]->get_vy(),
151 <                 atoms[i]->get_vz());
152 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
153 <        
154 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
155 <          
156 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
157 <          dAtom->getQ( q );
158 <          
159 <          sprintf( tempBuffer,
160 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
161 <                   q[0],
162 <                   q[1],
163 <                   q[2],
164 <                   q[3],
165 <                   dAtom->getJx(),
166 <                   dAtom->getJy(),
167 <                   dAtom->getJz());
168 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
169 <        }
170 <        else
171 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
172 <        
173 <      } else {
174 <        
175 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 <        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
177 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
178 <      }
179 <      
180 <      outFile << writeLine;
181 <    }
182 <    
183 <    // kill everyone off:
184 <    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
185 <      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
186 <    }
100 >  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
101 > }
102 > #endif
103  
104 <  } else {
105 <    
106 <    done = 0;
107 <    while (!done) {
192 <      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
193 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
104 > void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
105 >  
106 > // write to eor file
107 >  writeFinal(currentTime);
108  
109 <      if (which_atom == GAME_OVER) {
110 <        done=1;
111 <        continue;
198 <      } else {
199 <
200 <        //format the line
201 <        sprintf( tempBuffer,
202 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
203 <                 atoms[which_atom]->getType(),
204 <                 atoms[which_atom]->getX(),
205 <                 atoms[which_atom]->getY(),
206 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
207 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
208 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
209 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
210 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
211 <          
212 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
213 <            
214 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
215 <          dAtom->getQ( q );
216 <            
217 <          sprintf( tempBuffer,
218 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
219 <                   q[0],
220 <                   q[1],
221 <                   q[2],
222 <                   q[3],
223 <                   dAtom->getJx(),
224 <                   dAtom->getJy(),
225 <                   dAtom->getJz());
226 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
227 <        }
228 <        else
229 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
230 <        
231 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
232 <                             TAKE_THIS_TAG);
233 <      }
234 <    }
235 <  }  
236 <  outFile.flush();
237 <  sprintf( checkPointMsg,
238 <           "Sucessfully took a dump.\n");
239 <  MPIcheckPoint();
240 < #endif // is_mpi
109 > //write to dump file
110 >  writeFrame(dumpFile, currentTime);
111 >        
112   }
113  
114 < void DumpWriter::writeFinal(){
114 > void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
115 >
116 >  ofstream finalOut;    
117    
118 <  char finalName[500];
246 <  ofstream finalOut;
247 <  
118 >  //Open eor file
119   #ifdef IS_MPI
120    if(worldRank == 0 ){
121   #endif // is_mpi
122 <    
123 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
253 <    
254 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
122 >
123 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
124      if( !finalOut ){
125        sprintf( painCave.errMsg,
126                 "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
127 <               finalName );
127 >               entry_plug->finalName );
128        painCave.isFatal = 1;
129        simError();
130      }
131      
263 –    // finalOut.setf( ios::scientific );
264 –    
132   #ifdef IS_MPI
133    }
134 + #endif
135    
136 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
137 <  MPIcheckPoint();  
136 >  //write to eor file  
137 >  writeFrame(finalOut, currentTime);
138    
139 < #endif //is_mpi
139 >  //close eor file      
140 > #ifdef IS_MPI
141 >  if(worldRank == 0 ){
142 >    finalOut.close();
143 >  }
144 > #endif // is_mpi
145  
146 + }
147 +
148 + void DumpWriter::writeFrame( ofstream& outFile, double currentTime ){
149 +
150 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
151 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
152 +
153 +  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
154 +  char writeLine[BUFFERSIZE];
155 +
156 +  int i;
157 +
158 + #ifdef IS_MPI
159    
160 +  int *potatoes;
161 +  int myPotato;
162 +
163 +  int nProc;
164 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
165 +  double atomData6[6];
166 +  double atomData13[13];
167 +  int isDirectional;
168 +  char* atomTypeString;
169 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
170 +
171 + #else //is_mpi
172 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
173 + #endif //is_mpi
174 +
175 +  double q[4];
176 +  DirectionalAtom* dAtom;
177 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
178 +  double pos[3], vel[3];
179 +
180   #ifndef IS_MPI
181 <    
182 <  finalOut << nAtoms << "\n";
183 <    
184 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
185 <           << entry_plug->box_y << "\t"
186 <           << entry_plug->box_z << "\n";
187 <    
181 >
182 >  outFile << nAtoms << "\n";
183 >
184 >  outFile << currentTime << ";\t"
185 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
186 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
187 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
188 >
189 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
190 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
191 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
192 >
193 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
194 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
195 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
196 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
197 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
198 >  outFile << endl;
199 >
200    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
201 <      
201 >
202 >    atoms[i]->getPos(pos);
203 >    atoms[i]->getVel(vel);
204 >
205      sprintf( tempBuffer,
206               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
207               atoms[i]->getType(),
208 <             atoms[i]->getX(),
209 <             atoms[i]->getY(),
210 <             atoms[i]->getZ(),
211 <             atoms[i]->get_vx(),
212 <             atoms[i]->get_vy(),
213 <             atoms[i]->get_vz());
208 >             pos[0],
209 >             pos[1],
210 >             pos[2],
211 >             vel[0],
212 >             vel[1],
213 >             vel[2]);
214      strcpy( writeLine, tempBuffer );
215  
216      if( atoms[i]->isDirectional() ){
217 <        
217 >
218        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
219        dAtom->getQ( q );
220 <        
220 >
221        sprintf( tempBuffer,
222                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
223                 q[0],
# Line 310 | Line 231 | void DumpWriter::writeFinal(){
231      }
232      else
233        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
234 <      
235 <    finalOut << writeLine;
234 >
235 >    outFile << writeLine;
236    }
316 –  finalOut.flush();
317 –  finalOut.close();
237  
238   #else // is_mpi
239 +
240 +  /* code to find maximum tag value */
241    
242 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
243 <  
242 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
243 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
244 >  if (flag) {
245 >    MAXTAG = *tagub;
246 >  } else {
247 >    MAXTAG = 32767;
248 >  }  
249 >
250 >  int haveError;
251 >
252 >  MPI_Status istatus;
253 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
254 >
255    // write out header and node 0's coordinates
256 <  
256 >
257    if( worldRank == 0 ){
258 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
259 <    
260 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
261 <            << entry_plug->box_y << "\t"
262 <            << entry_plug->box_z << "\n";
263 <    
264 <    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
265 <      // Get the Node number which has this molecule:
258 >
259 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
260 >
261 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
262 >    potatoes = new int[nProc];
263 >
264 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
265 >      potatoes[i] = 0;
266 >    
267 >    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
268 >
269 >    outFile << currentTime << ";\t"
270 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
271 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
272 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
273 >
274 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
275 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
276 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
277 >
278 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
279 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
280 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
281 >
282 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
283 >    outFile << endl;
284 >    outFile.flush();
285 >    
286 >    currentIndex = 0;
287 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
288        
289 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
289 >      // Get the Node number which has this atom;
290        
291 <      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
291 >      which_node = AtomToProcMap[i];
292 >      
293 >      if (which_node != 0) {
294 >
295 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
296 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
297 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
298 >
299 >          potatoes[which_node] = 0;          
300 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
301 >          
302 >        }
303 >
304 >        myPotato = potatoes[which_node];        
305          
306 <        sprintf( tempBuffer,
307 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
308 <                 atoms[i]->getType(),
309 <                 atoms[i]->getX(),
343 <                 atoms[i]->getY(),
344 <                 atoms[i]->getZ(),
345 <                 atoms[i]->get_vx(),
346 <                 atoms[i]->get_vy(),
347 <                 atoms[i]->get_vz());
348 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
306 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
307 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
308 >        
309 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
310          
311 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
312 <          
313 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
314 <          dAtom->getQ( q );
315 <          
316 <          sprintf( tempBuffer,
317 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
318 <                   q[0],
319 <                   q[1],
320 <                   q[2],
321 <                   q[3],
322 <                   dAtom->getJx(),
323 <                   dAtom->getJy(),
363 <                   dAtom->getJz());
364 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
311 >        myPotato++;
312 >
313 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
314 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
315 >              
316 >        myPotato++;
317 >
318 >        if (isDirectional) {          
319 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
320 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
321 >        } else {
322 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
323 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
324          }
366 –        else
367 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
325          
326 +        myPotato++;
327 +        potatoes[which_node] = myPotato;
328 +
329        } else {
330          
331 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
332 <        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
333 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
331 >        haveError = 0;
332 >        which_atom = i;
333 >        
334 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
335 >                
336 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
337 >          
338 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
339 >
340 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
341 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
342 >
343 >          atomData6[0] = pos[0];
344 >          atomData6[1] = pos[1];
345 >          atomData6[2] = pos[2];
346 >
347 >          atomData6[3] = vel[0];
348 >          atomData6[4] = vel[1];
349 >          atomData6[5] = vel[2];
350 >          
351 >          isDirectional = 0;
352 >
353 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
354 >
355 >            isDirectional = 1;
356 >            
357 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
358 >            dAtom->getQ( q );
359 >
360 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
361 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
362 >            
363 >            atomData13[6] = q[0];
364 >            atomData13[7] = q[1];
365 >            atomData13[8] = q[2];
366 >            atomData13[9] = q[3];
367 >            
368 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
369 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
370 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
371 >          }
372 >          
373 >        } else {
374 >          sprintf(painCave.errMsg,
375 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
376 >                  i, worldRank );
377 >          haveError= 1;
378 >          simError();
379 >        }
380 >        
381 >        if(haveError) DieDieDie();
382 >        
383 >        currentIndex ++;
384        }
385 +      // If we've survived to here, format the line:
386        
387 <      finalOut << writeLine;
387 >      if (!isDirectional) {
388 >        
389 >        sprintf( writeLine,
390 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
391 >                 atomTypeString,
392 >                 atomData6[0],
393 >                 atomData6[1],
394 >                 atomData6[2],
395 >                 atomData6[3],
396 >                 atomData6[4],
397 >                 atomData6[5]);
398 >
399 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
400 >        
401 >      } else {
402 >        
403 >        sprintf( writeLine,
404 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
405 >                 atomTypeString,
406 >                 atomData13[0],
407 >                 atomData13[1],
408 >                 atomData13[2],
409 >                 atomData13[3],
410 >                 atomData13[4],
411 >                 atomData13[5],
412 >                 atomData13[6],
413 >                 atomData13[7],
414 >                 atomData13[8],
415 >                 atomData13[9],
416 >                 atomData13[10],
417 >                 atomData13[11],
418 >                 atomData13[12]);
419 >        
420 >      }
421 >      
422 >      outFile << writeLine;
423      }
424      
379 –    // kill everyone off:
380 –    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
381 –      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
382 –    }
425  
426 +    outFile.flush();
427 +    sprintf( checkPointMsg,
428 +             "Sucessfully took a dump.\n");
429 +    MPIcheckPoint();        
430 +    delete[] potatoes;
431    } else {
432 +
433 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
434 +
435 +    // Set my magic potato to 0:
436 +
437 +    myPotato = 0;
438 +    currentIndex = 0;
439      
440 <    done = 0;
441 <    while (!done) {
442 <      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
443 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
440 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
441 >      
442 >      // Am I the node which has this atom?
443 >      
444 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
445  
446 <      if (which_atom == GAME_OVER) {
392 <        done=1;
393 <        continue;
394 <      } else {
446 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
447  
448 <        //format the line
449 <        sprintf( tempBuffer,
450 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
451 <                 atoms[which_atom]->getType(),
452 <                 atoms[which_atom]->getX(),
453 <                 atoms[which_atom]->getY(),
454 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
455 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
456 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
457 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
458 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
459 <          
460 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
461 <            
462 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
463 <          dAtom->getQ( q );
464 <            
465 <          sprintf( tempBuffer,
466 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
467 <                   q[0],
468 <                   q[1],
469 <                   q[2],
470 <                   q[3],
471 <                   dAtom->getJx(),
472 <                   dAtom->getJy(),
473 <                   dAtom->getJz());
474 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
448 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
449 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
450 >          // node 0 says we can go:
451 >
452 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
453 >          
454 >        }
455 >        which_atom = i;
456 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
457 >                
458 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
459 >        
460 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
461 >
462 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
463 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
464 >
465 >          atomData6[0] = pos[0];
466 >          atomData6[1] = pos[1];
467 >          atomData6[2] = pos[2];
468 >
469 >          atomData6[3] = vel[0];
470 >          atomData6[4] = vel[1];
471 >          atomData6[5] = vel[2];
472 >          
473 >          isDirectional = 0;
474 >
475 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
476 >
477 >            isDirectional = 1;
478 >            
479 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
480 >            dAtom->getQ( q );
481 >            
482 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
483 >              atomData13[j] = atomData6[j];
484 >            
485 >            atomData13[6] = q[0];
486 >            atomData13[7] = q[1];
487 >            atomData13[8] = q[2];
488 >            atomData13[9] = q[3];
489 >
490 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
491 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
492 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
493 >          }
494 >
495 >        } else {
496 >          sprintf(painCave.errMsg,
497 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
498 >                  i, worldRank );
499 >          haveError= 1;
500 >          simError();
501          }
502 <        else
503 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
502 >
503 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
504 >
505 >        // null terminate the string before sending (just in case):
506 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
507 >
508 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
509 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
510          
511 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
512 <                             TAKE_THIS_TAG);
511 >        myPotato++;
512 >
513 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
514 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
515 >        
516 >        myPotato++;
517 >        
518 >        if (isDirectional) {
519 >
520 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
521 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
522 >          
523 >        } else {
524 >
525 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
526 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
527 >        }
528 >
529 >        myPotato++;  
530 >        currentIndex++;    
531        }
532      }
431 –  }  
432 –  finalOut.flush();
433 –  sprintf( checkPointMsg,
434 –           "Sucessfully took a dump.\n");
435 –  MPIcheckPoint();
533  
534 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
534 >    sprintf( checkPointMsg,
535 >             "Sucessfully took a dump.\n");
536 >    MPIcheckPoint();        
537 >    
538 >  }
539 >  
540   #endif // is_mpi
541   }
542 +
543 + #ifdef IS_MPI
544 +
545 + // a couple of functions to let us escape the write loop
546 +
547 + void dWrite::DieDieDie( void ){
548 +
549 +  MPI_Finalize();
550 +  exit (0);
551 + }
552 +
553 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines