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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 416 by gezelter, Wed Mar 26 23:14:02 2003 UTC vs.
Revision 469 by mmeineke, Mon Apr 7 20:06:31 2003 UTC

# Line 4 | Line 4
4  
5   #ifdef IS_MPI
6   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
7   #include "mpiSimulation.hpp"
8 < #define TAKE_THIS_TAG 0
8 > #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 > #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void nodeZeroError( void );
13 >  void anonymousNodeDie( void );
14 > }
15 >
16 > using namespace dWrite;
17   #endif //is_mpi
18  
19   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 16 | Line 23 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
23  
24    entry_plug = the_entry_plug;
25  
26 +  std::cerr << "Look at me I'm a freebird!\n";
27 +
28   #ifdef IS_MPI
29    if(worldRank == 0 ){
30   #endif // is_mpi
# Line 34 | Line 43 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
43        painCave.isFatal = 1;
44        simError();
45      }
46 <  
46 >
47 >    std::cerr << "me TOO!\n";
48 >
49      //outFile.setf( ios::scientific );
50  
51   #ifdef IS_MPI
# Line 65 | Line 76 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
76    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
77    char writeLine[BUFFERSIZE];
78  
79 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
79 >  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
80    double q[4];
81    DirectionalAtom* dAtom;
82    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
# Line 120 | Line 131 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
131  
132   #else // is_mpi
133  
134 <  MPI::Status istatus;
134 >  // first thing first, suspend fatalities.
135 >  painCave.isEventLoop = 1;
136 >
137 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
138 >  int haveError;
139 >
140 >  MPI_Status istatus;
141    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
142    
143    // write out header and node 0's coordinates
# Line 132 | Line 149 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
149              << entry_plug->box_x << "\t"
150              << entry_plug->box_y << "\t"
151              << entry_plug->box_z << "\n";
152 <    
152 >    outFile.flush();
153      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
154 <      // Get the Node number which has this molecule:
154 >      // Get the Node number which has this atom;
155        
156        which_node = AtomToProcMap[i];    
157        
158 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
142 <        
143 <        sprintf( tempBuffer,
144 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
145 <                 atoms[i]->getType(),
146 <                 atoms[i]->getX(),
147 <                 atoms[i]->getY(),
148 <                 atoms[i]->getZ(),
149 <                 atoms[i]->get_vx(),
150 <                 atoms[i]->get_vy(),
151 <                 atoms[i]->get_vz());
152 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
158 >      if (which_node == 0 ) {
159          
160 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
161 <          
162 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
163 <          dAtom->getQ( q );
164 <          
159 <          sprintf( tempBuffer,
160 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
161 <                   q[0],
162 <                   q[1],
163 <                   q[2],
164 <                   q[3],
165 <                   dAtom->getJx(),
166 <                   dAtom->getJy(),
167 <                   dAtom->getJz());
168 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
160 >        haveError = 0;
161 >        which_atom = i;
162 >        local_index=-1;        
163 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
164 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
165          }
166 <        else
167 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
168 <        
169 <      } else {
170 <        
171 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
172 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
173 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
166 >        if (local_index != -1) {
167 >          //format the line
168 >          sprintf( tempBuffer,
169 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
170 >                   atoms[local_index]->getType(),
171 >                   atoms[local_index]->getX(),
172 >                   atoms[local_index]->getY(),
173 >                   atoms[local_index]->getZ(),
174 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
175 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
176 >                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
177 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
178 >          
179 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
180 >            
181 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
182 >            dAtom->getQ( q );
183 >            
184 >            sprintf( tempBuffer,
185 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
186 >                     q[0],
187 >                     q[1],
188 >                     q[2],
189 >                     q[3],
190 >                     dAtom->getJx(),
191 >                     dAtom->getJy(),
192 >                     dAtom->getJz());
193 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
194 >            
195 >          }
196 >          else
197 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
198 >        }
199 >        else {
200 >          sprintf(painCave.errMsg,
201 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
202 >                  i, worldRank );
203 >          haveError= 1;
204 >          simError();
205 >        }
206 >        
207 >        if(haveError) nodeZeroError();
208 >
209        }
210 +      else {
211 +        myStatus = 1;
212 +        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
213 +                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
214 +        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
215 +                 MPI_COMM_WORLD);
216 +        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
217 +                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
218 +        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
219 +                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
220 +        
221 +        if(!myStatus) nodeZeroError();
222 +
223 +      }
224        
225        outFile << writeLine;
226 +      outFile.flush();
227      }
228      
229      // kill everyone off:
230 <    game_over = -1;
230 >    myStatus = -1;
231      for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
232 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
232 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
233 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
234      }
235  
236    } else {
237      
238      done = 0;
239      while (!done) {
240 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
241 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
240 >      
241 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
242 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
243  
244 <      if (which_atom == -1) {
245 <        done=1;
246 <        continue;
199 <      } else {
244 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
245 >      
246 >      if(myStatus < 0) break;
247  
248 <        //format the line
248 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
249 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
250 >      
251 >      myStatus = 1;
252 >      local_index=-1;        
253 >      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
254 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
255 >      }
256 >      if (local_index != -1) {
257 >        //format the line
258          sprintf( tempBuffer,
259                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
260 <                 atoms[which_atom]->getType(),
261 <                 atoms[which_atom]->getX(),
262 <                 atoms[which_atom]->getY(),
263 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
264 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
265 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
266 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
260 >                 atoms[local_index]->getType(),
261 >                 atoms[local_index]->getX(),
262 >                 atoms[local_index]->getY(),
263 >                 atoms[local_index]->getZ(),
264 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
265 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
266 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
267          strcpy( writeLine, tempBuffer );
268 +        
269 +        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
270            
271 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
214 <            
215 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
271 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
272            dAtom->getQ( q );
273 <            
273 >          
274            sprintf( tempBuffer,
275                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
276                     q[0],
# Line 226 | Line 282 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
282                     dAtom->getJz());
283            strcat( writeLine, tempBuffer );
284          }
285 <        else
285 >        else{
286            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
287 <        
288 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
289 <                             TAKE_THIS_TAG);
287 >        }
288 >      }
289 >      else {
290 >        sprintf(painCave.errMsg,
291 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
292 >                which_atom, worldRank );
293 >        myStatus = 0;
294 >        simError();
295 >
296 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
297        }
298 +
299 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
300 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
301 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
302 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
303      }
304    }  
305    outFile.flush();
306    sprintf( checkPointMsg,
307             "Sucessfully took a dump.\n");
308    MPIcheckPoint();
309 +
310 + // last  thing last, enable  fatalities.
311 +  painCave.isEventLoop = 0;
312 +
313   #endif // is_mpi
314   }
315  
# Line 254 | Line 326 | void DumpWriter::writeFinal(){
326    DirectionalAtom* dAtom;
327    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
328    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
329 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
329 >  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
330    
331    
332   #ifdef IS_MPI
# Line 330 | Line 402 | void DumpWriter::writeFinal(){
402  
403   #else // is_mpi
404    
405 <  MPI::Status istatus;
405 >  // first thing first, suspend fatalities.
406 >  painCave.isEventLoop = 1;
407 >
408 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
409 >  int haveError;
410 >
411 >  MPI_Status istatus;
412    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
413  
414    // write out header and node 0's coordinates
415    
416 +  haveError = 0;
417    if( worldRank == 0 ){
418      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
419      
# Line 348 | Line 427 | void DumpWriter::writeFinal(){
427        which_node = AtomToProcMap[i];    
428        
429        if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
430 <        
431 <        sprintf( tempBuffer,
432 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
433 <                 atoms[i]->getType(),
434 <                 atoms[i]->getX(),
356 <                 atoms[i]->getY(),
357 <                 atoms[i]->getZ(),
358 <                 atoms[i]->get_vx(),
359 <                 atoms[i]->get_vy(),
360 <                 atoms[i]->get_vz());
361 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
362 <        
363 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
364 <          
365 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
366 <          dAtom->getQ( q );
367 <          
368 <          sprintf( tempBuffer,
369 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
370 <                   q[0],
371 <                   q[1],
372 <                   q[2],
373 <                   q[3],
374 <                   dAtom->getJx(),
375 <                   dAtom->getJy(),
376 <                   dAtom->getJz());
377 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
430 >
431 >        which_atom = i;
432 >        local_index=-1;        
433 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
434 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
435          }
436 <        else
437 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
436 >        if (local_index != -1) {        
437 >          sprintf( tempBuffer,
438 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
439 >                   atoms[local_index]->getType(),
440 >                   atoms[local_index]->getX(),
441 >                   atoms[local_index]->getY(),
442 >                   atoms[local_index]->getZ(),
443 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
444 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
445 >                   atoms[local_index]->get_vz());
446 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
447 >          
448 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
449 >            
450 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
451 >            dAtom->getQ( q );
452 >            
453 >            sprintf( tempBuffer,
454 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
455 >                     q[0],
456 >                     q[1],
457 >                     q[2],
458 >                     q[3],
459 >                     dAtom->getJx(),
460 >                     dAtom->getJy(),
461 >                     dAtom->getJz());
462 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
463 >          }
464 >          else
465 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
466 >        }
467 >        else {
468 >          sprintf(painCave.errMsg,
469 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
470 >                  i, worldRank );
471 >          haveError= 1;
472 >          simError();
473 >        }
474 >
475 >        if(haveError) nodeZeroError();
476 >    
477 >      }
478 >      else {
479          
480 <      } else {
481 <        
482 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
483 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
484 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
480 >        myStatus = 1;
481 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
482 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
483 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
484 >                 MPI_COMM_WORLD);
485 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
486 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
487 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
488 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
489 >        
490 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
491        }
492        
493        finalOut << writeLine;
494      }
495      
496      // kill everyone off:
497 <    game_over = -1;
498 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
499 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
497 >    myStatus = -1;
498 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
499 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
500 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
501      }
502  
503    } else {
504      
505      done = 0;
506      while (!done) {
402 –      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
403 –                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
507  
508 <      if (which_atom == -1) {
509 <        done=1;
510 <        continue;
511 <      } else {
508 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
509 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
510 >      
511 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
512 >      
513 >      if(myStatus < 0) break;
514 >      
515 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
516 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
517 >      
518 >      myStatus = 1;
519 >      local_index=-1;        
520 >      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
521 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
522 >      }
523 >      if (local_index != -1) {
524  
525 <        //format the line
525 >        //format the line
526          sprintf( tempBuffer,
527                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
528 <                 atoms[which_atom]->getType(),
529 <                 atoms[which_atom]->getX(),
530 <                 atoms[which_atom]->getY(),
531 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
532 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
533 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
534 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
528 >                 atoms[local_index]->getType(),
529 >                 atoms[local_index]->getX(),
530 >                 atoms[local_index]->getY(),
531 >                 atoms[local_index]->getZ(),
532 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
533 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
534 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
535          strcpy( writeLine, tempBuffer );
536 +        
537 +        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
538            
539 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
423 <            
424 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
539 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
540            dAtom->getQ( q );
541 <            
541 >          
542            sprintf( tempBuffer,
543                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
544                     q[0],
# Line 435 | Line 550 | void DumpWriter::writeFinal(){
550                     dAtom->getJz());
551            strcat( writeLine, tempBuffer );
552          }
553 <        else
553 >        else{
554            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
555 <        
556 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
557 <                             TAKE_THIS_TAG);
555 >        }
556 >      }
557 >      else {
558 >        sprintf(painCave.errMsg,
559 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
560 >                which_atom, worldRank );
561 >        myStatus = 0;
562 >        simError();
563 >        
564 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
565        }
566 +
567 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
568 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
569 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
570 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
571      }
572 <  }  
572 >  }
573    finalOut.flush();
574    sprintf( checkPointMsg,
575             "Sucessfully took a dump.\n");
576    MPIcheckPoint();
577 <
577 >  
578    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
579   #endif // is_mpi
580   }
581 +
582 +
583 +
584 + #ifdef IS_MPI
585 +
586 + // a couple of functions to let us escape the write loop
587 +
588 + void dWrite::nodeZeroError( void ){
589 +  int j, myStatus;
590 +  
591 +  myStatus = 0;
592 +  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
593 +    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
594 +              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
595 +  }  
596 +  
597 +
598 +  MPI_Finalize();
599 +  exit (0);
600 +  
601 + }
602 +
603 + void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
604 +
605 +  MPI_Finalize();
606 +  exit (0);
607 + }
608 +
609 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines