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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 723 by mmeineke, Tue Aug 26 20:12:51 2003 UTC vs.
Revision 936 by tim, Tue Jan 13 20:35:25 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1   #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2  
3 < #include <cstring>
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6 + #include <algorithm>
7 + #include <utility>
8  
9   #ifdef IS_MPI
10   #include <mpi.h>
11   #include "mpiSimulation.hpp"
10 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
11 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
12  
13   namespace dWrite{
14 <  void nodeZeroError( void );
15 <  void anonymousNodeDie( void );
14 >  void DieDieDie( void );
15   }
16  
17   using namespace dWrite;
# Line 28 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27   #ifdef IS_MPI
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30 <    
31 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
32 <    
33 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
34 <    
35 <    if( !outFile ){
37 <      
30 >
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42  
45 –    //outFile.setf( ios::scientific );
46 –
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
46 +  //sort the local atoms by global index
47 +  sortByGlobalIndex();
48 +  
49    sprintf( checkPointMsg,
50             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
51    MPIcheckPoint();
# Line 59 | Line 58 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
58    if(worldRank == 0 ){
59   #endif // is_mpi
60  
61 <    outFile.close();
61 >    dumpFile.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
65   #endif // is_mpi
66   }
67  
68 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
68 > #ifdef IS_MPI
69 >
70 > /**
71 > * A hook function to load balancing
72 > */
73 >
74 > void DumpWriter::update(){
75 >  sortByGlobalIndex();          
76 > }
77    
78 + /**
79 + * Auxiliary sorting function
80 + */
81 +
82 + bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
83 +  return p1.second < p2.second;
84 + }
85 +
86 + /**
87 + * Sorting the local index by global index
88 + */
89 +
90 + void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
92 +  
93 +  indexArray.clear();
94 +  
95 +  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
96 +    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
97 +  
98 +  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
99 + }
100 + #endif
101 +
102 + void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103 +
104 +  ofstream finalOut;
105 +  vector<ofstream*> fileStreams;
106 +
107 + #ifdef IS_MPI
108 +  if(worldRank == 0 ){
109 +    
110 +    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 +    if( !finalOut ){
112 +      sprintf( painCave.errMsg,
113 +               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 +               entry_plug->finalName );
115 +      painCave.isFatal = 1;
116 +      simError();
117 +    }
118 +  }
119 + #endif // is_mpi
120 +
121 +  fileStreams.push_back(&finalOut);
122 +  fileStreams.push_back(&dumpFile);
123 +
124 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
125 +
126 + #ifdef IS_MPI
127 +  finalOut.close();
128 + #endif
129 +        
130 + }
131 +
132 + void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
133 +
134 +  ofstream finalOut;
135 +  vector<ofstream*> fileStreams;
136 +
137 + #ifdef IS_MPI
138 +  if(worldRank == 0 ){
139 +
140 +    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
141 +
142 +    if( !finalOut ){
143 +      sprintf( painCave.errMsg,
144 +               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
145 +               entry_plug->finalName );
146 +      painCave.isFatal = 1;
147 +      simError();
148 +    }
149 +
150 +  }
151 + #endif // is_mpi
152 +  
153 +  fileStreams.push_back(&finalOut);  
154 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
155 +
156 + #ifdef IS_MPI
157 +  finalOut.close();
158 + #endif
159 +  
160 + }
161 +
162 + void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
163 +
164    const int BUFFERSIZE = 2000;
165 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
165 >  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
166 >
167 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
168    char writeLine[BUFFERSIZE];
169  
170 <  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
170 >  int i, k;
171 >
172 > #ifdef IS_MPI
173 >  
174 >  int *potatoes;
175 >  int myPotato;
176 >
177 >  int nProc;
178 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
179 >  double atomData6[6];
180 >  double atomData13[13];
181 >  int isDirectional;
182 >  char* atomTypeString;
183 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
184 >
185 > #else //is_mpi
186 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
187 > #endif //is_mpi
188 >
189    double q[4];
190    DirectionalAtom* dAtom;
78 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
191    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
80 –
192    double pos[3], vel[3];
82 –    
193  
194   #ifndef IS_MPI
195 <    
196 <  outFile << nAtoms << "\n";
197 <    
88 <  outFile << currentTime << ";\t"
89 <          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
90 <          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
91 <          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
195 >  
196 >  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
197 >    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
198  
199 <          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
200 <          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
201 <          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
199 >    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
200 >               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
201 >                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
202 >                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
203 >              
204 >               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
205 >                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
206 >                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
207  
208 <          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
209 <          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
210 <          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
211 <    
208 >                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
209 >                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
210 >                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
211 >
212 >    //write out additional parameters, such as chi and eta
213 >    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
214 >  }
215 >  
216    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
217 <      
217 >
218      atoms[i]->getPos(pos);
219      atoms[i]->getVel(vel);
220  
# Line 115 | Line 230 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
230      strcpy( writeLine, tempBuffer );
231  
232      if( atoms[i]->isDirectional() ){
233 <        
233 >
234        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
235        dAtom->getQ( q );
236 <        
236 >
237        sprintf( tempBuffer,
238                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
239                 q[0],
# Line 132 | Line 247 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
247      }
248      else
249        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
250 <      
251 <    outFile << writeLine;
250 >
251 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
252 >      *outFile[k] << writeLine;
253    }
138 –  outFile.flush();
254  
255   #else // is_mpi
256  
257 <  // first thing first, suspend fatalities.
258 <  painCave.isEventLoop = 1;
257 >  /* code to find maximum tag value */
258 >  
259 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
260 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
261 >  if (flag) {
262 >    MAXTAG = *tagub;
263 >  } else {
264 >    MAXTAG = 32767;
265 >  }  
266  
145 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
267    int haveError;
268  
269    MPI_Status istatus;
270    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
271 <  
271 >
272    // write out header and node 0's coordinates
273 <  
273 >
274    if( worldRank == 0 ){
275 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
276 <  
277 <    outFile << currentTime << ";\t"
278 <            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
279 <            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
280 <            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
281 <      
282 <            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
283 <            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
163 <            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
164 <      
165 <            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
166 <            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
167 <            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
275 >
276 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
277 >
278 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
279 >    potatoes = new int[nProc];
280 >
281 >    //write out the comment lines
282 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
283 >      potatoes[i] = 0;
284      
285 <    outFile.flush();
285 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
286 >        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
287 >
288 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
289 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
290 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
291 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
292 >
293 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
294 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
295 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
296 >
297 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
298 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
299 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
300 >  
301 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
302 >    }
303 >
304 >    currentIndex = 0;
305 >
306      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
307 +      
308        // Get the Node number which has this atom;
309        
310 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
310 >      which_node = AtomToProcMap[i];
311        
312 <      if (which_node == 0 ) {
312 >      if (which_node != 0) {
313 >
314 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
315 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
316 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
317 >
318 >          potatoes[which_node] = 0;          
319 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
320 >          
321 >        }
322 >
323 >        myPotato = potatoes[which_node];        
324 >        
325 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
326 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
327 >        
328 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
329          
330 <        haveError = 0;
331 <        which_atom = i;
332 <        local_index=-1;        
333 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
334 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
330 >        myPotato++;
331 >
332 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
333 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
334 >              
335 >        myPotato++;
336 >
337 >        if (isDirectional) {          
338 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
339 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
340 >        } else {
341 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
342 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
343          }
344 <        if (local_index != -1) {
345 <          //format the line
346 <          
186 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
187 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
344 >        
345 >        myPotato++;
346 >        potatoes[which_node] = myPotato;
347  
348 <          sprintf( tempBuffer,
349 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
350 <                   atoms[local_index]->getType(),
351 <                   pos[0],
352 <                   pos[1],
353 <                   pos[2],
354 <                   vel[0],
355 <                   vel[1],
356 <                   vel[2]); // check here.
357 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
358 <          
348 >      } else {
349 >        
350 >        haveError = 0;
351 >              which_atom = i;
352 >        
353 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
354 >                
355 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
356 >          
357 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
358 >
359 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
360 >                atoms[local_index]->getVel(vel);          
361 >
362 >          atomData6[0] = pos[0];
363 >          atomData6[1] = pos[1];
364 >          atomData6[2] = pos[2];
365 >
366 >          atomData6[3] = vel[0];
367 >          atomData6[4] = vel[1];
368 >          atomData6[5] = vel[2];
369 >          
370 >          isDirectional = 0;
371 >
372            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
373 +
374 +            isDirectional = 1;
375              
376              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
377              dAtom->getQ( q );
204 –            
205 –            sprintf( tempBuffer,
206 –                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
207 –                     q[0],
208 –                     q[1],
209 –                     q[2],
210 –                     q[3],
211 –                     dAtom->getJx(),
212 –                     dAtom->getJy(),
213 –                     dAtom->getJz());
214 –            strcat( writeLine, tempBuffer );
215 –            
216 –          }
217 –          else
218 –            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
219 –        }
220 –        else {
221 –          sprintf(painCave.errMsg,
222 –                  "Atom %d not found on processor %d\n",
223 –                  i, worldRank );
224 –          haveError= 1;
225 –          simError();
226 –        }
227 –        
228 –        if(haveError) nodeZeroError();
378  
379 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
380 +              atomData13[j] = atomData6[j];            
381 +            
382 +            atomData13[6] = q[0];
383 +            atomData13[7] = q[1];
384 +            atomData13[8] = q[2];
385 +            atomData13[9] = q[3];
386 +            
387 +            atomData13[10] = dAtom->getJx();
388 +            atomData13[11] = dAtom->getJy();
389 +            atomData13[12] = dAtom->getJz();
390 +          }
391 +          
392 +        } else {
393 +          sprintf(painCave.errMsg,
394 +                              "Atom %d not found on processor %d\n",
395 +                              i, worldRank );
396 +                haveError= 1;
397 +                simError();
398 +              }
399 +        
400 +        if(haveError) DieDieDie();
401 +        
402 +        currentIndex ++;
403        }
404 <      else {
405 <        myStatus = 1;
406 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
234 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
235 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
236 <                 MPI_COMM_WORLD);
237 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
238 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
239 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
240 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
404 >      // If we've survived to here, format the line:
405 >      
406 >      if (!isDirectional) {
407          
408 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
408 >        sprintf( writeLine,
409 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
410 >                             atomTypeString,
411 >                             atomData6[0],
412 >                             atomData6[1],
413 >                             atomData6[2],
414 >                             atomData6[3],
415 >                             atomData6[4],
416 >                             atomData6[5]);
417  
418 +              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
419 +        
420 +      } else {
421 +        
422 +              sprintf( writeLine,
423 +                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
424 +                             atomTypeString,
425 +                             atomData13[0],
426 +                             atomData13[1],
427 +                             atomData13[2],
428 +                             atomData13[3],
429 +                             atomData13[4],
430 +                             atomData13[5],
431 +                             atomData13[6],
432 +                             atomData13[7],
433 +                             atomData13[8],
434 +                             atomData13[9],
435 +                             atomData13[10],
436 +                             atomData13[11],
437 +                             atomData13[12]);
438 +        
439        }
440        
441 <      outFile << writeLine;
442 <      outFile.flush();
441 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
442 >        *outFile[k] << writeLine;
443      }
444      
445 <    // kill everyone off:
446 <    myStatus = -1;
447 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
448 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
449 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
255 <    }
445 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
446 >      outFile[k]->flush();
447 >    
448 >    sprintf( checkPointMsg,
449 >             "Sucessfully took a dump.\n");
450  
451 +    MPIcheckPoint();        
452 +
453 +    delete[] potatoes;
454 +
455    } else {
258 –    
259 –    done = 0;
260 –    while (!done) {
261 –      
262 –      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
263 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
456  
457 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
266 <      
267 <      if(myStatus < 0) break;
457 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
458  
459 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
460 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
459 >    // Set my magic potato to 0:
460 >
461 >    myPotato = 0;
462 >    currentIndex = 0;
463 >    
464 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
465        
466 <      myStatus = 1;
467 <      local_index=-1;        
468 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
275 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
276 <      }
277 <      if (local_index != -1) {
278 <        //format the line
466 >      // Am I the node which has this atom?
467 >      
468 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
469  
470 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
281 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
470 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
471  
472 <        sprintf( tempBuffer,
473 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
474 <                 atoms[local_index]->getType(),
286 <                 pos[0],
287 <                 pos[1],
288 <                 pos[2],
289 <                 vel[0],
290 <                 vel[1],
291 <                 vel[2]); // check here.
292 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
293 <        
294 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
295 <          
296 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
297 <          dAtom->getQ( q );
298 <          
299 <          sprintf( tempBuffer,
300 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
301 <                   q[0],
302 <                   q[1],
303 <                   q[2],
304 <                   q[3],
305 <                   dAtom->getJx(),
306 <                   dAtom->getJy(),
307 <                   dAtom->getJz());
308 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
309 <        }
310 <        else{
311 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
312 <        }
313 <      }
314 <      else {
315 <        sprintf(painCave.errMsg,
316 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
317 <                which_atom, worldRank );
318 <        myStatus = 0;
319 <        simError();
472 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
473 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
474 >          // node 0 says we can go:
475  
476 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
477 <      }
476 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
477 >          
478 >        }
479 >        which_atom = i;
480 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
481 >                
482 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
483 >        
484 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
485  
486 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
487 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
326 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
327 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
328 <    }
329 <  }  
330 <  outFile.flush();
331 <  sprintf( checkPointMsg,
332 <           "Sucessfully took a dump.\n");
333 <  MPIcheckPoint();
486 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
487 >                atoms[local_index]->getVel(vel);
488  
489 < // last  thing last, enable  fatalities.
490 <  painCave.isEventLoop = 0;
489 >          atomData6[0] = pos[0];
490 >          atomData6[1] = pos[1];
491 >          atomData6[2] = pos[2];
492  
493 < #endif // is_mpi
494 < }
493 >          atomData6[3] = vel[0];
494 >          atomData6[4] = vel[1];
495 >          atomData6[5] = vel[2];
496 >          
497 >          isDirectional = 0;
498  
499 < void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
499 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
500  
501 <  char finalName[500];
502 <  ofstream finalOut;
503 <
504 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
505 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
506 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
507 <
508 <  double q[4];
509 <  DirectionalAtom* dAtom;
510 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
511 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
512 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
501 >            isDirectional = 1;
502 >            
503 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
504 >            dAtom->getQ( q );
505 >            
506 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
507 >              atomData13[j] = atomData6[j];
508 >            
509 >            atomData13[6] = q[0];
510 >            atomData13[7] = q[1];
511 >            atomData13[8] = q[2];
512 >            atomData13[9] = q[3];
513    
514 <  double pos[3], vel[3];
515 <  
516 < #ifdef IS_MPI
517 <  if(worldRank == 0 ){
360 < #endif // is_mpi
361 <    
362 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
363 <    
364 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
365 <    if( !finalOut ){
366 <      sprintf( painCave.errMsg,
367 <               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
368 <               finalName );
369 <      painCave.isFatal = 1;
370 <      simError();
371 <    }
372 <    
373 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
374 <    
375 < #ifdef IS_MPI
376 <  }
377 <  
378 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
379 <  MPIcheckPoint();  
380 <  
381 < #endif //is_mpi
514 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
515 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
516 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
517 >          }
518  
519 <  
520 < #ifndef IS_MPI
521 <    
522 <  finalOut << nAtoms << "\n";
523 <    
524 <  finalOut << finalTime << ";\t"
525 <           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
390 <           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
391 <           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
392 <    
393 <           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
394 <           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
395 <           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
396 <    
397 <           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
398 <           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
399 <           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
400 <  
401 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
402 <      
403 <    atoms[i]->getPos(pos);
404 <    atoms[i]->getVel(vel);
405 <    
406 <    sprintf( tempBuffer,
407 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
408 <             atoms[i]->getType(),
409 <             pos[0],
410 <             pos[1],
411 <             pos[2],
412 <             vel[0],
413 <             vel[1],
414 <             vel[2]);
415 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
519 >        } else {
520 >                sprintf(painCave.errMsg,
521 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
522 >                              i, worldRank );
523 >                haveError= 1;
524 >                simError();
525 >              }
526  
527 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
418 <        
419 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
420 <      dAtom->getQ( q );
421 <        
422 <      sprintf( tempBuffer,
423 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
424 <               q[0],
425 <               q[1],
426 <               q[2],
427 <               q[3],
428 <               dAtom->getJx(),
429 <               dAtom->getJy(),
430 <               dAtom->getJz());
431 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
432 <    }
433 <    else
434 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
435 <      
436 <    finalOut << writeLine;
437 <  }
438 <  finalOut.flush();
439 <  finalOut.close();
527 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
528  
529 < #else // is_mpi
530 <  
443 <  // first thing first, suspend fatalities.
444 <  painCave.isEventLoop = 1;
529 >        // null terminate the string before sending (just in case):
530 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
531  
532 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
533 <  int haveError;
532 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
533 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
534 >        
535 >        myPotato++;
536  
537 <  MPI_Status istatus;
538 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
537 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
538 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
539 >        
540 >        myPotato++;
541 >        
542 >        if (isDirectional) {
543  
544 <  // write out header and node 0's coordinates
545 <  
546 <  haveError = 0;
547 <  if( worldRank == 0 ){
456 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
457 <    
458 <    finalOut << finalTime << ";\t"
459 <             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
460 <             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
461 <             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
462 <      
463 <             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
464 <             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
465 <             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
466 <      
467 <             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
468 <             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
469 <             << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
470 <    
471 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
472 <      // Get the Node number which has this molecule:
473 <      
474 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
475 <      
476 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
544 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
545 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
546 >          
547 >        } else {
548  
549 <        which_atom = i;
550 <        local_index=-1;        
480 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
481 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
549 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
550 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
551          }
483 –        if (local_index != -1) {    
552  
553 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
554 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
487 <          
488 <          sprintf( tempBuffer,
489 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
490 <                   atoms[local_index]->getType(),
491 <                   pos[0],
492 <                   pos[1],
493 <                   pos[2],
494 <                   vel[0],
495 <                   vel[1],
496 <                   vel[2]);
497 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
498 <          
499 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
500 <            
501 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
502 <            dAtom->getQ( q );
503 <            
504 <            sprintf( tempBuffer,
505 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
506 <                     q[0],
507 <                     q[1],
508 <                     q[2],
509 <                     q[3],
510 <                     dAtom->getJx(),
511 <                     dAtom->getJy(),
512 <                     dAtom->getJz());
513 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
514 <          }
515 <          else
516 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
517 <        }
518 <        else {
519 <          sprintf(painCave.errMsg,
520 <                  "Atom %d not found on processor %d\n",
521 <                  i, worldRank );
522 <          haveError= 1;
523 <          simError();
524 <        }
525 <
526 <        if(haveError) nodeZeroError();
527 <    
528 <      }
529 <      else {
530 <        
531 <        myStatus = 1;
532 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
533 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
534 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
535 <                 MPI_COMM_WORLD);
536 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
537 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
538 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
539 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
540 <        
541 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
553 >        myPotato++;  
554 >        currentIndex++;    
555        }
543 –      
544 –      finalOut << writeLine;
556      }
546 –    
547 –    // kill everyone off:
548 –    myStatus = -1;
549 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
550 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
551 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
552 –    }
557  
558 <  } else {
558 >    sprintf( checkPointMsg,
559 >             "Sucessfully took a dump.\n");
560 >    MPIcheckPoint();        
561      
562 <    done = 0;
557 <    while (!done) {
558 <
559 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
560 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
561 <      
562 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
563 <      
564 <      if(myStatus < 0) break;
565 <      
566 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
567 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
568 <      
569 <      myStatus = 1;
570 <      local_index=-1;        
571 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
572 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
573 <      }
574 <      if (local_index != -1) {
575 <
576 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
577 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
578 <
579 <        //format the line
580 <        sprintf( tempBuffer,
581 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
582 <                 atoms[local_index]->getType(),
583 <                 pos[0],
584 <                 pos[1],
585 <                 pos[2],
586 <                 vel[0],
587 <                 vel[1],
588 <                 vel[2]); // check here.
589 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
590 <        
591 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
592 <          
593 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
594 <          dAtom->getQ( q );
595 <          
596 <          sprintf( tempBuffer,
597 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
598 <                   q[0],
599 <                   q[1],
600 <                   q[2],
601 <                   q[3],
602 <                   dAtom->getJx(),
603 <                   dAtom->getJy(),
604 <                   dAtom->getJz());
605 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
606 <        }
607 <        else{
608 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
609 <        }
610 <      }
611 <      else {
612 <        sprintf(painCave.errMsg,
613 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
614 <                which_atom, worldRank );
615 <        myStatus = 0;
616 <        simError();
617 <        
618 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
619 <      }
620 <
621 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
622 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
623 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
624 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
625 <    }
626 <  }
627 <  finalOut.flush();
628 <  sprintf( checkPointMsg,
629 <           "Sucessfully took a dump.\n");
630 <  MPIcheckPoint();
562 >  }
563    
632 –  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
564   #endif // is_mpi
565   }
566  
636 –
637 –
567   #ifdef IS_MPI
568  
569   // a couple of functions to let us escape the write loop
570  
571 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
643 <  int j, myStatus;
644 <  
645 <  myStatus = 0;
646 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
647 <    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
648 <              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
649 <  }  
650 <  
571 > void dWrite::DieDieDie( void ){
572  
573    MPI_Finalize();
574    exit (0);
654 –  
575   }
576  
657 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
658 –
659 –  MPI_Finalize();
660 –  exit (0);
661 – }
662 –
577   #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines