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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 837 by tim, Wed Oct 29 00:19:10 2003 UTC vs.
Revision 916 by gezelter, Fri Jan 9 20:29:32 2004 UTC

# Line 7 | Line 7
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
11 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10  
11   namespace dWrite{
12 <  void nodeZeroError( void );
15 <  void anonymousNodeDie( void );
12 >  void DieDieDie( void );
13   }
14  
15   using namespace dWrite;
# Line 69 | Line 66 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67  
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74    int i;
75 +
76   #ifdef IS_MPI
77 +  
78 +  int *potatoes;
79 +  int myPotato;
80 +
81 +  int nProc;
82    int j, which_node, done, which_atom, local_index;
83 +  double atomData6[6];
84 +  double atomData13[13];
85 +  int isDirectional;
86 +  char* atomTypeString;
87 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
88 +
89   #else //is_mpi
90    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
91   #endif //is_mpi
# Line 84 | Line 95 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
95    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
96    double pos[3], vel[3];
97  
87 –
98    // write current frame to the eor file
99  
100    this->writeFinal( currentTime );
# Line 150 | Line 160 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
160  
161   #else // is_mpi
162  
163 <  // first thing first, suspend fatalities.
164 <  painCave.isEventLoop = 1;
163 >  /* code to find maximum tag value */
164 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
165 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
166 >  if (flag) {
167 >    MAXTAG = *tagub;
168 >  } else {
169 >    MAXTAG = 32767;
170 >  }  
171  
156 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
172    int haveError;
173  
174    MPI_Status istatus;
# Line 162 | Line 177 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
177    // write out header and node 0's coordinates
178  
179    if( worldRank == 0 ){
180 +
181 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
182 +
183 +    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
184 +    potatoes = new int[nProc];
185 +
186 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
187 +      potatoes[i] = 0;
188 +    
189      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
190  
191      outFile << currentTime << ";\t"
# Line 180 | Line 204 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
204      outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
205      outFile << endl;
206      outFile.flush();
207 +
208      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
209 +      
210        // Get the Node number which has this atom;
211 <
211 >      
212        which_node = AtomToProcMap[i];
213 +      
214 +      if (which_node != 0) {
215  
216 <      if (which_node == 0 ) {
216 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
217 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
218 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
219  
220 +          potatoes[which_node] = 0;          
221 +          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
222 +          
223 +        }
224 +
225 +        myPotato = potatoes[which_node];        
226 +        
227 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
228 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
229 +        
230 +        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
231 +        
232 +        // Null terminate the atomTypeString just in case:
233 +
234 +        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
235 +
236 +        myPotato++;
237 +
238 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
239 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
240 +              
241 +        myPotato++;
242 +
243 +        if (isDirectional) {          
244 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
245 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
246 +        } else {
247 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
248 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
249 +        }
250 +        
251 +        myPotato++;
252 +        potatoes[which_node] = myPotato;
253 +
254 +      } else {
255 +        
256          haveError = 0;
257          which_atom = i;
258          local_index=-1;
259 +        
260          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
261            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
262          }
263 +        
264          if (local_index != -1) {
265 <          //format the line
265 >          
266 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
267  
268            atoms[local_index]->getPos(pos);
269 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
269 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
270  
271 <          sprintf( tempBuffer,
272 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
273 <                   atoms[local_index]->getType(),
205 <                   pos[0],
206 <                   pos[1],
207 <                   pos[2],
208 <                   vel[0],
209 <                   vel[1],
210 <                   vel[2]); // check here.
211 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
271 >          atomData6[0] = pos[0];
272 >          atomData6[1] = pos[1];
273 >          atomData6[2] = pos[2];
274  
275 +          atomData6[3] = vel[0];
276 +          atomData6[4] = vel[1];
277 +          atomData6[5] = vel[2];
278 +          
279 +          isDirectional = 0;
280 +
281            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
282  
283 +            isDirectional = 1;
284 +            
285              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
286              dAtom->getQ( q );
287  
288 <            sprintf( tempBuffer,
289 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
290 <                     q[0],
291 <                     q[1],
292 <                     q[2],
293 <                     q[3],
294 <                     dAtom->getJx(),
295 <                     dAtom->getJy(),
296 <                     dAtom->getJz());
297 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
298 <
299 <          }
300 <          else
301 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
232 <        }
233 <        else {
288 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
289 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
290 >            
291 >            atomData13[6] = q[0];
292 >            atomData13[7] = q[1];
293 >            atomData13[8] = q[2];
294 >            atomData13[9] = q[3];
295 >            
296 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
297 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
298 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
299 >          }
300 >          
301 >        } else {
302            sprintf(painCave.errMsg,
303                    "Atom %d not found on processor %d\n",
304                    i, worldRank );
305            haveError= 1;
306            simError();
307          }
308 +        
309 +        if(haveError) DieDieDie();
310 +        
311 +        // If we've survived to here, format the line:
312 +        
313 +        if (!isDirectional) {
314  
315 <        if(haveError) nodeZeroError();
315 >          sprintf( tempBuffer,
316 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
317 >                   atomTypeString,
318 >                   atomData6[0],
319 >                   atomData6[1],
320 >                   atomData6[2],
321 >                   atomData6[3],
322 >                   atomData6[4],
323 >                   atomData6[5]);
324 >          
325 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
326 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
327  
328 +        } else {
329 +          
330 +          sprintf( tempBuffer,
331 +                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
332 +                   atomTypeString,
333 +                   atomData13[0],
334 +                   atomData13[1],
335 +                   atomData13[2],
336 +                   atomData13[3],
337 +                   atomData13[4],
338 +                   atomData13[5],
339 +                   atomData13[6],
340 +                   atomData13[7],
341 +                   atomData13[8],
342 +                   atomData13[9],
343 +                   atomData13[10],
344 +                   atomData13[11],
345 +                   atomData13[12]);
346 +          
347 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
348 +          
349 +        }
350 +        
351 +        outFile << writeLine;
352 +        outFile.flush();
353        }
244 –      else {
245 –        myStatus = 1;
246 –        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
247 –                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
248 –        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
249 –                 MPI_COMM_WORLD);
250 –        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
251 –                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
252 –        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
253 –                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
254 –
255 –        if(!myStatus) nodeZeroError();
256 –
257 –      }
258 –
259 –      outFile << writeLine;
260 –      outFile.flush();
354      }
355  
356 <    // kill everyone off:
357 <    myStatus = -1;
358 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
359 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
360 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
268 <    }
269 <
356 >    outFile.flush();
357 >    sprintf( checkPointMsg,
358 >             "Sucessfully took a dump.\n");
359 >    MPIcheckPoint();        
360 >    
361    } else {
362  
363 <    done = 0;
273 <    while (!done) {
363 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
364  
365 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
276 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
365 >    // Set my magic potato to 0:
366  
367 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
367 >    myPotato = 0;
368 >    
369 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
370 >      
371 >      // Am I the node which has this atom?
372 >      
373 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
374  
375 <      if(myStatus < 0) break;
375 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
376  
377 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
378 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
377 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
378 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
379 >          // node 0 says we can go:
380  
381 <      myStatus = 1;
382 <      local_index=-1;
383 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
288 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
289 <      }
290 <      if (local_index != -1) {
291 <        //format the line
381 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
382 >          
383 >        }
384  
385 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
386 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
385 >        local_index=-1;
386 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
387 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
388 >        }
389 >        if (local_index != -1) {
390 >        
391 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
392  
393 <        sprintf( tempBuffer,
394 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
298 <                 atoms[local_index]->getType(),
299 <                 pos[0],
300 <                 pos[1],
301 <                 pos[2],
302 <                 vel[0],
303 <                 vel[1],
304 <                 vel[2]); // check here.
305 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
393 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
394 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
395  
396 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
396 >          atomData6[0] = pos[0];
397 >          atomData6[1] = pos[1];
398 >          atomData6[2] = pos[2];
399  
400 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
401 <          dAtom->getQ( q );
400 >          atomData6[3] = vel[0];
401 >          atomData6[4] = vel[1];
402 >          atomData6[5] = vel[2];
403 >          
404 >          isDirectional = 0;
405  
406 <          sprintf( tempBuffer,
407 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
408 <                   q[0],
409 <                   q[1],
410 <                   q[2],
411 <                   q[3],
412 <                   dAtom->getJx(),
413 <                   dAtom->getJy(),
414 <                   dAtom->getJz());
415 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
406 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
407 >
408 >            isDirectional = 1;
409 >            
410 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
411 >            dAtom->getQ( q );
412 >            
413 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
414 >              atomData13[j] = atomData6[j];
415 >            
416 >            atomData13[6] = q[0];
417 >            atomData13[7] = q[1];
418 >            atomData13[8] = q[2];
419 >            atomData13[9] = q[3];
420 >
421 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
422 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
423 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
424 >          }
425 >
426 >        } else {
427 >          sprintf(painCave.errMsg,
428 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
429 >                  i, worldRank );
430 >          haveError= 1;
431 >          simError();
432          }
323 –        else{
324 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
325 –        }
326 –      }
327 –      else {
328 –        sprintf(painCave.errMsg,
329 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
330 –                which_atom, worldRank );
331 –        myStatus = 0;
332 –        simError();
433  
434 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
335 <      }
434 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
435  
436 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
437 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
339 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
340 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
341 <    }
342 <  }
343 <  outFile.flush();
344 <  sprintf( checkPointMsg,
345 <           "Sucessfully took a dump.\n");
346 <  MPIcheckPoint();
436 >        // null terminate the string before sending (just in case):
437 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
438  
439 < // last  thing last, enable  fatalities.
440 <  painCave.isEventLoop = 0;
439 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
440 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
441 >        
442 >        myPotato++;
443  
444 +        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
445 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
446 +        
447 +        myPotato++;
448 +        
449 +        if (isDirectional) {
450 +
451 +          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
452 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
453 +          
454 +        } else {
455 +
456 +          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
457 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
458 +        }
459 +
460 +        myPotato++;      
461 +      }
462 +    }
463 +
464 +    sprintf( checkPointMsg,
465 +             "Sucessfully took a dump.\n");
466 +    MPIcheckPoint();        
467 +    
468 +  }
469 +  
470   #endif // is_mpi
471   }
472  
# Line 357 | Line 476 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
476    ofstream finalOut;
477  
478    const int BUFFERSIZE = 2000;
479 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
480    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
481    char writeLine[BUFFERSIZE];
482  
# Line 365 | Line 485 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
485    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
486    int i;
487   #ifdef IS_MPI
488 +  
489 +  int *potatoes;
490 +  int myPotato;
491 +
492 +  int nProc;
493    int j, which_node, done, which_atom, local_index;
494 +  double atomData6[6];
495 +  double atomData13[13];
496 +  int isDirectional;
497 +  char* atomTypeString;
498 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
499 +
500   #else //is_mpi
501    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
502   #endif //is_mpi
# Line 461 | Line 592 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
592  
593   #else // is_mpi
594  
595 <  // first thing first, suspend fatalities.
596 <  painCave.isEventLoop = 1;
595 >  /* code to find maximum tag value */
596 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
597 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
598 >  if (flag) {
599 >    MAXTAG = *tagub;
600 >  } else {
601 >    MAXTAG = 32767;
602 >  }  
603  
467 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
604    int haveError;
605  
606    MPI_Status istatus;
# Line 472 | Line 608 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
608  
609    // write out header and node 0's coordinates
610  
475 –  haveError = 0;
611    if( worldRank == 0 ){
612 +
613 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
614 +
615 +    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
616 +    potatoes = new int[nProc];
617 +
618 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
619 +      potatoes[i] = 0;
620 +    
621      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
622  
623      finalOut << finalTime << ";\t"
624 <             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
625 <             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
626 <             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
624 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
625 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
626 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
627  
628 <             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
629 <             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
630 <             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
628 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
629 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
630 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
631  
632 <             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
633 <             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
634 <             << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
632 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
633 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
634 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
635  
492 –    //write out additional parameters, such as chi and eta
636      finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
637      finalOut << endl;
638 +    finalOut.flush();
639  
640      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
641 <      // Get the Node number which has this molecule:
642 <
641 >      
642 >      // Get the Node number which has this atom;
643 >      
644        which_node = AtomToProcMap[i];
645 +      
646 +      if (which_node != 0) {
647  
648 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
648 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
649 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
650 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
651  
652 +          potatoes[which_node] = 0;          
653 +          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
654 +          
655 +        }
656 +
657 +        myPotato = potatoes[which_node];        
658 +        
659 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
660 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
661 +        
662 +        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
663 +        
664 +        // Null terminate the atomTypeString just in case:
665 +
666 +        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
667 +
668 +        myPotato++;
669 +
670 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
671 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
672 +              
673 +        myPotato++;
674 +
675 +        if (isDirectional) {          
676 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
677 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
678 +        } else {
679 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
680 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
681 +        }
682 +        
683 +        myPotato++;
684 +        potatoes[which_node] = myPotato;
685 +
686 +      } else {
687 +        
688 +        haveError = 0;
689          which_atom = i;
690          local_index=-1;
691 +        
692          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
693            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
694          }
695 +        
696          if (local_index != -1) {
697 +          
698 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
699  
700            atoms[local_index]->getPos(pos);
701 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
701 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
702  
703 <          sprintf( tempBuffer,
704 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
705 <                   atoms[local_index]->getType(),
516 <                   pos[0],
517 <                   pos[1],
518 <                   pos[2],
519 <                   vel[0],
520 <                   vel[1],
521 <                   vel[2]);
522 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
703 >          atomData6[0] = pos[0];
704 >          atomData6[1] = pos[1];
705 >          atomData6[2] = pos[2];
706  
707 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
707 >          atomData6[3] = vel[0];
708 >          atomData6[4] = vel[1];
709 >          atomData6[5] = vel[2];
710 >          
711 >          isDirectional = 0;
712  
713 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
527 <            dAtom->getQ( q );
713 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
714  
715 <            sprintf( tempBuffer,
716 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
717 <                     q[0],
718 <                     q[1],
719 <                     q[2],
720 <                     q[3],
721 <                     dAtom->getJx(),
722 <                     dAtom->getJy(),
723 <                     dAtom->getJz());
724 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
725 <          }
726 <          else
727 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
728 <        }
729 <        else {
715 >            isDirectional = 1;
716 >            
717 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
718 >            dAtom->getQ( q );
719 >
720 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
721 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
722 >            
723 >            atomData13[6] = q[0];
724 >            atomData13[7] = q[1];
725 >            atomData13[8] = q[2];
726 >            atomData13[9] = q[3];
727 >            
728 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
729 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
730 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
731 >          }
732 >          
733 >        } else {
734            sprintf(painCave.errMsg,
735                    "Atom %d not found on processor %d\n",
736                    i, worldRank );
737            haveError= 1;
738            simError();
739          }
740 +        
741 +        if(haveError) DieDieDie();
742 +        
743 +        // If we've survived to here, format the line:
744 +        
745 +        if (!isDirectional) {
746  
747 <        if(haveError) nodeZeroError();
747 >          sprintf( tempBuffer,
748 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
749 >                   atomTypeString,
750 >                   atomData6[0],
751 >                   atomData6[1],
752 >                   atomData6[2],
753 >                   atomData6[3],
754 >                   atomData6[4],
755 >                   atomData6[5]);
756 >          
757 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
758 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
759  
760 +        } else {
761 +          
762 +          sprintf( tempBuffer,
763 +                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
764 +                   atomTypeString,
765 +                   atomData13[0],
766 +                   atomData13[1],
767 +                   atomData13[2],
768 +                   atomData13[3],
769 +                   atomData13[4],
770 +                   atomData13[5],
771 +                   atomData13[6],
772 +                   atomData13[7],
773 +                   atomData13[8],
774 +                   atomData13[9],
775 +                   atomData13[10],
776 +                   atomData13[11],
777 +                   atomData13[12]);
778 +          
779 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
780 +          
781 +        }
782 +        
783 +        finalOut << writeLine;
784 +        finalOut.flush();
785        }
786 <      else {
786 >    }
787  
788 <        myStatus = 1;
789 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
790 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
791 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
792 <                 MPI_COMM_WORLD);
793 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
562 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
563 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
564 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
788 >    finalOut.flush();
789 >    sprintf( checkPointMsg,
790 >             "Sucessfully took a dump.\n");
791 >    MPIcheckPoint();        
792 >    
793 >  } else {
794  
795 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
567 <      }
795 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
796  
797 <      finalOut << writeLine;
570 <    }
797 >    // Set my magic potato to 0:
798  
799 <    // kill everyone off:
800 <    myStatus = -1;
801 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
802 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
803 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
804 <    }
799 >    myPotato = 0;
800 >    
801 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
802 >      
803 >      // Am I the node which has this atom?
804 >      
805 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
806  
807 <  } else {
807 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
808  
809 <    done = 0;
810 <    while (!done) {
809 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
810 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
811 >          // node 0 says we can go:
812  
813 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
814 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
813 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
814 >          
815 >        }
816  
817 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
817 >        local_index=-1;
818 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
819 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
820 >        }
821 >        if (local_index != -1) {
822 >        
823 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
824  
825 <      if(myStatus < 0) break;
825 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
826 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
827  
828 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
829 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
828 >          atomData6[0] = pos[0];
829 >          atomData6[1] = pos[1];
830 >          atomData6[2] = pos[2];
831  
832 <      myStatus = 1;
833 <      local_index=-1;
834 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
835 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
836 <      }
599 <      if (local_index != -1) {
832 >          atomData6[3] = vel[0];
833 >          atomData6[4] = vel[1];
834 >          atomData6[5] = vel[2];
835 >          
836 >          isDirectional = 0;
837  
838 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
602 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
838 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
839  
840 <        //format the line
841 <        sprintf( tempBuffer,
842 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
843 <                 atoms[local_index]->getType(),
844 <                 pos[0],
845 <                 pos[1],
846 <                 pos[2],
847 <                 vel[0],
848 <                 vel[1],
849 <                 vel[2]); // check here.
850 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
840 >            isDirectional = 1;
841 >            
842 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
843 >            dAtom->getQ( q );
844 >            
845 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
846 >              atomData13[j] = atomData6[j];
847 >            
848 >            atomData13[6] = q[0];
849 >            atomData13[7] = q[1];
850 >            atomData13[8] = q[2];
851 >            atomData13[9] = q[3];
852  
853 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
853 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
854 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
855 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
856 >          }
857  
858 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
859 <          dAtom->getQ( q );
860 <
861 <          sprintf( tempBuffer,
862 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
863 <                   q[0],
624 <                   q[1],
625 <                   q[2],
626 <                   q[3],
627 <                   dAtom->getJx(),
628 <                   dAtom->getJy(),
629 <                   dAtom->getJz());
630 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
858 >        } else {
859 >          sprintf(painCave.errMsg,
860 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
861 >                  i, worldRank );
862 >          haveError= 1;
863 >          simError();
864          }
632 –        else{
633 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
634 –        }
635 –      }
636 –      else {
637 –        sprintf(painCave.errMsg,
638 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
639 –                which_atom, worldRank );
640 –        myStatus = 0;
641 –        simError();
865  
866 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
644 <      }
866 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
867  
868 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
869 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
870 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
871 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
868 >        // null terminate the string before sending (just in case):
869 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
870 >
871 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
872 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
873 >        
874 >        myPotato++;
875 >
876 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
877 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
878 >        
879 >        myPotato++;
880 >        
881 >        if (isDirectional) {
882 >
883 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
884 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
885 >          
886 >        } else {
887 >
888 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
889 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
890 >        }
891 >
892 >        myPotato++;      
893 >      }
894      }
651 –  }
652 –  finalOut.flush();
653 –  sprintf( checkPointMsg,
654 –           "Sucessfully took a dump.\n");
655 –  MPIcheckPoint();
895  
896 +    sprintf( checkPointMsg,
897 +             "Sucessfully took a dump.\n");
898 +    MPIcheckPoint();        
899 +    
900 +  }
901 +  
902    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
903   #endif // is_mpi
904   }
# Line 664 | Line 909 | void dWrite::nodeZeroError( void ){
909  
910   // a couple of functions to let us escape the write loop
911  
912 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
668 <  int j, myStatus;
912 > void dWrite::DieDieDie( void ){
913  
670 –  myStatus = 0;
671 –  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
672 –    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
673 –              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
674 –  }
675 –
676 –
914    MPI_Finalize();
915    exit (0);
679 –
916   }
917  
682 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
683 –
684 –  MPI_Finalize();
685 –  exit (0);
686 – }
687 –
918   #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines