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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 905 by tim, Wed Jan 7 19:26:12 2004 UTC vs.
Revision 913 by chuckv, Thu Jan 8 22:25:52 2004 UTC

# Line 7 | Line 7
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 15
11 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 20
10  
11   namespace dWrite{
12 <  void nodeZeroError( void );
15 <  void anonymousNodeDie( void );
12 >  void DieDieDie( void );
13   }
14  
15   using namespace dWrite;
# Line 69 | Line 66 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67  
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74    int i;
75   #ifdef IS_MPI
76    int j, which_node, done, which_atom, local_index;
77 +  double atomTransData[6];
78 +  double atomOrientData[7];
79 +  int isDirectional;
80 +  char* atomTypeString;
81 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
82 +  int me;
83 +  int atomTypeTag;
84 +  int atomIsDirectionalTag;
85 +  int atomTransDataTag;
86 +  int atomOrientDataTag;
87   #else //is_mpi
88    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
89   #endif //is_mpi
# Line 84 | Line 93 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
93    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
94    double pos[3], vel[3];
95  
87 –
96    // write current frame to the eor file
97  
98    this->writeFinal( currentTime );
# Line 150 | Line 158 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
158  
159   #else // is_mpi
160  
161 <  // first thing first, suspend fatalities.
162 <  painCave.isEventLoop = 1;
161 >  /* code to find maximum tag value */
162 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
163 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
164 >  if (flag) {
165 >    MAXTAG = *tagub;
166 >  } else {
167 >    MAXTAG = 32767;
168 >  }
169  
156 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
170    int haveError;
171  
172    MPI_Status istatus;
# Line 180 | Line 193 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
193      outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
194      outFile << endl;
195      outFile.flush();
196 +
197 +    tag = 0;
198 +
199      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
184 –      // Get the Node number which has this atom;
200  
201 +      if (tag + 2 >= MAXTAG) {
202 +        // The tag was going to exceed the maximum value, so wrap around to 0:
203 +        tag = 0;
204 +        // Send the newly zeroed tag on to the other nodes:
205 +        MPI_Bcast(&tag, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);
206 +      }
207 +      
208 +      // Get the Node number which has this atom;
209 +      
210        which_node = AtomToProcMap[i];
211 +      
212 +      if (which_node != 0) {
213 +        
214 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
215 +                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
216 +        
217 +        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
218 +        
219 +        // Null terminate the atomTypeString just in case:
220  
221 <      if (which_node == 0 ) {
221 >        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
222  
223 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
224 +                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
225 +        
226 +        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
227 +                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
228 +
229 +        if (isDirectional) {
230 +
231 +          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
232 +                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
233 +
234 +        }
235 +
236 +      } else {
237 +        
238          haveError = 0;
239          which_atom = i;
240          local_index=-1;
241 +
242          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
243            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
244          }
245 +
246          if (local_index != -1) {
197 –          //format the line
247  
248 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
249 +
250            atoms[local_index]->getPos(pos);
251            atoms[local_index]->getVel(vel);
252  
253 <          sprintf( tempBuffer,
254 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
255 <                   atoms[local_index]->getType(),
205 <                   pos[0],
206 <                   pos[1],
207 <                   pos[2],
208 <                   vel[0],
209 <                   vel[1],
210 <                   vel[2]); // check here.
211 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
253 >          atomTransData[0] = pos[0];
254 >          atomTransData[1] = pos[1];
255 >          atomTransData[2] = pos[2];
256  
257 +          atomTransData[3] = vel[0];
258 +          atomTransData[4] = vel[1];
259 +          atomTransData[5] = vel[2];
260 +          
261 +          isDirectional = 0;
262 +
263            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
264  
265 +            isDirectional = 1;
266 +            
267              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
268              dAtom->getQ( q );
269 +            
270 +            atomOrientData[0] = q[0];
271 +            atomOrientData[1] = q[1];
272 +            atomOrientData[2] = q[2];
273 +            atomOrientData[3] = q[3];
274  
275 <            sprintf( tempBuffer,
276 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
277 <                     q[0],
278 <                     q[1],
222 <                     q[2],
223 <                     q[3],
224 <                     dAtom->getJx(),
225 <                     dAtom->getJy(),
226 <                     dAtom->getJz());
227 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
275 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
276 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
277 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
278 >          }
279  
280 <          }
230 <          else
231 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
232 <        }
233 <        else {
280 >        } else {
281            sprintf(painCave.errMsg,
282                    "Atom %d not found on processor %d\n",
283                    i, worldRank );
# Line 238 | Line 285 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
285            simError();
286          }
287  
288 <        if(haveError) nodeZeroError();
288 >        if(haveError) DieDieDie();
289 >                              
290 >        // If we've survived to here, format the line:
291 >        
292 >        sprintf( tempBuffer,
293 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
294 >                 atomTypeString,
295 >                 atomTransData[0],
296 >                 atomTransData[1],
297 >                 atomTransData[2],
298 >                 atomTransData[3],
299 >                 atomTransData[4],
300 >                 atomTransData[5]);
301  
302 <      }
244 <      else {
245 <        myStatus = 1;
246 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
247 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
248 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
249 <                 MPI_COMM_WORLD);
250 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
251 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
252 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
253 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
302 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
303  
304 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
304 >        if (isDirectional) {
305  
306 <      }
306 >          sprintf( tempBuffer,
307 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
308 >                   atomOrientData[0],
309 >                   atomOrientData[1],
310 >                   atomOrientData[2],
311 >                   atomOrientData[3],
312 >                   atomOrientData[4],
313 >                   atomOrientData[5],
314 >                   atomOrientData[6]);
315 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
316  
317 <      outFile << writeLine;
318 <      outFile.flush();
319 <    }
317 >        } else {
318 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
319 >        }
320  
321 <    // kill everyone off:
322 <    myStatus = -1;
323 <    for (j = 1; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
266 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
267 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
321 >        outFile << writeLine;
322 >        outFile.flush();
323 >      }
324      }
325  
326 +    outFile.flush();
327 +    sprintf( checkPointMsg,
328 +             "Sucessfully took a dump.\n");
329 +    MPIcheckPoint();        
330 +    
331    } else {
332  
333 <    done = 0;
334 <    while (!done) {
335 <
336 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
337 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
333 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
334 >    
335 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
336 >      
337 >      // Am I the node which has this atom?
338 >      
339 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
340  
341 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
341 >        local_index=-1;
342 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
343 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
344 >        }
345 >        if (local_index != -1) {
346 >        
347 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
348  
349 <      if(myStatus < 0) break;
349 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
350 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
351  
352 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
353 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
352 >          atomTransData[0] = pos[0];
353 >          atomTransData[1] = pos[1];
354 >          atomTransData[2] = pos[2];
355  
356 <      myStatus = 1;
357 <      local_index=-1;
358 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
359 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
360 <      }
290 <      if (local_index != -1) {
291 <        //format the line
356 >          atomTransData[3] = vel[0];
357 >          atomTransData[4] = vel[1];
358 >          atomTransData[5] = vel[2];
359 >          
360 >          isDirectional = 0;
361  
362 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
294 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
362 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
363  
364 <        sprintf( tempBuffer,
365 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
366 <                 atoms[local_index]->getType(),
367 <                 pos[0],
368 <                 pos[1],
369 <                 pos[2],
370 <                 vel[0],
371 <                 vel[1],
372 <                 vel[2]); // check here.
305 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
364 >            isDirectional = 1;
365 >            
366 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
367 >            dAtom->getQ( q );
368 >            
369 >            atomOrientData[0] = q[0];
370 >            atomOrientData[1] = q[1];
371 >            atomOrientData[2] = q[2];
372 >            atomOrientData[3] = q[3];
373  
374 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
374 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
375 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
376 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
377 >          }
378  
379 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
380 <          dAtom->getQ( q );
381 <
382 <          sprintf( tempBuffer,
383 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
384 <                   q[0],
315 <                   q[1],
316 <                   q[2],
317 <                   q[3],
318 <                   dAtom->getJx(),
319 <                   dAtom->getJy(),
320 <                   dAtom->getJz());
321 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
379 >        } else {
380 >          sprintf(painCave.errMsg,
381 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
382 >                  i, worldRank );
383 >          haveError= 1;
384 >          simError();
385          }
323 –        else{
324 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
325 –        }
326 –      }
327 –      else {
328 –        sprintf(painCave.errMsg,
329 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
330 –                which_atom, worldRank );
331 –        myStatus = 0;
332 –        simError();
386  
387 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
335 <      }
387 >        // I've survived this far, so send off the data!
388  
389 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
390 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
391 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
392 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
389 >        atomTypeTag          = 4*i;
390 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
391 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
392 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
393 >
394 >
395 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
396 >
397 >        // null terminate the string before sending (just in case):
398 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
399 >
400 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
401 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
402 >        
403 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
404 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
405 >        
406 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
407 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
408 >
409 >        if (isDirectional) {
410 >
411 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
412 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
413 >          
414 >        }
415 >      
416 >      }
417      }
342 –  }
343 –  outFile.flush();
344 –  sprintf( checkPointMsg,
345 –           "Sucessfully took a dump.\n");
346 –  MPIcheckPoint();
418  
419 < // last  thing last, enable  fatalities.
419 >    sprintf( checkPointMsg,
420 >             "Sucessfully took a dump.\n");
421 >    MPIcheckPoint();        
422 >    
423 >  }
424 >  
425    painCave.isEventLoop = 0;
426  
427   #endif // is_mpi
# Line 357 | Line 433 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
433    ofstream finalOut;
434  
435    const int BUFFERSIZE = 2000;
436 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
437    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
438    char writeLine[BUFFERSIZE];
439  
# Line 366 | Line 443 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
443    int i;
444   #ifdef IS_MPI
445    int j, which_node, done, which_atom, local_index;
446 +  double atomTransData[6];
447 +  double atomOrientData[7];
448 +  int isDirectional;
449 +  char* atomTypeString;
450 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
451 +  int atomTypeTag;
452 +  int atomIsDirectionalTag;
453 +  int atomTransDataTag;
454 +  int atomOrientDataTag;
455   #else //is_mpi
456    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
457   #endif //is_mpi
# Line 472 | Line 558 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
558  
559    // write out header and node 0's coordinates
560  
475 –  haveError = 0;
561    if( worldRank == 0 ){
562      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
563  
564      finalOut << finalTime << ";\t"
565 <             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
566 <             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
567 <             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
565 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
566 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
567 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
568  
569 <             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
570 <             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
571 <             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
569 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
570 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
571 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
572  
573 <             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
574 <             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
575 <             << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
573 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
574 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
575 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
576  
492 –    //write out additional parameters, such as chi and eta
577      finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
578      finalOut << endl;
579 <
579 >    finalOut.flush();
580      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
581 <      // Get the Node number which has this molecule:
581 >      // Get the Node number which has this atom;
582  
583        which_node = AtomToProcMap[i];
584  
585 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
585 >      if (which_node != 0) {
586 >        
587 >        atomTypeTag          = 4*i;
588 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
589 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
590 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
591  
592 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
593 +                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
594 +        
595 +        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
596 +
597 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
598 +                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
599 +        
600 +        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
601 +                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
602 +
603 +        if (isDirectional) {
604 +
605 +          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
606 +                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
607 +
608 +        }
609 +
610 +      } else {
611 +        
612 +        haveError = 0;
613          which_atom = i;
614          local_index=-1;
615 +
616          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
617            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
618          }
619 +
620          if (local_index != -1) {
621  
622 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
623 +
624            atoms[local_index]->getPos(pos);
625            atoms[local_index]->getVel(vel);
626  
627 <          sprintf( tempBuffer,
628 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
629 <                   atoms[local_index]->getType(),
516 <                   pos[0],
517 <                   pos[1],
518 <                   pos[2],
519 <                   vel[0],
520 <                   vel[1],
521 <                   vel[2]);
522 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
627 >          atomTransData[0] = pos[0];
628 >          atomTransData[1] = pos[1];
629 >          atomTransData[2] = pos[2];
630  
631 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
631 >          atomTransData[3] = vel[0];
632 >          atomTransData[4] = vel[1];
633 >          atomTransData[5] = vel[2];
634 >          
635 >          isDirectional = 0;
636  
637 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
527 <            dAtom->getQ( q );
637 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
638  
639 <            sprintf( tempBuffer,
640 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
641 <                     q[0],
642 <                     q[1],
643 <                     q[2],
644 <                     q[3],
645 <                     dAtom->getJx(),
646 <                     dAtom->getJy(),
647 <                     dAtom->getJz());
648 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
649 <          }
650 <          else
651 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
652 <        }
653 <        else {
639 >            isDirectional = 1;
640 >            
641 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
642 >            dAtom->getQ( q );
643 >            
644 >            atomOrientData[0] = q[0];
645 >            atomOrientData[1] = q[1];
646 >            atomOrientData[2] = q[2];
647 >            atomOrientData[3] = q[3];
648 >
649 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
650 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
651 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
652 >          }
653 >
654 >        } else {
655            sprintf(painCave.errMsg,
656                    "Atom %d not found on processor %d\n",
657                    i, worldRank );
# Line 548 | Line 659 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
659            simError();
660          }
661  
662 <        if(haveError) nodeZeroError();
662 >        if(haveError) DieDieDie();
663 >                              
664 >        // If we've survived to here, format the line:
665 >        
666 >        sprintf( tempBuffer,
667 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
668 >                 atomTypeString,
669 >                 atomTransData[0],
670 >                 atomTransData[1],
671 >                 atomTransData[2],
672 >                 atomTransData[3],
673 >                 atomTransData[4],
674 >                 atomTransData[5]);
675  
676 <      }
554 <      else {
676 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
677  
678 <        myStatus = 1;
557 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
558 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
559 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
560 <                 MPI_COMM_WORLD);
561 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
562 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
563 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
564 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
678 >        if (isDirectional) {
679  
680 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
681 <      }
680 >          sprintf( tempBuffer,
681 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
682 >                   atomOrientData[0],
683 >                   atomOrientData[1],
684 >                   atomOrientData[2],
685 >                   atomOrientData[3],
686 >                   atomOrientData[4],
687 >                   atomOrientData[5],
688 >                   atomOrientData[6]);
689 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
690  
691 <      finalOut << writeLine;
692 <    }
691 >        } else {
692 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
693 >        }
694  
695 <    // kill everyone off:
696 <    myStatus = -1;
697 <    for (j = 1; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
575 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
576 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
695 >        finalOut << writeLine;
696 >        finalOut.flush();
697 >      }
698      }
699  
700 +    finalOut.flush();
701 +    sprintf( checkPointMsg,
702 +             "Sucessfully took a dump.\n");
703 +    MPIcheckPoint();        
704 +    
705    } else {
706  
707 <    done = 0;
708 <    while (!done) {
707 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
708 >    
709 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
710 >      
711 >      // Am I the node which has this atom?
712 >      
713 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
714  
715 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
716 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
715 >        local_index=-1;
716 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
717 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
718 >        }
719 >        if (local_index != -1) {
720 >        
721 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
722  
723 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
723 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
724 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
725  
726 <      if(myStatus < 0) break;
726 >          atomTransData[0] = pos[0];
727 >          atomTransData[1] = pos[1];
728 >          atomTransData[2] = pos[2];
729  
730 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
731 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
730 >          atomTransData[3] = vel[0];
731 >          atomTransData[4] = vel[1];
732 >          atomTransData[5] = vel[2];
733 >          
734 >          isDirectional = 0;
735  
736 <      myStatus = 1;
595 <      local_index=-1;
596 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
597 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
598 <      }
599 <      if (local_index != -1) {
736 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
737  
738 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
739 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
738 >            isDirectional = 1;
739 >            
740 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
741 >            dAtom->getQ( q );
742 >            
743 >            atomOrientData[0] = q[0];
744 >            atomOrientData[1] = q[1];
745 >            atomOrientData[2] = q[2];
746 >            atomOrientData[3] = q[3];
747  
748 <        //format the line
749 <        sprintf( tempBuffer,
750 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
751 <                 atoms[local_index]->getType(),
608 <                 pos[0],
609 <                 pos[1],
610 <                 pos[2],
611 <                 vel[0],
612 <                 vel[1],
613 <                 vel[2]); // check here.
614 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
748 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
749 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
750 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
751 >          }
752  
753 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
753 >        } else {
754 >          sprintf(painCave.errMsg,
755 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
756 >                  i, worldRank );
757 >          haveError= 1;
758 >          simError();
759 >        }
760  
761 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
619 <          dAtom->getQ( q );
761 >        // I've survived this far, so send off the data!
762  
763 <          sprintf( tempBuffer,
764 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
765 <                   q[0],
766 <                   q[1],
625 <                   q[2],
626 <                   q[3],
627 <                   dAtom->getJx(),
628 <                   dAtom->getJy(),
629 <                   dAtom->getJz());
630 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
631 <        }
632 <        else{
633 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
634 <        }
635 <      }
636 <      else {
637 <        sprintf(painCave.errMsg,
638 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
639 <                which_atom, worldRank );
640 <        myStatus = 0;
641 <        simError();
763 >        atomTypeTag          = 4*i;
764 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
765 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
766 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
767  
768 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
644 <      }
768 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
769  
770 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
771 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
772 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
773 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
770 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
771 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
772 >        
773 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
774 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
775 >        
776 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
777 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
778 >
779 >        if (isDirectional) {
780 >
781 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
782 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
783 >          
784 >        }
785 >      
786 >      }
787      }
788 +
789 +    sprintf( checkPointMsg,
790 +             "Sucessfully wrote final file.\n");
791 +    MPIcheckPoint();        
792 +    
793    }
794 <  finalOut.flush();
795 <  sprintf( checkPointMsg,
654 <           "Sucessfully took a dump.\n");
655 <  MPIcheckPoint();
794 >  
795 >  painCave.isEventLoop = 0;
796  
797    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
798   #endif // is_mpi
# Line 664 | Line 804 | void dWrite::nodeZeroError( void ){
804  
805   // a couple of functions to let us escape the write loop
806  
807 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
668 <  int j, myStatus;
807 > void dWrite::DieDieDie( void ){
808  
670 –  myStatus = 0;
671 –  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
672 –    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
673 –              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
674 –  }
675 –
676 –
809    MPI_Finalize();
810    exit (0);
679 –
811   }
812  
682 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
683 –
684 –  MPI_Finalize();
685 –  exit (0);
686 – }
687 –
813   #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines