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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 913 by chuckv, Thu Jan 8 22:25:52 2004 UTC vs.
Revision 916 by gezelter, Fri Jan 9 20:29:32 2004 UTC

# Line 72 | Line 72 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74    int i;
75 +
76   #ifdef IS_MPI
77 +  
78 +  int *potatoes;
79 +  int myPotato;
80 +
81 +  int nProc;
82    int j, which_node, done, which_atom, local_index;
83 <  double atomTransData[6];
84 <  double atomOrientData[7];
83 >  double atomData6[6];
84 >  double atomData13[13];
85    int isDirectional;
86    char* atomTypeString;
87    char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
88 <  int me;
83 <  int atomTypeTag;
84 <  int atomIsDirectionalTag;
85 <  int atomTransDataTag;
86 <  int atomOrientDataTag;
88 >
89   #else //is_mpi
90    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
91   #endif //is_mpi
# Line 165 | Line 167 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
167      MAXTAG = *tagub;
168    } else {
169      MAXTAG = 32767;
170 <  }
170 >  }  
171  
172    int haveError;
173  
# Line 175 | Line 177 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
177    // write out header and node 0's coordinates
178  
179    if( worldRank == 0 ){
180 +
181 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
182 +
183 +    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
184 +    potatoes = new int[nProc];
185 +
186 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
187 +      potatoes[i] = 0;
188 +    
189      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
190  
191      outFile << currentTime << ";\t"
# Line 194 | Line 205 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
205      outFile << endl;
206      outFile.flush();
207  
197 –    tag = 0;
198 –
208      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
200 –
201 –      if (tag + 2 >= MAXTAG) {
202 –        // The tag was going to exceed the maximum value, so wrap around to 0:
203 –        tag = 0;
204 –        // Send the newly zeroed tag on to the other nodes:
205 –        MPI_Bcast(&tag, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);
206 –      }
209        
210        // Get the Node number which has this atom;
211        
212        which_node = AtomToProcMap[i];
213        
214        if (which_node != 0) {
215 +
216 +        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
217 +          // The potato was going to exceed the maximum value,
218 +          // so wrap this processor potato back to 0:        
219 +
220 +          potatoes[which_node] = 0;          
221 +          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
222 +          
223 +        }
224 +
225 +        myPotato = potatoes[which_node];        
226          
227          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
228 <                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
228 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
229          
230          strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
231          
# Line 220 | Line 233 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
233  
234          atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
235  
236 +        myPotato++;
237 +
238          MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
239 <                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
240 <        
241 <        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
227 <                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
239 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
240 >              
241 >        myPotato++;
242  
243 <        if (isDirectional) {
244 <
245 <          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
246 <                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
247 <
243 >        if (isDirectional) {          
244 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
245 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
246 >        } else {
247 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
248 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
249          }
250 +        
251 +        myPotato++;
252 +        potatoes[which_node] = myPotato;
253  
254        } else {
255          
256          haveError = 0;
257          which_atom = i;
258          local_index=-1;
259 <
259 >        
260          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
261            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
262          }
263 <
263 >        
264          if (local_index != -1) {
265 <
265 >          
266            atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
267  
268            atoms[local_index]->getPos(pos);
269 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
269 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
270  
271 <          atomTransData[0] = pos[0];
272 <          atomTransData[1] = pos[1];
273 <          atomTransData[2] = pos[2];
271 >          atomData6[0] = pos[0];
272 >          atomData6[1] = pos[1];
273 >          atomData6[2] = pos[2];
274  
275 <          atomTransData[3] = vel[0];
276 <          atomTransData[4] = vel[1];
277 <          atomTransData[5] = vel[2];
275 >          atomData6[3] = vel[0];
276 >          atomData6[4] = vel[1];
277 >          atomData6[5] = vel[2];
278            
279            isDirectional = 0;
280  
# Line 266 | Line 284 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
284              
285              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
286              dAtom->getQ( q );
269 –            
270 –            atomOrientData[0] = q[0];
271 –            atomOrientData[1] = q[1];
272 –            atomOrientData[2] = q[2];
273 –            atomOrientData[3] = q[3];
287  
288 <            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
289 <            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
290 <            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
288 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
289 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
290 >            
291 >            atomData13[6] = q[0];
292 >            atomData13[7] = q[1];
293 >            atomData13[8] = q[2];
294 >            atomData13[9] = q[3];
295 >            
296 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
297 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
298 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
299            }
300 <
300 >          
301          } else {
302            sprintf(painCave.errMsg,
303                    "Atom %d not found on processor %d\n",
# Line 284 | Line 305 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
305            haveError= 1;
306            simError();
307          }
308 <
308 >        
309          if(haveError) DieDieDie();
310 <                              
310 >        
311          // If we've survived to here, format the line:
312          
313 <        sprintf( tempBuffer,
293 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
294 <                 atomTypeString,
295 <                 atomTransData[0],
296 <                 atomTransData[1],
297 <                 atomTransData[2],
298 <                 atomTransData[3],
299 <                 atomTransData[4],
300 <                 atomTransData[5]);
313 >        if (!isDirectional) {
314  
302 –        strcpy( writeLine, tempBuffer );
303 –
304 –        if (isDirectional) {
305 –
315            sprintf( tempBuffer,
316 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
317 <                   atomOrientData[0],
318 <                   atomOrientData[1],
319 <                   atomOrientData[2],
320 <                   atomOrientData[3],
321 <                   atomOrientData[4],
322 <                   atomOrientData[5],
323 <                   atomOrientData[6]);
324 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
325 <
317 <        } else {
316 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
317 >                   atomTypeString,
318 >                   atomData6[0],
319 >                   atomData6[1],
320 >                   atomData6[2],
321 >                   atomData6[3],
322 >                   atomData6[4],
323 >                   atomData6[5]);
324 >          
325 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
326            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
319 –        }
327  
328 +        } else {
329 +          
330 +          sprintf( tempBuffer,
331 +                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
332 +                   atomTypeString,
333 +                   atomData13[0],
334 +                   atomData13[1],
335 +                   atomData13[2],
336 +                   atomData13[3],
337 +                   atomData13[4],
338 +                   atomData13[5],
339 +                   atomData13[6],
340 +                   atomData13[7],
341 +                   atomData13[8],
342 +                   atomData13[9],
343 +                   atomData13[10],
344 +                   atomData13[11],
345 +                   atomData13[12]);
346 +          
347 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
348 +          
349 +        }
350 +        
351          outFile << writeLine;
352          outFile.flush();
353        }
# Line 331 | Line 361 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
361    } else {
362  
363      // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
364 +
365 +    // Set my magic potato to 0:
366 +
367 +    myPotato = 0;
368      
369      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
370        
# Line 338 | Line 372 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
372        
373        if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
374  
375 +        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
376 +
377 +          // The potato was going to exceed the maximum value,
378 +          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
379 +          // node 0 says we can go:
380 +
381 +          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
382 +          
383 +        }
384 +
385          local_index=-1;
386          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
387            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
# Line 349 | Line 393 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
393            atoms[local_index]->getPos(pos);
394            atoms[local_index]->getVel(vel);
395  
396 <          atomTransData[0] = pos[0];
397 <          atomTransData[1] = pos[1];
398 <          atomTransData[2] = pos[2];
396 >          atomData6[0] = pos[0];
397 >          atomData6[1] = pos[1];
398 >          atomData6[2] = pos[2];
399  
400 <          atomTransData[3] = vel[0];
401 <          atomTransData[4] = vel[1];
402 <          atomTransData[5] = vel[2];
400 >          atomData6[3] = vel[0];
401 >          atomData6[4] = vel[1];
402 >          atomData6[5] = vel[2];
403            
404            isDirectional = 0;
405  
# Line 366 | Line 410 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
410              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
411              dAtom->getQ( q );
412              
413 <            atomOrientData[0] = q[0];
414 <            atomOrientData[1] = q[1];
415 <            atomOrientData[2] = q[2];
416 <            atomOrientData[3] = q[3];
413 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
414 >              atomData13[j] = atomData6[j];
415 >            
416 >            atomData13[6] = q[0];
417 >            atomData13[7] = q[1];
418 >            atomData13[8] = q[2];
419 >            atomData13[9] = q[3];
420  
421 <            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
422 <            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
423 <            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
421 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
422 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
423 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
424            }
425  
426          } else {
# Line 384 | Line 431 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
431            simError();
432          }
433  
387 –        // I've survived this far, so send off the data!
388 –
389 –        atomTypeTag          = 4*i;
390 –        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
391 –        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
392 –        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
393 –
394 –
434          strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
435  
436          // null terminate the string before sending (just in case):
437          MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
438  
439          MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
440 <                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
440 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
441          
442 +        myPotato++;
443 +
444          MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
445 <                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
445 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
446          
447 <        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
448 <                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
408 <
447 >        myPotato++;
448 >        
449          if (isDirectional) {
450  
451 <          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
452 <                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
451 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
452 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
453            
454 +        } else {
455 +
456 +          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
457 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
458          }
459 <      
459 >
460 >        myPotato++;      
461        }
462      }
463  
# Line 420 | Line 465 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
465               "Sucessfully took a dump.\n");
466      MPIcheckPoint();        
467      
468 <  }
468 >  }
469    
425 –  painCave.isEventLoop = 0;
426 –
470   #endif // is_mpi
471   }
472  
# Line 442 | Line 485 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
485    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
486    int i;
487   #ifdef IS_MPI
488 +  
489 +  int *potatoes;
490 +  int myPotato;
491 +
492 +  int nProc;
493    int j, which_node, done, which_atom, local_index;
494 <  double atomTransData[6];
495 <  double atomOrientData[7];
494 >  double atomData6[6];
495 >  double atomData13[13];
496    int isDirectional;
497    char* atomTypeString;
498    char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
499 <  int atomTypeTag;
452 <  int atomIsDirectionalTag;
453 <  int atomTransDataTag;
454 <  int atomOrientDataTag;
499 >
500   #else //is_mpi
501    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
502   #endif //is_mpi
# Line 547 | Line 592 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
592  
593   #else // is_mpi
594  
595 <  // first thing first, suspend fatalities.
596 <  painCave.isEventLoop = 1;
595 >  /* code to find maximum tag value */
596 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
597 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
598 >  if (flag) {
599 >    MAXTAG = *tagub;
600 >  } else {
601 >    MAXTAG = 32767;
602 >  }  
603  
553 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
604    int haveError;
605  
606    MPI_Status istatus;
# Line 559 | Line 609 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
609    // write out header and node 0's coordinates
610  
611    if( worldRank == 0 ){
612 +
613 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
614 +
615 +    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
616 +    potatoes = new int[nProc];
617 +
618 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
619 +      potatoes[i] = 0;
620 +    
621      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
622  
623      finalOut << finalTime << ";\t"
# Line 577 | Line 636 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
636      finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
637      finalOut << endl;
638      finalOut.flush();
639 +
640      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
641 +      
642        // Get the Node number which has this atom;
643 <
643 >      
644        which_node = AtomToProcMap[i];
645 <
645 >      
646        if (which_node != 0) {
586 –        
587 –        atomTypeTag          = 4*i;
588 –        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
589 –        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
590 –        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
647  
648 +        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
649 +          // The potato was going to exceed the maximum value,
650 +          // so wrap this processor potato back to 0:        
651 +
652 +          potatoes[which_node] = 0;          
653 +          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
654 +          
655 +        }
656 +
657 +        myPotato = potatoes[which_node];        
658 +        
659          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
660 <                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
660 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
661          
662          strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
596 –
597 –        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
598 –                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
663          
664 <        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
601 <                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
664 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
665  
666 <        if (isDirectional) {
666 >        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
667  
668 <          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
606 <                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
668 >        myPotato++;
669  
670 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
671 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
672 +              
673 +        myPotato++;
674 +
675 +        if (isDirectional) {          
676 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
677 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
678 +        } else {
679 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
680 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
681          }
682 +        
683 +        myPotato++;
684 +        potatoes[which_node] = myPotato;
685  
686        } else {
687          
688          haveError = 0;
689          which_atom = i;
690          local_index=-1;
691 <
691 >        
692          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
693            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
694          }
695 <
695 >        
696          if (local_index != -1) {
697 <
697 >          
698            atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
699  
700            atoms[local_index]->getPos(pos);
701 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
701 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
702  
703 <          atomTransData[0] = pos[0];
704 <          atomTransData[1] = pos[1];
705 <          atomTransData[2] = pos[2];
703 >          atomData6[0] = pos[0];
704 >          atomData6[1] = pos[1];
705 >          atomData6[2] = pos[2];
706  
707 <          atomTransData[3] = vel[0];
708 <          atomTransData[4] = vel[1];
709 <          atomTransData[5] = vel[2];
707 >          atomData6[3] = vel[0];
708 >          atomData6[4] = vel[1];
709 >          atomData6[5] = vel[2];
710            
711            isDirectional = 0;
712  
# Line 640 | Line 716 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
716              
717              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
718              dAtom->getQ( q );
643 –            
644 –            atomOrientData[0] = q[0];
645 –            atomOrientData[1] = q[1];
646 –            atomOrientData[2] = q[2];
647 –            atomOrientData[3] = q[3];
719  
720 <            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
721 <            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
722 <            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
720 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
721 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
722 >            
723 >            atomData13[6] = q[0];
724 >            atomData13[7] = q[1];
725 >            atomData13[8] = q[2];
726 >            atomData13[9] = q[3];
727 >            
728 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
729 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
730 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
731            }
732 <
732 >          
733          } else {
734            sprintf(painCave.errMsg,
735                    "Atom %d not found on processor %d\n",
# Line 658 | Line 737 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
737            haveError= 1;
738            simError();
739          }
740 <
740 >        
741          if(haveError) DieDieDie();
742 <                              
742 >        
743          // If we've survived to here, format the line:
744          
745 <        sprintf( tempBuffer,
667 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
668 <                 atomTypeString,
669 <                 atomTransData[0],
670 <                 atomTransData[1],
671 <                 atomTransData[2],
672 <                 atomTransData[3],
673 <                 atomTransData[4],
674 <                 atomTransData[5]);
745 >        if (!isDirectional) {
746  
676 –        strcpy( writeLine, tempBuffer );
677 –
678 –        if (isDirectional) {
679 –
747            sprintf( tempBuffer,
748 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
749 <                   atomOrientData[0],
750 <                   atomOrientData[1],
751 <                   atomOrientData[2],
752 <                   atomOrientData[3],
753 <                   atomOrientData[4],
754 <                   atomOrientData[5],
755 <                   atomOrientData[6]);
756 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
748 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
749 >                   atomTypeString,
750 >                   atomData6[0],
751 >                   atomData6[1],
752 >                   atomData6[2],
753 >                   atomData6[3],
754 >                   atomData6[4],
755 >                   atomData6[5]);
756 >          
757 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
758 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
759  
760          } else {
761 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
761 >          
762 >          sprintf( tempBuffer,
763 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
764 >                   atomTypeString,
765 >                   atomData13[0],
766 >                   atomData13[1],
767 >                   atomData13[2],
768 >                   atomData13[3],
769 >                   atomData13[4],
770 >                   atomData13[5],
771 >                   atomData13[6],
772 >                   atomData13[7],
773 >                   atomData13[8],
774 >                   atomData13[9],
775 >                   atomData13[10],
776 >                   atomData13[11],
777 >                   atomData13[12]);
778 >          
779 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
780 >          
781          }
782 <
782 >        
783          finalOut << writeLine;
784          finalOut.flush();
785        }
# Line 705 | Line 793 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
793    } else {
794  
795      // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
796 +
797 +    // Set my magic potato to 0:
798 +
799 +    myPotato = 0;
800      
801      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
802        
# Line 712 | Line 804 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
804        
805        if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
806  
807 +        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
808 +
809 +          // The potato was going to exceed the maximum value,
810 +          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
811 +          // node 0 says we can go:
812 +
813 +          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
814 +          
815 +        }
816 +
817          local_index=-1;
818          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
819            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
# Line 723 | Line 825 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
825            atoms[local_index]->getPos(pos);
826            atoms[local_index]->getVel(vel);
827  
828 <          atomTransData[0] = pos[0];
829 <          atomTransData[1] = pos[1];
830 <          atomTransData[2] = pos[2];
828 >          atomData6[0] = pos[0];
829 >          atomData6[1] = pos[1];
830 >          atomData6[2] = pos[2];
831  
832 <          atomTransData[3] = vel[0];
833 <          atomTransData[4] = vel[1];
834 <          atomTransData[5] = vel[2];
832 >          atomData6[3] = vel[0];
833 >          atomData6[4] = vel[1];
834 >          atomData6[5] = vel[2];
835            
836            isDirectional = 0;
837  
# Line 740 | Line 842 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
842              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
843              dAtom->getQ( q );
844              
845 <            atomOrientData[0] = q[0];
846 <            atomOrientData[1] = q[1];
847 <            atomOrientData[2] = q[2];
848 <            atomOrientData[3] = q[3];
845 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
846 >              atomData13[j] = atomData6[j];
847 >            
848 >            atomData13[6] = q[0];
849 >            atomData13[7] = q[1];
850 >            atomData13[8] = q[2];
851 >            atomData13[9] = q[3];
852  
853 <            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
854 <            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
855 <            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
853 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
854 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
855 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
856            }
857  
858          } else {
# Line 758 | Line 863 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
863            simError();
864          }
865  
761 –        // I've survived this far, so send off the data!
762 –
763 –        atomTypeTag          = 4*i;
764 –        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
765 –        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
766 –        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
767 –
866          strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
867  
868 +        // null terminate the string before sending (just in case):
869 +        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
870 +
871          MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
872 <                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
872 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
873          
874 +        myPotato++;
875 +
876          MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
877 <                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
877 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
878          
879 <        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
880 <                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
778 <
879 >        myPotato++;
880 >        
881          if (isDirectional) {
882  
883 <          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
884 <                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
883 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
884 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
885            
886 +        } else {
887 +
888 +          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
889 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
890          }
891 <      
891 >
892 >        myPotato++;      
893        }
894      }
895  
896      sprintf( checkPointMsg,
897 <             "Sucessfully wrote final file.\n");
897 >             "Sucessfully took a dump.\n");
898      MPIcheckPoint();        
899      
900 <  }
900 >  }
901    
795 –  painCave.isEventLoop = 0;
796 –
902    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
903   #endif // is_mpi
904   }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines