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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 378 by mmeineke, Fri Mar 21 17:42:12 2003 UTC vs.
Revision 919 by tim, Sat Jan 10 02:15:35 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 < #define TAKE_THIS_TAG 0
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void DieDieDie( void );
13 > }
14 >
15 > using namespace dWrite;
16   #endif //is_mpi
17  
18   #include "ReadWrite.hpp"
19   #include "simError.h"
20  
14 –
15 –
16 –
17 –
21   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
22  
23    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 22 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
26 <
27 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
38        painCave.isFatal = 1;
39        simError();
40      }
41 <  
41 >
42      //outFile.setf( ios::scientific );
43  
44   #ifdef IS_MPI
# Line 63 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74    int i;
75 +
76 + #ifdef IS_MPI
77 +  
78 +  int *potatoes;
79 +  int myPotato;
80 +
81 +  int nProc;
82 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
83 +  double atomData6[6];
84 +  double atomData13[13];
85 +  int isDirectional;
86 +  char* atomTypeString;
87 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
88 +
89 + #else //is_mpi
90 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
91 + #endif //is_mpi
92 +
93    double q[4];
94    DirectionalAtom* dAtom;
74 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
95    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
96 <    
96 >  double pos[3], vel[3];
97  
98 +  // write current frame to the eor file
99 +
100 +  this->writeFinal( currentTime );
101 +
102   #ifndef IS_MPI
103 <    
103 >
104    outFile << nAtoms << "\n";
105 <    
106 <  outFile << currentTime << "\t"
107 <          << entry_plug->box_x << "\t"
108 <          << entry_plug->box_y << "\t"
109 <          << entry_plug->box_z << "\n";
110 <    
105 >
106 >  outFile << currentTime << ";\t"
107 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
108 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
109 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
110 >
111 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
112 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
113 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
114 >
115 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
116 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
117 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
118 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
119 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
120 >  outFile << endl;
121 >
122    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
88 –      
123  
124 +    atoms[i]->getPos(pos);
125 +    atoms[i]->getVel(vel);
126 +
127      sprintf( tempBuffer,
128               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
129               atoms[i]->getType(),
130 <             atoms[i]->getX(),
131 <             atoms[i]->getY(),
132 <             atoms[i]->getZ(),
133 <             atoms[i]->get_vx(),
134 <             atoms[i]->get_vy(),
135 <             atoms[i]->get_vz());
130 >             pos[0],
131 >             pos[1],
132 >             pos[2],
133 >             vel[0],
134 >             vel[1],
135 >             vel[2]);
136      strcpy( writeLine, tempBuffer );
137  
138      if( atoms[i]->isDirectional() ){
139 <        
139 >
140        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
141        dAtom->getQ( q );
142 <        
142 >
143        sprintf( tempBuffer,
144                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
145                 q[0],
# Line 116 | Line 153 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
153      }
154      else
155        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
156 <      
156 >
157      outFile << writeLine;
158    }
159    outFile.flush();
160  
161   #else // is_mpi
162  
163 <  int masterIndex;
164 <  int nodeAtomsStart;
165 <  int nodeAtomsEnd;
166 <  int mpiErr;
167 <  int sendError;
168 <  int procIndex;
169 <    
170 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
163 >  cout << "master" <<endl;
164 >  /* code to find maximum tag value */
165 >  
166 >  int tagub, flag, MAXTAG;
167 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
168 >  if (flag) {
169 >    MAXTAG = tagub;
170 >  } else {
171 >    MAXTAG = 32767;
172 >  }  
173  
174 <    
174 >  int haveError;
175 >
176 >  MPI_Status istatus;
177 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
178 >
179    // write out header and node 0's coordinates
180  
181    if( worldRank == 0 ){
139 –    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
140 –      
141 –    outFile << currentTime << "\t"
142 –            << entry_plug->box_x << "\t"
143 –            << entry_plug->box_y << "\t"
144 –            << entry_plug->box_z << "\n";
182  
183 <    masterIndex = 0;
147 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
148 <      
149 <      sprintf( tempBuffer,
150 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
151 <               atoms[i]->getType(),
152 <               atoms[i]->getX(),
153 <               atoms[i]->getY(),
154 <               atoms[i]->getZ(),
155 <               atoms[i]->get_vx(),
156 <               atoms[i]->get_vy(),
157 <               atoms[i]->get_vz());
158 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
159 <        
160 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
161 <          
162 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
163 <        dAtom->getQ( q );
164 <          
165 <        sprintf( tempBuffer,
166 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
167 <                 q[0],
168 <                 q[1],
169 <                 q[2],
170 <                 q[3],
171 <                 dAtom->getJx(),
172 <                 dAtom->getJy(),
173 <                 dAtom->getJz());
174 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
175 <      }
176 <      else
177 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
178 <        
179 <      outFile << writeLine;
180 <      masterIndex++;
181 <    }
182 <    outFile.flush();
183 <  }
183 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
184  
185 <  sprintf( checkPointMsg,
186 <           "Sucessfully wrote node 0's dump configuration.\n");
187 <  MPIcheckPoint();
185 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
186 >    potatoes = new int[nProc];
187 >
188 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
189 >      potatoes[i] = 0;
190      
191 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
190 <       procIndex++){
191 >    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
192  
193 <    if( worldRank == 0 ){
193 >    outFile << currentTime << ";\t"
194 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
195 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
196 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
197 >
198 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
199 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
200 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
201 >
202 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
203 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
204 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
205 >
206 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
207 >    outFile << endl;
208 >    outFile.flush();
209 >
210 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
211        
212 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
195 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
212 >      // Get the Node number which has this atom;
213        
214 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
198 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
214 >      which_node = AtomToProcMap[i];
215        
216 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
201 <      // receiving node expects it to be.
202 <      
203 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
204 <        sendError = 1;
205 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
206 <                          MPI_COMM_WORLD);
207 <        sprintf(painCave.errMsg,
208 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
209 <                "node %d not equal to master index (%d)",
210 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
211 <        painCave.isFatal = 1;
212 <        simError();
213 <      }
214 <      
215 <      sendError = 0;
216 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
217 <                        MPI_COMM_WORLD);
218 <      
219 <      // recieve the nodes writeLines
220 <      
221 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
222 <        
223 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
224 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
225 <        
226 <        outFile << writeLine;
227 <        masterIndex++;
228 <      }
229 <    }
216 >      if (which_node != 0) {
217  
218 <    else if( worldRank == procIndex ){
218 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
219 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
220 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
221  
222 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
223 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
222 >          potatoes[which_node] = 0;          
223 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
224 >          
225 >        }
226  
227 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
228 <                        MPI_COMM_WORLD);
229 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
230 <                        MPI_COMM_WORLD);
231 <        
232 <      sendError = -1;
233 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
234 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
227 >        myPotato = potatoes[which_node];        
228 >        
229 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
230 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
231 >        
232 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
233 >        
234 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
235  
236 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
236 >        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
237  
238 <      // send current node's configuration line by line.
238 >        myPotato++;
239  
240 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
240 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
241 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
242 >              
243 >        myPotato++;
244  
245 <        sprintf( tempBuffer,
246 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
247 <                 atoms[i]->getType(),
248 <                 atoms[i]->getX(),
249 <                 atoms[i]->getY(),
250 <                 atoms[i]->getZ(),
251 <                 atoms[i]->get_vx(),
252 <                 atoms[i]->get_vy(),
253 <                 atoms[i]->get_vz()); // check here.
254 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
255 <          
256 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
257 <            
258 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
259 <          dAtom->getQ( q );
260 <            
261 <          sprintf( tempBuffer,
262 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
263 <                   q[0],
264 <                   q[1],
265 <                   q[2],
266 <                   q[3],
267 <                   dAtom->getJx(),
268 <                   dAtom->getJy(),
269 <                   dAtom->getJz());
270 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
245 >        if (isDirectional) {          
246 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
247 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
248 >        } else {
249 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
250 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
251 >        }
252 >        
253 >        myPotato++;
254 >        potatoes[which_node] = myPotato;
255 >
256 >      } else {
257 >        
258 >        haveError = 0;
259 >        which_atom = i;
260 >        local_index=-1;
261 >        
262 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
263 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
264 >        }
265 >        
266 >        if (local_index != -1) {
267 >          
268 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
269 >
270 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
271 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
272 >
273 >          atomData6[0] = pos[0];
274 >          atomData6[1] = pos[1];
275 >          atomData6[2] = pos[2];
276 >
277 >          atomData6[3] = vel[0];
278 >          atomData6[4] = vel[1];
279 >          atomData6[5] = vel[2];
280 >          
281 >          isDirectional = 0;
282 >
283 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
284 >
285 >            isDirectional = 1;
286 >            
287 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
288 >            dAtom->getQ( q );
289 >
290 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
291 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
292 >            
293 >            atomData13[6] = q[0];
294 >            atomData13[7] = q[1];
295 >            atomData13[8] = q[2];
296 >            atomData13[9] = q[3];
297 >            
298 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
299 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
300 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
301 >          }
302 >          
303 >        } else {
304 >          sprintf(painCave.errMsg,
305 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
306 >                  i, worldRank );
307 >          haveError= 1;
308 >          simError();
309          }
310 <        else
311 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
312 <          
313 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
314 <                          MPI_COMM_WORLD);
310 >        
311 >        if(haveError) DieDieDie();
312 >        
313 >        // If we've survived to here, format the line:
314 >        
315 >        if (!isDirectional) {
316 >
317 >          sprintf( tempBuffer,
318 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
319 >                   atomTypeString,
320 >                   atomData6[0],
321 >                   atomData6[1],
322 >                   atomData6[2],
323 >                   atomData6[3],
324 >                   atomData6[4],
325 >                   atomData6[5]);
326 >          
327 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
328 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
329 >
330 >        } else {
331 >          
332 >          sprintf( tempBuffer,
333 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
334 >                   atomTypeString,
335 >                   atomData13[0],
336 >                   atomData13[1],
337 >                   atomData13[2],
338 >                   atomData13[3],
339 >                   atomData13[4],
340 >                   atomData13[5],
341 >                   atomData13[6],
342 >                   atomData13[7],
343 >                   atomData13[8],
344 >                   atomData13[9],
345 >                   atomData13[10],
346 >                   atomData13[11],
347 >                   atomData13[12]);
348 >          
349 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
350 >          
351 >        }
352 >        
353 >        outFile << writeLine;
354 >        outFile.flush();
355        }
356      }
357 +
358 +    outFile.flush();
359 +    sprintf( checkPointMsg,
360 +             "Sucessfully took a dump.\n");
361 +    MPIcheckPoint();        
362 +    delete[] potatoes;
363 +  } else {
364 +
365 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
366 +
367 +    // Set my magic potato to 0:
368 +
369 +    myPotato = 0;
370 +    
371 +    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
372        
373 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
374 <            procIndex);
375 <    MPIcheckPoint();
376 <  }
373 >      // Am I the node which has this atom?
374 >      
375 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
376 >
377 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
378 >
379 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
380 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
381 >          // node 0 says we can go:
382 >
383 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
384 >          
385 >        }
386 >        which_atom = i;
387 >        local_index=-1;
388 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
389 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
390 >        }
391 >        if (local_index != -1) {
392 >        
393 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
394 >
395 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
396 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
397 >
398 >          atomData6[0] = pos[0];
399 >          atomData6[1] = pos[1];
400 >          atomData6[2] = pos[2];
401 >
402 >          atomData6[3] = vel[0];
403 >          atomData6[4] = vel[1];
404 >          atomData6[5] = vel[2];
405 >          
406 >          isDirectional = 0;
407 >
408 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
409 >
410 >            isDirectional = 1;
411 >            
412 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
413 >            dAtom->getQ( q );
414 >            
415 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
416 >              atomData13[j] = atomData6[j];
417 >            
418 >            atomData13[6] = q[0];
419 >            atomData13[7] = q[1];
420 >            atomData13[8] = q[2];
421 >            atomData13[9] = q[3];
422 >
423 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
424 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
425 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
426 >          }
427 >
428 >        } else {
429 >          sprintf(painCave.errMsg,
430 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
431 >                  i, worldRank );
432 >          haveError= 1;
433 >          simError();
434 >        }
435 >
436 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
437 >
438 >        // null terminate the string before sending (just in case):
439 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
440 >
441 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
442 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
443 >        
444 >        myPotato++;
445 >
446 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
447 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
448 >        
449 >        myPotato++;
450 >        
451 >        if (isDirectional) {
452 >
453 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
454 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
455 >          
456 >        } else {
457 >
458 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
459 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
460 >        }
461 >
462 >        myPotato++;      
463 >      }
464 >    }
465 >
466 >    sprintf( checkPointMsg,
467 >             "Sucessfully took a dump.\n");
468 >    MPIcheckPoint();        
469      
470 +  }
471 +  
472   #endif // is_mpi
473   }
474  
475 + void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
476  
477 +  char finalName[500];
478 +  ofstream finalOut;
479  
296 – void DumpWriter::writeFinal(){
297 –
298 –
480    const int BUFFERSIZE = 2000;
481 <  char tempBuffer[500];
481 >  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
482 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
483    char writeLine[BUFFERSIZE];
302 –  
303 –  char finalName[500];
484  
305 –  int i;
485    double q[4];
486    DirectionalAtom* dAtom;
308 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
487    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
488 +  int i;
489 + #ifdef IS_MPI
490    
491 <  ofstream finalOut;
492 <  
491 >  int *potatoes;
492 >  int myPotato;
493 >
494 >  int nProc;
495 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
496 >  double atomData6[6];
497 >  double atomData13[13];
498 >  int isDirectional;
499 >  char* atomTypeString;
500 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
501 >
502 > #else //is_mpi
503 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
504 > #endif //is_mpi
505 >
506 >  double pos[3], vel[3];
507 >
508   #ifdef IS_MPI
509    if(worldRank == 0 ){
510   #endif // is_mpi
511 <    
511 >
512      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
513 <    
513 >
514      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
515      if( !finalOut ){
516        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 324 | Line 519 | void DumpWriter::writeFinal(){
519        painCave.isFatal = 1;
520        simError();
521      }
522 <    
522 >
523      // finalOut.setf( ios::scientific );
524 <    
524 >
525   #ifdef IS_MPI
526    }
527 <  
527 >
528    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
529 <  MPIcheckPoint();  
530 <  
529 >  MPIcheckPoint();
530 >
531   #endif //is_mpi
532  
338 –    
533  
534   #ifndef IS_MPI
535 <    
535 >
536    finalOut << nAtoms << "\n";
537 <    
538 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
539 <           << entry_plug->box_y << "\t"
540 <           << entry_plug->box_z << "\n";
541 <    
537 >
538 >  finalOut << finalTime << ";\t"
539 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
540 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
541 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
542 >
543 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
544 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
545 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
546 >
547 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
548 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
549 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
550 >
551 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
552 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
553 >  finalOut << endl;
554 >
555    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
556 <      
556 >
557 >    atoms[i]->getPos(pos);
558 >    atoms[i]->getVel(vel);
559 >
560      sprintf( tempBuffer,
561               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
562               atoms[i]->getType(),
563 <             atoms[i]->getX(),
564 <             atoms[i]->getY(),
565 <             atoms[i]->getZ(),
566 <             atoms[i]->get_vx(),
567 <             atoms[i]->get_vy(),
568 <             atoms[i]->get_vz());
563 >             pos[0],
564 >             pos[1],
565 >             pos[2],
566 >             vel[0],
567 >             vel[1],
568 >             vel[2]);
569      strcpy( writeLine, tempBuffer );
570  
571      if( atoms[i]->isDirectional() ){
572 <        
572 >
573        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
574        dAtom->getQ( q );
575 <        
575 >
576        sprintf( tempBuffer,
577                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
578                 q[0],
# Line 376 | Line 586 | void DumpWriter::writeFinal(){
586      }
587      else
588        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
589 <      
589 >
590      finalOut << writeLine;
591    }
592    finalOut.flush();
593 +  finalOut.close();
594  
595   #else // is_mpi
596  
597 <  int masterIndex;
598 <  int nodeAtomsStart;
599 <  int nodeAtomsEnd;
600 <  int mpiErr;
601 <  int sendError;
602 <  int procIndex;
603 <    
604 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
597 >  /* code to find maximum tag value */
598 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
599 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
600 >  if (flag) {
601 >    MAXTAG = *tagub;
602 >  } else {
603 >    MAXTAG = 32767;
604 >  }  
605  
606 <    
606 >  int haveError;
607 >
608 >  MPI_Status istatus;
609 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
610 >
611    // write out header and node 0's coordinates
612  
613    if( worldRank == 0 ){
614 +
615 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
616 +
617 +    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
618 +    potatoes = new int[nProc];
619 +
620 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
621 +      potatoes[i] = 0;
622 +    
623      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
624 +
625 +    finalOut << finalTime << ";\t"
626 +            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
627 +            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
628 +            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
629 +
630 +            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
631 +            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
632 +            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
633 +
634 +            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
635 +            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
636 +            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
637 +
638 +    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
639 +    finalOut << endl;
640 +    finalOut.flush();
641 +
642 +    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
643        
644 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
402 <             << entry_plug->box_y << "\t"
403 <             << entry_plug->box_z << "\n";
404 <    
405 <    masterIndex = 0;
406 <    
407 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
644 >      // Get the Node number which has this atom;
645        
646 <      sprintf( tempBuffer,
647 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
648 <               atoms[i]->getType(),
412 <               atoms[i]->getX(),
413 <               atoms[i]->getY(),
414 <               atoms[i]->getZ(),
415 <               atoms[i]->get_vx(),
416 <               atoms[i]->get_vy(),
417 <               atoms[i]->get_vz());
418 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
419 <        
420 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
421 <          
422 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
423 <        dAtom->getQ( q );
424 <          
425 <        sprintf( tempBuffer,
426 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
427 <                 q[0],
428 <                 q[1],
429 <                 q[2],
430 <                 q[3],
431 <                 dAtom->getJx(),
432 <                 dAtom->getJy(),
433 <                 dAtom->getJz());
434 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
435 <      }
436 <      else
437 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
438 <        
439 <      finalOut << writeLine;
440 <      masterIndex++;
441 <    }
442 <    finalOut.flush();
443 <  }
444 <    
445 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
446 <       procIndex++){
646 >      which_node = AtomToProcMap[i];
647 >      
648 >      if (which_node != 0) {
649  
650 <    if( worldRank == 0 ){
651 <        
652 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
451 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
650 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
651 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
652 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
653  
654 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
655 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
656 <        
657 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
457 <      // receiving node expects it to be.
458 <        
459 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
460 <        sendError = 1;
461 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
462 <                          MPI_COMM_WORLD);
463 <        sprintf(painCave.errMsg,
464 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
465 <                "node %d not equal to master index (%d)",
466 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
467 <        painCave.isFatal = 1;
468 <        simError();
469 <      }
470 <        
471 <      sendError = 0;
472 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
473 <                        MPI_COMM_WORLD);
654 >          potatoes[which_node] = 0;          
655 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
656 >          
657 >        }
658  
659 <      // recieve the nodes writeLines
659 >        myPotato = potatoes[which_node];        
660 >        
661 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
662 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
663 >        
664 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
665 >        
666 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
667  
668 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
478 <          
479 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
480 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
668 >        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
669  
670 <        finalOut << writeLine;
483 <        masterIndex++;
484 <      }
670 >        myPotato++;
671  
672 <      finalOut.flush();
673 <    }
672 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
673 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
674 >              
675 >        myPotato++;
676  
677 <    else if( worldRank == procIndex ){
677 >        if (isDirectional) {          
678 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
679 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
680 >        } else {
681 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
682 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
683 >        }
684 >        
685 >        myPotato++;
686 >        potatoes[which_node] = myPotato;
687  
688 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
689 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
690 <        
691 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
692 <                        MPI_COMM_WORLD);
693 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
694 <                        MPI_COMM_WORLD);
695 <        
696 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
697 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
698 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
699 <
700 <      // send current node's configuration line by line.
688 >      } else {
689 >        
690 >        haveError = 0;
691 >        which_atom = i;
692 >        local_index=-1;
693 >        
694 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
695 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
696 >        }
697 >        
698 >        if (local_index != -1) {
699 >          
700 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
701  
702 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
703 <          
704 <        sprintf( tempBuffer,
705 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
706 <                 atoms[i]->getType(),
707 <                 atoms[i]->getX(),
708 <                 atoms[i]->getY(),
709 <                 atoms[i]->getZ(),
710 <                 atoms[i]->get_vx(),
711 <                 atoms[i]->get_vy(),
712 <                 atoms[i]->get_vz());
713 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
714 <          
715 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
716 <            
717 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
718 <          dAtom->getQ( q );
719 <            
720 <          sprintf( tempBuffer,
721 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
722 <                   q[0],
723 <                   q[1],
724 <                   q[2],
725 <                   q[3],
726 <                   dAtom->getJx(),
727 <                   dAtom->getJy(),
728 <                   dAtom->getJz());
729 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
702 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
703 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
704 >
705 >          atomData6[0] = pos[0];
706 >          atomData6[1] = pos[1];
707 >          atomData6[2] = pos[2];
708 >
709 >          atomData6[3] = vel[0];
710 >          atomData6[4] = vel[1];
711 >          atomData6[5] = vel[2];
712 >          
713 >          isDirectional = 0;
714 >
715 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
716 >
717 >            isDirectional = 1;
718 >            
719 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
720 >            dAtom->getQ( q );
721 >
722 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
723 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
724 >            
725 >            atomData13[6] = q[0];
726 >            atomData13[7] = q[1];
727 >            atomData13[8] = q[2];
728 >            atomData13[9] = q[3];
729 >            
730 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
731 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
732 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
733 >          }
734 >          
735 >        } else {
736 >          sprintf(painCave.errMsg,
737 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
738 >                  i, worldRank );
739 >          haveError= 1;
740 >          simError();
741          }
742 <        else
743 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
744 <          
745 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
746 <                          MPI_COMM_WORLD);
742 >        
743 >        if(haveError) DieDieDie();
744 >        
745 >        // If we've survived to here, format the line:
746 >        
747 >        if (!isDirectional) {
748 >
749 >          sprintf( tempBuffer,
750 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
751 >                   atomTypeString,
752 >                   atomData6[0],
753 >                   atomData6[1],
754 >                   atomData6[2],
755 >                   atomData6[3],
756 >                   atomData6[4],
757 >                   atomData6[5]);
758 >          
759 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
760 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
761 >
762 >        } else {
763 >          
764 >          sprintf( tempBuffer,
765 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
766 >                   atomTypeString,
767 >                   atomData13[0],
768 >                   atomData13[1],
769 >                   atomData13[2],
770 >                   atomData13[3],
771 >                   atomData13[4],
772 >                   atomData13[5],
773 >                   atomData13[6],
774 >                   atomData13[7],
775 >                   atomData13[8],
776 >                   atomData13[9],
777 >                   atomData13[10],
778 >                   atomData13[11],
779 >                   atomData13[12]);
780 >          
781 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
782 >          
783 >        }
784 >        
785 >        finalOut << writeLine;
786 >        finalOut.flush();
787        }
788      }
789 +
790 +    finalOut.flush();
791 +    sprintf( checkPointMsg,
792 +             "Sucessfully took a dump.\n");
793 +    delete[] potatoes;
794 +      
795 +    MPIcheckPoint();        
796 +    
797 +  } else {
798 +
799 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
800 +
801 +    // Set my magic potato to 0:
802 +
803 +    myPotato = 0;
804 +    
805 +    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
806        
807 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
808 <            procIndex);
809 <    MPIcheckPoint();
545 <  }
807 >      // Am I the node which has this atom?
808 >      
809 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
810  
811 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
811 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
812  
813 +          // The potato was going to exceed the maximum value,
814 +          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
815 +          // node 0 says we can go:
816 +
817 +          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
818 +          
819 +        }
820 +        which_atom = i;  
821 +        local_index=-1;
822 +        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
823 +          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
824 +        }
825 +        if (local_index != -1) {
826 +        
827 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
828 +
829 +          atoms[local_index]->getPos(pos);
830 +          atoms[local_index]->getVel(vel);
831 +
832 +          atomData6[0] = pos[0];
833 +          atomData6[1] = pos[1];
834 +          atomData6[2] = pos[2];
835 +
836 +          atomData6[3] = vel[0];
837 +          atomData6[4] = vel[1];
838 +          atomData6[5] = vel[2];
839 +          
840 +          isDirectional = 0;
841 +
842 +          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
843 +
844 +            isDirectional = 1;
845 +            
846 +            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
847 +            dAtom->getQ( q );
848 +            
849 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
850 +              atomData13[j] = atomData6[j];
851 +            
852 +            atomData13[6] = q[0];
853 +            atomData13[7] = q[1];
854 +            atomData13[8] = q[2];
855 +            atomData13[9] = q[3];
856 +
857 +            atomData13[10] = dAtom->getJx();
858 +            atomData13[11] = dAtom->getJy();
859 +            atomData13[12] = dAtom->getJz();
860 +          }
861 +
862 +        } else {
863 +          sprintf(painCave.errMsg,
864 +                  "Atom %d not found on processor %d\n",
865 +                  i, worldRank );
866 +          haveError= 1;
867 +          simError();
868 +        }
869 +
870 +        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
871 +
872 +        // null terminate the string before sending (just in case):
873 +        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
874 +
875 +        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
876 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
877 +        
878 +        myPotato++;
879 +
880 +        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
881 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
882 +        
883 +        myPotato++;
884 +        
885 +        if (isDirectional) {
886 +
887 +          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
888 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
889 +          
890 +        } else {
891 +
892 +          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
893 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
894 +        }
895 +
896 +        myPotato++;      
897 +      }
898 +    }
899 +
900 +    sprintf( checkPointMsg,
901 +             "Sucessfully took a dump.\n");
902 +    MPIcheckPoint();        
903      
904 +  }
905 +  
906 +  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
907   #endif // is_mpi
908   }
909 +
910 +
911 +
912 + #ifdef IS_MPI
913 +
914 + // a couple of functions to let us escape the write loop
915 +
916 + void dWrite::DieDieDie( void ){
917 +
918 +  MPI_Finalize();
919 +  exit (0);
920 + }
921 +
922 + #endif //is_mpi

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