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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 415 by gezelter, Wed Mar 26 22:24:49 2003 UTC vs.
Revision 919 by tim, Sat Jan 10 02:15:35 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 < #define TAKE_THIS_TAG 0
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void DieDieDie( void );
13 > }
14 >
15 > using namespace dWrite;
16   #endif //is_mpi
17  
18   #include "ReadWrite.hpp"
19   #include "simError.h"
20  
14 – #define GAME_OVER -1
15 –
21   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
22  
23    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 20 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
24 <
25 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
38        painCave.isFatal = 1;
39        simError();
40      }
41 <  
41 >
42      //outFile.setf( ios::scientific );
43  
44   #ifdef IS_MPI
# Line 61 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74    int i;
75 +
76 + #ifdef IS_MPI
77 +  
78 +  int *potatoes;
79 +  int myPotato;
80 +
81 +  int nProc;
82 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
83 +  double atomData6[6];
84 +  double atomData13[13];
85 +  int isDirectional;
86 +  char* atomTypeString;
87 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
88 +
89 + #else //is_mpi
90 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
91 + #endif //is_mpi
92 +
93    double q[4];
94    DirectionalAtom* dAtom;
72 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
95    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
96 <    
96 >  double pos[3], vel[3];
97  
98 +  // write current frame to the eor file
99 +
100 +  this->writeFinal( currentTime );
101 +
102   #ifndef IS_MPI
103 <    
103 >
104    outFile << nAtoms << "\n";
105 <    
106 <  outFile << currentTime << "\t"
107 <          << entry_plug->box_x << "\t"
108 <          << entry_plug->box_y << "\t"
109 <          << entry_plug->box_z << "\n";
110 <    
105 >
106 >  outFile << currentTime << ";\t"
107 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
108 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
109 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
110 >
111 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
112 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
113 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
114 >
115 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
116 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
117 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
118 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
119 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
120 >  outFile << endl;
121 >
122    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
86 –      
123  
124 +    atoms[i]->getPos(pos);
125 +    atoms[i]->getVel(vel);
126 +
127      sprintf( tempBuffer,
128               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
129               atoms[i]->getType(),
130 <             atoms[i]->getX(),
131 <             atoms[i]->getY(),
132 <             atoms[i]->getZ(),
133 <             atoms[i]->get_vx(),
134 <             atoms[i]->get_vy(),
135 <             atoms[i]->get_vz());
130 >             pos[0],
131 >             pos[1],
132 >             pos[2],
133 >             vel[0],
134 >             vel[1],
135 >             vel[2]);
136      strcpy( writeLine, tempBuffer );
137  
138      if( atoms[i]->isDirectional() ){
139 <        
139 >
140        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
141        dAtom->getQ( q );
142 <        
142 >
143        sprintf( tempBuffer,
144                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
145                 q[0],
# Line 114 | Line 153 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
153      }
154      else
155        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
156 <      
156 >
157      outFile << writeLine;
158    }
159    outFile.flush();
160  
161   #else // is_mpi
162 +
163 +  cout << "master" <<endl;
164 +  /* code to find maximum tag value */
165    
166 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
167 <  
166 >  int tagub, flag, MAXTAG;
167 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
168 >  if (flag) {
169 >    MAXTAG = tagub;
170 >  } else {
171 >    MAXTAG = 32767;
172 >  }  
173 >
174 >  int haveError;
175 >
176 >  MPI_Status istatus;
177 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
178 >
179    // write out header and node 0's coordinates
180 <  
180 >
181    if( worldRank == 0 ){
182 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
182 >
183 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
184 >
185 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
186 >    potatoes = new int[nProc];
187 >
188 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
189 >      potatoes[i] = 0;
190      
191 <    outFile << currentTime << "\t"
192 <            << entry_plug->box_x << "\t"
193 <            << entry_plug->box_y << "\t"
194 <            << entry_plug->box_z << "\n";
195 <    
196 <    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
197 <      // Get the Node number which has this molecule:
191 >    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
192 >
193 >    outFile << currentTime << ";\t"
194 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
195 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
196 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
197 >
198 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
199 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
200 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
201 >
202 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
203 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
204 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
205 >
206 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
207 >    outFile << endl;
208 >    outFile.flush();
209 >
210 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
211        
212 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
212 >      // Get the Node number which has this atom;
213        
214 <      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
214 >      which_node = AtomToProcMap[i];
215 >      
216 >      if (which_node != 0) {
217 >
218 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
219 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
220 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
221 >
222 >          potatoes[which_node] = 0;          
223 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
224 >          
225 >        }
226 >
227 >        myPotato = potatoes[which_node];        
228          
229 <        sprintf( tempBuffer,
230 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
231 <                 atoms[i]->getType(),
232 <                 atoms[i]->getX(),
233 <                 atoms[i]->getY(),
234 <                 atoms[i]->getZ(),
235 <                 atoms[i]->get_vx(),
236 <                 atoms[i]->get_vy(),
237 <                 atoms[i]->get_vz());
238 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
239 <        
240 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
241 <          
242 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
243 <          dAtom->getQ( q );
244 <          
245 <          sprintf( tempBuffer,
246 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
247 <                   q[0],
248 <                   q[1],
249 <                   q[2],
250 <                   q[3],
165 <                   dAtom->getJx(),
166 <                   dAtom->getJy(),
167 <                   dAtom->getJz());
168 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
229 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
230 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
231 >        
232 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
233 >        
234 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
235 >
236 >        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
237 >
238 >        myPotato++;
239 >
240 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
241 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
242 >              
243 >        myPotato++;
244 >
245 >        if (isDirectional) {          
246 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
247 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
248 >        } else {
249 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
250 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
251          }
170 –        else
171 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
252          
253 +        myPotato++;
254 +        potatoes[which_node] = myPotato;
255 +
256        } else {
257          
258 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
259 <        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
260 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
261 <      }
262 <      
263 <      outFile << writeLine;
264 <    }
265 <    
266 <    // kill everyone off:
267 <    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
268 <      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
186 <    }
258 >        haveError = 0;
259 >        which_atom = i;
260 >        local_index=-1;
261 >        
262 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
263 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
264 >        }
265 >        
266 >        if (local_index != -1) {
267 >          
268 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
269  
270 <  } else {
271 <    
190 <    done = 0;
191 <    while (!done) {
192 <      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
193 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
270 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
271 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
272  
273 <      if (which_atom == GAME_OVER) {
274 <        done=1;
275 <        continue;
198 <      } else {
273 >          atomData6[0] = pos[0];
274 >          atomData6[1] = pos[1];
275 >          atomData6[2] = pos[2];
276  
277 <        //format the line
278 <        sprintf( tempBuffer,
279 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
280 <                 atoms[which_atom]->getType(),
281 <                 atoms[which_atom]->getX(),
282 <                 atoms[which_atom]->getY(),
283 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
284 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
285 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
286 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
287 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
288 <          
289 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
290 <            
291 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
292 <          dAtom->getQ( q );
293 <            
294 <          sprintf( tempBuffer,
295 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
296 <                   q[0],
297 <                   q[1],
298 <                   q[2],
299 <                   q[3],
300 <                   dAtom->getJx(),
301 <                   dAtom->getJy(),
302 <                   dAtom->getJz());
303 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
277 >          atomData6[3] = vel[0];
278 >          atomData6[4] = vel[1];
279 >          atomData6[5] = vel[2];
280 >          
281 >          isDirectional = 0;
282 >
283 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
284 >
285 >            isDirectional = 1;
286 >            
287 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
288 >            dAtom->getQ( q );
289 >
290 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
291 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
292 >            
293 >            atomData13[6] = q[0];
294 >            atomData13[7] = q[1];
295 >            atomData13[8] = q[2];
296 >            atomData13[9] = q[3];
297 >            
298 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
299 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
300 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
301 >          }
302 >          
303 >        } else {
304 >          sprintf(painCave.errMsg,
305 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
306 >                  i, worldRank );
307 >          haveError= 1;
308 >          simError();
309          }
228 –        else
229 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
310          
311 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
312 <                             TAKE_THIS_TAG);
311 >        if(haveError) DieDieDie();
312 >        
313 >        // If we've survived to here, format the line:
314 >        
315 >        if (!isDirectional) {
316 >
317 >          sprintf( tempBuffer,
318 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
319 >                   atomTypeString,
320 >                   atomData6[0],
321 >                   atomData6[1],
322 >                   atomData6[2],
323 >                   atomData6[3],
324 >                   atomData6[4],
325 >                   atomData6[5]);
326 >          
327 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
328 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
329 >
330 >        } else {
331 >          
332 >          sprintf( tempBuffer,
333 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
334 >                   atomTypeString,
335 >                   atomData13[0],
336 >                   atomData13[1],
337 >                   atomData13[2],
338 >                   atomData13[3],
339 >                   atomData13[4],
340 >                   atomData13[5],
341 >                   atomData13[6],
342 >                   atomData13[7],
343 >                   atomData13[8],
344 >                   atomData13[9],
345 >                   atomData13[10],
346 >                   atomData13[11],
347 >                   atomData13[12]);
348 >          
349 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
350 >          
351 >        }
352 >        
353 >        outFile << writeLine;
354 >        outFile.flush();
355        }
356      }
357 <  }  
358 <  outFile.flush();
359 <  sprintf( checkPointMsg,
360 <           "Sucessfully took a dump.\n");
361 <  MPIcheckPoint();
357 >
358 >    outFile.flush();
359 >    sprintf( checkPointMsg,
360 >             "Sucessfully took a dump.\n");
361 >    MPIcheckPoint();        
362 >    delete[] potatoes;
363 >  } else {
364 >
365 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
366 >
367 >    // Set my magic potato to 0:
368 >
369 >    myPotato = 0;
370 >    
371 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
372 >      
373 >      // Am I the node which has this atom?
374 >      
375 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
376 >
377 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
378 >
379 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
380 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
381 >          // node 0 says we can go:
382 >
383 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
384 >          
385 >        }
386 >        which_atom = i;
387 >        local_index=-1;
388 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
389 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
390 >        }
391 >        if (local_index != -1) {
392 >        
393 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
394 >
395 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
396 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
397 >
398 >          atomData6[0] = pos[0];
399 >          atomData6[1] = pos[1];
400 >          atomData6[2] = pos[2];
401 >
402 >          atomData6[3] = vel[0];
403 >          atomData6[4] = vel[1];
404 >          atomData6[5] = vel[2];
405 >          
406 >          isDirectional = 0;
407 >
408 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
409 >
410 >            isDirectional = 1;
411 >            
412 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
413 >            dAtom->getQ( q );
414 >            
415 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
416 >              atomData13[j] = atomData6[j];
417 >            
418 >            atomData13[6] = q[0];
419 >            atomData13[7] = q[1];
420 >            atomData13[8] = q[2];
421 >            atomData13[9] = q[3];
422 >
423 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
424 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
425 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
426 >          }
427 >
428 >        } else {
429 >          sprintf(painCave.errMsg,
430 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
431 >                  i, worldRank );
432 >          haveError= 1;
433 >          simError();
434 >        }
435 >
436 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
437 >
438 >        // null terminate the string before sending (just in case):
439 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
440 >
441 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
442 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
443 >        
444 >        myPotato++;
445 >
446 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
447 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
448 >        
449 >        myPotato++;
450 >        
451 >        if (isDirectional) {
452 >
453 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
454 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
455 >          
456 >        } else {
457 >
458 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
459 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
460 >        }
461 >
462 >        myPotato++;      
463 >      }
464 >    }
465 >
466 >    sprintf( checkPointMsg,
467 >             "Sucessfully took a dump.\n");
468 >    MPIcheckPoint();        
469 >    
470 >  }
471 >  
472   #endif // is_mpi
473   }
474  
475 < void DumpWriter::writeFinal(){
476 <  
475 > void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
476 >
477    char finalName[500];
478    ofstream finalOut;
479 +
480 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
481 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
482 +  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
483 +  char writeLine[BUFFERSIZE];
484 +
485 +  double q[4];
486 +  DirectionalAtom* dAtom;
487 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
488 +  int i;
489 + #ifdef IS_MPI
490    
491 +  int *potatoes;
492 +  int myPotato;
493 +
494 +  int nProc;
495 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
496 +  double atomData6[6];
497 +  double atomData13[13];
498 +  int isDirectional;
499 +  char* atomTypeString;
500 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
501 +
502 + #else //is_mpi
503 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
504 + #endif //is_mpi
505 +
506 +  double pos[3], vel[3];
507 +
508   #ifdef IS_MPI
509    if(worldRank == 0 ){
510   #endif // is_mpi
511 <    
511 >
512      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
513 <    
513 >
514      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
515      if( !finalOut ){
516        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 259 | Line 519 | void DumpWriter::writeFinal(){
519        painCave.isFatal = 1;
520        simError();
521      }
522 <    
522 >
523      // finalOut.setf( ios::scientific );
524 <    
524 >
525   #ifdef IS_MPI
526    }
527 <  
527 >
528    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
529 <  MPIcheckPoint();  
530 <  
529 >  MPIcheckPoint();
530 >
531   #endif //is_mpi
532  
533 <  
533 >
534   #ifndef IS_MPI
535 <    
535 >
536    finalOut << nAtoms << "\n";
537 <    
538 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
539 <           << entry_plug->box_y << "\t"
540 <           << entry_plug->box_z << "\n";
541 <    
537 >
538 >  finalOut << finalTime << ";\t"
539 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
540 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
541 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
542 >
543 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
544 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
545 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
546 >
547 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
548 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
549 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
550 >
551 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
552 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
553 >  finalOut << endl;
554 >
555    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
556 <      
556 >
557 >    atoms[i]->getPos(pos);
558 >    atoms[i]->getVel(vel);
559 >
560      sprintf( tempBuffer,
561               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
562               atoms[i]->getType(),
563 <             atoms[i]->getX(),
564 <             atoms[i]->getY(),
565 <             atoms[i]->getZ(),
566 <             atoms[i]->get_vx(),
567 <             atoms[i]->get_vy(),
568 <             atoms[i]->get_vz());
563 >             pos[0],
564 >             pos[1],
565 >             pos[2],
566 >             vel[0],
567 >             vel[1],
568 >             vel[2]);
569      strcpy( writeLine, tempBuffer );
570  
571      if( atoms[i]->isDirectional() ){
572 <        
572 >
573        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
574        dAtom->getQ( q );
575 <        
575 >
576        sprintf( tempBuffer,
577                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
578                 q[0],
# Line 310 | Line 586 | void DumpWriter::writeFinal(){
586      }
587      else
588        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
589 <      
589 >
590      finalOut << writeLine;
591    }
592    finalOut.flush();
593    finalOut.close();
594  
595   #else // is_mpi
596 <  
597 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
598 <  
596 >
597 >  /* code to find maximum tag value */
598 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
599 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
600 >  if (flag) {
601 >    MAXTAG = *tagub;
602 >  } else {
603 >    MAXTAG = 32767;
604 >  }  
605 >
606 >  int haveError;
607 >
608 >  MPI_Status istatus;
609 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
610 >
611    // write out header and node 0's coordinates
612 <  
612 >
613    if( worldRank == 0 ){
614 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
614 >
615 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
616 >
617 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
618 >    potatoes = new int[nProc];
619 >
620 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
621 >      potatoes[i] = 0;
622      
623 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
624 <            << entry_plug->box_y << "\t"
625 <            << entry_plug->box_z << "\n";
626 <    
627 <    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
628 <      // Get the Node number which has this molecule:
623 >    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
624 >
625 >    finalOut << finalTime << ";\t"
626 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
627 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
628 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
629 >
630 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
631 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
632 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
633 >
634 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
635 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
636 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
637 >
638 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
639 >    finalOut << endl;
640 >    finalOut.flush();
641 >
642 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
643        
644 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
644 >      // Get the Node number which has this atom;
645        
646 <      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
646 >      which_node = AtomToProcMap[i];
647 >      
648 >      if (which_node != 0) {
649 >
650 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
651 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
652 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
653 >
654 >          potatoes[which_node] = 0;          
655 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
656 >          
657 >        }
658 >
659 >        myPotato = potatoes[which_node];        
660          
661 <        sprintf( tempBuffer,
662 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
663 <                 atoms[i]->getType(),
664 <                 atoms[i]->getX(),
665 <                 atoms[i]->getY(),
666 <                 atoms[i]->getZ(),
667 <                 atoms[i]->get_vx(),
668 <                 atoms[i]->get_vy(),
669 <                 atoms[i]->get_vz());
670 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
671 <        
672 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
673 <          
674 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
675 <          dAtom->getQ( q );
676 <          
677 <          sprintf( tempBuffer,
678 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
679 <                   q[0],
680 <                   q[1],
681 <                   q[2],
682 <                   q[3],
361 <                   dAtom->getJx(),
362 <                   dAtom->getJy(),
363 <                   dAtom->getJz());
364 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
661 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
662 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
663 >        
664 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
665 >        
666 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
667 >
668 >        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
669 >
670 >        myPotato++;
671 >
672 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
673 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
674 >              
675 >        myPotato++;
676 >
677 >        if (isDirectional) {          
678 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
679 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
680 >        } else {
681 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
682 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
683          }
366 –        else
367 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
684          
685 +        myPotato++;
686 +        potatoes[which_node] = myPotato;
687 +
688        } else {
689          
690 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
691 <        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
692 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
693 <      }
694 <      
695 <      finalOut << writeLine;
696 <    }
697 <    
698 <    // kill everyone off:
699 <    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
700 <      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
382 <    }
690 >        haveError = 0;
691 >        which_atom = i;
692 >        local_index=-1;
693 >        
694 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
695 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
696 >        }
697 >        
698 >        if (local_index != -1) {
699 >          
700 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
701  
702 <  } else {
703 <    
386 <    done = 0;
387 <    while (!done) {
388 <      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
389 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
702 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
703 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
704  
705 <      if (which_atom == GAME_OVER) {
706 <        done=1;
707 <        continue;
394 <      } else {
705 >          atomData6[0] = pos[0];
706 >          atomData6[1] = pos[1];
707 >          atomData6[2] = pos[2];
708  
709 <        //format the line
710 <        sprintf( tempBuffer,
711 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
712 <                 atoms[which_atom]->getType(),
713 <                 atoms[which_atom]->getX(),
714 <                 atoms[which_atom]->getY(),
715 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
716 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
717 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
718 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
719 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
720 <          
721 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
722 <            
723 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
724 <          dAtom->getQ( q );
725 <            
726 <          sprintf( tempBuffer,
727 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
728 <                   q[0],
729 <                   q[1],
730 <                   q[2],
731 <                   q[3],
732 <                   dAtom->getJx(),
733 <                   dAtom->getJy(),
734 <                   dAtom->getJz());
735 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
709 >          atomData6[3] = vel[0];
710 >          atomData6[4] = vel[1];
711 >          atomData6[5] = vel[2];
712 >          
713 >          isDirectional = 0;
714 >
715 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
716 >
717 >            isDirectional = 1;
718 >            
719 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
720 >            dAtom->getQ( q );
721 >
722 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
723 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
724 >            
725 >            atomData13[6] = q[0];
726 >            atomData13[7] = q[1];
727 >            atomData13[8] = q[2];
728 >            atomData13[9] = q[3];
729 >            
730 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
731 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
732 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
733 >          }
734 >          
735 >        } else {
736 >          sprintf(painCave.errMsg,
737 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
738 >                  i, worldRank );
739 >          haveError= 1;
740 >          simError();
741          }
424 –        else
425 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
742          
743 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
744 <                             TAKE_THIS_TAG);
743 >        if(haveError) DieDieDie();
744 >        
745 >        // If we've survived to here, format the line:
746 >        
747 >        if (!isDirectional) {
748 >
749 >          sprintf( tempBuffer,
750 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
751 >                   atomTypeString,
752 >                   atomData6[0],
753 >                   atomData6[1],
754 >                   atomData6[2],
755 >                   atomData6[3],
756 >                   atomData6[4],
757 >                   atomData6[5]);
758 >          
759 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
760 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
761 >
762 >        } else {
763 >          
764 >          sprintf( tempBuffer,
765 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
766 >                   atomTypeString,
767 >                   atomData13[0],
768 >                   atomData13[1],
769 >                   atomData13[2],
770 >                   atomData13[3],
771 >                   atomData13[4],
772 >                   atomData13[5],
773 >                   atomData13[6],
774 >                   atomData13[7],
775 >                   atomData13[8],
776 >                   atomData13[9],
777 >                   atomData13[10],
778 >                   atomData13[11],
779 >                   atomData13[12]);
780 >          
781 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
782 >          
783 >        }
784 >        
785 >        finalOut << writeLine;
786 >        finalOut.flush();
787        }
788      }
431 –  }  
432 –  finalOut.flush();
433 –  sprintf( checkPointMsg,
434 –           "Sucessfully took a dump.\n");
435 –  MPIcheckPoint();
789  
790 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
790 >    finalOut.flush();
791 >    sprintf( checkPointMsg,
792 >             "Sucessfully took a dump.\n");
793 >    delete[] potatoes;
794 >      
795 >    MPIcheckPoint();        
796 >    
797 >  } else {
798 >
799 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
800 >
801 >    // Set my magic potato to 0:
802 >
803 >    myPotato = 0;
804 >    
805 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
806 >      
807 >      // Am I the node which has this atom?
808 >      
809 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
810 >
811 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
812 >
813 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
814 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
815 >          // node 0 says we can go:
816 >
817 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
818 >          
819 >        }
820 >        which_atom = i;  
821 >        local_index=-1;
822 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
823 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
824 >        }
825 >        if (local_index != -1) {
826 >        
827 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
828 >
829 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
830 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
831 >
832 >          atomData6[0] = pos[0];
833 >          atomData6[1] = pos[1];
834 >          atomData6[2] = pos[2];
835 >
836 >          atomData6[3] = vel[0];
837 >          atomData6[4] = vel[1];
838 >          atomData6[5] = vel[2];
839 >          
840 >          isDirectional = 0;
841 >
842 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
843 >
844 >            isDirectional = 1;
845 >            
846 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
847 >            dAtom->getQ( q );
848 >            
849 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
850 >              atomData13[j] = atomData6[j];
851 >            
852 >            atomData13[6] = q[0];
853 >            atomData13[7] = q[1];
854 >            atomData13[8] = q[2];
855 >            atomData13[9] = q[3];
856 >
857 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
858 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
859 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
860 >          }
861 >
862 >        } else {
863 >          sprintf(painCave.errMsg,
864 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
865 >                  i, worldRank );
866 >          haveError= 1;
867 >          simError();
868 >        }
869 >
870 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
871 >
872 >        // null terminate the string before sending (just in case):
873 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
874 >
875 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
876 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
877 >        
878 >        myPotato++;
879 >
880 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
881 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
882 >        
883 >        myPotato++;
884 >        
885 >        if (isDirectional) {
886 >
887 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
888 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
889 >          
890 >        } else {
891 >
892 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
893 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
894 >        }
895 >
896 >        myPotato++;      
897 >      }
898 >    }
899 >
900 >    sprintf( checkPointMsg,
901 >             "Sucessfully took a dump.\n");
902 >    MPIcheckPoint();        
903 >    
904 >  }
905 >  
906 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
907   #endif // is_mpi
908   }
909 +
910 +
911 +
912 + #ifdef IS_MPI
913 +
914 + // a couple of functions to let us escape the write loop
915 +
916 + void dWrite::DieDieDie( void ){
917 +
918 +  MPI_Finalize();
919 +  exit (0);
920 + }
921 +
922 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
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> Changed lines