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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 419 by gezelter, Thu Mar 27 15:07:29 2003 UTC vs.
Revision 934 by tim, Tue Jan 13 20:04:28 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6 + #include <algorithm>
7 + #include <utility>
8  
9   #ifdef IS_MPI
10   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
11   #include "mpiSimulation.hpp"
12 < #define TAKE_THIS_TAG 0
12 >
13 > namespace dWrite{
14 >  void DieDieDie( void );
15 > }
16 >
17 > using namespace dWrite;
18   #endif //is_mpi
19  
20   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 19 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27   #ifdef IS_MPI
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30 <    
31 <
32 <    
33 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
34 <    
35 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
28 <    
29 <    if( !outFile ){
30 <      
30 >
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
37 –  
38 –    //outFile.setf( ios::scientific );
42  
43 +    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
44 +    if( !finalOut ){
45 +      sprintf( painCave.errMsg,
46 +               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
47 +               entry_plug->finalName );
48 +      painCave.isFatal = 1;
49 +      simError();
50 +    }
51 +
52   #ifdef IS_MPI
53    }
54  
55 +  //sort the local atoms by global index
56 +  sortByGlobalIndex();
57 +  
58    sprintf( checkPointMsg,
59             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
60    MPIcheckPoint();
# Line 52 | Line 67 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
67    if(worldRank == 0 ){
68   #endif // is_mpi
69  
70 <    outFile.close();
70 >    dumpFile.close();
71 >    finalOut.close();
72  
73   #ifdef IS_MPI
74    }
75   #endif // is_mpi
76   }
77  
78 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
78 > #ifdef IS_MPI
79 >
80 > /**
81 > * A hook function to load balancing
82 > */
83 >
84 > void DumpWriter::update(){
85 >  sortByGlobalIndex();          
86 > }
87    
88 + /**
89 + * Auxiliary sorting function
90 + */
91 +
92 + bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
93 +  return p1.second < p2.second;
94 + }
95 +
96 + /**
97 + * Sorting the local index by global index
98 + */
99 +
100 + void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
101 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
102 +  
103 +  indexArray.clear();
104 +  
105 +  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
106 +    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
107 +  
108 +  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
109 + }
110 + #endif
111 +
112 + void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
113 +
114 +  vector<ofstream*> fileStreams;
115 +
116 + #ifdef IS_MPI
117 +  if(worldRank == 0 ){
118 +    finalOut.seekp(0);
119 +  }
120 + #endif // is_mpi
121 +
122 +  fileStreams.push_back(&finalOut);
123 +  fileStreams.push_back(&dumpFile);
124 +
125 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
126 +        
127 + }
128 +
129 + void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
130 +
131 +  vector<ofstream*> fileStreams;
132 +
133 + #ifdef IS_MPI
134 +  if(worldRank == 0 ){
135 +    finalOut.seekp(0);
136 +  }
137 + #endif // is_mpi
138 +  
139 +  fileStreams.push_back(&finalOut);  
140 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
141 +  
142 + }
143 +
144 + void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
145 +
146    const int BUFFERSIZE = 2000;
147 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
148 +
149    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
150    char writeLine[BUFFERSIZE];
151  
152 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
152 >  int i, k;
153 >
154 > #ifdef IS_MPI
155 >  
156 >  int *potatoes;
157 >  int myPotato;
158 >
159 >  int nProc;
160 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
161 >  double atomData6[6];
162 >  double atomData13[13];
163 >  int isDirectional;
164 >  char* atomTypeString;
165 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
166 >
167 > #else //is_mpi
168 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
169 > #endif //is_mpi
170 >
171    double q[4];
172    DirectionalAtom* dAtom;
71 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
173    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
174 <    
174 >  double pos[3], vel[3];
175  
176   #ifndef IS_MPI
177 <    
178 <  outFile << nAtoms << "\n";
179 <    
180 <  outFile << currentTime << "\t"
181 <          << entry_plug->box_x << "\t"
182 <          << entry_plug->box_y << "\t"
183 <          << entry_plug->box_z << "\n";
184 <    
177 >  
178 >  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
179 >    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
180 >
181 >    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
182 >               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
183 >                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
184 >                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
185 >              
186 >               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
187 >                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
188 >                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
189 >
190 >                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
191 >                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
192 >                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
193 >
194 >    //write out additional parameters, such as chi and eta
195 >    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
196 >  }
197 >  
198    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
85 –      
199  
200 +    atoms[i]->getPos(pos);
201 +    atoms[i]->getVel(vel);
202 +
203      sprintf( tempBuffer,
204               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
205               atoms[i]->getType(),
206 <             atoms[i]->getX(),
207 <             atoms[i]->getY(),
208 <             atoms[i]->getZ(),
209 <             atoms[i]->get_vx(),
210 <             atoms[i]->get_vy(),
211 <             atoms[i]->get_vz());
206 >             pos[0],
207 >             pos[1],
208 >             pos[2],
209 >             vel[0],
210 >             vel[1],
211 >             vel[2]);
212      strcpy( writeLine, tempBuffer );
213  
214      if( atoms[i]->isDirectional() ){
215 <        
215 >
216        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
217        dAtom->getQ( q );
218 <        
218 >
219        sprintf( tempBuffer,
220                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
221                 q[0],
# Line 113 | Line 229 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
229      }
230      else
231        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
232 <      
233 <    outFile << writeLine;
232 >
233 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
234 >      *outFile[k] << writeLine;
235    }
119 –  outFile.flush();
236  
237   #else // is_mpi
238  
239 <  MPI::Status istatus;
124 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
239 >  /* code to find maximum tag value */
240    
241 <  // write out header and node 0's coordinates
242 <  
241 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
242 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
243 >  if (flag) {
244 >    MAXTAG = *tagub;
245 >  } else {
246 >    MAXTAG = 32767;
247 >  }  
248 >
249 >  int haveError;
250 >
251 >  MPI_Status istatus;
252 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
253 >
254 >  // write out header and node 0's coordinates
255 >
256    if( worldRank == 0 ){
257 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
257 >
258 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
259 >
260 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
261 >    potatoes = new int[nProc];
262 >
263 >    //write out the comment lines
264 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
265 >      potatoes[i] = 0;
266      
267 <    outFile << currentTime << "\t"
268 <            << entry_plug->box_x << "\t"
269 <            << entry_plug->box_y << "\t"
270 <            << entry_plug->box_z << "\n";
271 <    
267 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
268 >        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
269 >
270 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
271 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
272 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
273 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
274 >
275 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
276 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
277 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
278 >
279 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
280 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
281 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
282 >  
283 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
284 >    }
285 >
286 >    currentIndex = 0;
287 >
288      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
289 +      
290        // Get the Node number which has this atom;
291        
292 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
292 >      which_node = AtomToProcMap[i];
293        
294 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
294 >      if (which_node != 0) {
295 >
296 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
297 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
298 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
299 >
300 >          potatoes[which_node] = 0;          
301 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
302 >          
303 >        }
304 >
305 >        myPotato = potatoes[which_node];        
306          
307 <        sprintf( tempBuffer,
308 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
309 <                 atoms[i]->getType(),
310 <                 atoms[i]->getX(),
147 <                 atoms[i]->getY(),
148 <                 atoms[i]->getZ(),
149 <                 atoms[i]->get_vx(),
150 <                 atoms[i]->get_vy(),
151 <                 atoms[i]->get_vz());
152 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
307 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
308 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
309 >        
310 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
311          
312 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
313 <          
314 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
315 <          dAtom->getQ( q );
316 <          
317 <          sprintf( tempBuffer,
318 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
319 <                   q[0],
320 <                   q[1],
321 <                   q[2],
322 <                   q[3],
323 <                   dAtom->getJx(),
324 <                   dAtom->getJy(),
167 <                   dAtom->getJz());
168 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
312 >        myPotato++;
313 >
314 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
315 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
316 >              
317 >        myPotato++;
318 >
319 >        if (isDirectional) {          
320 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
321 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
322 >        } else {
323 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
324 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
325          }
170 –        else
171 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
326          
327 +        myPotato++;
328 +        potatoes[which_node] = myPotato;
329 +
330        } else {
331          
332 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
333 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
334 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
335 <      }
336 <      
337 <      outFile << writeLine;
338 <    }
339 <    
183 <    // kill everyone off:
184 <    game_over = -1;
185 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
186 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
187 <    }
332 >        haveError = 0;
333 >              which_atom = i;
334 >        
335 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
336 >                
337 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
338 >          
339 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
340  
341 <  } else {
342 <    
343 <    done = 0;
344 <    while (!done) {
345 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
346 <                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
347 <      
348 <      if (which_atom == -1) {
349 <        done=1;
350 <        continue;
351 <      } else {
352 <        local_index=-1;        
353 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
202 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
203 <        }
204 <        if (local_index != -1) {
205 <          //format the line
206 <          sprintf( tempBuffer,
207 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
208 <                   atoms[local_index]->getType(),
209 <                   atoms[local_index]->getX(),
210 <                   atoms[local_index]->getY(),
211 <                   atoms[local_index]->getZ(),
212 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
213 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
214 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
215 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
216 <          
341 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
342 >                atoms[local_index]->getVel(vel);          
343 >
344 >          atomData6[0] = pos[0];
345 >          atomData6[1] = pos[1];
346 >          atomData6[2] = pos[2];
347 >
348 >          atomData6[3] = vel[0];
349 >          atomData6[4] = vel[1];
350 >          atomData6[5] = vel[2];
351 >          
352 >          isDirectional = 0;
353 >
354            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
355 +
356 +            isDirectional = 1;
357              
358              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
359              dAtom->getQ( q );
360 +
361 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
362 +              atomData13[j] = atomData6[j];            
363              
364 <            sprintf( tempBuffer,
365 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
366 <                     q[0],
367 <                     q[1],
368 <                     q[2],
369 <                     q[3],
370 <                     dAtom->getJx(),
371 <                     dAtom->getJy(),
372 <                     dAtom->getJz());
373 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
232 <          }
233 <          else
234 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
235 <          
236 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
237 <                               TAKE_THIS_TAG);
364 >            atomData13[6] = q[0];
365 >            atomData13[7] = q[1];
366 >            atomData13[8] = q[2];
367 >            atomData13[9] = q[3];
368 >            
369 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
370 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
371 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
372 >          }
373 >          
374          } else {
375 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
376 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
377 <                               TAKE_THIS_TAG);
378 <        }
375 >          sprintf(painCave.errMsg,
376 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
377 >                              i, worldRank );
378 >                haveError= 1;
379 >                simError();
380 >              }
381 >        
382 >        if(haveError) DieDieDie();
383 >        
384 >        currentIndex ++;
385        }
386 <    }
245 <  }  
246 <  outFile.flush();
247 <  sprintf( checkPointMsg,
248 <           "Sucessfully took a dump.\n");
249 <  MPIcheckPoint();
250 < #endif // is_mpi
251 < }
252 <
253 < void DumpWriter::writeFinal(){
254 <
255 <  char finalName[500];
256 <  ofstream finalOut;
257 <
258 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
259 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
260 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
261 <
262 <  double q[4];
263 <  DirectionalAtom* dAtom;
264 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
265 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
266 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
267 <  
268 <  
269 < #ifdef IS_MPI
270 <  if(worldRank == 0 ){
271 < #endif // is_mpi
272 <    
273 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
274 <    
275 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
276 <    if( !finalOut ){
277 <      sprintf( painCave.errMsg,
278 <               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
279 <               finalName );
280 <      painCave.isFatal = 1;
281 <      simError();
282 <    }
283 <    
284 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
285 <    
286 < #ifdef IS_MPI
287 <  }
288 <  
289 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
290 <  MPIcheckPoint();  
291 <  
292 < #endif //is_mpi
293 <
294 <  
295 < #ifndef IS_MPI
296 <    
297 <  finalOut << nAtoms << "\n";
298 <    
299 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
300 <           << entry_plug->box_y << "\t"
301 <           << entry_plug->box_z << "\n";
302 <  
303 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
386 >      // If we've survived to here, format the line:
387        
388 <    sprintf( tempBuffer,
306 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
307 <             atoms[i]->getType(),
308 <             atoms[i]->getX(),
309 <             atoms[i]->getY(),
310 <             atoms[i]->getZ(),
311 <             atoms[i]->get_vx(),
312 <             atoms[i]->get_vy(),
313 <             atoms[i]->get_vz());
314 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
315 <
316 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
388 >      if (!isDirectional) {
389          
390 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
391 <      dAtom->getQ( q );
392 <        
393 <      sprintf( tempBuffer,
394 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
395 <               q[0],
396 <               q[1],
397 <               q[2],
398 <               q[3],
327 <               dAtom->getJx(),
328 <               dAtom->getJy(),
329 <               dAtom->getJz());
330 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
331 <    }
332 <    else
333 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
334 <      
335 <    finalOut << writeLine;
336 <  }
337 <  finalOut.flush();
338 <  finalOut.close();
390 >        sprintf( writeLine,
391 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
392 >                             atomTypeString,
393 >                             atomData6[0],
394 >                             atomData6[1],
395 >                             atomData6[2],
396 >                             atomData6[3],
397 >                             atomData6[4],
398 >                             atomData6[5]);
399  
400 < #else // is_mpi
341 <  
342 <  MPI::Status istatus;
343 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
344 <
345 <  // write out header and node 0's coordinates
346 <  
347 <  if( worldRank == 0 ){
348 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
349 <    
350 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
351 <            << entry_plug->box_y << "\t"
352 <            << entry_plug->box_z << "\n";
353 <    
354 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
355 <      // Get the Node number which has this molecule:
356 <      
357 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
358 <      
359 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
360 <        
361 <        sprintf( tempBuffer,
362 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
363 <                 atoms[i]->getType(),
364 <                 atoms[i]->getX(),
365 <                 atoms[i]->getY(),
366 <                 atoms[i]->getZ(),
367 <                 atoms[i]->get_vx(),
368 <                 atoms[i]->get_vy(),
369 <                 atoms[i]->get_vz());
370 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
400 >              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
401          
372 –        if( atoms[i]->isDirectional() ){
373 –          
374 –          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
375 –          dAtom->getQ( q );
376 –          
377 –          sprintf( tempBuffer,
378 –                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
379 –                   q[0],
380 –                   q[1],
381 –                   q[2],
382 –                   q[3],
383 –                   dAtom->getJx(),
384 –                   dAtom->getJy(),
385 –                   dAtom->getJz());
386 –          strcat( writeLine, tempBuffer );
387 –        }
388 –        else
389 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
390 –        
402        } else {
403 +        
404 +              sprintf( writeLine,
405 +                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
406 +                             atomTypeString,
407 +                             atomData13[0],
408 +                             atomData13[1],
409 +                             atomData13[2],
410 +                             atomData13[3],
411 +                             atomData13[4],
412 +                             atomData13[5],
413 +                             atomData13[6],
414 +                             atomData13[7],
415 +                             atomData13[8],
416 +                             atomData13[9],
417 +                             atomData13[10],
418 +                             atomData13[11],
419 +                             atomData13[12]);
420          
393 –        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
394 –        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
395 –                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
421        }
422        
423 <      finalOut << writeLine;
423 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
424 >        *outFile[k] << writeLine;
425      }
426      
427 <    // kill everyone off:
428 <    game_over = -1;
429 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
430 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
431 <    }
427 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
428 >      outFile[k]->flush();
429 >    
430 >    sprintf( checkPointMsg,
431 >             "Sucessfully took a dump.\n");
432  
433 +    MPIcheckPoint();        
434 +
435 +    delete[] potatoes;
436 +
437    } else {
438 +
439 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
440 +
441 +    // Set my magic potato to 0:
442 +
443 +    myPotato = 0;
444 +    currentIndex = 0;
445      
446 <    done = 0;
447 <    while (!done) {
448 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
449 <                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
446 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
447 >      
448 >      // Am I the node which has this atom?
449 >      
450 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
451  
452 <      if (which_atom == -1) {
415 <        done=1;
416 <        continue;
417 <      } else {
452 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
453  
454 <        local_index=-1;        
455 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
456 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
454 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
455 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
456 >          // node 0 says we can go:
457 >
458 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
459 >          
460          }
461 <        if (local_index != -1) {
461 >        which_atom = i;
462 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
463 >                
464 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
465 >        
466 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
467  
468 <          //format the line
469 <          sprintf( tempBuffer,
470 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
471 <                   atoms[local_index]->getType(),
472 <                   atoms[local_index]->getX(),
473 <                   atoms[local_index]->getY(),
474 <                   atoms[local_index]->getZ(),
475 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
476 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
477 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
478 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
479 <          
468 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
469 >                atoms[local_index]->getVel(vel);
470 >
471 >          atomData6[0] = pos[0];
472 >          atomData6[1] = pos[1];
473 >          atomData6[2] = pos[2];
474 >
475 >          atomData6[3] = vel[0];
476 >          atomData6[4] = vel[1];
477 >          atomData6[5] = vel[2];
478 >          
479 >          isDirectional = 0;
480 >
481            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
482 +
483 +            isDirectional = 1;
484              
485              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
486              dAtom->getQ( q );
487 <            
488 <            sprintf( tempBuffer,
489 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
490 <                     q[0],
491 <                     q[1],
492 <                     q[2],
493 <                     q[3],
494 <                     dAtom->getJx(),
495 <                     dAtom->getJy(),
496 <                     dAtom->getJz());
497 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
487 >            
488 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
489 >              atomData13[j] = atomData6[j];
490 >            
491 >            atomData13[6] = q[0];
492 >            atomData13[7] = q[1];
493 >            atomData13[8] = q[2];
494 >            atomData13[9] = q[3];
495 >  
496 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
497 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
498 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
499            }
500 <          else
501 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
500 >
501 >        } else {
502 >                sprintf(painCave.errMsg,
503 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
504 >                              i, worldRank );
505 >                haveError= 1;
506 >                simError();
507 >              }
508 >
509 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
510 >
511 >        // null terminate the string before sending (just in case):
512 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
513 >
514 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
515 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
516 >        
517 >        myPotato++;
518 >
519 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
520 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
521 >        
522 >        myPotato++;
523 >        
524 >        if (isDirectional) {
525 >
526 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
527 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
528            
456 –          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
457 –                               TAKE_THIS_TAG);
529          } else {
530 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
531 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
532 <                               TAKE_THIS_TAG);
530 >
531 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
532 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
533          }
534 +
535 +        myPotato++;  
536 +        currentIndex++;    
537        }
538      }
465 –  }
466 –  finalOut.flush();
467 –  sprintf( checkPointMsg,
468 –           "Sucessfully took a dump.\n");
469 –  MPIcheckPoint();
539  
540 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
540 >    sprintf( checkPointMsg,
541 >             "Sucessfully took a dump.\n");
542 >    MPIcheckPoint();        
543 >    
544 >  }
545 >  
546   #endif // is_mpi
547   }
548 +
549 + #ifdef IS_MPI
550 +
551 + // a couple of functions to let us escape the write loop
552 +
553 + void dWrite::DieDieDie( void ){
554 +
555 +  MPI_Finalize();
556 +  exit (0);
557 + }
558 +
559 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines