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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 436 by chuckv, Fri Mar 28 21:45:03 2003 UTC vs.
Revision 934 by tim, Tue Jan 13 20:04:28 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6 + #include <algorithm>
7 + #include <utility>
8  
9   #ifdef IS_MPI
10   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
11   #include "mpiSimulation.hpp"
12 < #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
13 < #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
12 >
13 > namespace dWrite{
14 >  void DieDieDie( void );
15 > }
16 >
17 > using namespace dWrite;
18   #endif //is_mpi
19  
20   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 20 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27   #ifdef IS_MPI
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30 <    
31 <
32 <    
33 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
34 <    
35 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
29 <    
30 <    if( !outFile ){
31 <      
30 >
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
38 –  
39 –    //outFile.setf( ios::scientific );
42  
43 +    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
44 +    if( !finalOut ){
45 +      sprintf( painCave.errMsg,
46 +               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
47 +               entry_plug->finalName );
48 +      painCave.isFatal = 1;
49 +      simError();
50 +    }
51 +
52   #ifdef IS_MPI
53    }
54  
55 +  //sort the local atoms by global index
56 +  sortByGlobalIndex();
57 +  
58    sprintf( checkPointMsg,
59             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
60    MPIcheckPoint();
# Line 53 | Line 67 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
67    if(worldRank == 0 ){
68   #endif // is_mpi
69  
70 <    outFile.close();
70 >    dumpFile.close();
71 >    finalOut.close();
72  
73   #ifdef IS_MPI
74    }
75   #endif // is_mpi
76   }
77  
78 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
78 > #ifdef IS_MPI
79 >
80 > /**
81 > * A hook function to load balancing
82 > */
83 >
84 > void DumpWriter::update(){
85 >  sortByGlobalIndex();          
86 > }
87    
88 + /**
89 + * Auxiliary sorting function
90 + */
91 +
92 + bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
93 +  return p1.second < p2.second;
94 + }
95 +
96 + /**
97 + * Sorting the local index by global index
98 + */
99 +
100 + void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
101 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
102 +  
103 +  indexArray.clear();
104 +  
105 +  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
106 +    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
107 +  
108 +  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
109 + }
110 + #endif
111 +
112 + void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
113 +
114 +  vector<ofstream*> fileStreams;
115 +
116 + #ifdef IS_MPI
117 +  if(worldRank == 0 ){
118 +    finalOut.seekp(0);
119 +  }
120 + #endif // is_mpi
121 +
122 +  fileStreams.push_back(&finalOut);
123 +  fileStreams.push_back(&dumpFile);
124 +
125 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
126 +        
127 + }
128 +
129 + void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
130 +
131 +  vector<ofstream*> fileStreams;
132 +
133 + #ifdef IS_MPI
134 +  if(worldRank == 0 ){
135 +    finalOut.seekp(0);
136 +  }
137 + #endif // is_mpi
138 +  
139 +  fileStreams.push_back(&finalOut);  
140 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
141 +  
142 + }
143 +
144 + void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
145 +
146    const int BUFFERSIZE = 2000;
147 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
148 +
149    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
150    char writeLine[BUFFERSIZE];
151  
152 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
152 >  int i, k;
153 >
154 > #ifdef IS_MPI
155 >  
156 >  int *potatoes;
157 >  int myPotato;
158 >
159 >  int nProc;
160 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
161 >  double atomData6[6];
162 >  double atomData13[13];
163 >  int isDirectional;
164 >  char* atomTypeString;
165 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
166 >
167 > #else //is_mpi
168 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
169 > #endif //is_mpi
170 >
171    double q[4];
172    DirectionalAtom* dAtom;
72 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
173    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
174 <    
174 >  double pos[3], vel[3];
175  
176   #ifndef IS_MPI
177 <    
178 <  outFile << nAtoms << "\n";
179 <    
180 <  outFile << currentTime << "\t"
181 <          << entry_plug->box_x << "\t"
182 <          << entry_plug->box_y << "\t"
183 <          << entry_plug->box_z << "\n";
184 <    
177 >  
178 >  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
179 >    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
180 >
181 >    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
182 >               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
183 >                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
184 >                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
185 >              
186 >               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
187 >                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
188 >                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
189 >
190 >                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
191 >                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
192 >                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
193 >
194 >    //write out additional parameters, such as chi and eta
195 >    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
196 >  }
197 >  
198    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
86 –      
199  
200 +    atoms[i]->getPos(pos);
201 +    atoms[i]->getVel(vel);
202 +
203      sprintf( tempBuffer,
204               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
205               atoms[i]->getType(),
206 <             atoms[i]->getX(),
207 <             atoms[i]->getY(),
208 <             atoms[i]->getZ(),
209 <             atoms[i]->get_vx(),
210 <             atoms[i]->get_vy(),
211 <             atoms[i]->get_vz());
206 >             pos[0],
207 >             pos[1],
208 >             pos[2],
209 >             vel[0],
210 >             vel[1],
211 >             vel[2]);
212      strcpy( writeLine, tempBuffer );
213  
214      if( atoms[i]->isDirectional() ){
215 <        
215 >
216        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
217        dAtom->getQ( q );
218 <        
218 >
219        sprintf( tempBuffer,
220                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
221                 q[0],
# Line 114 | Line 229 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
229      }
230      else
231        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
232 <      
233 <    outFile << writeLine;
232 >
233 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
234 >      *outFile[k] << writeLine;
235    }
120 –  outFile.flush();
236  
237   #else // is_mpi
238  
239 <  MPI::Status istatus;
125 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
239 >  /* code to find maximum tag value */
240    
241 +  int *tagub, flag, MAXTAG;
242 +  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
243 +  if (flag) {
244 +    MAXTAG = *tagub;
245 +  } else {
246 +    MAXTAG = 32767;
247 +  }  
248 +
249 +  int haveError;
250 +
251 +  MPI_Status istatus;
252 +  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
253 +
254    // write out header and node 0's coordinates
255 <  
255 >
256    if( worldRank == 0 ){
257 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
257 >
258 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
259 >
260 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
261 >    potatoes = new int[nProc];
262 >
263 >    //write out the comment lines
264 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
265 >      potatoes[i] = 0;
266      
267 <    outFile << currentTime << "\t"
268 <            << entry_plug->box_x << "\t"
269 <            << entry_plug->box_y << "\t"
270 <            << entry_plug->box_z << "\n";
271 <    outFile.flush();
267 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
268 >        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
269 >
270 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
271 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
272 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
273 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
274 >
275 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
276 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
277 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
278 >
279 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
280 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
281 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
282 >  
283 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
284 >    }
285 >
286 >    currentIndex = 0;
287 >
288      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
289 +      
290        // Get the Node number which has this atom;
291        
292 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
292 >      which_node = AtomToProcMap[i];
293        
294 <      if (which_node == 0 ) {
294 >      if (which_node != 0) {
295 >
296 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
297 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
298 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
299 >
300 >          potatoes[which_node] = 0;          
301 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
302 >          
303 >        }
304 >
305 >        myPotato = potatoes[which_node];        
306 >        
307 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
308 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
309 >        
310 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
311          
312 <        which_atom = i;
313 <        local_index=-1;        
314 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
315 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
312 >        myPotato++;
313 >
314 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
315 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
316 >              
317 >        myPotato++;
318 >
319 >        if (isDirectional) {          
320 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
321 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
322 >        } else {
323 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
324 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
325          }
326 <        if (local_index != -1) {
327 <          //format the line
328 <          sprintf( tempBuffer,
329 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
330 <                   atoms[local_index]->getType(),
331 <                   atoms[local_index]->getX(),
332 <                   atoms[local_index]->getY(),
333 <                   atoms[local_index]->getZ(),
334 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
335 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
336 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
337 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
338 <          
326 >        
327 >        myPotato++;
328 >        potatoes[which_node] = myPotato;
329 >
330 >      } else {
331 >        
332 >        haveError = 0;
333 >              which_atom = i;
334 >        
335 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
336 >                
337 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
338 >          
339 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
340 >
341 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
342 >                atoms[local_index]->getVel(vel);          
343 >
344 >          atomData6[0] = pos[0];
345 >          atomData6[1] = pos[1];
346 >          atomData6[2] = pos[2];
347 >
348 >          atomData6[3] = vel[0];
349 >          atomData6[4] = vel[1];
350 >          atomData6[5] = vel[2];
351 >          
352 >          isDirectional = 0;
353 >
354            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
355 +
356 +            isDirectional = 1;
357              
358              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
359              dAtom->getQ( q );
360 +
361 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
362 +              atomData13[j] = atomData6[j];            
363              
364 <            sprintf( tempBuffer,
365 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
366 <                     q[0],
367 <                     q[1],
368 <                     q[2],
369 <                     q[3],
370 <                     dAtom->getJx(),
371 <                     dAtom->getJy(),
372 <                     dAtom->getJz());
373 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
374 <            
375 <          }
376 <          else
377 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
378 <        }
379 <        else {
380 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
184 <        }
185 <      }
186 <      else {
364 >            atomData13[6] = q[0];
365 >            atomData13[7] = q[1];
366 >            atomData13[8] = q[2];
367 >            atomData13[9] = q[3];
368 >            
369 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
370 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
371 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
372 >          }
373 >          
374 >        } else {
375 >          sprintf(painCave.errMsg,
376 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
377 >                              i, worldRank );
378 >                haveError= 1;
379 >                simError();
380 >              }
381          
382 <        //std::cerr << "node 0: sending node " << which_node << " request for atom " << i << "\n";
383 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
384 <        //std::cerr << "node 0: sent!\n";
191 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
192 <                             TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
193 <        //std::cerr << "node 0: got this line: " << writeLine;
382 >        if(haveError) DieDieDie();
383 >        
384 >        currentIndex ++;
385        }
386 +      // If we've survived to here, format the line:
387        
388 <      outFile << writeLine;
389 <      outFile.flush();
388 >      if (!isDirectional) {
389 >        
390 >        sprintf( writeLine,
391 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
392 >                             atomTypeString,
393 >                             atomData6[0],
394 >                             atomData6[1],
395 >                             atomData6[2],
396 >                             atomData6[3],
397 >                             atomData6[4],
398 >                             atomData6[5]);
399 >
400 >              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
401 >        
402 >      } else {
403 >        
404 >              sprintf( writeLine,
405 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
406 >                             atomTypeString,
407 >                             atomData13[0],
408 >                             atomData13[1],
409 >                             atomData13[2],
410 >                             atomData13[3],
411 >                             atomData13[4],
412 >                             atomData13[5],
413 >                             atomData13[6],
414 >                             atomData13[7],
415 >                             atomData13[8],
416 >                             atomData13[9],
417 >                             atomData13[10],
418 >                             atomData13[11],
419 >                             atomData13[12]);
420 >        
421 >      }
422 >      
423 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
424 >        *outFile[k] << writeLine;
425      }
426      
427 <    // kill everyone off:
428 <    game_over = -1;
202 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
203 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG_INT);
204 <    }
205 <
206 <  } else {
427 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
428 >      outFile[k]->flush();
429      
430 <    done = 0;
431 <    while (!done) {
210 <      //std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " Waiting for receive \n";
211 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
212 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
213 <      //std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " got request for atom " << which_atom << "\n";
214 <      if (which_atom == -1) {
215 <        done=1;
216 <        continue;
217 <      } else {
218 <        local_index=-1;        
219 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
220 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
221 <        }
222 <        if (local_index != -1) {
223 <          //format the line
224 <          sprintf( tempBuffer,
225 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
226 <                   atoms[local_index]->getType(),
227 <                   atoms[local_index]->getX(),
228 <                   atoms[local_index]->getY(),
229 <                   atoms[local_index]->getZ(),
230 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
231 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
232 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
233 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
234 <          
235 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
236 <            
237 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
238 <            dAtom->getQ( q );
239 <            
240 <            sprintf( tempBuffer,
241 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
242 <                     q[0],
243 <                     q[1],
244 <                     q[2],
245 <                     q[3],
246 <                     dAtom->getJx(),
247 <                     dAtom->getJy(),
248 <                     dAtom->getJz());
249 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
250 <          }
251 <          else
252 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
253 <          // std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " sending this line" << writeLine;
254 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
255 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
256 <        } else {
257 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
258 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
259 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
260 <        }
261 <      }
262 <    }
263 <  }  
264 <  outFile.flush();
265 <  sprintf( checkPointMsg,
266 <           "Sucessfully took a dump.\n");
267 <  MPIcheckPoint();
268 < #endif // is_mpi
269 < }
430 >    sprintf( checkPointMsg,
431 >             "Sucessfully took a dump.\n");
432  
433 < void DumpWriter::writeFinal(){
433 >    MPIcheckPoint();        
434  
435 <  char finalName[500];
274 <  ofstream finalOut;
435 >    delete[] potatoes;
436  
437 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
277 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
278 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
437 >  } else {
438  
439 <  double q[4];
281 <  DirectionalAtom* dAtom;
282 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
283 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
284 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
285 <  
286 <  
287 < #ifdef IS_MPI
288 <  if(worldRank == 0 ){
289 < #endif // is_mpi
290 <    
291 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
292 <    
293 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
294 <    if( !finalOut ){
295 <      sprintf( painCave.errMsg,
296 <               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
297 <               finalName );
298 <      painCave.isFatal = 1;
299 <      simError();
300 <    }
301 <    
302 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
303 <    
304 < #ifdef IS_MPI
305 <  }
306 <  
307 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
308 <  MPIcheckPoint();  
309 <  
310 < #endif //is_mpi
439 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
440  
441 <  
313 < #ifndef IS_MPI
314 <    
315 <  finalOut << nAtoms << "\n";
316 <    
317 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
318 <           << entry_plug->box_y << "\t"
319 <           << entry_plug->box_z << "\n";
320 <  
321 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
322 <      
323 <    sprintf( tempBuffer,
324 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
325 <             atoms[i]->getType(),
326 <             atoms[i]->getX(),
327 <             atoms[i]->getY(),
328 <             atoms[i]->getZ(),
329 <             atoms[i]->get_vx(),
330 <             atoms[i]->get_vy(),
331 <             atoms[i]->get_vz());
332 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
441 >    // Set my magic potato to 0:
442  
443 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
444 <        
336 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
337 <      dAtom->getQ( q );
338 <        
339 <      sprintf( tempBuffer,
340 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
341 <               q[0],
342 <               q[1],
343 <               q[2],
344 <               q[3],
345 <               dAtom->getJx(),
346 <               dAtom->getJy(),
347 <               dAtom->getJz());
348 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
349 <    }
350 <    else
351 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
352 <      
353 <    finalOut << writeLine;
354 <  }
355 <  finalOut.flush();
356 <  finalOut.close();
357 <
358 < #else // is_mpi
359 <  
360 <  MPI::Status istatus;
361 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
362 <
363 <  // write out header and node 0's coordinates
364 <  
365 <  if( worldRank == 0 ){
366 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
443 >    myPotato = 0;
444 >    currentIndex = 0;
445      
368 –    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
369 –            << entry_plug->box_y << "\t"
370 –            << entry_plug->box_z << "\n";
371 –    
446      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
373 –      // Get the Node number which has this molecule:
447        
448 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
448 >      // Am I the node which has this atom?
449        
450 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
378 <        
379 <        sprintf( tempBuffer,
380 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
381 <                 atoms[i]->getType(),
382 <                 atoms[i]->getX(),
383 <                 atoms[i]->getY(),
384 <                 atoms[i]->getZ(),
385 <                 atoms[i]->get_vx(),
386 <                 atoms[i]->get_vy(),
387 <                 atoms[i]->get_vz());
388 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
389 <        
390 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
391 <          
392 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
393 <          dAtom->getQ( q );
394 <          
395 <          sprintf( tempBuffer,
396 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
397 <                   q[0],
398 <                   q[1],
399 <                   q[2],
400 <                   q[3],
401 <                   dAtom->getJx(),
402 <                   dAtom->getJy(),
403 <                   dAtom->getJz());
404 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
405 <        }
406 <        else
407 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
408 <        
409 <      } else {
410 <        
411 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
412 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
413 <                                TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
414 <      }
415 <      
416 <      finalOut << writeLine;
417 <    }
418 <    
419 <    // kill everyone off:
420 <    game_over = -1;
421 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
422 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG_INT);
423 <    }
450 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
451  
452 <  } else {
426 <    
427 <    done = 0;
428 <    while (!done) {
429 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
430 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
452 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
453  
454 <      if (which_atom == -1) {
455 <        done=1;
456 <        continue;
435 <      } else {
454 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
455 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
456 >          // node 0 says we can go:
457  
458 <        local_index=-1;        
459 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
439 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
458 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
459 >          
460          }
461 <        if (local_index != -1) {
461 >        which_atom = i;
462 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
463 >                
464 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
465 >        
466 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
467  
468 <          //format the line
469 <          sprintf( tempBuffer,
470 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
471 <                   atoms[local_index]->getType(),
472 <                   atoms[local_index]->getX(),
473 <                   atoms[local_index]->getY(),
474 <                   atoms[local_index]->getZ(),
475 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
476 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
477 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
478 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
479 <          
468 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
469 >                atoms[local_index]->getVel(vel);
470 >
471 >          atomData6[0] = pos[0];
472 >          atomData6[1] = pos[1];
473 >          atomData6[2] = pos[2];
474 >
475 >          atomData6[3] = vel[0];
476 >          atomData6[4] = vel[1];
477 >          atomData6[5] = vel[2];
478 >          
479 >          isDirectional = 0;
480 >
481            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
482 +
483 +            isDirectional = 1;
484              
485              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
486              dAtom->getQ( q );
487 <            
488 <            sprintf( tempBuffer,
489 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
490 <                     q[0],
491 <                     q[1],
492 <                     q[2],
493 <                     q[3],
494 <                     dAtom->getJx(),
495 <                     dAtom->getJy(),
496 <                     dAtom->getJz());
497 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
487 >            
488 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
489 >              atomData13[j] = atomData6[j];
490 >            
491 >            atomData13[6] = q[0];
492 >            atomData13[7] = q[1];
493 >            atomData13[8] = q[2];
494 >            atomData13[9] = q[3];
495 >  
496 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
497 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
498 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
499            }
500 <          else
501 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
500 >
501 >        } else {
502 >                sprintf(painCave.errMsg,
503 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
504 >                              i, worldRank );
505 >                haveError= 1;
506 >                simError();
507 >              }
508 >
509 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
510 >
511 >        // null terminate the string before sending (just in case):
512 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
513 >
514 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
515 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
516 >        
517 >        myPotato++;
518 >
519 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
520 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
521 >        
522 >        myPotato++;
523 >        
524 >        if (isDirectional) {
525 >
526 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
527 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
528            
474 –          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
475 –                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
529          } else {
530 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
531 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
532 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
530 >
531 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
532 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
533          }
534 +
535 +        myPotato++;  
536 +        currentIndex++;    
537        }
538      }
483 –  }
484 –  finalOut.flush();
485 –  sprintf( checkPointMsg,
486 –           "Sucessfully took a dump.\n");
487 –  MPIcheckPoint();
539  
540 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
540 >    sprintf( checkPointMsg,
541 >             "Sucessfully took a dump.\n");
542 >    MPIcheckPoint();        
543 >    
544 >  }
545 >  
546   #endif // is_mpi
547   }
548 +
549 + #ifdef IS_MPI
550 +
551 + // a couple of functions to let us escape the write loop
552 +
553 + void dWrite::DieDieDie( void ){
554 +
555 +  MPI_Finalize();
556 +  exit (0);
557 + }
558 +
559 + #endif //is_mpi

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