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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 378 by mmeineke, Fri Mar 21 17:42:12 2003 UTC vs.
Revision 912 by gezelter, Thu Jan 8 18:59:36 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 < #define TAKE_THIS_TAG 0
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void DieDieDie( void );
13 > }
14 >
15 > using namespace dWrite;
16   #endif //is_mpi
17  
18   #include "ReadWrite.hpp"
19   #include "simError.h"
20  
14 –
15 –
16 –
17 –
21   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
22  
23    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 22 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
26 <
27 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
38        painCave.isFatal = 1;
39        simError();
40      }
41 <  
41 >
42      //outFile.setf( ios::scientific );
43  
44   #ifdef IS_MPI
# Line 63 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74    int i;
75 + #ifdef IS_MPI
76 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
77 +  double atomTransData[6];
78 +  double atomOrientData[7];
79 +  int isDirectional;
80 +  char* atomTypeString;
81 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
82 +  int me;
83 +  int atomTypeTag;
84 +  int atomIsDirectionalTag;
85 +  int atomTransDataTag;
86 +  int atomOrientDataTag;
87 + #else //is_mpi
88 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
89 + #endif //is_mpi
90 +
91    double q[4];
92    DirectionalAtom* dAtom;
74 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
93    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
94 <    
94 >  double pos[3], vel[3];
95  
96 +  // write current frame to the eor file
97 +
98 +  this->writeFinal( currentTime );
99 +
100   #ifndef IS_MPI
101 <    
101 >
102    outFile << nAtoms << "\n";
103 <    
104 <  outFile << currentTime << "\t"
105 <          << entry_plug->box_x << "\t"
106 <          << entry_plug->box_y << "\t"
107 <          << entry_plug->box_z << "\n";
108 <    
103 >
104 >  outFile << currentTime << ";\t"
105 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
106 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
107 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
108 >
109 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
110 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
111 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
112 >
113 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
114 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
115 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
116 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
117 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
118 >  outFile << endl;
119 >
120    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
88 –      
121  
122 +    atoms[i]->getPos(pos);
123 +    atoms[i]->getVel(vel);
124 +
125      sprintf( tempBuffer,
126               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
127               atoms[i]->getType(),
128 <             atoms[i]->getX(),
129 <             atoms[i]->getY(),
130 <             atoms[i]->getZ(),
131 <             atoms[i]->get_vx(),
132 <             atoms[i]->get_vy(),
133 <             atoms[i]->get_vz());
128 >             pos[0],
129 >             pos[1],
130 >             pos[2],
131 >             vel[0],
132 >             vel[1],
133 >             vel[2]);
134      strcpy( writeLine, tempBuffer );
135  
136      if( atoms[i]->isDirectional() ){
137 <        
137 >
138        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
139        dAtom->getQ( q );
140 <        
140 >
141        sprintf( tempBuffer,
142                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
143                 q[0],
# Line 116 | Line 151 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
151      }
152      else
153        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
154 <      
154 >
155      outFile << writeLine;
156    }
157    outFile.flush();
158  
159   #else // is_mpi
160  
161 <  int masterIndex;
162 <  int nodeAtomsStart;
128 <  int nodeAtomsEnd;
129 <  int mpiErr;
130 <  int sendError;
131 <  int procIndex;
132 <    
133 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
161 >  // first thing first, suspend fatalities.
162 >  painCave.isEventLoop = 1;
163  
164 <    
164 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
165 >  int haveError;
166 >
167 >  MPI_Status istatus;
168 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
169 >
170    // write out header and node 0's coordinates
171  
172    if( worldRank == 0 ){
173      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
140 –      
141 –    outFile << currentTime << "\t"
142 –            << entry_plug->box_x << "\t"
143 –            << entry_plug->box_y << "\t"
144 –            << entry_plug->box_z << "\n";
174  
175 <    masterIndex = 0;
176 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
177 <      
178 <      sprintf( tempBuffer,
150 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
151 <               atoms[i]->getType(),
152 <               atoms[i]->getX(),
153 <               atoms[i]->getY(),
154 <               atoms[i]->getZ(),
155 <               atoms[i]->get_vx(),
156 <               atoms[i]->get_vy(),
157 <               atoms[i]->get_vz());
158 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
159 <        
160 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
161 <          
162 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
163 <        dAtom->getQ( q );
164 <          
165 <        sprintf( tempBuffer,
166 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
167 <                 q[0],
168 <                 q[1],
169 <                 q[2],
170 <                 q[3],
171 <                 dAtom->getJx(),
172 <                 dAtom->getJy(),
173 <                 dAtom->getJz());
174 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
175 <      }
176 <      else
177 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
178 <        
179 <      outFile << writeLine;
180 <      masterIndex++;
181 <    }
182 <    outFile.flush();
183 <  }
175 >    outFile << currentTime << ";\t"
176 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
177 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
178 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
179  
180 <  sprintf( checkPointMsg,
181 <           "Sucessfully wrote node 0's dump configuration.\n");
182 <  MPIcheckPoint();
188 <    
189 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
190 <       procIndex++){
180 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
181 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
182 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
183  
184 <    if( worldRank == 0 ){
185 <      
186 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
195 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
196 <      
197 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
198 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
199 <      
200 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
201 <      // receiving node expects it to be.
202 <      
203 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
204 <        sendError = 1;
205 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
206 <                          MPI_COMM_WORLD);
207 <        sprintf(painCave.errMsg,
208 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
209 <                "node %d not equal to master index (%d)",
210 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
211 <        painCave.isFatal = 1;
212 <        simError();
213 <      }
214 <      
215 <      sendError = 0;
216 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
217 <                        MPI_COMM_WORLD);
218 <      
219 <      // recieve the nodes writeLines
220 <      
221 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
222 <        
223 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
224 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
225 <        
226 <        outFile << writeLine;
227 <        masterIndex++;
228 <      }
229 <    }
184 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
185 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
186 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
187  
188 <    else if( worldRank == procIndex ){
188 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
189 >    outFile << endl;
190 >    outFile.flush();
191 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
192 >      // Get the Node number which has this atom;
193  
194 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
234 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
194 >      which_node = AtomToProcMap[i];
195  
196 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
197 <                        MPI_COMM_WORLD);
198 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
199 <                        MPI_COMM_WORLD);
200 <        
201 <      sendError = -1;
242 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
243 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
196 >      if (which_node != 0) {
197 >        
198 >        atomTypeTag          = 4*i;
199 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
200 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
201 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
202  
203 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
203 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
204 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
205 >        
206 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
207 >        
208 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
209  
210 <      // send current node's configuration line by line.
210 >        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
211  
212 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
212 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
213 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
214 >        
215 >        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
216 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
217  
218 <        sprintf( tempBuffer,
219 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
220 <                 atoms[i]->getType(),
221 <                 atoms[i]->getX(),
222 <                 atoms[i]->getY(),
223 <                 atoms[i]->getZ(),
224 <                 atoms[i]->get_vx(),
225 <                 atoms[i]->get_vy(),
226 <                 atoms[i]->get_vz()); // check here.
227 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
228 <          
229 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
230 <            
231 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
232 <          dAtom->getQ( q );
233 <            
234 <          sprintf( tempBuffer,
235 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
236 <                   q[0],
237 <                   q[1],
238 <                   q[2],
239 <                   q[3],
240 <                   dAtom->getJx(),
241 <                   dAtom->getJy(),
242 <                   dAtom->getJz());
243 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
218 >        if (isDirectional) {
219 >
220 >          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
221 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
222 >
223 >        }
224 >
225 >      } else {
226 >        
227 >        haveError = 0;
228 >        which_atom = i;
229 >        local_index=-1;
230 >
231 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
232 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
233 >        }
234 >
235 >        if (local_index != -1) {
236 >
237 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
238 >
239 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
240 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
241 >
242 >          atomTransData[0] = pos[0];
243 >          atomTransData[1] = pos[1];
244 >          atomTransData[2] = pos[2];
245 >
246 >          atomTransData[3] = vel[0];
247 >          atomTransData[4] = vel[1];
248 >          atomTransData[5] = vel[2];
249 >          
250 >          isDirectional = 0;
251 >
252 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
253 >
254 >            isDirectional = 1;
255 >            
256 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
257 >            dAtom->getQ( q );
258 >            
259 >            atomOrientData[0] = q[0];
260 >            atomOrientData[1] = q[1];
261 >            atomOrientData[2] = q[2];
262 >            atomOrientData[3] = q[3];
263 >
264 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
265 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
266 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
267 >          }
268 >
269 >        } else {
270 >          sprintf(painCave.errMsg,
271 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
272 >                  i, worldRank );
273 >          haveError= 1;
274 >          simError();
275          }
276 <        else
277 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
278 <          
279 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
280 <                          MPI_COMM_WORLD);
276 >
277 >        if(haveError) DieDieDie();
278 >                              
279 >        // If we've survived to here, format the line:
280 >        
281 >        sprintf( tempBuffer,
282 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
283 >                 atomTypeString,
284 >                 atomTransData[0],
285 >                 atomTransData[1],
286 >                 atomTransData[2],
287 >                 atomTransData[3],
288 >                 atomTransData[4],
289 >                 atomTransData[5]);
290 >
291 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
292 >
293 >        if (isDirectional) {
294 >
295 >          sprintf( tempBuffer,
296 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
297 >                   atomOrientData[0],
298 >                   atomOrientData[1],
299 >                   atomOrientData[2],
300 >                   atomOrientData[3],
301 >                   atomOrientData[4],
302 >                   atomOrientData[5],
303 >                   atomOrientData[6]);
304 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
305 >
306 >        } else {
307 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
308 >        }
309 >
310 >        outFile << writeLine;
311 >        outFile.flush();
312        }
313      }
314 +
315 +    outFile.flush();
316 +    sprintf( checkPointMsg,
317 +             "Sucessfully took a dump.\n");
318 +    MPIcheckPoint();        
319 +    
320 +  } else {
321 +
322 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
323 +    
324 +    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
325        
326 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
327 <            procIndex);
328 <    MPIcheckPoint();
329 <  }
326 >      // Am I the node which has this atom?
327 >      
328 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
329 >
330 >        local_index=-1;
331 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
332 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
333 >        }
334 >        if (local_index != -1) {
335 >        
336 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
337 >
338 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
339 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
340 >
341 >          atomTransData[0] = pos[0];
342 >          atomTransData[1] = pos[1];
343 >          atomTransData[2] = pos[2];
344 >
345 >          atomTransData[3] = vel[0];
346 >          atomTransData[4] = vel[1];
347 >          atomTransData[5] = vel[2];
348 >          
349 >          isDirectional = 0;
350 >
351 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
352 >
353 >            isDirectional = 1;
354 >            
355 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
356 >            dAtom->getQ( q );
357 >            
358 >            atomOrientData[0] = q[0];
359 >            atomOrientData[1] = q[1];
360 >            atomOrientData[2] = q[2];
361 >            atomOrientData[3] = q[3];
362 >
363 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
364 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
365 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
366 >          }
367 >
368 >        } else {
369 >          sprintf(painCave.errMsg,
370 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
371 >                  i, worldRank );
372 >          haveError= 1;
373 >          simError();
374 >        }
375 >
376 >        // I've survived this far, so send off the data!
377 >
378 >        atomTypeTag          = 4*i;
379 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
380 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
381 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
382 >
383 >
384 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
385 >
386 >        // null terminate the string before sending (just in case):
387 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
388 >
389 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
390 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
391 >        
392 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
393 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
394 >        
395 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
396 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
397 >
398 >        if (isDirectional) {
399 >
400 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
401 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
402 >          
403 >        }
404 >      
405 >      }
406 >    }
407 >
408 >    sprintf( checkPointMsg,
409 >             "Sucessfully took a dump.\n");
410 >    MPIcheckPoint();        
411      
412 +  }
413 +  
414 +  painCave.isEventLoop = 0;
415 +
416   #endif // is_mpi
417   }
418  
419 + void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
420  
421 +  char finalName[500];
422 +  ofstream finalOut;
423  
296 – void DumpWriter::writeFinal(){
297 –
298 –
424    const int BUFFERSIZE = 2000;
425 <  char tempBuffer[500];
425 >  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
426 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
427    char writeLine[BUFFERSIZE];
302 –  
303 –  char finalName[500];
428  
305 –  int i;
429    double q[4];
430    DirectionalAtom* dAtom;
308 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
431    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
432 <  
311 <  ofstream finalOut;
312 <  
432 >  int i;
433   #ifdef IS_MPI
434 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
435 +  double atomTransData[6];
436 +  double atomOrientData[7];
437 +  int isDirectional;
438 +  char* atomTypeString;
439 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
440 +  int atomTypeTag;
441 +  int atomIsDirectionalTag;
442 +  int atomTransDataTag;
443 +  int atomOrientDataTag;
444 + #else //is_mpi
445 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
446 + #endif //is_mpi
447 +
448 +  double pos[3], vel[3];
449 +
450 + #ifdef IS_MPI
451    if(worldRank == 0 ){
452   #endif // is_mpi
453 <    
453 >
454      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
455 <    
455 >
456      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
457      if( !finalOut ){
458        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 324 | Line 461 | void DumpWriter::writeFinal(){
461        painCave.isFatal = 1;
462        simError();
463      }
464 <    
464 >
465      // finalOut.setf( ios::scientific );
466 <    
466 >
467   #ifdef IS_MPI
468    }
469 <  
469 >
470    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
471 <  MPIcheckPoint();  
472 <  
471 >  MPIcheckPoint();
472 >
473   #endif //is_mpi
474  
338 –    
475  
476   #ifndef IS_MPI
477 <    
477 >
478    finalOut << nAtoms << "\n";
479 <    
480 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
481 <           << entry_plug->box_y << "\t"
482 <           << entry_plug->box_z << "\n";
483 <    
479 >
480 >  finalOut << finalTime << ";\t"
481 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
482 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
483 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
484 >
485 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
486 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
487 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
488 >
489 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
490 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
491 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
492 >
493 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
494 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
495 >  finalOut << endl;
496 >
497    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
498 <      
498 >
499 >    atoms[i]->getPos(pos);
500 >    atoms[i]->getVel(vel);
501 >
502      sprintf( tempBuffer,
503               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
504               atoms[i]->getType(),
505 <             atoms[i]->getX(),
506 <             atoms[i]->getY(),
507 <             atoms[i]->getZ(),
508 <             atoms[i]->get_vx(),
509 <             atoms[i]->get_vy(),
510 <             atoms[i]->get_vz());
505 >             pos[0],
506 >             pos[1],
507 >             pos[2],
508 >             vel[0],
509 >             vel[1],
510 >             vel[2]);
511      strcpy( writeLine, tempBuffer );
512  
513      if( atoms[i]->isDirectional() ){
514 <        
514 >
515        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
516        dAtom->getQ( q );
517 <        
517 >
518        sprintf( tempBuffer,
519                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
520                 q[0],
# Line 376 | Line 528 | void DumpWriter::writeFinal(){
528      }
529      else
530        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
531 <      
531 >
532      finalOut << writeLine;
533    }
534    finalOut.flush();
535 +  finalOut.close();
536  
537   #else // is_mpi
538  
539 <  int masterIndex;
540 <  int nodeAtomsStart;
388 <  int nodeAtomsEnd;
389 <  int mpiErr;
390 <  int sendError;
391 <  int procIndex;
392 <    
393 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
539 >  // first thing first, suspend fatalities.
540 >  painCave.isEventLoop = 1;
541  
542 <    
542 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
543 >  int haveError;
544 >
545 >  MPI_Status istatus;
546 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
547 >
548    // write out header and node 0's coordinates
549  
550    if( worldRank == 0 ){
551      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
552 <      
553 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
554 <             << entry_plug->box_y << "\t"
555 <             << entry_plug->box_z << "\n";
556 <    
557 <    masterIndex = 0;
558 <    
559 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
560 <      
561 <      sprintf( tempBuffer,
562 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
563 <               atoms[i]->getType(),
564 <               atoms[i]->getX(),
565 <               atoms[i]->getY(),
566 <               atoms[i]->getZ(),
567 <               atoms[i]->get_vx(),
416 <               atoms[i]->get_vy(),
417 <               atoms[i]->get_vz());
418 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
419 <        
420 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
421 <          
422 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
423 <        dAtom->getQ( q );
424 <          
425 <        sprintf( tempBuffer,
426 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
427 <                 q[0],
428 <                 q[1],
429 <                 q[2],
430 <                 q[3],
431 <                 dAtom->getJx(),
432 <                 dAtom->getJy(),
433 <                 dAtom->getJz());
434 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
435 <      }
436 <      else
437 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
438 <        
439 <      finalOut << writeLine;
440 <      masterIndex++;
441 <    }
552 >
553 >    finalOut << finalTime << ";\t"
554 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
555 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
556 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
557 >
558 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
559 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
560 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
561 >
562 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
563 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
564 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
565 >
566 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
567 >    finalOut << endl;
568      finalOut.flush();
569 <  }
570 <    
445 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
446 <       procIndex++){
569 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
570 >      // Get the Node number which has this atom;
571  
572 <    if( worldRank == 0 ){
449 <        
450 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
451 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
572 >      which_node = AtomToProcMap[i];
573  
574 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
575 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
576 <        
577 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
578 <      // receiving node expects it to be.
579 <        
459 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
460 <        sendError = 1;
461 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
462 <                          MPI_COMM_WORLD);
463 <        sprintf(painCave.errMsg,
464 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
465 <                "node %d not equal to master index (%d)",
466 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
467 <        painCave.isFatal = 1;
468 <        simError();
469 <      }
470 <        
471 <      sendError = 0;
472 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
473 <                        MPI_COMM_WORLD);
574 >      if (which_node != 0) {
575 >        
576 >        atomTypeTag          = 4*i;
577 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
578 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
579 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
580  
581 <      // recieve the nodes writeLines
581 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
582 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
583 >        
584 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
585  
586 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
587 <          
588 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
589 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
586 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
587 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
588 >        
589 >        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
590 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
591  
592 <        finalOut << writeLine;
483 <        masterIndex++;
484 <      }
592 >        if (isDirectional) {
593  
594 <      finalOut.flush();
595 <    }
594 >          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
595 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
596  
597 <    else if( worldRank == procIndex ){
597 >        }
598  
599 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
600 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
601 <        
602 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
603 <                        MPI_COMM_WORLD);
496 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
497 <                        MPI_COMM_WORLD);
498 <        
499 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
500 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
501 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
599 >      } else {
600 >        
601 >        haveError = 0;
602 >        which_atom = i;
603 >        local_index=-1;
604  
605 <      // send current node's configuration line by line.
605 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
606 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
607 >        }
608  
609 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
610 <          
611 <        sprintf( tempBuffer,
612 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
613 <                 atoms[i]->getType(),
614 <                 atoms[i]->getX(),
615 <                 atoms[i]->getY(),
616 <                 atoms[i]->getZ(),
617 <                 atoms[i]->get_vx(),
618 <                 atoms[i]->get_vy(),
619 <                 atoms[i]->get_vz());
620 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
621 <          
622 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
623 <            
624 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
625 <          dAtom->getQ( q );
626 <            
627 <          sprintf( tempBuffer,
628 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
629 <                   q[0],
630 <                   q[1],
631 <                   q[2],
632 <                   q[3],
633 <                   dAtom->getJx(),
634 <                   dAtom->getJy(),
635 <                   dAtom->getJz());
636 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
609 >        if (local_index != -1) {
610 >
611 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
612 >
613 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
614 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
615 >
616 >          atomTransData[0] = pos[0];
617 >          atomTransData[1] = pos[1];
618 >          atomTransData[2] = pos[2];
619 >
620 >          atomTransData[3] = vel[0];
621 >          atomTransData[4] = vel[1];
622 >          atomTransData[5] = vel[2];
623 >          
624 >          isDirectional = 0;
625 >
626 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
627 >
628 >            isDirectional = 1;
629 >            
630 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
631 >            dAtom->getQ( q );
632 >            
633 >            atomOrientData[0] = q[0];
634 >            atomOrientData[1] = q[1];
635 >            atomOrientData[2] = q[2];
636 >            atomOrientData[3] = q[3];
637 >
638 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
639 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
640 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
641 >          }
642 >
643 >        } else {
644 >          sprintf(painCave.errMsg,
645 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
646 >                  i, worldRank );
647 >          haveError= 1;
648 >          simError();
649          }
650 <        else
651 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
652 <          
653 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
654 <                          MPI_COMM_WORLD);
650 >
651 >        if(haveError) DieDieDie();
652 >                              
653 >        // If we've survived to here, format the line:
654 >        
655 >        sprintf( tempBuffer,
656 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
657 >                 atomTypeString,
658 >                 atomTransData[0],
659 >                 atomTransData[1],
660 >                 atomTransData[2],
661 >                 atomTransData[3],
662 >                 atomTransData[4],
663 >                 atomTransData[5]);
664 >
665 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
666 >
667 >        if (isDirectional) {
668 >
669 >          sprintf( tempBuffer,
670 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
671 >                   atomOrientData[0],
672 >                   atomOrientData[1],
673 >                   atomOrientData[2],
674 >                   atomOrientData[3],
675 >                   atomOrientData[4],
676 >                   atomOrientData[5],
677 >                   atomOrientData[6]);
678 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
679 >
680 >        } else {
681 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
682 >        }
683 >
684 >        finalOut << writeLine;
685 >        finalOut.flush();
686        }
687      }
688 +
689 +    finalOut.flush();
690 +    sprintf( checkPointMsg,
691 +             "Sucessfully took a dump.\n");
692 +    MPIcheckPoint();        
693 +    
694 +  } else {
695 +
696 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
697 +    
698 +    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
699        
700 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
701 <            procIndex);
702 <    MPIcheckPoint();
545 <  }
700 >      // Am I the node which has this atom?
701 >      
702 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
703  
704 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
704 >        local_index=-1;
705 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
706 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
707 >        }
708 >        if (local_index != -1) {
709 >        
710 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
711  
712 +          atoms[local_index]->getPos(pos);
713 +          atoms[local_index]->getVel(vel);
714 +
715 +          atomTransData[0] = pos[0];
716 +          atomTransData[1] = pos[1];
717 +          atomTransData[2] = pos[2];
718 +
719 +          atomTransData[3] = vel[0];
720 +          atomTransData[4] = vel[1];
721 +          atomTransData[5] = vel[2];
722 +          
723 +          isDirectional = 0;
724 +
725 +          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
726 +
727 +            isDirectional = 1;
728 +            
729 +            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
730 +            dAtom->getQ( q );
731 +            
732 +            atomOrientData[0] = q[0];
733 +            atomOrientData[1] = q[1];
734 +            atomOrientData[2] = q[2];
735 +            atomOrientData[3] = q[3];
736 +
737 +            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
738 +            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
739 +            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
740 +          }
741 +
742 +        } else {
743 +          sprintf(painCave.errMsg,
744 +                  "Atom %d not found on processor %d\n",
745 +                  i, worldRank );
746 +          haveError= 1;
747 +          simError();
748 +        }
749 +
750 +        // I've survived this far, so send off the data!
751 +
752 +        atomTypeTag          = 4*i;
753 +        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
754 +        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
755 +        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
756 +
757 +        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
758 +
759 +        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
760 +                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
761 +        
762 +        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
763 +                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
764 +        
765 +        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
766 +                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
767 +
768 +        if (isDirectional) {
769 +
770 +          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
771 +                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
772 +          
773 +        }
774 +      
775 +      }
776 +    }
777 +
778 +    sprintf( checkPointMsg,
779 +             "Sucessfully wrote final file.\n");
780 +    MPIcheckPoint();        
781      
782 +  }
783 +  
784 +  painCave.isEventLoop = 0;
785 +
786 +  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
787   #endif // is_mpi
788   }
789 +
790 +
791 +
792 + #ifdef IS_MPI
793 +
794 + // a couple of functions to let us escape the write loop
795 +
796 + void dWrite::DieDieDie( void ){
797 +
798 +  MPI_Finalize();
799 +  exit (0);
800 + }
801 +
802 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines