ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 378 by mmeineke, Fri Mar 21 17:42:12 2003 UTC vs.
Revision 934 by tim, Tue Jan 13 20:04:28 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6 + #include <algorithm>
7 + #include <utility>
8  
9   #ifdef IS_MPI
10   #include <mpi.h>
11   #include "mpiSimulation.hpp"
12 < #define TAKE_THIS_TAG 0
12 >
13 > namespace dWrite{
14 >  void DieDieDie( void );
15 > }
16 >
17 > using namespace dWrite;
18   #endif //is_mpi
19  
20   #include "ReadWrite.hpp"
21   #include "simError.h"
22  
14 –
15 –
16 –
17 –
23   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
24  
25    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 22 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27   #ifdef IS_MPI
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30 <    
31 <
32 <    
33 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
34 <    
35 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
31 <    
32 <    if( !outFile ){
33 <      
30 >
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
40 –  
41 –    //outFile.setf( ios::scientific );
42  
43 +    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
44 +    if( !finalOut ){
45 +      sprintf( painCave.errMsg,
46 +               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
47 +               entry_plug->finalName );
48 +      painCave.isFatal = 1;
49 +      simError();
50 +    }
51 +
52   #ifdef IS_MPI
53    }
54  
55 +  //sort the local atoms by global index
56 +  sortByGlobalIndex();
57 +  
58    sprintf( checkPointMsg,
59             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
60    MPIcheckPoint();
# Line 55 | Line 67 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
67    if(worldRank == 0 ){
68   #endif // is_mpi
69  
70 <    outFile.close();
70 >    dumpFile.close();
71 >    finalOut.close();
72  
73   #ifdef IS_MPI
74    }
75   #endif // is_mpi
76   }
77  
78 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
78 > #ifdef IS_MPI
79 >
80 > /**
81 > * A hook function to load balancing
82 > */
83 >
84 > void DumpWriter::update(){
85 >  sortByGlobalIndex();          
86 > }
87    
88 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
89 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
90 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
88 > /**
89 > * Auxiliary sorting function
90 > */
91 >
92 > bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
93 >  return p1.second < p2.second;
94 > }
95  
96 <  int i;
97 <  double q[4];
98 <  DirectionalAtom* dAtom;
99 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
96 > /**
97 > * Sorting the local index by global index
98 > */
99 >
100 > void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
101    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
102 <    
102 >  
103 >  indexArray.clear();
104 >  
105 >  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
106 >    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
107 >  
108 >  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
109 > }
110 > #endif
111  
112 < #ifndef IS_MPI
79 <    
80 <  outFile << nAtoms << "\n";
81 <    
82 <  outFile << currentTime << "\t"
83 <          << entry_plug->box_x << "\t"
84 <          << entry_plug->box_y << "\t"
85 <          << entry_plug->box_z << "\n";
86 <    
87 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
88 <      
112 > void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
113  
114 <    sprintf( tempBuffer,
91 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
92 <             atoms[i]->getType(),
93 <             atoms[i]->getX(),
94 <             atoms[i]->getY(),
95 <             atoms[i]->getZ(),
96 <             atoms[i]->get_vx(),
97 <             atoms[i]->get_vy(),
98 <             atoms[i]->get_vz());
99 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
114 >  vector<ofstream*> fileStreams;
115  
116 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
117 <        
118 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
104 <      dAtom->getQ( q );
105 <        
106 <      sprintf( tempBuffer,
107 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
108 <               q[0],
109 <               q[1],
110 <               q[2],
111 <               q[3],
112 <               dAtom->getJx(),
113 <               dAtom->getJy(),
114 <               dAtom->getJz());
115 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
116 <    }
117 <    else
118 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
119 <      
120 <    outFile << writeLine;
116 > #ifdef IS_MPI
117 >  if(worldRank == 0 ){
118 >    finalOut.seekp(0);
119    }
120 <  outFile.flush();
120 > #endif // is_mpi
121  
122 < #else // is_mpi
122 >  fileStreams.push_back(&finalOut);
123 >  fileStreams.push_back(&dumpFile);
124  
125 <  int masterIndex;
126 <  int nodeAtomsStart;
127 <  int nodeAtomsEnd;
129 <  int mpiErr;
130 <  int sendError;
131 <  int procIndex;
132 <    
133 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
125 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
126 >        
127 > }
128  
129 <    
136 <  // write out header and node 0's coordinates
129 > void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
130  
131 <  if( worldRank == 0 ){
139 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
140 <      
141 <    outFile << currentTime << "\t"
142 <            << entry_plug->box_x << "\t"
143 <            << entry_plug->box_y << "\t"
144 <            << entry_plug->box_z << "\n";
131 >  vector<ofstream*> fileStreams;
132  
133 <    masterIndex = 0;
134 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
135 <      
149 <      sprintf( tempBuffer,
150 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
151 <               atoms[i]->getType(),
152 <               atoms[i]->getX(),
153 <               atoms[i]->getY(),
154 <               atoms[i]->getZ(),
155 <               atoms[i]->get_vx(),
156 <               atoms[i]->get_vy(),
157 <               atoms[i]->get_vz());
158 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
159 <        
160 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
161 <          
162 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
163 <        dAtom->getQ( q );
164 <          
165 <        sprintf( tempBuffer,
166 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
167 <                 q[0],
168 <                 q[1],
169 <                 q[2],
170 <                 q[3],
171 <                 dAtom->getJx(),
172 <                 dAtom->getJy(),
173 <                 dAtom->getJz());
174 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
175 <      }
176 <      else
177 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
178 <        
179 <      outFile << writeLine;
180 <      masterIndex++;
181 <    }
182 <    outFile.flush();
133 > #ifdef IS_MPI
134 >  if(worldRank == 0 ){
135 >    finalOut.seekp(0);
136    }
137 <
138 <  sprintf( checkPointMsg,
139 <           "Sucessfully wrote node 0's dump configuration.\n");
140 <  MPIcheckPoint();
141 <    
189 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
190 <       procIndex++){
191 <
192 <    if( worldRank == 0 ){
193 <      
194 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
195 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
196 <      
197 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
198 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
199 <      
200 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
201 <      // receiving node expects it to be.
202 <      
203 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
204 <        sendError = 1;
205 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
206 <                          MPI_COMM_WORLD);
207 <        sprintf(painCave.errMsg,
208 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
209 <                "node %d not equal to master index (%d)",
210 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
211 <        painCave.isFatal = 1;
212 <        simError();
213 <      }
214 <      
215 <      sendError = 0;
216 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
217 <                        MPI_COMM_WORLD);
218 <      
219 <      // recieve the nodes writeLines
220 <      
221 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
222 <        
223 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
224 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
225 <        
226 <        outFile << writeLine;
227 <        masterIndex++;
228 <      }
229 <    }
230 <
231 <    else if( worldRank == procIndex ){
232 <
233 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
234 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
235 <
236 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
237 <                        MPI_COMM_WORLD);
238 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
239 <                        MPI_COMM_WORLD);
240 <        
241 <      sendError = -1;
242 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
243 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
244 <
245 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
246 <
247 <      // send current node's configuration line by line.
248 <
249 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
250 <
251 <        sprintf( tempBuffer,
252 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
253 <                 atoms[i]->getType(),
254 <                 atoms[i]->getX(),
255 <                 atoms[i]->getY(),
256 <                 atoms[i]->getZ(),
257 <                 atoms[i]->get_vx(),
258 <                 atoms[i]->get_vy(),
259 <                 atoms[i]->get_vz()); // check here.
260 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
261 <          
262 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
263 <            
264 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
265 <          dAtom->getQ( q );
266 <            
267 <          sprintf( tempBuffer,
268 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
269 <                   q[0],
270 <                   q[1],
271 <                   q[2],
272 <                   q[3],
273 <                   dAtom->getJx(),
274 <                   dAtom->getJy(),
275 <                   dAtom->getJz());
276 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
277 <        }
278 <        else
279 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
280 <          
281 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
282 <                          MPI_COMM_WORLD);
283 <      }
284 <    }
285 <      
286 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
287 <            procIndex);
288 <    MPIcheckPoint();
289 <  }
290 <    
291 < #endif // is_mpi
137 > #endif // is_mpi
138 >  
139 >  fileStreams.push_back(&finalOut);  
140 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
141 >  
142   }
143  
144 + void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
145  
146 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
147 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
148  
149 < void DumpWriter::writeFinal(){
149 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
150 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
151  
152 +  int i, k;
153  
154 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
300 <  char tempBuffer[500];
301 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
154 > #ifdef IS_MPI
155    
156 <  char finalName[500];
156 >  int *potatoes;
157 >  int myPotato;
158  
159 <  int i;
159 >  int nProc;
160 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
161 >  double atomData6[6];
162 >  double atomData13[13];
163 >  int isDirectional;
164 >  char* atomTypeString;
165 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
166 >
167 > #else //is_mpi
168 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
169 > #endif //is_mpi
170 >
171    double q[4];
172    DirectionalAtom* dAtom;
308 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
173    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
174 +  double pos[3], vel[3];
175 +
176 + #ifndef IS_MPI
177    
178 <  ofstream finalOut;
179 <  
180 < #ifdef IS_MPI
181 <  if(worldRank == 0 ){
182 < #endif // is_mpi
183 <    
184 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
185 <    
186 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
187 <    if( !finalOut ){
188 <      sprintf( painCave.errMsg,
189 <               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
190 <               finalName );
191 <      painCave.isFatal = 1;
192 <      simError();
193 <    }
194 <    
195 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
329 <    
330 < #ifdef IS_MPI
178 >  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
179 >    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
180 >
181 >    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
182 >               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
183 >                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
184 >                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
185 >              
186 >               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
187 >                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
188 >                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
189 >
190 >                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
191 >                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
192 >                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
193 >
194 >    //write out additional parameters, such as chi and eta
195 >    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
196    }
197    
198 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
334 <  MPIcheckPoint();  
335 <  
336 < #endif //is_mpi
198 >  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
199  
200 <    
200 >    atoms[i]->getPos(pos);
201 >    atoms[i]->getVel(vel);
202  
340 – #ifndef IS_MPI
341 –    
342 –  finalOut << nAtoms << "\n";
343 –    
344 –  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
345 –           << entry_plug->box_y << "\t"
346 –           << entry_plug->box_z << "\n";
347 –    
348 –  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
349 –      
203      sprintf( tempBuffer,
204               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
205               atoms[i]->getType(),
206 <             atoms[i]->getX(),
207 <             atoms[i]->getY(),
208 <             atoms[i]->getZ(),
209 <             atoms[i]->get_vx(),
210 <             atoms[i]->get_vy(),
211 <             atoms[i]->get_vz());
206 >             pos[0],
207 >             pos[1],
208 >             pos[2],
209 >             vel[0],
210 >             vel[1],
211 >             vel[2]);
212      strcpy( writeLine, tempBuffer );
213  
214      if( atoms[i]->isDirectional() ){
215 <        
215 >
216        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
217        dAtom->getQ( q );
218 <        
218 >
219        sprintf( tempBuffer,
220                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
221                 q[0],
# Line 376 | Line 229 | void DumpWriter::writeFinal(){
229      }
230      else
231        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
232 <      
233 <    finalOut << writeLine;
232 >
233 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
234 >      *outFile[k] << writeLine;
235    }
382 –  finalOut.flush();
236  
237   #else // is_mpi
238  
239 <  int masterIndex;
240 <  int nodeAtomsStart;
241 <  int nodeAtomsEnd;
242 <  int mpiErr;
243 <  int sendError;
244 <  int procIndex;
245 <    
246 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
239 >  /* code to find maximum tag value */
240 >  
241 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
242 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
243 >  if (flag) {
244 >    MAXTAG = *tagub;
245 >  } else {
246 >    MAXTAG = 32767;
247 >  }  
248  
249 <    
249 >  int haveError;
250 >
251 >  MPI_Status istatus;
252 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
253 >
254    // write out header and node 0's coordinates
255  
256    if( worldRank == 0 ){
257 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
258 <      
259 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
260 <             << entry_plug->box_y << "\t"
261 <             << entry_plug->box_z << "\n";
257 >
258 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
259 >
260 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
261 >    potatoes = new int[nProc];
262 >
263 >    //write out the comment lines
264 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
265 >      potatoes[i] = 0;
266      
267 <    masterIndex = 0;
268 <    
269 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
267 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
268 >        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
269 >
270 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
271 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
272 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
273 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
274 >
275 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
276 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
277 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
278 >
279 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
280 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
281 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
282 >  
283 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
284 >    }
285 >
286 >    currentIndex = 0;
287 >
288 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
289        
290 <      sprintf( tempBuffer,
291 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
292 <               atoms[i]->getType(),
293 <               atoms[i]->getX(),
294 <               atoms[i]->getY(),
295 <               atoms[i]->getZ(),
296 <               atoms[i]->get_vx(),
297 <               atoms[i]->get_vy(),
298 <               atoms[i]->get_vz());
299 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
290 >      // Get the Node number which has this atom;
291 >      
292 >      which_node = AtomToProcMap[i];
293 >      
294 >      if (which_node != 0) {
295 >
296 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
297 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
298 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
299 >
300 >          potatoes[which_node] = 0;          
301 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
302 >          
303 >        }
304 >
305 >        myPotato = potatoes[which_node];        
306 >        
307 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
308 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
309 >        
310 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
311          
312 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
313 <          
314 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
315 <        dAtom->getQ( q );
316 <          
317 <        sprintf( tempBuffer,
318 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
319 <                 q[0],
320 <                 q[1],
321 <                 q[2],
322 <                 q[3],
323 <                 dAtom->getJx(),
324 <                 dAtom->getJy(),
325 <                 dAtom->getJz());
326 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
312 >        myPotato++;
313 >
314 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
315 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
316 >              
317 >        myPotato++;
318 >
319 >        if (isDirectional) {          
320 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
321 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
322 >        } else {
323 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
324 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
325 >        }
326 >        
327 >        myPotato++;
328 >        potatoes[which_node] = myPotato;
329 >
330 >      } else {
331 >        
332 >        haveError = 0;
333 >              which_atom = i;
334 >        
335 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
336 >                
337 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
338 >          
339 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
340 >
341 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
342 >                atoms[local_index]->getVel(vel);          
343 >
344 >          atomData6[0] = pos[0];
345 >          atomData6[1] = pos[1];
346 >          atomData6[2] = pos[2];
347 >
348 >          atomData6[3] = vel[0];
349 >          atomData6[4] = vel[1];
350 >          atomData6[5] = vel[2];
351 >          
352 >          isDirectional = 0;
353 >
354 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
355 >
356 >            isDirectional = 1;
357 >            
358 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
359 >            dAtom->getQ( q );
360 >
361 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
362 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
363 >            
364 >            atomData13[6] = q[0];
365 >            atomData13[7] = q[1];
366 >            atomData13[8] = q[2];
367 >            atomData13[9] = q[3];
368 >            
369 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
370 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
371 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
372 >          }
373 >          
374 >        } else {
375 >          sprintf(painCave.errMsg,
376 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
377 >                              i, worldRank );
378 >                haveError= 1;
379 >                simError();
380 >              }
381 >        
382 >        if(haveError) DieDieDie();
383 >        
384 >        currentIndex ++;
385        }
386 <      else
387 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
386 >      // If we've survived to here, format the line:
387 >      
388 >      if (!isDirectional) {
389          
390 <      finalOut << writeLine;
391 <      masterIndex++;
392 <    }
393 <    finalOut.flush();
394 <  }
395 <    
396 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
397 <       procIndex++){
390 >        sprintf( writeLine,
391 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
392 >                             atomTypeString,
393 >                             atomData6[0],
394 >                             atomData6[1],
395 >                             atomData6[2],
396 >                             atomData6[3],
397 >                             atomData6[4],
398 >                             atomData6[5]);
399  
400 <    if( worldRank == 0 ){
400 >              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
401          
402 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
451 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
452 <
453 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
454 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
402 >      } else {
403          
404 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
405 <      // receiving node expects it to be.
406 <        
407 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
408 <        sendError = 1;
409 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
410 <                          MPI_COMM_WORLD);
411 <        sprintf(painCave.errMsg,
412 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
413 <                "node %d not equal to master index (%d)",
414 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
415 <        painCave.isFatal = 1;
416 <        simError();
404 >              sprintf( writeLine,
405 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
406 >                             atomTypeString,
407 >                             atomData13[0],
408 >                             atomData13[1],
409 >                             atomData13[2],
410 >                             atomData13[3],
411 >                             atomData13[4],
412 >                             atomData13[5],
413 >                             atomData13[6],
414 >                             atomData13[7],
415 >                             atomData13[8],
416 >                             atomData13[9],
417 >                             atomData13[10],
418 >                             atomData13[11],
419 >                             atomData13[12]);
420 >        
421        }
422 <        
423 <      sendError = 0;
424 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
425 <                        MPI_COMM_WORLD);
422 >      
423 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
424 >        *outFile[k] << writeLine;
425 >    }
426 >    
427 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
428 >      outFile[k]->flush();
429 >    
430 >    sprintf( checkPointMsg,
431 >             "Sucessfully took a dump.\n");
432  
433 <      // recieve the nodes writeLines
433 >    MPIcheckPoint();        
434  
435 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
478 <          
479 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
480 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
435 >    delete[] potatoes;
436  
437 <        finalOut << writeLine;
483 <        masterIndex++;
484 <      }
437 >  } else {
438  
439 <      finalOut.flush();
487 <    }
439 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
440  
441 <    else if( worldRank == procIndex ){
441 >    // Set my magic potato to 0:
442  
443 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
444 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
445 <        
446 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
447 <                        MPI_COMM_WORLD);
448 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
449 <                        MPI_COMM_WORLD);
450 <        
499 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
500 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
501 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
443 >    myPotato = 0;
444 >    currentIndex = 0;
445 >    
446 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
447 >      
448 >      // Am I the node which has this atom?
449 >      
450 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
451  
452 <      // send current node's configuration line by line.
452 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
453  
454 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
455 <          
456 <        sprintf( tempBuffer,
457 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
458 <                 atoms[i]->getType(),
459 <                 atoms[i]->getX(),
460 <                 atoms[i]->getY(),
461 <                 atoms[i]->getZ(),
462 <                 atoms[i]->get_vx(),
463 <                 atoms[i]->get_vy(),
464 <                 atoms[i]->get_vz());
465 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
466 <          
467 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
468 <            
469 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
470 <          dAtom->getQ( q );
471 <            
472 <          sprintf( tempBuffer,
473 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
474 <                   q[0],
475 <                   q[1],
476 <                   q[2],
477 <                   q[3],
478 <                   dAtom->getJx(),
479 <                   dAtom->getJy(),
480 <                   dAtom->getJz());
481 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
482 <        }
483 <        else
484 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
485 <          
486 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
487 <                          MPI_COMM_WORLD);
454 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
455 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
456 >          // node 0 says we can go:
457 >
458 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
459 >          
460 >        }
461 >        which_atom = i;
462 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
463 >                
464 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
465 >        
466 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
467 >
468 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
469 >                atoms[local_index]->getVel(vel);
470 >
471 >          atomData6[0] = pos[0];
472 >          atomData6[1] = pos[1];
473 >          atomData6[2] = pos[2];
474 >
475 >          atomData6[3] = vel[0];
476 >          atomData6[4] = vel[1];
477 >          atomData6[5] = vel[2];
478 >          
479 >          isDirectional = 0;
480 >
481 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
482 >
483 >            isDirectional = 1;
484 >            
485 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
486 >            dAtom->getQ( q );
487 >            
488 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
489 >              atomData13[j] = atomData6[j];
490 >            
491 >            atomData13[6] = q[0];
492 >            atomData13[7] = q[1];
493 >            atomData13[8] = q[2];
494 >            atomData13[9] = q[3];
495 >  
496 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
497 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
498 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
499 >          }
500 >
501 >        } else {
502 >                sprintf(painCave.errMsg,
503 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
504 >                              i, worldRank );
505 >                haveError= 1;
506 >                simError();
507 >              }
508 >
509 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
510 >
511 >        // null terminate the string before sending (just in case):
512 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
513 >
514 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
515 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
516 >        
517 >        myPotato++;
518 >
519 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
520 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
521 >        
522 >        myPotato++;
523 >        
524 >        if (isDirectional) {
525 >
526 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
527 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
528 >          
529 >        } else {
530 >
531 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
532 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
533 >        }
534 >
535 >        myPotato++;  
536 >        currentIndex++;    
537        }
538      }
541 –      
542 –    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
543 –            procIndex);
544 –    MPIcheckPoint();
545 –  }
539  
540 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
541 <
540 >    sprintf( checkPointMsg,
541 >             "Sucessfully took a dump.\n");
542 >    MPIcheckPoint();        
543      
544 +  }
545 +  
546   #endif // is_mpi
547   }
548 +
549 + #ifdef IS_MPI
550 +
551 + // a couple of functions to let us escape the write loop
552 +
553 + void dWrite::DieDieDie( void ){
554 +
555 +  MPI_Finalize();
556 +  exit (0);
557 + }
558 +
559 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines