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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 415 by gezelter, Wed Mar 26 22:24:49 2003 UTC vs.
Revision 447 by mmeineke, Thu Apr 3 20:21:54 2003 UTC

# Line 5 | Line 5
5   #ifdef IS_MPI
6   #include <mpi.h>
7   #include "mpiSimulation.hpp"
8 < #define TAKE_THIS_TAG 0
8 > #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 > #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void nodeZeroError( void );
13 >  void anonymousNodeDie( void );
14 > }
15 >
16 > using namespace dWrite;
17   #endif //is_mpi
18  
19   #include "ReadWrite.hpp"
20   #include "simError.h"
21  
14 – #define GAME_OVER -1
15 –
22   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
23  
24    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 66 | Line 72 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
72    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
73    char writeLine[BUFFERSIZE];
74  
75 <  int i;
75 >  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
76    double q[4];
77    DirectionalAtom* dAtom;
78    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
# Line 120 | Line 126 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
126    outFile.flush();
127  
128   #else // is_mpi
129 +
130 +  // first thing first, suspend fatalities.
131 +  painCave.isEventLoop = 1;
132 +
133 +  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
134 +  int haveError;
135 +
136 +  MPI_Status istatus;
137 +  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
138    
124 –  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
125 –  
139    // write out header and node 0's coordinates
140    
141    if( worldRank == 0 ){
# Line 132 | Line 145 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
145              << entry_plug->box_x << "\t"
146              << entry_plug->box_y << "\t"
147              << entry_plug->box_z << "\n";
148 <    
149 <    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
150 <      // Get the Node number which has this molecule:
148 >    outFile.flush();
149 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
150 >      // Get the Node number which has this atom;
151        
152        which_node = AtomToProcMap[i];    
153        
154 <      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
142 <        
143 <        sprintf( tempBuffer,
144 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
145 <                 atoms[i]->getType(),
146 <                 atoms[i]->getX(),
147 <                 atoms[i]->getY(),
148 <                 atoms[i]->getZ(),
149 <                 atoms[i]->get_vx(),
150 <                 atoms[i]->get_vy(),
151 <                 atoms[i]->get_vz());
152 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
154 >      if (which_node == 0 ) {
155          
156 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
157 <          
158 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
159 <          dAtom->getQ( q );
160 <          
159 <          sprintf( tempBuffer,
160 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
161 <                   q[0],
162 <                   q[1],
163 <                   q[2],
164 <                   q[3],
165 <                   dAtom->getJx(),
166 <                   dAtom->getJy(),
167 <                   dAtom->getJz());
168 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
156 >        haveError = 0;
157 >        which_atom = i;
158 >        local_index=-1;        
159 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
160 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
161          }
162 <        else
163 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
164 <        
165 <      } else {
166 <        
167 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
168 <        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
169 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
162 >        if (local_index != -1) {
163 >          //format the line
164 >          sprintf( tempBuffer,
165 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
166 >                   atoms[local_index]->getType(),
167 >                   atoms[local_index]->getX(),
168 >                   atoms[local_index]->getY(),
169 >                   atoms[local_index]->getZ(),
170 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
171 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
172 >                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
173 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
174 >          
175 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
176 >            
177 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
178 >            dAtom->getQ( q );
179 >            
180 >            sprintf( tempBuffer,
181 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
182 >                     q[0],
183 >                     q[1],
184 >                     q[2],
185 >                     q[3],
186 >                     dAtom->getJx(),
187 >                     dAtom->getJy(),
188 >                     dAtom->getJz());
189 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
190 >            
191 >          }
192 >          else
193 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
194 >        }
195 >        else {
196 >          sprintf(painCave.errMsg,
197 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
198 >                  i, worldRank );
199 >          haveError= 1;
200 >          simError();
201 >        }
202 >        
203 >        if(haveError) nodeZeroError();
204 >
205 >      }
206 >      else {
207 >        myStatus = 1;
208 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
209 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
210 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
211 >                 MPI_COMM_WORLD);
212 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
213 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
214 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
215 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
216 >        
217 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
218 >
219        }
220        
221        outFile << writeLine;
222 +      outFile.flush();
223      }
224      
225      // kill everyone off:
226 <    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
227 <      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
226 >    myStatus = -1;
227 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
228 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
229 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
230      }
231  
232    } else {
233      
234      done = 0;
235      while (!done) {
236 <      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
237 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
236 >      
237 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
238 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
239  
240 <      if (which_atom == GAME_OVER) {
241 <        done=1;
242 <        continue;
198 <      } else {
240 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
241 >      
242 >      if(myStatus < 0) break;
243  
244 <        //format the line
244 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
245 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
246 >      
247 >      myStatus = 1;
248 >      local_index=-1;        
249 >      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
250 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
251 >      }
252 >      if (local_index != -1) {
253 >        //format the line
254          sprintf( tempBuffer,
255                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
256 <                 atoms[which_atom]->getType(),
257 <                 atoms[which_atom]->getX(),
258 <                 atoms[which_atom]->getY(),
259 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
260 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
261 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
262 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
256 >                 atoms[local_index]->getType(),
257 >                 atoms[local_index]->getX(),
258 >                 atoms[local_index]->getY(),
259 >                 atoms[local_index]->getZ(),
260 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
261 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
262 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
263          strcpy( writeLine, tempBuffer );
264 +        
265 +        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
266            
267 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
213 <            
214 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
267 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
268            dAtom->getQ( q );
269 <            
269 >          
270            sprintf( tempBuffer,
271                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
272                     q[0],
# Line 225 | Line 278 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
278                     dAtom->getJz());
279            strcat( writeLine, tempBuffer );
280          }
281 <        else
281 >        else{
282            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
283 <        
284 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
285 <                             TAKE_THIS_TAG);
283 >        }
284 >      }
285 >      else {
286 >        sprintf(painCave.errMsg,
287 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
288 >                which_atom, worldRank );
289 >        myStatus = 0;
290 >        simError();
291 >
292 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
293        }
294 +
295 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
296 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
297 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
298 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
299      }
300    }  
301    outFile.flush();
302    sprintf( checkPointMsg,
303             "Sucessfully took a dump.\n");
304    MPIcheckPoint();
305 +
306 + // last  thing last, enable  fatalities.
307 +  painCave.isEventLoop = 0;
308 +
309   #endif // is_mpi
310   }
311  
312   void DumpWriter::writeFinal(){
313 <  
313 >
314    char finalName[500];
315    ofstream finalOut;
316 +
317 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
318 +  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
319 +  char writeLine[BUFFERSIZE];  
320 +
321 +  double q[4];
322 +  DirectionalAtom* dAtom;
323 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
324 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
325 +  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
326    
327 +  
328   #ifdef IS_MPI
329    if(worldRank == 0 ){
330   #endif // is_mpi
# Line 278 | Line 358 | void DumpWriter::writeFinal(){
358    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
359             << entry_plug->box_y << "\t"
360             << entry_plug->box_z << "\n";
361 <    
361 >  
362    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
363        
364      sprintf( tempBuffer,
# Line 318 | Line 398 | void DumpWriter::writeFinal(){
398  
399   #else // is_mpi
400    
401 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
402 <  
401 >  // first thing first, suspend fatalities.
402 >  painCave.isEventLoop = 1;
403 >
404 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
405 >  int haveError;
406 >
407 >  MPI_Status istatus;
408 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
409 >
410    // write out header and node 0's coordinates
411    
412 +  haveError = 0;
413    if( worldRank == 0 ){
414      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
415      
# Line 329 | Line 417 | void DumpWriter::writeFinal(){
417              << entry_plug->box_y << "\t"
418              << entry_plug->box_z << "\n";
419      
420 <    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
420 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
421        // Get the Node number which has this molecule:
422        
423        which_node = AtomToProcMap[i];    
424        
425 <      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
426 <        
427 <        sprintf( tempBuffer,
428 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
429 <                 atoms[i]->getType(),
430 <                 atoms[i]->getX(),
343 <                 atoms[i]->getY(),
344 <                 atoms[i]->getZ(),
345 <                 atoms[i]->get_vx(),
346 <                 atoms[i]->get_vy(),
347 <                 atoms[i]->get_vz());
348 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
349 <        
350 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
351 <          
352 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
353 <          dAtom->getQ( q );
354 <          
355 <          sprintf( tempBuffer,
356 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
357 <                   q[0],
358 <                   q[1],
359 <                   q[2],
360 <                   q[3],
361 <                   dAtom->getJx(),
362 <                   dAtom->getJy(),
363 <                   dAtom->getJz());
364 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
425 >      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
426 >
427 >        which_atom = i;
428 >        local_index=-1;        
429 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
430 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
431          }
432 <        else
433 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
432 >        if (local_index != -1) {        
433 >          sprintf( tempBuffer,
434 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
435 >                   atoms[local_index]->getType(),
436 >                   atoms[local_index]->getX(),
437 >                   atoms[local_index]->getY(),
438 >                   atoms[local_index]->getZ(),
439 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
440 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
441 >                   atoms[local_index]->get_vz());
442 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
443 >          
444 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
445 >            
446 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
447 >            dAtom->getQ( q );
448 >            
449 >            sprintf( tempBuffer,
450 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
451 >                     q[0],
452 >                     q[1],
453 >                     q[2],
454 >                     q[3],
455 >                     dAtom->getJx(),
456 >                     dAtom->getJy(),
457 >                     dAtom->getJz());
458 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
459 >          }
460 >          else
461 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
462 >        }
463 >        else {
464 >          sprintf(painCave.errMsg,
465 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
466 >                  i, worldRank );
467 >          haveError= 1;
468 >          simError();
469 >        }
470 >
471 >        if(haveError) nodeZeroError();
472 >    
473 >      }
474 >      else {
475          
476 <      } else {
477 <        
478 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
479 <        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
480 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
476 >        myStatus = 1;
477 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
478 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
479 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
480 >                 MPI_COMM_WORLD);
481 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
482 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
483 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
484 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
485 >        
486 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
487        }
488        
489        finalOut << writeLine;
490      }
491      
492      // kill everyone off:
493 <    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
494 <      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
493 >    myStatus = -1;
494 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
495 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
496 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
497      }
498  
499    } else {
500      
501      done = 0;
502      while (!done) {
388 –      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
389 –                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
503  
504 <      if (which_atom == GAME_OVER) {
505 <        done=1;
506 <        continue;
507 <      } else {
504 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
505 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
506 >      
507 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
508 >      
509 >      if(myStatus < 0) break;
510 >      
511 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
512 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
513 >      
514 >      myStatus = 1;
515 >      local_index=-1;        
516 >      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
517 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
518 >      }
519 >      if (local_index != -1) {
520  
521 <        //format the line
521 >        //format the line
522          sprintf( tempBuffer,
523                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
524 <                 atoms[which_atom]->getType(),
525 <                 atoms[which_atom]->getX(),
526 <                 atoms[which_atom]->getY(),
527 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
528 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
529 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
530 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
524 >                 atoms[local_index]->getType(),
525 >                 atoms[local_index]->getX(),
526 >                 atoms[local_index]->getY(),
527 >                 atoms[local_index]->getZ(),
528 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
529 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
530 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
531          strcpy( writeLine, tempBuffer );
532 +        
533 +        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
534            
535 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
409 <            
410 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
535 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
536            dAtom->getQ( q );
537 <            
537 >          
538            sprintf( tempBuffer,
539                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
540                     q[0],
# Line 421 | Line 546 | void DumpWriter::writeFinal(){
546                     dAtom->getJz());
547            strcat( writeLine, tempBuffer );
548          }
549 <        else
549 >        else{
550            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
551 <        
552 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
553 <                             TAKE_THIS_TAG);
551 >        }
552 >      }
553 >      else {
554 >        sprintf(painCave.errMsg,
555 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
556 >                which_atom, worldRank );
557 >        myStatus = 0;
558 >        simError();
559 >        
560 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
561        }
562 +
563 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
564 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
565 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
566 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
567      }
568 <  }  
568 >  }
569    finalOut.flush();
570    sprintf( checkPointMsg,
571             "Sucessfully took a dump.\n");
572    MPIcheckPoint();
573 <
573 >  
574    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
575   #endif // is_mpi
576   }
577 +
578 +
579 +
580 + #ifdef IS_MPI
581 +
582 + // a couple of functions to let us escape the write loop
583 +
584 + void dWrite::nodeZeroError( void ){
585 +  int j, myStatus;
586 +  
587 +  myStatus = 0;
588 +  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
589 +    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
590 +              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
591 +  }  
592 +  
593 +
594 +  MPI_Finalize();
595 +  exit (0);
596 +  
597 + }
598 +
599 + void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
600 +
601 +  MPI_Finalize();
602 +  exit (0);
603 + }
604 +
605 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines