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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 787 by mmeineke, Thu Sep 25 19:27:15 2003 UTC vs.
Revision 929 by tim, Tue Jan 13 15:46:49 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1   #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2  
3 < #include <cstring>
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6 + #include <algorithm>
7 + #include <utility>
8  
9   #ifdef IS_MPI
10   #include <mpi.h>
11   #include "mpiSimulation.hpp"
10 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
11 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
12  
13   namespace dWrite{
14 <  void nodeZeroError( void );
15 <  void anonymousNodeDie( void );
14 >  void DieDieDie( void );
15   }
16  
17   using namespace dWrite;
# Line 28 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27   #ifdef IS_MPI
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30 <    
31 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
32 <    
33 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
34 <    
35 <    if( !outFile ){
37 <      
30 >
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
# Line 47 | Line 45 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
45   #ifdef IS_MPI
46    }
47  
48 +  //sort the local atoms by global index
49 +  sortByGlobalIndex();
50 +  
51    sprintf( checkPointMsg,
52             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
53    MPIcheckPoint();
# Line 59 | Line 60 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
60    if(worldRank == 0 ){
61   #endif // is_mpi
62  
63 <    outFile.close();
63 >    dumpFile.close();
64  
65   #ifdef IS_MPI
66    }
67   #endif // is_mpi
68   }
69  
70 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
70 > #ifdef IS_MPI
71 >
72 > /**
73 > * A hook function to load balancing
74 > */
75 >
76 > void DumpWriter::update(){
77 >  sortByGlobalIndex();          
78 > }
79    
80 + /**
81 + * Auxiliary sorting function
82 + */
83 +
84 + bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
85 +  return p1.second < p2.second;
86 + }
87 +
88 + /**
89 + * Sorting the local index by global index
90 + */
91 +
92 + void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
93 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
94 +  
95 +  indexArray.clear();
96 +  
97 +  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
98 +    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
99 +  
100 +  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
101 + }
102 + #endif
103 +
104 + void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
105 +  
106 + // write to eor file
107 +  writeFinal(currentTime);
108 +
109 + //write to dump file
110 +  writeFrame(dumpFile, currentTime);
111 +        
112 + }
113 +
114 + void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
115 +
116 +  ofstream finalOut;    
117 +  
118 +  //Open eor file
119 + #ifdef IS_MPI
120 +  if(worldRank == 0 ){
121 + #endif // is_mpi
122 +
123 +    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
124 +    if( !finalOut ){
125 +      sprintf( painCave.errMsg,
126 +               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
127 +               entry_plug->finalName );
128 +      painCave.isFatal = 1;
129 +      simError();
130 +    }
131 +    
132 + #ifdef IS_MPI
133 +  }
134 + #endif
135 +  
136 +  //write to eor file  
137 +  writeFrame(finalOut, currentTime);
138 +  
139 +  //close eor file      
140 + #ifdef IS_MPI
141 +  if(worldRank == 0 ){
142 +    finalOut.close();
143 +  }
144 + #endif // is_mpi
145 +
146 + }
147 +
148 + void DumpWriter::writeFrame( ofstream& outFile, double currentTime ){
149 +
150    const int BUFFERSIZE = 2000;
151 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
152 +
153    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
154    char writeLine[BUFFERSIZE];
155  
156    int i;
157 +
158   #ifdef IS_MPI
159 <  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
159 >  
160 >  int *potatoes;
161 >  int myPotato;
162 >
163 >  int nProc;
164 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
165 >  double atomData6[6];
166 >  double atomData13[13];
167 >  int isDirectional;
168 >  char* atomTypeString;
169 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
170 >
171   #else //is_mpi
172    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
173   #endif //is_mpi
# Line 83 | Line 176 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
176    DirectionalAtom* dAtom;
177    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
178    double pos[3], vel[3];
86 –    
179  
180   #ifndef IS_MPI
181 <    
181 >
182    outFile << nAtoms << "\n";
183 <    
184 <  outFile << currentTime << ";\t"
183 >
184 >  outFile << currentTime << ";\t"
185            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
186            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
187            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
# Line 100 | Line 192 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
192  
193            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
194            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
195 <          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
196 <    
195 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
196 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
197 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
198 >  outFile << endl;
199 >
200    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
201 <      
201 >
202      atoms[i]->getPos(pos);
203      atoms[i]->getVel(vel);
204  
# Line 119 | Line 214 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
214      strcpy( writeLine, tempBuffer );
215  
216      if( atoms[i]->isDirectional() ){
217 <        
217 >
218        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
219        dAtom->getQ( q );
220 <        
220 >
221        sprintf( tempBuffer,
222                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
223                 q[0],
# Line 136 | Line 231 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
231      }
232      else
233        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
234 <      
234 >
235      outFile << writeLine;
236    }
142 –  outFile.flush();
237  
238   #else // is_mpi
239  
240 <  // first thing first, suspend fatalities.
241 <  painCave.isEventLoop = 1;
240 >  /* code to find maximum tag value */
241 >  
242 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
243 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
244 >  if (flag) {
245 >    MAXTAG = *tagub;
246 >  } else {
247 >    MAXTAG = 32767;
248 >  }  
249  
149 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
250    int haveError;
251  
252    MPI_Status istatus;
253    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
254 <  
254 >
255    // write out header and node 0's coordinates
256 <  
256 >
257    if( worldRank == 0 ){
258 +
259 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
260 +
261 +    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
262 +    potatoes = new int[nProc];
263 +
264 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
265 +      potatoes[i] = 0;
266 +    
267      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
268 <  
269 <    outFile << currentTime << ";\t"
268 >
269 >    outFile << currentTime << ";\t"
270              << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
271              << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
272              << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
273 <      
273 >
274              << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
275              << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
276              << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
277 <      
277 >
278              << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
279              << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
280 <            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
281 <    
280 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
281 >
282 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
283 >    outFile << endl;
284      outFile.flush();
285 +    
286 +    currentIndex = 0;
287      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
288 +      
289        // Get the Node number which has this atom;
290        
291 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
291 >      which_node = AtomToProcMap[i];
292        
293 <      if (which_node == 0 ) {
293 >      if (which_node != 0) {
294 >
295 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
296 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
297 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
298 >
299 >          potatoes[which_node] = 0;          
300 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
301 >          
302 >        }
303 >
304 >        myPotato = potatoes[which_node];        
305 >        
306 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
307 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
308 >        
309 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
310          
311 +        myPotato++;
312 +
313 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
314 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
315 +              
316 +        myPotato++;
317 +
318 +        if (isDirectional) {          
319 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
320 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
321 +        } else {
322 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
323 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
324 +        }
325 +        
326 +        myPotato++;
327 +        potatoes[which_node] = myPotato;
328 +
329 +      } else {
330 +        
331          haveError = 0;
332          which_atom = i;
333 <        local_index=-1;        
334 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
335 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
336 <        }
337 <        if (local_index != -1) {
338 <          //format the line
339 <          
333 >        
334 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
335 >                
336 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
337 >          
338 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
339 >
340            atoms[local_index]->getPos(pos);
341 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
341 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
342  
343 <          sprintf( tempBuffer,
344 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
345 <                   atoms[local_index]->getType(),
346 <                   pos[0],
347 <                   pos[1],
348 <                   pos[2],
349 <                   vel[0],
350 <                   vel[1],
351 <                   vel[2]); // check here.
352 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
203 <          
343 >          atomData6[0] = pos[0];
344 >          atomData6[1] = pos[1];
345 >          atomData6[2] = pos[2];
346 >
347 >          atomData6[3] = vel[0];
348 >          atomData6[4] = vel[1];
349 >          atomData6[5] = vel[2];
350 >          
351 >          isDirectional = 0;
352 >
353            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
354 +
355 +            isDirectional = 1;
356              
357              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
358              dAtom->getQ( q );
359 +
360 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
361 +              atomData13[j] = atomData6[j];            
362              
363 <            sprintf( tempBuffer,
364 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
365 <                     q[0],
366 <                     q[1],
367 <                     q[2],
368 <                     q[3],
369 <                     dAtom->getJx(),
370 <                     dAtom->getJy(),
371 <                     dAtom->getJz());
372 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
373 <            
220 <          }
221 <          else
222 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
223 <        }
224 <        else {
363 >            atomData13[6] = q[0];
364 >            atomData13[7] = q[1];
365 >            atomData13[8] = q[2];
366 >            atomData13[9] = q[3];
367 >            
368 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
369 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
370 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
371 >          }
372 >          
373 >        } else {
374            sprintf(painCave.errMsg,
375                    "Atom %d not found on processor %d\n",
376                    i, worldRank );
377            haveError= 1;
378            simError();
379 <        }
380 <        
381 <        if(haveError) nodeZeroError();
382 <
379 >        }
380 >        
381 >        if(haveError) DieDieDie();
382 >        
383 >        currentIndex ++;
384        }
385 <      else {
386 <        myStatus = 1;
387 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
238 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
239 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
240 <                 MPI_COMM_WORLD);
241 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
242 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
243 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
244 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
385 >      // If we've survived to here, format the line:
386 >      
387 >      if (!isDirectional) {
388          
389 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
389 >        sprintf( writeLine,
390 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
391 >                 atomTypeString,
392 >                 atomData6[0],
393 >                 atomData6[1],
394 >                 atomData6[2],
395 >                 atomData6[3],
396 >                 atomData6[4],
397 >                 atomData6[5]);
398  
399 +        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
400 +        
401 +      } else {
402 +        
403 +        sprintf( writeLine,
404 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
405 +                 atomTypeString,
406 +                 atomData13[0],
407 +                 atomData13[1],
408 +                 atomData13[2],
409 +                 atomData13[3],
410 +                 atomData13[4],
411 +                 atomData13[5],
412 +                 atomData13[6],
413 +                 atomData13[7],
414 +                 atomData13[8],
415 +                 atomData13[9],
416 +                 atomData13[10],
417 +                 atomData13[11],
418 +                 atomData13[12]);
419 +        
420        }
421        
422        outFile << writeLine;
251 –      outFile.flush();
423      }
424      
254 –    // kill everyone off:
255 –    myStatus = -1;
256 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
257 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
258 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
259 –    }
425  
426 +    outFile.flush();
427 +    sprintf( checkPointMsg,
428 +             "Sucessfully took a dump.\n");
429 +    MPIcheckPoint();        
430 +    delete[] potatoes;
431    } else {
432 +
433 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
434 +
435 +    // Set my magic potato to 0:
436 +
437 +    myPotato = 0;
438 +    currentIndex = 0;
439      
440 <    done = 0;
264 <    while (!done) {
440 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
441        
442 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
267 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
268 <
269 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
442 >      // Am I the node which has this atom?
443        
444 <      if(myStatus < 0) break;
444 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
445  
446 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
274 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
275 <      
276 <      myStatus = 1;
277 <      local_index=-1;        
278 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
279 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
280 <      }
281 <      if (local_index != -1) {
282 <        //format the line
446 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
447  
448 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
449 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
448 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
449 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
450 >          // node 0 says we can go:
451  
452 <        sprintf( tempBuffer,
453 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
454 <                 atoms[local_index]->getType(),
455 <                 pos[0],
456 <                 pos[1],
457 <                 pos[2],
458 <                 vel[0],
459 <                 vel[1],
460 <                 vel[2]); // check here.
296 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
297 <        
298 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
299 <          
300 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
301 <          dAtom->getQ( q );
302 <          
303 <          sprintf( tempBuffer,
304 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
305 <                   q[0],
306 <                   q[1],
307 <                   q[2],
308 <                   q[3],
309 <                   dAtom->getJx(),
310 <                   dAtom->getJy(),
311 <                   dAtom->getJz());
312 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
313 <        }
314 <        else{
315 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
316 <        }
317 <      }
318 <      else {
319 <        sprintf(painCave.errMsg,
320 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
321 <                which_atom, worldRank );
322 <        myStatus = 0;
323 <        simError();
452 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
453 >          
454 >        }
455 >        which_atom = i;
456 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
457 >                
458 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
459 >        
460 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
461  
462 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
463 <      }
462 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
463 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
464  
465 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
466 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
467 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
331 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
332 <    }
333 <  }  
334 <  outFile.flush();
335 <  sprintf( checkPointMsg,
336 <           "Sucessfully took a dump.\n");
337 <  MPIcheckPoint();
465 >          atomData6[0] = pos[0];
466 >          atomData6[1] = pos[1];
467 >          atomData6[2] = pos[2];
468  
469 < // last  thing last, enable  fatalities.
470 <  painCave.isEventLoop = 0;
469 >          atomData6[3] = vel[0];
470 >          atomData6[4] = vel[1];
471 >          atomData6[5] = vel[2];
472 >          
473 >          isDirectional = 0;
474  
475 < #endif // is_mpi
343 < }
475 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
476  
477 < void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
477 >            isDirectional = 1;
478 >            
479 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
480 >            dAtom->getQ( q );
481 >            
482 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
483 >              atomData13[j] = atomData6[j];
484 >            
485 >            atomData13[6] = q[0];
486 >            atomData13[7] = q[1];
487 >            atomData13[8] = q[2];
488 >            atomData13[9] = q[3];
489  
490 <  char finalName[500];
491 <  ofstream finalOut;
490 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
491 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
492 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
493 >          }
494  
495 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
351 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
352 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
353 <
354 <  double q[4];
355 <  DirectionalAtom* dAtom;
356 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
357 <  int i;
358 < #ifdef IS_MPI
359 <  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
360 < #else //is_mpi
361 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
362 < #endif //is_mpi
363 <  
364 <  double pos[3], vel[3];
365 <  
366 < #ifdef IS_MPI
367 <  if(worldRank == 0 ){
368 < #endif // is_mpi
369 <    
370 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
371 <    
372 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
373 <    if( !finalOut ){
374 <      sprintf( painCave.errMsg,
375 <               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
376 <               finalName );
377 <      painCave.isFatal = 1;
378 <      simError();
379 <    }
380 <    
381 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
382 <    
383 < #ifdef IS_MPI
384 <  }
385 <  
386 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
387 <  MPIcheckPoint();  
388 <  
389 < #endif //is_mpi
390 <
391 <  
392 < #ifndef IS_MPI
393 <    
394 <  finalOut << nAtoms << "\n";
395 <    
396 <  finalOut << finalTime << ";\t"
397 <           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
398 <           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
399 <           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
400 <    
401 <           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
402 <           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
403 <           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
404 <    
405 <           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
406 <           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
407 <           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
408 <  
409 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
410 <      
411 <    atoms[i]->getPos(pos);
412 <    atoms[i]->getVel(vel);
413 <    
414 <    sprintf( tempBuffer,
415 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
416 <             atoms[i]->getType(),
417 <             pos[0],
418 <             pos[1],
419 <             pos[2],
420 <             vel[0],
421 <             vel[1],
422 <             vel[2]);
423 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
424 <
425 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
426 <        
427 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
428 <      dAtom->getQ( q );
429 <        
430 <      sprintf( tempBuffer,
431 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
432 <               q[0],
433 <               q[1],
434 <               q[2],
435 <               q[3],
436 <               dAtom->getJx(),
437 <               dAtom->getJy(),
438 <               dAtom->getJz());
439 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
440 <    }
441 <    else
442 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
443 <      
444 <    finalOut << writeLine;
445 <  }
446 <  finalOut.flush();
447 <  finalOut.close();
448 <
449 < #else // is_mpi
450 <  
451 <  // first thing first, suspend fatalities.
452 <  painCave.isEventLoop = 1;
453 <
454 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
455 <  int haveError;
456 <
457 <  MPI_Status istatus;
458 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
459 <
460 <  // write out header and node 0's coordinates
461 <  
462 <  haveError = 0;
463 <  if( worldRank == 0 ){
464 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
465 <    
466 <    finalOut << finalTime << ";\t"
467 <             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
468 <             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
469 <             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
470 <      
471 <             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
472 <             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
473 <             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
474 <      
475 <             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
476 <             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
477 <             << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
478 <    
479 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
480 <      // Get the Node number which has this molecule:
481 <      
482 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
483 <      
484 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
485 <
486 <        which_atom = i;
487 <        local_index=-1;        
488 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
489 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
490 <        }
491 <        if (local_index != -1) {    
492 <
493 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
494 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
495 <          
496 <          sprintf( tempBuffer,
497 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
498 <                   atoms[local_index]->getType(),
499 <                   pos[0],
500 <                   pos[1],
501 <                   pos[2],
502 <                   vel[0],
503 <                   vel[1],
504 <                   vel[2]);
505 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
506 <          
507 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
508 <            
509 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
510 <            dAtom->getQ( q );
511 <            
512 <            sprintf( tempBuffer,
513 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
514 <                     q[0],
515 <                     q[1],
516 <                     q[2],
517 <                     q[3],
518 <                     dAtom->getJx(),
519 <                     dAtom->getJy(),
520 <                     dAtom->getJz());
521 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
522 <          }
523 <          else
524 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
525 <        }
526 <        else {
495 >        } else {
496            sprintf(painCave.errMsg,
497                    "Atom %d not found on processor %d\n",
498                    i, worldRank );
499            haveError= 1;
500            simError();
501 <        }
501 >        }
502  
503 <        if(haveError) nodeZeroError();
504 <    
505 <      }
506 <      else {
503 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
504 >
505 >        // null terminate the string before sending (just in case):
506 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
507 >
508 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
509 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
510          
511 <        myStatus = 1;
540 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
541 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
542 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
543 <                 MPI_COMM_WORLD);
544 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
545 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
546 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
547 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
548 <        
549 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
550 <      }
551 <      
552 <      finalOut << writeLine;
553 <    }
554 <    
555 <    // kill everyone off:
556 <    myStatus = -1;
557 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
558 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
559 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
560 <    }
511 >        myPotato++;
512  
513 <  } else {
514 <    
515 <    done = 0;
516 <    while (!done) {
513 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
514 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
515 >        
516 >        myPotato++;
517 >        
518 >        if (isDirectional) {
519  
520 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
521 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
522 <      
523 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
571 <      
572 <      if(myStatus < 0) break;
573 <      
574 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
575 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
576 <      
577 <      myStatus = 1;
578 <      local_index=-1;        
579 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
580 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
581 <      }
582 <      if (local_index != -1) {
520 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
521 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
522 >          
523 >        } else {
524  
525 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
526 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
525 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
526 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
527 >        }
528  
529 <        //format the line
530 <        sprintf( tempBuffer,
589 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
590 <                 atoms[local_index]->getType(),
591 <                 pos[0],
592 <                 pos[1],
593 <                 pos[2],
594 <                 vel[0],
595 <                 vel[1],
596 <                 vel[2]); // check here.
597 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
598 <        
599 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
600 <          
601 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
602 <          dAtom->getQ( q );
603 <          
604 <          sprintf( tempBuffer,
605 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
606 <                   q[0],
607 <                   q[1],
608 <                   q[2],
609 <                   q[3],
610 <                   dAtom->getJx(),
611 <                   dAtom->getJy(),
612 <                   dAtom->getJz());
613 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
614 <        }
615 <        else{
616 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
617 <        }
618 <      }
619 <      else {
620 <        sprintf(painCave.errMsg,
621 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
622 <                which_atom, worldRank );
623 <        myStatus = 0;
624 <        simError();
625 <        
626 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
529 >        myPotato++;  
530 >        currentIndex++;    
531        }
628 –
629 –      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
630 –               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
631 –      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
632 –                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
532      }
533 <  }
534 <  finalOut.flush();
535 <  sprintf( checkPointMsg,
536 <           "Sucessfully took a dump.\n");
537 <  MPIcheckPoint();
533 >
534 >    sprintf( checkPointMsg,
535 >             "Sucessfully took a dump.\n");
536 >    MPIcheckPoint();        
537 >    
538 >  }
539    
640 –  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
540   #endif // is_mpi
541   }
542  
644 –
645 –
543   #ifdef IS_MPI
544  
545   // a couple of functions to let us escape the write loop
546  
547 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
651 <  int j, myStatus;
652 <  
653 <  myStatus = 0;
654 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
655 <    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
656 <              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
657 <  }  
658 <  
547 > void dWrite::DieDieDie( void ){
548  
549    MPI_Finalize();
550    exit (0);
662 –  
551   }
552  
665 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
666 –
667 –  MPI_Finalize();
668 –  exit (0);
669 – }
670 –
553   #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines