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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 787 by mmeineke, Thu Sep 25 19:27:15 2003 UTC vs.
Revision 934 by tim, Tue Jan 13 20:04:28 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1   #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2  
3 < #include <cstring>
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6 + #include <algorithm>
7 + #include <utility>
8  
9   #ifdef IS_MPI
10   #include <mpi.h>
11   #include "mpiSimulation.hpp"
10 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
11 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
12  
13   namespace dWrite{
14 <  void nodeZeroError( void );
15 <  void anonymousNodeDie( void );
14 >  void DieDieDie( void );
15   }
16  
17   using namespace dWrite;
# Line 28 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27   #ifdef IS_MPI
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30 <    
31 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
32 <    
33 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
34 <    
35 <    if( !outFile ){
37 <      
30 >
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42  
43 <    //outFile.setf( ios::scientific );
43 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
44 >    if( !finalOut ){
45 >      sprintf( painCave.errMsg,
46 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
47 >               entry_plug->finalName );
48 >      painCave.isFatal = 1;
49 >      simError();
50 >    }
51  
52   #ifdef IS_MPI
53    }
54  
55 +  //sort the local atoms by global index
56 +  sortByGlobalIndex();
57 +  
58    sprintf( checkPointMsg,
59             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
60    MPIcheckPoint();
# Line 59 | Line 67 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
67    if(worldRank == 0 ){
68   #endif // is_mpi
69  
70 <    outFile.close();
70 >    dumpFile.close();
71 >    finalOut.close();
72  
73   #ifdef IS_MPI
74    }
75   #endif // is_mpi
76   }
77  
78 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
78 > #ifdef IS_MPI
79 >
80 > /**
81 > * A hook function to load balancing
82 > */
83 >
84 > void DumpWriter::update(){
85 >  sortByGlobalIndex();          
86 > }
87    
88 + /**
89 + * Auxiliary sorting function
90 + */
91 +
92 + bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
93 +  return p1.second < p2.second;
94 + }
95 +
96 + /**
97 + * Sorting the local index by global index
98 + */
99 +
100 + void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
101 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
102 +  
103 +  indexArray.clear();
104 +  
105 +  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
106 +    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
107 +  
108 +  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
109 + }
110 + #endif
111 +
112 + void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
113 +
114 +  vector<ofstream*> fileStreams;
115 +
116 + #ifdef IS_MPI
117 +  if(worldRank == 0 ){
118 +    finalOut.seekp(0);
119 +  }
120 + #endif // is_mpi
121 +
122 +  fileStreams.push_back(&finalOut);
123 +  fileStreams.push_back(&dumpFile);
124 +
125 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
126 +        
127 + }
128 +
129 + void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
130 +
131 +  vector<ofstream*> fileStreams;
132 +
133 + #ifdef IS_MPI
134 +  if(worldRank == 0 ){
135 +    finalOut.seekp(0);
136 +  }
137 + #endif // is_mpi
138 +  
139 +  fileStreams.push_back(&finalOut);  
140 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
141 +  
142 + }
143 +
144 + void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
145 +
146    const int BUFFERSIZE = 2000;
147 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
148 +
149    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
150    char writeLine[BUFFERSIZE];
151  
152 <  int i;
152 >  int i, k;
153 >
154   #ifdef IS_MPI
155 <  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
155 >  
156 >  int *potatoes;
157 >  int myPotato;
158 >
159 >  int nProc;
160 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
161 >  double atomData6[6];
162 >  double atomData13[13];
163 >  int isDirectional;
164 >  char* atomTypeString;
165 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
166 >
167   #else //is_mpi
168    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
169   #endif //is_mpi
# Line 83 | Line 172 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
172    DirectionalAtom* dAtom;
173    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
174    double pos[3], vel[3];
86 –    
175  
176   #ifndef IS_MPI
177 <    
178 <  outFile << nAtoms << "\n";
179 <    
92 <  outFile << currentTime << ";\t"
93 <          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
94 <          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
95 <          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
177 >  
178 >  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
179 >    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
180  
181 <          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
182 <          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
183 <          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
181 >    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
182 >               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
183 >                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
184 >                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
185 >              
186 >               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
187 >                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
188 >                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
189  
190 <          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
191 <          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
192 <          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
193 <    
190 >                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
191 >                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
192 >                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
193 >
194 >    //write out additional parameters, such as chi and eta
195 >    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
196 >  }
197 >  
198    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
199 <      
199 >
200      atoms[i]->getPos(pos);
201      atoms[i]->getVel(vel);
202  
# Line 119 | Line 212 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
212      strcpy( writeLine, tempBuffer );
213  
214      if( atoms[i]->isDirectional() ){
215 <        
215 >
216        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
217        dAtom->getQ( q );
218 <        
218 >
219        sprintf( tempBuffer,
220                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
221                 q[0],
# Line 136 | Line 229 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
229      }
230      else
231        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
232 <      
233 <    outFile << writeLine;
232 >
233 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
234 >      *outFile[k] << writeLine;
235    }
142 –  outFile.flush();
236  
237   #else // is_mpi
238  
239 <  // first thing first, suspend fatalities.
240 <  painCave.isEventLoop = 1;
239 >  /* code to find maximum tag value */
240 >  
241 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
242 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
243 >  if (flag) {
244 >    MAXTAG = *tagub;
245 >  } else {
246 >    MAXTAG = 32767;
247 >  }  
248  
149 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
249    int haveError;
250  
251    MPI_Status istatus;
252    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
253 <  
253 >
254    // write out header and node 0's coordinates
255 <  
255 >
256    if( worldRank == 0 ){
257 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
258 <  
259 <    outFile << currentTime << ";\t"
260 <            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
261 <            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
262 <            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
263 <      
264 <            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
265 <            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
167 <            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
168 <      
169 <            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
170 <            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
171 <            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
257 >
258 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
259 >
260 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
261 >    potatoes = new int[nProc];
262 >
263 >    //write out the comment lines
264 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
265 >      potatoes[i] = 0;
266      
267 <    outFile.flush();
267 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
268 >        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
269 >
270 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
271 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
272 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
273 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
274 >
275 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
276 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
277 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
278 >
279 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
280 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
281 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
282 >  
283 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
284 >    }
285 >
286 >    currentIndex = 0;
287 >
288      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
289 +      
290        // Get the Node number which has this atom;
291        
292 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
292 >      which_node = AtomToProcMap[i];
293        
294 <      if (which_node == 0 ) {
294 >      if (which_node != 0) {
295 >
296 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
297 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
298 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
299 >
300 >          potatoes[which_node] = 0;          
301 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
302 >          
303 >        }
304 >
305 >        myPotato = potatoes[which_node];        
306 >        
307 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
308 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
309 >        
310 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
311          
312 <        haveError = 0;
313 <        which_atom = i;
314 <        local_index=-1;        
315 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
316 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
312 >        myPotato++;
313 >
314 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
315 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
316 >              
317 >        myPotato++;
318 >
319 >        if (isDirectional) {          
320 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
321 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
322 >        } else {
323 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
324 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
325          }
326 <        if (local_index != -1) {
327 <          //format the line
328 <          
190 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
191 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
326 >        
327 >        myPotato++;
328 >        potatoes[which_node] = myPotato;
329  
330 <          sprintf( tempBuffer,
331 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
332 <                   atoms[local_index]->getType(),
333 <                   pos[0],
334 <                   pos[1],
335 <                   pos[2],
336 <                   vel[0],
337 <                   vel[1],
338 <                   vel[2]); // check here.
339 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
340 <          
330 >      } else {
331 >        
332 >        haveError = 0;
333 >              which_atom = i;
334 >        
335 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
336 >                
337 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
338 >          
339 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
340 >
341 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
342 >                atoms[local_index]->getVel(vel);          
343 >
344 >          atomData6[0] = pos[0];
345 >          atomData6[1] = pos[1];
346 >          atomData6[2] = pos[2];
347 >
348 >          atomData6[3] = vel[0];
349 >          atomData6[4] = vel[1];
350 >          atomData6[5] = vel[2];
351 >          
352 >          isDirectional = 0;
353 >
354            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
355 +
356 +            isDirectional = 1;
357              
358              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
359              dAtom->getQ( q );
208 –            
209 –            sprintf( tempBuffer,
210 –                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
211 –                     q[0],
212 –                     q[1],
213 –                     q[2],
214 –                     q[3],
215 –                     dAtom->getJx(),
216 –                     dAtom->getJy(),
217 –                     dAtom->getJz());
218 –            strcat( writeLine, tempBuffer );
219 –            
220 –          }
221 –          else
222 –            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
223 –        }
224 –        else {
225 –          sprintf(painCave.errMsg,
226 –                  "Atom %d not found on processor %d\n",
227 –                  i, worldRank );
228 –          haveError= 1;
229 –          simError();
230 –        }
231 –        
232 –        if(haveError) nodeZeroError();
360  
361 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
362 +              atomData13[j] = atomData6[j];            
363 +            
364 +            atomData13[6] = q[0];
365 +            atomData13[7] = q[1];
366 +            atomData13[8] = q[2];
367 +            atomData13[9] = q[3];
368 +            
369 +            atomData13[10] = dAtom->getJx();
370 +            atomData13[11] = dAtom->getJy();
371 +            atomData13[12] = dAtom->getJz();
372 +          }
373 +          
374 +        } else {
375 +          sprintf(painCave.errMsg,
376 +                              "Atom %d not found on processor %d\n",
377 +                              i, worldRank );
378 +                haveError= 1;
379 +                simError();
380 +              }
381 +        
382 +        if(haveError) DieDieDie();
383 +        
384 +        currentIndex ++;
385        }
386 <      else {
387 <        myStatus = 1;
388 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
238 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
239 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
240 <                 MPI_COMM_WORLD);
241 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
242 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
243 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
244 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
386 >      // If we've survived to here, format the line:
387 >      
388 >      if (!isDirectional) {
389          
390 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
390 >        sprintf( writeLine,
391 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
392 >                             atomTypeString,
393 >                             atomData6[0],
394 >                             atomData6[1],
395 >                             atomData6[2],
396 >                             atomData6[3],
397 >                             atomData6[4],
398 >                             atomData6[5]);
399  
400 +              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
401 +        
402 +      } else {
403 +        
404 +              sprintf( writeLine,
405 +                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
406 +                             atomTypeString,
407 +                             atomData13[0],
408 +                             atomData13[1],
409 +                             atomData13[2],
410 +                             atomData13[3],
411 +                             atomData13[4],
412 +                             atomData13[5],
413 +                             atomData13[6],
414 +                             atomData13[7],
415 +                             atomData13[8],
416 +                             atomData13[9],
417 +                             atomData13[10],
418 +                             atomData13[11],
419 +                             atomData13[12]);
420 +        
421        }
422        
423 <      outFile << writeLine;
424 <      outFile.flush();
423 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
424 >        *outFile[k] << writeLine;
425      }
426      
427 <    // kill everyone off:
428 <    myStatus = -1;
429 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
430 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
431 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
259 <    }
427 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
428 >      outFile[k]->flush();
429 >    
430 >    sprintf( checkPointMsg,
431 >             "Sucessfully took a dump.\n");
432  
433 +    MPIcheckPoint();        
434 +
435 +    delete[] potatoes;
436 +
437    } else {
438 +
439 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
440 +
441 +    // Set my magic potato to 0:
442 +
443 +    myPotato = 0;
444 +    currentIndex = 0;
445      
446 <    done = 0;
264 <    while (!done) {
446 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
447        
448 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
267 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
268 <
269 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
448 >      // Am I the node which has this atom?
449        
450 <      if(myStatus < 0) break;
450 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
451  
452 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
274 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
275 <      
276 <      myStatus = 1;
277 <      local_index=-1;        
278 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
279 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
280 <      }
281 <      if (local_index != -1) {
282 <        //format the line
283 <
284 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
285 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
452 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
453  
454 <        sprintf( tempBuffer,
455 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
456 <                 atoms[local_index]->getType(),
290 <                 pos[0],
291 <                 pos[1],
292 <                 pos[2],
293 <                 vel[0],
294 <                 vel[1],
295 <                 vel[2]); // check here.
296 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
297 <        
298 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
299 <          
300 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
301 <          dAtom->getQ( q );
302 <          
303 <          sprintf( tempBuffer,
304 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
305 <                   q[0],
306 <                   q[1],
307 <                   q[2],
308 <                   q[3],
309 <                   dAtom->getJx(),
310 <                   dAtom->getJy(),
311 <                   dAtom->getJz());
312 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
313 <        }
314 <        else{
315 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
316 <        }
317 <      }
318 <      else {
319 <        sprintf(painCave.errMsg,
320 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
321 <                which_atom, worldRank );
322 <        myStatus = 0;
323 <        simError();
454 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
455 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
456 >          // node 0 says we can go:
457  
458 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
459 <      }
458 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
459 >          
460 >        }
461 >        which_atom = i;
462 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
463 >                
464 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
465 >        
466 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
467  
468 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
469 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
330 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
331 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
332 <    }
333 <  }  
334 <  outFile.flush();
335 <  sprintf( checkPointMsg,
336 <           "Sucessfully took a dump.\n");
337 <  MPIcheckPoint();
468 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
469 >                atoms[local_index]->getVel(vel);
470  
471 < // last  thing last, enable  fatalities.
472 <  painCave.isEventLoop = 0;
471 >          atomData6[0] = pos[0];
472 >          atomData6[1] = pos[1];
473 >          atomData6[2] = pos[2];
474  
475 < #endif // is_mpi
476 < }
475 >          atomData6[3] = vel[0];
476 >          atomData6[4] = vel[1];
477 >          atomData6[5] = vel[2];
478 >          
479 >          isDirectional = 0;
480  
481 < void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
481 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
482  
483 <  char finalName[500];
484 <  ofstream finalOut;
485 <
486 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
487 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
488 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
489 <
490 <  double q[4];
491 <  DirectionalAtom* dAtom;
492 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
493 <  int i;
494 < #ifdef IS_MPI
359 <  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
360 < #else //is_mpi
361 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
362 < #endif //is_mpi
483 >            isDirectional = 1;
484 >            
485 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
486 >            dAtom->getQ( q );
487 >            
488 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
489 >              atomData13[j] = atomData6[j];
490 >            
491 >            atomData13[6] = q[0];
492 >            atomData13[7] = q[1];
493 >            atomData13[8] = q[2];
494 >            atomData13[9] = q[3];
495    
496 <  double pos[3], vel[3];
497 <  
498 < #ifdef IS_MPI
499 <  if(worldRank == 0 ){
368 < #endif // is_mpi
369 <    
370 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
371 <    
372 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
373 <    if( !finalOut ){
374 <      sprintf( painCave.errMsg,
375 <               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
376 <               finalName );
377 <      painCave.isFatal = 1;
378 <      simError();
379 <    }
380 <    
381 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
382 <    
383 < #ifdef IS_MPI
384 <  }
385 <  
386 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
387 <  MPIcheckPoint();  
388 <  
389 < #endif //is_mpi
496 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
497 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
498 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
499 >          }
500  
501 <  
502 < #ifndef IS_MPI
503 <    
504 <  finalOut << nAtoms << "\n";
505 <    
506 <  finalOut << finalTime << ";\t"
507 <           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
398 <           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
399 <           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
400 <    
401 <           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
402 <           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
403 <           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
404 <    
405 <           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
406 <           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
407 <           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
408 <  
409 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
410 <      
411 <    atoms[i]->getPos(pos);
412 <    atoms[i]->getVel(vel);
413 <    
414 <    sprintf( tempBuffer,
415 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
416 <             atoms[i]->getType(),
417 <             pos[0],
418 <             pos[1],
419 <             pos[2],
420 <             vel[0],
421 <             vel[1],
422 <             vel[2]);
423 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
501 >        } else {
502 >                sprintf(painCave.errMsg,
503 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
504 >                              i, worldRank );
505 >                haveError= 1;
506 >                simError();
507 >              }
508  
509 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
426 <        
427 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
428 <      dAtom->getQ( q );
429 <        
430 <      sprintf( tempBuffer,
431 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
432 <               q[0],
433 <               q[1],
434 <               q[2],
435 <               q[3],
436 <               dAtom->getJx(),
437 <               dAtom->getJy(),
438 <               dAtom->getJz());
439 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
440 <    }
441 <    else
442 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
443 <      
444 <    finalOut << writeLine;
445 <  }
446 <  finalOut.flush();
447 <  finalOut.close();
509 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
510  
511 < #else // is_mpi
512 <  
451 <  // first thing first, suspend fatalities.
452 <  painCave.isEventLoop = 1;
511 >        // null terminate the string before sending (just in case):
512 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
513  
514 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
515 <  int haveError;
514 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
515 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
516 >        
517 >        myPotato++;
518  
519 <  MPI_Status istatus;
520 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
519 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
520 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
521 >        
522 >        myPotato++;
523 >        
524 >        if (isDirectional) {
525  
526 <  // write out header and node 0's coordinates
527 <  
528 <  haveError = 0;
529 <  if( worldRank == 0 ){
464 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
465 <    
466 <    finalOut << finalTime << ";\t"
467 <             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
468 <             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
469 <             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
470 <      
471 <             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
472 <             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
473 <             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
474 <      
475 <             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
476 <             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
477 <             << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
478 <    
479 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
480 <      // Get the Node number which has this molecule:
481 <      
482 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
483 <      
484 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
526 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
527 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
528 >          
529 >        } else {
530  
531 <        which_atom = i;
532 <        local_index=-1;        
488 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
489 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
531 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
532 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
533          }
491 –        if (local_index != -1) {    
534  
535 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
536 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
495 <          
496 <          sprintf( tempBuffer,
497 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
498 <                   atoms[local_index]->getType(),
499 <                   pos[0],
500 <                   pos[1],
501 <                   pos[2],
502 <                   vel[0],
503 <                   vel[1],
504 <                   vel[2]);
505 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
506 <          
507 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
508 <            
509 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
510 <            dAtom->getQ( q );
511 <            
512 <            sprintf( tempBuffer,
513 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
514 <                     q[0],
515 <                     q[1],
516 <                     q[2],
517 <                     q[3],
518 <                     dAtom->getJx(),
519 <                     dAtom->getJy(),
520 <                     dAtom->getJz());
521 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
522 <          }
523 <          else
524 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
525 <        }
526 <        else {
527 <          sprintf(painCave.errMsg,
528 <                  "Atom %d not found on processor %d\n",
529 <                  i, worldRank );
530 <          haveError= 1;
531 <          simError();
532 <        }
533 <
534 <        if(haveError) nodeZeroError();
535 <    
536 <      }
537 <      else {
538 <        
539 <        myStatus = 1;
540 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
541 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
542 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
543 <                 MPI_COMM_WORLD);
544 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
545 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
546 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
547 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
548 <        
549 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
535 >        myPotato++;  
536 >        currentIndex++;    
537        }
551 –      
552 –      finalOut << writeLine;
538      }
554 –    
555 –    // kill everyone off:
556 –    myStatus = -1;
557 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
558 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
559 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
560 –    }
539  
540 <  } else {
540 >    sprintf( checkPointMsg,
541 >             "Sucessfully took a dump.\n");
542 >    MPIcheckPoint();        
543      
544 <    done = 0;
565 <    while (!done) {
566 <
567 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
568 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
569 <      
570 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
571 <      
572 <      if(myStatus < 0) break;
573 <      
574 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
575 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
576 <      
577 <      myStatus = 1;
578 <      local_index=-1;        
579 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
580 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
581 <      }
582 <      if (local_index != -1) {
583 <
584 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
585 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
586 <
587 <        //format the line
588 <        sprintf( tempBuffer,
589 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
590 <                 atoms[local_index]->getType(),
591 <                 pos[0],
592 <                 pos[1],
593 <                 pos[2],
594 <                 vel[0],
595 <                 vel[1],
596 <                 vel[2]); // check here.
597 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
598 <        
599 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
600 <          
601 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
602 <          dAtom->getQ( q );
603 <          
604 <          sprintf( tempBuffer,
605 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
606 <                   q[0],
607 <                   q[1],
608 <                   q[2],
609 <                   q[3],
610 <                   dAtom->getJx(),
611 <                   dAtom->getJy(),
612 <                   dAtom->getJz());
613 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
614 <        }
615 <        else{
616 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
617 <        }
618 <      }
619 <      else {
620 <        sprintf(painCave.errMsg,
621 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
622 <                which_atom, worldRank );
623 <        myStatus = 0;
624 <        simError();
625 <        
626 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
627 <      }
628 <
629 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
630 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
631 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
632 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
633 <    }
634 <  }
635 <  finalOut.flush();
636 <  sprintf( checkPointMsg,
637 <           "Sucessfully took a dump.\n");
638 <  MPIcheckPoint();
544 >  }
545    
640 –  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
546   #endif // is_mpi
547   }
548  
644 –
645 –
549   #ifdef IS_MPI
550  
551   // a couple of functions to let us escape the write loop
552  
553 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
651 <  int j, myStatus;
652 <  
653 <  myStatus = 0;
654 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
655 <    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
656 <              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
657 <  }  
658 <  
553 > void dWrite::DieDieDie( void ){
554  
555    MPI_Finalize();
556    exit (0);
662 –  
557   }
558  
665 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
666 –
667 –  MPI_Finalize();
668 –  exit (0);
669 – }
670 –
559   #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines