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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 829 by gezelter, Tue Oct 28 16:03:37 2003 UTC vs.
Revision 1108 by tim, Wed Apr 14 15:37:41 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 + #define _LARGEFILE_SOURCE64
2   #define _FILE_OFFSET_BITS 64
3  
4   #include <string.h>
5   #include <iostream>
6   #include <fstream>
7 + #include <algorithm>
8 + #include <utility>
9  
10   #ifdef IS_MPI
11   #include <mpi.h>
12   #include "mpiSimulation.hpp"
10 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
11 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
13  
14   namespace dWrite{
15 <  void nodeZeroError( void );
15 <  void anonymousNodeDie( void );
15 >  void DieDieDie( void );
16   }
17  
18   using namespace dWrite;
# Line 28 | Line 28 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
28   #ifdef IS_MPI
29    if(worldRank == 0 ){
30   #endif // is_mpi
31 <    
32 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
33 <    
34 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
35 <    
36 <    if( !outFile ){
37 <      
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42  
45 –    //outFile.setf( ios::scientific );
46 –
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
46 +  //sort the local atoms by global index
47 +  sortByGlobalIndex();
48 +  
49    sprintf( checkPointMsg,
50             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
51    MPIcheckPoint();
# Line 59 | Line 58 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
58    if(worldRank == 0 ){
59   #endif // is_mpi
60  
61 <    outFile.close();
61 >    dumpFile.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
65   #endif // is_mpi
66   }
67  
69 – void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
70 –  
71 –  const int BUFFERSIZE = 2000;
72 –  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
73 –  char writeLine[BUFFERSIZE];
74 –
75 –  int i;
68   #ifdef IS_MPI
77 –  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
78 – #else //is_mpi
79 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
80 – #endif //is_mpi
69  
70 <  double q[4];
71 <  DirectionalAtom* dAtom;
72 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
73 <  double pos[3], vel[3];
74 <    
70 > /**
71 > * A hook function to load balancing
72 > */
73 >
74 > void DumpWriter::update(){
75 >  sortByGlobalIndex();          
76 > }
77    
78 <  // write current frame to the eor file
78 > /**
79 > * Auxiliary sorting function
80 > */
81 >
82 > bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
83 >  return p1.second < p2.second;
84 > }
85  
86 <  this->writeFinal( currentTime );
86 > /**
87 > * Sorting the local index by global index
88 > */
89 >
90 > void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 >  Molecule* mols = entry_plug->molecules;  
92 >  indexArray.clear();
93 >  
94 >  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
95 >    indexArray.push_back(make_pair(i, mols[i].getGlobalIndex()));
96 >  
97 >  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
98 > }
99  
100 < #ifndef IS_MPI
93 <    
94 <  outFile << nAtoms << "\n";
95 <    
96 <  outFile << currentTime << ";\t"
97 <          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
98 <          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
99 <          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
100 > #endif
101  
102 <          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
102 <          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
103 <          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
102 > void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103  
104 <          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
105 <          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
107 <          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
108 <    
109 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
110 <      
111 <    atoms[i]->getPos(pos);
112 <    atoms[i]->getVel(vel);
104 >  ofstream finalOut;
105 >  vector<ofstream*> fileStreams;
106  
107 <    sprintf( tempBuffer,
108 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
109 <             atoms[i]->getType(),
110 <             pos[0],
111 <             pos[1],
112 <             pos[2],
113 <             vel[0],
114 <             vel[1],
115 <             vel[2]);
116 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
124 <
125 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
126 <        
127 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
128 <      dAtom->getQ( q );
129 <        
130 <      sprintf( tempBuffer,
131 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
132 <               q[0],
133 <               q[1],
134 <               q[2],
135 <               q[3],
136 <               dAtom->getJx(),
137 <               dAtom->getJy(),
138 <               dAtom->getJz());
139 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
107 > #ifdef IS_MPI
108 >  if(worldRank == 0 ){
109 > #endif    
110 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 >    if( !finalOut ){
112 >      sprintf( painCave.errMsg,
113 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 >               entry_plug->finalName );
115 >      painCave.isFatal = 1;
116 >      simError();
117      }
118 <    else
142 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
143 <      
144 <    outFile << writeLine;
118 > #ifdef IS_MPI
119    }
120 <  outFile.flush();
120 > #endif // is_mpi
121  
122 < #else // is_mpi
122 >  fileStreams.push_back(&finalOut);
123 >  fileStreams.push_back(&dumpFile);
124  
125 <  // first thing first, suspend fatalities.
151 <  painCave.isEventLoop = 1;
125 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
126  
127 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
128 <  int haveError;
127 > #ifdef IS_MPI
128 >  finalOut.close();
129 > #endif
130 >        
131 > }
132  
133 <  MPI_Status istatus;
157 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
158 <  
159 <  // write out header and node 0's coordinates
160 <  
161 <  if( worldRank == 0 ){
162 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
163 <  
164 <    outFile << currentTime << ";\t"
165 <            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
166 <            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
167 <            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
168 <      
169 <            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
170 <            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
171 <            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
172 <      
173 <            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
174 <            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
175 <            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
176 <    
177 <    outFile.flush();
178 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
179 <      // Get the Node number which has this atom;
180 <      
181 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
182 <      
183 <      if (which_node == 0 ) {
184 <        
185 <        haveError = 0;
186 <        which_atom = i;
187 <        local_index=-1;        
188 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
189 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
190 <        }
191 <        if (local_index != -1) {
192 <          //format the line
193 <          
194 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
195 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
133 > void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
134  
135 <          sprintf( tempBuffer,
136 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
199 <                   atoms[local_index]->getType(),
200 <                   pos[0],
201 <                   pos[1],
202 <                   pos[2],
203 <                   vel[0],
204 <                   vel[1],
205 <                   vel[2]); // check here.
206 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
207 <          
208 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
209 <            
210 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
211 <            dAtom->getQ( q );
212 <            
213 <            sprintf( tempBuffer,
214 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
215 <                     q[0],
216 <                     q[1],
217 <                     q[2],
218 <                     q[3],
219 <                     dAtom->getJx(),
220 <                     dAtom->getJy(),
221 <                     dAtom->getJz());
222 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
223 <            
224 <          }
225 <          else
226 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
227 <        }
228 <        else {
229 <          sprintf(painCave.errMsg,
230 <                  "Atom %d not found on processor %d\n",
231 <                  i, worldRank );
232 <          haveError= 1;
233 <          simError();
234 <        }
235 <        
236 <        if(haveError) nodeZeroError();
237 <
238 <      }
239 <      else {
240 <        myStatus = 1;
241 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
242 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
243 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
244 <                 MPI_COMM_WORLD);
245 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
246 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
247 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
248 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
249 <        
250 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
251 <
252 <      }
253 <      
254 <      outFile << writeLine;
255 <      outFile.flush();
256 <    }
257 <    
258 <    // kill everyone off:
259 <    myStatus = -1;
260 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
261 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
262 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
263 <    }
264 <
265 <  } else {
266 <    
267 <    done = 0;
268 <    while (!done) {
269 <      
270 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
271 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
272 <
273 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
274 <      
275 <      if(myStatus < 0) break;
276 <
277 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
278 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
279 <      
280 <      myStatus = 1;
281 <      local_index=-1;        
282 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
283 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
284 <      }
285 <      if (local_index != -1) {
286 <        //format the line
135 >  ofstream finalOut;
136 >  vector<ofstream*> fileStreams;
137  
138 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
139 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
138 > #ifdef IS_MPI
139 >  if(worldRank == 0 ){
140 > #endif // is_mpi
141  
142 <        sprintf( tempBuffer,
292 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
293 <                 atoms[local_index]->getType(),
294 <                 pos[0],
295 <                 pos[1],
296 <                 pos[2],
297 <                 vel[0],
298 <                 vel[1],
299 <                 vel[2]); // check here.
300 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
301 <        
302 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
303 <          
304 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
305 <          dAtom->getQ( q );
306 <          
307 <          sprintf( tempBuffer,
308 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
309 <                   q[0],
310 <                   q[1],
311 <                   q[2],
312 <                   q[3],
313 <                   dAtom->getJx(),
314 <                   dAtom->getJy(),
315 <                   dAtom->getJz());
316 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
317 <        }
318 <        else{
319 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
320 <        }
321 <      }
322 <      else {
323 <        sprintf(painCave.errMsg,
324 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
325 <                which_atom, worldRank );
326 <        myStatus = 0;
327 <        simError();
142 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
143  
144 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
145 <      }
146 <
147 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
148 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
149 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
335 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
144 >    if( !finalOut ){
145 >      sprintf( painCave.errMsg,
146 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
147 >               entry_plug->finalName );
148 >      painCave.isFatal = 1;
149 >      simError();
150      }
337 –  }  
338 –  outFile.flush();
339 –  sprintf( checkPointMsg,
340 –           "Sucessfully took a dump.\n");
341 –  MPIcheckPoint();
151  
152 < // last  thing last, enable  fatalities.
153 <  painCave.isEventLoop = 0;
345 <
152 > #ifdef IS_MPI
153 >  }
154   #endif // is_mpi
155 +  
156 +  fileStreams.push_back(&finalOut);  
157 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
158 +
159 + #ifdef IS_MPI
160 +  finalOut.close();
161 + #endif
162 +  
163   }
164  
165 < void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
165 > void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
166  
351 –  char finalName[500];
352 –  ofstream finalOut;
353 –
167    const int BUFFERSIZE = 2000;
168 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
356 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
168 >  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
169  
170 <  double q[4];
171 <  DirectionalAtom* dAtom;
172 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
173 <  int i;
170 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
171 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
172 >
173 >  int i, k;
174 >
175   #ifdef IS_MPI
363 –  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
364 – #else //is_mpi
365 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
366 – #endif //is_mpi
176    
177 +  /*********************************************************************
178 +   * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
179 +   *
180 +   * Why all the potatoes below?  
181 +   *
182 +   * To make a long story short, the original version of DumpWriter
183 +   * worked in the most inefficient way possible.  Node 0 would
184 +   * poke each of the node for an individual atom's formatted data
185 +   * as node 0 worked its way down the global index. This was particularly
186 +   * inefficient since the method blocked all processors at every atom
187 +   * (and did it twice!).
188 +   *
189 +   * An intermediate version of DumpWriter could be described from Node
190 +   * zero's perspective as follows:
191 +   *
192 +   *  1) Have 100 of your friends stand in a circle.
193 +   *  2) When you say go, have all of them start tossing potatoes at
194 +   *     you (one at a time).
195 +   *  3) Catch the potatoes.
196 +   *
197 +   * It was an improvement, but MPI has buffers and caches that could
198 +   * best be described in this analogy as "potato nets", so there's no
199 +   * need to block the processors atom-by-atom.
200 +   *
201 +   * This new and improved DumpWriter works in an even more efficient
202 +   * way:
203 +   *
204 +   *  1) Have 100 of your friend stand in a circle.
205 +   *  2) When you say go, have them start tossing 5-pound bags of
206 +   *     potatoes at you.
207 +   *  3) Once you've caught a friend's bag of potatoes,
208 +   *     toss them a spud to let them know they can toss another bag.
209 +   *
210 +   * How's THAT for documentation?
211 +   *
212 +   *********************************************************************/
213 +
214 +  int *potatoes;
215 +  int myPotato;
216 +
217 +  int nProc;
218 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
219 +  double atomData6[6];
220 +  double atomData13[13];
221 +  int isDirectional;
222 +  char* atomTypeString;
223 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
224 +  int nObjects;
225 + #endif //is_mpi
226 +
227 +  double q[4], ji[3];
228 +  DirectionalAtom* dAtom;
229    double pos[3], vel[3];
230 +  int nTotObjects;
231 +  StuntDouble* sd;
232 +  char* molName;
233 +  vector<StuntDouble*> integrableObjects;
234 +  vector<StuntDouble*>::iterator iter;
235 +  nTotObjects = entry_plug->getTotIntegrableObjects();
236 + #ifndef IS_MPI
237    
238 < #ifdef IS_MPI
239 <  if(worldRank == 0 ){
240 < #endif // is_mpi
241 <    
242 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
243 <    
244 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
245 <    if( !finalOut ){
246 <      sprintf( painCave.errMsg,
247 <               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
248 <               finalName );
249 <      painCave.isFatal = 1;
250 <      simError();
251 <    }
252 <    
253 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
254 <    
255 < #ifdef IS_MPI
238 >  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
239 >    *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
240 >
241 >    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
242 >               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
243 >                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
244 >                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
245 >              
246 >               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
247 >                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
248 >                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
249 >
250 >                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
251 >                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
252 >                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
253 >
254 >    //write out additional parameters, such as chi and eta
255 >    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
256    }
257    
258 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
391 <  MPIcheckPoint();  
392 <  
393 < #endif //is_mpi
258 >  for( i=0; i< entry_plug->n_mol; i++ ){
259  
260 <  
261 < #ifndef IS_MPI
260 >    integrableObjects = entry_plug->molecules[i].getIntegrableObjects();
261 >    molName = (entry_plug->compStamps[entry_plug->molecules[i].getStampID()])->getID();
262      
263 <  finalOut << nAtoms << "\n";
264 <    
265 <  finalOut << finalTime << ";\t"
266 <           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
402 <           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
403 <           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
404 <    
405 <           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
406 <           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
407 <           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
408 <    
409 <           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
410 <           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
411 <           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
412 <  
413 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
414 <      
415 <    atoms[i]->getPos(pos);
416 <    atoms[i]->getVel(vel);
417 <    
418 <    sprintf( tempBuffer,
419 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
420 <             atoms[i]->getType(),
421 <             pos[0],
422 <             pos[1],
423 <             pos[2],
424 <             vel[0],
425 <             vel[1],
426 <             vel[2]);
427 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
263 >    for( iter = integrableObjects.begin();iter !=  integrableObjects.end(); ++iter){
264 >      sd = *iter;
265 >      sd->getPos(pos);
266 >      sd->getVel(vel);
267  
429 –    if( atoms[i]->isDirectional() ){
430 –        
431 –      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
432 –      dAtom->getQ( q );
433 –        
268        sprintf( tempBuffer,
269 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
270 <               q[0],
271 <               q[1],
272 <               q[2],
273 <               q[3],
274 <               dAtom->getJx(),
275 <               dAtom->getJy(),
276 <               dAtom->getJz());
277 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
269 >             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
270 >             sd->getType(),
271 >             pos[0],
272 >             pos[1],
273 >             pos[2],
274 >             vel[0],
275 >             vel[1],
276 >             vel[2]);
277 >      strcpy( writeLine, tempBuffer );
278 >
279 >      if( sd->isDirectional() ){
280 >
281 >        sd->getQ( q );
282 >        sd->getJ( ji );
283 >
284 >        sprintf( tempBuffer,
285 >               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
286 >               q[0],
287 >               q[1],
288 >               q[2],
289 >               q[3],
290 >                 ji[0],
291 >                 ji[1],
292 >                 ji[2]);
293 >        strcat( writeLine, tempBuffer );
294 >      }
295 >      else
296 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
297      }
445 –    else
446 –      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
447 –      
448 –    finalOut << writeLine;
449 –  }
450 –  finalOut.flush();
451 –  finalOut.close();
298  
299 +    
300 +    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
301 +      *outFile[k] << writeLine;
302 + }
303 +
304   #else // is_mpi
305 +
306 +  /* code to find maximum tag value */
307    
308 <  // first thing first, suspend fatalities.
309 <  painCave.isEventLoop = 1;
308 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
309 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
310 >  if (flag) {
311 >    MAXTAG = *tagub;
312 >  } else {
313 >    MAXTAG = 32767;
314 >  }  
315  
458 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
316    int haveError;
317  
318    MPI_Status istatus;
319 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
319 >  int nCurObj;
320 >  int *MolToProcMap = mpiSim->getMolToProcMap();
321  
322    // write out header and node 0's coordinates
323 <  
466 <  haveError = 0;
323 >
324    if( worldRank == 0 ){
325 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
325 >
326 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
327 >
328 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
329 >    potatoes = new int[nProc];
330 >
331 >    //write out the comment lines
332 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
333 >      potatoes[i] = 0;
334      
335 <    finalOut << finalTime << ";\t"
336 <             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
337 <             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
338 <             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
335 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
336 >        *outFile[k] << nTotObjects << "\n";
337 >
338 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
339 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
340 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
341 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
342 >
343 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
344 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
345 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
346 >
347 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
348 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
349 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
350 >  
351 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
352 >    }
353 >
354 >    currentIndex = 0;
355 >
356 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotNmol(); i++ ) {
357        
358 <             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
476 <             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
477 <             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
358 >      // Get the Node number which has this atom;
359        
360 <             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
480 <             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
481 <             << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
482 <    
483 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
484 <      // Get the Node number which has this molecule:
360 >      which_node = MolToProcMap[i];
361        
362 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
363 <      
364 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
362 >      if (which_node != 0) {
363 >        
364 >        if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
365 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
366 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
367  
368 <        which_atom = i;
369 <        local_index=-1;        
370 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
493 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
368 >          potatoes[which_node] = 0;          
369 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
370 >          
371          }
495 –        if (local_index != -1) {    
372  
373 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
498 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
499 <          
500 <          sprintf( tempBuffer,
501 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
502 <                   atoms[local_index]->getType(),
503 <                   pos[0],
504 <                   pos[1],
505 <                   pos[2],
506 <                   vel[0],
507 <                   vel[1],
508 <                   vel[2]);
509 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
510 <          
511 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
512 <            
513 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
514 <            dAtom->getQ( q );
515 <            
516 <            sprintf( tempBuffer,
517 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
518 <                     q[0],
519 <                     q[1],
520 <                     q[2],
521 <                     q[3],
522 <                     dAtom->getJx(),
523 <                     dAtom->getJy(),
524 <                     dAtom->getJz());
525 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
526 <          }
527 <          else
528 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
529 <        }
530 <        else {
531 <          sprintf(painCave.errMsg,
532 <                  "Atom %d not found on processor %d\n",
533 <                  i, worldRank );
534 <          haveError= 1;
535 <          simError();
536 <        }
373 >        myPotato = potatoes[which_node];        
374  
375 <        if(haveError) nodeZeroError();
376 <    
377 <      }
541 <      else {
375 >        //recieve the number of integrableObject in current molecule
376 >        MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node,
377 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
378          
379 <        myStatus = 1;
544 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
545 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
546 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
547 <                 MPI_COMM_WORLD);
548 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
549 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
550 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
551 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
552 <        
553 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
554 <      }
555 <      
556 <      finalOut << writeLine;
557 <    }
558 <    
559 <    // kill everyone off:
560 <    myStatus = -1;
561 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
562 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
563 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
564 <    }
379 >        for(int l = 0; l < nCurObj; l++){
380  
381 <  } else {
382 <    
383 <    done = 0;
569 <    while (!done) {
381 >          if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
382 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
383 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
384  
385 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
386 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
387 <      
388 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
575 <      
576 <      if(myStatus < 0) break;
577 <      
578 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
579 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
580 <      
581 <      myStatus = 1;
582 <      local_index=-1;        
583 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
584 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
585 <      }
586 <      if (local_index != -1) {
385 >            potatoes[which_node] = 0;          
386 >            MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
387 >            
388 >          }
389  
390 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
391 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
390 >          MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
391 >          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
392  
393 <        //format the line
394 <        sprintf( tempBuffer,
395 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
396 <                 atoms[local_index]->getType(),
397 <                 pos[0],
398 <                 pos[1],
399 <                 pos[2],
400 <                 vel[0],
401 <                 vel[1],
402 <                 vel[2]); // check here.
403 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
404 <        
405 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
406 <          
407 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
408 <          dAtom->getQ( q );
409 <          
410 <          sprintf( tempBuffer,
411 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
412 <                   q[0],
413 <                   q[1],
414 <                   q[2],
415 <                   q[3],
416 <                   dAtom->getJx(),
417 <                   dAtom->getJy(),
418 <                   dAtom->getJz());
419 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
420 <        }
421 <        else{
422 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
423 <        }
424 <      }
425 <      else {
426 <        sprintf(painCave.errMsg,
427 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
428 <                which_atom, worldRank );
429 <        myStatus = 0;
430 <        simError();
393 >          atomTypeString = MPIatomTypeString;
394 >
395 >          myPotato++;
396 >
397 >          MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
398 >          myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
399 >              
400 >          myPotato++;
401 >
402 >          if (isDirectional) {          
403 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
404 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
405 >          } else {
406 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
407 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
408 >          }
409 >
410 >          myPotato++;
411 >        }
412 >        potatoes[which_node] = myPotato;
413 >
414 >      } else {
415 >        
416 >        haveError = 0;
417 >        
418 >            local_index = indexArray[currentIndex].first;        
419 >
420 >        integrableObjects = (entry_plug->molecules[local_index]).getIntegrableObjects();
421 >
422 >        for(iter= integrableObjects.begin(); iter != integrableObjects.end(); ++iter){    
423 >                sd = *iter;
424 >            atomTypeString = sd->getType();
425 >            
426 >            sd->getPos(pos);
427 >            sd->getVel(vel);          
428 >          
429 >            atomData6[0] = pos[0];
430 >            atomData6[1] = pos[1];
431 >            atomData6[2] = pos[2];
432 >
433 >            atomData6[3] = vel[0];
434 >            atomData6[4] = vel[1];
435 >            atomData6[5] = vel[2];
436 >              
437 >            isDirectional = 0;
438 >
439 >            if( sd->isDirectional() ){
440 >
441 >              isDirectional = 1;
442 >                
443 >              sd->getQ( q );
444 >              sd->getJ( ji );
445 >
446 >              for (int j = 0; j < 6 ; j++)
447 >                atomData13[j] = atomData6[j];            
448 >              
449 >              atomData13[6] = q[0];
450 >              atomData13[7] = q[1];
451 >              atomData13[8] = q[2];
452 >              atomData13[9] = q[3];
453 >              
454 >              atomData13[10] = ji[0];
455 >              atomData13[11] = ji[1];
456 >              atomData13[12] = ji[2];
457 >            }
458 >            
459 >        }
460 >        
461 >      currentIndex++;
462 >      }
463 >      // If we've survived to here, format the line:
464 >      
465 >      if (!isDirectional) {
466          
467 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
467 >        sprintf( writeLine,
468 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
469 >                 atomTypeString,
470 >                 atomData6[0],
471 >                 atomData6[1],
472 >                 atomData6[2],
473 >                 atomData6[3],
474 >                 atomData6[4],
475 >                 atomData6[5]);
476 >        
477 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
478 >        
479 >      } else {
480 >        
481 >        sprintf( writeLine,
482 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
483 >                 atomTypeString,
484 >                 atomData13[0],
485 >                 atomData13[1],
486 >                 atomData13[2],
487 >                 atomData13[3],
488 >                 atomData13[4],
489 >                 atomData13[5],
490 >                 atomData13[6],
491 >                 atomData13[7],
492 >                 atomData13[8],
493 >                 atomData13[9],
494 >                 atomData13[10],
495 >                 atomData13[11],
496 >                 atomData13[12]);
497 >        
498        }
499 +      
500 +      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
501 +        *outFile[k] << writeLine;
502 +    }
503 +    
504 +    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
505 +      outFile[k]->flush();
506 +    
507 +    sprintf( checkPointMsg,
508 +             "Sucessfully took a dump.\n");
509 +    
510 +    MPIcheckPoint();        
511 +    
512 +    delete[] potatoes;
513 +    
514 +  } else {
515  
516 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
517 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
518 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
519 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
516 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
517 >
518 >    // Set my magic potato to 0:
519 >
520 >    myPotato = 0;
521 >    currentIndex = 0;
522 >    
523 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotNmol(); i++ ) {
524 >      
525 >      // Am I the node which has this integrableObject?
526 >      
527 >      if (MolToProcMap[i] == worldRank) {
528 >
529 >
530 >        if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
531 >          
532 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
533 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
534 >          // node 0 says we can go:
535 >          
536 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
537 >          
538 >        }
539 >
540 >          local_index = indexArray[currentIndex].first;        
541 >          integrableObjects = entry_plug->molecules[local_index].getIntegrableObjects();
542 >          
543 >          nCurObj = integrableObjects.size();
544 >                      
545 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0,
546 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
547 >
548 >          for( iter = integrableObjects.begin(); iter  != integrableObjects.end(); iter++){
549 >
550 >            if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
551 >          
552 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
553 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
554 >              // node 0 says we can go:
555 >          
556 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
557 >              
558 >            }
559 >            
560 >            sd = *iter;
561 >            
562 >            atomTypeString = sd->getType();
563 >
564 >            sd->getPos(pos);
565 >            sd->getVel(vel);
566 >
567 >            atomData6[0] = pos[0];
568 >            atomData6[1] = pos[1];
569 >            atomData6[2] = pos[2];
570 >
571 >            atomData6[3] = vel[0];
572 >            atomData6[4] = vel[1];
573 >            atomData6[5] = vel[2];
574 >              
575 >            isDirectional = 0;
576 >
577 >            if( sd->isDirectional() ){
578 >
579 >                isDirectional = 1;
580 >                
581 >                sd->getQ( q );
582 >                sd->getJ( ji );
583 >                
584 >                for (int j = 0; j < 6 ; j++)
585 >                  atomData13[j] = atomData6[j];
586 >                
587 >                atomData13[6] = q[0];
588 >                atomData13[7] = q[1];
589 >                atomData13[8] = q[2];
590 >                atomData13[9] = q[3];
591 >      
592 >                atomData13[10] = ji[0];
593 >                atomData13[11] = ji[1];
594 >                atomData13[12] = ji[2];
595 >              }
596 >
597 >            
598 >            strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
599 >
600 >            // null terminate the string before sending (just in case):
601 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
602 >
603 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
604 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
605 >            
606 >            myPotato++;
607 >
608 >            MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
609 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
610 >            
611 >            myPotato++;
612 >            
613 >            if (isDirectional) {
614 >
615 >              MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
616 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
617 >              
618 >            } else {
619 >
620 >              MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
621 >                       myPotato, MPI_COMM_WORLD);
622 >            }
623 >
624 >            myPotato++;  
625 >
626 >          }
627 >
628 >          currentIndex++;    
629 >          
630 >        }
631 >      
632 >      }
633 >    
634      }
635 <  }
636 <  finalOut.flush();
637 <  sprintf( checkPointMsg,
638 <           "Sucessfully took a dump.\n");
639 <  MPIcheckPoint();
635 >
636 >    sprintf( checkPointMsg,
637 >             "Sucessfully took a dump.\n");
638 >    MPIcheckPoint();        
639 >    
640    
644 –  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
641   #endif // is_mpi
642   }
643  
648 –
649 –
644   #ifdef IS_MPI
645  
646   // a couple of functions to let us escape the write loop
647  
648 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
655 <  int j, myStatus;
656 <  
657 <  myStatus = 0;
658 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
659 <    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
660 <              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
661 <  }  
662 <  
648 > void dWrite::DieDieDie( void ){
649  
650    MPI_Finalize();
651    exit (0);
666 –  
652   }
653  
669 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
670 –
671 –  MPI_Finalize();
672 –  exit (0);
673 – }
674 –
654   #endif //is_mpi

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