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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 378 by mmeineke, Fri Mar 21 17:42:12 2003 UTC vs.
Revision 927 by tim, Mon Jan 12 22:54:42 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 < #define TAKE_THIS_TAG 0
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void DieDieDie( void );
13 > }
14 >
15 > using namespace dWrite;
16   #endif //is_mpi
17  
18   #include "ReadWrite.hpp"
19   #include "simError.h"
20  
14 –
15 –
16 –
17 –
21   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
22  
23    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 22 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
26 <
27 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
38        painCave.isFatal = 1;
39        simError();
40      }
41 <  
41 >
42      //outFile.setf( ios::scientific );
43  
44   #ifdef IS_MPI
# Line 63 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74    int i;
75 +
76 + #ifdef IS_MPI
77 +  
78 +  int *potatoes;
79 +  int myPotato;
80 +
81 +  int nProc;
82 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
83 +  double atomData6[6];
84 +  double atomData13[13];
85 +  int isDirectional;
86 +  char* atomTypeString;
87 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
88 +
89 + #else //is_mpi
90 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
91 + #endif //is_mpi
92 +
93    double q[4];
94    DirectionalAtom* dAtom;
74 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
95    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
96 <    
96 >  double pos[3], vel[3];
97  
98 +  // write current frame to the eor file
99 +
100 +  this->writeFinal( currentTime );
101 +
102   #ifndef IS_MPI
103 <    
103 >
104    outFile << nAtoms << "\n";
105 <    
106 <  outFile << currentTime << "\t"
107 <          << entry_plug->box_x << "\t"
108 <          << entry_plug->box_y << "\t"
109 <          << entry_plug->box_z << "\n";
110 <    
105 >
106 >  outFile << currentTime << ";\t"
107 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
108 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
109 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
110 >
111 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
112 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
113 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
114 >
115 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
116 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
117 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
118 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
119 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
120 >  outFile << endl;
121 >
122    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
88 –      
123  
124 +    atoms[i]->getPos(pos);
125 +    atoms[i]->getVel(vel);
126 +
127      sprintf( tempBuffer,
128               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
129               atoms[i]->getType(),
130 <             atoms[i]->getX(),
131 <             atoms[i]->getY(),
132 <             atoms[i]->getZ(),
133 <             atoms[i]->get_vx(),
134 <             atoms[i]->get_vy(),
135 <             atoms[i]->get_vz());
130 >             pos[0],
131 >             pos[1],
132 >             pos[2],
133 >             vel[0],
134 >             vel[1],
135 >             vel[2]);
136      strcpy( writeLine, tempBuffer );
137  
138      if( atoms[i]->isDirectional() ){
139 <        
139 >
140        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
141        dAtom->getQ( q );
142 <        
142 >
143        sprintf( tempBuffer,
144                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
145                 q[0],
# Line 116 | Line 153 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
153      }
154      else
155        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
156 <      
156 >
157      outFile << writeLine;
158    }
159    outFile.flush();
160  
161   #else // is_mpi
162  
163 <  int masterIndex;
164 <  int nodeAtomsStart;
165 <  int nodeAtomsEnd;
166 <  int mpiErr;
167 <  int sendError;
168 <  int procIndex;
169 <    
170 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
163 >  /* code to find maximum tag value */
164 >  
165 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
166 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
167 >  if (flag) {
168 >    MAXTAG = *tagub;
169 >  } else {
170 >    MAXTAG = 32767;
171 >  }  
172  
173 <    
173 >  int haveError;
174 >
175 >  MPI_Status istatus;
176 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
177 >
178    // write out header and node 0's coordinates
179  
180    if( worldRank == 0 ){
139 –    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
140 –      
141 –    outFile << currentTime << "\t"
142 –            << entry_plug->box_x << "\t"
143 –            << entry_plug->box_y << "\t"
144 –            << entry_plug->box_z << "\n";
181  
182 <    masterIndex = 0;
147 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
148 <      
149 <      sprintf( tempBuffer,
150 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
151 <               atoms[i]->getType(),
152 <               atoms[i]->getX(),
153 <               atoms[i]->getY(),
154 <               atoms[i]->getZ(),
155 <               atoms[i]->get_vx(),
156 <               atoms[i]->get_vy(),
157 <               atoms[i]->get_vz());
158 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
159 <        
160 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
161 <          
162 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
163 <        dAtom->getQ( q );
164 <          
165 <        sprintf( tempBuffer,
166 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
167 <                 q[0],
168 <                 q[1],
169 <                 q[2],
170 <                 q[3],
171 <                 dAtom->getJx(),
172 <                 dAtom->getJy(),
173 <                 dAtom->getJz());
174 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
175 <      }
176 <      else
177 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
178 <        
179 <      outFile << writeLine;
180 <      masterIndex++;
181 <    }
182 <    outFile.flush();
183 <  }
182 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
183  
184 <  sprintf( checkPointMsg,
185 <           "Sucessfully wrote node 0's dump configuration.\n");
186 <  MPIcheckPoint();
184 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
185 >    potatoes = new int[nProc];
186 >
187 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
188 >      potatoes[i] = 0;
189      
190 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
190 <       procIndex++){
190 >    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
191  
192 <    if( worldRank == 0 ){
192 >    outFile << currentTime << ";\t"
193 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
194 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
195 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
196 >
197 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
198 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
199 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
200 >
201 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
202 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
203 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
204 >
205 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
206 >    outFile << endl;
207 >    outFile.flush();
208 >
209 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
210        
211 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
195 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
211 >      // Get the Node number which has this atom;
212        
213 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
198 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
213 >      which_node = AtomToProcMap[i];
214        
215 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
201 <      // receiving node expects it to be.
202 <      
203 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
204 <        sendError = 1;
205 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
206 <                          MPI_COMM_WORLD);
207 <        sprintf(painCave.errMsg,
208 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
209 <                "node %d not equal to master index (%d)",
210 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
211 <        painCave.isFatal = 1;
212 <        simError();
213 <      }
214 <      
215 <      sendError = 0;
216 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
217 <                        MPI_COMM_WORLD);
218 <      
219 <      // recieve the nodes writeLines
220 <      
221 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
222 <        
223 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
224 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
225 <        
226 <        outFile << writeLine;
227 <        masterIndex++;
228 <      }
229 <    }
215 >      if (which_node != 0) {
216  
217 <    else if( worldRank == procIndex ){
217 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
218 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
219 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
220  
221 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
222 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
221 >          potatoes[which_node] = 0;          
222 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
223 >          
224 >        }
225  
226 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
227 <                        MPI_COMM_WORLD);
228 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
229 <                        MPI_COMM_WORLD);
226 >        myPotato = potatoes[which_node];        
227 >        
228 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
229 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
230 >        
231 >        //strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
232 >        
233 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
234 >
235 >        //atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
236 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
237          
238 <      sendError = -1;
242 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
243 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
238 >        myPotato++;
239  
240 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
240 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
241 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
242 >              
243 >        myPotato++;
244  
245 <      // send current node's configuration line by line.
245 >        if (isDirectional) {          
246 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
247 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
248 >        } else {
249 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
250 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
251 >        }
252 >        
253 >        myPotato++;
254 >        potatoes[which_node] = myPotato;
255  
256 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
256 >      } else {
257 >        
258 >        haveError = 0;
259 >        which_atom = i;
260 >        local_index=-1;
261 >        
262 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
263 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
264 >        }
265 >        
266 >        if (local_index != -1) {
267 >          
268 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
269  
270 +          atoms[local_index]->getPos(pos);
271 +          atoms[local_index]->getVel(vel);          
272 +
273 +          atomData6[0] = pos[0];
274 +          atomData6[1] = pos[1];
275 +          atomData6[2] = pos[2];
276 +
277 +          atomData6[3] = vel[0];
278 +          atomData6[4] = vel[1];
279 +          atomData6[5] = vel[2];
280 +          
281 +          isDirectional = 0;
282 +
283 +          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
284 +
285 +            isDirectional = 1;
286 +            
287 +            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
288 +            dAtom->getQ( q );
289 +
290 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
291 +              atomData13[j] = atomData6[j];            
292 +            
293 +            atomData13[6] = q[0];
294 +            atomData13[7] = q[1];
295 +            atomData13[8] = q[2];
296 +            atomData13[9] = q[3];
297 +            
298 +            atomData13[10] = dAtom->getJx();
299 +            atomData13[11] = dAtom->getJy();
300 +            atomData13[12] = dAtom->getJz();
301 +          }
302 +          
303 +        } else {
304 +          sprintf(painCave.errMsg,
305 +                  "Atom %d not found on processor %d\n",
306 +                  i, worldRank );
307 +          haveError= 1;
308 +          simError();
309 +        }
310 +        
311 +        if(haveError) DieDieDie();
312 +        
313 +      }
314 +      // If we've survived to here, format the line:
315 +      
316 +      if (!isDirectional) {
317 +        
318          sprintf( tempBuffer,
319                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
320 <                 atoms[i]->getType(),
321 <                 atoms[i]->getX(),
322 <                 atoms[i]->getY(),
323 <                 atoms[i]->getZ(),
324 <                 atoms[i]->get_vx(),
325 <                 atoms[i]->get_vy(),
326 <                 atoms[i]->get_vz()); // check here.
320 >                 atomTypeString,
321 >                 atomData6[0],
322 >                 atomData6[1],
323 >                 atomData6[2],
324 >                 atomData6[3],
325 >                 atomData6[4],
326 >                 atomData6[5]);
327 >        
328          strcpy( writeLine, tempBuffer );
329 <          
330 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
331 <            
332 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
333 <          dAtom->getQ( q );
334 <            
335 <          sprintf( tempBuffer,
336 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
337 <                   q[0],
338 <                   q[1],
339 <                   q[2],
340 <                   q[3],
341 <                   dAtom->getJx(),
342 <                   dAtom->getJy(),
343 <                   dAtom->getJz());
344 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
345 <        }
346 <        else
347 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
348 <          
349 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
350 <                          MPI_COMM_WORLD);
329 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
330 >        
331 >      } else {
332 >        
333 >        sprintf( tempBuffer,
334 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
335 >                 atomTypeString,
336 >                 atomData13[0],
337 >                 atomData13[1],
338 >                 atomData13[2],
339 >                 atomData13[3],
340 >                 atomData13[4],
341 >                 atomData13[5],
342 >                 atomData13[6],
343 >                 atomData13[7],
344 >                 atomData13[8],
345 >                 atomData13[9],
346 >                 atomData13[10],
347 >                 atomData13[11],
348 >                 atomData13[12]);
349 >        
350 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
351 >        
352        }
353 +      
354 +      outFile << writeLine;
355 +      outFile.flush();
356      }
357 +    
358 +
359 +    outFile.flush();
360 +    sprintf( checkPointMsg,
361 +             "Sucessfully took a dump.\n");
362 +    MPIcheckPoint();        
363 +    delete[] potatoes;
364 +  } else {
365 +
366 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
367 +
368 +    // Set my magic potato to 0:
369 +
370 +    myPotato = 0;
371 +    
372 +    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
373        
374 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
375 <            procIndex);
376 <    MPIcheckPoint();
377 <  }
374 >      // Am I the node which has this atom?
375 >      
376 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
377 >
378 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
379 >
380 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
381 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
382 >          // node 0 says we can go:
383 >
384 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
385 >          
386 >        }
387 >        which_atom = i;
388 >        local_index=-1;
389 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
390 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
391 >        }
392 >        if (local_index != -1) {
393 >        
394 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
395 >
396 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
397 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
398 >
399 >          atomData6[0] = pos[0];
400 >          atomData6[1] = pos[1];
401 >          atomData6[2] = pos[2];
402 >
403 >          atomData6[3] = vel[0];
404 >          atomData6[4] = vel[1];
405 >          atomData6[5] = vel[2];
406 >          
407 >          isDirectional = 0;
408 >
409 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
410 >
411 >            isDirectional = 1;
412 >            
413 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
414 >            dAtom->getQ( q );
415 >            
416 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
417 >              atomData13[j] = atomData6[j];
418 >            
419 >            atomData13[6] = q[0];
420 >            atomData13[7] = q[1];
421 >            atomData13[8] = q[2];
422 >            atomData13[9] = q[3];
423 >
424 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
425 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
426 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
427 >          }
428 >
429 >        } else {
430 >          sprintf(painCave.errMsg,
431 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
432 >                  i, worldRank );
433 >          haveError= 1;
434 >          simError();
435 >        }
436 >
437 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
438 >
439 >        // null terminate the string before sending (just in case):
440 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
441 >
442 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
443 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
444 >        
445 >        myPotato++;
446 >
447 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
448 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
449 >        
450 >        myPotato++;
451 >        
452 >        if (isDirectional) {
453 >
454 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
455 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
456 >          
457 >        } else {
458 >
459 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
460 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
461 >        }
462 >
463 >        myPotato++;      
464 >      }
465 >    }
466 >
467 >    sprintf( checkPointMsg,
468 >             "Sucessfully took a dump.\n");
469 >    MPIcheckPoint();        
470      
471 +  }
472 +  
473   #endif // is_mpi
474   }
475  
476 + void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
477  
478 +  char finalName[500];
479 +  ofstream finalOut;
480  
296 – void DumpWriter::writeFinal(){
297 –
298 –
481    const int BUFFERSIZE = 2000;
482 <  char tempBuffer[500];
482 >  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
483 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
484    char writeLine[BUFFERSIZE];
302 –  
303 –  char finalName[500];
485  
305 –  int i;
486    double q[4];
487    DirectionalAtom* dAtom;
308 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
488    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
489 +  int i;
490 + #ifdef IS_MPI
491    
492 <  ofstream finalOut;
493 <  
492 >  int *potatoes;
493 >  int myPotato;
494 >
495 >  int nProc;
496 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
497 >  double atomData6[6];
498 >  double atomData13[13];
499 >  int isDirectional;
500 >  char* atomTypeString;
501 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
502 >
503 > #else //is_mpi
504 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
505 > #endif //is_mpi
506 >
507 >  double pos[3], vel[3];
508 >
509   #ifdef IS_MPI
510    if(worldRank == 0 ){
511   #endif // is_mpi
512 <    
512 >
513      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
514 <    
514 >
515      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
516      if( !finalOut ){
517        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 324 | Line 520 | void DumpWriter::writeFinal(){
520        painCave.isFatal = 1;
521        simError();
522      }
523 <    
523 >
524      // finalOut.setf( ios::scientific );
525 <    
525 >
526   #ifdef IS_MPI
527    }
528 <  
528 >
529    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
530 <  MPIcheckPoint();  
531 <  
530 >  MPIcheckPoint();
531 >
532   #endif //is_mpi
533  
338 –    
534  
535   #ifndef IS_MPI
536 <    
536 >
537    finalOut << nAtoms << "\n";
538 <    
539 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
540 <           << entry_plug->box_y << "\t"
541 <           << entry_plug->box_z << "\n";
542 <    
538 >
539 >  finalOut << finalTime << ";\t"
540 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
541 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
542 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
543 >
544 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
545 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
546 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
547 >
548 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
549 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
550 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
551 >
552 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
553 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
554 >  finalOut << endl;
555 >
556    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
557 <      
557 >
558 >    atoms[i]->getPos(pos);
559 >    atoms[i]->getVel(vel);
560 >
561      sprintf( tempBuffer,
562               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
563               atoms[i]->getType(),
564 <             atoms[i]->getX(),
565 <             atoms[i]->getY(),
566 <             atoms[i]->getZ(),
567 <             atoms[i]->get_vx(),
568 <             atoms[i]->get_vy(),
569 <             atoms[i]->get_vz());
564 >             pos[0],
565 >             pos[1],
566 >             pos[2],
567 >             vel[0],
568 >             vel[1],
569 >             vel[2]);
570      strcpy( writeLine, tempBuffer );
571  
572      if( atoms[i]->isDirectional() ){
573 <        
573 >
574        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
575        dAtom->getQ( q );
576 <        
576 >
577        sprintf( tempBuffer,
578                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
579                 q[0],
# Line 376 | Line 587 | void DumpWriter::writeFinal(){
587      }
588      else
589        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
590 <      
590 >
591      finalOut << writeLine;
592    }
593    finalOut.flush();
594 +  finalOut.close();
595  
596   #else // is_mpi
597  
598 <  int masterIndex;
599 <  int nodeAtomsStart;
600 <  int nodeAtomsEnd;
601 <  int mpiErr;
602 <  int sendError;
603 <  int procIndex;
604 <    
605 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
598 >  /* code to find maximum tag value */
599 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
600 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
601 >  if (flag) {
602 >    MAXTAG = *tagub;
603 >  } else {
604 >    MAXTAG = 32767;
605 >  }  
606  
607 <    
607 >  int haveError;
608 >
609 >  MPI_Status istatus;
610 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
611 >
612    // write out header and node 0's coordinates
613  
614    if( worldRank == 0 ){
615 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
616 <      
617 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
618 <             << entry_plug->box_y << "\t"
619 <             << entry_plug->box_z << "\n";
615 >
616 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
617 >
618 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
619 >    potatoes = new int[nProc];
620 >
621 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
622 >      potatoes[i] = 0;
623      
624 <    masterIndex = 0;
406 <    
407 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
408 <      
409 <      sprintf( tempBuffer,
410 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
411 <               atoms[i]->getType(),
412 <               atoms[i]->getX(),
413 <               atoms[i]->getY(),
414 <               atoms[i]->getZ(),
415 <               atoms[i]->get_vx(),
416 <               atoms[i]->get_vy(),
417 <               atoms[i]->get_vz());
418 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
419 <        
420 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
421 <          
422 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
423 <        dAtom->getQ( q );
424 <          
425 <        sprintf( tempBuffer,
426 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
427 <                 q[0],
428 <                 q[1],
429 <                 q[2],
430 <                 q[3],
431 <                 dAtom->getJx(),
432 <                 dAtom->getJy(),
433 <                 dAtom->getJz());
434 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
435 <      }
436 <      else
437 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
438 <        
439 <      finalOut << writeLine;
440 <      masterIndex++;
441 <    }
442 <    finalOut.flush();
443 <  }
444 <    
445 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
446 <       procIndex++){
624 >    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
625  
626 <    if( worldRank == 0 ){
627 <        
628 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
629 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
626 >    finalOut << finalTime << ";\t"
627 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
628 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
629 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
630  
631 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
632 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
633 <        
456 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
457 <      // receiving node expects it to be.
458 <        
459 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
460 <        sendError = 1;
461 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
462 <                          MPI_COMM_WORLD);
463 <        sprintf(painCave.errMsg,
464 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
465 <                "node %d not equal to master index (%d)",
466 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
467 <        painCave.isFatal = 1;
468 <        simError();
469 <      }
470 <        
471 <      sendError = 0;
472 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
473 <                        MPI_COMM_WORLD);
631 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
632 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
633 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
634  
635 <      // recieve the nodes writeLines
635 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
636 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
637 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
638  
639 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
640 <          
641 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
480 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
639 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
640 >    finalOut << endl;
641 >    finalOut.flush();
642  
643 <        finalOut << writeLine;
644 <        masterIndex++;
645 <      }
643 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
644 >      
645 >      // Get the Node number which has this atom;
646 >      
647 >      which_node = AtomToProcMap[i];
648 >      
649 >      if (which_node != 0) {
650  
651 <      finalOut.flush();
652 <    }
651 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
652 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
653 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
654  
655 <    else if( worldRank == procIndex ){
655 >          potatoes[which_node] = 0;          
656 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
657 >          
658 >        }
659  
660 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
661 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
662 <        
663 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
664 <                        MPI_COMM_WORLD);
665 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
666 <                        MPI_COMM_WORLD);
667 <        
499 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
500 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
501 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
660 >        myPotato = potatoes[which_node];        
661 >        
662 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
663 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
664 >        
665 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
666 >                
667 >        myPotato++;
668  
669 <      // send current node's configuration line by line.
669 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
670 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
671 >              
672 >        myPotato++;
673  
674 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
675 <          
674 >        if (isDirectional) {          
675 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
676 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
677 >        } else {
678 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
679 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
680 >        }
681 >        
682 >        myPotato++;
683 >        potatoes[which_node] = myPotato;
684 >
685 >      } else {
686 >        
687 >        haveError = 0;
688 >        which_atom = i;
689 >        local_index=-1;
690 >        
691 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
692 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
693 >        }
694 >        
695 >        if (local_index != -1) {
696 >          
697 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
698 >
699 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
700 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
701 >
702 >          atomData6[0] = pos[0];
703 >          atomData6[1] = pos[1];
704 >          atomData6[2] = pos[2];
705 >
706 >          atomData6[3] = vel[0];
707 >          atomData6[4] = vel[1];
708 >          atomData6[5] = vel[2];
709 >          
710 >          isDirectional = 0;
711 >
712 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
713 >
714 >            isDirectional = 1;
715 >            
716 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
717 >            dAtom->getQ( q );
718 >
719 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
720 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
721 >            
722 >            atomData13[6] = q[0];
723 >            atomData13[7] = q[1];
724 >            atomData13[8] = q[2];
725 >            atomData13[9] = q[3];
726 >            
727 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
728 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
729 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
730 >          }
731 >          
732 >        } else {
733 >          sprintf(painCave.errMsg,
734 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
735 >                  i, worldRank );
736 >          haveError= 1;
737 >          simError();
738 >        }
739 >        
740 >        if(haveError) DieDieDie();
741 >        
742 >      }
743 >
744 >
745 >      // If we've survived to here, format the line:
746 >      
747 >      if (!isDirectional) {
748 >        
749          sprintf( tempBuffer,
750                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
751 <                 atoms[i]->getType(),
752 <                 atoms[i]->getX(),
753 <                 atoms[i]->getY(),
754 <                 atoms[i]->getZ(),
755 <                 atoms[i]->get_vx(),
756 <                 atoms[i]->get_vy(),
757 <                 atoms[i]->get_vz());
751 >                 atomTypeString,
752 >                 atomData6[0],
753 >                 atomData6[1],
754 >                 atomData6[2],
755 >                 atomData6[3],
756 >                 atomData6[4],
757 >                 atomData6[5]);
758 >        
759          strcpy( writeLine, tempBuffer );
760 <          
761 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
762 <            
763 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
764 <          dAtom->getQ( q );
765 <            
766 <          sprintf( tempBuffer,
767 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
768 <                   q[0],
769 <                   q[1],
770 <                   q[2],
771 <                   q[3],
772 <                   dAtom->getJx(),
773 <                   dAtom->getJy(),
774 <                   dAtom->getJz());
775 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
776 <        }
777 <        else
778 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
779 <          
780 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
781 <                          MPI_COMM_WORLD);
760 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
761 >        
762 >      } else {
763 >        
764 >        sprintf( tempBuffer,
765 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
766 >                 atomTypeString,
767 >                 atomData13[0],
768 >                 atomData13[1],
769 >                 atomData13[2],
770 >                 atomData13[3],
771 >                 atomData13[4],
772 >                 atomData13[5],
773 >                 atomData13[6],
774 >                 atomData13[7],
775 >                 atomData13[8],
776 >                 atomData13[9],
777 >                 atomData13[10],
778 >                 atomData13[11],
779 >                 atomData13[12]);
780 >        
781 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
782 >        
783        }
784 +        
785 +      finalOut << writeLine;
786 +      finalOut.flush();
787      }
788 +  
789 +    finalOut.flush();
790 +    sprintf( checkPointMsg,
791 +             "Sucessfully took a dump.\n");
792 +    delete[] potatoes;
793 +    
794 +    MPIcheckPoint();        
795 +    
796 +  } else {
797 +
798 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
799 +
800 +    // Set my magic potato to 0:
801 +
802 +    myPotato = 0;
803 +    
804 +    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
805        
806 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
807 <            procIndex);
808 <    MPIcheckPoint();
545 <  }
806 >      // Am I the node which has this atom?
807 >      
808 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
809  
810 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
810 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
811  
812 +          // The potato was going to exceed the maximum value,
813 +          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
814 +          // node 0 says we can go:
815 +
816 +          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
817 +          
818 +        }
819 +        which_atom = i;  
820 +        local_index=-1;
821 +        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
822 +          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
823 +        }
824 +        if (local_index != -1) {
825 +        
826 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
827 +
828 +          atoms[local_index]->getPos(pos);
829 +          atoms[local_index]->getVel(vel);
830 +
831 +          atomData6[0] = pos[0];
832 +          atomData6[1] = pos[1];
833 +          atomData6[2] = pos[2];
834 +
835 +          atomData6[3] = vel[0];
836 +          atomData6[4] = vel[1];
837 +          atomData6[5] = vel[2];
838 +          
839 +          isDirectional = 0;
840 +
841 +          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
842 +
843 +            isDirectional = 1;
844 +            
845 +            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
846 +            dAtom->getQ( q );
847 +            
848 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
849 +              atomData13[j] = atomData6[j];
850 +            
851 +            atomData13[6] = q[0];
852 +            atomData13[7] = q[1];
853 +            atomData13[8] = q[2];
854 +            atomData13[9] = q[3];
855 +
856 +            atomData13[10] = dAtom->getJx();
857 +            atomData13[11] = dAtom->getJy();
858 +            atomData13[12] = dAtom->getJz();
859 +          }
860 +
861 +        } else {
862 +          sprintf(painCave.errMsg,
863 +                  "Atom %d not found on processor %d\n",
864 +                  i, worldRank );
865 +          haveError= 1;
866 +          simError();
867 +        }
868 +
869 +        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
870 +
871 +        // null terminate the string before sending (just in case):
872 +        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
873 +
874 +        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
875 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
876 +        
877 +        myPotato++;
878 +
879 +        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
880 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
881 +        
882 +        myPotato++;
883 +        
884 +        if (isDirectional) {
885 +
886 +          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
887 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
888 +          
889 +        } else {
890 +
891 +          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
892 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
893 +        }
894 +
895 +        myPotato++;      
896 +      }
897 +    }
898 +
899 +    sprintf( checkPointMsg,
900 +             "Sucessfully took a dump.\n");
901 +    MPIcheckPoint();        
902      
903 +  }
904 +  
905 +  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
906   #endif // is_mpi
907   }
908 +
909 +
910 +
911 + #ifdef IS_MPI
912 +
913 + // a couple of functions to let us escape the write loop
914 +
915 + void dWrite::DieDieDie( void ){
916 +
917 +  MPI_Finalize();
918 +  exit (0);
919 + }
920 +
921 + #endif //is_mpi

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