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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing:
branches/mmeineke/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents), Revision 377 by mmeineke, Fri Mar 21 17:42:12 2003 UTC vs.
trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents), Revision 929 by tim, Tue Jan 13 15:46:49 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6 + #include <algorithm>
7 + #include <utility>
8  
9   #ifdef IS_MPI
10   #include <mpi.h>
11   #include "mpiSimulation.hpp"
12 < #define TAKE_THIS_TAG 0
12 >
13 > namespace dWrite{
14 >  void DieDieDie( void );
15 > }
16 >
17 > using namespace dWrite;
18   #endif //is_mpi
19  
20   #include "ReadWrite.hpp"
21   #include "simError.h"
22  
14 –
15 –
16 –
17 –
23   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
24  
25    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 22 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27   #ifdef IS_MPI
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30 <    
31 <
32 <    
33 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
34 <    
35 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
31 <    
32 <    if( !outFile ){
33 <      
30 >
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42 <  
42 >
43      //outFile.setf( ios::scientific );
44  
45   #ifdef IS_MPI
46    }
47  
48 +  //sort the local atoms by global index
49 +  sortByGlobalIndex();
50 +  
51    sprintf( checkPointMsg,
52             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
53    MPIcheckPoint();
# Line 55 | Line 60 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
60    if(worldRank == 0 ){
61   #endif // is_mpi
62  
63 <    outFile.close();
63 >    dumpFile.close();
64  
65   #ifdef IS_MPI
66    }
67   #endif // is_mpi
68   }
69  
70 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
70 > #ifdef IS_MPI
71 >
72 > /**
73 > * A hook function to load balancing
74 > */
75 >
76 > void DumpWriter::update(){
77 >  sortByGlobalIndex();          
78 > }
79    
80 + /**
81 + * Auxiliary sorting function
82 + */
83 +
84 + bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
85 +  return p1.second < p2.second;
86 + }
87 +
88 + /**
89 + * Sorting the local index by global index
90 + */
91 +
92 + void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
93 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
94 +  
95 +  indexArray.clear();
96 +  
97 +  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
98 +    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
99 +  
100 +  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
101 + }
102 + #endif
103 +
104 + void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
105 +  
106 + // write to eor file
107 +  writeFinal(currentTime);
108 +
109 + //write to dump file
110 +  writeFrame(dumpFile, currentTime);
111 +        
112 + }
113 +
114 + void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
115 +
116 +  ofstream finalOut;    
117 +  
118 +  //Open eor file
119 + #ifdef IS_MPI
120 +  if(worldRank == 0 ){
121 + #endif // is_mpi
122 +
123 +    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
124 +    if( !finalOut ){
125 +      sprintf( painCave.errMsg,
126 +               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
127 +               entry_plug->finalName );
128 +      painCave.isFatal = 1;
129 +      simError();
130 +    }
131 +    
132 + #ifdef IS_MPI
133 +  }
134 + #endif
135 +  
136 +  //write to eor file  
137 +  writeFrame(finalOut, currentTime);
138 +  
139 +  //close eor file      
140 + #ifdef IS_MPI
141 +  if(worldRank == 0 ){
142 +    finalOut.close();
143 +  }
144 + #endif // is_mpi
145 +
146 + }
147 +
148 + void DumpWriter::writeFrame( ofstream& outFile, double currentTime ){
149 +
150    const int BUFFERSIZE = 2000;
151 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
152 +
153    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
154    char writeLine[BUFFERSIZE];
155  
156    int i;
157 +
158 + #ifdef IS_MPI
159 +  
160 +  int *potatoes;
161 +  int myPotato;
162 +
163 +  int nProc;
164 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
165 +  double atomData6[6];
166 +  double atomData13[13];
167 +  int isDirectional;
168 +  char* atomTypeString;
169 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
170 +
171 + #else //is_mpi
172 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
173 + #endif //is_mpi
174 +
175    double q[4];
176    DirectionalAtom* dAtom;
74 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
177    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
178 <    
178 >  double pos[3], vel[3];
179  
180   #ifndef IS_MPI
181 <    
181 >
182    outFile << nAtoms << "\n";
183 <    
184 <  outFile << currentTime << "\t"
185 <          << entry_plug->box_x << "\t"
186 <          << entry_plug->box_y << "\t"
187 <          << entry_plug->box_z << "\n";
188 <    
183 >
184 >  outFile << currentTime << ";\t"
185 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
186 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
187 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
188 >
189 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
190 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
191 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
192 >
193 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
194 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
195 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
196 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
197 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
198 >  outFile << endl;
199 >
200    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
88 –      
201  
202 +    atoms[i]->getPos(pos);
203 +    atoms[i]->getVel(vel);
204 +
205      sprintf( tempBuffer,
206               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
207               atoms[i]->getType(),
208 <             atoms[i]->getX(),
209 <             atoms[i]->getY(),
210 <             atoms[i]->getZ(),
211 <             atoms[i]->get_vx(),
212 <             atoms[i]->get_vy(),
213 <             atoms[i]->get_vz());
208 >             pos[0],
209 >             pos[1],
210 >             pos[2],
211 >             vel[0],
212 >             vel[1],
213 >             vel[2]);
214      strcpy( writeLine, tempBuffer );
215  
216      if( atoms[i]->isDirectional() ){
217 <        
217 >
218        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
219        dAtom->getQ( q );
220 <        
220 >
221        sprintf( tempBuffer,
222                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
223                 q[0],
# Line 116 | Line 231 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
231      }
232      else
233        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
234 <      
234 >
235      outFile << writeLine;
236    }
122 –  outFile.flush();
237  
238   #else // is_mpi
239  
240 <  int masterIndex;
241 <  int nodeAtomsStart;
242 <  int nodeAtomsEnd;
243 <  int mpiErr;
244 <  int sendError;
245 <  int procIndex;
246 <    
247 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
240 >  /* code to find maximum tag value */
241 >  
242 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
243 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
244 >  if (flag) {
245 >    MAXTAG = *tagub;
246 >  } else {
247 >    MAXTAG = 32767;
248 >  }  
249  
250 <    
250 >  int haveError;
251 >
252 >  MPI_Status istatus;
253 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
254 >
255    // write out header and node 0's coordinates
256  
257    if( worldRank == 0 ){
258 +
259 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
260 +
261 +    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
262 +    potatoes = new int[nProc];
263 +
264 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
265 +      potatoes[i] = 0;
266 +    
267      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
140 –      
141 –    outFile << currentTime << "\t"
142 –            << entry_plug->box_x << "\t"
143 –            << entry_plug->box_y << "\t"
144 –            << entry_plug->box_z << "\n";
268  
269 <    masterIndex = 0;
270 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
271 <      
272 <      sprintf( tempBuffer,
150 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
151 <               atoms[i]->getType(),
152 <               atoms[i]->getX(),
153 <               atoms[i]->getY(),
154 <               atoms[i]->getZ(),
155 <               atoms[i]->get_vx(),
156 <               atoms[i]->get_vy(),
157 <               atoms[i]->get_vz());
158 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
159 <        
160 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
161 <          
162 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
163 <        dAtom->getQ( q );
164 <          
165 <        sprintf( tempBuffer,
166 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
167 <                 q[0],
168 <                 q[1],
169 <                 q[2],
170 <                 q[3],
171 <                 dAtom->getJx(),
172 <                 dAtom->getJy(),
173 <                 dAtom->getJz());
174 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
175 <      }
176 <      else
177 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
178 <        
179 <      outFile << writeLine;
180 <      masterIndex++;
181 <    }
182 <    outFile.flush();
183 <  }
269 >    outFile << currentTime << ";\t"
270 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
271 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
272 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
273  
274 <  sprintf( checkPointMsg,
275 <           "Sucessfully wrote node 0's dump configuration.\n");
276 <  MPIcheckPoint();
188 <    
189 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
190 <       procIndex++){
274 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
275 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
276 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
277  
278 <    if( worldRank == 0 ){
278 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
279 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
280 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
281 >
282 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
283 >    outFile << endl;
284 >    outFile.flush();
285 >    
286 >    currentIndex = 0;
287 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
288        
289 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
195 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
289 >      // Get the Node number which has this atom;
290        
291 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
198 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
291 >      which_node = AtomToProcMap[i];
292        
293 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
201 <      // receiving node expects it to be.
202 <      
203 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
204 <        sendError = 1;
205 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
206 <                          MPI_COMM_WORLD);
207 <        sprintf(painCave.errMsg,
208 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
209 <                "node %d not equal to master index (%d)",
210 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
211 <        painCave.isFatal = 1;
212 <        simError();
213 <      }
214 <      
215 <      sendError = 0;
216 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
217 <                        MPI_COMM_WORLD);
218 <      
219 <      // recieve the nodes writeLines
220 <      
221 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
222 <        
223 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
224 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
225 <        
226 <        outFile << writeLine;
227 <        masterIndex++;
228 <      }
229 <    }
293 >      if (which_node != 0) {
294  
295 <    else if( worldRank == procIndex ){
295 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
296 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
297 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
298  
299 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
300 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
299 >          potatoes[which_node] = 0;          
300 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
301 >          
302 >        }
303  
304 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
305 <                        MPI_COMM_WORLD);
306 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
307 <                        MPI_COMM_WORLD);
304 >        myPotato = potatoes[which_node];        
305 >        
306 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
307 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
308 >        
309 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
310          
311 <      sendError = -1;
242 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
243 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
311 >        myPotato++;
312  
313 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
313 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
314 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
315 >              
316 >        myPotato++;
317  
318 <      // send current node's configuration line by line.
318 >        if (isDirectional) {          
319 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
320 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
321 >        } else {
322 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
323 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
324 >        }
325 >        
326 >        myPotato++;
327 >        potatoes[which_node] = myPotato;
328  
329 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
329 >      } else {
330 >        
331 >        haveError = 0;
332 >        which_atom = i;
333 >        
334 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
335 >                
336 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
337 >          
338 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
339  
340 <        sprintf( tempBuffer,
341 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
253 <                 atoms[i]->getType(),
254 <                 atoms[i]->getX(),
255 <                 atoms[i]->getY(),
256 <                 atoms[i]->getZ(),
257 <                 atoms[i]->get_vx(),
258 <                 atoms[i]->get_vy(),
259 <                 atoms[i]->get_vz()); // check here.
260 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
261 <          
262 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
263 <            
264 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
265 <          dAtom->getQ( q );
266 <            
267 <          sprintf( tempBuffer,
268 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
269 <                   q[0],
270 <                   q[1],
271 <                   q[2],
272 <                   q[3],
273 <                   dAtom->getJx(),
274 <                   dAtom->getJy(),
275 <                   dAtom->getJz());
276 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
277 <        }
278 <        else
279 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
280 <          
281 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
282 <                          MPI_COMM_WORLD);
283 <      }
284 <    }
285 <      
286 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
287 <            procIndex);
288 <    MPIcheckPoint();
289 <  }
290 <    
291 < #endif // is_mpi
292 < }
340 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
341 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
342  
343 +          atomData6[0] = pos[0];
344 +          atomData6[1] = pos[1];
345 +          atomData6[2] = pos[2];
346  
347 +          atomData6[3] = vel[0];
348 +          atomData6[4] = vel[1];
349 +          atomData6[5] = vel[2];
350 +          
351 +          isDirectional = 0;
352  
353 < void DumpWriter::writeFinal(){
353 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
354 >
355 >            isDirectional = 1;
356 >            
357 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
358 >            dAtom->getQ( q );
359  
360 <
361 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
362 <  char tempBuffer[500];
363 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
364 <  
365 <  char finalName[500];
366 <
367 <  int i;
368 <  double q[4];
369 <  DirectionalAtom* dAtom;
370 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
371 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
372 <  
373 <  ofstream finalOut;
374 <  
375 < #ifdef IS_MPI
376 <  if(worldRank == 0 ){
377 < #endif // is_mpi
378 <    
379 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
380 <    
381 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
382 <    if( !finalOut ){
383 <      sprintf( painCave.errMsg,
384 <               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
385 <               finalName );
324 <      painCave.isFatal = 1;
325 <      simError();
326 <    }
327 <    
328 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
329 <    
330 < #ifdef IS_MPI
331 <  }
332 <  
333 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
334 <  MPIcheckPoint();  
335 <  
336 < #endif //is_mpi
337 <
338 <    
339 <
340 < #ifndef IS_MPI
341 <    
342 <  finalOut << nAtoms << "\n";
343 <    
344 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
345 <           << entry_plug->box_y << "\t"
346 <           << entry_plug->box_z << "\n";
347 <    
348 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
360 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
361 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
362 >            
363 >            atomData13[6] = q[0];
364 >            atomData13[7] = q[1];
365 >            atomData13[8] = q[2];
366 >            atomData13[9] = q[3];
367 >            
368 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
369 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
370 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
371 >          }
372 >          
373 >        } else {
374 >          sprintf(painCave.errMsg,
375 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
376 >                  i, worldRank );
377 >          haveError= 1;
378 >          simError();
379 >        }
380 >        
381 >        if(haveError) DieDieDie();
382 >        
383 >        currentIndex ++;
384 >      }
385 >      // If we've survived to here, format the line:
386        
387 <    sprintf( tempBuffer,
388 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
389 <             atoms[i]->getType(),
390 <             atoms[i]->getX(),
391 <             atoms[i]->getY(),
392 <             atoms[i]->getZ(),
393 <             atoms[i]->get_vx(),
394 <             atoms[i]->get_vy(),
395 <             atoms[i]->get_vz());
396 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
387 >      if (!isDirectional) {
388 >        
389 >        sprintf( writeLine,
390 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
391 >                 atomTypeString,
392 >                 atomData6[0],
393 >                 atomData6[1],
394 >                 atomData6[2],
395 >                 atomData6[3],
396 >                 atomData6[4],
397 >                 atomData6[5]);
398  
399 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
399 >        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
400          
401 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
364 <      dAtom->getQ( q );
401 >      } else {
402          
403 <      sprintf( tempBuffer,
404 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
405 <               q[0],
406 <               q[1],
407 <               q[2],
408 <               q[3],
409 <               dAtom->getJx(),
410 <               dAtom->getJy(),
411 <               dAtom->getJz());
412 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
413 <    }
414 <    else
415 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
403 >        sprintf( writeLine,
404 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
405 >                 atomTypeString,
406 >                 atomData13[0],
407 >                 atomData13[1],
408 >                 atomData13[2],
409 >                 atomData13[3],
410 >                 atomData13[4],
411 >                 atomData13[5],
412 >                 atomData13[6],
413 >                 atomData13[7],
414 >                 atomData13[8],
415 >                 atomData13[9],
416 >                 atomData13[10],
417 >                 atomData13[11],
418 >                 atomData13[12]);
419 >        
420 >      }
421        
422 <    finalOut << writeLine;
423 <  }
424 <  finalOut.flush();
422 >      outFile << writeLine;
423 >    }
424 >    
425  
426 < #else // is_mpi
426 >    outFile.flush();
427 >    sprintf( checkPointMsg,
428 >             "Sucessfully took a dump.\n");
429 >    MPIcheckPoint();        
430 >    delete[] potatoes;
431 >  } else {
432  
433 <  int masterIndex;
387 <  int nodeAtomsStart;
388 <  int nodeAtomsEnd;
389 <  int mpiErr;
390 <  int sendError;
391 <  int procIndex;
392 <    
393 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
433 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
434  
435 <    
396 <  // write out header and node 0's coordinates
435 >    // Set my magic potato to 0:
436  
437 <  if( worldRank == 0 ){
438 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
400 <      
401 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
402 <             << entry_plug->box_y << "\t"
403 <             << entry_plug->box_z << "\n";
437 >    myPotato = 0;
438 >    currentIndex = 0;
439      
440 <    masterIndex = 0;
406 <    
407 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
440 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
441        
442 <      sprintf( tempBuffer,
443 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
444 <               atoms[i]->getType(),
412 <               atoms[i]->getX(),
413 <               atoms[i]->getY(),
414 <               atoms[i]->getZ(),
415 <               atoms[i]->get_vx(),
416 <               atoms[i]->get_vy(),
417 <               atoms[i]->get_vz());
418 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
419 <        
420 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
421 <          
422 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
423 <        dAtom->getQ( q );
424 <          
425 <        sprintf( tempBuffer,
426 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
427 <                 q[0],
428 <                 q[1],
429 <                 q[2],
430 <                 q[3],
431 <                 dAtom->getJx(),
432 <                 dAtom->getJy(),
433 <                 dAtom->getJz());
434 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
435 <      }
436 <      else
437 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
438 <        
439 <      finalOut << writeLine;
440 <      masterIndex++;
441 <    }
442 <    finalOut.flush();
443 <  }
444 <    
445 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
446 <       procIndex++){
442 >      // Am I the node which has this atom?
443 >      
444 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
445  
446 <    if( worldRank == 0 ){
449 <        
450 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
451 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
446 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
447  
448 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
449 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
450 <        
456 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
457 <      // receiving node expects it to be.
458 <        
459 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
460 <        sendError = 1;
461 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
462 <                          MPI_COMM_WORLD);
463 <        sprintf(painCave.errMsg,
464 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
465 <                "node %d not equal to master index (%d)",
466 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
467 <        painCave.isFatal = 1;
468 <        simError();
469 <      }
470 <        
471 <      sendError = 0;
472 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
473 <                        MPI_COMM_WORLD);
448 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
449 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
450 >          // node 0 says we can go:
451  
452 <      // recieve the nodes writeLines
452 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
453 >          
454 >        }
455 >        which_atom = i;
456 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
457 >                
458 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
459 >        
460 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
461  
462 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
463 <          
479 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
480 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
462 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
463 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
464  
465 <        finalOut << writeLine;
466 <        masterIndex++;
467 <      }
465 >          atomData6[0] = pos[0];
466 >          atomData6[1] = pos[1];
467 >          atomData6[2] = pos[2];
468  
469 <      finalOut.flush();
470 <    }
469 >          atomData6[3] = vel[0];
470 >          atomData6[4] = vel[1];
471 >          atomData6[5] = vel[2];
472 >          
473 >          isDirectional = 0;
474  
475 <    else if( worldRank == procIndex ){
475 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
476  
477 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
478 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
479 <        
480 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
481 <                        MPI_COMM_WORLD);
482 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
483 <                        MPI_COMM_WORLD);
484 <        
485 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
486 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
487 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
477 >            isDirectional = 1;
478 >            
479 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
480 >            dAtom->getQ( q );
481 >            
482 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
483 >              atomData13[j] = atomData6[j];
484 >            
485 >            atomData13[6] = q[0];
486 >            atomData13[7] = q[1];
487 >            atomData13[8] = q[2];
488 >            atomData13[9] = q[3];
489  
490 <      // send current node's configuration line by line.
490 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
491 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
492 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
493 >          }
494  
495 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
496 <          
497 <        sprintf( tempBuffer,
498 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
499 <                 atoms[i]->getType(),
500 <                 atoms[i]->getX(),
511 <                 atoms[i]->getY(),
512 <                 atoms[i]->getZ(),
513 <                 atoms[i]->get_vx(),
514 <                 atoms[i]->get_vy(),
515 <                 atoms[i]->get_vz());
516 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
517 <          
518 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
519 <            
520 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
521 <          dAtom->getQ( q );
522 <            
523 <          sprintf( tempBuffer,
524 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
525 <                   q[0],
526 <                   q[1],
527 <                   q[2],
528 <                   q[3],
529 <                   dAtom->getJx(),
530 <                   dAtom->getJy(),
531 <                   dAtom->getJz());
532 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
495 >        } else {
496 >          sprintf(painCave.errMsg,
497 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
498 >                  i, worldRank );
499 >          haveError= 1;
500 >          simError();
501          }
502 <        else
503 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
504 <          
505 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
506 <                          MPI_COMM_WORLD);
502 >
503 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
504 >
505 >        // null terminate the string before sending (just in case):
506 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
507 >
508 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
509 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
510 >        
511 >        myPotato++;
512 >
513 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
514 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
515 >        
516 >        myPotato++;
517 >        
518 >        if (isDirectional) {
519 >
520 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
521 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
522 >          
523 >        } else {
524 >
525 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
526 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
527 >        }
528 >
529 >        myPotato++;  
530 >        currentIndex++;    
531        }
532      }
541 –      
542 –    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
543 –            procIndex);
544 –    MPIcheckPoint();
545 –  }
533  
534 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
535 <
534 >    sprintf( checkPointMsg,
535 >             "Sucessfully took a dump.\n");
536 >    MPIcheckPoint();        
537      
538 +  }
539 +  
540   #endif // is_mpi
541   }
542 +
543 + #ifdef IS_MPI
544 +
545 + // a couple of functions to let us escape the write loop
546 +
547 + void dWrite::DieDieDie( void ){
548 +
549 +  MPI_Finalize();
550 +  exit (0);
551 + }
552 +
553 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines