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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 440 by mmeineke, Tue Apr 1 16:49:17 2003 UTC vs.
Revision 929 by tim, Tue Jan 13 15:46:49 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6 + #include <algorithm>
7 + #include <utility>
8  
9   #ifdef IS_MPI
10   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
11   #include "mpiSimulation.hpp"
9 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
10 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
12  
13   namespace dWrite{
14 <  void nodeZeroError( void );
14 <  void anonymousNodeDie( void );
14 >  void DieDieDie( void );
15   }
16  
17   using namespace dWrite;
# Line 27 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27   #ifdef IS_MPI
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30 <    
31 <
32 <    
33 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
34 <    
35 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
36 <    
37 <    if( !outFile ){
38 <      
30 >
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42 <  
42 >
43      //outFile.setf( ios::scientific );
44  
45   #ifdef IS_MPI
46    }
47  
48 +  //sort the local atoms by global index
49 +  sortByGlobalIndex();
50 +  
51    sprintf( checkPointMsg,
52             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
53    MPIcheckPoint();
# Line 60 | Line 60 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
60    if(worldRank == 0 ){
61   #endif // is_mpi
62  
63 <    outFile.close();
63 >    dumpFile.close();
64  
65   #ifdef IS_MPI
66    }
67   #endif // is_mpi
68   }
69  
70 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
70 > #ifdef IS_MPI
71 >
72 > /**
73 > * A hook function to load balancing
74 > */
75 >
76 > void DumpWriter::update(){
77 >  sortByGlobalIndex();          
78 > }
79    
80 + /**
81 + * Auxiliary sorting function
82 + */
83 +
84 + bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
85 +  return p1.second < p2.second;
86 + }
87 +
88 + /**
89 + * Sorting the local index by global index
90 + */
91 +
92 + void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
93 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
94 +  
95 +  indexArray.clear();
96 +  
97 +  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
98 +    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
99 +  
100 +  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
101 + }
102 + #endif
103 +
104 + void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
105 +  
106 + // write to eor file
107 +  writeFinal(currentTime);
108 +
109 + //write to dump file
110 +  writeFrame(dumpFile, currentTime);
111 +        
112 + }
113 +
114 + void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
115 +
116 +  ofstream finalOut;    
117 +  
118 +  //Open eor file
119 + #ifdef IS_MPI
120 +  if(worldRank == 0 ){
121 + #endif // is_mpi
122 +
123 +    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
124 +    if( !finalOut ){
125 +      sprintf( painCave.errMsg,
126 +               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
127 +               entry_plug->finalName );
128 +      painCave.isFatal = 1;
129 +      simError();
130 +    }
131 +    
132 + #ifdef IS_MPI
133 +  }
134 + #endif
135 +  
136 +  //write to eor file  
137 +  writeFrame(finalOut, currentTime);
138 +  
139 +  //close eor file      
140 + #ifdef IS_MPI
141 +  if(worldRank == 0 ){
142 +    finalOut.close();
143 +  }
144 + #endif // is_mpi
145 +
146 + }
147 +
148 + void DumpWriter::writeFrame( ofstream& outFile, double currentTime ){
149 +
150    const int BUFFERSIZE = 2000;
151 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
152 +
153    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
154    char writeLine[BUFFERSIZE];
155  
156 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
156 >  int i;
157 >
158 > #ifdef IS_MPI
159 >  
160 >  int *potatoes;
161 >  int myPotato;
162 >
163 >  int nProc;
164 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
165 >  double atomData6[6];
166 >  double atomData13[13];
167 >  int isDirectional;
168 >  char* atomTypeString;
169 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
170 >
171 > #else //is_mpi
172 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
173 > #endif //is_mpi
174 >
175    double q[4];
176    DirectionalAtom* dAtom;
79 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
177    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
178 <    
178 >  double pos[3], vel[3];
179  
180   #ifndef IS_MPI
181 <    
181 >
182    outFile << nAtoms << "\n";
183 <    
184 <  outFile << currentTime << "\t"
185 <          << entry_plug->box_x << "\t"
186 <          << entry_plug->box_y << "\t"
187 <          << entry_plug->box_z << "\n";
188 <    
183 >
184 >  outFile << currentTime << ";\t"
185 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
186 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
187 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
188 >
189 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
190 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
191 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
192 >
193 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
194 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
195 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
196 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
197 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
198 >  outFile << endl;
199 >
200    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
93 –      
201  
202 +    atoms[i]->getPos(pos);
203 +    atoms[i]->getVel(vel);
204 +
205      sprintf( tempBuffer,
206               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
207               atoms[i]->getType(),
208 <             atoms[i]->getX(),
209 <             atoms[i]->getY(),
210 <             atoms[i]->getZ(),
211 <             atoms[i]->get_vx(),
212 <             atoms[i]->get_vy(),
213 <             atoms[i]->get_vz());
208 >             pos[0],
209 >             pos[1],
210 >             pos[2],
211 >             vel[0],
212 >             vel[1],
213 >             vel[2]);
214      strcpy( writeLine, tempBuffer );
215  
216      if( atoms[i]->isDirectional() ){
217 <        
217 >
218        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
219        dAtom->getQ( q );
220 <        
220 >
221        sprintf( tempBuffer,
222                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
223                 q[0],
# Line 121 | Line 231 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
231      }
232      else
233        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
234 <      
234 >
235      outFile << writeLine;
236    }
127 –  outFile.flush();
237  
238   #else // is_mpi
239  
240 <  // first thing first, suspend fatalities.
241 <  painCave.isEventLoop = 1;
240 >  /* code to find maximum tag value */
241 >  
242 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
243 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
244 >  if (flag) {
245 >    MAXTAG = *tagub;
246 >  } else {
247 >    MAXTAG = 32767;
248 >  }  
249  
134 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
250    int haveError;
251  
252 <  MPI::Status istatus;
252 >  MPI_Status istatus;
253    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
254 <  
254 >
255    // write out header and node 0's coordinates
256 <  
256 >
257    if( worldRank == 0 ){
258 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
258 >
259 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
260 >
261 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
262 >    potatoes = new int[nProc];
263 >
264 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
265 >      potatoes[i] = 0;
266      
267 <    outFile << currentTime << "\t"
268 <            << entry_plug->box_x << "\t"
269 <            << entry_plug->box_y << "\t"
270 <            << entry_plug->box_z << "\n";
267 >    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
268 >
269 >    outFile << currentTime << ";\t"
270 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
271 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
272 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
273 >
274 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
275 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
276 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
277 >
278 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
279 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
280 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
281 >
282 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
283 >    outFile << endl;
284      outFile.flush();
285 +    
286 +    currentIndex = 0;
287      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
288 +      
289        // Get the Node number which has this atom;
290        
291 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
291 >      which_node = AtomToProcMap[i];
292        
293 <      if (which_node == 0 ) {
293 >      if (which_node != 0) {
294 >
295 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
296 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
297 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
298 >
299 >          potatoes[which_node] = 0;          
300 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
301 >          
302 >        }
303 >
304 >        myPotato = potatoes[which_node];        
305 >        
306 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
307 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
308 >        
309 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
310          
311 +        myPotato++;
312 +
313 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
314 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
315 +              
316 +        myPotato++;
317 +
318 +        if (isDirectional) {          
319 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
320 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
321 +        } else {
322 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
323 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
324 +        }
325 +        
326 +        myPotato++;
327 +        potatoes[which_node] = myPotato;
328 +
329 +      } else {
330 +        
331          haveError = 0;
332          which_atom = i;
333 <        local_index=-1;        
334 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
335 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
336 <        }
337 <        if (local_index != -1) {
338 <          //format the line
339 <          sprintf( tempBuffer,
340 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
341 <                   atoms[local_index]->getType(),
342 <                   atoms[local_index]->getX(),
343 <                   atoms[local_index]->getY(),
344 <                   atoms[local_index]->getZ(),
345 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
346 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
347 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
348 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
349 <          
333 >        
334 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
335 >                
336 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
337 >          
338 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
339 >
340 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
341 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
342 >
343 >          atomData6[0] = pos[0];
344 >          atomData6[1] = pos[1];
345 >          atomData6[2] = pos[2];
346 >
347 >          atomData6[3] = vel[0];
348 >          atomData6[4] = vel[1];
349 >          atomData6[5] = vel[2];
350 >          
351 >          isDirectional = 0;
352 >
353            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
354 +
355 +            isDirectional = 1;
356              
357              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
358              dAtom->getQ( q );
359 +
360 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
361 +              atomData13[j] = atomData6[j];            
362              
363 <            sprintf( tempBuffer,
364 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
365 <                     q[0],
366 <                     q[1],
367 <                     q[2],
368 <                     q[3],
369 <                     dAtom->getJx(),
370 <                     dAtom->getJy(),
371 <                     dAtom->getJz());
372 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
373 <            
192 <          }
193 <          else
194 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
195 <        }
196 <        else {
363 >            atomData13[6] = q[0];
364 >            atomData13[7] = q[1];
365 >            atomData13[8] = q[2];
366 >            atomData13[9] = q[3];
367 >            
368 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
369 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
370 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
371 >          }
372 >          
373 >        } else {
374            sprintf(painCave.errMsg,
375                    "Atom %d not found on processor %d\n",
376                    i, worldRank );
377            haveError= 1;
378            simError();
379 <        }
380 <        
381 <        if(haveError) nodeZeroError();
382 <
379 >        }
380 >        
381 >        if(haveError) DieDieDie();
382 >        
383 >        currentIndex ++;
384        }
385 <      else {
386 <        myStatus = 1;
387 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
210 <                             TAKE_THIS_TAG_INT);
211 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
212 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
213 <                             TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
214 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
215 <                             TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
385 >      // If we've survived to here, format the line:
386 >      
387 >      if (!isDirectional) {
388          
389 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
389 >        sprintf( writeLine,
390 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
391 >                 atomTypeString,
392 >                 atomData6[0],
393 >                 atomData6[1],
394 >                 atomData6[2],
395 >                 atomData6[3],
396 >                 atomData6[4],
397 >                 atomData6[5]);
398  
399 +        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
400 +        
401 +      } else {
402 +        
403 +        sprintf( writeLine,
404 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
405 +                 atomTypeString,
406 +                 atomData13[0],
407 +                 atomData13[1],
408 +                 atomData13[2],
409 +                 atomData13[3],
410 +                 atomData13[4],
411 +                 atomData13[5],
412 +                 atomData13[6],
413 +                 atomData13[7],
414 +                 atomData13[8],
415 +                 atomData13[9],
416 +                 atomData13[10],
417 +                 atomData13[11],
418 +                 atomData13[12]);
419 +        
420        }
421        
422        outFile << writeLine;
222 –      outFile.flush();
423      }
424      
225 –    // kill everyone off:
226 –    myStatus = -1;
227 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
228 –      MPI::COMM_WORLD.Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
229 –                           TAKE_THIS_TAG_INT);
230 –    }
425  
426 +    outFile.flush();
427 +    sprintf( checkPointMsg,
428 +             "Sucessfully took a dump.\n");
429 +    MPIcheckPoint();        
430 +    delete[] potatoes;
431    } else {
233 –    
234 –    done = 0;
235 –    while (!done) {
236 –      
237 –      MPI::COMM_WORLD.Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
238 –                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
432  
433 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
241 <      
242 <      if(myStatus < 0) break;
433 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
434  
435 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
436 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
435 >    // Set my magic potato to 0:
436 >
437 >    myPotato = 0;
438 >    currentIndex = 0;
439 >    
440 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
441        
442 <      myStatus = 1;
443 <      local_index=-1;        
444 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
250 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
251 <      }
252 <      if (local_index != -1) {
253 <        //format the line
254 <        sprintf( tempBuffer,
255 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
256 <                 atoms[local_index]->getType(),
257 <                 atoms[local_index]->getX(),
258 <                 atoms[local_index]->getY(),
259 <                 atoms[local_index]->getZ(),
260 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
261 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
262 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
263 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
264 <        
265 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
266 <          
267 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
268 <          dAtom->getQ( q );
269 <          
270 <          sprintf( tempBuffer,
271 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
272 <                   q[0],
273 <                   q[1],
274 <                   q[2],
275 <                   q[3],
276 <                   dAtom->getJx(),
277 <                   dAtom->getJy(),
278 <                   dAtom->getJz());
279 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
280 <        }
281 <        else{
282 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
283 <        }
284 <      }
285 <      else {
286 <        sprintf(painCave.errMsg,
287 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
288 <                which_atom, worldRank );
289 <        myStatus = 0;
290 <        simError();
442 >      // Am I the node which has this atom?
443 >      
444 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
445  
446 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
293 <      }
446 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
447  
448 <      MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
449 <                           TAKE_THIS_TAG_CHAR);
450 <      MPI::COMM_WORLD.Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
298 <                            TAKE_THIS_TAG_INT);
299 <    }
300 <  }  
301 <  outFile.flush();
302 <  sprintf( checkPointMsg,
303 <           "Sucessfully took a dump.\n");
304 <  MPIcheckPoint();
448 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
449 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
450 >          // node 0 says we can go:
451  
452 < // last  thing last, enable  fatalities.
453 <  painCave.isEventLoop = 0;
452 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
453 >          
454 >        }
455 >        which_atom = i;
456 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
457 >                
458 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
459 >        
460 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
461  
462 < #endif // is_mpi
463 < }
462 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
463 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
464  
465 < void DumpWriter::writeFinal(){
465 >          atomData6[0] = pos[0];
466 >          atomData6[1] = pos[1];
467 >          atomData6[2] = pos[2];
468  
469 <  char finalName[500];
470 <  ofstream finalOut;
469 >          atomData6[3] = vel[0];
470 >          atomData6[4] = vel[1];
471 >          atomData6[5] = vel[2];
472 >          
473 >          isDirectional = 0;
474  
475 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
318 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
319 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
475 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
476  
477 <  double q[4];
478 <  DirectionalAtom* dAtom;
479 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
480 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
481 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
482 <  
483 <  
484 < #ifdef IS_MPI
485 <  if(worldRank == 0 ){
486 < #endif // is_mpi
487 <    
488 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
333 <    
334 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
335 <    if( !finalOut ){
336 <      sprintf( painCave.errMsg,
337 <               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
338 <               finalName );
339 <      painCave.isFatal = 1;
340 <      simError();
341 <    }
342 <    
343 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
344 <    
345 < #ifdef IS_MPI
346 <  }
347 <  
348 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
349 <  MPIcheckPoint();  
350 <  
351 < #endif //is_mpi
477 >            isDirectional = 1;
478 >            
479 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
480 >            dAtom->getQ( q );
481 >            
482 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
483 >              atomData13[j] = atomData6[j];
484 >            
485 >            atomData13[6] = q[0];
486 >            atomData13[7] = q[1];
487 >            atomData13[8] = q[2];
488 >            atomData13[9] = q[3];
489  
490 <  
491 < #ifndef IS_MPI
492 <    
493 <  finalOut << nAtoms << "\n";
357 <    
358 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
359 <           << entry_plug->box_y << "\t"
360 <           << entry_plug->box_z << "\n";
361 <  
362 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
363 <      
364 <    sprintf( tempBuffer,
365 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
366 <             atoms[i]->getType(),
367 <             atoms[i]->getX(),
368 <             atoms[i]->getY(),
369 <             atoms[i]->getZ(),
370 <             atoms[i]->get_vx(),
371 <             atoms[i]->get_vy(),
372 <             atoms[i]->get_vz());
373 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
490 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
491 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
492 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
493 >          }
494  
495 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
376 <        
377 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
378 <      dAtom->getQ( q );
379 <        
380 <      sprintf( tempBuffer,
381 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
382 <               q[0],
383 <               q[1],
384 <               q[2],
385 <               q[3],
386 <               dAtom->getJx(),
387 <               dAtom->getJy(),
388 <               dAtom->getJz());
389 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
390 <    }
391 <    else
392 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
393 <      
394 <    finalOut << writeLine;
395 <  }
396 <  finalOut.flush();
397 <  finalOut.close();
398 <
399 < #else // is_mpi
400 <  
401 <  // first thing first, suspend fatalities.
402 <  painCave.isEventLoop = 1;
403 <
404 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
405 <  int haveError;
406 <
407 <  MPI::Status istatus;
408 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
409 <
410 <  // write out header and node 0's coordinates
411 <  
412 <  haveError = 0;
413 <  if( worldRank == 0 ){
414 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
415 <    
416 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
417 <            << entry_plug->box_y << "\t"
418 <            << entry_plug->box_z << "\n";
419 <    
420 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
421 <      // Get the Node number which has this molecule:
422 <      
423 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
424 <      
425 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
426 <
427 <        which_atom = i;
428 <        local_index=-1;        
429 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
430 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
431 <        }
432 <        if (local_index != -1) {        
433 <          sprintf( tempBuffer,
434 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
435 <                   atoms[local_index]->getType(),
436 <                   atoms[local_index]->getX(),
437 <                   atoms[local_index]->getY(),
438 <                   atoms[local_index]->getZ(),
439 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
440 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
441 <                   atoms[local_index]->get_vz());
442 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
443 <          
444 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
445 <            
446 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
447 <            dAtom->getQ( q );
448 <            
449 <            sprintf( tempBuffer,
450 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
451 <                     q[0],
452 <                     q[1],
453 <                     q[2],
454 <                     q[3],
455 <                     dAtom->getJx(),
456 <                     dAtom->getJy(),
457 <                     dAtom->getJz());
458 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
459 <          }
460 <          else
461 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
462 <        }
463 <        else {
495 >        } else {
496            sprintf(painCave.errMsg,
497                    "Atom %d not found on processor %d\n",
498                    i, worldRank );
499            haveError= 1;
500            simError();
501 <        }
501 >        }
502  
503 <        if(haveError) nodeZeroError();
504 <    
505 <      }
506 <      else {
503 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
504 >
505 >        // null terminate the string before sending (just in case):
506 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
507 >
508 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
509 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
510          
511 <        myStatus = 1;
477 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
478 <                             TAKE_THIS_TAG_INT);
479 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
480 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
481 <                             TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
482 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
483 <                             TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
484 <        
485 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
486 <      }
487 <      
488 <      finalOut << writeLine;
489 <    }
490 <    
491 <    // kill everyone off:
492 <    myStatus = -1;
493 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
494 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
495 <                           TAKE_THIS_TAG_INT);
496 <    }
511 >        myPotato++;
512  
513 <  } else {
514 <    
515 <    done = 0;
516 <    while (!done) {
513 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
514 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
515 >        
516 >        myPotato++;
517 >        
518 >        if (isDirectional) {
519  
520 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
521 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
522 <      
523 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
507 <      
508 <      if(myStatus < 0) break;
509 <      
510 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
511 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
512 <      
513 <      myStatus = 1;
514 <      local_index=-1;        
515 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
516 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
517 <      }
518 <      if (local_index != -1) {
520 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
521 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
522 >          
523 >        } else {
524  
525 <        //format the line
526 <        sprintf( tempBuffer,
527 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
523 <                 atoms[local_index]->getType(),
524 <                 atoms[local_index]->getX(),
525 <                 atoms[local_index]->getY(),
526 <                 atoms[local_index]->getZ(),
527 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
528 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
529 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
530 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
531 <        
532 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
533 <          
534 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
535 <          dAtom->getQ( q );
536 <          
537 <          sprintf( tempBuffer,
538 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
539 <                   q[0],
540 <                   q[1],
541 <                   q[2],
542 <                   q[3],
543 <                   dAtom->getJx(),
544 <                   dAtom->getJy(),
545 <                   dAtom->getJz());
546 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
547 <        }
548 <        else{
549 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
550 <        }
551 <      }
552 <      else {
553 <        sprintf(painCave.errMsg,
554 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
555 <                which_atom, worldRank );
556 <        myStatus = 0;
557 <        simError();
558 <        
559 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
560 <      }
525 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
526 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
527 >        }
528  
529 <      MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
530 <                           TAKE_THIS_TAG_CHAR);
531 <      MPI::COMM_WORLD.Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
565 <                            TAKE_THIS_TAG_INT);
529 >        myPotato++;  
530 >        currentIndex++;    
531 >      }
532      }
533 <  }
534 <  finalOut.flush();
535 <  sprintf( checkPointMsg,
536 <           "Sucessfully took a dump.\n");
537 <  MPIcheckPoint();
533 >
534 >    sprintf( checkPointMsg,
535 >             "Sucessfully took a dump.\n");
536 >    MPIcheckPoint();        
537 >    
538 >  }
539    
573 –  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
540   #endif // is_mpi
541   }
542  
577 –
578 –
543   #ifdef IS_MPI
544  
545   // a couple of functions to let us escape the write loop
546  
547 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
584 <  int j, myStatus;
585 <  
586 <  myStatus = 0;
587 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
588 <    MPI::COMM_WORLD.Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
589 <                          TAKE_THIS_TAG_INT);
590 <  }  
591 <  
547 > void dWrite::DieDieDie( void ){
548  
549    MPI_Finalize();
550    exit (0);
595 –  
551   }
552  
598 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
599 –
600 –  MPI_Finalize();
601 –  exit (0);
602 – }
603 –
553   #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines