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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 437 by chuckv, Fri Mar 28 22:34:02 2003 UTC vs.
Revision 936 by tim, Tue Jan 13 20:35:25 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6 + #include <algorithm>
7 + #include <utility>
8  
9   #ifdef IS_MPI
10   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
11   #include "mpiSimulation.hpp"
12 < #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
13 < #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
12 >
13 > namespace dWrite{
14 >  void DieDieDie( void );
15 > }
16 >
17 > using namespace dWrite;
18   #endif //is_mpi
19  
20   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 20 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27   #ifdef IS_MPI
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30 <    
31 <
32 <    
33 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
34 <    
35 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
29 <    
30 <    if( !outFile ){
31 <      
30 >
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
38 –  
39 –    //outFile.setf( ios::scientific );
42  
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
46 +  //sort the local atoms by global index
47 +  sortByGlobalIndex();
48 +  
49    sprintf( checkPointMsg,
50             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
51    MPIcheckPoint();
# Line 53 | Line 58 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
58    if(worldRank == 0 ){
59   #endif // is_mpi
60  
61 <    outFile.close();
61 >    dumpFile.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
65   #endif // is_mpi
66   }
67  
68 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
68 > #ifdef IS_MPI
69 >
70 > /**
71 > * A hook function to load balancing
72 > */
73 >
74 > void DumpWriter::update(){
75 >  sortByGlobalIndex();          
76 > }
77    
78 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
79 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
80 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
78 > /**
79 > * Auxiliary sorting function
80 > */
81 >
82 > bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
83 >  return p1.second < p2.second;
84 > }
85  
86 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
87 <  double q[4];
88 <  DirectionalAtom* dAtom;
89 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
86 > /**
87 > * Sorting the local index by global index
88 > */
89 >
90 > void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
92 <    
92 >  
93 >  indexArray.clear();
94 >  
95 >  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
96 >    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
97 >  
98 >  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
99 > }
100 > #endif
101  
102 < #ifndef IS_MPI
77 <    
78 <  outFile << nAtoms << "\n";
79 <    
80 <  outFile << currentTime << "\t"
81 <          << entry_plug->box_x << "\t"
82 <          << entry_plug->box_y << "\t"
83 <          << entry_plug->box_z << "\n";
84 <    
85 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
86 <      
102 > void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103  
104 <    sprintf( tempBuffer,
105 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
90 <             atoms[i]->getType(),
91 <             atoms[i]->getX(),
92 <             atoms[i]->getY(),
93 <             atoms[i]->getZ(),
94 <             atoms[i]->get_vx(),
95 <             atoms[i]->get_vy(),
96 <             atoms[i]->get_vz());
97 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
104 >  ofstream finalOut;
105 >  vector<ofstream*> fileStreams;
106  
107 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
108 <        
109 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
110 <      dAtom->getQ( q );
111 <        
112 <      sprintf( tempBuffer,
113 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
114 <               q[0],
115 <               q[1],
116 <               q[2],
109 <               q[3],
110 <               dAtom->getJx(),
111 <               dAtom->getJy(),
112 <               dAtom->getJz());
113 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
107 > #ifdef IS_MPI
108 >  if(worldRank == 0 ){
109 >    
110 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 >    if( !finalOut ){
112 >      sprintf( painCave.errMsg,
113 >               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 >               entry_plug->finalName );
115 >      painCave.isFatal = 1;
116 >      simError();
117      }
115 –    else
116 –      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
117 –      
118 –    outFile << writeLine;
118    }
119 <  outFile.flush();
119 > #endif // is_mpi
120  
121 < #else // is_mpi
121 >  fileStreams.push_back(&finalOut);
122 >  fileStreams.push_back(&dumpFile);
123  
124 <  MPI::Status istatus;
125 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
126 <  
127 <  // write out header and node 0's coordinates
128 <  
129 <  if( worldRank == 0 ){
130 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
131 <    
132 <    outFile << currentTime << "\t"
133 <            << entry_plug->box_x << "\t"
134 <            << entry_plug->box_y << "\t"
135 <            << entry_plug->box_z << "\n";
136 <    outFile.flush();
137 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
138 <      // Get the Node number which has this atom;
139 <      
140 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
141 <      
142 <      if (which_node == 0 ) {
143 <        
144 <        which_atom = i;
145 <        local_index=-1;        
146 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
147 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
148 <        }
149 <        if (local_index != -1) {
150 <          //format the line
151 <          sprintf( tempBuffer,
152 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
153 <                   atoms[local_index]->getType(),
154 <                   atoms[local_index]->getX(),
155 <                   atoms[local_index]->getY(),
156 <                   atoms[local_index]->getZ(),
157 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
158 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
159 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
160 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
161 <          
162 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
163 <            
164 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
165 <            dAtom->getQ( q );
166 <            
167 <            sprintf( tempBuffer,
168 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
169 <                     q[0],
170 <                     q[1],
171 <                     q[2],
172 <                     q[3],
173 <                     dAtom->getJx(),
174 <                     dAtom->getJy(),
175 <                     dAtom->getJz());
176 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
177 <            
178 <          }
179 <          else
180 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
181 <        }
182 <        else {
183 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
184 <        }
185 <      }
186 <      else {
187 <        
188 <        //std::cerr << "node 0: sending node " << which_node << " request for atom " << i << "\n";
189 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
190 <        //std::cerr << "node 0: sent!\n";
191 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
192 <                             TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
193 <        //std::cerr << "node 0: got this line: " << writeLine;
194 <      }
195 <      
196 <      outFile << writeLine;
197 <      outFile.flush();
198 <    }
199 <    
200 <    // kill everyone off:
201 <    game_over = -1;
202 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
203 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG_INT);
204 <    }
124 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
125  
126 <  } else {
127 <    
128 <    done = 0;
129 <    while (!done) {
210 <      //std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " Waiting for receive \n";
211 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
212 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
213 <      //std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " got request for atom " << which_atom << "\n";
214 <      if (which_atom == -1) {
215 <        done=1;
216 <        continue;
217 <      } else {
218 <        local_index=-1;        
219 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
220 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
221 <        }
222 <        if (local_index != -1) {
223 <          //format the line
224 <          sprintf( tempBuffer,
225 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
226 <                   atoms[local_index]->getType(),
227 <                   atoms[local_index]->getX(),
228 <                   atoms[local_index]->getY(),
229 <                   atoms[local_index]->getZ(),
230 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
231 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
232 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
233 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
234 <          
235 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
236 <            
237 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
238 <            dAtom->getQ( q );
239 <            
240 <            sprintf( tempBuffer,
241 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
242 <                     q[0],
243 <                     q[1],
244 <                     q[2],
245 <                     q[3],
246 <                     dAtom->getJx(),
247 <                     dAtom->getJy(),
248 <                     dAtom->getJz());
249 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
250 <          }
251 <          else
252 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
253 <          // std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " sending this line" << writeLine;
254 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
255 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
256 <        } else {
257 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
258 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
259 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
260 <        }
261 <      }
262 <    }
263 <  }  
264 <  outFile.flush();
265 <  sprintf( checkPointMsg,
266 <           "Sucessfully took a dump.\n");
267 <  MPIcheckPoint();
268 < #endif // is_mpi
126 > #ifdef IS_MPI
127 >  finalOut.close();
128 > #endif
129 >        
130   }
131  
132 < void DumpWriter::writeFinal(){
132 > void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
133  
273 –  char finalName[500];
134    ofstream finalOut;
135 +  vector<ofstream*> fileStreams;
136  
276 –  const int BUFFERSIZE = 2000;
277 –  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
278 –  char writeLine[BUFFERSIZE];  
279 –
280 –  double q[4];
281 –  DirectionalAtom* dAtom;
282 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
283 –  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
284 –  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
285 –  
286 –  
137   #ifdef IS_MPI
138    if(worldRank == 0 ){
139 < #endif // is_mpi
140 <    
141 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
292 <    
293 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
139 >
140 >    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
141 >
142      if( !finalOut ){
143        sprintf( painCave.errMsg,
144                 "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
145 <               finalName );
145 >               entry_plug->finalName );
146        painCave.isFatal = 1;
147        simError();
148      }
149 <    
302 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
303 <    
304 < #ifdef IS_MPI
149 >
150    }
151 + #endif // is_mpi
152    
153 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
154 <  MPIcheckPoint();  
153 >  fileStreams.push_back(&finalOut);  
154 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
155 >
156 > #ifdef IS_MPI
157 >  finalOut.close();
158 > #endif
159    
160 < #endif //is_mpi
160 > }
161  
162 + void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
163 +
164 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
165 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
166 +
167 +  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
168 +  char writeLine[BUFFERSIZE];
169 +
170 +  int i, k;
171 +
172 + #ifdef IS_MPI
173    
174 +  int *potatoes;
175 +  int myPotato;
176 +
177 +  int nProc;
178 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
179 +  double atomData6[6];
180 +  double atomData13[13];
181 +  int isDirectional;
182 +  char* atomTypeString;
183 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
184 +
185 + #else //is_mpi
186 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
187 + #endif //is_mpi
188 +
189 +  double q[4];
190 +  DirectionalAtom* dAtom;
191 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
192 +  double pos[3], vel[3];
193 +
194   #ifndef IS_MPI
314 –    
315 –  finalOut << nAtoms << "\n";
316 –    
317 –  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
318 –           << entry_plug->box_y << "\t"
319 –           << entry_plug->box_z << "\n";
195    
196 +  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
197 +    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
198 +
199 +    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
200 +               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
201 +                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
202 +                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
203 +              
204 +               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
205 +                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
206 +                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
207 +
208 +                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
209 +                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
210 +                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
211 +
212 +    //write out additional parameters, such as chi and eta
213 +    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
214 +  }
215 +  
216    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
217 <      
217 >
218 >    atoms[i]->getPos(pos);
219 >    atoms[i]->getVel(vel);
220 >
221      sprintf( tempBuffer,
222               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
223               atoms[i]->getType(),
224 <             atoms[i]->getX(),
225 <             atoms[i]->getY(),
226 <             atoms[i]->getZ(),
227 <             atoms[i]->get_vx(),
228 <             atoms[i]->get_vy(),
229 <             atoms[i]->get_vz());
224 >             pos[0],
225 >             pos[1],
226 >             pos[2],
227 >             vel[0],
228 >             vel[1],
229 >             vel[2]);
230      strcpy( writeLine, tempBuffer );
231  
232      if( atoms[i]->isDirectional() ){
233 <        
233 >
234        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
235        dAtom->getQ( q );
236 <        
236 >
237        sprintf( tempBuffer,
238                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
239                 q[0],
# Line 349 | Line 247 | void DumpWriter::writeFinal(){
247      }
248      else
249        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
250 <      
251 <    finalOut << writeLine;
250 >
251 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
252 >      *outFile[k] << writeLine;
253    }
355 –  finalOut.flush();
356 –  finalOut.close();
254  
255   #else // is_mpi
256 +
257 +  /* code to find maximum tag value */
258    
259 <  MPI::Status istatus;
259 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
260 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
261 >  if (flag) {
262 >    MAXTAG = *tagub;
263 >  } else {
264 >    MAXTAG = 32767;
265 >  }  
266 >
267 >  int haveError;
268 >
269 >  MPI_Status istatus;
270    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
271  
272    // write out header and node 0's coordinates
273 <  
273 >
274    if( worldRank == 0 ){
275 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
275 >
276 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
277 >
278 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
279 >    potatoes = new int[nProc];
280 >
281 >    //write out the comment lines
282 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
283 >      potatoes[i] = 0;
284      
285 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
286 <            << entry_plug->box_y << "\t"
287 <            << entry_plug->box_z << "\n";
288 <    
285 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
286 >        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
287 >
288 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
289 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
290 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
291 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
292 >
293 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
294 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
295 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
296 >
297 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
298 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
299 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
300 >  
301 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
302 >    }
303 >
304 >    currentIndex = 0;
305 >
306      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
373 –      // Get the Node number which has this molecule:
307        
308 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
308 >      // Get the Node number which has this atom;
309        
310 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
310 >      which_node = AtomToProcMap[i];
311 >      
312 >      if (which_node != 0) {
313  
314 <        which_atom = i;
315 <        local_index=-1;        
316 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
317 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
314 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
315 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
316 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
317 >
318 >          potatoes[which_node] = 0;          
319 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
320 >          
321          }
322 <        if (local_index != -1) {        
323 <          sprintf( tempBuffer,
324 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
325 <                   atoms[local_index]->getType(),
326 <                   atoms[local_index]->getX(),
327 <                   atoms[local_index]->getY(),
328 <                   atoms[local_index]->getZ(),
329 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
330 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
331 <                   atoms[local_index]->get_vz());
332 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
333 <          
334 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
335 <            
336 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
337 <            dAtom->getQ( q );
338 <            
339 <            sprintf( tempBuffer,
340 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
341 <                     q[0],
342 <                     q[1],
343 <                     q[2],
344 <                     q[3],
345 <                     dAtom->getJx(),
346 <                     dAtom->getJy(),
347 <                     dAtom->getJz());
410 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
411 <          }
412 <          else
413 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
414 <        }
415 <        else {
416 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
417 <        }
418 <    
322 >
323 >        myPotato = potatoes[which_node];        
324 >        
325 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
326 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
327 >        
328 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
329 >        
330 >        myPotato++;
331 >
332 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
333 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
334 >              
335 >        myPotato++;
336 >
337 >        if (isDirectional) {          
338 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
339 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
340 >        } else {
341 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
342 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
343 >        }
344 >        
345 >        myPotato++;
346 >        potatoes[which_node] = myPotato;
347 >
348        } else {
349          
350 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
351 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
352 <                                TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
350 >        haveError = 0;
351 >              which_atom = i;
352 >        
353 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
354 >                
355 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
356 >          
357 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
358 >
359 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
360 >                atoms[local_index]->getVel(vel);          
361 >
362 >          atomData6[0] = pos[0];
363 >          atomData6[1] = pos[1];
364 >          atomData6[2] = pos[2];
365 >
366 >          atomData6[3] = vel[0];
367 >          atomData6[4] = vel[1];
368 >          atomData6[5] = vel[2];
369 >          
370 >          isDirectional = 0;
371 >
372 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
373 >
374 >            isDirectional = 1;
375 >            
376 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
377 >            dAtom->getQ( q );
378 >
379 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
380 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
381 >            
382 >            atomData13[6] = q[0];
383 >            atomData13[7] = q[1];
384 >            atomData13[8] = q[2];
385 >            atomData13[9] = q[3];
386 >            
387 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
388 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
389 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
390 >          }
391 >          
392 >        } else {
393 >          sprintf(painCave.errMsg,
394 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
395 >                              i, worldRank );
396 >                haveError= 1;
397 >                simError();
398 >              }
399 >        
400 >        if(haveError) DieDieDie();
401 >        
402 >        currentIndex ++;
403        }
404 +      // If we've survived to here, format the line:
405        
406 <      finalOut << writeLine;
406 >      if (!isDirectional) {
407 >        
408 >        sprintf( writeLine,
409 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
410 >                             atomTypeString,
411 >                             atomData6[0],
412 >                             atomData6[1],
413 >                             atomData6[2],
414 >                             atomData6[3],
415 >                             atomData6[4],
416 >                             atomData6[5]);
417 >
418 >              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
419 >        
420 >      } else {
421 >        
422 >              sprintf( writeLine,
423 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
424 >                             atomTypeString,
425 >                             atomData13[0],
426 >                             atomData13[1],
427 >                             atomData13[2],
428 >                             atomData13[3],
429 >                             atomData13[4],
430 >                             atomData13[5],
431 >                             atomData13[6],
432 >                             atomData13[7],
433 >                             atomData13[8],
434 >                             atomData13[9],
435 >                             atomData13[10],
436 >                             atomData13[11],
437 >                             atomData13[12]);
438 >        
439 >      }
440 >      
441 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
442 >        *outFile[k] << writeLine;
443      }
444      
445 <    // kill everyone off:
446 <    game_over = -1;
447 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
448 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG_INT);
449 <    }
445 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
446 >      outFile[k]->flush();
447 >    
448 >    sprintf( checkPointMsg,
449 >             "Sucessfully took a dump.\n");
450  
451 +    MPIcheckPoint();        
452 +
453 +    delete[] potatoes;
454 +
455    } else {
456 +
457 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
458 +
459 +    // Set my magic potato to 0:
460 +
461 +    myPotato = 0;
462 +    currentIndex = 0;
463      
464 <    done = 0;
465 <    while (!done) {
466 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
467 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
464 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
465 >      
466 >      // Am I the node which has this atom?
467 >      
468 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
469  
470 <      if (which_atom == -1) {
443 <        done=1;
444 <        continue;
445 <      } else {
470 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
471  
472 <        local_index=-1;        
473 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
474 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
472 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
473 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
474 >          // node 0 says we can go:
475 >
476 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
477 >          
478          }
479 <        if (local_index != -1) {
479 >        which_atom = i;
480 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
481 >                
482 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
483 >        
484 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
485  
486 <          //format the line
487 <          sprintf( tempBuffer,
488 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
489 <                   atoms[local_index]->getType(),
490 <                   atoms[local_index]->getX(),
491 <                   atoms[local_index]->getY(),
492 <                   atoms[local_index]->getZ(),
493 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
494 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
495 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
496 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
497 <          
486 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
487 >                atoms[local_index]->getVel(vel);
488 >
489 >          atomData6[0] = pos[0];
490 >          atomData6[1] = pos[1];
491 >          atomData6[2] = pos[2];
492 >
493 >          atomData6[3] = vel[0];
494 >          atomData6[4] = vel[1];
495 >          atomData6[5] = vel[2];
496 >          
497 >          isDirectional = 0;
498 >
499            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
500 +
501 +            isDirectional = 1;
502              
503              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
504              dAtom->getQ( q );
505 <            
506 <            sprintf( tempBuffer,
507 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
508 <                     q[0],
509 <                     q[1],
510 <                     q[2],
511 <                     q[3],
512 <                     dAtom->getJx(),
513 <                     dAtom->getJy(),
514 <                     dAtom->getJz());
515 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
505 >            
506 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
507 >              atomData13[j] = atomData6[j];
508 >            
509 >            atomData13[6] = q[0];
510 >            atomData13[7] = q[1];
511 >            atomData13[8] = q[2];
512 >            atomData13[9] = q[3];
513 >  
514 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
515 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
516 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
517            }
518 <          else
519 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
518 >
519 >        } else {
520 >                sprintf(painCave.errMsg,
521 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
522 >                              i, worldRank );
523 >                haveError= 1;
524 >                simError();
525 >              }
526 >
527 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
528 >
529 >        // null terminate the string before sending (just in case):
530 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
531 >
532 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
533 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
534 >        
535 >        myPotato++;
536 >
537 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
538 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
539 >        
540 >        myPotato++;
541 >        
542 >        if (isDirectional) {
543 >
544 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
545 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
546            
484 –          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
485 –                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
547          } else {
548 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
549 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
550 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
548 >
549 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
550 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
551          }
552 +
553 +        myPotato++;  
554 +        currentIndex++;    
555        }
556      }
493 –  }
494 –  finalOut.flush();
495 –  sprintf( checkPointMsg,
496 –           "Sucessfully took a dump.\n");
497 –  MPIcheckPoint();
557  
558 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
558 >    sprintf( checkPointMsg,
559 >             "Sucessfully took a dump.\n");
560 >    MPIcheckPoint();        
561 >    
562 >  }
563 >  
564   #endif // is_mpi
565   }
566 +
567 + #ifdef IS_MPI
568 +
569 + // a couple of functions to let us escape the write loop
570 +
571 + void dWrite::DieDieDie( void ){
572 +
573 +  MPI_Finalize();
574 +  exit (0);
575 + }
576 +
577 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines