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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 787 by mmeineke, Thu Sep 25 19:27:15 2003 UTC vs.
Revision 936 by tim, Tue Jan 13 20:35:25 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1   #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2  
3 < #include <cstring>
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6 + #include <algorithm>
7 + #include <utility>
8  
9   #ifdef IS_MPI
10   #include <mpi.h>
11   #include "mpiSimulation.hpp"
10 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
11 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
12  
13   namespace dWrite{
14 <  void nodeZeroError( void );
15 <  void anonymousNodeDie( void );
14 >  void DieDieDie( void );
15   }
16  
17   using namespace dWrite;
# Line 28 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27   #ifdef IS_MPI
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30 <    
31 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
32 <    
33 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
34 <    
35 <    if( !outFile ){
37 <      
30 >
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42  
45 –    //outFile.setf( ios::scientific );
46 –
43   #ifdef IS_MPI
44    }
45  
46 +  //sort the local atoms by global index
47 +  sortByGlobalIndex();
48 +  
49    sprintf( checkPointMsg,
50             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
51    MPIcheckPoint();
# Line 59 | Line 58 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
58    if(worldRank == 0 ){
59   #endif // is_mpi
60  
61 <    outFile.close();
61 >    dumpFile.close();
62  
63   #ifdef IS_MPI
64    }
65   #endif // is_mpi
66   }
67  
68 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
68 > #ifdef IS_MPI
69 >
70 > /**
71 > * A hook function to load balancing
72 > */
73 >
74 > void DumpWriter::update(){
75 >  sortByGlobalIndex();          
76 > }
77    
78 + /**
79 + * Auxiliary sorting function
80 + */
81 +
82 + bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
83 +  return p1.second < p2.second;
84 + }
85 +
86 + /**
87 + * Sorting the local index by global index
88 + */
89 +
90 + void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
91 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
92 +  
93 +  indexArray.clear();
94 +  
95 +  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
96 +    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
97 +  
98 +  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
99 + }
100 + #endif
101 +
102 + void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
103 +
104 +  ofstream finalOut;
105 +  vector<ofstream*> fileStreams;
106 +
107 + #ifdef IS_MPI
108 +  if(worldRank == 0 ){
109 +    
110 +    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
111 +    if( !finalOut ){
112 +      sprintf( painCave.errMsg,
113 +               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
114 +               entry_plug->finalName );
115 +      painCave.isFatal = 1;
116 +      simError();
117 +    }
118 +  }
119 + #endif // is_mpi
120 +
121 +  fileStreams.push_back(&finalOut);
122 +  fileStreams.push_back(&dumpFile);
123 +
124 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
125 +
126 + #ifdef IS_MPI
127 +  finalOut.close();
128 + #endif
129 +        
130 + }
131 +
132 + void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
133 +
134 +  ofstream finalOut;
135 +  vector<ofstream*> fileStreams;
136 +
137 + #ifdef IS_MPI
138 +  if(worldRank == 0 ){
139 +
140 +    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
141 +
142 +    if( !finalOut ){
143 +      sprintf( painCave.errMsg,
144 +               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
145 +               entry_plug->finalName );
146 +      painCave.isFatal = 1;
147 +      simError();
148 +    }
149 +
150 +  }
151 + #endif // is_mpi
152 +  
153 +  fileStreams.push_back(&finalOut);  
154 +  writeFrame(fileStreams, currentTime);
155 +
156 + #ifdef IS_MPI
157 +  finalOut.close();
158 + #endif
159 +  
160 + }
161 +
162 + void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
163 +
164    const int BUFFERSIZE = 2000;
165 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
165 >  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
166 >
167 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];  
168    char writeLine[BUFFERSIZE];
169  
170 <  int i;
170 >  int i, k;
171 >
172   #ifdef IS_MPI
173 <  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
173 >  
174 >  int *potatoes;
175 >  int myPotato;
176 >
177 >  int nProc;
178 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
179 >  double atomData6[6];
180 >  double atomData13[13];
181 >  int isDirectional;
182 >  char* atomTypeString;
183 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
184 >
185   #else //is_mpi
186    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
187   #endif //is_mpi
# Line 83 | Line 190 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
190    DirectionalAtom* dAtom;
191    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
192    double pos[3], vel[3];
86 –    
193  
194   #ifndef IS_MPI
195 <    
196 <  outFile << nAtoms << "\n";
197 <    
92 <  outFile << currentTime << ";\t"
93 <          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
94 <          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
95 <          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
195 >  
196 >  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
197 >    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
198  
199 <          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
200 <          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
201 <          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
199 >    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
200 >               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
201 >                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
202 >                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
203 >              
204 >               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
205 >                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
206 >                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
207  
208 <          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
209 <          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
210 <          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
211 <    
208 >                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
209 >                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
210 >                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
211 >
212 >    //write out additional parameters, such as chi and eta
213 >    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
214 >  }
215 >  
216    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
217 <      
217 >
218      atoms[i]->getPos(pos);
219      atoms[i]->getVel(vel);
220  
# Line 119 | Line 230 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
230      strcpy( writeLine, tempBuffer );
231  
232      if( atoms[i]->isDirectional() ){
233 <        
233 >
234        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
235        dAtom->getQ( q );
236 <        
236 >
237        sprintf( tempBuffer,
238                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
239                 q[0],
# Line 136 | Line 247 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
247      }
248      else
249        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
250 <      
251 <    outFile << writeLine;
250 >
251 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
252 >      *outFile[k] << writeLine;
253    }
142 –  outFile.flush();
254  
255   #else // is_mpi
256  
257 <  // first thing first, suspend fatalities.
258 <  painCave.isEventLoop = 1;
257 >  /* code to find maximum tag value */
258 >  
259 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
260 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
261 >  if (flag) {
262 >    MAXTAG = *tagub;
263 >  } else {
264 >    MAXTAG = 32767;
265 >  }  
266  
149 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
267    int haveError;
268  
269    MPI_Status istatus;
270    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
271 <  
271 >
272    // write out header and node 0's coordinates
273 <  
273 >
274    if( worldRank == 0 ){
275 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
276 <  
277 <    outFile << currentTime << ";\t"
278 <            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
279 <            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
280 <            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
281 <      
282 <            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
283 <            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
167 <            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
168 <      
169 <            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
170 <            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
171 <            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
275 >
276 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
277 >
278 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
279 >    potatoes = new int[nProc];
280 >
281 >    //write out the comment lines
282 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
283 >      potatoes[i] = 0;
284      
285 <    outFile.flush();
285 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
286 >        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
287 >
288 >        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
289 >                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
290 >                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
291 >                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
292 >
293 >                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
294 >                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
295 >                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
296 >
297 >                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
298 >                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
299 >                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
300 >  
301 >        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
302 >    }
303 >
304 >    currentIndex = 0;
305 >
306      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
307 +      
308        // Get the Node number which has this atom;
309        
310 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
310 >      which_node = AtomToProcMap[i];
311        
312 <      if (which_node == 0 ) {
312 >      if (which_node != 0) {
313 >
314 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
315 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
316 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
317 >
318 >          potatoes[which_node] = 0;          
319 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
320 >          
321 >        }
322 >
323 >        myPotato = potatoes[which_node];        
324 >        
325 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
326 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
327 >        
328 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
329          
330 <        haveError = 0;
331 <        which_atom = i;
332 <        local_index=-1;        
333 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
334 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
330 >        myPotato++;
331 >
332 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
333 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
334 >              
335 >        myPotato++;
336 >
337 >        if (isDirectional) {          
338 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
339 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
340 >        } else {
341 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
342 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
343          }
344 <        if (local_index != -1) {
345 <          //format the line
346 <          
190 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
191 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
344 >        
345 >        myPotato++;
346 >        potatoes[which_node] = myPotato;
347  
348 <          sprintf( tempBuffer,
349 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
350 <                   atoms[local_index]->getType(),
351 <                   pos[0],
352 <                   pos[1],
353 <                   pos[2],
354 <                   vel[0],
355 <                   vel[1],
356 <                   vel[2]); // check here.
357 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
358 <          
348 >      } else {
349 >        
350 >        haveError = 0;
351 >              which_atom = i;
352 >        
353 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
354 >                
355 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
356 >          
357 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
358 >
359 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
360 >                atoms[local_index]->getVel(vel);          
361 >
362 >          atomData6[0] = pos[0];
363 >          atomData6[1] = pos[1];
364 >          atomData6[2] = pos[2];
365 >
366 >          atomData6[3] = vel[0];
367 >          atomData6[4] = vel[1];
368 >          atomData6[5] = vel[2];
369 >          
370 >          isDirectional = 0;
371 >
372            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
373 +
374 +            isDirectional = 1;
375              
376              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
377              dAtom->getQ( q );
208 –            
209 –            sprintf( tempBuffer,
210 –                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
211 –                     q[0],
212 –                     q[1],
213 –                     q[2],
214 –                     q[3],
215 –                     dAtom->getJx(),
216 –                     dAtom->getJy(),
217 –                     dAtom->getJz());
218 –            strcat( writeLine, tempBuffer );
219 –            
220 –          }
221 –          else
222 –            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
223 –        }
224 –        else {
225 –          sprintf(painCave.errMsg,
226 –                  "Atom %d not found on processor %d\n",
227 –                  i, worldRank );
228 –          haveError= 1;
229 –          simError();
230 –        }
231 –        
232 –        if(haveError) nodeZeroError();
378  
379 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
380 +              atomData13[j] = atomData6[j];            
381 +            
382 +            atomData13[6] = q[0];
383 +            atomData13[7] = q[1];
384 +            atomData13[8] = q[2];
385 +            atomData13[9] = q[3];
386 +            
387 +            atomData13[10] = dAtom->getJx();
388 +            atomData13[11] = dAtom->getJy();
389 +            atomData13[12] = dAtom->getJz();
390 +          }
391 +          
392 +        } else {
393 +          sprintf(painCave.errMsg,
394 +                              "Atom %d not found on processor %d\n",
395 +                              i, worldRank );
396 +                haveError= 1;
397 +                simError();
398 +              }
399 +        
400 +        if(haveError) DieDieDie();
401 +        
402 +        currentIndex ++;
403        }
404 <      else {
405 <        myStatus = 1;
406 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
238 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
239 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
240 <                 MPI_COMM_WORLD);
241 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
242 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
243 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
244 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
404 >      // If we've survived to here, format the line:
405 >      
406 >      if (!isDirectional) {
407          
408 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
408 >        sprintf( writeLine,
409 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
410 >                             atomTypeString,
411 >                             atomData6[0],
412 >                             atomData6[1],
413 >                             atomData6[2],
414 >                             atomData6[3],
415 >                             atomData6[4],
416 >                             atomData6[5]);
417  
418 +              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
419 +        
420 +      } else {
421 +        
422 +              sprintf( writeLine,
423 +                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
424 +                             atomTypeString,
425 +                             atomData13[0],
426 +                             atomData13[1],
427 +                             atomData13[2],
428 +                             atomData13[3],
429 +                             atomData13[4],
430 +                             atomData13[5],
431 +                             atomData13[6],
432 +                             atomData13[7],
433 +                             atomData13[8],
434 +                             atomData13[9],
435 +                             atomData13[10],
436 +                             atomData13[11],
437 +                             atomData13[12]);
438 +        
439        }
440        
441 <      outFile << writeLine;
442 <      outFile.flush();
441 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
442 >        *outFile[k] << writeLine;
443      }
444      
445 <    // kill everyone off:
446 <    myStatus = -1;
447 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
448 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
449 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
259 <    }
445 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
446 >      outFile[k]->flush();
447 >    
448 >    sprintf( checkPointMsg,
449 >             "Sucessfully took a dump.\n");
450  
451 +    MPIcheckPoint();        
452 +
453 +    delete[] potatoes;
454 +
455    } else {
456 +
457 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
458 +
459 +    // Set my magic potato to 0:
460 +
461 +    myPotato = 0;
462 +    currentIndex = 0;
463      
464 <    done = 0;
264 <    while (!done) {
464 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
465        
466 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
267 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
268 <
269 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
466 >      // Am I the node which has this atom?
467        
468 <      if(myStatus < 0) break;
468 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
469  
470 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
274 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
275 <      
276 <      myStatus = 1;
277 <      local_index=-1;        
278 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
279 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
280 <      }
281 <      if (local_index != -1) {
282 <        //format the line
470 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
471  
472 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
473 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
472 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
473 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
474 >          // node 0 says we can go:
475  
476 <        sprintf( tempBuffer,
477 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
478 <                 atoms[local_index]->getType(),
479 <                 pos[0],
480 <                 pos[1],
481 <                 pos[2],
482 <                 vel[0],
483 <                 vel[1],
484 <                 vel[2]); // check here.
296 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
297 <        
298 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
299 <          
300 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
301 <          dAtom->getQ( q );
302 <          
303 <          sprintf( tempBuffer,
304 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
305 <                   q[0],
306 <                   q[1],
307 <                   q[2],
308 <                   q[3],
309 <                   dAtom->getJx(),
310 <                   dAtom->getJy(),
311 <                   dAtom->getJz());
312 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
313 <        }
314 <        else{
315 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
316 <        }
317 <      }
318 <      else {
319 <        sprintf(painCave.errMsg,
320 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
321 <                which_atom, worldRank );
322 <        myStatus = 0;
323 <        simError();
476 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
477 >          
478 >        }
479 >        which_atom = i;
480 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
481 >                
482 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
483 >        
484 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
485  
486 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
487 <      }
486 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
487 >                atoms[local_index]->getVel(vel);
488  
489 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
490 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
491 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
331 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
332 <    }
333 <  }  
334 <  outFile.flush();
335 <  sprintf( checkPointMsg,
336 <           "Sucessfully took a dump.\n");
337 <  MPIcheckPoint();
489 >          atomData6[0] = pos[0];
490 >          atomData6[1] = pos[1];
491 >          atomData6[2] = pos[2];
492  
493 < // last  thing last, enable  fatalities.
494 <  painCave.isEventLoop = 0;
493 >          atomData6[3] = vel[0];
494 >          atomData6[4] = vel[1];
495 >          atomData6[5] = vel[2];
496 >          
497 >          isDirectional = 0;
498  
499 < #endif // is_mpi
343 < }
499 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
500  
501 < void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
502 <
503 <  char finalName[500];
504 <  ofstream finalOut;
505 <
506 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
507 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
508 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
509 <
510 <  double q[4];
511 <  DirectionalAtom* dAtom;
512 <  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
357 <  int i;
358 < #ifdef IS_MPI
359 <  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
360 < #else //is_mpi
361 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
362 < #endif //is_mpi
501 >            isDirectional = 1;
502 >            
503 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
504 >            dAtom->getQ( q );
505 >            
506 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
507 >              atomData13[j] = atomData6[j];
508 >            
509 >            atomData13[6] = q[0];
510 >            atomData13[7] = q[1];
511 >            atomData13[8] = q[2];
512 >            atomData13[9] = q[3];
513    
514 <  double pos[3], vel[3];
515 <  
516 < #ifdef IS_MPI
517 <  if(worldRank == 0 ){
368 < #endif // is_mpi
369 <    
370 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
371 <    
372 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
373 <    if( !finalOut ){
374 <      sprintf( painCave.errMsg,
375 <               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
376 <               finalName );
377 <      painCave.isFatal = 1;
378 <      simError();
379 <    }
380 <    
381 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
382 <    
383 < #ifdef IS_MPI
384 <  }
385 <  
386 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
387 <  MPIcheckPoint();  
388 <  
389 < #endif //is_mpi
514 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
515 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
516 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
517 >          }
518  
519 <  
520 < #ifndef IS_MPI
521 <    
522 <  finalOut << nAtoms << "\n";
523 <    
524 <  finalOut << finalTime << ";\t"
525 <           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
398 <           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
399 <           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
400 <    
401 <           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
402 <           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
403 <           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
404 <    
405 <           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
406 <           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
407 <           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
408 <  
409 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
410 <      
411 <    atoms[i]->getPos(pos);
412 <    atoms[i]->getVel(vel);
413 <    
414 <    sprintf( tempBuffer,
415 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
416 <             atoms[i]->getType(),
417 <             pos[0],
418 <             pos[1],
419 <             pos[2],
420 <             vel[0],
421 <             vel[1],
422 <             vel[2]);
423 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
519 >        } else {
520 >                sprintf(painCave.errMsg,
521 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
522 >                              i, worldRank );
523 >                haveError= 1;
524 >                simError();
525 >              }
526  
527 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
426 <        
427 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
428 <      dAtom->getQ( q );
429 <        
430 <      sprintf( tempBuffer,
431 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
432 <               q[0],
433 <               q[1],
434 <               q[2],
435 <               q[3],
436 <               dAtom->getJx(),
437 <               dAtom->getJy(),
438 <               dAtom->getJz());
439 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
440 <    }
441 <    else
442 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
443 <      
444 <    finalOut << writeLine;
445 <  }
446 <  finalOut.flush();
447 <  finalOut.close();
527 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
528  
529 < #else // is_mpi
530 <  
451 <  // first thing first, suspend fatalities.
452 <  painCave.isEventLoop = 1;
529 >        // null terminate the string before sending (just in case):
530 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
531  
532 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
533 <  int haveError;
532 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
533 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
534 >        
535 >        myPotato++;
536  
537 <  MPI_Status istatus;
538 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
537 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
538 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
539 >        
540 >        myPotato++;
541 >        
542 >        if (isDirectional) {
543  
544 <  // write out header and node 0's coordinates
545 <  
546 <  haveError = 0;
547 <  if( worldRank == 0 ){
464 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
465 <    
466 <    finalOut << finalTime << ";\t"
467 <             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
468 <             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
469 <             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
470 <      
471 <             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
472 <             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
473 <             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
474 <      
475 <             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
476 <             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
477 <             << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
478 <    
479 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
480 <      // Get the Node number which has this molecule:
481 <      
482 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
483 <      
484 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
544 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
545 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
546 >          
547 >        } else {
548  
549 <        which_atom = i;
550 <        local_index=-1;        
488 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
489 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
549 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
550 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
551          }
491 –        if (local_index != -1) {    
552  
553 <          atoms[local_index]->getPos(pos);
554 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
495 <          
496 <          sprintf( tempBuffer,
497 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
498 <                   atoms[local_index]->getType(),
499 <                   pos[0],
500 <                   pos[1],
501 <                   pos[2],
502 <                   vel[0],
503 <                   vel[1],
504 <                   vel[2]);
505 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
506 <          
507 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
508 <            
509 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
510 <            dAtom->getQ( q );
511 <            
512 <            sprintf( tempBuffer,
513 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
514 <                     q[0],
515 <                     q[1],
516 <                     q[2],
517 <                     q[3],
518 <                     dAtom->getJx(),
519 <                     dAtom->getJy(),
520 <                     dAtom->getJz());
521 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
522 <          }
523 <          else
524 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
525 <        }
526 <        else {
527 <          sprintf(painCave.errMsg,
528 <                  "Atom %d not found on processor %d\n",
529 <                  i, worldRank );
530 <          haveError= 1;
531 <          simError();
532 <        }
533 <
534 <        if(haveError) nodeZeroError();
535 <    
536 <      }
537 <      else {
538 <        
539 <        myStatus = 1;
540 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
541 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
542 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
543 <                 MPI_COMM_WORLD);
544 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
545 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
546 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
547 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
548 <        
549 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
553 >        myPotato++;  
554 >        currentIndex++;    
555        }
551 –      
552 –      finalOut << writeLine;
556      }
554 –    
555 –    // kill everyone off:
556 –    myStatus = -1;
557 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
558 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
559 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
560 –    }
557  
558 <  } else {
558 >    sprintf( checkPointMsg,
559 >             "Sucessfully took a dump.\n");
560 >    MPIcheckPoint();        
561      
562 <    done = 0;
565 <    while (!done) {
566 <
567 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
568 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
569 <      
570 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
571 <      
572 <      if(myStatus < 0) break;
573 <      
574 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
575 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
576 <      
577 <      myStatus = 1;
578 <      local_index=-1;        
579 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
580 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
581 <      }
582 <      if (local_index != -1) {
583 <
584 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
585 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
586 <
587 <        //format the line
588 <        sprintf( tempBuffer,
589 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
590 <                 atoms[local_index]->getType(),
591 <                 pos[0],
592 <                 pos[1],
593 <                 pos[2],
594 <                 vel[0],
595 <                 vel[1],
596 <                 vel[2]); // check here.
597 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
598 <        
599 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
600 <          
601 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
602 <          dAtom->getQ( q );
603 <          
604 <          sprintf( tempBuffer,
605 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
606 <                   q[0],
607 <                   q[1],
608 <                   q[2],
609 <                   q[3],
610 <                   dAtom->getJx(),
611 <                   dAtom->getJy(),
612 <                   dAtom->getJz());
613 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
614 <        }
615 <        else{
616 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
617 <        }
618 <      }
619 <      else {
620 <        sprintf(painCave.errMsg,
621 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
622 <                which_atom, worldRank );
623 <        myStatus = 0;
624 <        simError();
625 <        
626 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
627 <      }
628 <
629 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
630 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
631 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
632 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
633 <    }
634 <  }
635 <  finalOut.flush();
636 <  sprintf( checkPointMsg,
637 <           "Sucessfully took a dump.\n");
638 <  MPIcheckPoint();
562 >  }
563    
640 –  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
564   #endif // is_mpi
565   }
566  
644 –
645 –
567   #ifdef IS_MPI
568  
569   // a couple of functions to let us escape the write loop
570  
571 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
651 <  int j, myStatus;
652 <  
653 <  myStatus = 0;
654 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
655 <    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
656 <              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
657 <  }  
658 <  
571 > void dWrite::DieDieDie( void ){
572  
573    MPI_Finalize();
574    exit (0);
662 –  
575   }
576  
665 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
666 –
667 –  MPI_Finalize();
668 –  exit (0);
669 – }
670 –
577   #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines