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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 416 by gezelter, Wed Mar 26 23:14:02 2003 UTC vs.
Revision 912 by gezelter, Thu Jan 8 18:59:36 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 < #define TAKE_THIS_TAG 0
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void DieDieDie( void );
13 > }
14 >
15 > using namespace dWrite;
16   #endif //is_mpi
17  
18   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 19 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
23 <
24 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
38        painCave.isFatal = 1;
39        simError();
40      }
41 <  
41 >
42      //outFile.setf( ios::scientific );
43  
44   #ifdef IS_MPI
# Line 60 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
74 >  int i;
75 > #ifdef IS_MPI
76 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
77 >  double atomTransData[6];
78 >  double atomOrientData[7];
79 >  int isDirectional;
80 >  char* atomTypeString;
81 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
82 >  int me;
83 >  int atomTypeTag;
84 >  int atomIsDirectionalTag;
85 >  int atomTransDataTag;
86 >  int atomOrientDataTag;
87 > #else //is_mpi
88 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
89 > #endif //is_mpi
90 >
91    double q[4];
92    DirectionalAtom* dAtom;
71 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
93    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
94 <    
94 >  double pos[3], vel[3];
95  
96 +  // write current frame to the eor file
97 +
98 +  this->writeFinal( currentTime );
99 +
100   #ifndef IS_MPI
101 <    
101 >
102    outFile << nAtoms << "\n";
103 <    
104 <  outFile << currentTime << "\t"
105 <          << entry_plug->box_x << "\t"
106 <          << entry_plug->box_y << "\t"
107 <          << entry_plug->box_z << "\n";
108 <    
103 >
104 >  outFile << currentTime << ";\t"
105 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
106 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
107 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
108 >
109 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
110 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
111 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
112 >
113 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
114 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
115 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
116 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
117 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
118 >  outFile << endl;
119 >
120    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
85 –      
121  
122 +    atoms[i]->getPos(pos);
123 +    atoms[i]->getVel(vel);
124 +
125      sprintf( tempBuffer,
126               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
127               atoms[i]->getType(),
128 <             atoms[i]->getX(),
129 <             atoms[i]->getY(),
130 <             atoms[i]->getZ(),
131 <             atoms[i]->get_vx(),
132 <             atoms[i]->get_vy(),
133 <             atoms[i]->get_vz());
128 >             pos[0],
129 >             pos[1],
130 >             pos[2],
131 >             vel[0],
132 >             vel[1],
133 >             vel[2]);
134      strcpy( writeLine, tempBuffer );
135  
136      if( atoms[i]->isDirectional() ){
137 <        
137 >
138        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
139        dAtom->getQ( q );
140 <        
140 >
141        sprintf( tempBuffer,
142                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
143                 q[0],
# Line 113 | Line 151 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
151      }
152      else
153        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
154 <      
154 >
155      outFile << writeLine;
156    }
157    outFile.flush();
158  
159   #else // is_mpi
160  
161 <  MPI::Status istatus;
161 >  // first thing first, suspend fatalities.
162 >  painCave.isEventLoop = 1;
163 >
164 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
165 >  int haveError;
166 >
167 >  MPI_Status istatus;
168    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
169 <  
169 >
170    // write out header and node 0's coordinates
171 <  
171 >
172    if( worldRank == 0 ){
173      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
174 <    
175 <    outFile << currentTime << "\t"
176 <            << entry_plug->box_x << "\t"
177 <            << entry_plug->box_y << "\t"
178 <            << entry_plug->box_z << "\n";
179 <    
174 >
175 >    outFile << currentTime << ";\t"
176 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
177 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
178 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
179 >
180 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
181 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
182 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
183 >
184 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
185 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
186 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
187 >
188 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
189 >    outFile << endl;
190 >    outFile.flush();
191      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
192 <      // Get the Node number which has this molecule:
193 <      
194 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
195 <      
196 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
192 >      // Get the Node number which has this atom;
193 >
194 >      which_node = AtomToProcMap[i];
195 >
196 >      if (which_node != 0) {
197          
198 +        atomTypeTag          = 4*i;
199 +        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
200 +        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
201 +        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
202 +
203 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
204 +                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
205 +        
206 +        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
207 +        
208 +        // Null terminate the atomTypeString just in case:
209 +
210 +        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
211 +
212 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
213 +                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
214 +        
215 +        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
216 +                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
217 +
218 +        if (isDirectional) {
219 +
220 +          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
221 +                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
222 +
223 +        }
224 +
225 +      } else {
226 +        
227 +        haveError = 0;
228 +        which_atom = i;
229 +        local_index=-1;
230 +
231 +        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
232 +          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
233 +        }
234 +
235 +        if (local_index != -1) {
236 +
237 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
238 +
239 +          atoms[local_index]->getPos(pos);
240 +          atoms[local_index]->getVel(vel);
241 +
242 +          atomTransData[0] = pos[0];
243 +          atomTransData[1] = pos[1];
244 +          atomTransData[2] = pos[2];
245 +
246 +          atomTransData[3] = vel[0];
247 +          atomTransData[4] = vel[1];
248 +          atomTransData[5] = vel[2];
249 +          
250 +          isDirectional = 0;
251 +
252 +          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
253 +
254 +            isDirectional = 1;
255 +            
256 +            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
257 +            dAtom->getQ( q );
258 +            
259 +            atomOrientData[0] = q[0];
260 +            atomOrientData[1] = q[1];
261 +            atomOrientData[2] = q[2];
262 +            atomOrientData[3] = q[3];
263 +
264 +            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
265 +            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
266 +            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
267 +          }
268 +
269 +        } else {
270 +          sprintf(painCave.errMsg,
271 +                  "Atom %d not found on processor %d\n",
272 +                  i, worldRank );
273 +          haveError= 1;
274 +          simError();
275 +        }
276 +
277 +        if(haveError) DieDieDie();
278 +                              
279 +        // If we've survived to here, format the line:
280 +        
281          sprintf( tempBuffer,
282                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
283 <                 atoms[i]->getType(),
284 <                 atoms[i]->getX(),
285 <                 atoms[i]->getY(),
286 <                 atoms[i]->getZ(),
287 <                 atoms[i]->get_vx(),
288 <                 atoms[i]->get_vy(),
289 <                 atoms[i]->get_vz());
283 >                 atomTypeString,
284 >                 atomTransData[0],
285 >                 atomTransData[1],
286 >                 atomTransData[2],
287 >                 atomTransData[3],
288 >                 atomTransData[4],
289 >                 atomTransData[5]);
290 >
291          strcpy( writeLine, tempBuffer );
292 <        
293 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
294 <          
156 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
157 <          dAtom->getQ( q );
158 <          
292 >
293 >        if (isDirectional) {
294 >
295            sprintf( tempBuffer,
296                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
297 <                   q[0],
298 <                   q[1],
299 <                   q[2],
300 <                   q[3],
301 <                   dAtom->getJx(),
302 <                   dAtom->getJy(),
303 <                   dAtom->getJz());
297 >                   atomOrientData[0],
298 >                   atomOrientData[1],
299 >                   atomOrientData[2],
300 >                   atomOrientData[3],
301 >                   atomOrientData[4],
302 >                   atomOrientData[5],
303 >                   atomOrientData[6]);
304            strcat( writeLine, tempBuffer );
305 +
306 +        } else {
307 +          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
308          }
309 <        else
310 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
311 <        
173 <      } else {
174 <        
175 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
177 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
309 >
310 >        outFile << writeLine;
311 >        outFile.flush();
312        }
179 –      
180 –      outFile << writeLine;
313      }
182 –    
183 –    // kill everyone off:
184 –    game_over = -1;
185 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
186 –      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
187 –    }
314  
315 +    outFile.flush();
316 +    sprintf( checkPointMsg,
317 +             "Sucessfully took a dump.\n");
318 +    MPIcheckPoint();        
319 +    
320    } else {
321 +
322 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
323      
324 <    done = 0;
325 <    while (!done) {
326 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
327 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
324 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
325 >      
326 >      // Am I the node which has this atom?
327 >      
328 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
329  
330 <      if (which_atom == -1) {
331 <        done=1;
332 <        continue;
333 <      } else {
330 >        local_index=-1;
331 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
332 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
333 >        }
334 >        if (local_index != -1) {
335 >        
336 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
337  
338 <        //format the line
339 <        sprintf( tempBuffer,
340 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
341 <                 atoms[which_atom]->getType(),
342 <                 atoms[which_atom]->getX(),
343 <                 atoms[which_atom]->getY(),
344 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
345 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
346 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
347 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
348 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
349 <          
350 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
351 <            
352 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
353 <          dAtom->getQ( q );
354 <            
355 <          sprintf( tempBuffer,
356 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
357 <                   q[0],
358 <                   q[1],
359 <                   q[2],
360 <                   q[3],
361 <                   dAtom->getJx(),
362 <                   dAtom->getJy(),
363 <                   dAtom->getJz());
364 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
338 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
339 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
340 >
341 >          atomTransData[0] = pos[0];
342 >          atomTransData[1] = pos[1];
343 >          atomTransData[2] = pos[2];
344 >
345 >          atomTransData[3] = vel[0];
346 >          atomTransData[4] = vel[1];
347 >          atomTransData[5] = vel[2];
348 >          
349 >          isDirectional = 0;
350 >
351 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
352 >
353 >            isDirectional = 1;
354 >            
355 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
356 >            dAtom->getQ( q );
357 >            
358 >            atomOrientData[0] = q[0];
359 >            atomOrientData[1] = q[1];
360 >            atomOrientData[2] = q[2];
361 >            atomOrientData[3] = q[3];
362 >
363 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
364 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
365 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
366 >          }
367 >
368 >        } else {
369 >          sprintf(painCave.errMsg,
370 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
371 >                  i, worldRank );
372 >          haveError= 1;
373 >          simError();
374          }
375 <        else
376 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
375 >
376 >        // I've survived this far, so send off the data!
377 >
378 >        atomTypeTag          = 4*i;
379 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
380 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
381 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
382 >
383 >
384 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
385 >
386 >        // null terminate the string before sending (just in case):
387 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
388 >
389 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
390 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
391          
392 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
393 <                             TAKE_THIS_TAG);
392 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
393 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
394 >        
395 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
396 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
397 >
398 >        if (isDirectional) {
399 >
400 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
401 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
402 >          
403 >        }
404 >      
405        }
406      }
407 <  }  
408 <  outFile.flush();
409 <  sprintf( checkPointMsg,
410 <           "Sucessfully took a dump.\n");
411 <  MPIcheckPoint();
407 >
408 >    sprintf( checkPointMsg,
409 >             "Sucessfully took a dump.\n");
410 >    MPIcheckPoint();        
411 >    
412 >  }
413 >  
414 >  painCave.isEventLoop = 0;
415 >
416   #endif // is_mpi
417   }
418  
419 < void DumpWriter::writeFinal(){
419 > void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
420  
421    char finalName[500];
422    ofstream finalOut;
423  
424    const int BUFFERSIZE = 2000;
425 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
426    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
427 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
427 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
428  
429    double q[4];
430    DirectionalAtom* dAtom;
255 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
431    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
432 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
258 <  
259 <  
432 >  int i;
433   #ifdef IS_MPI
434 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
435 +  double atomTransData[6];
436 +  double atomOrientData[7];
437 +  int isDirectional;
438 +  char* atomTypeString;
439 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
440 +  int atomTypeTag;
441 +  int atomIsDirectionalTag;
442 +  int atomTransDataTag;
443 +  int atomOrientDataTag;
444 + #else //is_mpi
445 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
446 + #endif //is_mpi
447 +
448 +  double pos[3], vel[3];
449 +
450 + #ifdef IS_MPI
451    if(worldRank == 0 ){
452   #endif // is_mpi
453 <    
453 >
454      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
455 <    
455 >
456      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
457      if( !finalOut ){
458        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 271 | Line 461 | void DumpWriter::writeFinal(){
461        painCave.isFatal = 1;
462        simError();
463      }
464 <    
464 >
465      // finalOut.setf( ios::scientific );
466 <    
466 >
467   #ifdef IS_MPI
468    }
469 <  
469 >
470    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
471 <  MPIcheckPoint();  
472 <  
471 >  MPIcheckPoint();
472 >
473   #endif //is_mpi
474  
475 <  
475 >
476   #ifndef IS_MPI
477 <    
477 >
478    finalOut << nAtoms << "\n";
479 <    
480 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
481 <           << entry_plug->box_y << "\t"
482 <           << entry_plug->box_z << "\n";
483 <  
479 >
480 >  finalOut << finalTime << ";\t"
481 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
482 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
483 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
484 >
485 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
486 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
487 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
488 >
489 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
490 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
491 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
492 >
493 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
494 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
495 >  finalOut << endl;
496 >
497    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
498 <      
498 >
499 >    atoms[i]->getPos(pos);
500 >    atoms[i]->getVel(vel);
501 >
502      sprintf( tempBuffer,
503               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
504               atoms[i]->getType(),
505 <             atoms[i]->getX(),
506 <             atoms[i]->getY(),
507 <             atoms[i]->getZ(),
508 <             atoms[i]->get_vx(),
509 <             atoms[i]->get_vy(),
510 <             atoms[i]->get_vz());
505 >             pos[0],
506 >             pos[1],
507 >             pos[2],
508 >             vel[0],
509 >             vel[1],
510 >             vel[2]);
511      strcpy( writeLine, tempBuffer );
512  
513      if( atoms[i]->isDirectional() ){
514 <        
514 >
515        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
516        dAtom->getQ( q );
517 <        
517 >
518        sprintf( tempBuffer,
519                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
520                 q[0],
# Line 322 | Line 528 | void DumpWriter::writeFinal(){
528      }
529      else
530        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
531 <      
531 >
532      finalOut << writeLine;
533    }
534    finalOut.flush();
535    finalOut.close();
536  
537   #else // is_mpi
538 <  
539 <  MPI::Status istatus;
538 >
539 >  // first thing first, suspend fatalities.
540 >  painCave.isEventLoop = 1;
541 >
542 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
543 >  int haveError;
544 >
545 >  MPI_Status istatus;
546    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
547  
548    // write out header and node 0's coordinates
549 <  
549 >
550    if( worldRank == 0 ){
551      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
552 <    
553 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
554 <            << entry_plug->box_y << "\t"
555 <            << entry_plug->box_z << "\n";
556 <    
552 >
553 >    finalOut << finalTime << ";\t"
554 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
555 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
556 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
557 >
558 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
559 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
560 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
561 >
562 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
563 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
564 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
565 >
566 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
567 >    finalOut << endl;
568 >    finalOut.flush();
569      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
570 <      // Get the Node number which has this molecule:
571 <      
572 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
573 <      
574 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
570 >      // Get the Node number which has this atom;
571 >
572 >      which_node = AtomToProcMap[i];
573 >
574 >      if (which_node != 0) {
575          
576 +        atomTypeTag          = 4*i;
577 +        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
578 +        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
579 +        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
580 +
581 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
582 +                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
583 +        
584 +        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
585 +
586 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
587 +                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
588 +        
589 +        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
590 +                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
591 +
592 +        if (isDirectional) {
593 +
594 +          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
595 +                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
596 +
597 +        }
598 +
599 +      } else {
600 +        
601 +        haveError = 0;
602 +        which_atom = i;
603 +        local_index=-1;
604 +
605 +        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
606 +          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
607 +        }
608 +
609 +        if (local_index != -1) {
610 +
611 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
612 +
613 +          atoms[local_index]->getPos(pos);
614 +          atoms[local_index]->getVel(vel);
615 +
616 +          atomTransData[0] = pos[0];
617 +          atomTransData[1] = pos[1];
618 +          atomTransData[2] = pos[2];
619 +
620 +          atomTransData[3] = vel[0];
621 +          atomTransData[4] = vel[1];
622 +          atomTransData[5] = vel[2];
623 +          
624 +          isDirectional = 0;
625 +
626 +          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
627 +
628 +            isDirectional = 1;
629 +            
630 +            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
631 +            dAtom->getQ( q );
632 +            
633 +            atomOrientData[0] = q[0];
634 +            atomOrientData[1] = q[1];
635 +            atomOrientData[2] = q[2];
636 +            atomOrientData[3] = q[3];
637 +
638 +            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
639 +            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
640 +            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
641 +          }
642 +
643 +        } else {
644 +          sprintf(painCave.errMsg,
645 +                  "Atom %d not found on processor %d\n",
646 +                  i, worldRank );
647 +          haveError= 1;
648 +          simError();
649 +        }
650 +
651 +        if(haveError) DieDieDie();
652 +                              
653 +        // If we've survived to here, format the line:
654 +        
655          sprintf( tempBuffer,
656                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
657 <                 atoms[i]->getType(),
658 <                 atoms[i]->getX(),
659 <                 atoms[i]->getY(),
660 <                 atoms[i]->getZ(),
661 <                 atoms[i]->get_vx(),
662 <                 atoms[i]->get_vy(),
663 <                 atoms[i]->get_vz());
657 >                 atomTypeString,
658 >                 atomTransData[0],
659 >                 atomTransData[1],
660 >                 atomTransData[2],
661 >                 atomTransData[3],
662 >                 atomTransData[4],
663 >                 atomTransData[5]);
664 >
665          strcpy( writeLine, tempBuffer );
666 <        
667 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
668 <          
365 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
366 <          dAtom->getQ( q );
367 <          
666 >
667 >        if (isDirectional) {
668 >
669            sprintf( tempBuffer,
670                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
671 <                   q[0],
672 <                   q[1],
673 <                   q[2],
674 <                   q[3],
675 <                   dAtom->getJx(),
676 <                   dAtom->getJy(),
677 <                   dAtom->getJz());
671 >                   atomOrientData[0],
672 >                   atomOrientData[1],
673 >                   atomOrientData[2],
674 >                   atomOrientData[3],
675 >                   atomOrientData[4],
676 >                   atomOrientData[5],
677 >                   atomOrientData[6]);
678            strcat( writeLine, tempBuffer );
679 +
680 +        } else {
681 +          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
682          }
683 <        else
684 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
685 <        
382 <      } else {
383 <        
384 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
385 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
386 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
683 >
684 >        finalOut << writeLine;
685 >        finalOut.flush();
686        }
388 –      
389 –      finalOut << writeLine;
687      }
391 –    
392 –    // kill everyone off:
393 –    game_over = -1;
394 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
395 –      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
396 –    }
688  
689 +    finalOut.flush();
690 +    sprintf( checkPointMsg,
691 +             "Sucessfully took a dump.\n");
692 +    MPIcheckPoint();        
693 +    
694    } else {
695 +
696 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
697      
698 <    done = 0;
699 <    while (!done) {
700 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
701 <                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
698 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
699 >      
700 >      // Am I the node which has this atom?
701 >      
702 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
703  
704 <      if (which_atom == -1) {
705 <        done=1;
706 <        continue;
707 <      } else {
704 >        local_index=-1;
705 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
706 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
707 >        }
708 >        if (local_index != -1) {
709 >        
710 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
711  
712 <        //format the line
713 <        sprintf( tempBuffer,
714 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
715 <                 atoms[which_atom]->getType(),
716 <                 atoms[which_atom]->getX(),
717 <                 atoms[which_atom]->getY(),
718 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
719 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
720 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
721 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
722 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
723 <          
724 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
725 <            
726 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
727 <          dAtom->getQ( q );
728 <            
729 <          sprintf( tempBuffer,
730 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
731 <                   q[0],
732 <                   q[1],
733 <                   q[2],
734 <                   q[3],
735 <                   dAtom->getJx(),
736 <                   dAtom->getJy(),
737 <                   dAtom->getJz());
738 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
712 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
713 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
714 >
715 >          atomTransData[0] = pos[0];
716 >          atomTransData[1] = pos[1];
717 >          atomTransData[2] = pos[2];
718 >
719 >          atomTransData[3] = vel[0];
720 >          atomTransData[4] = vel[1];
721 >          atomTransData[5] = vel[2];
722 >          
723 >          isDirectional = 0;
724 >
725 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
726 >
727 >            isDirectional = 1;
728 >            
729 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
730 >            dAtom->getQ( q );
731 >            
732 >            atomOrientData[0] = q[0];
733 >            atomOrientData[1] = q[1];
734 >            atomOrientData[2] = q[2];
735 >            atomOrientData[3] = q[3];
736 >
737 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
738 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
739 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
740 >          }
741 >
742 >        } else {
743 >          sprintf(painCave.errMsg,
744 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
745 >                  i, worldRank );
746 >          haveError= 1;
747 >          simError();
748          }
749 <        else
750 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
749 >
750 >        // I've survived this far, so send off the data!
751 >
752 >        atomTypeTag          = 4*i;
753 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
754 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
755 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
756 >
757 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
758 >
759 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
760 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
761          
762 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
763 <                             TAKE_THIS_TAG);
762 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
763 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
764 >        
765 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
766 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
767 >
768 >        if (isDirectional) {
769 >
770 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
771 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
772 >          
773 >        }
774 >      
775        }
776      }
445 –  }  
446 –  finalOut.flush();
447 –  sprintf( checkPointMsg,
448 –           "Sucessfully took a dump.\n");
449 –  MPIcheckPoint();
777  
778 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
778 >    sprintf( checkPointMsg,
779 >             "Sucessfully wrote final file.\n");
780 >    MPIcheckPoint();        
781 >    
782 >  }
783 >  
784 >  painCave.isEventLoop = 0;
785 >
786 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
787   #endif // is_mpi
788   }
789 +
790 +
791 +
792 + #ifdef IS_MPI
793 +
794 + // a couple of functions to let us escape the write loop
795 +
796 + void dWrite::DieDieDie( void ){
797 +
798 +  MPI_Finalize();
799 +  exit (0);
800 + }
801 +
802 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines