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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 572 by mmeineke, Wed Jul 2 21:26:55 2003 UTC vs.
Revision 907 by gezelter, Thu Jan 8 17:40:56 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
8 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10  
11   namespace dWrite{
12 <  void nodeZeroError( void );
13 <  void anonymousNodeDie( void );
12 >  void DieDieDie( void );
13   }
14  
15   using namespace dWrite;
# Line 26 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
# Line 65 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 10;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74 <  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
74 >  int i;
75 > #ifdef IS_MPI
76 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
77 >  double atomTransData[6];
78 >  double atomOrientData[7];
79 >  int isDirectional;
80 >  char* atomTypeString;
81 >  int me;
82 >  int atomTypeTag;
83 >  int atomIsDirectionalTag;
84 >  int atomTransDataTag;
85 >  int atomOrientDataTag;
86 > #else //is_mpi
87 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
88 > #endif //is_mpi
89 >
90    double q[4];
91    DirectionalAtom* dAtom;
76 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
92    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
93 <    
93 >  double pos[3], vel[3];
94  
95 +  // write current frame to the eor file
96 +
97 +  this->writeFinal( currentTime );
98 +
99   #ifndef IS_MPI
100 <    
100 >
101    outFile << nAtoms << "\n";
83 –    
84 –  outFile << currentTime << "\t"
85 –          << entry_plug->Hmat[0] << "\t"
86 –          << entry_plug->Hmat[1] << "\t"
87 –          << entry_plug->Hmat[2] << "\t"
102  
103 <          << entry_plug->Hmat[3] << "\t"
104 <          << entry_plug->Hmat[4] << "\t"
105 <          << entry_plug->Hmat[5] << "\t"
103 >  outFile << currentTime << ";\t"
104 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
105 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
106 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
107  
108 <          << entry_plug->Hmat[6] << "\t"
109 <          << entry_plug->Hmat[7] << "\t"
110 <          << entry_plug->Hmat[8] << "\n";
111 <    
108 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
109 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
110 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
111 >
112 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
113 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
114 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
115 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
116 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
117 >  outFile << endl;
118 >
119    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
98 –      
120  
121 +    atoms[i]->getPos(pos);
122 +    atoms[i]->getVel(vel);
123 +
124      sprintf( tempBuffer,
125               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
126               atoms[i]->getType(),
127 <             atoms[i]->getX(),
128 <             atoms[i]->getY(),
129 <             atoms[i]->getZ(),
130 <             atoms[i]->get_vx(),
131 <             atoms[i]->get_vy(),
132 <             atoms[i]->get_vz());
127 >             pos[0],
128 >             pos[1],
129 >             pos[2],
130 >             vel[0],
131 >             vel[1],
132 >             vel[2]);
133      strcpy( writeLine, tempBuffer );
134  
135      if( atoms[i]->isDirectional() ){
136 <        
136 >
137        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
138        dAtom->getQ( q );
139 <        
139 >
140        sprintf( tempBuffer,
141                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
142                 q[0],
# Line 126 | Line 150 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
150      }
151      else
152        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
153 <      
153 >
154      outFile << writeLine;
155    }
156    outFile.flush();
# Line 141 | Line 165 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
165  
166    MPI_Status istatus;
167    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
168 <  
168 >
169    // write out header and node 0's coordinates
170 <  
170 >
171    if( worldRank == 0 ){
172      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
173 <  
174 <    outFile << currentTime << "\t"
175 <            << entry_plug->Hmat[0] << "\t"
176 <            << entry_plug->Hmat[1] << "\t"
177 <            << entry_plug->Hmat[2] << "\t"
178 <      
179 <            << entry_plug->Hmat[3] << "\t"
180 <            << entry_plug->Hmat[4] << "\t"
181 <            << entry_plug->Hmat[5] << "\t"
182 <      
183 <            << entry_plug->Hmat[6] << "\t"
184 <            << entry_plug->Hmat[7] << "\t"
185 <            << entry_plug->Hmat[8] << "\n";
186 <    ;
173 >
174 >    outFile << currentTime << ";\t"
175 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
176 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
177 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
178 >
179 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
180 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
181 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
182 >
183 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
184 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
185 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
186 >
187 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
188 >    outFile << endl;
189      outFile.flush();
190      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
191        // Get the Node number which has this atom;
192 <      
193 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
194 <      
195 <      if (which_node == 0 ) {
196 <        
192 >
193 >      which_node = AtomToProcMap[i];
194 >
195 >      if (which_node != 0) {
196 >        
197 >        atomTypeTag          = 4*i;
198 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
199 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
200 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
201 >
202 >        MPI_Recv(atomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
203 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
204 >        
205 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
206 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
207 >        
208 >        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
209 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
210 >
211 >        if (isDirectional) {
212 >
213 >          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
214 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
215 >
216 >        }
217 >
218 >      } else {
219 >        
220          haveError = 0;
221          which_atom = i;
222 <        local_index=-1;        
222 >        local_index=-1;
223 >
224          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
225            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
226          }
227 +
228          if (local_index != -1) {
229 <          //format the line
230 <          sprintf( tempBuffer,
231 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
232 <                   atoms[local_index]->getType(),
233 <                   atoms[local_index]->getX(),
234 <                   atoms[local_index]->getY(),
235 <                   atoms[local_index]->getZ(),
236 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
237 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
238 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
239 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
240 <          
229 >
230 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
231 >
232 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
233 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
234 >
235 >          atomTransData[0] = pos[0];
236 >          atomTransData[1] = pos[1];
237 >          atomTransData[2] = pos[2];
238 >
239 >          atomTransData[3] = vel[0];
240 >          atomTransData[4] = vel[1];
241 >          atomTransData[5] = vel[2];
242 >          
243 >          isDirectional = 0;
244 >
245            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
246 +
247 +            isDirectional = 1;
248              
249              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
250              dAtom->getQ( q );
251              
252 <            sprintf( tempBuffer,
253 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
254 <                     q[0],
255 <                     q[1],
256 <                     q[2],
257 <                     q[3],
258 <                     dAtom->getJx(),
259 <                     dAtom->getJy(),
260 <                     dAtom->getJz());
261 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
262 <            
206 <          }
207 <          else
208 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
209 <        }
210 <        else {
252 >            atomOrientData[0] = q[0];
253 >            atomOrientData[1] = q[1];
254 >            atomOrientData[2] = q[2];
255 >            atomOrientData[3] = q[3];
256 >
257 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
258 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
259 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
260 >          }
261 >
262 >        } else {
263            sprintf(painCave.errMsg,
264                    "Atom %d not found on processor %d\n",
265                    i, worldRank );
266            haveError= 1;
267            simError();
268 <        }
217 <        
218 <        if(haveError) nodeZeroError();
268 >        }
269  
270 <      }
271 <      else {
272 <        myStatus = 1;
273 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
274 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
275 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
276 <                 MPI_COMM_WORLD);
277 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
278 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
279 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
280 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
281 <        
282 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
270 >        if(haveError) DieDieDie();
271 >                              
272 >        // If we've survived to here, format the line:
273 >        
274 >        sprintf( tempBuffer,
275 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
276 >                 atomTypeString,
277 >                 atomTransData[0],
278 >                 atomTransData[1],
279 >                 atomTransData[2],
280 >                 atomTransData[3],
281 >                 atomTransData[4],
282 >                 atomTransData[5]);
283  
284 +        strcpy( writeLine, tempBuffer );
285 +
286 +        if (isDirectional) {
287 +
288 +          sprintf( tempBuffer,
289 +                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
290 +                   atomOrientData[0],
291 +                   atomOrientData[1],
292 +                   atomOrientData[2],
293 +                   atomOrientData[3],
294 +                   atomOrientData[4],
295 +                   atomOrientData[5],
296 +                   atomOrientData[6]);
297 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
298 +
299 +        } else {
300 +          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
301 +        }
302 +
303 +        outFile << writeLine;
304 +        outFile.flush();
305        }
235 –      
236 –      outFile << writeLine;
237 –      outFile.flush();
306      }
239 –    
240 –    // kill everyone off:
241 –    myStatus = -1;
242 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
243 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
244 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
245 –    }
307  
308 +    outFile.flush();
309 +    sprintf( checkPointMsg,
310 +             "Sucessfully took a dump.\n");
311 +    MPIcheckPoint();        
312 +    
313    } else {
314 +
315 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
316      
317 <    done = 0;
250 <    while (!done) {
317 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
318        
319 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
253 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
254 <
255 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
319 >      // Am I the node which has this atom?
320        
321 <      if(myStatus < 0) break;
321 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
322  
323 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
324 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
325 <      
326 <      myStatus = 1;
327 <      local_index=-1;        
328 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
329 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
330 <      }
331 <      if (local_index != -1) {
332 <        //format the line
333 <        sprintf( tempBuffer,
334 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
335 <                 atoms[local_index]->getType(),
336 <                 atoms[local_index]->getX(),
337 <                 atoms[local_index]->getY(),
338 <                 atoms[local_index]->getZ(),
339 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
340 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
341 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
342 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
343 <        
344 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
345 <          
346 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
347 <          dAtom->getQ( q );
348 <          
349 <          sprintf( tempBuffer,
350 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
351 <                   q[0],
352 <                   q[1],
353 <                   q[2],
354 <                   q[3],
355 <                   dAtom->getJx(),
356 <                   dAtom->getJy(),
357 <                   dAtom->getJz());
358 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
323 >        local_index=-1;
324 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
325 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
326 >        }
327 >        if (local_index != -1) {
328 >        
329 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
330 >
331 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
332 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
333 >
334 >          atomTransData[0] = pos[0];
335 >          atomTransData[1] = pos[1];
336 >          atomTransData[2] = pos[2];
337 >
338 >          atomTransData[3] = vel[0];
339 >          atomTransData[4] = vel[1];
340 >          atomTransData[5] = vel[2];
341 >          
342 >          isDirectional = 0;
343 >
344 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
345 >
346 >            isDirectional = 1;
347 >            
348 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
349 >            dAtom->getQ( q );
350 >            
351 >            atomOrientData[0] = q[0];
352 >            atomOrientData[1] = q[1];
353 >            atomOrientData[2] = q[2];
354 >            atomOrientData[3] = q[3];
355 >
356 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
357 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
358 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
359 >          }
360 >
361 >        } else {
362 >          sprintf(painCave.errMsg,
363 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
364 >                  i, worldRank );
365 >          haveError= 1;
366 >          simError();
367          }
296 –        else{
297 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
298 –        }
299 –      }
300 –      else {
301 –        sprintf(painCave.errMsg,
302 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
303 –                which_atom, worldRank );
304 –        myStatus = 0;
305 –        simError();
368  
369 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
308 <      }
369 >        // I've survived this far, so send off the data!
370  
371 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
372 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
373 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
374 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
371 >        atomTypeTag          = 4*i;
372 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
373 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
374 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
375 >
376 >        MPI_Send(atomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
377 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
378 >        
379 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
380 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
381 >        
382 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
383 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
384 >
385 >        if (isDirectional) {
386 >
387 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
388 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
389 >          
390 >        }
391 >      
392 >      }
393      }
315 –  }  
316 –  outFile.flush();
317 –  sprintf( checkPointMsg,
318 –           "Sucessfully took a dump.\n");
319 –  MPIcheckPoint();
394  
395 < // last  thing last, enable  fatalities.
395 >    sprintf( checkPointMsg,
396 >             "Sucessfully took a dump.\n");
397 >    MPIcheckPoint();        
398 >    
399 >  }
400 >  
401    painCave.isEventLoop = 0;
402  
403   #endif // is_mpi
# Line 330 | Line 409 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
409    ofstream finalOut;
410  
411    const int BUFFERSIZE = 2000;
412 +  const int MINIBUFFERSIZE = 10;
413    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
414 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
414 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
415  
416    double q[4];
417    DirectionalAtom* dAtom;
338 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
418    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
419 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
341 <  
342 <  
419 >  int i;
420   #ifdef IS_MPI
421 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
422 +  double atomTransData[6];
423 +  double atomOrientData[7];
424 +  int isDirectional;
425 +  char* atomTypeString;
426 +  int atomTypeTag;
427 +  int atomIsDirectionalTag;
428 +  int atomTransDataTag;
429 +  int atomOrientDataTag;
430 + #else //is_mpi
431 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
432 + #endif //is_mpi
433 +
434 +  double pos[3], vel[3];
435 +
436 + #ifdef IS_MPI
437    if(worldRank == 0 ){
438   #endif // is_mpi
439 <    
439 >
440      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
441 <    
441 >
442      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
443      if( !finalOut ){
444        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 354 | Line 447 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
447        painCave.isFatal = 1;
448        simError();
449      }
450 <    
450 >
451      // finalOut.setf( ios::scientific );
452 <    
452 >
453   #ifdef IS_MPI
454    }
455 <  
455 >
456    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
457 <  MPIcheckPoint();  
458 <  
457 >  MPIcheckPoint();
458 >
459   #endif //is_mpi
460  
461 <  
461 >
462   #ifndef IS_MPI
463 <    
463 >
464    finalOut << nAtoms << "\n";
465 <    
466 <  finalOut << finalTime << "\t"
467 <           << entry_plug->Hmat[0] << "\t"
468 <           << entry_plug->Hmat[1] << "\t"
469 <           << entry_plug->Hmat[2] << "\t"
470 <    
471 <           << entry_plug->Hmat[3] << "\t"
472 <           << entry_plug->Hmat[4] << "\t"
473 <           << entry_plug->Hmat[5] << "\t"
474 <    
475 <           << entry_plug->Hmat[6] << "\t"
476 <           << entry_plug->Hmat[7] << "\t"
477 <           << entry_plug->Hmat[8] << "\n";
478 <  
465 >
466 >  finalOut << finalTime << ";\t"
467 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
468 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
469 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
470 >
471 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
472 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
473 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
474 >
475 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
476 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
477 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
478 >
479 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
480 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
481 >  finalOut << endl;
482 >
483    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
484 <      
484 >
485 >    atoms[i]->getPos(pos);
486 >    atoms[i]->getVel(vel);
487 >
488      sprintf( tempBuffer,
489               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
490               atoms[i]->getType(),
491 <             atoms[i]->getX(),
492 <             atoms[i]->getY(),
493 <             atoms[i]->getZ(),
494 <             atoms[i]->get_vx(),
495 <             atoms[i]->get_vy(),
496 <             atoms[i]->get_vz());
491 >             pos[0],
492 >             pos[1],
493 >             pos[2],
494 >             vel[0],
495 >             vel[1],
496 >             vel[2]);
497      strcpy( writeLine, tempBuffer );
498  
499      if( atoms[i]->isDirectional() ){
500 <        
500 >
501        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
502        dAtom->getQ( q );
503 <        
503 >
504        sprintf( tempBuffer,
505                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
506                 q[0],
# Line 414 | Line 514 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
514      }
515      else
516        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
517 <      
517 >
518      finalOut << writeLine;
519    }
520    finalOut.flush();
521    finalOut.close();
522  
523   #else // is_mpi
524 <  
524 >
525    // first thing first, suspend fatalities.
526    painCave.isEventLoop = 1;
527  
# Line 432 | Line 532 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
532    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
533  
534    // write out header and node 0's coordinates
535 <  
436 <  haveError = 0;
535 >
536    if( worldRank == 0 ){
537      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
538 <    
539 <    finalOut << finalTime << "\t"
540 <             << entry_plug->Hmat[0] << "\t"
541 <             << entry_plug->Hmat[1] << "\t"
542 <             << entry_plug->Hmat[2] << "\t"
543 <      
544 <             << entry_plug->Hmat[3] << "\t"
545 <             << entry_plug->Hmat[4] << "\t"
546 <             << entry_plug->Hmat[5] << "\t"
547 <      
548 <             << entry_plug->Hmat[6] << "\t"
549 <             << entry_plug->Hmat[7] << "\t"
550 <             << entry_plug->Hmat[8] << "\n";
551 <    
538 >
539 >    finalOut << finalTime << ";\t"
540 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
541 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
542 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
543 >
544 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
545 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
546 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
547 >
548 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
549 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
550 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
551 >
552 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
553 >    finalOut << endl;
554 >    finalOut.flush();
555      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
556 <      // Get the Node number which has this molecule:
455 <      
456 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
457 <      
458 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
556 >      // Get the Node number which has this atom;
557  
558 +      which_node = AtomToProcMap[i];
559 +
560 +      if (which_node != 0) {
561 +        
562 +        atomTypeTag          = 4*i;
563 +        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
564 +        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
565 +        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
566 +
567 +        MPI_Recv(atomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
568 +                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
569 +        
570 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
571 +                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
572 +        
573 +        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
574 +                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
575 +
576 +        if (isDirectional) {
577 +
578 +          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
579 +                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
580 +
581 +        }
582 +
583 +      } else {
584 +        
585 +        haveError = 0;
586          which_atom = i;
587 <        local_index=-1;        
587 >        local_index=-1;
588 >
589          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
590            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
591          }
592 <        if (local_index != -1) {        
593 <          sprintf( tempBuffer,
594 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
595 <                   atoms[local_index]->getType(),
596 <                   atoms[local_index]->getX(),
597 <                   atoms[local_index]->getY(),
598 <                   atoms[local_index]->getZ(),
599 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
600 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
601 <                   atoms[local_index]->get_vz());
602 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
603 <          
604 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
605 <            
606 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
607 <            dAtom->getQ( q );
608 <            
609 <            sprintf( tempBuffer,
610 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
611 <                     q[0],
612 <                     q[1],
613 <                     q[2],
614 <                     q[3],
615 <                     dAtom->getJx(),
616 <                     dAtom->getJy(),
617 <                     dAtom->getJz());
618 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
619 <          }
620 <          else
621 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
622 <        }
623 <        else {
592 >
593 >        if (local_index != -1) {
594 >
595 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
596 >
597 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
598 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
599 >
600 >          atomTransData[0] = pos[0];
601 >          atomTransData[1] = pos[1];
602 >          atomTransData[2] = pos[2];
603 >
604 >          atomTransData[3] = vel[0];
605 >          atomTransData[4] = vel[1];
606 >          atomTransData[5] = vel[2];
607 >          
608 >          isDirectional = 0;
609 >
610 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
611 >
612 >            isDirectional = 1;
613 >            
614 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
615 >            dAtom->getQ( q );
616 >            
617 >            atomOrientData[0] = q[0];
618 >            atomOrientData[1] = q[1];
619 >            atomOrientData[2] = q[2];
620 >            atomOrientData[3] = q[3];
621 >
622 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
623 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
624 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
625 >          }
626 >
627 >        } else {
628            sprintf(painCave.errMsg,
629                    "Atom %d not found on processor %d\n",
630                    i, worldRank );
631            haveError= 1;
632            simError();
633 <        }
633 >        }
634  
635 <        if(haveError) nodeZeroError();
636 <    
637 <      }
507 <      else {
635 >        if(haveError) DieDieDie();
636 >                              
637 >        // If we've survived to here, format the line:
638          
639 <        myStatus = 1;
640 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
641 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
642 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
643 <                 MPI_COMM_WORLD);
644 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
645 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
646 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
647 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
648 <        
649 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
639 >        sprintf( tempBuffer,
640 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
641 >                 atomTypeString,
642 >                 atomTransData[0],
643 >                 atomTransData[1],
644 >                 atomTransData[2],
645 >                 atomTransData[3],
646 >                 atomTransData[4],
647 >                 atomTransData[5]);
648 >
649 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
650 >
651 >        if (isDirectional) {
652 >
653 >          sprintf( tempBuffer,
654 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
655 >                   atomOrientData[0],
656 >                   atomOrientData[1],
657 >                   atomOrientData[2],
658 >                   atomOrientData[3],
659 >                   atomOrientData[4],
660 >                   atomOrientData[5],
661 >                   atomOrientData[6]);
662 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
663 >
664 >        } else {
665 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
666 >        }
667 >
668 >        finalOut << writeLine;
669 >        finalOut.flush();
670        }
521 –      
522 –      finalOut << writeLine;
671      }
524 –    
525 –    // kill everyone off:
526 –    myStatus = -1;
527 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
528 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
529 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
530 –    }
672  
673 <  } else {
673 >    finalOut.flush();
674 >    sprintf( checkPointMsg,
675 >             "Sucessfully took a dump.\n");
676 >    MPIcheckPoint();        
677      
678 <    done = 0;
535 <    while (!done) {
678 >  } else {
679  
680 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
681 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
680 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
681 >    
682 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
683        
684 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
684 >      // Am I the node which has this atom?
685        
686 <      if(myStatus < 0) break;
543 <      
544 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
545 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
546 <      
547 <      myStatus = 1;
548 <      local_index=-1;        
549 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
550 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
551 <      }
552 <      if (local_index != -1) {
686 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
687  
688 <        //format the line
689 <        sprintf( tempBuffer,
690 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
691 <                 atoms[local_index]->getType(),
692 <                 atoms[local_index]->getX(),
693 <                 atoms[local_index]->getY(),
694 <                 atoms[local_index]->getZ(),
695 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
696 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
697 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
698 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
699 <        
700 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
701 <          
702 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
703 <          dAtom->getQ( q );
704 <          
705 <          sprintf( tempBuffer,
706 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
707 <                   q[0],
708 <                   q[1],
709 <                   q[2],
710 <                   q[3],
711 <                   dAtom->getJx(),
712 <                   dAtom->getJy(),
713 <                   dAtom->getJz());
714 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
688 >        local_index=-1;
689 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
690 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
691 >        }
692 >        if (local_index != -1) {
693 >        
694 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
695 >
696 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
697 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
698 >
699 >          atomTransData[0] = pos[0];
700 >          atomTransData[1] = pos[1];
701 >          atomTransData[2] = pos[2];
702 >
703 >          atomTransData[3] = vel[0];
704 >          atomTransData[4] = vel[1];
705 >          atomTransData[5] = vel[2];
706 >          
707 >          isDirectional = 0;
708 >
709 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
710 >
711 >            isDirectional = 1;
712 >            
713 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
714 >            dAtom->getQ( q );
715 >            
716 >            atomOrientData[0] = q[0];
717 >            atomOrientData[1] = q[1];
718 >            atomOrientData[2] = q[2];
719 >            atomOrientData[3] = q[3];
720 >
721 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
722 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
723 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
724 >          }
725 >
726 >        } else {
727 >          sprintf(painCave.errMsg,
728 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
729 >                  i, worldRank );
730 >          haveError= 1;
731 >          simError();
732          }
582 –        else{
583 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
584 –        }
585 –      }
586 –      else {
587 –        sprintf(painCave.errMsg,
588 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
589 –                which_atom, worldRank );
590 –        myStatus = 0;
591 –        simError();
592 –        
593 –        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
594 –      }
733  
734 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
735 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
736 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
737 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
734 >        // I've survived this far, so send off the data!
735 >
736 >        atomTypeTag          = 4*i;
737 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
738 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
739 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
740 >
741 >        MPI_Send(atomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
742 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
743 >        
744 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
745 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
746 >        
747 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
748 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
749 >
750 >        if (isDirectional) {
751 >
752 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
753 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
754 >          
755 >        }
756 >      
757 >      }
758      }
759 +
760 +    sprintf( checkPointMsg,
761 +             "Sucessfully wrote final file.\n");
762 +    MPIcheckPoint();        
763 +    
764    }
602 –  finalOut.flush();
603 –  sprintf( checkPointMsg,
604 –           "Sucessfully took a dump.\n");
605 –  MPIcheckPoint();
765    
766 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
766 >  painCave.isEventLoop = 0;
767 >
768 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
769   #endif // is_mpi
770   }
771  
# Line 614 | Line 775 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
775  
776   // a couple of functions to let us escape the write loop
777  
778 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
618 <  int j, myStatus;
619 <  
620 <  myStatus = 0;
621 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
622 <    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
623 <              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
624 <  }  
625 <  
778 > void dWrite::DieDieDie( void ){
779  
780    MPI_Finalize();
781    exit (0);
629 –  
782   }
783  
632 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
633 –
634 –  MPI_Finalize();
635 –  exit (0);
636 – }
637 –
784   #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines