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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 905 by tim, Wed Jan 7 19:26:12 2004 UTC vs.
Revision 919 by tim, Sat Jan 10 02:15:35 2004 UTC

# Line 7 | Line 7
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 15
11 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 20
10  
11   namespace dWrite{
12 <  void nodeZeroError( void );
15 <  void anonymousNodeDie( void );
12 >  void DieDieDie( void );
13   }
14  
15   using namespace dWrite;
# Line 69 | Line 66 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67  
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74    int i;
75 +
76   #ifdef IS_MPI
77 +  
78 +  int *potatoes;
79 +  int myPotato;
80 +
81 +  int nProc;
82    int j, which_node, done, which_atom, local_index;
83 +  double atomData6[6];
84 +  double atomData13[13];
85 +  int isDirectional;
86 +  char* atomTypeString;
87 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
88 +
89   #else //is_mpi
90    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
91   #endif //is_mpi
# Line 84 | Line 95 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
95    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
96    double pos[3], vel[3];
97  
87 –
98    // write current frame to the eor file
99  
100    this->writeFinal( currentTime );
# Line 150 | Line 160 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
160  
161   #else // is_mpi
162  
163 <  // first thing first, suspend fatalities.
164 <  painCave.isEventLoop = 1;
163 >  cout << "master" <<endl;
164 >  /* code to find maximum tag value */
165 >  
166 >  int tagub, flag, MAXTAG;
167 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
168 >  if (flag) {
169 >    MAXTAG = tagub;
170 >  } else {
171 >    MAXTAG = 32767;
172 >  }  
173  
156 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
174    int haveError;
175  
176    MPI_Status istatus;
# Line 162 | Line 179 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
179    // write out header and node 0's coordinates
180  
181    if( worldRank == 0 ){
182 +
183 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
184 +
185 +    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
186 +    potatoes = new int[nProc];
187 +
188 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
189 +      potatoes[i] = 0;
190 +    
191      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
192  
193      outFile << currentTime << ";\t"
# Line 180 | Line 206 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
206      outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
207      outFile << endl;
208      outFile.flush();
209 +
210      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
211 +      
212        // Get the Node number which has this atom;
213 <
213 >      
214        which_node = AtomToProcMap[i];
215 +      
216 +      if (which_node != 0) {
217  
218 <      if (which_node == 0 ) {
218 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
219 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
220 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
221  
222 +          potatoes[which_node] = 0;          
223 +          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
224 +          
225 +        }
226 +
227 +        myPotato = potatoes[which_node];        
228 +        
229 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
230 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
231 +        
232 +        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
233 +        
234 +        // Null terminate the atomTypeString just in case:
235 +
236 +        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
237 +
238 +        myPotato++;
239 +
240 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
241 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
242 +              
243 +        myPotato++;
244 +
245 +        if (isDirectional) {          
246 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
247 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
248 +        } else {
249 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
250 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
251 +        }
252 +        
253 +        myPotato++;
254 +        potatoes[which_node] = myPotato;
255 +
256 +      } else {
257 +        
258          haveError = 0;
259          which_atom = i;
260          local_index=-1;
261 +        
262          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
263            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
264          }
265 +        
266          if (local_index != -1) {
267 <          //format the line
267 >          
268 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
269  
270            atoms[local_index]->getPos(pos);
271 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
271 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
272  
273 <          sprintf( tempBuffer,
274 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
275 <                   atoms[local_index]->getType(),
276 <                   pos[0],
277 <                   pos[1],
278 <                   pos[2],
279 <                   vel[0],
280 <                   vel[1],
281 <                   vel[2]); // check here.
211 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
273 >          atomData6[0] = pos[0];
274 >          atomData6[1] = pos[1];
275 >          atomData6[2] = pos[2];
276 >
277 >          atomData6[3] = vel[0];
278 >          atomData6[4] = vel[1];
279 >          atomData6[5] = vel[2];
280 >          
281 >          isDirectional = 0;
282  
283            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
284  
285 +            isDirectional = 1;
286 +            
287              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
288              dAtom->getQ( q );
289  
290 <            sprintf( tempBuffer,
291 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
292 <                     q[0],
293 <                     q[1],
294 <                     q[2],
295 <                     q[3],
296 <                     dAtom->getJx(),
297 <                     dAtom->getJy(),
298 <                     dAtom->getJz());
299 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
300 <
301 <          }
302 <          else
303 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
232 <        }
233 <        else {
290 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
291 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
292 >            
293 >            atomData13[6] = q[0];
294 >            atomData13[7] = q[1];
295 >            atomData13[8] = q[2];
296 >            atomData13[9] = q[3];
297 >            
298 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
299 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
300 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
301 >          }
302 >          
303 >        } else {
304            sprintf(painCave.errMsg,
305                    "Atom %d not found on processor %d\n",
306                    i, worldRank );
307            haveError= 1;
308            simError();
309          }
310 +        
311 +        if(haveError) DieDieDie();
312 +        
313 +        // If we've survived to here, format the line:
314 +        
315 +        if (!isDirectional) {
316  
317 <        if(haveError) nodeZeroError();
317 >          sprintf( tempBuffer,
318 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
319 >                   atomTypeString,
320 >                   atomData6[0],
321 >                   atomData6[1],
322 >                   atomData6[2],
323 >                   atomData6[3],
324 >                   atomData6[4],
325 >                   atomData6[5]);
326 >          
327 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
328 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
329  
330 +        } else {
331 +          
332 +          sprintf( tempBuffer,
333 +                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
334 +                   atomTypeString,
335 +                   atomData13[0],
336 +                   atomData13[1],
337 +                   atomData13[2],
338 +                   atomData13[3],
339 +                   atomData13[4],
340 +                   atomData13[5],
341 +                   atomData13[6],
342 +                   atomData13[7],
343 +                   atomData13[8],
344 +                   atomData13[9],
345 +                   atomData13[10],
346 +                   atomData13[11],
347 +                   atomData13[12]);
348 +          
349 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
350 +          
351 +        }
352 +        
353 +        outFile << writeLine;
354 +        outFile.flush();
355        }
356 <      else {
245 <        myStatus = 1;
246 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
247 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
248 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
249 <                 MPI_COMM_WORLD);
250 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
251 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
252 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
253 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
356 >    }
357  
358 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
358 >    outFile.flush();
359 >    sprintf( checkPointMsg,
360 >             "Sucessfully took a dump.\n");
361 >    MPIcheckPoint();        
362 >    delete[] potatoes;
363 >  } else {
364  
365 <      }
365 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
366  
367 <      outFile << writeLine;
260 <      outFile.flush();
261 <    }
367 >    // Set my magic potato to 0:
368  
369 <    // kill everyone off:
370 <    myStatus = -1;
371 <    for (j = 1; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
372 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
373 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
374 <    }
369 >    myPotato = 0;
370 >    
371 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
372 >      
373 >      // Am I the node which has this atom?
374 >      
375 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
376  
377 <  } else {
377 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
378  
379 <    done = 0;
380 <    while (!done) {
379 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
380 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
381 >          // node 0 says we can go:
382  
383 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
384 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
383 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
384 >          
385 >        }
386 >        which_atom = i;
387 >        local_index=-1;
388 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
389 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
390 >        }
391 >        if (local_index != -1) {
392 >        
393 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
394  
395 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
395 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
396 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
397  
398 <      if(myStatus < 0) break;
398 >          atomData6[0] = pos[0];
399 >          atomData6[1] = pos[1];
400 >          atomData6[2] = pos[2];
401  
402 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
403 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
402 >          atomData6[3] = vel[0];
403 >          atomData6[4] = vel[1];
404 >          atomData6[5] = vel[2];
405 >          
406 >          isDirectional = 0;
407  
408 <      myStatus = 1;
286 <      local_index=-1;
287 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
288 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
289 <      }
290 <      if (local_index != -1) {
291 <        //format the line
408 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
409  
410 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
411 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
410 >            isDirectional = 1;
411 >            
412 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
413 >            dAtom->getQ( q );
414 >            
415 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
416 >              atomData13[j] = atomData6[j];
417 >            
418 >            atomData13[6] = q[0];
419 >            atomData13[7] = q[1];
420 >            atomData13[8] = q[2];
421 >            atomData13[9] = q[3];
422  
423 <        sprintf( tempBuffer,
424 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
425 <                 atoms[local_index]->getType(),
426 <                 pos[0],
300 <                 pos[1],
301 <                 pos[2],
302 <                 vel[0],
303 <                 vel[1],
304 <                 vel[2]); // check here.
305 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
423 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
424 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
425 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
426 >          }
427  
428 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
428 >        } else {
429 >          sprintf(painCave.errMsg,
430 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
431 >                  i, worldRank );
432 >          haveError= 1;
433 >          simError();
434 >        }
435  
436 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
310 <          dAtom->getQ( q );
436 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
437  
438 <          sprintf( tempBuffer,
439 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
314 <                   q[0],
315 <                   q[1],
316 <                   q[2],
317 <                   q[3],
318 <                   dAtom->getJx(),
319 <                   dAtom->getJy(),
320 <                   dAtom->getJz());
321 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
322 <        }
323 <        else{
324 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
325 <        }
326 <      }
327 <      else {
328 <        sprintf(painCave.errMsg,
329 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
330 <                which_atom, worldRank );
331 <        myStatus = 0;
332 <        simError();
438 >        // null terminate the string before sending (just in case):
439 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
440  
441 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
442 <      }
441 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
442 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
443 >        
444 >        myPotato++;
445  
446 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
447 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
448 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
449 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
450 <    }
451 <  }
343 <  outFile.flush();
344 <  sprintf( checkPointMsg,
345 <           "Sucessfully took a dump.\n");
346 <  MPIcheckPoint();
446 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
447 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
448 >        
449 >        myPotato++;
450 >        
451 >        if (isDirectional) {
452  
453 < // last  thing last, enable  fatalities.
454 <  painCave.isEventLoop = 0;
453 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
454 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
455 >          
456 >        } else {
457  
458 +          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
459 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
460 +        }
461 +
462 +        myPotato++;      
463 +      }
464 +    }
465 +
466 +    sprintf( checkPointMsg,
467 +             "Sucessfully took a dump.\n");
468 +    MPIcheckPoint();        
469 +    
470 +  }
471 +  
472   #endif // is_mpi
473   }
474  
# Line 357 | Line 478 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
478    ofstream finalOut;
479  
480    const int BUFFERSIZE = 2000;
481 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
482    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
483    char writeLine[BUFFERSIZE];
484  
# Line 365 | Line 487 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
487    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
488    int i;
489   #ifdef IS_MPI
490 +  
491 +  int *potatoes;
492 +  int myPotato;
493 +
494 +  int nProc;
495    int j, which_node, done, which_atom, local_index;
496 +  double atomData6[6];
497 +  double atomData13[13];
498 +  int isDirectional;
499 +  char* atomTypeString;
500 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
501 +
502   #else //is_mpi
503    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
504   #endif //is_mpi
# Line 461 | Line 594 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
594  
595   #else // is_mpi
596  
597 <  // first thing first, suspend fatalities.
598 <  painCave.isEventLoop = 1;
597 >  /* code to find maximum tag value */
598 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
599 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
600 >  if (flag) {
601 >    MAXTAG = *tagub;
602 >  } else {
603 >    MAXTAG = 32767;
604 >  }  
605  
467 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
606    int haveError;
607  
608    MPI_Status istatus;
# Line 472 | Line 610 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
610  
611    // write out header and node 0's coordinates
612  
475 –  haveError = 0;
613    if( worldRank == 0 ){
614 +
615 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
616 +
617 +    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
618 +    potatoes = new int[nProc];
619 +
620 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
621 +      potatoes[i] = 0;
622 +    
623      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
624  
625      finalOut << finalTime << ";\t"
626 <             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
627 <             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
628 <             << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
626 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
627 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
628 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
629  
630 <             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
631 <             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
632 <             << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
630 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
631 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
632 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
633  
634 <             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
635 <             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
636 <             << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
634 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
635 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
636 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
637  
492 –    //write out additional parameters, such as chi and eta
638      finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
639      finalOut << endl;
640 +    finalOut.flush();
641  
642      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
643 <      // Get the Node number which has this molecule:
644 <
643 >      
644 >      // Get the Node number which has this atom;
645 >      
646        which_node = AtomToProcMap[i];
647 +      
648 +      if (which_node != 0) {
649  
650 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
650 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
651 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
652 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
653  
654 +          potatoes[which_node] = 0;          
655 +          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
656 +          
657 +        }
658 +
659 +        myPotato = potatoes[which_node];        
660 +        
661 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
662 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
663 +        
664 +        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
665 +        
666 +        // Null terminate the atomTypeString just in case:
667 +
668 +        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
669 +
670 +        myPotato++;
671 +
672 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
673 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
674 +              
675 +        myPotato++;
676 +
677 +        if (isDirectional) {          
678 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
679 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
680 +        } else {
681 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
682 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
683 +        }
684 +        
685 +        myPotato++;
686 +        potatoes[which_node] = myPotato;
687 +
688 +      } else {
689 +        
690 +        haveError = 0;
691          which_atom = i;
692          local_index=-1;
693 +        
694          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
695            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
696          }
697 +        
698          if (local_index != -1) {
699 +          
700 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
701  
702            atoms[local_index]->getPos(pos);
703 <          atoms[local_index]->getVel(vel);
703 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
704  
705 <          sprintf( tempBuffer,
706 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
707 <                   atoms[local_index]->getType(),
516 <                   pos[0],
517 <                   pos[1],
518 <                   pos[2],
519 <                   vel[0],
520 <                   vel[1],
521 <                   vel[2]);
522 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
705 >          atomData6[0] = pos[0];
706 >          atomData6[1] = pos[1];
707 >          atomData6[2] = pos[2];
708  
709 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
709 >          atomData6[3] = vel[0];
710 >          atomData6[4] = vel[1];
711 >          atomData6[5] = vel[2];
712 >          
713 >          isDirectional = 0;
714  
715 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
527 <            dAtom->getQ( q );
715 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
716  
717 <            sprintf( tempBuffer,
718 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
719 <                     q[0],
720 <                     q[1],
721 <                     q[2],
722 <                     q[3],
723 <                     dAtom->getJx(),
724 <                     dAtom->getJy(),
725 <                     dAtom->getJz());
726 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
727 <          }
728 <          else
729 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
730 <        }
731 <        else {
717 >            isDirectional = 1;
718 >            
719 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
720 >            dAtom->getQ( q );
721 >
722 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
723 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
724 >            
725 >            atomData13[6] = q[0];
726 >            atomData13[7] = q[1];
727 >            atomData13[8] = q[2];
728 >            atomData13[9] = q[3];
729 >            
730 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
731 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
732 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
733 >          }
734 >          
735 >        } else {
736            sprintf(painCave.errMsg,
737                    "Atom %d not found on processor %d\n",
738                    i, worldRank );
739            haveError= 1;
740            simError();
741          }
742 +        
743 +        if(haveError) DieDieDie();
744 +        
745 +        // If we've survived to here, format the line:
746 +        
747 +        if (!isDirectional) {
748  
749 <        if(haveError) nodeZeroError();
749 >          sprintf( tempBuffer,
750 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
751 >                   atomTypeString,
752 >                   atomData6[0],
753 >                   atomData6[1],
754 >                   atomData6[2],
755 >                   atomData6[3],
756 >                   atomData6[4],
757 >                   atomData6[5]);
758 >          
759 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
760 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
761  
762 +        } else {
763 +          
764 +          sprintf( tempBuffer,
765 +                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
766 +                   atomTypeString,
767 +                   atomData13[0],
768 +                   atomData13[1],
769 +                   atomData13[2],
770 +                   atomData13[3],
771 +                   atomData13[4],
772 +                   atomData13[5],
773 +                   atomData13[6],
774 +                   atomData13[7],
775 +                   atomData13[8],
776 +                   atomData13[9],
777 +                   atomData13[10],
778 +                   atomData13[11],
779 +                   atomData13[12]);
780 +          
781 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
782 +          
783 +        }
784 +        
785 +        finalOut << writeLine;
786 +        finalOut.flush();
787        }
788 <      else {
788 >    }
789  
790 <        myStatus = 1;
791 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
792 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
793 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
794 <                 MPI_COMM_WORLD);
795 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
796 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
797 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
564 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
790 >    finalOut.flush();
791 >    sprintf( checkPointMsg,
792 >             "Sucessfully took a dump.\n");
793 >    delete[] potatoes;
794 >      
795 >    MPIcheckPoint();        
796 >    
797 >  } else {
798  
799 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
567 <      }
799 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
800  
801 <      finalOut << writeLine;
570 <    }
801 >    // Set my magic potato to 0:
802  
803 <    // kill everyone off:
804 <    myStatus = -1;
805 <    for (j = 1; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
806 <      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
807 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
808 <    }
803 >    myPotato = 0;
804 >    
805 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
806 >      
807 >      // Am I the node which has this atom?
808 >      
809 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
810  
811 <  } else {
811 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
812  
813 <    done = 0;
814 <    while (!done) {
813 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
814 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
815 >          // node 0 says we can go:
816  
817 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
818 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
817 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
818 >          
819 >        }
820 >        which_atom = i;  
821 >        local_index=-1;
822 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
823 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
824 >        }
825 >        if (local_index != -1) {
826 >        
827 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
828  
829 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
829 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
830 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
831  
832 <      if(myStatus < 0) break;
832 >          atomData6[0] = pos[0];
833 >          atomData6[1] = pos[1];
834 >          atomData6[2] = pos[2];
835  
836 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
837 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
836 >          atomData6[3] = vel[0];
837 >          atomData6[4] = vel[1];
838 >          atomData6[5] = vel[2];
839 >          
840 >          isDirectional = 0;
841  
842 <      myStatus = 1;
595 <      local_index=-1;
596 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
597 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
598 <      }
599 <      if (local_index != -1) {
842 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
843  
844 <        atoms[local_index]->getPos(pos);
845 <        atoms[local_index]->getVel(vel);
844 >            isDirectional = 1;
845 >            
846 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
847 >            dAtom->getQ( q );
848 >            
849 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
850 >              atomData13[j] = atomData6[j];
851 >            
852 >            atomData13[6] = q[0];
853 >            atomData13[7] = q[1];
854 >            atomData13[8] = q[2];
855 >            atomData13[9] = q[3];
856  
857 <        //format the line
858 <        sprintf( tempBuffer,
859 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
860 <                 atoms[local_index]->getType(),
608 <                 pos[0],
609 <                 pos[1],
610 <                 pos[2],
611 <                 vel[0],
612 <                 vel[1],
613 <                 vel[2]); // check here.
614 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
857 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
858 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
859 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
860 >          }
861  
862 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
862 >        } else {
863 >          sprintf(painCave.errMsg,
864 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
865 >                  i, worldRank );
866 >          haveError= 1;
867 >          simError();
868 >        }
869  
870 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
619 <          dAtom->getQ( q );
870 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
871  
872 <          sprintf( tempBuffer,
873 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
623 <                   q[0],
624 <                   q[1],
625 <                   q[2],
626 <                   q[3],
627 <                   dAtom->getJx(),
628 <                   dAtom->getJy(),
629 <                   dAtom->getJz());
630 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
631 <        }
632 <        else{
633 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
634 <        }
635 <      }
636 <      else {
637 <        sprintf(painCave.errMsg,
638 <                "Atom %d not found on processor %d\n",
639 <                which_atom, worldRank );
640 <        myStatus = 0;
641 <        simError();
872 >        // null terminate the string before sending (just in case):
873 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
874  
875 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
876 <      }
875 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
876 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
877 >        
878 >        myPotato++;
879  
880 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
881 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
882 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
883 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
880 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
881 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
882 >        
883 >        myPotato++;
884 >        
885 >        if (isDirectional) {
886 >
887 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
888 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
889 >          
890 >        } else {
891 >
892 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
893 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
894 >        }
895 >
896 >        myPotato++;      
897 >      }
898      }
651 –  }
652 –  finalOut.flush();
653 –  sprintf( checkPointMsg,
654 –           "Sucessfully took a dump.\n");
655 –  MPIcheckPoint();
899  
900 +    sprintf( checkPointMsg,
901 +             "Sucessfully took a dump.\n");
902 +    MPIcheckPoint();        
903 +    
904 +  }
905 +  
906    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
907   #endif // is_mpi
908   }
# Line 664 | Line 913 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
913  
914   // a couple of functions to let us escape the write loop
915  
916 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
668 <  int j, myStatus;
916 > void dWrite::DieDieDie( void ){
917  
670 –  myStatus = 0;
671 –  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
672 –    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
673 –              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
674 –  }
675 –
676 –
918    MPI_Finalize();
919    exit (0);
679 –
920   }
921  
682 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
683 –
684 –  MPI_Finalize();
685 –  exit (0);
686 – }
687 –
922   #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines