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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 416 by gezelter, Wed Mar 26 23:14:02 2003 UTC vs.
Revision 934 by tim, Tue Jan 13 20:04:28 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6 + #include <algorithm>
7 + #include <utility>
8  
9   #ifdef IS_MPI
10   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
11   #include "mpiSimulation.hpp"
12 < #define TAKE_THIS_TAG 0
12 >
13 > namespace dWrite{
14 >  void DieDieDie( void );
15 > }
16 >
17 > using namespace dWrite;
18   #endif //is_mpi
19  
20   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 19 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27   #ifdef IS_MPI
28    if(worldRank == 0 ){
29   #endif // is_mpi
30 <    
31 <
32 <    
33 <    strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
34 <    
35 <    outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
28 <    
29 <    if( !outFile ){
30 <      
30 >
31 >
32 >    dumpFile.open(entry_plug->sampleName, ios::out | ios::trunc );
33 >
34 >    if( !dumpFile ){
35 >
36        sprintf( painCave.errMsg,
37                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
38 <               outName);
38 >               entry_plug->sampleName);
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
37 –  
38 –    //outFile.setf( ios::scientific );
42  
43 +    finalOut.open( entry_plug->finalName, ios::out | ios::trunc );
44 +    if( !finalOut ){
45 +      sprintf( painCave.errMsg,
46 +               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
47 +               entry_plug->finalName );
48 +      painCave.isFatal = 1;
49 +      simError();
50 +    }
51 +
52   #ifdef IS_MPI
53    }
54  
55 +  //sort the local atoms by global index
56 +  sortByGlobalIndex();
57 +  
58    sprintf( checkPointMsg,
59             "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
60    MPIcheckPoint();
# Line 52 | Line 67 | DumpWriter::~DumpWriter( ){
67    if(worldRank == 0 ){
68   #endif // is_mpi
69  
70 <    outFile.close();
70 >    dumpFile.close();
71 >    finalOut.close();
72  
73   #ifdef IS_MPI
74    }
75   #endif // is_mpi
76   }
77  
78 < void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
78 > #ifdef IS_MPI
79 >
80 > /**
81 > * A hook function to load balancing
82 > */
83 >
84 > void DumpWriter::update(){
85 >  sortByGlobalIndex();          
86 > }
87    
88 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
89 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
90 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
88 > /**
89 > * Auxiliary sorting function
90 > */
91 >
92 > bool indexSortingCriterion(const pair<int, int>& p1, const pair<int, int>& p2){
93 >  return p1.second < p2.second;
94 > }
95  
96 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
97 <  double q[4];
98 <  DirectionalAtom* dAtom;
99 <  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
96 > /**
97 > * Sorting the local index by global index
98 > */
99 >
100 > void DumpWriter::sortByGlobalIndex(){
101    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
102 <    
102 >  
103 >  indexArray.clear();
104 >  
105 >  for(int i = 0; i < mpiSim->getMyNlocal();i++)
106 >    indexArray.push_back(make_pair(i, atoms[i]->getGlobalIndex()));
107 >  
108 >  sort(indexArray.begin(), indexArray.end(), indexSortingCriterion);    
109 > }
110 > #endif
111  
112 < #ifndef IS_MPI
76 <    
77 <  outFile << nAtoms << "\n";
78 <    
79 <  outFile << currentTime << "\t"
80 <          << entry_plug->box_x << "\t"
81 <          << entry_plug->box_y << "\t"
82 <          << entry_plug->box_z << "\n";
83 <    
84 <  for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
85 <      
112 > void DumpWriter::writeDump(double currentTime){
113  
114 <    sprintf( tempBuffer,
88 <             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
89 <             atoms[i]->getType(),
90 <             atoms[i]->getX(),
91 <             atoms[i]->getY(),
92 <             atoms[i]->getZ(),
93 <             atoms[i]->get_vx(),
94 <             atoms[i]->get_vy(),
95 <             atoms[i]->get_vz());
96 <    strcpy( writeLine, tempBuffer );
114 >  vector<ofstream*> fileStreams;
115  
116 <    if( atoms[i]->isDirectional() ){
117 <        
118 <      dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
101 <      dAtom->getQ( q );
102 <        
103 <      sprintf( tempBuffer,
104 <               "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
105 <               q[0],
106 <               q[1],
107 <               q[2],
108 <               q[3],
109 <               dAtom->getJx(),
110 <               dAtom->getJy(),
111 <               dAtom->getJz());
112 <      strcat( writeLine, tempBuffer );
113 <    }
114 <    else
115 <      strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
116 <      
117 <    outFile << writeLine;
116 > #ifdef IS_MPI
117 >  if(worldRank == 0 ){
118 >    finalOut.seekp(0);
119    }
120 <  outFile.flush();
120 > #endif // is_mpi
121  
122 < #else // is_mpi
122 >  fileStreams.push_back(&finalOut);
123 >  fileStreams.push_back(&dumpFile);
124  
125 <  MPI::Status istatus;
126 <  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
125 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
126 >        
127 > }
128 >
129 > void DumpWriter::writeFinal(double currentTime){
130 >
131 >  vector<ofstream*> fileStreams;
132 >
133 > #ifdef IS_MPI
134 >  if(worldRank == 0 ){
135 >    finalOut.seekp(0);
136 >  }
137 > #endif // is_mpi
138    
139 <  // write out header and node 0's coordinates
139 >  fileStreams.push_back(&finalOut);  
140 >  writeFrame(fileStreams, currentTime);
141    
142 <  if( worldRank == 0 ){
129 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
130 <    
131 <    outFile << currentTime << "\t"
132 <            << entry_plug->box_x << "\t"
133 <            << entry_plug->box_y << "\t"
134 <            << entry_plug->box_z << "\n";
135 <    
136 <    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
137 <      // Get the Node number which has this molecule:
138 <      
139 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
140 <      
141 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
142 <        
143 <        sprintf( tempBuffer,
144 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
145 <                 atoms[i]->getType(),
146 <                 atoms[i]->getX(),
147 <                 atoms[i]->getY(),
148 <                 atoms[i]->getZ(),
149 <                 atoms[i]->get_vx(),
150 <                 atoms[i]->get_vy(),
151 <                 atoms[i]->get_vz());
152 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
153 <        
154 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
155 <          
156 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
157 <          dAtom->getQ( q );
158 <          
159 <          sprintf( tempBuffer,
160 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
161 <                   q[0],
162 <                   q[1],
163 <                   q[2],
164 <                   q[3],
165 <                   dAtom->getJx(),
166 <                   dAtom->getJy(),
167 <                   dAtom->getJz());
168 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
169 <        }
170 <        else
171 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
172 <        
173 <      } else {
174 <        
175 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
177 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
178 <      }
179 <      
180 <      outFile << writeLine;
181 <    }
182 <    
183 <    // kill everyone off:
184 <    game_over = -1;
185 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
186 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
187 <    }
142 > }
143  
144 <  } else {
190 <    
191 <    done = 0;
192 <    while (!done) {
193 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
194 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
144 > void DumpWriter::writeFrame( vector<ofstream*>& outFile, double currentTime ){
145  
146 <      if (which_atom == -1) {
147 <        done=1;
198 <        continue;
199 <      } else {
146 >  const int BUFFERSIZE = 2000;
147 >  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
148  
149 <        //format the line
150 <        sprintf( tempBuffer,
203 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
204 <                 atoms[which_atom]->getType(),
205 <                 atoms[which_atom]->getX(),
206 <                 atoms[which_atom]->getY(),
207 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
208 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
209 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
210 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
211 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
212 <          
213 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
214 <            
215 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
216 <          dAtom->getQ( q );
217 <            
218 <          sprintf( tempBuffer,
219 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
220 <                   q[0],
221 <                   q[1],
222 <                   q[2],
223 <                   q[3],
224 <                   dAtom->getJx(),
225 <                   dAtom->getJy(),
226 <                   dAtom->getJz());
227 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
228 <        }
229 <        else
230 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
231 <        
232 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
233 <                             TAKE_THIS_TAG);
234 <      }
235 <    }
236 <  }  
237 <  outFile.flush();
238 <  sprintf( checkPointMsg,
239 <           "Sucessfully took a dump.\n");
240 <  MPIcheckPoint();
241 < #endif // is_mpi
242 < }
149 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
150 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
151  
152 < void DumpWriter::writeFinal(){
152 >  int i, k;
153  
154 <  char finalName[500];
155 <  ofstream finalOut;
154 > #ifdef IS_MPI
155 >  
156 >  int *potatoes;
157 >  int myPotato;
158  
159 <  const int BUFFERSIZE = 2000;
160 <  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
161 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
159 >  int nProc;
160 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index, currentIndex;
161 >  double atomData6[6];
162 >  double atomData13[13];
163 >  int isDirectional;
164 >  char* atomTypeString;
165 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
166  
167 + #else //is_mpi
168 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
169 + #endif //is_mpi
170 +
171    double q[4];
172    DirectionalAtom* dAtom;
255 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
173    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
174 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
258 <  
259 <  
260 < #ifdef IS_MPI
261 <  if(worldRank == 0 ){
262 < #endif // is_mpi
263 <    
264 <    strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
265 <    
266 <    finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
267 <    if( !finalOut ){
268 <      sprintf( painCave.errMsg,
269 <               "Could not open \"%s\" for final dump output.\n",
270 <               finalName );
271 <      painCave.isFatal = 1;
272 <      simError();
273 <    }
274 <    
275 <    // finalOut.setf( ios::scientific );
276 <    
277 < #ifdef IS_MPI
278 <  }
279 <  
280 <  sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
281 <  MPIcheckPoint();  
282 <  
283 < #endif //is_mpi
174 >  double pos[3], vel[3];
175  
285 –  
176   #ifndef IS_MPI
287 –    
288 –  finalOut << nAtoms << "\n";
289 –    
290 –  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
291 –           << entry_plug->box_y << "\t"
292 –           << entry_plug->box_z << "\n";
177    
178 +  for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
179 +    *outFile[k] << nAtoms << "\n";
180 +
181 +    *outFile[k] << currentTime << ";\t"
182 +               << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
183 +                     << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
184 +                     << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
185 +              
186 +               << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
187 +                     << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
188 +                     << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
189 +
190 +                     << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
191 +                     << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
192 +                     << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
193 +
194 +    //write out additional parameters, such as chi and eta
195 +    *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
196 +  }
197 +  
198    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
199 <      
199 >
200 >    atoms[i]->getPos(pos);
201 >    atoms[i]->getVel(vel);
202 >
203      sprintf( tempBuffer,
204               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
205               atoms[i]->getType(),
206 <             atoms[i]->getX(),
207 <             atoms[i]->getY(),
208 <             atoms[i]->getZ(),
209 <             atoms[i]->get_vx(),
210 <             atoms[i]->get_vy(),
211 <             atoms[i]->get_vz());
206 >             pos[0],
207 >             pos[1],
208 >             pos[2],
209 >             vel[0],
210 >             vel[1],
211 >             vel[2]);
212      strcpy( writeLine, tempBuffer );
213  
214      if( atoms[i]->isDirectional() ){
215 <        
215 >
216        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
217        dAtom->getQ( q );
218 <        
218 >
219        sprintf( tempBuffer,
220                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
221                 q[0],
# Line 322 | Line 229 | void DumpWriter::writeFinal(){
229      }
230      else
231        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
232 <      
233 <    finalOut << writeLine;
232 >
233 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
234 >      *outFile[k] << writeLine;
235    }
328 –  finalOut.flush();
329 –  finalOut.close();
236  
237   #else // is_mpi
238 +
239 +  /* code to find maximum tag value */
240    
241 <  MPI::Status istatus;
241 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
242 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
243 >  if (flag) {
244 >    MAXTAG = *tagub;
245 >  } else {
246 >    MAXTAG = 32767;
247 >  }  
248 >
249 >  int haveError;
250 >
251 >  MPI_Status istatus;
252    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
253  
254    // write out header and node 0's coordinates
255 <  
255 >
256    if( worldRank == 0 ){
257 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
258 <    
259 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
260 <            << entry_plug->box_y << "\t"
261 <            << entry_plug->box_z << "\n";
257 >
258 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
259 >
260 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
261 >    potatoes = new int[nProc];
262 >
263 >    //write out the comment lines
264 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
265 >      potatoes[i] = 0;
266      
267 +      for(k = 0; k < outFile.size(); k++){
268 +        *outFile[k] << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
269 +
270 +        *outFile[k] << currentTime << ";\t"
271 +                         << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
272 +                         << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
273 +                         << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
274 +
275 +                         << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
276 +                         << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
277 +                         << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
278 +
279 +                         << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
280 +                         << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
281 +                         << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
282 +  
283 +        *outFile[k] << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters() << endl;
284 +    }
285 +
286 +    currentIndex = 0;
287 +
288      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
346 –      // Get the Node number which has this molecule:
289        
290 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
290 >      // Get the Node number which has this atom;
291        
292 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
292 >      which_node = AtomToProcMap[i];
293 >      
294 >      if (which_node != 0) {
295 >
296 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
297 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
298 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
299 >
300 >          potatoes[which_node] = 0;          
301 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
302 >          
303 >        }
304 >
305 >        myPotato = potatoes[which_node];        
306          
307 <        sprintf( tempBuffer,
308 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
309 <                 atoms[i]->getType(),
310 <                 atoms[i]->getX(),
356 <                 atoms[i]->getY(),
357 <                 atoms[i]->getZ(),
358 <                 atoms[i]->get_vx(),
359 <                 atoms[i]->get_vy(),
360 <                 atoms[i]->get_vz());
361 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
307 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
308 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
309 >        
310 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
311          
312 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
313 <          
314 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
315 <          dAtom->getQ( q );
316 <          
317 <          sprintf( tempBuffer,
318 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
319 <                   q[0],
320 <                   q[1],
321 <                   q[2],
322 <                   q[3],
323 <                   dAtom->getJx(),
324 <                   dAtom->getJy(),
376 <                   dAtom->getJz());
377 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
312 >        myPotato++;
313 >
314 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
315 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
316 >              
317 >        myPotato++;
318 >
319 >        if (isDirectional) {          
320 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
321 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
322 >        } else {
323 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
324 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
325          }
379 –        else
380 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
326          
327 +        myPotato++;
328 +        potatoes[which_node] = myPotato;
329 +
330        } else {
331          
332 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
333 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
334 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
332 >        haveError = 0;
333 >              which_atom = i;
334 >        
335 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
336 >                
337 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
338 >          
339 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
340 >
341 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
342 >                atoms[local_index]->getVel(vel);          
343 >
344 >          atomData6[0] = pos[0];
345 >          atomData6[1] = pos[1];
346 >          atomData6[2] = pos[2];
347 >
348 >          atomData6[3] = vel[0];
349 >          atomData6[4] = vel[1];
350 >          atomData6[5] = vel[2];
351 >          
352 >          isDirectional = 0;
353 >
354 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
355 >
356 >            isDirectional = 1;
357 >            
358 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
359 >            dAtom->getQ( q );
360 >
361 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
362 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
363 >            
364 >            atomData13[6] = q[0];
365 >            atomData13[7] = q[1];
366 >            atomData13[8] = q[2];
367 >            atomData13[9] = q[3];
368 >            
369 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
370 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
371 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
372 >          }
373 >          
374 >        } else {
375 >          sprintf(painCave.errMsg,
376 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
377 >                              i, worldRank );
378 >                haveError= 1;
379 >                simError();
380 >              }
381 >        
382 >        if(haveError) DieDieDie();
383 >        
384 >        currentIndex ++;
385        }
386 +      // If we've survived to here, format the line:
387        
388 <      finalOut << writeLine;
388 >      if (!isDirectional) {
389 >        
390 >        sprintf( writeLine,
391 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
392 >                             atomTypeString,
393 >                             atomData6[0],
394 >                             atomData6[1],
395 >                             atomData6[2],
396 >                             atomData6[3],
397 >                             atomData6[4],
398 >                             atomData6[5]);
399 >
400 >              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
401 >        
402 >      } else {
403 >        
404 >              sprintf( writeLine,
405 >                             "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
406 >                             atomTypeString,
407 >                             atomData13[0],
408 >                             atomData13[1],
409 >                             atomData13[2],
410 >                             atomData13[3],
411 >                             atomData13[4],
412 >                             atomData13[5],
413 >                             atomData13[6],
414 >                             atomData13[7],
415 >                             atomData13[8],
416 >                             atomData13[9],
417 >                             atomData13[10],
418 >                             atomData13[11],
419 >                             atomData13[12]);
420 >        
421 >      }
422 >      
423 >      for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
424 >        *outFile[k] << writeLine;
425      }
426      
427 <    // kill everyone off:
428 <    game_over = -1;
429 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
430 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
431 <    }
427 >    for(k = 0; k < outFile.size(); k++)
428 >      outFile[k]->flush();
429 >    
430 >    sprintf( checkPointMsg,
431 >             "Sucessfully took a dump.\n");
432  
433 +    MPIcheckPoint();        
434 +
435 +    delete[] potatoes;
436 +
437    } else {
438 +
439 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
440 +
441 +    // Set my magic potato to 0:
442 +
443 +    myPotato = 0;
444 +    currentIndex = 0;
445      
446 <    done = 0;
447 <    while (!done) {
448 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
449 <                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
446 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
447 >      
448 >      // Am I the node which has this atom?
449 >      
450 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
451  
452 <      if (which_atom == -1) {
406 <        done=1;
407 <        continue;
408 <      } else {
452 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
453  
454 <        //format the line
455 <        sprintf( tempBuffer,
456 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
457 <                 atoms[which_atom]->getType(),
458 <                 atoms[which_atom]->getX(),
459 <                 atoms[which_atom]->getY(),
460 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
461 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
462 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
463 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
464 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
465 <          
466 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
467 <            
468 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
469 <          dAtom->getQ( q );
470 <            
471 <          sprintf( tempBuffer,
472 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
473 <                   q[0],
474 <                   q[1],
475 <                   q[2],
476 <                   q[3],
477 <                   dAtom->getJx(),
478 <                   dAtom->getJy(),
479 <                   dAtom->getJz());
480 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
481 <        }
482 <        else
483 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
454 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
455 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
456 >          // node 0 says we can go:
457 >
458 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
459 >          
460 >        }
461 >        which_atom = i;
462 >        local_index = indexArray[currentIndex].first;        
463 >                
464 >        if (which_atom == indexArray[currentIndex].second) {
465 >        
466 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
467 >
468 >                atoms[local_index]->getPos(pos);
469 >                atoms[local_index]->getVel(vel);
470 >
471 >          atomData6[0] = pos[0];
472 >          atomData6[1] = pos[1];
473 >          atomData6[2] = pos[2];
474 >
475 >          atomData6[3] = vel[0];
476 >          atomData6[4] = vel[1];
477 >          atomData6[5] = vel[2];
478 >          
479 >          isDirectional = 0;
480 >
481 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
482 >
483 >            isDirectional = 1;
484 >            
485 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
486 >            dAtom->getQ( q );
487 >            
488 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
489 >              atomData13[j] = atomData6[j];
490 >            
491 >            atomData13[6] = q[0];
492 >            atomData13[7] = q[1];
493 >            atomData13[8] = q[2];
494 >            atomData13[9] = q[3];
495 >  
496 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
497 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
498 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
499 >          }
500 >
501 >        } else {
502 >                sprintf(painCave.errMsg,
503 >                              "Atom %d not found on processor %d\n",
504 >                              i, worldRank );
505 >                haveError= 1;
506 >                simError();
507 >              }
508 >
509 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
510 >
511 >        // null terminate the string before sending (just in case):
512 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
513 >
514 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
515 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
516          
517 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
518 <                             TAKE_THIS_TAG);
517 >        myPotato++;
518 >
519 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
520 >                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
521 >        
522 >        myPotato++;
523 >        
524 >        if (isDirectional) {
525 >
526 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
527 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
528 >          
529 >        } else {
530 >
531 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
532 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
533 >        }
534 >
535 >        myPotato++;  
536 >        currentIndex++;    
537        }
538      }
445 –  }  
446 –  finalOut.flush();
447 –  sprintf( checkPointMsg,
448 –           "Sucessfully took a dump.\n");
449 –  MPIcheckPoint();
539  
540 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
540 >    sprintf( checkPointMsg,
541 >             "Sucessfully took a dump.\n");
542 >    MPIcheckPoint();        
543 >    
544 >  }
545 >  
546   #endif // is_mpi
547   }
548 +
549 + #ifdef IS_MPI
550 +
551 + // a couple of functions to let us escape the write loop
552 +
553 + void dWrite::DieDieDie( void ){
554 +
555 +  MPI_Finalize();
556 +  exit (0);
557 + }
558 +
559 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines