ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 378 by mmeineke, Fri Mar 21 17:42:12 2003 UTC vs.
Revision 434 by chuckv, Fri Mar 28 19:30:59 2003 UTC

# Line 4 | Line 4
4  
5   #ifdef IS_MPI
6   #include <mpi.h>
7 + #include <mpi++.h>
8   #include "mpiSimulation.hpp"
9 < #define TAKE_THIS_TAG 0
9 > #define TAKE_THIS_TAG 1
10   #endif //is_mpi
11  
12   #include "ReadWrite.hpp"
13   #include "simError.h"
14  
14 –
15 –
16 –
17 –
15   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
16  
17    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 68 | Line 65 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
65    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
66    char writeLine[BUFFERSIZE];
67  
68 <  int i;
68 >  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
69    double q[4];
70    DirectionalAtom* dAtom;
71    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
# Line 123 | Line 120 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
120  
121   #else // is_mpi
122  
123 <  int masterIndex;
124 <  int nodeAtomsStart;
125 <  int nodeAtomsEnd;
129 <  int mpiErr;
130 <  int sendError;
131 <  int procIndex;
132 <    
133 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
134 <
135 <    
123 >  MPI::Status istatus;
124 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
125 >  
126    // write out header and node 0's coordinates
127 <
127 >  
128    if( worldRank == 0 ){
129      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
130 <      
130 >    
131      outFile << currentTime << "\t"
132              << entry_plug->box_x << "\t"
133              << entry_plug->box_y << "\t"
134              << entry_plug->box_z << "\n";
135 <
136 <    masterIndex = 0;
137 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
135 >    outFile.flush();
136 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
137 >      // Get the Node number which has this atom;
138        
139 <      sprintf( tempBuffer,
140 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
141 <               atoms[i]->getType(),
142 <               atoms[i]->getX(),
143 <               atoms[i]->getY(),
144 <               atoms[i]->getZ(),
145 <               atoms[i]->get_vx(),
146 <               atoms[i]->get_vy(),
147 <               atoms[i]->get_vz());
148 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
139 >      which_node = AtomToProcMap[i];    
140 >      
141 >      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
142 >                sprintf( tempBuffer,
143 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
144 >                 atoms[i]->getType(),
145 >                 atoms[i]->getX(),
146 >                 atoms[i]->getY(),
147 >                 atoms[i]->getZ(),
148 >                 atoms[i]->get_vx(),
149 >                 atoms[i]->get_vy(),
150 >                 atoms[i]->get_vz());
151 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
152          
153 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
153 >        if( atoms[i]->isDirectional() ){
154            
155 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
156 <        dAtom->getQ( q );
155 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
156 >          dAtom->getQ( q );
157            
158 <        sprintf( tempBuffer,
159 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
160 <                 q[0],
161 <                 q[1],
162 <                 q[2],
163 <                 q[3],
164 <                 dAtom->getJx(),
165 <                 dAtom->getJy(),
166 <                 dAtom->getJz());
167 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
158 >          sprintf( tempBuffer,
159 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
160 >                   q[0],
161 >                   q[1],
162 >                   q[2],
163 >                   q[3],
164 >                   dAtom->getJx(),
165 >                   dAtom->getJy(),
166 >                   dAtom->getJz());
167 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
168 >        }
169 >        else
170 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
171 >        
172 >      } else {
173 >        
174 >        std::cerr << "node 0: sending node " << which_node << " request for atom " << i << "\n";
175 >        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 >        std::cerr << "node 0: sent!\n";
177 >        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
178 >                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
179 >        std::cerr << "node 0: got this line: " << writeLine;
180        }
181 <      else
177 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
178 <        
181 >      
182        outFile << writeLine;
183 <      masterIndex++;
183 >      outFile.flush();
184      }
182 –    outFile.flush();
183 –  }
184 –
185 –  sprintf( checkPointMsg,
186 –           "Sucessfully wrote node 0's dump configuration.\n");
187 –  MPIcheckPoint();
185      
186 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
187 <       procIndex++){
188 <
189 <    if( worldRank == 0 ){
193 <      
194 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
195 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
196 <      
197 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
198 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
199 <      
200 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
201 <      // receiving node expects it to be.
202 <      
203 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
204 <        sendError = 1;
205 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
206 <                          MPI_COMM_WORLD);
207 <        sprintf(painCave.errMsg,
208 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
209 <                "node %d not equal to master index (%d)",
210 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
211 <        painCave.isFatal = 1;
212 <        simError();
213 <      }
214 <      
215 <      sendError = 0;
216 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
217 <                        MPI_COMM_WORLD);
218 <      
219 <      // recieve the nodes writeLines
220 <      
221 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
222 <        
223 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
224 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
225 <        
226 <        outFile << writeLine;
227 <        masterIndex++;
228 <      }
186 >    // kill everyone off:
187 >    game_over = -1;
188 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
189 >      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
190      }
191  
192 <    else if( worldRank == procIndex ){
193 <
194 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
195 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
196 <
197 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
198 <                        MPI_COMM_WORLD);
199 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
200 <                        MPI_COMM_WORLD);
201 <        
202 <      sendError = -1;
203 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
204 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
205 <
206 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
207 <
208 <      // send current node's configuration line by line.
209 <
210 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
211 <
212 <        sprintf( tempBuffer,
213 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
214 <                 atoms[i]->getType(),
215 <                 atoms[i]->getX(),
216 <                 atoms[i]->getY(),
217 <                 atoms[i]->getZ(),
218 <                 atoms[i]->get_vx(),
219 <                 atoms[i]->get_vy(),
259 <                 atoms[i]->get_vz()); // check here.
260 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
192 >  } else {
193 >    
194 >    done = 0;
195 >    while (!done) {
196 >      std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " Waiting for receive \n";
197 >      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
198 >                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
199 >      std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " got request for atom " << which_atom << "\n";
200 >      if (which_atom == -1) {
201 >        done=1;
202 >        continue;
203 >      } else {
204 >        local_index=-1;        
205 >        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
206 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
207 >        }
208 >        if (local_index != -1) {
209 >          //format the line
210 >          sprintf( tempBuffer,
211 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
212 >                   atoms[local_index]->getType(),
213 >                   atoms[local_index]->getX(),
214 >                   atoms[local_index]->getY(),
215 >                   atoms[local_index]->getZ(),
216 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
217 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
218 >                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
219 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
220            
221 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
222 <            
223 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
224 <          dAtom->getQ( q );
225 <            
226 <          sprintf( tempBuffer,
227 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
228 <                   q[0],
229 <                   q[1],
230 <                   q[2],
231 <                   q[3],
232 <                   dAtom->getJx(),
233 <                   dAtom->getJy(),
234 <                   dAtom->getJz());
235 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
236 <        }
237 <        else
238 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
239 <          
240 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
241 <                          MPI_COMM_WORLD);
221 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
222 >            
223 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
224 >            dAtom->getQ( q );
225 >            
226 >            sprintf( tempBuffer,
227 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
228 >                     q[0],
229 >                     q[1],
230 >                     q[2],
231 >                     q[3],
232 >                     dAtom->getJx(),
233 >                     dAtom->getJy(),
234 >                     dAtom->getJz());
235 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
236 >          }
237 >          else
238 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
239 >          std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " sending this line" << writeLine;
240 >          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
241 >                               TAKE_THIS_TAG);
242 >        } else {
243 >          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
244 >          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
245 >                               TAKE_THIS_TAG);
246 >        }
247        }
248      }
249 <      
250 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
251 <            procIndex);
252 <    MPIcheckPoint();
253 <  }
290 <    
249 >  }  
250 >  outFile.flush();
251 >  sprintf( checkPointMsg,
252 >           "Sucessfully took a dump.\n");
253 >  MPIcheckPoint();
254   #endif // is_mpi
255   }
256  
294 –
295 –
257   void DumpWriter::writeFinal(){
258  
259 +  char finalName[500];
260 +  ofstream finalOut;
261  
262    const int BUFFERSIZE = 2000;
263 <  char tempBuffer[500];
264 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
302 <  
303 <  char finalName[500];
263 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
264 >  char writeLine[BUFFERSIZE];  
265  
305 –  int i;
266    double q[4];
267    DirectionalAtom* dAtom;
268    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
269    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
270 +  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
271    
311 –  ofstream finalOut;
272    
273   #ifdef IS_MPI
274    if(worldRank == 0 ){
# Line 335 | Line 295 | void DumpWriter::writeFinal(){
295    
296   #endif //is_mpi
297  
298 <    
339 <
298 >  
299   #ifndef IS_MPI
300      
301    finalOut << nAtoms << "\n";
# Line 344 | Line 303 | void DumpWriter::writeFinal(){
303    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
304             << entry_plug->box_y << "\t"
305             << entry_plug->box_z << "\n";
306 <    
306 >  
307    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
308        
309      sprintf( tempBuffer,
# Line 380 | Line 339 | void DumpWriter::writeFinal(){
339      finalOut << writeLine;
340    }
341    finalOut.flush();
342 +  finalOut.close();
343  
344   #else // is_mpi
345 +  
346 +  MPI::Status istatus;
347 +  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
348  
386 –  int masterIndex;
387 –  int nodeAtomsStart;
388 –  int nodeAtomsEnd;
389 –  int mpiErr;
390 –  int sendError;
391 –  int procIndex;
392 –    
393 –  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
394 –
395 –    
349    // write out header and node 0's coordinates
350 <
350 >  
351    if( worldRank == 0 ){
352      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
353 <      
353 >    
354      finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
355 <             << entry_plug->box_y << "\t"
356 <             << entry_plug->box_z << "\n";
355 >            << entry_plug->box_y << "\t"
356 >            << entry_plug->box_z << "\n";
357      
358 <    masterIndex = 0;
359 <    
407 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
358 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
359 >      // Get the Node number which has this molecule:
360        
361 <      sprintf( tempBuffer,
362 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
363 <               atoms[i]->getType(),
364 <               atoms[i]->getX(),
365 <               atoms[i]->getY(),
366 <               atoms[i]->getZ(),
367 <               atoms[i]->get_vx(),
368 <               atoms[i]->get_vy(),
369 <               atoms[i]->get_vz());
370 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
361 >      which_node = AtomToProcMap[i];    
362 >      
363 >      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
364 >        
365 >        sprintf( tempBuffer,
366 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
367 >                 atoms[i]->getType(),
368 >                 atoms[i]->getX(),
369 >                 atoms[i]->getY(),
370 >                 atoms[i]->getZ(),
371 >                 atoms[i]->get_vx(),
372 >                 atoms[i]->get_vy(),
373 >                 atoms[i]->get_vz());
374 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
375          
376 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
376 >        if( atoms[i]->isDirectional() ){
377            
378 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
379 <        dAtom->getQ( q );
378 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
379 >          dAtom->getQ( q );
380            
381 <        sprintf( tempBuffer,
382 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
383 <                 q[0],
384 <                 q[1],
385 <                 q[2],
386 <                 q[3],
387 <                 dAtom->getJx(),
388 <                 dAtom->getJy(),
389 <                 dAtom->getJz());
390 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
381 >          sprintf( tempBuffer,
382 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
383 >                   q[0],
384 >                   q[1],
385 >                   q[2],
386 >                   q[3],
387 >                   dAtom->getJx(),
388 >                   dAtom->getJy(),
389 >                   dAtom->getJz());
390 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
391 >        }
392 >        else
393 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
394 >        
395 >      } else {
396 >        
397 >        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
398 >        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
399 >                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
400        }
401 <      else
437 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
438 <        
401 >      
402        finalOut << writeLine;
440 –      masterIndex++;
403      }
442 –    finalOut.flush();
443 –  }
404      
405 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
406 <       procIndex++){
407 <
408 <    if( worldRank == 0 ){
449 <        
450 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
451 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
452 <
453 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
454 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
455 <        
456 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
457 <      // receiving node expects it to be.
458 <        
459 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
460 <        sendError = 1;
461 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
462 <                          MPI_COMM_WORLD);
463 <        sprintf(painCave.errMsg,
464 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
465 <                "node %d not equal to master index (%d)",
466 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
467 <        painCave.isFatal = 1;
468 <        simError();
469 <      }
470 <        
471 <      sendError = 0;
472 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
473 <                        MPI_COMM_WORLD);
474 <
475 <      // recieve the nodes writeLines
476 <
477 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
478 <          
479 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
480 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
481 <
482 <        finalOut << writeLine;
483 <        masterIndex++;
484 <      }
485 <
486 <      finalOut.flush();
405 >    // kill everyone off:
406 >    game_over = -1;
407 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
408 >      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
409      }
410  
411 <    else if( worldRank == procIndex ){
411 >  } else {
412 >    
413 >    done = 0;
414 >    while (!done) {
415 >      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
416 >                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
417  
418 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
419 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
420 <        
421 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
495 <                        MPI_COMM_WORLD);
496 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
497 <                        MPI_COMM_WORLD);
498 <        
499 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
500 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
501 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
418 >      if (which_atom == -1) {
419 >        done=1;
420 >        continue;
421 >      } else {
422  
423 <      // send current node's configuration line by line.
423 >        local_index=-1;        
424 >        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
425 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
426 >        }
427 >        if (local_index != -1) {
428  
429 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
429 >          //format the line
430 >          sprintf( tempBuffer,
431 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
432 >                   atoms[local_index]->getType(),
433 >                   atoms[local_index]->getX(),
434 >                   atoms[local_index]->getY(),
435 >                   atoms[local_index]->getZ(),
436 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
437 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
438 >                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
439 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
440            
441 <        sprintf( tempBuffer,
442 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
443 <                 atoms[i]->getType(),
444 <                 atoms[i]->getX(),
511 <                 atoms[i]->getY(),
512 <                 atoms[i]->getZ(),
513 <                 atoms[i]->get_vx(),
514 <                 atoms[i]->get_vy(),
515 <                 atoms[i]->get_vz());
516 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
517 <          
518 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
441 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
442 >            
443 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
444 >            dAtom->getQ( q );
445              
446 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
447 <          dAtom->getQ( q );
448 <            
449 <          sprintf( tempBuffer,
450 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
451 <                   q[0],
452 <                   q[1],
453 <                   q[2],
454 <                   q[3],
455 <                   dAtom->getJx(),
456 <                   dAtom->getJy(),
457 <                   dAtom->getJz());
458 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
459 <        }
460 <        else
461 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
462 <          
463 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
464 <                          MPI_COMM_WORLD);
446 >            sprintf( tempBuffer,
447 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
448 >                     q[0],
449 >                     q[1],
450 >                     q[2],
451 >                     q[3],
452 >                     dAtom->getJx(),
453 >                     dAtom->getJy(),
454 >                     dAtom->getJz());
455 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
456 >          }
457 >          else
458 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
459 >          
460 >          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
461 >                               TAKE_THIS_TAG);
462 >        } else {
463 >          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
464 >          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
465 >                               TAKE_THIS_TAG);
466 >        }
467        }
468      }
541 –      
542 –    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
543 –            procIndex);
544 –    MPIcheckPoint();
469    }
470 +  finalOut.flush();
471 +  sprintf( checkPointMsg,
472 +           "Sucessfully took a dump.\n");
473 +  MPIcheckPoint();
474  
475 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
548 <
549 <    
475 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
476   #endif // is_mpi
477   }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines